BİYOTEKNOLOJİ I

2005-2006

Prof. Dr. Şule ARI

Mikroorganizmaların ürettikleri
düşük molekül ağırlıklı
maddeler
 Sekonder metabolitler

• Bitki fizyolojisinden mikrobiyal teknolojiye geçmiş

bir terim
• Hücre üremesi ve yaşamını sürdürebilmesi için
gerekli değiller !!!
• Üretilme nedenleri ekolojik avantaj ?
• Üreme döngüsünün geç evrelerinde
sentezlenirler, üreme durduktan sonra da
sentezleri devam eder
• Molekül yapı çeşitliliği çok fazla
• Biyosentez yolları ve yolların kontrolleri primer
metabolitlerinki kadar iyi bilinmiyor
 Sekonder metabolitler
1. Antibiyotikler
2. Pigmentler
3. Toksinler
 Sekonder metabolitler
• Hücreler düşük miktarlarda üretir
• Ürün artırımı yolları
– Rasgele mutasyon – seleksiyon Ör: penisilinin
miktar artımı
– Öncül (prekürsör) madde ilavesi Ör: -amino
adipat ilavesi ile penisilin artışı
– Rekombinant DNA teknolojisi: biyosentez yolları
hakkında bilgi verir, yeni ürün sentezi sağlanır,
Ör: Streptomces coelicolor’da izokromanekinon
biosentez yoluna ait Streptomces’e aktarıldığında
3 yeni antibiyotik (aktinorodin) sentezlenmiştir
 ANTİBİYOTİKLER
• En önemli biyoteknolojik ürün gruplarından
• Kullanımları:
– İnfektif insan hastalıklarının tedavisi
– Tarımda ve veterinerlikte
• Spesifik olarak mikroorganizmalara
etki ederler, insan hücrelerine
MAGIC BULLET
zarar vermezler
– Bakterilerin ve insanların besin gereksinimlerin farklıdır.
Ör:sülfanomid bakterilerde folik asit sentezini inhibe
ederken, insanda böyle bir etkisi yoktur, çünkü insanda
folik asit sentez edilmez, diyetle dışarıdan alınır.
 ANTİBİYOTİKLER
• Ticari öneme sahip birçok antibiyotik
mantarlar bakteriler tarafından üretilir.
• Antibiyotik üreten bakterilerin çoğu
– Streptomyces ve
– Bacillus türleri
• Mantarlardan
– Actinomycetler antibiyotik üreticisidirler.
 ANTİBİYOTİKLER
• Mikroorganizmaların antibiyotik üretme
nedenleri:
– çevredeki mikroorganizmaların ölümüne neden olarak
üreme avantajı
– besince zengin ortamlarda antibiyotik üretiminin
inhibe olması
– antitümoral etkiye sahip antibiyotikler (diğer
mikroorganizmalar üzerinde bir biyolojik aktiviteleri
yoktur) çevresel koşullardan etkilenmezler
• Antitümoral etkiye sahip sekonder metabolitler
– İnsan hücrelerindeki reseptörlere bağlanarak spesifik
enzimleri inhibe ederek bu etkiyi gösterirler. de
 ANTİBİYOTİKLER
• Antibakteriyal
• Antifungal
• Antitümoral
 Antibakteriyal antibiyotikler
-Laktamlar:
• Ör: Penisilin, benzil penisilin, penisilin G
• Hücre duvarındaki peptidoglikan sentezini inhibe ederler
• Peptidoglikan polisakkaritlerin ya da glikanların ağ
oluşturmuş şekli
• Peptidoglikan N-asetilglukozamin ve N-asetilmuramik
asit bakiyelerinin kısa peptid zincirleriyle çapraz biçimde
bağlı hali
• Bazen D formundaki amino asitler yapıda bulunur
• Penisilinler peptidoglikan oluşumunu katalizleyen
penisilin bağlayan proteinler (PBP) de denilen
transpeptidaz enzimini inhibe ederler.
Peptidoglikan
 Antibakteriyal antibiyotikler
• Makrolidler:
• Büyük lakton halkasına sahipler
• Streptomyces türleri tarafından
üretilirler
• Prokaryotik protein sentezi inhibitörü
• Ör:eritromisin ve oleandromisin
• Çoğu Gram (+)’lere etkilidir,azitromisin gibi bazı
yarı sentetik makrolidler Gram (-)’lere de
etkilidirler.
 Antibakteriyal antibiyotikler
• Ansamisin:
• Makrosiklik yapıda ilave olarak
aromatik bir bileşen
• Nocardia türleri tarafından
üretilirler.
• Rifampisin prokaryotik RNA polimerazı inhibe
eder
• Rifampisin SV gibi doğal rifampisinler sadece
Gram (+)’lere etkinken, kimyasal olarak
türetilmiş rifampisinin Gram (-)’lere de etkin
olduğu saptanmıştır
 Antibakteriyal antibiyotikler
• Tetrasiklinler:
• Çeşitli Streptomyces türleri tarafından
üretilirler
• Yapılarında dört halka
• Protein sentezini inhibe ederler
• Hidrofilik olduklarından geniş
spektrumludurlar.
• Gram (+) ve Gram (-)’lere etkilidirler.
 Antibakteriyal antibiyotikler
• Kloramfenikol:
• Streptomyces venezuellae’den
izole edilmişlerdir.
• Protein sentezini inhibe ederler.
• Küçük moleküller olduklarından kolayca
Gram (-)’lerin hücre içine girerler.
• Ama ökaryotik hücrelerin içine de
girdiklerinden hızlı bölünen hayvansal
hücreleri de etkilerler.
 Antibakteriyal antibiyotikler
• Peptid antibiyotikler:
• Bacillus türleri tarafından üretilen peptid
antibiyotikler D amino asitler, ornitin, diamino
butirik asit gibi olağan dışı amino asitleri taşırlar
• bu nedenle insan için zararlıdırlar.
• topikal (yüzeysel) uygulama için kullanılırlar.
• Ör: polimiksin, basitrasin A ve gramisidin S
verilebilir.
• Aminoglikozitler: Aminocyclitol parçası içerirler.
Protein sentezini inhibe ederler. Gram (+) ve
Gram (-)’lere etkilidirler.
basitrasin
 Antibakteriyal antibiyotikler
• Aminoglikozitler:
• Aminocyclitol parçası içerirler.
• Protein sentezini inhibe ederler.
• Gram (+) ve Gram (-)’lere
etkilidirler.
 Antifungal Ajanlar
(Antibiyotikler)
• Funguslar ökaryottur ve yüksek
hayvanlarla aynı şekilde protein sentezi ve
nükleik asit sentezi yoluna sahiplerdir
• Bu nedenle de insana zararlı olmayan
antifungal ajanların bulunması zor
 Antifungal Ajanlar
(Antibiyotikler)
• Polyoxin D:
• Streptomyces türleri tarafından üretilir.
• Funguslara özel olan hücre duvarı bileşeni
olan polisakkarit, kitin sentezini inhibe
ederler.
• Tarımda fungusit olarak kullanılır.
 Antifungal Ajanlar
(Antibiyotikler)
• Griseofulvin:
• Penicillum griseofulvum tarafından üretilir,
• Mitoz bölünme inhibitörü
• Tarımda ve insandaki fungus
hastalıklarının tedavisinde kullanılır.
 Antifungal Ajanlar
(Antibiyotikler)
• Polyenes:
• Makrosiklik lakton halkası taşırlar.
• Membrandaki sterollerle etkileşimi girerek
membran yapısını bozarlar.
• Hayvansal hücrelerede zarar
verdiklerinden topikal olarak kullanılır.
• Streptomyces türleri tarafından üretilir
 Antitümör Ajanlar
(Antibiyotikler):
Daunomycin

• Polisiklik halkaya sahip olan bazı antibiyotikler DNA’da

bazlar arasına girdiklerinden antitümoral olarak
kullanılırlar.
• Daunomycin ve adriamisin naftacene halkası (4 benzen
halkası) içerdiklerinden bu özelliktedirler.
• Ayrıca dactinomycin ve mitramycin 3 benzen halkası
taşırlar.
• Bleomycin DNA’yı harap ettiğinden kanser tedavisinde
kullanılır.
• Bu maddelerin hepsi Streptomyces türleri tarafından
üretilir.
 Farmakolojik olarak aktif diğer
sekonder metabolitler
• Proteaz/Peptidaz inhibitörleri: Leupeptin,
antipain, pepstatin HIV virüsünün aspartil
proteazını inhibe ederler.
• Kolesterol biyosentezi inhibitörleri: Penicillium
türleri tarafından üretilen compactin kolesterol
biyosentezinin ilk aşamasını bloke eder.
• İmmunosupresanlar: Cyclosporin siklik bir peptid
olup, funguslar tarafından üretilir ve organ nakli
yapılacak hastalar için kullanılır.
• Spesifik reseptörlere bağlanan bileşikler:
Aspergillus türlerinin ürettiği asperlicin,
kolesistokinin reseptörünü inhibe eder.
 Antibiyotik Üretimi

• Antibiyotiklerin pek çoğu fermentasyonla ya da

fermentasyon ürünlerinin kimyasal modifikasyonları ile
üretilirler.
• Bu nedenle antibiyotik üretiminde fermentasyon
proseslerinin geliştirilmesi çok önemli
• Sentezlerinde çok sayıda enzim iş görür
• Enzim aktivitesi ise oldukça karmaşık yollarla kontrol
edilir
• Fermentatif üretimin artırılması için üretici organizmaların
fizyolojilerinin iyi bilinmesi gereklidir.
 Sekonder metabolizma ve
kontrolü:
• Metabolizma karmaşık ve az anlaşılmış
• Sporulasyonla antibiyotik üretiminde benzer
mekanizmaların iş görmekte olduğu
düşünülmekte
– Ör: Bacillus’ da üreme evresinin sonunda farklı
promotörlerin çalışması için farklı sigma () RNA
polimeraz alt birimlerine gerek duyulduğu saptanmış
ve whi G sigma alt birimini sporulasyon için de gerekli
olduğu bulunmuştur. Bu alt birimin inhibisyonu
sporulasyonu da inhibe etmiştir.
 Sekonder metabolizma ve
kontrolü:
• Katabolit Represyon: Karbon kaynağının az olduğu
durumda az antibiyotik üretirler, antibiyotik üretimi ile ilgili
enzim düzeyi azalır.
• Enzim sentezinin transkripsiyon düzeyinde inhibe olduğu
düşünülmekte (E.coli’deki katabollit represyon)
• E.coli glukoz gibi daha iyi bir karbon kaynağı varsa
laktozu parçalamaz.
• Mikroorganizma da antibiyotiği besin maddelerinin sınırlı
olduğu koşullarda rekabet için üretir.
• Katabolit represyonu yenmek için karbon kaynağı ortama
kontrollü bir şekilde verilmeli ya da karbon kaynağı
zengin ortamlarda da antibiyotik üretecek mutantlar izole
edilmelidir.
 Sekonder metabolizma ve
kontrolü:
• Nitrojen ve fosfat represyonu:
• Fermentasyon ortamındaki fazla
miktardaki nitrojen ve fosfat antibiyotik
üretimini baskılar
• Fosfat antibiyotik sentezi ile ilgili
enzimlerin transkripsiyonunu engeller.
• Nitrojen ve fosfat represyonu da katabolit
represyona benzer.
 Sekonder metabolizma ve
kontrolü:
• Feed-back regülasyon:
• Regülasyonunun negatif feed-back ile
olduğu düşüncesi de yaygın
• Bunu destekleyen bulgular penisilin üreten
mantar kültürünün besi ortamına dışarıdan
penisilin verildiğinde penisilin üretiminin
azalmasıdır
 Sekonder metabolizma ve
kontrolü:
• Prekürsör (öncül) etkisi:
• Sekonder metabolitler primer metabolitlerden sentez edilirler.
• Bu nedenle etkin bir antibiyotik üretimi için prekürsör maddelerin de düzenli
üretimi gereklidir.
• Prekürsörlerin sentezi bilinen mekanizmalarla kontrol edilirler.
• ÖR: penisilin üretimi için gerekli olan -aminoadipik asit
• Mantarlarda lisin biyosentezinde bir ara ürün
• Lisin ise son ürün olduğu için feed-back regülasyon ile biyosentez yolunun
başını kapatır.
• Böylece fazla lisin bulunması Penicillium chrysogenum’da penisilin üretimini
kuvvetle inhibe eder.
• Ama Streptomycet’lerde cephamisin C üretimi ortama lisin ilavesiyle stimüle
edilir.
• Çünkü -aminoadipik asit sentez yolu prokaryotlarda farklıdır ve -
aminoadipik asit lisinden sentez edilir. Lisin kendi sentezini inhibe etmesine
rağmen fazla lisin verildiğinde -laktamlara çevrilir.