You are on page 1of 41

STRUKTUR DAN FUNGSI

P R O T E I N
 Protein merupakan biomolekul
dengan struktur kompleks yang
terkait dengan fungsinya yang
bermacam-macam.
 Struktur dan fungsi protein
sangat ditentukan oleh urutan
asam amino penyusunnya
 Empat macam tingkatan
struktur protein dari yang
sederhana ke yang kompleks:
- Primer
- Sekunder
- Tersier
- Kuartener
10/08/16

Struktur suatu domain kecil protein yang digambarkan
berdasarkan pengisian ruang (space-filling) dari atom
Penyusunnya.

Rarastoeti P/F Biologi/UG
M

1

 Struktur primer protein hanya dibentuk oleh ikatan peptida, sedang struktur
sekunder, tersier dan kuaterner ditentukan ikatan peptida dan ikatan nonkovalen
lainnya (ikatan: hidrogen, ionik, hidrofobik dan ikatan van der Walls)

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG
M

2

 Rangka utama dari struktur protein adalah rantai polipeptida yang tersusun
dari asam amino-asam amino melalui ikatan peptida dan selalu memiliki dua
ujung yang mengandung gugus amino (ujung N) dan gugus karboksil (ujung C).
Aturan penulisan urutan asam amino adalah mulai dari ujung N ke ujung C
dan dibaca dari kiri ke kanan.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG
M

3

 Skema dari rangka polipeptida yang tersusun dari asam amino yang berbeda
rantai sampingnya sehingga akan berbeda pula karakter kimiawi maupun fisik
dari asam amino tersebut.

10/08/16

Rarastoeti P/F Biologi/UG
M

4

Penulisan urutan asam amino dengan simbol karakter alfabet akan mempermudah penulisan/pembacaan daru suatu polipeptida protein. Dua puluh macam asam amino standar yang ditentukan oleh kode genetik dapat dibedakan dari rantai samping asam aminonya dan dikelompokkan berdasarkan sifat fisiknya. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 5 .

Gugus samping/R (hijau) mampu berikatan secara non kovalen sesuai dengan karakter fisik yang dimiliki oleh sam amino penyusunnya. Ikatan peptida ada dalam bidang datar (arsir abu-abu) yang tidak memungkinkan adanya rotasi. Rotasi hanya terjadi pada ikatan antara C-C dengan sudut rotasi psi (Ψ) dan N-C dengan sudut rotasi phi (Φ). 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 6 . Tiap asam amino menyumbangkan tiga ikatan (merah) pada rangka dari rangkaian polipeptida.

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 7 . hidrogen dan van der Waals)yang dapat mempengaruhi struktur melipat dari protein. Tiga tipe ikatan non kovalen (ikatan ionik.

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 8 . Gambaran dari suatu rangkaian polipeptida yang dapat terlipat-lipat membentuk struktur konformasi protein yang kompak apabila berada dalam lingkungan air.

 Ikatan hidrogen dalam suatu protein (sebagai contoh enzim lisosim) yang dibentuk oleh tiga kemungkinan pasangan (merah. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 9 . biru dan kuning) antar atom atau gugus yang berbeda.

Urea 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 10 . Apabila urea dihilangkan maka struktur sekunder dan tersier tersebut akan kembali seperti semula. Struktur sekunder dan tersier protein dapat membuka (denaturasi) apabila diberi urea dengan konsentrasi tinggi.

Rangkaian polipeptida memutar mengeliling satu sumbu (aksis) 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 11 . Protein dengan konformasi umum dalam bentuk -heliks.

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 12 . Konfirmasi umum lainnya dari protein adalah -sheet yang membentuk struktur lembaran.

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 13 .Empat cara yang berbeda dalam menggambarkan struktur domain suatu protein.

sedang arah yang sama disebut -sheet paralel. Kedua struktur tsb umum dijumpai pada protein. Dua macam struktur -sheet protein yang memiliki arah berbeda disebut -sheet antiparalel. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 14 .

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 15 .Struktur protein -heliks dapat membentuk struktur uliran yang saling mengulir (coiled-coil). Asam amino yang ada pada posisi a (merah) terdiri dari asam amino yang bersifat hidrofobik dan bagian tsb akan saling menarik protein -heliks lainnya pada posisi a.

Sebagai contoh protein Src yang berperan dalam rantai signaling pada sel hewan. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 16 . Protein dengan struktur kuartener yang terbentuk dari empat macam domain protein.

(B) Bagian domain dari enzim dehidrogenase laktat pada bagian yang mengikat NAD (gabungan -heliks dan sheet). dan (C) bagian domain variabel dari antibodi pada daerah pengikat antigen (didominasi -sheet). Model pita struktur protein (A) sitokrom b562 yang didominasi struktur heliks. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 17 .

Kedua jenis protein ini dimasukkan dalam satu keluarga (famili) protease serin. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 18 . Dua jenis enzim protease serin (elastase dan kimotripsin) yang memiliki asam amino yang sama pada daerah hijau dan mempunyai sisikatalitik pada bagian rantai samping asam amino serin. Kedua enzim ini menunjukkan kemiripan yang tinggi dan berfungsi sebagai protease.

 Struktur tiga demensi dari enam jenis modul protein. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 19 . sedang struktur -sheet ditunjukkan dengan anak panah. Ujung merah merupakan ujung N dan C.

 Pemanjangan dari struktur 4 tipe protein fibronektin (modul-3) dalam bentuk ribbon (pita) dan model spice-filling (A dan B). (C) 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 20 .  Dua protein subunit yang identik yang membentuk protein dimer (C).

 dan  (B).  Protein hemoglobin yang tersusun dari dua rangkaian simetris dari dua subunit yang berbeda. Struktur protein neuramidase (A) yang tersusun dari empat subunit yang identik (tetramer). 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 21 .

 Kumpulan dari berbagai jenis struktur protein dalam skala yang sama 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 22 .

Bentuk ikatan ini antara lain dijumpi pada ikatan antara antigen dengan antibodi.Dua senyawa makromolekul dapat berikatan secara erat antara satu dengan lainnya melalui ikatan nonkovalen. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 23 .

(1) (2) 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 24 . Pembentukan berbagai rangkaian (assembling) protein dari subunit penyusunnya (1).  Benang aktin merupakan protein yang tersusun dari subunit-subunit yang tersusun linear (2).

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 25 . Struktur dari protein kolagen (A) dan elastin (B) yang mampu kontraksi dan relaksasi.

 Dari satu subunit protein mampu diperbanyak menjadi multi subunit protein yang saling kontak (A).  Contoh hasil assembling protein kapsul virus dari subunit-subunit Penyusunnya (B). (A) (B) 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 26 .

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 27 . Penyusunan protein kapsul virus dalam menyelubungi materi genetiknya.

 Penyusunan subunit protein kapsul virus batang dengan materi genetik yang berada pada bagian dalam. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 28 .

(A) (B) 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 29 .(A) Pemutusan rangkaian dari bagian protein inaktif (proinsulin) pada saat Pembentukan protein aktif (insulin). (B) Pengikatan suatu ligan tertentu oleh Protein pengikatnya.

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 30 . Sisi pengikatan/aktif suatu protein ditentukan oleh beberapa asam amino tertentu dan struktur konformasi protein secara keseluruhan.

 Struktur protein antibodi (immunoglobulin) yang tersusun dari beberapa domain. ada domain yang bervariasi susunan asam aminonya (bagian pengikatan antigen) dan yang bersifat konstan (domain konstan) 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 31 .

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 32 . Polipeptida akan diproses dalam retikulum endoplasma (kepala anak panah) untuk memberikan konformasi protein sesuai dengan fungsinya.RIBOSOM  Ribosom (anak panah) merupakan organel yang berperan penting dalam sintesis protein yakni tempat menyusun rangkaian asam amino dengan membentuk ikatan peptida sehingga terbentuk polipeptida.

Ribosom merupakan nukleoprotein karena tersusun dari protein dan asam nukleat (RNA). Ribosom pada prokariotik dan eukariotik disusun dari dua subunit. Setelah menjadi subunit ribosom dikeluarkan kembali ke sitoplasma. sedang sintesis protein ribosom terjadi di sitoplasma. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 33 . Subunit ribosom diassembing pada nukleolus. yang berbeda ukuran subunitnya. kecil dan besar. setelah selesai disintesis baru masuk ke nukleus untuk bergabung dengan rRNA.

 Struktur komplek ribosom dilihat dari berbagai sisi. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 34 .

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 35 . Assembling dari subunit protein ribosom dan rRNA.

Proses ini disebut terminasi. Pemberhentian sintesis polipeptida diakhiri dengan kodon stop (UAG) yang menempatkan protein faktor pelepas (RF) pada sisi A dan menyebabkan subunit ribosom terpisah. selanjutnya digabungkan dengan asam amino dari tRNA pada sisi A melalui ikatan peptida. rRNA dan tRNA. Sintesis protein dalam ribosom melibatkan mRNA. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 36 . tRNA yang membawa asam amino menempati sisi P.

 Poliribosom pada eukariotik yang sedang mensintesis protein dari suatu mRNA. Hasilnya adalah protein yang sama. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 37 .

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 38 . Sintesis polipeptida yang dilanjutkan dengan pemrosesan struktur protein.

10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 39 . Rangkaian pemrosesan struktur protein dari yang pembentukannya tepat (A). tidak sesuai (B) dan perombakan protein yang salah bentuk (C).

untuk membentuk pelipatan yang tepat. antara lain heat shock protein (hsp70). Pembentukan konformasi protein ada yang menggunakan bantuan protein chaperon. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 40 .

 Perbaikan pelipatan dari konformasi protein yang masih salah dapat dilakukan oleh protein chaperon hsp60. 10/08/16 Rarastoeti P/F Biologi/UG M 41 .