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BIOQUMICA APLICADA

CAPITULO 2

AMINOCIDOS

AMINOCIDOS
En los microorganismos, plantas y animales se
encuentran unos 300 aminocidos.
En la mayora de los seres vivos solamente 20
aminocidos son codicados por el DNA para formar las
protenas (proteinognicos). Adems existen
selenocistena y pirrolisina (arqueobacterias).
Muchas protenas contienen aminocidos modicados y
partes no proteicas (grupos prostticos).

AMINOCIDOS
Cadena
lateral
Carbono-

Grupo amino

Grupo carboxilo

Los aminocidos son estructuras tetradricas

Modelo de bolas

Aminocido
Los aminocidos son los monmeros de las protenas.
En los aminocidos naturales, el grupo amino y el
grupo carboxil se unen al mismo carbono que recibe el
nombre de alfa asimtrico.
Existen unos 20 aminocidos distintos componiendo
las protenas.
Tcnicamente hablando, se les denomina alfaaminocidos, debido a que el grupo amino (NH2) se
encuentra a un tomo de distancia del grupo carboxilo
(COOH).

Aminocidos
Todos Los Aminocidos
que forman parte de las
protenas son
L-aminocidos
La unin qumica entre
aminocidos en las
protenas se produce
mediante un enlace
peptdico

Frmula general

Carbono , es un carbono quiral por lo tanto hay


enantiomeros (isomeros pticos).

L-Alanina

D-Alanina

Alanina

Acido Asprtico

Arginina

Aminocidos estndar.

Hay veinte aminocidos,


denominados
aminocidos
estndar, que
prcticamente
se encuentran
en todas las
protenas.

Aminocidos
estndar.
Los
aminocidos
estndar
difieren unos
de otros en la
estructura de
las cadenas
laterales
enlazadas a
los tomos de
carbono .

Configuracin:
Hay dos tipos L y D
La mayoria de los aminoacidos con actividad biolgica son los del
tipo L (forman parte de las protenas).
Existen algunos casos de AA del tipo D con actividad biolgica, los
cuales se han encontrado en vertebrados superiores, invertebrados y
bacterias.

Figura: Imgenes especulares de la alanina

COMPORTAMIENTO ANFTERO DE LOS AMINOACIDOS


El comportamiento anftero se refiere a que, en disolucin acuosa,
los aminocidos son capaces de ionizarse, dependiendo del pH:
como un cido (cuando el pH es bsico),
como una base (cuando el pH es cido)
o como un cido y una base a la vez (cuando el pH es neutro). En
este ltimo caso adoptan un estado dipolar inico conocido como
zwitterin.
El pH en el cual un aminocido tiende a adoptar una forma dipolar
neutra (igual nmero de cargas positivas que negativas) se
denomina Punto Isoelctrico.
La solubilidad en agua de un aminocido es mnima en su punto
isoelctrico.

Clasificacin de AA

Existen muchas formas de clasificar los aminocidos.


Segn las propiedades de su cadena. (caractersticas qumicas)
Segn su obtencin.

SEGN LA CADENA

Neutros polares, polares o hidrfilos : Serina (Ser,S), Treonina (Thr,T),


Cistena (Cys,C), Asparagina (Asn,N), Glutamina (Gln,Q) y Tirosina
(Tyr,Y).
Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Glicina (Gly,G), Alanina
(Ala,A), Valina (Val,V), Leucina (Leu,L), Isoleucina (Ile,I), Metionina
(Met,M), Prolina (Pro,P), Fenilalanina (Phe,F) y Triptfano (Trp,W).
Con carga negativa, o cidos: cido asprtico (Asp,D) y cido
glutmico (Glu,E).
Con carga positiva, o bsicos: Lisina (Lys,K), Arginina (Arg,R) e
Histidina (His,H).
Aromticos: Fenilalanina (Phe,F), Tirosina (Tyr,Y) y Triptofano (Trp,W)
(ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares).

CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS.


ALIFTICOS

NO POLARES
AROMTICOS
POLARES SIN CARGA
CON GRUPOS CIDOS

aa
POLARES CON CARGA

CON N BSICO

NO POLARES ALIFTICOS
O
H2N

CH

OH

H2N

CH

CH2
CH

H2N

ALANINA Ala

CH3

CH3

LEUCINA
Leu

OH

H2N

CH

CH

CH3

CH

CH

CH3

CH3

OH

VALINA
Val

O
CH

OH

CH3

GLICINA
Gli

H2N

OH

CH2

OH

HN

CH3

ISOLEUCINA
Ile

PROLINA
Pro

NO POLARES AROMTICOS
O
H2N

CH

O
OH

CH2

H2N

CH

O
OH

H2N

CH

CH2

OH

CH2

HN

FENILALANINA
Phe

OH

TIROSINA
Tyr

TRIPTOFANO
Trp

POLARES SIN CARGA


O
H2N

CH

OH

CH2
OH

SERINA
Ser

H2N

CH

CH

OH

CH2

CH3

TREONINA
Tre

SH

O
OH

H2N

CH
CH2

CH2

CH2

CH3

OH

CH

CH2

H2N

CH

O
H2N

METIONINA
Met

OH

CISTENA
Cys
O

OH

H2N

CH

OH

CH2
C

NH2

GLUTAMINA
Gln

NH2

ASPARRAGINA
Asn

Con carga

CIDOS (O CARGADOS BSICOS (O CARGADOS +)


O
H2N

CH C

O
OH

H2N

CH C

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

OH

H2N

CH C
CH2

O
OH

H2N

CH

OH

CH

OH

CH2

CH2
N

H2N

CH2

NH

CH2

NH

NH2

LISINA
Lis

OH
NH

NH2

ARGININA
Arg

HISTIDINA
Hys

ACIDO GLUTMICO
Glu

OH

CIDO ASPRTICO
Asp

Segn su obtencin
A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el
cuerpo para obtenerlos se les llama esenciales.
Para humanos, los aminocidos esenciales son:
1. Valina (Val)
2. Leucina (Leu)
3. Treonina (Thr)
4. Lisina (Lys)
5. Triptfano (Trp)
6. Histidina (His)
7. Fenilalanina (Phe)
8. Isoleucina (Ile)
9. Metionina (Met)
10.Arginina (Arg) (Requerida en nios y tal vez ancianos)

AMINOCIDOS ESENCIALES
Son diferentes en cada especie, en la especie humana
son diez:

Valina
Leucina
Isoleucina
Fenilalanina
Triptfano
Metionina

Treonina
Lisina
Arginina
HisHdina

Apolares

Polar
Bsicos

PROPIEDADES FSICO-QUMICAS
DE LOS AMINOCIDOS

Polaridad.
Acidez, basicidad.
Aromaticidad.
Tamao, exibilidad de conformacin.
Capacidad de formar enlaces cruzados.
Reactividad qumica. Capacidad de unin a
hidrgeno.

Propiedades
cido-bsicas.
Cualquier aminocido puede comportarse como cido y
como base,( sustancias anfteras)
Cuando una molcula presenta carga neta cero est en su
punto isoelctrico.
Se comportan como sustancias tampn.
pticas.
Todos los aminocidos excepto la glicina, tienen el
carbono alfa asimtrico lo que les confiere actividad
ptica.
Qumicas.
Las que afectan al grupo carboxilo (descarboxilacin).
Las que afectan al grupo amino (desaminacin).
Las que afectan al grupo R.

AMINOCIDOS MODIFICADOS
POSTRADUCCIONALMENTE EN PROTENAS
Fosfo-serina

Fosfo-treonina

5-Hidroxi-lisina

Fosfo-tirosina

4-hidroxi-prolina

N-metil-arginina

N-acetil-lisina

N-metil-lisina

AMINOCIDOS QUE NO ESTN EN


PROTENAS

Ornitina
Gamma-aminobutirato
(GABA) NEUROTRANSMISOR

Citrulina

INTERMEDIARIOS
CICLO DE LA UREA

HORMONA
TIROIDEA

DERIVADOS DE AMINOACIDOS

ADRENALINA
MEDIADOR CELULAR

HISTAMINA
MEDIADOR
R. INMUNE

SEROTONINA
NEUROTRANSMISOR

IONIZACIN DE LOS AMINOCIDOS

En medio acido, los aminocidos estn totalmente


protonados y tienen carga positiva (forma catinica).
Solucin casi neutra, los aminocidos existen como iones
dipolares. estos iones tambin se conocen como
zwitteriones.
Para pH altos, los aminocidos se cargan negativamente
(forma aninica) porque los iones hidrxido sacan los H+ de
las molculas.

IONIZACIN DE LOS AMINOCIDOS

IONIZACIN DE LOS AMINOCIDOS


Dependiendo del pH en que se encuentren los aminocidos,
tendrn o no carga positiva o negativa.
A pH siolgico los aminocidos dipolares no tienen carga. La
carga de los aminocidos cidos o bsicos depende del pKa de
la cadena lateral.
La carga neta que tenga un pptido o protena depender del
nmero de cargas positivas y negativas que sus aminocidos
ionizables presenten a un pH determinado.
La existencia de cargas en los aminocidos de una protena
inuye en su capacidad tamponante (amortiguadora de pH) y
en el comportamiento de la protena en su entorno siolgico.

Curvas de titulacin
Para un
aminocido mono
amnico y mono
carboxilo

PI = (pK1 + 2)/2

Curva de valoracin de la glicina


El pH controla la carga de la
glicina: catinica por debajo
de pH = 2.3; aninica por
encima de pH = 9.6 y
zwitterinica entre pH = 2.3
y 9.6. El pH isoelctrico es
6.0.
El punto isoelctrico es el
pH al que el aminocido se
encuentra en equilibrio
entre las dos formas, como
el zwitterin dipolar con
una carga neta de cero.

Ejemplo, la valina:
a pH 1: carboxilo como -COOH y amino como
-NH3+. El aminocido tiene carga positiva neta.
A pH 7, el carboxilo se disocia (-COO-) y el amino
sigue protonado (-NH3+); (zwitterion).
A pH 13, el carboxilo sigue disociado (-COO-) y el
amino pierde el protn ( -NH2); el aminocido
queda con una carga
negativa.

pKa
Es una forma simplificada de observar la constante de
equilibrio K
La ecuacin de Henderson-Hasselbach rige la disociacin de
cualquier cido o base dbil a un pH determinado.
La ecuacin implica el uso de las concentraciones de
equilibrio del cido y su base conjugada. Para el clculo del
pH en soluciones buffer.

Donde,

HA

H +A
+

Ka = [ H+][A-]
[HA]

pH = -log [ H+]

Punto isoelectrico
pH en el cual un aminocido tiende a adoptar una forma
dipolar neutra.
La solubilidad en agua de un aminocido es mnima
en su punto isoelctrico.

PROPIEDADES QUMICAS
Formacin de enlaces PEPTDICOS:

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LOS AMINOCIDOS SE PUEDEN UNIR


POR ENLACES PEPTDICOS
Dos aminocidos

Eliminacin de una
molcula de agua

Enlace peptidico

... Formacin del


enlace CO-NH
Extremo amino

Extremo carboxilo

PROPIEDADES QUIMICAS

a) Reacciones del grupo amino.


b) Reacciones del grupo carboxilo.
c) Reacciones del grupo R

a) Reacciones del grupo amino


La ninhidrina reacciona con el grupo amino, lo oxida y libera
amonio el cual se condensa con la ninhidrina reducida, y con
otra molcula de ninhidrina libre, para producir un producto
prpura.

Reaccin de la ninhidrina
Es una de la reacciones ms importantes, la cual se ha
utilizado durante muchos aos para detectar y
cuantificar a.a. en cantidades del orden del microgramo.
La ninhidrina descarboxila por oxidacin los -a.a. a CO2
y un aldehdo, formndose un complejo de color azulprpura (l : 570 nm).
Los a.a. como la, prolina e hidroxiprolina, producen un
color amarillo con ninhidrina.

Otras reacciones
Prolina e hidroxiprolina, producen color amarillo con
ninhidrina.
REACCION CON DINITROFLUOROBENCENO.
Principal aplicacin: determinacin del residuo N-terminal
de cadenas peptidicas.
El complejo formado es el dinitrofenil (DNP) de color
amarillo.
REACCION CON FENILISOTIOCIANATO.
Reaccin de Edman. Con cloruro de dansilo.
Aplicacin principal: determinar la secuencia de cadenas
peptdicas desde el extremo N-terminal.

b) Reacciones del grupo COOCon bromohidruro de litio.


REACCIONES DEL GRUPO R.
Reacciones especficas:
Reaccin de Millon.(mercurio en acido ntrico fumante)
Tirosina- rosado
Reaccin de Sullivan.(cianuro sdico al 5%). Cisteina- rojo
Reaccin de Folin.(1,2-naftoquinon-4-sulfonato sdico al
0,2%, hidrxido sdico al 10%). Metionina. rojo

Estereoismerismo de aminoacidos
Ismeros: dos o mas compuestos que tienen el
mismo numero, clase de tomos y PM.
Isomera estructural.
Estereoisomera.
Ismeros geomtricos. Cis- trans.
Enantiomeros. Ismeros pticos. L. D

Enantiomeros

Los aminocidos que tienen un centro asimtrico en el carbono alfa


pueden existir en dos formas, (D y L), las cuales son imgenes al
espejo una de la otra.
Las dos formas enantimeras tienen las mismas propiedades fsicas
excepto la interaccin con la luz polarizada en un plano: un ismero
desva el plano de polarizacin hacia la derecha, mientras el otro
ismero lo desva en la direccin contraria.
La mezcla en cantidades equimolares de cada enantimero en una
solucin se denomina mezcla racmica y es pticamente inactiva.
Las dos formas en cada par son denominadas estereoismeros,
ismeros pticos o enantimeros.
Todos los aminocidos que se encuentran en las protenas son de
configuracin L. No obstante los aminocidos de configuracin D son
encontrados en algunos antibiticos y en paredes de clulas
bacterianas.

PROPIEDADES OPTICAS
Cromforo: Molcula capaz de absorber luz a cierta longitud de onda

Los aromticos absorben a 280 nm


Los dems a 220 nm

SEPARACION DE AMINOACIDOS
Los a.a. son liberados de las protenas mediante una
hidrlisis. Un hidrolizado proteico, obtenido por coccin
con HCl 6N, presenta una mezcla de a.a.
Tcnica de Cromatografa:
En todas las separaciones cromatogrficas, las molculas
son separadas dentro de una fase estacionaria y una
mvil.
Dependiendo del tipo de fase estacionaria podemos
distinguir: cromatografa en papel, cromatografa en
capa fina, o cromatografa en columna, en gases,
HPLC, etc.
La separacin depende de la tendencia relativa de las
molculas en la mezcla de asociarse con ms fuerza a una
o a otra fase.

Cromatografa en papel
Las muestras se aplican en un punto marcado aprox. A 5
cm del extremo de una tira de papel filtro, y sta se
suspende en un recipiente sellado que contiene el
solvente cromatogrfico (para a.a. son mezclas de agua,
alcoholes y cidos o bases, constituyendo la fase mvil).
La fase movil asciende por capilaridad. Cuando ha
avanzado hasta el otro extremo, la tira se seca y se trata
para permitir la visualizacin de las molculas de inters
(ej.: para a.a. se trata con ninhidrina al 0.5% en acetona,
seguida de calentamiento de 90-100 C durante unos
minutos).

Cromatografa en papel
La relacin entre la
distancia recorrida por un
a.a. con la distancia que
viaja el solvente, medidas
ambas desde el sitio
marcado para la aplicacin
de la mezcla de a.a., se
asigna como valor Rf
(movilidad relativa con el
sustrato) de ese a.a.
La movilidad puede
expresarse en relacin a la
de un estandar

Rf:

La relacin entre las distancias recorridas por el compuesto dado y el


frente de la fase mvil, desde el origen del cromatograma se conoce
como Rf (rate factor), y tiene un valor constante para cada sustancia
en unas condiciones cromatogrficas dadas (temperatura,
composicin de fase mvil, tamao de la cubeta...etc). El clculo del
Rf se realiza segn:

Fundamento

Los a.a. con grandes cadenas laterales no polares (Leu, Ileu, Fen, Trip, Val,
Met, Tir) migran ms que que aquellos con cadenas laterales mas cortas no
polares (Pro, Ala, Gli) o con cadenas laterales polares (Thr, Glu, Ser, Arg, Asp,
His, Lis, Cis).
Esto refleja la mayor solubilidad relativa de las molculas polares en la fase
estacionaria hidroflica, y de las molculas no polares en solventes orgnicos.

Cromatografa en capa fina

Es muy similar a la cromatografa en papel,


pero se utiliza como fase estacionaria
unos soportes adsorbentes como celulosa
pulverizada o gel de slica, incorporados
en capa fina sobre una placa de vidrio.

Cromatografa en capa fina

Cromatografa de intercambio inico


La columna cromatogrfica consiste en un tubo largo
relleno de partculas de una resina sinttica, que contiene
grupos cargados fijos; las que contienen grupos aninicos
se denominan resinas de intercambio catinico (ej.: resina
con grupos SO3-) y las que contienen grupos catinicos,
resinas de intercambio aninico.
La afinidad de cada a.a. por la resina est afectada por el
pH (que determinar el estado de ionizacin de la
molcula) y la concentracin de iones salinos, que pueda
competir con la resina por asociacin con el a.a.
Se puede, por lo tanto, conseguir la separacin ptima de
los a.a. mediante un cambio gradual del pH o de la
concentracin salina de la solucin que se pase a travs
de la columna, de manera que se cree un gradiente de pH
o de sal.
Una mejora moderna de sta y otras tcnicas
cromatogrficas se denomina cromatografa lquida de alta
resolucin (HPLC).

Fundamento de Electroforesis
Cuando una mezcla de molculas
ionizadas y con carga neta son
colocadas en un campo elctrico,
estas experimentan una fuerza de
atraccin hacia el polo que posee carga
opuesta, dejando transcurrir cierto
tiempo las molculas cargadas
positivamente se desplazaran hacia el
ctodo (el polo negativo) y aquellas
cargadas positivamente se desplazaran
hacia el nodo (el polo positivo).

Separacin electrofortica.
Representacin
simplificada de la
separacin
electrofortica de la
alanina, lisina y cido
asprtico a pH = 6.
La lisina catinica es
atrada hacia el
ctodo, el cido
asprtico aninico es
atrado hacia el
nodo y la alanina se
encuentra en su
punto isoelctrico,
por lo que no se
mueve

Electroforesis vertical

Determinacin de la composicin de los aminocidos.


En el analizador de
aminocidos, el
hidrolizado pasa a travs
de una columna de
intercambio inico. La
solucin que emerge de la
columna se trata con
ninhidrina y su
absorbancia se registra en
funcin del tiempo. Cada
aminocido se identifica
por el tiempo de retencin
necesario para pasar a
travs de la columna.