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La regolazione

dell’espressione genica
La regolazione
dell’espressione genica
 La regolazione genica è la capacità di una
cellula di controllare l’espressione dei suoi
geni

Quali sono i meccanismi che determinano


l’accensione o lo spegnimento
dell’espressione di un gene?
La regolazione
dell’espressione genica

• I geni possono essere attivati o • Tutti i tipi di cellule contengono lo


disattivati al momento opportuno per stesso DNA.
evitare un inutile dispendio energetico. • La differenziazione deriva dal fatto
che cellule diverse esprimono geni
differenti.
Regolazione Genica nei
Procarioti
• I geni costitutivi non subiscono questo controllo,
sono sempre attivi perché codificano per proteine
indispensabili durante l’intera vita della cellula.
L’importanza della regolazione
 In E. coli la presenza di
lattosio come alimento
induce la sintesi dell’enzima
beta-galattosidasi, che lo
scinde;

 La presenza
dell’amminoacido
triptofano nel terreno di
crescita inibisce invece la
sua sintesi interna.
Regolazione Genica nei
Procarioti
Il controllo può
avvenire in una delle tre
fasi che portano alla
sintesi proteica.

Avviene soprattutto
durante la trascrizione.
Regolazione Genica nei
Procarioti
Finalità:
-Rispondere rapidamente a cambiamenti ambientali

Logica:
-Risparmiare energia, quindi niente mRNA o proteine che non
servano subito

Base fisiologica:
-la maggior parte dei geni è espressa costitutivamente
-pochi geni sono regolati (induzione o repressione)
-la traduzione è subito successiva alla trascrizione
-gli mRNA hanno vita breve
Regolazione Genica nei
Procarioti

I fattori di regolazione della trascrizione:


sono proteine codificate da geni regolatori;
si legano vicino alla sequenza promotore di un gene;
possono reprimere o attivare la trascrizione;
Il controllo genico nei procarioti

Operone: promotore + operatore + geni strutturali.

I geni regolatori sono sparsi nel cromosoma, non fanno parte


dell’operone, ma codificano per attivatori e repressori della
trascrizione.
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Curtis et al. Invito alla biologia.blu © Zanichelli editore 2012
Regolazione Genica nei
Procarioti

Nei procarioti i geni strutturali che codificano per polipeptidi con


funzione correlata vengono spesso trascritti sullo stesso
segmento di mRNA.
Il controllo genico nei procarioti
I fattori di regolazione della trascrizione:

sono proteine codificate da geni regolatori;


si legano vicino alla sequenza promotore di un gene(all’operatore);
possono reprimere o attivare la trascrizione;
agiscono a volte con piccole molecole effettrici che ne modificano
la conformazione.

I geni costitutivi non subiscono questo controllo, sono sempre attivi


perché codificano per proteine indispensabili durante l’intera vita
della cellula.

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Curtis et al. Invito alla biologia.blu © Zanichelli editore 2012
F. Jacob & J. Monod…

…e il modello dell’Operone
Operone inducibile

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L’Operone Lac

Gli induttori: il lattosio, se presente nel terreno di coltura, si lega al repressore lac
inibendo la sua capacità di legarsi all’operatore;
vengono sintetizzati gli enzimi utili alla degradazione del lattosio.
L’Operone Lac

In assenza di lattosio, il repressore è libero di legarsi all’operatore;


la trascrizione è inibita!
Operone reprimibile
Assenza triptofano

Presenza triptofano
L’Operone Trp

I corepressori:
il triptofano, se presente
nel terreno di coltura, si
lega al repressore trp, ne
cambia la conformazione
permettendogli di legarsi
al sito dell’operatore;
insieme bloccano la
sintesi di triptofano.
L’Operone Trp

In assenza di triptofano, il
repressore è inattivo e
l’operone viene trascritto
L’attenuazione nell’operone trp
Il Fenomeno dell’attenuazione fa si che la sintesi dell’mRNA dell’operone trp venga
completata solo se il trp-tRNA è scarso.

Yanofsky: l’operone trp possiede un nuovo sito di regolazione negativa chiamato


sequenza leader (o L) che viene trascritta per produrre un segmento di mRNA leader
di 162 nucleotidi, localizzato al 5’ dell’mRNA poligenico trp.

La traduzione dell'mRNA leader avviene immediatamente a monte della sua trascrizione perché, a
causa dell'appaiamento delle sue regioni 1 e 2, l’RNA polimerasi si blocca per un tempo
sufficientemente lungo da permettere l'inizio della traduzione.
L’attenuazione nell’operone trp
•Se c'è carenza di triptofano, il
ribosoma si arresta in corrispondenza
della regione 1; si ha l'appaiamento
delle regioni 2 e 3, che non permette
l'appaiamento delle regioni 3 e 4, il
quale rappresenta un segnale di
terminazione: così l'RNA polimerasi
conclude la sintesi dell'operone.
L'appaiamento delle regioni 2 e 3 è
quindi un segnale chiamato di
antiterminazione.

•Se c'è triptofano in quantità


sufficiente, il ribosoma si fermerà al
codone di stop del peptide leader,
dentro la regione 2: ciò provocherà
l'appaiamento 3-4 e quindi la
terminazione della trascrizione.
La struttura 3-4 è chiamata
attenuatore.
Gli operoni lac e trp spiegano
il controllo negativo della trascrizione

• Per le vie cataboliche la forma attiva del


repressore (che si lega al DNA) è rappresentata
dalla proteina repressore libera dall’effettore
• Per le vie anaboliche la forma attiva è quella
della proteina repressore legata all’effettore che
in questo caso può definirsi corepressore

In entrambi i casi il risultato è lo stesso: il repressore


attivo previene la trascrizione dell’operone
bloccando il legame della RNA polimerasi al DNA
Che cosa succede quando le cellule
vengono fatte crescere in
un terreno contenente sia glucosio,
sia lattosio?
Controllo positivo della
trascrizione
Una proteina regolatrice (attivatore) promuove il
legame della RNA polimerasi, incrementando la
trascrizione degli mRNA

Esempio: repressione da catabolita.


Il glucosio ha la capacità di inibire la sintesi degli
enzimi catabolici prodotti dagli operoni batterici
inducibili

Il glucosio agisce inibendo indirettamente l’adenilato


ciclasi, l’enzima che catalizza la sintesi di cAMP da ATP.
Quindi più è alta la concentrazione di glucosio meno
cAMP è prodotto.
Il cAMP agisce legando la proteina recettore del cAMP
(CRP) che è un attivatore della trascrizione
Video:
- Lac Operon
medical videos Lac Operon.mp4

- TRP Operon
TRP Operon.mp4
La regolazione dell’espressione
genica negli eucarioti
La regolazione dell’espressione
genica negli eucarioti
•I meccanismi di regolazione che possono essere
attivati dalle cellule eucariotiche sono più
numerosi e molto più versatili di quelli dei
procarioti.
•I geni eucariotici sono regolati in modo più fine,
e la loro trascrizione può essere aumentata o
diminuita a seconda delle necessità.
•Uno stesso gene può dare origine a diversi
mRNA a seconda del tipo di cellula in cui si trova.
Perché ci sono cellule differenti?
• Le cellule che appartengono allo stesso individuo hanno lo stesso genoma, ma tali cellule
sono di diversi tipi (cellule muscolari, cellule del pancreas, cellule del sangue…)
distinguibili dal punto di vista strutturale e funzionale.
Che cosa le rende differenti ?

L’espressione genica differenziale cioè quando, dove, e in che quantità ogni gene è
espresso.

Cellule muscolari Cellule del pancreas Cellule del sangue


Restrizione spaziale e temporale
dell’espressione genica
1. Geni housekeeping (attivi in tutte le cellule)

Gene per
proteina del
citoscheletro
Restrizione spaziale e temporale
dell’espressione genica
1. Geni housekeeping (attivi in tutte le cellule)

2. Geni con espressione ristretta nello spazio


– Geni espressi in organi/tessuti diversi.
– Espressione specifica per tessuto, linea o tipo cellulare.
– Espressione solo in singole cellule.
– Distribuzione intracellulare o extracellulare.
Restrizione spaziale e temporale
dell’espressione genica
1. Geni housekeeping (attivi in tutte le cellule)

2. Geni con espressione ristretta nello spazio


– Geni espressi in organi/tessuti diversi.
– Espressione specifica per tessuto, linea o tipo cellulare.
– Espressione solo in singole cellule.
– Distribuzione intracellulare o extracellulare.

3. Geni con espressione ristretta nel tempo.


– Stadio di sviluppo.
– Stadio di differenziamento.
– Momento del ciclo cellulare.
– Espressione inducibile da parte di fattori ambientali o
extracellulari.
L’importanza della regolazione

Durante le diverse fasi dello sviluppo vengono espressi geni


diversi per la globina in sequenza temporale controllata.
L’importanza della regolazione

Il genoma è lo stesso per


tutte le cellule di un
organismo. Ciò che cambia
è il proteoma.

Il differenziamento delle
cellule di un organismo
pluricellulare dipende
dall’inattivazione di certi
gruppi di geni e
dall’attivazione di altri.
I molteplici
meccanismi che
controllano
l’espressione genica
sono analoghi alle
valvole di controllo
delle tubazioni.
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
DNA

Trascritto primario
(precursore)

mRNA

mRNA

traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina

Trascritto primario
(precursore)

mRNA

mRNA

traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


La struttura della cromatina e
l’espressione dei geni
Doppia elica di DNA
(2 nm di diametro)

Istoni
Linker
«Perle di una
collana»
TEM

Nucleosoma
(10 nm di diametro)

Fibra elicoidale compatta Superavvolgimento


(30 nm di diametro) (300 nm di diametro)

700
TEM

nm
Cromosoma in metafase
Il nucleosoma

Il nucleosoma è composto da un nucleo di 8 proteine istoniche


attorno a cui è avvolto il DNA. Il DNA fra due nucleosomi è
detto DNA linker. Il DNA viene compattato ~ 6 volte
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore
S.p.A. Copyright © 2005
Il core istonico

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore


S.p.A. Copyright © 2005
 È costituito dagli istoni H2A, H2B, H3,H4.
 Sono formati da un dominio ben conservato, formato da 3 -
eliche, coinvolte nella formazione di dimeri H2A-H2B e H3-H4,
questi ultimi poi formano tetrameri.
 Gli istoni sono proteine basiche, cioè cariche positivamente (>
20% di lisina e arginina),
Strutture di ordine superiore della
cromatina
L’istone H1 interagisce interagisce sia con
una porzione centrale del DNA core che
con ~20 bp di uno dei due DNA linker,
facendo aumentare la lunghezza di DNA
arrotolato.

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore


La fibra da 30 nm

La formazione della fibra da 30


nm permette una compattazione
di circa 40 volte.

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli


Strutture di ordine superiore
della cromatina

Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli


editore S.p.A. Copyright © 2005
La struttura della cromatina e
l’espressione dei geni

Questa fibra elicoidale


compatta si avvolge e ripiega
ulteriormente.

La spiralizzazione del DNA


impedisce l’espressione dei
geni in quanto non consente
all’enzima RNA-polimerasi
di prendere contatto con il
DNA.
La struttura della cromatina e
l’espressione dei geni

•eucromatina:
dispersa nel nucleo e poco colorata, meno condensata.
•eterocromatina:
più condensata e colorata intensamente.
La struttura della cromatina e
l’espressione dei geni
• Durante la mitosi, la cromatina
assume uno stato fortemente
condensato e compatto
(conformazione chiusa) fino a
formare i cromosomi metafasici.

• Nell’interfase, molte regioni del DNA


sono ricche di eucromatina
(conformazione aperta) che consente
il processo di trascrizione
• Anche in interfase una parte della
cromatina rimane altamente
condensata ed è inattiva per la
trascrizione:
Eterocromatina costitutiva
Eterocromatina facoltativa
La regolazione negli eucarioti
 Acetilazione: l’acetiltransferasi (un enzima) attacca gruppi acetili -COCH3
 Fosforilazione: reazione chimica che consiste nell'addizione di un gruppo fosfato
(PO43-)
 Metilazione: addizione di un gruppo metile -CH3

Acetilazione, fosforilazione avvengono sulle code N-terminali delle proteine istoniche,


che si allentano, lasciando libero il DNA per la trascrizione.
La metilazione avviene sia sulle code N-terminali che sulla citosina del DNA reprime
l'espressione genica, incrementando l'interazione tra il DNA e gli istoni.

Ogni pallino della coda N-terminale


corrisponde a un amminoacido: quelli chiari
sono stati acetilati (Arg, Lys) o metilati o
fosforilati (Ser).
La struttura della cromatina e
l’espressione dei geni

• Istone acetiltransferasi (HAT): attacca gruppi acetilici


alle code N-terminali delle proteine istoniche.
• Istone deacetilasi (HDAC): rimuove gruppi acetilici alle
code N-terminali delle proteine istoniche.
La struttura della cromatina e
l’espressione dei geni
• Il grado di condensazione delle regioni della
cromatina varia da un tipo di cellula ad un altro
dello stesso organismo: tipi cellulari diversi
sintetizzano proteine differenti e perciò
richiedono la trascrizione di segmenti differenti di
DNA.

• Inoltre, quando una cellula si differenzia il


rapporto tra eterocromatina e eucromatina
aumenta a man mano che la cellula si specializza.
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina

controllo trascrizionale: legame di


fattori trascrizionali tessuto specifici
Trascritto primario
(precursore)

mRNA

mRNA

traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


Regolazione della trascrizione mediante
specifiche proteine di legame

•I fattori di trascrizione sono proteine che determinano se e quando l’RNA polimerasi trascrive
il DNA, riconoscendo nel gene le sequenze di regolazione.
•Alcune sequenze del DNA, come la TATA box, si trovano comunemente nei promotori di molti
geni eucariotici e vengono riconosciute da fattori di trascrizione presenti in tutte le cellule
dell’organismo.
•Altre sequenze dei promotori sono specifiche di particolari geni e vengono riconosciute da
fattori di trascrizione presenti soltanto in particolari tessuti.
Regolazione della trascrizione mediante
specifiche proteine di legame
• TATA box, con una sequenza di consenso TATAAA
centrata a circa -25, che localizza il punto in cui la
trascrizione può avere luogo;
• inizio della trascrizione, dove si inserisce la RNA
polimerasi;
• sito degli elementi regolatori: enhancer e silencer anche
molto distanti dal punto di inizio, sia dal lato 5’ che 3’.
Regolazione della trascrizione mediante specifiche
proteine di legame
• TATA box + sito inizio della
trascrizione = promotore
basale.
• Fattori di trascrizione
generali: si legano al
promotore basale per
consentire l’attacco della
RNA polimerasi.
Regolazione della trascrizione mediante
specifiche proteine di legame
• I fattori di trascrizione
generali assicurano un
livello basale di
trascrizione.

• L’effettivo livello di
trascrizione di alcuni geni
può andare molte volte
oltre il livello basale. La
differenza risiede nei
fattori trascrizionali
gene-specifici, detti
attivatori.
Regolazione della trascrizione mediante
specifiche proteine di legame

• Quando l’attivatore si lega


all’enhancer aumenta la
capacità del fattore
trascrizionale TFIID di
legarsi alla TATA box;

• gli enhancer sono specifici


per ogni tipo di cellula.
Regolazione della trascrizione mediante
specifiche proteine di legame
Regolazione della trascrizione mediante
specifiche proteine di legame

Se gli enhancer sono


lontani dal promotore
può essere necessaria
la presenza di un
mediatore.
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina
controllo trascrizionale: legame di
fattori trascrizionali tessuto specifici

Trascritto primario
(precursore)

controllo post-trascrizionale: splicing


alternativo

mRNA

mRNA

traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


Splicing alternativo

Negli eucarioti a partire da un singolo gene e trascritto si formano mRNA


diversi e, quindi, diverse proteine
Splicing alternativo
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina
controllo trascrizionale: legame di
fattori trascrizionali tessuto specifici

Trascritto primario
(precursore)

controllo post-trascrizionale: splicing


alternativo

mRNA
controllo del trasporto

mRNA

traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


Controllo del trasporto
• L'mRNA eucariotico deve
essere trasportato
dal nucleo al citoplasma
tramite il poro nucleare.

• Il trasporto di RNA si sta


rilevando un processo
importante per inviare
messaggeri in specifici
domini subcellulari,
controllando, cosí, anche
prof. Paolo Macchi
spazialmente l'espressione
dei geni all'interno delle
cellule.
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina
controllo trascrizionale: legame di
fattori trascrizionali tessuto specifici

Trascritto primario
(precursore)

controllo post-trascrizionale: splicing


alternativo

mRNA

controllo del trasporto


mRNA
controllo della stabilità
traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


Controllo della stabilità dell’mRNA
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina
controllo trascrizionale: legame di
fattori trascrizionali tessuto specifici

Trascritto primario
(precursore)

controllo post-trascrizionale: splicing


alternativo

mRNA

controllo del trasporto


mRNA
controllo
traduzionale controllo della stabilità
traduzione degradazione

PROTEINA

PROTEINA attiva o inattiva


La regolazione durante la
traduzione
• Uno di questi meccanismi di controllo traduzionale
consiste nell’impedire temporaneamente che l’mRNA
si attacchi ai ribosomi, modificando chimicamente la
configurazione della sequenza leader.

• Un altro metodo richiede la presenza di una proteina


repressore della traduzione, la quale si lega
all’mRNA quando la proteina da esso codificata è già
presente nel citoplasma in quantità sufficiente. Il
repressore viene disattivato quando la cellula ha la
necessità di riprendere la sintesi di quella proteina.
La regolazione durante la
traduzione
RNA interference

• RNA interference:
piccole molecole di
RNA, che interferiscono
con l’mRNA, lo
neutralizzano o
degradano.

• Queste brevi sequenze


possono essere
sintetizzate in
laboratorio e offrono
prospettive in campo
medico.
I livelli di regolazione
dell’espressione genica
Meccanismi epigenetici: controllo a lungo
DNA raggio mediante rimodellamento della struttura
della cromatina
controllo trascrizionale: legame di
fattori trascrizionali tessuto specifici

Trascritto primario
(precursore)

controllo post-trascrizionale: splicing


alternativo

mRNA

controllo del trasporto


mRNA
controllo
traduzionale controllo della stabilità
traduzione degradazione

PROTEINA
controllo post-traduzionale
PROTEINA attiva o inattiva
Controllo post traduzionale
• La modifica di una proteina include la
rimozione di amminoacidi specifici o
l’aggiunta di sequenze segnale.

• Possono essere aggiunti componenti non


proteici, come carboidrati o lipidi.

• Alcuni residui amminoacidici possono


essere modificati.
Degradazione proteica
Video
• Modifiche della cromatina
Chromatin, Histones Modifications.mp4

• Splicing alternativo
Splicing_ Alternative.mp4

• RNAi
RNA interference (RNAi)_ by Nature Video.mp4

• Controllo dell’espressione genica negli eucarioti


4. Gene expression.swf