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Curso: Biologa Celular y Molecular

Oscar Nolasco Crdenas MSc.


oscarnol@hotmail.com
Octubre 2013
1954 Severo Ochoa
ARN -historia
descubri la
polinucletido
fosforilasa, capaz de
sintetizar in vitro RNA a
partir de
ribonucleotidotrifosfatos:
RNA polimerasa.

Ese mismo ao George


Gamow funda el RNA
tie clubSe reunan 2
veces al ao para
discutir sobre la
estructura del RNA y
como esta contribuye a
la formacin de
protenas
1955 F Crick propuso su Reunin del RNA tie club, Cambridge,
"Adapter Hypothesis Inglaterra. Francis Crick (fondo, izquierda), Leslie
referida a la falta de una Orgel (fondo, derecha), Alexander Rich (frente,
izquierda), y James Watson (frente,
molcula que porte el derecha).1955
aminocido
ARN -historia
Marshall Nirenberg y Heinrich Matthaei.

1961 Marshall Nirenberg inicia sus Severo Ochoa


trabajos para descifrar el cdigo
genetico (1961-1962 The coding
race: entre el laboratorio de
Ochoa y Nirenberg, el primero
desisti al ver que tan avanzado
estaban los trabajos de Nirenberg)
1965 Robert Holley descubre el
ARNt la molcula faltante de Crick
1968 Francis Crick y Leslie Orgel
propusieron al ARN como la
primera molcula informativa
1986 Thomas Cech y Sidney
Altman descubrieron el ARN
catalitico (self-splicing) primera
evidencia slida de primera
molcula informativa
1993 el laboratorio de Harry
Noller evidencio la participacin
del ARNr en la sntesis de
protenas A Esquema de la estructura cristalogrfica de una
ribozima martillo
B Modelo en cinta de ribozima martillo
ARN tipos:
Principales ARN involucrados en los procesos de transcripcin y
traduccin:
-ARNm
-ARNt
-ARNr
-Otros ARN en eucariotes ARNsn (ARN pequeo nuclear, ARN
de edicin), ARNsc (ARN pequeo citoplasmatico, micro ARN)

ARNs en E. coli

Tipo Sed. Coef. Mol. Wt. Residuos % del total ARN

mRNA 6 - 25 25,000 - 1,000,000 75 -3000 ~2


tRNA ~4 23,000 - 30,000 73 - 94 16
rRNA 5 35,000 120
16 550,000 1,542 82
23 1,100,000 2,904
rRNA es el principal
componente de los
ribosomas
mRNA procariote

mRNA eucariote
tRNA
tRNA estructura primaria
Secuencia lineal de 60 a 95
nucletidos de longitud
( Comnmente 76).
tRNA estructura secundaria
La estructura de hoja de trbol
muestra los brazos y los bucles
o loops.
tRNA estructura terciaria
Nueve enlaces de hidrogeno
entre las bases en los bucles de
simple cadena y el plegamiento
Caracteristicas del tRNA de la estructura secundaria en
una estructura en forma de L
1. Brazo o tallo aceptor 7-bp apareadas del 5'-terminal
con el anticodon y el brazo con 3'-terminal. Puede contener
aceptor del aminocido en los
apareamientos no tipo Watson-Crick.
extremos opuestos de la
2. CCA cola Secuencia 3' terminal. En procariotes el CCA es transcrita, y en eucariotes
molcula.
CCA es adicionada post transcripcional.
3. El brazo D tallo de 4 bp que termina en un bucle o loop que contiene dihidrouridina.
4. El Brazo del anticodon tallo de 5 bp apareadas y contiene el loop del anticodon.
5. El Brazo TC tallo de 5 bp apareadas que contiene la secuencia TC donde es una
pseudouridina.
6. Un brazo variable, tRNAs de clase 1 contiene 3 a 5 bases y tRNA de clase 2 contiene
13 a 21 bases formando un tallo de 5 bases apareadas
7. Las bases que han sido modificadas por metilacin se encuentran fuera del anticodon.
Aminoacil-tRNA sintetasas
Catalizan la unin aminocido - tRNA.
Nomenclatura de tRNA-sintetasas and charged tRNAs
Aminoacido: serine
tRNA : tRNAser
aminoacyl-tRNA sintetasa: seryl-tRNA sintetasa
Aminoacyl-tRNA: seryl-tRNAser
Tipos de tRNA-sintetasas
Existen dos tipos de Aminoacil tRNA sintetasas clasificadas en la forma inicial de
la unin del aminoacido a la adenina del CCA terminal del tRNA:
CLASE I. Aminoacila inicialmente el 2 OH de la adenina, luego por una
transesterificacion esta unin se traslada al 3 OH. Comprende las sintetasas para
los tRNA de los aminoacidos: Leu,Ile,Val,Cys,Met,Glu,Gln,Arg,Tyr,Trp.
CLASE II. Aminoacila el 3 OH de la adenina. Comprende las sintetasas para los
tRNA de los aminoacidos: His,Pro,Ser,Thr,Asp,Asn,Lys,Gly,Ala,Phe
La aminoacil tRNA
Etapa de activacin
sintetasa une una
adenosina monofosfato
AMP, al grupo COOH para
crear un aminoacil
adenilato intermediario.
Etapa de
transferencia Luego el apropiado tRNA
desplaza el AMP.

La aminoacil tRNA
sintetasa puede realizar el
proceso de relectura o
proofreading valiendose
de los determinantes de
identidad del tRNA
Transcripcin
La informacin gentica almacenada en el DNA es
transcrita a una copia de RNA complementario.
La hebra de ADN que ha servido como molde se
denomina hebra antisentido y la otra hebra de ADN es
denominada hebra codante o con sentido y la secuencia
es idntica a la del RNA sintetizado ( Excepto en las
posicin de T que son cambiadas por U)

(5')ATGCGCTATAGCTGTTT(3') Hebra de DNA no molde (+)


Doble
hebra de
codante
DNA
(3')TACGCGATATCGACAAA(5') Hebra de DNA molde (-)
antisentido

(5')AUGCGCUAUAGCUGUUU(3') Transcrito de RNA


Localizacin de transcritos

Genoma de adenovirus, ambas hebras contienen codificacin de


protenas. Muchos de los mensajeros se sintetizan inicialmente en
forma de un transcrito largo que proviene de dos tercios de la
longitud del DNA. Este transcrito es modificado posteriormente.
Transcripcin
El producto transcripto puede ser :
RNA mensajero o mRNA;
RNA ribosomal o rRNA;
RNA de transferencia o tRNA; u
Otros RNA como ribozimas (act. Enzimatica),RNA de interferencia o
iRNA (actividades de regulacin de la expresin gentica), o participar
en actividades postranscripcionales de edicin de mRNA (gRNA).
RNA POLIMERASAS
Transcripcin etapas:
Iniciacin:
La misma hebra es siempre
transcrita de un promotor dado.
La polimerasa se une al promotor
en una orientacin definida,
formando un complejo cerrado,
paso seguido la hebra se abre a 13
bp alrededor del inicio de
transcripcin (complejo abierto).
Las primeras transcripciones son
ineficientes y a menudo se liberan
pequeos transcriptos y se inicia
nuevamente la transcripcin.
La sntesis no requiere de cebador
o primer, la polimerasa inicia los
transcriptos con una A,
Elongacin:
La sntesis se realiza en un
corto espacio aprox
10bases. El DNA se
desenrrolla en frente y se
rehibrida por detrs. La
cadena de RNA se elonga a
travs del molde y permite
las funciones de
proofreading.

Terminacin :
En algunas celulas existe
una secuencia seal que
desencadena la
terminacion, en otras el
proceso no es claro
Transcripcin procariotes
Promotor
El promotor reconocido por la polimerasa conteniendo el factor sigma
tiene dos secuencias conservadas, cada una de seis nucleotidos,
separadas por 17-19 nucleotidos, en la posicion menos 10 y menos 35
Elementos adicionales UP element promotores de genes rRNA
aumentan la interaccion enzima DNA
Extended 10 element carece de la region -35 (genes gal)
Elemento discriminador hebra bajo del elemento -10
Inicio de la transcripcin en procariotes
Factor sigma mantiene estable la unin de la RNA polimerasa
al promotor en el DNA. Este factor de iniciacin es especifico para la transcripcion de
diferentes grupos de genes en E. coli. El factor 70 puede dividirse en 4 regiones. La
region 2 se une a una hebra del elemento -10.
La subunidad sigma es posicionada dentro de la estructura holoenzima para hacer
factible el reconocimiento de varios elementos promotor
Edicion pirofosforolitica por reincorporacion de un PPi , l
enzima puede incorporar otro nucleotido y continuar con l
sintesis.
Edicion hidrolitica la polimerasa retrocede uno a ma
nucleotidos y corta el producto y remueve el error
Terminacin de la transcripcin procariote
Terminacin Rho dependiente

En la terminacin dependiente de r no se
presenta el tramo de poliA, aunque s se
forma una horquilla en la que la RNA
polimerasa hace una pausa y si se
encuentra la protena r presente se
detiene la transcripcin.
No se conoce a detalle el mecanismo de
disociacin, pero en este se produce la
hidrlisis de ATP por efecto de r.
Terminacin de la transcripcin Procariote
Rho independiente

Terminacin independiente de rho (r), contiene una secuencia que induce a


la formacin de una horquilla en el transcrito de RNA de 10 a 15 nucletidos
antes del final, seguida por un tramo de poliA en la cadena molde que facilita
la disociacin de los elementos de la transcripcin.
Transcripcin en eucariotes

3 RNA Polimerasas en Eucariotes, en plantas pueden encontrarse


hasta 5.

RNA polimerasa I transcribe la mayoria de los genes de rRNA


RNA polimerasa II transcribe todos los genes que codifican
proteinas y algunos RNA pequeos nucleares
RNA polimerasa III transcribe los genes de tRNA y genes de 5S
rRNA y RNA pequeos nucleares

A diferencia de la polimerasa procariote que solo requiere un factor de


inicicacion , en eucariotes se requiere de varios factores llamados
factores generales de transcripcion
Transcripcin eucariote:
Promotor 40-60 nucletidos:
El componente de TFIID que se une y distorsiona la caja TATA es TBP
Tata binding protein, las otras subunidades son llamadas TAFs factores
asociados a TBP.
TFIID es un factor critico en el reconocimiento del promotor y
establecimiento del complejo de preiniciacion
TFIIA, TFIIB, TFIIF junto con polimerasa y
TFIIE y TFIIH forman el complejo de
preiniciacin, formado este complejo se
produce la denaturacion del promotor. Esta
hidrolisis requiere de ATP y es mediada
por TFIIH
El carboxiterminal de la polimerasa debe
ser fosforilado: distino numero de
repeticiones heptapeptido de tyr-ser-pro-
the-ser-pro-ser
El inicio de la transcripcin requiere de
protenas adicionales, protenas
regulatorias, del complejo mediador,
enzimas modificadores del nucleosoma
El complejo mediador comprende mas de
20 subunidades
La regin CTD de la polimerasa recluta las diversas enzimas del
procesamiento del RNA
La terminacin de la transcripcin en eucariotes
Modelo Torpedo : esta ligada a una RNAsa Rat 1 y otros factores que
actuaran al igual que Rho iniciando la terminacin
Modelo alosterico: Cambio de procesividad de la enzima pasada la seal la
procesividad disminuye y el cambio conformacional iniciara la terminacin
EL TRANSCRIPTO DE mRNA EN EUCARIOTE SUFRE DIVERSOS
PROCESOS POSTRANSCRIPCIONALES:
Adicin de metil guanosina en 5 ( 5capping) o Adicin del capuchon 5
Corte y empalme ( RNA splicing)
Adicin de cola de poliA
Corte y empalme ( RNA splicing)

Mecanismo de splicing mediado por el splicesoma


Splicing alternativo
Proceso de
Poliadenilacin
Compuestos que inhiben el proceso de transcripcin

Se une al surco
menor del DNA

Se intercala entre G y C
Los mRNA al menos contienen un ORF
Componentes requeridos para las 5 etapas principales de la sntesis de protenas en E. coli

Fase Componente esencial


Activacin de aminocidos 20 aa
20 aa-tRNA sintetasa
20 o mas tRNA
ATP
Mg++
Iniciacin mRNA
N-formilmetionina-tRNA
Codon de inicio AUG
30S y 50S subunidad ribosomal
Factores de iniciacin IF1,IF2, IF3
GTP
Mg++
Elongacin Funcional 70S ribosoma
aa-tRNAs especificos por codones
Factores de elongacion EF-Tu, EF-Ts, EF-G
GTP
Mg++
Terminacin y liberacin Codon de terminacion en mRNA
Factores de liberacion polipeptidica RF1,RF2,RF3
ATP
Plegamiento de protena y Enzimas especificas, cofactores y otros componentes
procesos postraduccionales para la remosion de residuos de iniciacion, secuencias seal
procesaciento proteolitico, modificacion de residuos terminal,
unin de fosfatos,metilos, carbonilos, carbohidratos, o grupos
prosteticos
El inicio de la traduccion involucra el
apareamiento del mRNA y el rRNA

Shine-Delgarno (SD) es una secuencia


que se presenta en muchos transcriptos
de procariotes que consta de 3-9 bases del
mRNA los que se complementan con el
3terminal del 16S rRNA

En transcriptos mRNA de eucariotes la


secuencia que facilita la union inicial del
mRNA a la subunidad pequea ribosomal
es la secuencia Kozak ACCATGG o
(GCC)RCCATGG
La subunidad menor inicia la busqueda del
sitio de iniciacion:
En Procariotes
IF1 previene el enlace prematuro del
aatRNA al sitio A
IF2 facilita la unin del formilmetionina a la
posicin P de la subunidad menor
ribosomal
IF3 previene el enlace prematuro de la
subunidad mayor
Eucariotes usan un complejo de multiples factores de iniciacion
subunidades funcion
eIF1 1 Reconocimiento de codon AUG codon, destabiliza complejos aberrantes
eIF1A 1 Promueve union del Met-tRNA al40S;
eIF2 3 GTPasa,
eIF2B 5 guanine nucleotide exchange factor for eIF2
eIF3 11 estabiliza la union 40S y Met-tRNA y previene
la asociacin con 60S
eIF4A 1 RNA dependiente de ATPasa; esencial para
enlazar los ribosomas al mRNA
eIF4B 1 protena de enlace al RNA; promueve la
actividad eIF4A
eIF4E 1 Se enlaza al m7G cap
eIF4F 3 cap complejo de enlace eIFs 4A, 4E, and 4G
eIF4G 1 enlaza mRNA, PABP, eIF4E, eIF4A, and eIF3
eIF4H 1 similar a eIF4B
eIF5 1 AUG reconoce y promueve actividad de
eIF2 GTPasa
eIF5B 1 GTPasa, ensambla el ribosoma
Activacin del aminoacil-
tRNA
Elongacin
Elongacin
Terminacin
Transcripcin y traduccin ocurren simultaneamente en
procariotes

5 3

3 5
RNA
Pol.

Ribosome

mRNA
Ribosome
5
En Eucariotes los procesos de transcripcion y
traduccin ocurren en diversos compartimientos

Citoplasma
DNA

Transcripcin
RNA
Procesamiento de RNA

mRNA G AAAAAA G AAAAAA

Exportacin
Nucleo
Un gen de eucariote
Sitio de inicio 3 UTR
5 UTR
de transcripcin Regin no traducida Regin no traducida
Intrones

5 Exon 1 Int. 1 Exon 2 Int. 2 Exon 3 3

Promotor/ Secuencia
Regin de Control Exones Terminador

RNA Transcripto

5 Exon 1 Int. 1 Exon 2 Int. 2 Exon 3 3

Procesamiento del mRNA

5 Exon 1 Exon 2 Exon 3 3


Cdigo gentico.
El Codigo es un
triplete. Un codon
son 3 nucleotidos
consecutivos de
mRNA especifico
para 1 aminoacido.

Presenta un codon
de inicio y otro de
termino. ATG para
Met como codon de
inicio. TAA, TAG, y
TGA como codones
stop de la
traduccion del
polipeptido.
El cdigo es universal. En la evolucin el cdigo gentico
parece haberse congelado. La mayora de codones tiene el
mismo significado en distintos organismos. (Diferencia del
cdigo de mitocondria en animales)
Variacin de codones en mitocondria
Codones
AGA
UGA AUA AGG CUN CGG
NORMAL Stop Ile Arg Leu Arg
Animales
Vertebrados Trp Met Stop + +
Drosofila Trp Met Ser + +
Levaduras
Saccharomyces cerevisiae Trp Met + Thr +
Torulopsis glabrata Trp Met + Thr ?
Schizosaccharomyces pombe Trp + + + +
Hongos filamentosos Trp + + + +
Tripanosomas Trp + + + +
Plantas superiores + + + + Trp
Chlamydomonas reinhardtii ? + + + ?

? No ha sido observado
N es cualquier nucleotido
+ mantiene el mismo significado
Numero de codones por
aminocido

El cdigo es
degenerado. Muchos
aminocidos tiene mas
de un codon a
excepcin de Met y Trp.
Codon-anticodon interacciones
Degeneracion de la tercera base
Y la hipotesis del titubeo
El apareamiento codon-anticodon es crucial en la lectura
del codigo genetico el apareamiento de bases es
antiparalelo
La hipotesis de Crick esta referida a la tercera posicion del
codon, o primera posicion del anticodon (posicion de
bamboleo)
En la tercera posicion del codon pueden ocurrir
apareamientos no canonicos, ocurre el bamboleo o
alternacion del nucleotido sin alterar la secuencia del
polipeptido
Ventaja del bamboleo: disociacin del tRNA del mRNA
mas rapida
Regla del bamboleo:
1 Reconocimiento de un codon
Anticodon
Codon
2 Reconocimiento de 2 codones
Anticodon
Codon
3 Reconocimiento de 3 codones
Anticodon
Codon
Inosina = Adenosina

Inosina = Citidina

Guanosina = Uridina
Inosina = Uridina
AUC

mRNA
5 3

3 5 tRNAleu
Un tRNAleu puede leer dos de
Los codones de leucina
GAU Base del bamboleo

CUA
mRNA G
5 3
El codigo esta
escrito en el
sentido 5 a 3 del
mRNA

El codigo no se
sobrelapa cada
nucleotido es
leido una sola vez,
de manera
continua en un
MARCO DE
LECTURA (ORF)
Marco de lectura ORF
Esta determinado por el codon de inicio AUG
siempre el triplete siguiente es ledo como un codon hasta el stop

INICIO .. FIN

...AGAGCGGA.AUG.GCA.GAG.UGG.CUA.AGC.AUG.UCG.UGA.UCGAAUAAA...
MET.ALA.GLU.TRP.LEU.SER.MET.SER
Inicio de un marco de lectura in procariotes and eucariotes
Puede ocurrir en codones internos AUG en mRNA procariote
En eucariotes solo puede ocurrir en el primer codon AUG

El operon lac en E. coli se transcribe como un mRNA policistronico


con multiple codones AUG
lac I P O lac Z lac Y lac A
AUG AUG AUG AUG

5
SD AUG AUG SD AUG

Codon de inicio antecedido Codon interno de Met Codon de inicio antecedido


del sitio Shine-Dalgarno sin sitio del sitio Shine-Dalgarno
Shine-Dalgarno

mRNA de eucariote

5 cap AUG AUG

El codon de inicio AUG es unico


posterior al 5 cap
TIPOS DE MUTACIONES GNICAS
En el ADN
Sustitucion de bases
Transiciones PuPu o PiPi
Transversiones PuPi o PiPu
Inserciones
Deleciones
Duplicaciones, Inversiones, Transposiciones
TIPOS DE MUTACIONES GNICAS
En la protena
Mutaciones conservativas
Mutacin silenciosa:Tripletes que codifican para el mismo aminocido:
AAG(arg)CGG(arg)
Mutacin con sentido o neutra:Tripletes que codifican para aminocidos
equivalentes distintos. AAA(lys)AGA(arg). Ambos son aminocidos bsicos
Mutaciones no conservativas
Mutacin cambio de sentido: aparece un nuevo triplete que codifica para un
aminocido de distinto tipo. La protena pierde su funcin si afecta su sitio catalitico
Mutacin sin sentido: Aparece un triplete de terminacin o stop:
CAG(gln)UAG(stop)
Mutacin con cambio de marco de lectura inserciones y deleciones cambian el
marco de lectura y la posicin del codon stop)

Silenciosa Con Sentido Sin Sentido Readthrough