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INTRODUCCION

La expresin de la informacin gentica


contenida en un segmento de DNA siempre
requiere la sntesis de una molcula de RNA.
Durante el proceso de transcripcin , una
enzima, llamada RNA polimerasa, convierte la
informacin gentica de un segmento de DNA en
una hebra de RNA con una secuencia
complementaria a una de las hebras del DNA.

Estructura y propiedades del RNA
El RNA , al igual que el DNA es un polmero
lineal de nucletidos unidos por enlaces
fosfodiester 3',5' , a diferencia del DNA los
nucletidos en el RNA son ribonucletidos, y se
encuentra la base uracilo en lugar de la timina.

La presencia caracterstica en el RNA del grupo
hidroxilo 2' (2'OH) en la ribosa hace que la
molcula de RNA sea ms susceptible a la
hidrlisis
Estructura y propiedades del RNA
El RNA normalmente esta compuesto de una
sola hebra, pero puede formar regiones de doble hlice
intramolecular que le dan una conformacin
tridimensional.
El RNA es la nica molcula que tiene funciones
informacionales y catlticas.

Tipos de RNA

1. RNA mensajero (mRNA), lleva la informacin
que codifican para la secuencia de aminocidos de uno
o ms polipptidos especificados por un gen o conjunto
de genes hacia los ribosomas donde se realiza la sntesis
de las protenas. Tienen una vida media que va de
minutos a horas.
RNA de Transferencia (tRNA), es una molcula
adaptadora que lee la informacin codificada en el
mRNA y transfiere el aminocido apropiado a la cadena
polipeptidica 1. en crecimiento durante la sntesis de
protenas. Tiene una vida media que va de horas a das.

Tipos de RNA
1. RNA ribosomal (rRNA), molculas que asociadas con
protenas forman el ribosoma. Tienen una vida media que
va de horas a das.
2. RNA pequeo del ncleo (snRNA), se encuentran
formando complejos con protenas conocidas partculas
ribonucleoproteicas pequeas del ncleo o "snurps". Estas
se encuentran en el ncleo de las clulas eucarioticas y
participan en el procesamiento de los pre-mRNA.
Tipos de RNA
3. RNA de virus, muchos virus de bacterias, plantas
y mamferos tienen RNA como material gentico.
4. Ribozimas, algunas enzimas tienen RNA como
una parte integral de sus sitios activos. Tambin hay
enzimas que son puro RNA.
TRANSCRIPCION EN
PROCARIONTES
La bacteria E. coli una sola RNA polimerasa es la
responsable de toda la transcripcin que ocurre en
la clula. Tiene las siguientes caractersticas
estructurales y funcionales.
Tiene 6 subunidades funcionales: 2 subunidades
alfa, una subunidad beta, una subunidad beta
prima , la subunidad o factor sigma y una
subunidad omega
Formas de la RNA polimerasa
La enzima ncleo, compuesta de 2 subunidades alfa,
una subunidad beta y una subunidad beta prima. Es capaz
de copiar ambas hebras del DNA pero carece de
especificidad.
La RNA polimerasa holoenzima, es la forma
totalmente funcional de la enzima. Consiste de la enzima
ncleo ms el factor sigma. Tiene especificidad y reconoce
seales especficas de inicio de transcripcin en el DNA
conocidas como regiones promotoras, debido a la
presencia del subunidad o factor sigma que reconoce las
regiones promotoras y que luego de la iniciacin se disocia.
RNA Polimerasa
la sntesis de RNA llevada a cabo por la RNA
polimerasa es semejante a la sntesis del DNA.
sintetiza una hebra de RNA aadiendo unidades de
ribonucletidos al extremo 3' terminal de una
cadena de RNA, construyendo una cadena de RNA
en direccin 5'->3.
Requerimientos de la RNA
polimerasa

Para su actividad la RNA polimerasa requiere:
Un DNA molde
Mg ++ o Mn++
Los cuatro ribonuclesidos trifosfatos (ATP,
GTP,UTP,CTP)

Mecanismo general de la
transcipcion
La RNA polimerasa requiere un DNA de doble
cadena como molde. Sin embargo durante la
transcripcin de un gen en particular, slo una de las
hebras del DNA llamada hebra anti-sentido o hebra
molde (antisense strand) , es copiada a RNA. La hebra
de DNA complementaria a la molde se le llama hebra
con-sentido (sense strand).
Mecanismo II
La direccin de la transcripcin es 5'->3', lo
que significa que la hebra molde es leda en
direccin 3'->5'.
A diferencia de las DNA polimerasas , las
RNA polimerasas no requieren RNA cebadores o
primers.
Durante la transcripcin , la RNA polimerasa
desenrolla parcialmente la doble hlice del DNA.

Mecanismo III
Conforme se mueve a lo largo del DNA
una regin de aproximadamente 17 pares de
bases se mantiene desenrrollada.
Debido a que los nucletidos son
incorporados al RNA teniendo como regla el
apareamiento de bases con la hebra molde del
DNA, se forma un hbrido transitorio DNA-
RNA de 12 pares de bases justo detrs del sitio
de polimerizacin.
Mecanismo IV
Posteriormente , el RNA se libera del molde y las dos
cadenas del DNA se unen.
La RNA polimerasa aade entre 40 - 50
nucletidos por segundo.

PROMOTORES
La sntesis del RNA se inicia en un promotor
PROMOTORES.
Un promotor es una secuencia de DNA a la cual la
RNA polimerasa se une, para posteriormente iniciar la
transcripcin.

Pasos de la Transcripcin
La RNA polimerasa se desliza a travs del DNA
buscando promotores.
Cuando encuentra un promotor migra a la regin -35,
formando lo que se conoce como "complejo cerrado".

Pasos II
Luego el DNA es desenrrollado en
aproximadamente 17 pares de bases formando un
"complejo abierto" que empieza en la regin -10, y
que descubre la hebra molde en el sitio de
iniciacin.
Despus de la iniciacin la subunidad sigma se
disocia de la RNA polimerasa y la enzima ncleo
con el proceso de elongacin de la transcripcin.

Terminacin
1. Terminacin independiente de factor, que
consiste en una secuencia de nucleotidos que
permite la formacin de una region apareada con
forma de alfiler en el mRNA seguida de un tramo
de residuos de uracilo (U).
1. Terminacin dependiente de factor, requiere
de un factor proteico. El sitio de terminacin
llamado rut (el nombre viene de rho utilization) ,
es reconocido por un factor especfico llamado rho.
Transcripcin en eucariontes
Esta compartemenlizada debido a la presencia de la
envoltura nuclear.
El RNA naciente de eucariontes es procesado para
formar el RNA maduro.
RNA Polimerasa II
Es ms compleja que la RNA pol de E. Coli.
Consiste de 10 polipptidos (10 220 kD).
RPB1, RPB2 y RPB3 son esenciales equivalen a las
subunidades beta, beta prima y alfa respectivamente.
RPB4 a la subunidad sigma
RNA Polimerasa II
RPB5, RPB6 y RPB8 son componentes esenciales de
las 3 RNA polimerasas de eucariontes.

RNA pol de Procariontes y Eucariontes. Estructura
conservada de las subunidades grandes
Promotores de Eucariontes
Tienen una caja TATA cerca al sitio de inicio.
Otros elementos adicionales de control estn
localizados entre -40 y 110.
Los promotores fuertes tienen:
- caja CG
- caja CAAT
Promotores: Porcariontes Vs
Eucariontes

Elementos de transcripcin y del promotor para la RNA
polimerasa II
Promotor : secuencia de DNA cuesta arribia del gen
Determina el sitio de inicio (+1) para la transcripcin
Se localiza al lado del sitio de inicio (+1)
Permite la transcripcin basal (bajo nivel)
Elemento de transcripcin (secuencia de DNA que regula el
gen.
Determina la frecuencia o eficiencia de la transcripcin

Elementos de transcripcin y del promotor para la RNA
polimerasa II
Elemento de transcripcin (secuencia de DNA que regula el gen.
Determina la frecuencia o eficiencia de la transcripcin
Ubicado cuesta arriba, cuesta abajo o dentro de los genes.
Puede estar muy cerca o miles de bases aparte del gen.
Incluye:
Intensificadores.- Aumentan la velocidad de transcripcin
Silenciadores: desminuyen la velocidad de transcripcin
Elementos de respuesta (secuencias blanco para moleculas seal.
Los genes pueden tener muchos elementos de transcripcin
Promotores de Eucariontes
Los genes constitutivos tienen tendencia a tener cajas
GC.
Las cajas GC y CAAT son efectivas en las hebras
antisentido.
Elementos de transcripcin y promotores de la RNA
polimerasa II
Complejo de Transcripcin
El ensamblaje de un complejo de trascripcin requiere
de un grupo de protenas llamadas factores de
transcripcin II (TFII):
TFIID un complejo de 700 kD que tiene a la TATA
binding protein (TBP) de 30 kD que se une
directamente a la caja TATA.
Factores asociados a TBP (TAFs) que se unen a la TBP.
Complejo de Transcripcin
La unin del TBP induce una curvatura de 90 grados
en el DNA, quebrando el DNA a ambos lados de la caja
TATA y desenrolla el DNA
TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ se ensamblan
junto con TFIID.
Se requieren factores adicionales para la sntesis de
mRNA en alto nivel

Formacin del Complejo de Iniciacin de la
transcripcin (PIC) en Eucariontes en genes que
codifican para protenas
TFIID se une a la caja TATA
TFIIB se une al complejo TFIID-TATA
El complejo TFIID-TATA ms TFIIB
reclutan a la RNA polimerasa II al
TFIIF, y forman el complejo mnimo de
iniciacin de la transcripcin.
TFIIE and TFIIH se unen y forman el
complejo de iniciacin de la
transcripcin completo (PIC).
El PIC solo permite niveles bajos de
transcripcin.
Los niveles elevados son inducidos por
los factores activadores que se unen a las
secuencias intensificadoras.
La interaccin entre el complejo factor
activador , enhancer y PIC estimulan la
transcripcin.

Unin de los factores
generales de transcripcin
Unin de la RNA polimerasa II
Unin de los fatores de
transcripcin especializados
Formacin de un complejo de
preiniciacin estable
Iniciacin de la transcripcin.
TFIIH fosforila al CTD
Secuencias Intensificadoras
El plegamiento del DNA permite que las protenas
activadoras se unan a secuencias intensificadoras
(secuencias que estn localizadas lejos de los
promotores).
Interactan con TFIID y otras protenas TF y la RNA
polimerasa II
Secuencias Intensificadoras
No tienen actividad promotora.
Pueden estar ubicadas cuesta arriba , cuesta abajo o
dentro del transcrito.
En cualquiera de las 2 hebras del DNA.
Son especficos para cada tejido.


Edicin mediante Splicing
Los intrones son removidos del mRNA en secuencias
que contiene sitios especficos de ruptura y empalme
(splice sites).
La secuencia de consenso para el splice site 5terminal
es AG/GUAAGU , donde AG es la ltima base del
exn.
Edicin mediante Splicing
La secuencia de consenso del sitio 3terminal es
(Py)
n
NCAG/G , n = 10 residuos de U o C.
Despues del splicing la secuencia queda como AG-G

Edicin mediante Splicing
Spliceosomas
El splicing es realizado por los snRNA en los
spliceosomas.
Los spliceososmas consisten de:
snRNPS ( partculas ribonucleoproteicas pequeas del
ncleo). U1,U2,U4,U5,U6.
Los precursores del mRNA.
SPLICEOSOMA: Ensamblaje
ordenado
Edicin mediante Splicing
Spliceosomas
U1 y U2 se unen a los sitios de splice 5y 3
respectivamente.
U4,U5 y U6 ( un complejo pre-ensamblado) se une a
U1 y U2 formando el spliceosoma.
Los snRNA alinean los sitios de splicing.
La hidrlisis del ATP ( por las protenas) promueve la
fusin de los pares de bases antes del splicing.
Edicin mediante Splicing
Spliceosomas
U2 y U6 forman un centro cataltico para remover la
estructura lazo (lariat).
Centro Caraltico del Spliceosoma
Auto-splicing
El RNA puede tener capacidad cataltica de splicing en
ausencia de protenas catalizadoras.
Una guanosina (GTP;GDP o GMP) ataca al RNA en el
sitio de splicing 5
Corta el RNA y une la guanina al extremo 5del intron.
Auto-splicing
El extremo 3 OH generado en el exon ubicado cuesta
arriba, ataca al sitio de splincing 3del intron, uniendo
los 2 exones y liberando el intron.
Requiere la formacin de estructuras terciarias del
RNA generadas por las secuencias de bases del intron y
exon.
Auto-splicing
El splicing es bloqueado por agentes denaturantes
tales como la dimetilformamida.
La unin de G es saturable, lo que implica la presencia
de un sitio de unin especfico en el RNA plegado.
El trmino ribozimas hace referencia al RNA
cataltico.
Auto-splicing
Los estudios de ribozimas revelan la formacin de una
estructura secundaria llamada cabeza de martillo en
los RNA que se auto clivan.
Presenta 3 dobles hlices, llamado brazo 1, 2 y 3, que
rodean una hebra de RNA no apareada. El sitio
cataltico esta en la base del brazo 1.
Ribozima con cabeza de martillo
Tipos de Splicing
Grupo I: una unidad de G ataca el extremo 5del
intron.
Grupo II: Una base de A en el RNA ataca el extremo
5terminal del intron de la misma cadena y el intron es
removido como una estructura lazo.
Grupo III: splicing catalizado por el spliceosoma.
Splicing Alternativo: Distintos mRNA a partir
del mismo pre-mRNA
TRADUCCIN O SNTESIS DE PROTENAS
INTRODUCCIN
La clula necesita miles de protenas diferentes en
un determinado momento.
Las protenas son sintetizadas de acuerdo a las
necesidades de la clula.
Una vez sintetizadas son transportadas a un sitio
apropiado dentro de la clula.
INTRODUCCIN
Son degradadas cuando ya no se necesitan.
En las clulas eucariticas intervienen ms de 300
macromolculas .
Se utiliza casi un 90% de la energa celular para la
sntesis de polipptidos.

INTRODUCCIN
La traduccin es la sntesis de protenas dirigida por
RNA.
Se requiere la participacin de 3 clases de RNA.
El proceso que lleva a la capacidad de formar un enlace
peptdico es muy complejo.

CDIGO GENTICO
Es la relacin que hay entre la secuencia de bases en el
DNA y la secuencia de aminocidos en las protenas.
Fue descifrado en 1961.
El cdigo gentico usa codones o tripletes de
nucletidos, los cuales corresponden a un aminocido.
CARACTERSTICAS DEL CDIGO
GENTICO
Un grupo de 3 bases codifican para un aminocido. Se
le denomina codn.
Tiene 64 tripletes o codones.
61 de los 64 codifican para aminocidos,
UAA, UAG , UGA son seales de terminacin.
CARACTERSTICAS DEL CDIGO
GENTICO
Es degenerado, varios codones pueden codificar
para un mismo aminocido.
No tiene comas, a un triplete le sigue otro.
No se traslapa, es decir, el marco de lectura lo
establece el pirmer tRNA.
Es casi universal para todos los organismos .

RNA de transferencia (tRNA)
Las protenas son sintetizadas de acuerdo al
mensaje gentico en forma de secuencia de
codones a lo largo del mRNA.
El tRNA es el interprete entre las 2 formas de
informacin.
El tRNA alinea los aminocidos apropiados para
formar un nuevo polipptido.
tRNA. Caractersticas
Son especficos para un aminocido en
particular.
Un extremo de la molcula del tRNA se une a
un aminocido especfico.
El otro extremo se une al codn del mRNA
mediante el apareamiento de bases con el
anticodon.
El anticodon es un triplete de nucletidos en el
tRNA que se aparea con un triplete de codones
complementarios (codn) en el mRNA.
Aminoacil tRNA sintetasas
El enlace entre el tRNA y su correspondiente
aminocido debe ocurrir antes que el anticodon se
aparee con el codn complementario del mRNA.
Este proceso de la correcta unin del tRNA con su
aminocido apropiado es catalizado por la aminoacil-
tRNA sintetasa.
RIBOSOMAS
Son las organelas que coordinan el apareamiento de
los anticodones del tRNA con los codones del
mRNA.
Es un componente mayoritario en la clula.
Hay unos 20,000 ribosomas en la clula bacteriana.
Tiene el 10% de la protena bacteriana.
80% de la masa total del RNA celular.
ESTRUCTURA DE LOS RIBOSOMAS
Son partculas ribonucleoproteicas grandes que
contienen ms RNA que protenas y que se disocian en
2 subnidades.
Los ribosomas de eucariontes y de procariontes
difieren en tamao y estructura de las subunidades.
SITIOS FUNCIONALES DEL
RIBOSOMA
1. El sitio de unin del mRNA, es una hendidura
localizada cerca de las interfase de las dos subunidades
El sitio A, por donde ingresan los aminoacil tRNA
trayendo el prximo aminocido a ser aadido y donde
el tRNA se aparea con el correspondiente codon en el
mRNA.
SITIOS
El sitio P, donde se ubica el tRNA que tiene la cadena
polipptidica en crecimiento.
El sitio E o sitio de salida, a donde se mueve el tRNA
deacilado (descargado) despus de transferir el pptido en
crecimiento al tRNA ubicado en el sitio A.
Un tunel para el polipptido en crecimiento, que oculta 40
aminocidos de la protena dentro del ribosoma.
Sitios de unin para los factores de iniciacin, elongacin y
terminacin.
REGLAS BSICAS
Dos reglas bsicas:
1. El mRNA es traducido en direccin 5-- 3.
2. Las protenas son sintetizadas a partir del extremo
N-terminal hacia el extremo C-terminal.
SNTESIS DE PROTENAS ETAPAS
Ocurre en 3 etapas: 1) iniciacin, 2 ) elongacin y 3)
terminacin.
Todas las etapas requieren enzimas y otros factores
proteicos.
La iniciacin y elongacin tambin requieren energa
suministrada por GTP.
INICIACIN
Unin del met-tRNA iniciador colocado sobre el codon
de inicio en el sitio P.
Unin de la subunidad 50S.
COMPONENTES DE LA INICIACIN
1. Las 2 subunidades ribosomales, 30S y 50S.
1 mRNA
3 factores de iniciacin: IF1, IF2(GTP) IF3
Un aminoacil-tRNA especial modificado.
ELONGACIN , PASOS
1) Unin del nuevo aminoacil tRNA al sitio A.
2. Formacin del enlace peptdico
Es mediado por la peptidil transferasa.
ELONGACIN , PASOS
3. Translocacin del ribosoma
El ribosoma se mueva a lo largo del mRNA en
direccin 5 3 moviendo el peptidil tRNA
localizado en el sitio A al sitio P.
Un nuevo codon se ubica en el sitio A.
El tRNA deacilado se mueve al sitio E y es liberado
del ribosoma.


TERMINACIN
Ocurre cuando un codn de terminacin se coloca en el
sitio A del ribosoma.
No hay tRNA que reconozcan los codones de pare.
Estos son reconocidos por los factores de liberacin.
RF1 reconoce los codones UAA y UAG.
RF2 reconoce los codones UAA y UGA.
RF3(GTP), estimula la unin de RF1 y RF2.
Hidrlisis del peptidil tRNA.
Inhibidores de la traduccin en
Procariontes

Eritromicina - inhibe la translocacin de la
subunidad 50S.
cido fusdico - inhibe la translocacin evitando la
disociacin de EF-G-GDP del ribosoma.
Puromicina - un anlogo del aminoacil-tRNA que
causa la terminacin prematura de la cadena.
Estreptomicina Provoca la lectura del ARNm e
inhibe la iniciacin de la cadena.
Tetraciclina - inhibe la unin del aminoacil-tRNA al
sitio A del ribosoma.

Inhibidores de la traduccin en Eucarintes

Cicloheximida - inhibe la peptidil transferasa en la
subunidad 60S.

La toxina diftrica - inactiva eEF-2 por ADP
ribosilacin .

Modificacion Post-traduccional
Qu es?
La adicion de grupos o deleccin de partes para
formar una protena activa
Qu grupos? Cunto? Donde?
Metil
Acetil
Gluco
fosfo
Modificacin de Protenas
Diferentes tipos
Incluyen co-traduccionales y post-traduccionales
Se estima que el proteoma humano consiste de ~
1000,000 protenas diferentes
Modificaciones de las protenas
Splicing alternativo
Disparidad entre el mRNA y los
perfiles de protenas
Variantes de splicing
En las clulas eucariticas, probablemente 6-8
protenas /gen
Modificaciones post-traduccionales
Se observan 22 formas diferentes de antitripsina en el
plasma humano
Iniciativa del Proteoma Humano
Se genera prinicipalmente por splicing alternativo y
modificaciones post- traduccionales
HPI Iniciativa del Proteoma
Humano
Finalidad
Anotar todas las secuencias de protenas humanas
conocidas
Anotacin de todos los polimorfismos humanos
conocidos a nivel de secuencia de protenas
Anotacin de todas las modificaciones post-
traduccionales en la protenas humanas.
Suministrar para cada protena, una riqueza de
informacin que incluye su descripcin, estructura,
localizacin celular, similitud con otras protenas

Modificaciones Post-traduccionales

Plegamiento de la protena
Procesamiento proteoltico
Modificaciones qumicas
Separacin de intenas

Modificacin de Aminocidos
Acetilacin : confiere resistencia a la degradacin,
protege grupos amino (50% de las protenas
eucariticas), se acetilan las cadenas laterales de
las lisinas de las histonas.
Carboxilacin
Fosforilacin
Hidroxilacin
Ej. Procolgeno, el escorbuto, enfermedad
derivada por una insuficiente hidroxilacin del
colgeno, es producido por deficiencia de la
vitamina C
Metilaciln
Incorporacin de metilo al grupo epsilon amino de la
cadena lateral de lisina o bien al grupo carboxilo del
Glu, ej: calmodulina
Glicosilacin
Biosntesis de las Glicoprotenas:
glicosiltransferasas
Modificacin con Lpidos
Acilacin (cidos grasos) aumenta la hidrofobi
cidad y el lpido suministra un punto de anclaje a
la membrana
Prenilacin (terpenos)
La oncoprotena Ras utiliza el farnesilo para anclarse a la
superficie interna de la membrana plasmticas y poder
activar las seales intracelulares que desencadenan el
fenotipo canceroso

MPT Funcin
Fosforilacin Sealizacin, activacin
Acetilacin
Estabilidad, interaccin
DNA-prots
Metilacin Regulacin gnica
Acilacin, modif. por
cidos grasos
Localizacin y
sealizacin celular
Glicosilacin
Protenas excretadas,
reconocimiento y
sealizacin celular
Anclas GPI
Fijacin de enzimas y
receptores a membrana
Puentes S-S Estabilidad de protenas
Ubiquitinacin Seal de destruccin
Sulfatacin
Modulador de
interacciones
Identificacin de las
Modificaciones
Espectrofotometra de Masas, la mas comn
Puede identificar el grupo con gran precisin,
especialmente en combinacin con la digestin de
protenas y anlisis con HPLC
Incorporacin de grupos radiactivos a clulas en
crecimiento
Reaccin cruzada de anticuerpos ej. Anticuerpos
contra fosfoserina