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Présentation du PFE

:
“Documentation et extension
d'une librairie de traitement
d'images médicales 3D et 4D”
María Cristina GIMENEZ
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Présentation du PFE:
“Documentation et extension d'une librairie de
traitement d'images médicales 3D et 4D”

Mon projet:
Mise en place d’une Politique de Qualité :
- Analyse et documentation de l’existant
- Amélioration de l’existant
tout en applicant cette Politique de Qualité
afin d’optimiser le travail développé

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7. Introduction Présentation de l’entreprise Objectifs généraux du stage Phases de la Gestion du Projet La Gestion Qualité La Gestion du Temps Conclusions 3 . 5. 2. 4. 3. 6.Sommaire 1.

sept 2006) • • – – Encadrants: INSA: Vasile Marian SCUTURICI CLB: David SARRUT et Simon RIT 4 .Introduction Lieu: Service de Radiothérapie du Centre Léon Bérard • Durée: 4 mois (mai .

• et l'enseignement. • la recherche. d'intérêt public 3 missions: • les soins. Le Centre Léon Bérard     Spécialisé dans la cancérologie Centre régional Privé.Présentation de l’entreprise(1) 1. 5 .

Présentation de l’entreprise (2) 2. Le Service de Radiothérapie    Qu’est-ce que la Radiothérapie? Équipe pluridisciplinaire de recherche: • Physiciens • Médecins • Informaticiens Mission 6 .

Analyse de l'existant 2. Amélioration de l’existant 7 . Documentation orientée utilisateur et développeur 3.Objectifs généraux du stage Mise en place d'une Politique de Qualité: 1.

Choix de solutions  Pour le partage des fichiers source  Pour la documentation  Pour l'évolution de la librairie ILR 8 . Étude de l'existant:  Architecture technique  Outils de visualisation des images  La librairie de traitement d'images ILR  Le partage des fichiers source  La documentation 2.La Gestion du Projet Phases: 1. Analyse de besoins  Le partage des fichiers source  La documentation  La librairie ILR 3.

Étude de l'existant (1/5) Architecture technique • • • • • 8 postes Architecture X86 Système d’exploitation Suse Logiciels libres Système de fichiers NFS 9 .

float   Image: matrice 10 . 4D (3D+temps)…. . (unsigned) char.ppm.Étude de l'existant (2/5) L'outil de visualisation des images: ViewVox   Développé au sein du CLB Visualisation des formats . 3D. .. double.pgm Quelques notions sur les images numériques: Dimension: 2D.vox. nD  Type de pixel: (unsigned) int.

const bool allocate).). const int z. 11 . template<typename GridType> void gridMax(const GridType & input1. Grid(const int x. const int y. const GridType & input2.Grid<PixelType> hérite de GridBase Dimension établie selon le constructeur: Grid(const int x. purement virtuelle . const bool allocate). GridType & output).Étude de l'existant (3/5) La librairie ILR   2 classes principales: .  Plusieurs fonctions pour les mêmes algorithmes: template<typename GridType> void gridMax(const GridType & input1.GridBase. GridType & output). const int y. const double & val.

Étude de l'existant (4/5) Le partage des fichiers source  CVS installé sur la machine de Simon (CVS: Concurrent Versions System)  Non accessible depuis l’extérieur  Seulement utilisé par Simon et David 12 .

insa-lyon.Étude de l'existant (5/5) La documentation  Presque inexistente au début du stage  http://www.fr/~dsarrut/ilr/ 13 .creatis.

Le partage des fichiers  Accès sécurisé  Accessible depuis l’extérieur  Outil utilisé par tous 2. La documentation  Disponible en ligne  Syntaxe facile  Partie “privée” et “publique” 3. La librairie ILR  Généricité 14 .Analyse de besoins 1.

Choix de solutions (1/8) Le partage des fichiers: CVS  Existant: celui installé sur la machine de Simon  Nouveau: celui de CREATIS  Accessible depuis l’extérieur du CLB  Accès sécurisé grâce à une clé cryptée  Manuel d’utilisation intégré dans la documentation  Faisant partie des outils de développement courants pour tous les développeurs du Service de Radiothérapie 15 .

insa-lyon.creatis.Choix de solutions (2/8) La documentation: le Wiki http://www.fr/rio  Avantages  Sécurité  Contenu  MAJ continue 16 .

vox -o titi.e: .-1 --iso_spacing 1 -v b) Une autre librairie:     ITK Traitement d’images avec C++ (comme ILR) Beaucoup plus large qu’ILR Open-source software système.Choix de solutions (3/8) L'évolution d'ILR: CLITK a) Command Line: (pareil que dans ILR) . large doc Possibilité de lire de nouveaux formats de fichier (i.vox --size 128.-1.vox !) 17 ./clitkImageResample -i toto.

Dimension >  PixelType. reader->SetFileName( filename ). 18 . Filtres typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType. Dimension> typedef unsigned char const unsigned int typedef itk::Image< PixelType. ImageType::Pointer image = reader->GetOutput().Choix de solutions (4/8) L'évolution d'ILR: CLITK Quelques aspects importants d’ITK:  Image<PixelType. ImageType. ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New(). reader->Update(). const char * filename = argv[1]. Dimension = 3.

ITK et CLITK: ILR ITK CLITK Grid<PT>  Image<PT.Dim>  3D ok. 2D avec bugs  Toutes les dimensions  Toutes les dimensions  Fonctions  Filtres  Filtres  .vox.vox rajoutable!)  Tous (.pgm. .ppm  Tous (.Choix de solutions (5/8) L'évolution d'ILR: CLITK Comparative entre ILR. .Dim>  GenericImage <PT.vox inclus!)  Ligne de commandes  Rien  Ligne de commandes  19 .

Choix de solutions (6/8) L'évolution d'ILR: CLITK D’autres caractéristiques de CLITK:     Côté utilisateur: Images génériques (pixel type et dimension inconnus) À l’intérieur: Images non-géneriques et librairies d’ITK Mêmes outils que dans ILR mais plus de fonctionnalités Structure assez standardisée (développement rapide et facile à reprendre pour le reste des développeurs) 20 .

Choix de solutions (7/8) L'évolution d'ILR: CLITK Structure des fichiers d’un outil de CLITK: 21 .

Choix de solutions (8/8) L'évolution d'ILR: CLITK Phases du développement de CLITK: David (tuteur du PFE): • Lecture des fichiers . cliktImageResample et clitkImageArithm) 22 .vox Moi • • • • Algorithmes non génériques de CLITK Class pour gérer les images génériques Reader et Writer pour lire/écrire des images génériques Filtres génériques (en particulier.

La Gestion Qualité (I) 4 axes: 1.    Le Code: Standard de code (intégré dans la doc) Partage des fichiers: CVS Plan de tests La Documentation: Pour le code : faite par le développeur Sur le Wiki : même structure ILR et CLITK Pour les comptes rendus 23 .    2.

  4.   La Sécurité Code (CVS) Wiki (gestion des permissions faite par l’admin) La Gestion du Temps Respect des délais Planning Prévisionnel VS Planning Réel 24 .La Gestion Qualité (II) 3.

Soutenance 25 . générateur de code. algorithms génériques. algorithms génériques. Doc partie CLITK Nb de jours  Tâche(s) 5  CLITK. générateur de code. premiers algorithms. renseignement ILR 4  Installation ILR. Doc partie IRL 4  Doc partie IRL 3  Doc partie IRL Nb de jours  Tâche(s) 2  Renseignement ITK 4  Renseignement ITK 5  CLITK. Doc partie CLITK 5  CLITK. Doc partie CLITK 5 CLITK. algorithms génériques. Doc partie CLITK 5  CLITK. générateur de code. Doc partie CLITK 4  CLITK. premiers algorithms. renseignement ILR 5  Renseignment Wiki. algorithms génériques. Doc partie CLITK Nb de jours  Tâche(s) 5  CLITK. Doc partie CLITK 5 Doc soutenance PFE 4 Doc soutenance PFE Nb de jours  Tâche(s) 1  Révision de la présentation. Doc partie CLITK 1 CLITK. Doc partie CLITK 4  CLITK. premiers algorithms. algorithms génériques. Doc partie CLITK 4 CLITK. 2  Révision de la présentation.La Gestion du Temps Le planning prévisionnel VS le plannig réel: MAI  Semaine 1  Semaine 2  Semaine 3  Semaine 4  Semaine 5  JUIN  Semaine 1  Semaine 2  Semaine 3  Semaine 4  Semaine 5  JUILLET  Semaine 1  Semaine 2  Semaine 3  Semaine 4  Semaine 5  AOÛT  Semaine 1  Semaine 2  Semaine 3  Semaine 4  Semaine 5  SEPTEMBRE  Semaine 1  Semaine 2                             Nb de jours  Tâche(s) 3  Installation ILR. Doc partie CLITK 5 CLITK.

.. ILR. Intérêt du projet Côté CLB (Wiki.   3.) Axes d’amélioration Générateur de code Gestion du Temps Remerciements 26 .Conclusions 1.) Mon côté (1er stage. CNRS.   2. CLITK.

Questions … 27 .