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BIOQUIMICA

PROTEINAS
PROTEINAS
Aminoácidos, importante clase de compuestos orgánicos que contienen un
grupo amino (NH2) y un grupo carboxilo (COOH).

Veinte de estos compuestos son los constituyentes de las proteínas. Se los


conoce como alfaaminoácidos (-aminoácidos) y son los siguientes: alanina,
arginina, asparagina, ácido aspártico, cisteína, ácido glutámico, glutamina,
glicina, histidina, isoleucina, leucina, lisina, metionina, fenilalanina, prolina,
serina, treonina, triptófano, tirosina y valina.

Como muestra dicha fórmula, los grupos amino y carboxilo se encuentran


unidos al mismo átomo de carbono, llamado átomo de carbono alfa. Ligado a él
se encuentra un grupo variable (R).

Es en dichos grupos R donde las moléculas de los veinte alfaaminoácidos se


diferencian unas de otras. En la glicina, el más simple de los ácidos, el grupo R
se compone de un único átomo de hidrógeno. En otros aminoácidos el grupo R
es más complejo, conteniendo carbono e hidrógeno, así como oxígeno,
nitrógeno y azufre.
PROTEINAS
Cuando una célula viva sintetiza proteínas, el grupo carboxilo de un aminoácido
reacciona con el grupo amino de otro, formando un enlace peptídico. El grupo
carboxilo del segundo aminoácido reacciona de modo similar con el grupo amino del
tercero, y así sucesivamente hasta formar una larga cadena. Esta molécula en
cadena, que puede contener de 50 a varios cientos de aminoácidos, se denomina
polipéptido.

Una proteína puede estar formada por una sola cadena o por varias de ellas unidas
por enlaces moleculares débiles. Cada proteína se forma siguiendo las instrucciones
contenidas en el ácido nucleico, el material genético de la célula. Estas instrucciones
son las que determinan cuáles de los veinte alfaaminoácidos se incorporan a la
proteína, y en qué orden relativo o secuencia lo hacen. Los grupos R de los
diferentes aminoácidos establecen la forma final de la proteína y sus propiedades
químicas. A partir de las veinte subunidades pueden formarse una gran variedad de
proteínas.

Los -aminoácidos sirven de materia prima en la obtención de otros productos


celulares, como hormonas y pigmentos. Además, varios de estos aminoácidos son
intermediarios fundamentales en el metabolismo celular.
PROTEINAS
La mayoría de las plantas y microorganismos son capaces de utilizar compuestos
inorgánicos para obtener todos los aminoácidos necesarios en su crecimiento, pero
los animales necesitan conseguir algunos de los -aminoácidos a través de su dieta.
A estos aminoácidos se les llama esenciales, y en el ser humano son: lisina,
triptófano, valina, histidina, leucina, isoleucina, fenilalanina, treotina, metionina y
arginina. Todos ellos se encuentran en cantidades adecuadas en los alimentos de
origen animal ricos en proteínas, y en ciertas combinaciones de proteínas de
plantas.

Aparte de los aminoácidos de las proteínas, se han encontrado en la naturaleza más


de 150 tipos diferentes de aminoácidos, incluidos algunos que contienen los grupos
amino y carboxilo ligados a átomos de carbono separados. Estos aminoácidos de
estructura poco usual se encuentran sobre todo en hongos y plantas superiores.
O
O NH2 O
H2N
H3C OH
OH HN NH OH
O NH2
NH2 NH2

Arginine (Arg) Asparagine (Asn)


Alanine (Ala)
O O O
O Esencial

AMINOACIDOS HO

O NH2
OH HS
NH2
OH HO
NH2
OH
NATURALES
Aspartic Glutamic
Cysteine (Cys) Acid (Glu)
Acid (Asp)
O
NH2 O O H
N OH
H2N
O OH OH
N NH2
NH2

Glutamine (Gln) Glycine (Gly) Histidine (His)


Esencial
O O
CH3 O
H3C H2 N
H3 C OH OH
OH
CH3 NH2 NH2
NH2
Esencial Esencial
Lysine (Lys)
Isoleucine (Ile) Esencial Leucine (Leu)
O O
O H
S N
OH OH
H3C OH Esencial
NH2 NH2
Esencial
Methionine (Met) Phenylalanine (Phe) Proline (Pro)
O
O CH3 O

HO Esencial
OH OH
HO OH
NH2
NH2 NH2 NH Esencial

Serine (Ser) Threonine (Thr) Tryptophan (Trp)


O
CH3 O
OH
H3C OHEsencial
NH2
HO NH2
Tyrosine (Tyr) Valine (Val)
AMINOACIDOS
AMINOACIDO SIMBOLO M P. ISOELECTRICO pka pKb

Alanina Ala – A 89 6.0 2,3 9,8


Aspargina Asp – N 132 5.4 5.4 8,8
Cisteína Cis – C 121 5.0 1.8 10.2
Glutamina Gln – Q 146 5.7 2.2 9.1
Glicina Gli – G 75 6.0 2.3 9.8
Isoleucina Ile – I 131 6.0 2.3 9.7
Leucina Leu – L 131 6.0 23 9.7
Metionina Met – M 149 5.7 2.3 9.2
Fenilalanina Fen – F 165 5,9 2.6 9.2
Prolina Pro – P 115 6.3 2.0 10.6
Serina Ser – S 105 5.7 2.2 9.2
Treonina Tre – T 114 5.6 2.1 9.1
Triptófano Trp – W 204 5.9 2.4 9.4
Tirosina Tir – Y 181 5.7 2.2 9.1
Valina Val – V 117 6.0 2.3 9.7
Ácido Aspártico Asp – D 133 3.0 2.1 9.8
Ácido Glutámico Glu – E 147 3.2 2.1 9.8
Arginina Arg – R 174 10.8 2.0 9.0
Histidina His – H 155 7.6 1.8 9.1
Lisina Lis – K 146 9.7 2.2 8.9
CONFIGURACION DE LOS
AMINOACIDOS

N
C

O
C C

α-L-aminoácidos
POLARIMETRO

Desviación
de la luz
polarizada

α-L-aminoácido
Luz
luz polarizador analizador
polarizada
PROTEINAS
AMINOACIDOS IONES DIPOLARES
 A pesar de que en un aminoácido se encuentran en su estructura el
grupo amino y el grupo carboxílico, ciertas propiedades físicas como
químicas no concuerdan con ella, a diferencia de las aminas y los
ácidos carboxílicos solos, los aminoácidos son sólidos cristalinos no
volátiles que funden con descomposición a temperaturas
relativamente altas.

 Son insolubles en solventes apolares como éter, benceno y


apreciablemente solubles en agua.

 Sus soluciones acuosas se comportan como soluciones de


substancias de elevado momento dipolar.

 Las constantes de acidez y basicidad son muy pequeñas para grupos


carboxilo y amino. La glicina tiene un Ka = 1,6 x 10-10 y Kb = 2,5
x 10-12.
PROTEINAS
 Mientras que la mayoría de los ácidos carboxílicos tienen Ka del
orden de 10-5 y la mayoría de las aminas alifáticas una Kb del
orden de 10-4. Todas estas propiedades concuerdan bien con una
estructura de ion dipolar.
R
H O
N
H OH

 Las propiedades físicas, PF, solubilidad, momento dipolar


considerable, son precisamente las que se les debe suponer a una
sal de este tipo. También se hacen comprensibles las propiedades
ácido-base.

 Si se comprende que el Ka medido se refiere en realidad a la acidez


del ion amonio RNH3+.
R R
H H
O H2O +
+ H O O H
N N +
H -
H O - H
H O
PROTEINAS
H3O+ H2NCHRCOO-
Ka =
H3N+CHRCOO-

 Igualmente, Kb se refiere a la basicidad del anión carboxilato COO-


R R
H
O H2O -
+ H + O HO
N N +
H -
H O H
H OH

H3N+CHRCOOH OH-
Kb =
H3N+CHRCOO-

 En solución acuosa, la acidez y basicidad de un ácido y su base


conjugada se relacionan por medio de la expresión.
PROTEINAS
Ka x Kb = 10-14

 Cuando se acidula una solución de un aminoácido, se convierte el


ion dipolar en el catión, el ácido más fuerte H3O, prescinde de un
protón, pasándolo al carboxilato, con lo que desplaza al ácido
carboxílico más débil.
R R
H +
O H3O
+ H + O H2O
N N +
H -
H O H
H OH

 Cuando se alcaliniza una solución de un aminoácido, el ion dipolar se


convierte en anión; el ion hidróxido, que es la base más fuerte, le
quita un protón al ion amonio y desplaza así la base más débil, la
amina.
R R
H -
O HO
+ H O H2O
N N +
H -
H O H -
O
PROTEINAS
 En resumen, el grupo ácido de un aminoácido simple no es el
COOH, sino el NH3+; y el grupo básico es el COO- y no el
NH2.

 Debemos tener en cuenta que el anión que contiene el grupo


NH2 y el catión que contiene el grupo COOH libres, están
en equilibrio con el ion dipolar, y en los casos en que sea
posible podemos ajustar una reacción deseada ajustando la
acidez o alcalinidad de la solución, de modo tal que aumente
la concentración de la especie reactiva.
PROTEINAS
PUNTO ISOELÉCTRICO DE LOS AMINOÁCIDOS
 Un aminoácido en solución en un campo eléctrico, reacciona según
el medio en el que se encuentre.

 En medio alcalino, hay más aniones que cationes y el aa. Migra al


ánodo (+).
R R
R
+ + H
H O H3O H H3O O
O +
N + N
N H
- - H -
H O HO - HO H OH
H O

Anion Ion dipolar Catión

 En medio ácido hay más cationes y el aa. Migra al cátodo.

 Si la concentración del anión y la concentración del catión es igual,


no hay migración.
PROTEINAS
 En estas condiciones existen las moléculas como ion positivo
y negativo al mismo tiempo. Si se produce una pequeña
variación en dirección de uno de los electrodos, es anulado
por uno igual y contrario hacia el otro lado.

 La concentración de hidrógeno para el cual un aa. No migra


en un campo eléctrico, es el punto isoeléctrico.

 Un aa. Tiene la solubilidad más baja cuando su solución se


encuentra en el punto isoeléctrico, puesto que allí tiene la
concentración más alta del ion dipolar. A medida que varía la
concentración de la solución a más ácido o más básico,
aumenta la concentración de los iones solubles catión y anión
respectivamente.
PROTEINAS
PREPARACIÓN DE AMINOACIDOS
 La aminación de ácidos alfa halogenados: es el método más
útil, pero no es aplicable a todos los aa.
H3C CH3
H2N CH3
O Br Br NH3 H2N
O O
H2N
P Br H2N
OH OH OH

Ác propanoico ác-alfa-bromopropanoico alanina

 Los aa. Sintéticos son ópticamente inactivos (mezclas


racémicas) y deben resolverse para ser usados en síntesis de
péptidos.
PROTEINAS
REACCIONES DE LOS AMINOACIDOS
 Son las reacciones que en general corresponden al grupo amino y grupo
carboxilo. Además, todo grupo funcional que pudiera estar presente dará su
propio conjunto de reacciones.

REACCIONES DEL GRUPO CARBOXILO –COOH


 Formación de sales:
H3C CH3
O Na OH O
H2N H2N
OH
O
Na

 Formación de cloruros de ácido:

CH3 CH3

O PCl 5 O
H2N H2N
100°C Cl
OH
PROTEINAS
 Formación de ésteres:
CH3 CH3
H3C
O OH O
H2N +
H2N
H
OH O CH3

 Formación de amidas:
CH3 CH3

O NH3 O
H2N H2N

OH NH2

 Reducción:
CH3 CH3

O LiAlH4 OH
H2N H2N

OH
PROTEINAS
REACCIONES DEL GRUPO AMINO -NH2
 Formación de sales:
CH3 CH3

O HCl - + OH
H2N Cl H3N

OH

 Alquilación:
CH3 CH3

O Cl CH3 H3C OH
H2N N

OH H

 Conversión a amidas:
CH3 CH3
CH3
PCL5 O NH3 O
O H2N
H2N H2N

Cl NH2
OH
PROTEINAS
Reacciones con el ácido nitroso:

OH OH

+ N
NaNO 2 N
O + O
H2N H 0°C
H2N
OH OH
PROTEINAS
ENLACE PEPTÍDICO
 Los aa. se unen en secuencia lineal, el grupo alfa carboxilo de un aa., se une
al grupo alfa amino de otro aa., por medio de un enlace peptídico o amídico.
CH3 O CH3
O O O
H2N + H2N + H2O
N
HO HO H2N H HO

Glicina alanina glicilalanina

NOMENCLATURA
 Para nombrar péptidos, se empieza con el aa., que tiene el grupo alfa amino
libre o N terminal y se reemplaza la terminación ina del aa. Por il, excepto el
último aa., o final, que mantiene su nombre carboxilo terminal).

 En los péptidos, los aa., se denominan residuos, ya que son los residuos que
quedan después de eliminar el agua después de la formación del enlace
peptídico.
PROTEINAS
PÉPTIDOS
Dipéptidos: se forma por la unión de dos aminoácidos con un enlace peptídico.
O CH3
H2N O
NH

HO
Tripéptidos tres aminoácidos y así sucesivamente.
O CH3 H OH
N
N O
H2N H HO

Oligopéptidos: Contienen un número indefinido de aa., pero pequeño.

OH H3C CH3 HO CH3


O CH3 H O H O
N N O OH
N N N N
H2N H O H O H O H O
SH
PROTEINAS
PÉPTIDOS : Contienen un número mayor de aa.
Los naturales de 50 o más aa., se consideran proteínas.

OH H3C CH3 HO CH3


O CH3 H O H O
N N O OH
N N N N
H2N H O H O H O H O
SH

más de 50 aa

SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS
 Las propiedades y estructura de péptidos y proteínas dependen de manera
fundamental de la secuencia de los aa., en la cadena peptídica.

 Para determinar la secuencia, se determinará la composición, es decir el


número de los distintos aa., o residuos existentes en la molécula proteica por
medio del análisis de aminoácidos.
PROTEINAS
COMPOSICION DE LOS AMINOACIDOS DE LAS PROTEINAS

En una proteína aislada y purificada se puede determinar su composición de


aminoácidos.

1. Ruptura de los enlaces peptídicos de las proteínas por hidrólisis con HCl 6 M
a 110°C al vacío durante 16 – 72 horas, luego la mezcla se somete a
diferentes tipos de cromatografía, proceso en el cual cada aminoácido es
separado y cuantificado, este método presenta el problema de que la
hidrólisis puede afectar grupos de la cadena lateral de los aminoácidos y la
alta temperatura podría descomponerlos.

2. Análisis N terminal: Este procedimiento nos informa la composición de la


proteína y la secuencia de los residuos a partir del N-terminal de una
proteína.
PROTEINAS
1. El primer aminoácido, de la secuencia de un péptido puede determinarse
con reacción con fenilisotiocianato a pH 9, este compuesto reacciona con el
grupo amino formando un derivado feniltiocarbamoil.

2. Luego una hidrólisis moderada en medio ácido con el ácido


trifluoroacético, permite la ruptura del residuo N-terminal, liberando un
derivado anilinotiazolidona del residuo.

3. El residuo con agua en medio ácido se estabiliza formando un derivado


estable cíclico de feniltiohidantoina. La cadena del péptido es ahora más
corta con un residuo menos y se puede seguir con el proceso para separar y
analizar cada uno de los aminoácidos.

4. El derivado puede analizarse para determinar su aminoácido, progenitor


y su cantidad. Todo el procedimiento puede repetirse en serie utilizando un
secuenciador de proteínas. El análisis generalmente se lo hace por HPLC.
O R2 O
N S +
H2N NH
NH H

R1 O R3
pH 9
FENILISOCIANATO RESIDUO N-TERMINAL

NH S
O R2 O

N NH
H NH H

R1 O R3 FENILTIOCARBAMOILPEPTIDO

F F O

F OH

R2 O
NH S
O NH
+
H2N H
N
H O R3
DERIVADO R1
ANILINOTIAZOLINA

H2O +
H

NH
N

R1
O
FENILTIOIDANTOINA
PROTEINAS
3. Rompimiento específico de los péptidos: Muchas proteínas tienen cientos de
residuos de aa., y puede no ser posible determinar en un solo paso la
secuencia de toda la molécula.

Por ello es necesario cortar la proteína en secciones más pequeñas y


manejables. Las proteínas también pueden tener puentes disulfuro como en
la cisteína en diferentes partes de la molécula, estas uniones deben romperse
para poder continuar la secuencia.

TRIPSINA

La hidrólisis enzimática es el método de uso más frecuente para romper


péptidos en fragmentos más pequeños. La tripsina es una enzima digestiva
producida por el páncreas, hidroliza enlaces peptídicos en el lado carboxilo
del residuo de lisina y arginina cargados positivamente.

tripsina
R1-Lys-Ala-R2 R1-Lys-COO + NH3-Ala-R2
PROTEINAS
QUIMOTRIPSINA
Hidroliza enlaces peptídicos en el lado carboxilo de residuos
aromáticos no cargados (fenilalanina, tirosina y tryptofano).

quimotripsina
R1-Phe-Ser-R2 R1-Phe-COO + NH3-Ser-R2

PROTEASA DEL STAPHYLOCOCCUS AUREUS V8

Cataliza la ruptura de enlaces peptídicos del lado carbonilo de


residuos cargados negativamente (glumato y aspartato)

Proteasa S. aureus V8
R1 – Glu – Gli – R2 R1 – Glu – COO + H3N – Gli – R2
CH3
S

O O
Br
+
H2N NH N
NH H
BROMURO DE CIANOGENO
R1 O R3

RESIDUO CON METIONINA

O
O H3C S
H2N O +
NH N

R1 NH H

R3

H2O

O O
O
H2N
NH + H2N H

R1 O
R3
PROTEINAS
 Con una proteína, cortada en péptidos manejables y determinada la
secuencia de cada péptido, el siguiente problema es ordenar en la secuencia
correcta. Para ello se necesitan juegos de secuencias de péptidos obtenidos
por diferentes métodos de rompimiento selectivo.

 Aplicando de una forma adecuada el bromuro de cianógeno, tripsina,


proteasa de S. aureus V8 y quimotripsina a muestras individuales de una
proteína grande, cuyos enlace disulfuro han sido reducidos y alquilados, se
puede generar muchos fragmentos peptídicos de varios tamaños, los cuales
pueden ser aislados y secuenciados. En la etapa final de la determinación de
la secuencia, se alinea y hace coincidir las secuencias de los fragmentos de
péptidos.

 Uno de los mejores métodos para analizar una mezcla de aa., es su


separación por medio de la cromatografía, a veces al cabo de la conversión
previa de los ácidos en sus ésteres metílicos correspondientes, por
cromatografía en fase gaseosa. Así se obtiene la cantidad de cada uno de los
aminoácidos, presentes y se puede establecer la fórmula empírica. La
fórmula molecular se calcula conociendo el peso molecular, que a su vez se
puede determinar por métodos químicos y físicos: presión osmótica o
dispersión lumínica, comportamiento en una centrífuga, difracción con rayos
X.
PROTEINAS
SÍNTESIS DE PÉPTIDOS
1. Polimerización de un solo aa., se obtienen polipéptidos de peso molecular
elevado, se usan como modelos para estudios de estructuras y enlaces.

2. La meta real en la preparación de péptidos es la obtención de productos


idénticos a los naturales. Para lograr esto debe tenerse un método que
permita unir aa., ópticamente activos, para formar cadenas de longitud y
secuencia predeterminadas.

3. Para la síntesis peptídica, es necesario proteger el grupo amino. Al


interaccionar el grupo –COOH de un aminoácido, con el grupo amino –NH2
de otro aminoácido, debe evitarse la reacción entre los grupos –COOH y –
NH2 del mismo aminoácido.

Al preparar glicilalanina por ejemplo se debe evitar la formación de


glicilglicina.
PROTEINAS
Protección del grupo amino: reacción con cloruro de carbobenzoilo
para formar carbobenzoxiglicina.

Formación de la unión peptídica: reacción con cloruro de tionilo y


alanina para forma cloruro de carbobenzoxiglicilalanina.

Remoción del grupo protector: reacción de reducción con hidrógeno y


paladio de carbobenzoxiglicilalanina , para producir tolueno, CO2 y
glicilalanina.

Se puede alargar la cadena agregando una unidad de aminoácido a la


vez.

De esta forma se ha sintetizado oxitocina, insulina, ribonucleasa.


Cl
H2N
+
O
O O
HO

GLICINA

CLORURO DE CARBOBENZOILO

O OH

CARBOBENZOXIGLICINA O O

SOCl 2

H CH3
N H2N
+
O Cl O

CLORURO DE O O HO
CARBOBENZOXIGLICINA
ALANINA

H2N H3C O

O N OH

O O H
CARBOBENZOXIGLICILALANINA

H2
Pd

H2N H3C O

NH
CH3 O
N OH
O
O H
PROTEINAS
CLASIFICACION DE LAS PROTEINAS

Atendiendo a la presencia o ausencia de grupos no peptídicos, las proteínas


pueden ser simples o complejas, las simples se forman únicamente de
aminoácidos y las complejas o conjugadas tienen otros componentes
orgánicos o inorgánicos.

De acuerdo a la organización espacial de las proteínas, se las clasifica en


fibrosas y globulares.

Las proteínas de tipo fibrosas insolubles en agua y físicamente resistentes y


las globulares solubles en agua o soluciones acuosas de ácidos o bases o sus
sales. (soluciones coloidales por el gran tamaño de las moléculas proteicas.

Las moléculas proteicas fibrosas son largas y en forma de hilo y tienden a


juntarse para formar fibras (puentes de H), las fuerzas intermoleculares que
tiene que vencer el solvente son fuertes, estas proteínas proporcionan apoyo
mecánico a las células del individuo y a los organismos por entero.
PROTEINAS
Las proteínas fibrosas sirven como principal material estructural de los tejidos
animales, función para la que se prestan dada su insolubilidad y tendencia a
la formación de fibras, la queratina de piel, pelo, uñas, lana, cuernos y
plumas; el colágeno de tendones; miosina del músculo y fibroína de la seda.

Las moléculas proteicas globulares son macromoléculas compactas, están


dobladas de modo que forman unidades compactas que a menudo se
aproximan a un aspecto esferoide, estos doblados se producen de tal manera
que la parte hidrófoba de la molécula se orienta al centro de la estructura,
alejándose del agua, y las partes hidrófilas tienden a ubicarse en la superficie
cerca del agua. Los puentes de H son intramoleculares y las áreas de
contacto entre moléculas son pequeñas y las fuerzas intermoleculares son
relativamente débiles.

Las proteínas globulares cumplen una variedad de funciones que tienen


relación con la mantención y regulación del proceso de la vida, funciones que
precisan de movilidad y solubilidad. Son proteínas globulares todas las
enzimas y muchas hormonas ej insulina del páncreas, tiroglobulina de la
tiroides, ACTH de la pituitaria, anticuerpos de los mecanismos de defensa del
cuerpo. Albúmina del huevo, hemoglobina de la sangre, fibrinógeno de la
sangre que se convierte en fibrina y produce la coagulación de la sangre.
PROTEINAS
De acuerdo a sus propiedades físicas se dividen en:

Albúminas: solubles en agua y coagulan con el calor.

Globulinas: insolubles en agua, solubles en soluciones salinas diluidas.

DESNATURALIZACIÓN

Los cambios ambientales o los tratamientos químicos, pueden causar una


desorganización en la configuración de una proteína, con la pérdida concomitante de la
actividad biológica, esto se llama desnaturalización.

Una proteína puede desnaturalizarse por: elevación o disminución del pH con lo que se
produciría un cambio del estado iónico de las cadenas laterales ionizables de la proteína
rompiendo puentes de hidrógeno y creando regiones de repulsión de cargas.

El calentamiento causa un incremento en la energía de vibración y rotación que puede


rebasar el delicado equilibrio de las interacciones débiles que estabilizan la conformación
plegada funcional. Las temperaturas elevadas o el tratamiento con ácidos o álcalis
fuertes pueden causar la inactivación irreversible porque se producen cambios
covalentes.
PROTEINAS
La desnaturalización produce un cambio fundamental en la proteína, destruye
en ella toda actividad fisiológica.

Los polipéptidos no se desnaturalizan posiblemente debido al tamaño menor


de estos.

ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

Se puede explicar en varios niveles:

Estructura primaria
Estructura secundaria
Niveles estructurales superiores
PROTEINAS
ESTRUCTURA PRIMARIA

Se refiere a la secuencia lineal de los aminoácidos y a la ubicación de los enlaces


disulfuro ( - S – S - ) entre los residuos de cisteína. Esta estructura primaria es una
descripción completa de los enlaces covalentes de una proteína, la secuencia de los
residuos, la conformación y función de la proteína. Las cadenas peptídicas proteicas son
residuos de aminoácidos, unidos entre si por uniones amídicas. Difieren de los
polipéptidos por tener peso molecular más alto (10000) y estructura más compleja.

Glicil-alanil-fenilalanil-serinil-cisteinil-valinil-treonina

Se confirma la estructura peptídica de las proteínas por muchos tipos de pruebas:

Hidrólisis con ácidos, bases o enzimática, para generar péptidos y aminoácidos.

Espectros infrarrojos: bandas características del grupo amido.


PROTEINAS
PROTEINAS
Las cadenas laterales R de los aminoácidos, difieren en cada uno de
ellos y estas cadenas pueden contener grupos ácidos o básicos (-
COOH y –NH2), y a causa de estos grupos hay grupos cargados
positiva o negativamente a lo largo de la cadena peptídica.

El comportamiento de una proteína en un campo eléctrico queda


determinado por el número relativo de estas cargas, las que a su
vez son afectadas por la acidez de la solución.

En el punto isoeléctrico se equilibran estas cargas, por lo que la


proteína no demuestra migración neta, su solubilidad es mínima
como en los aminoácidos.

Aunque todas las proteínas tienen una columna vertebral peptídica,


cada una de ellas tiene su propia secuencia, caracterizada por las
cadenas laterales que le imprimen sus propias características.
PROTEINAS
Electroforesis:

Método de separación y análisis de proteínas, se fundamenta en la diferencia


en el comportamiento de las proteínas en un campo eléctrico.

En una solución de concentración conocida de ion hidrógeno, algunas


proteínas se mueven hacia el cátodo y otras hacia el ánodo, lo que depende
del tipo de cargas en la estructura de cada una de ellas.

Las cadenas laterales no solo influyen por su acidez o alcalinidad en las


propiedades de las proteínas, sino también por sus otras propiedades
químicas e incluso por su tamaño y forma.

Los grupos OH y SH pueden formar ésteres, el grupo NH2 no sólo es básico


sino también nucleofílico. La diferencia entre el pelo liso y rizado son los
enlaces –S – S  en la seda y lana los grupos H y CH3 de R.
PROTEINAS
GRUPOS PROSTÉTICOS

Algunas proteínas contienen una parte no peptídica que se denomina grupo


prostético y dichas proteínas se llaman conjugadas, este grupo prostético
está íntimamente relacionado con la acción biológica específica de las
proteínas.

El grupo hemina de la hemoglobina se sujeta el grupo globulina por medio de


una combinación de fuerzas, coordinación de Fe con N y fuerzas de Van der
Waals entre las partes hidrofóbicas de ambas moléculas.

Muchas enzimas necesitan de cofactores para ejercer sus efectos catalíticos,


ejemplo iones metálicos, los cofactores orgánicos se denominan coenzimas, y
si se hallan unidos covalentemente a la enzima, también son grupos
prostéticos.
PROTEINAS
NAD: coenzima, dinucleótido de nicotinamida-adenina, se asocia con varias
enzimas hidrogenantes. Esta constituida por dos moléculas de D-ribosa
unidas en forma de éster fosfórico por el sistema heterocíclico fusionado,
conocido como adenina y por nicotinamida en forma de una sal de amonio
cuaternaria.

En algunos sistemas se encuentra como el sistema NADP, en el que ha sido


fosforilado OH del CH2 de la unidad de ribosa izquierda del NAD.

La función biológica característica de estas enzimas deshidrogenantes,


comprende la conversión de la porción NAD o NADP en la hidroestructura
correspondiente.

Tal como el NAD muchas moléculas que forman coenzimas son vitaminas que
deben proporcionarse en la dieta diaria para permitir un desarrollo o una
mantención adecuada de una estructura.
PROTEINAS
ESTRUCTURA SECUNDARIA

Se relaciona con el orden regular y repetitivo en el espacio,


de las cadenas polipeptídicas a lo largo de una dirección. En
los organismos existen dos formas estructurales bien
definidas y son: la hélice  y la lámina plegada . El arreglo
espacial de las cadenas polipeptídicas se ha logrado estudiar
por medio del análisis con rayos X.

Las unidades peptídicas se alinean una al lado de otras


formando láminas planas unidas entre ellas por puentes de H,
pero esto no es posible en la realidad porque los radicales R
se encuentran aglomerados, por tanto se produce una ligera
contracción para dar mayor espacio.
PROTEINAS
Las cadenas siguen lado a lado entre si unidad por puentes de H, la contracción genera
una lámina plegada, esta estructura se conoce como arreglo beta.

Cuando las cadenas laterales son grandes se pueden acomodar más adecuadamente por
medio de un tipo de estructura diferente. Cada cadena se enrolla como una hélice
(escalera de caracol), con puentes de H para mantener la estructura helicoidal. La
configuración L de los residuos exige que la hélice sea derecha llamada hélice alfa, y es
importante en la química de las proteínas.

ESTRUCTURA TERCIARIA

Se refiere a como las cadenas polipeptídicas se pliega para formar una estructura
compacta tridimensional , la cual se relaciona con la función biológica que cumple la
proteína.

La estructura terciaria depende de la estructura primaria de las proteínas, ya que los


residuos pueden actuar para formar los siguientes tipos de enlaces o fuerzas de
estabilización: enlaces disulfuro que doblaran o plegarán la cadena, puentes de
hidrógeno entre residuos y entre grupos R polares y el agua, interacciones hidrófobas
entre los R no polares, enlaces de coordinación con iones metálico, etc.
PROTEINAS
Cada hélice puede ser enrollada en una super hélice que tiene una vuelta por cada 35
vueltas de la hélice alfa.

Seis de estas super hélices se trenzan en torno a una séptima hélice recta, para formar
un cable de 7 hilos.

El colágeno posee una estructura particular por la presencia de prolina e hidroxiprolina,


que no tienen H en sus ciclos y por tanto no forman enlaces de H ni arreglos beta, peor
aún hélices alfa por la planaridad de los anillos.

La estructura del colágeno combina la naturaleza helicoidal de las proteínas del tipo alfa
con los puentes de H entre cadenas de las del tipo beta. Se trenzan entre si tres
cadenas peptídicas, cada una en forma de una hélice izquierda, para formar una super
hélice derecha de tres hebras, las cadenas se mantienen unidad por puentes de H y los
anillos pirrolidínicos se acomodan en espacios dejados por H de la glicina.

Al hervir el colágeno en agua, se convierte en gelatina que al enfriarse se convierte en


un gel.
PROTEINAS
En las proteínas globulares, es de suponer que la estructura secundaria sea aún más
compleja, con hélices alfa, pudiendo estar enrolladas en hélices o plegadas en láminas o
arreglos irregulares.

La secuencia de aminoácidos, queda determinada genéticamente, pero una vez


establecida, adopta el arreglo más estable.

Las proteínas son sumamente específicas en sus funciones fisiológicas, por ejemplo
enzimas que degradan compuestos alfa y no los beta.

La desnaturalización desenrolla la proteínas, destruye su forma característica y junto con


ella su actividad biológica específica.

ESTRUCTURA CUATERNARIA

Se refiere a las proteínas que contienen dos o más cadenas polipeptídicas unidas por
fuerzas no covalentes. Estas proteínas se llaman oligómeros, y dependiendo del número
de cadenas polipeptídicas pueden ser dímeros, trímeros, tetrámeros, etc.
PROTEINAS
A la manera como interactúan las subunidades de una proteína
multimérica se denomina estructura cuaternaria (muchas cadenas
juntas o polímeros), las subunidades se mueven una con respecto a
la otra.

Las secuencias de aminoácidos, de las subunidades pueden ser


diferentes, iguales o similares. Las interacciones entre las
subunidades incluyen uniones hidrofóbicas, interacciones iónicas y
puentes de H entre las cadenas laterales y el esqueleto.

La hemoglobina es una proteína con estructura cuaternaria, pues es


un tetrámero y consta de dos subunidades alfa y dos no alfa, cada
unidad tiene un grupo no proteínico donde se localiza el hierro, el
cual se une a la molécula y al oxígeno por enlace covalente
coordinado
PROTEINAS
SINTESIS DE ARN O TRANSCRIPCION
 El ADN presente en los cromosomas sirve como almacén de información genética de
las células. No participa directamente en el ordenamiento de los aminoácidos que
especifican una molécula de proteína.

 La polimerización de aminoácidos correspondiente la lleva a cabo un tipo de ARN, el


ARNm, que es una copia complementaria a la secuencia de bases de una cadena de
ADN, la cual comprende un gen.

 El proceso de formación de ARN se llama transcripción. Existen señales codificadas


en el ADN que indican a las enzimas que efectúan la transcripción, cuales son las
secuencias de ADN que deben transcribir y en donde iniciar y terminar dicho proceso.

 En el ADN existe una región llamada promotor con una secuencia precisa, la cual es
la que indica el ARN que se va transcribir desde el gen. A más del promotor, en el
ADN existen otras secuencias que desempeñan un papel crucial en la regulación de la
transcripción. El proceso de transcripción es mejor conocido en procariotas, en las
eucariotas el proceso conocido actualmente es muy diferente a las primeras. Las
células eucariotas poseen genomas extranucleares en los cloroplastos y mitocondrias
y la regulación de estos genomas es de vital importancia para la función celular
SINTESIS DE ARN O TRANSCRIPCION
 La enzima ARN polimerasa dependiente del ADN, cataliza la transcripción, esta
enzima tiene cierta afinidad por ciertas secuencias de ADN de los cromosomas,
los promotores. La fijación de la ARN polimerasa produce una fusión local
(desenrrollamiento y separación) de la doble hélice del ADN, que resulta en la
ruptura de los puentes de hidrógeno que se establecen entre las bases. Los
sustratos para ARN polimerasa son los ribósidos 5’trifosfatos (nucleótidos): ATP,
GTP, CTP y UTP. Un ion metálico divalente el Mg2+ o Mn2+ que se requieren
como cofactores. La síntesis de ARN generalmente se inicia en un nucleótido de
purina ATP o GTP, el cual es complementario al nucleótido que se encuentra en
el punto de inicio de la transcripción, sobre la cadena molde del ADN.

 El segundo nucleótido de trifosfato se alinea sobre el ADN molde y entonces se


forma una unión fosfodiester 3’-5’, entre el grupo 3’OH del primer nucleótido y
el grupo  fosfato del segundo nucleótido de trifosato, la reacción se favorece
con la hidrólisis del pirofosfato liberado. El alargamiento de la cadena de ARN
continúa de esta manera y se forma un segmento de híbrido ADN-ARN corto. La
cadena de ARN crece en la dirección 5’-3’, donde la ADN polimerasa está
asociada con su región de ADN duplicado no desenrollado, con ello se constituye
la llamada burbuja de transcripción, que se mueve a lo largo de la cadena de
ADN que se transcribe en la dirección 3’-5’
SINTESIS DE ARN O TRANSCRIPCION
 Cuando el segmento del híbrido ADN-ARN tiene una longitud de 12 pares de
bases, el extremo 5’ de la cadena de ARN se disocia de la cadena
complementaria de ADN y el ADN vuelve a su estado original. La ARN
polimerasa continúa a lo largo del ADN molde hasta que se encuentra una
secuencia terminal, una señal codificada en el ADN, la cual especifica que el
alargamiento del ARN debe detenerse. La ARN polimerasa y el ARN
terminado se disocian del ADN.

 ARN polimerasa recibe la instrucción acerca de cual de los nucleótidos


trifosfato debe incorporarse al ARN, sólo a través del ADN molde, ARN
polimerasa no tiene especificidad. En la síntesis del ARN no se requiere un
cebador.

 En la mayor parte de los casos sólo una cadena de ADN se transcribe en ARN
y por tanto se dice que la transcripción es asimétrica, Esto se relaciona con
evidencia que sugiere que un gen o una sección definida de ADN es
específica para un polipéptido, en otras palabras para un gen una proteína.
En algunos casos en que ambas cadenas de la misma región de ADN se
transcribe, es decir la transcripción es simétrica. Esto sucede con el ADN
mitocondrial de los mamíferos, sin embargo uno de los ARN transcritos es
degrado subsecuentemente.
SINTESIS DE ARN O TRANSCRIPCION
 A diferencia de ADN polimerasa la ARN polimerasa no tiene actividad de
edición para corregir la incorporación errónea de nucleótidos, sin embargo
cualquier error que ocurra no se perpetúa genéticamente, ya que el ARN no
se usa como almacén de información genética.

 La secuencia de ADN que se transcribe al ARN se llama unidad de


transcripción y el ARN producido transcrito primario. Este último a menudo se
modifica extensamente en varias formas, antes de asumir su papel funcional.
Todas las clases de ARN se transcriben del ADN.
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
 La información genética de una célula está contenida en la secuencia lineal de
nucleótidos del ADN. La expresión de esta información incluye la traducción de
la secuencia de nucleótidos del ADN a la secuencia de aminoácidos de las
proteínas.

 Este proceso se lleva a cabo en el ribosoma y requiere un gran número de


macromoléculas, entre ellas el ARN, el ARNt funciona como acarreador de
aminoácidos hasta el ribosoma, existe un ARNt para cada aminoácido. El ARNm
contiene la información proveniente del ADN, la cual está constituida de una
secuencia de nucleótidos que codifican exactamente para los veinte
aminoácidos.

 Cada tres bases en la estructura del ARNm representan un codón, que a su vez
es reconocido por el ARNt.

 La síntesis de proteínas es un complejo sistema que se realiza en cinco etapas


sucesivas:

 Activación, inicio, elongación, terminación y modificaciones postraduccionales.


BIOSINTESIS DE PROTEINAS
 La célula contiene la maquinaria para traducir la información genética de la
secuencia de nucleótidos de la molécula de ARNm a la secuencia de
aminoácidos de un proteína específica. Las moléculas de ARNm por si solas no
tienen afinidad por los aminoácidos, por lo que requiere el concurso del ARNt, el
cual reconoce por un lado la secuencia de nucleótidos y por otro lado el
aminoácido, mediante el ARNt la célula puede colocar un aminoácido en la
posición correcta cuando se sintetiza una proteína.

 El código genético es el conjunto de reglas mediante las cuales la secuencia de


polinucleotidos de un gen es traducida en la secuencia de aminoácidos de una
proteína.

 Debido a que hay cuatro bases nitrogenadas y 20 aminoácidos por codificar la


correspondencia no puede ser 1:1. Cada aminoácido debe ser codificado por
una secuencia de tres bases, lo cual genera 64 combinaciones, más de las
necesarias para codificar los 20 aminoácidos.

 Algunos aminoácidos pueden ser codificados por más de un codón, proceso que
se llama degeneración. Todos los aminoácidos excepto metionina y triptofano
son codificados por más de un triplete de nucleótidos. Existen tres codones que
no codifican para ningún aminoácido y se denominan codones sin sentido y
constituyen la señal que indica la terminación de la polimerización de los
aminoácidos, una vez que la proteína ha sido totalmente formada.
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
CODIGO GENETICO

Aminoácidos y codones que los codifican

Alanina GCX Treonina ACX


Arginina CGX, AGA, AGG Triptófano UGG
Asparagina AAU, AAC Tirosina UAU, UAC
Acido aspártico GAC, GAC Valina GUX, GUG
Cisteína UGU, UGC
Acido glutámico GAA, GAG
Glutamina CAA, CAG Terminación (tripletes UAA, UAG,
Glicina GGX sin sentido) UGA
Histidina CAU, CAG
Isoleucina AUU, AUC, AUA Inicia con codón de metionina o con
Leucina UUA, UUG, CUX codón de valina.
Lisina AAA, AUG
Metionina AUG
Fenilalanina UUU, UUC X es cualquier base presente en el
Prolina CCX ARNm
Serina UCX, AGU, AGC
BIOSINTESIS DE PROTEINAS

ACTIVACION

Se lleva a cabo en el citosol y básicamente consiste en que cada aminoácido se


une covalentemente con una molécula específica de ARN soluble o ARNt, esta
unión requiere ATP y es catalizada por una serie de enzimas dependiendo de
Mg2+ , cada una de las cuales es específica para un aminoácido.

INICIO

Los ribosomas completos no se unen directamente al ARNm, se requiere que las


dos unidades ribosómicas estén disociadas, así como la presencia de formil
metionil +ARN que ensamble con el codón específico de ARNm, permitiendo así
que el proceso de elongación se inicie.
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
ELONGACION

La cadena polipeptídica se forma por la unión covalente de unidades sucesivas


de aminoácidos, cada uno de los cuales es llevado al ribosoma y colocado en la
posición precisa por su correspondiente ARNt, que está apareado con su codón
correspondiente de ARNm, el complejo de inicio acepta un nuevo aminoácilARNt
para formar el primer enlace peptídico de la proteína, y posteriormente, el
ribosoma se desplaza hacia el siguiente codón con el ARNm, para formar el
segundo enlace peptídico y así sucesivamente hasta formar la proteína.

TERMINACION
Después de múltiples ciclos de elongación a la cadena polipeptídica se añade el
último aminoácido, el cual completa la proteína codificada con el ARNm. La
terminación del polipéptido está regulada por uno de los tres tripletes sin
sentido, de terminación presentes en el ARNm que se encuentra
inmediatamente después del codón que codifica para el último aminoácido de la
cadena polipeptídica. La cadena de ARNt no contiene anticodones
complementarios para los codones sin sentido.
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES

 Una proteína no es biológicamente activa hasta que se encuentra en una


conformación espacial o nativa, la cual está determinada por la secuencia de
aminoácidos que la forman. En algún momento de la síntesis, la cadena
polipeptídica adquiere su conformación activa, de esta manera el mensaje
genetico lineal proveniente de la molécula de ARN, es convertido en una
estructura específica tridimensional de la cadena polipeptídica. La cadena así
formada se somete a modificaciones covalentes.

 Eliminación de grupo formil y amino terminales

 Formación de puentes de disulfuro (protección de desnaturalización)

 Fosforilación de radicales de aminoácidos hidroxilados (actividad de tipo


biológico)
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
 Hidroxilación de algunos aminoácidos

 Se agregan nuevos aminoácidos

 Se agregan glúcidos (glucoproteínas) (membranas)

 Eliminación de aminoácidos en exceso (conversión de preproteínas en proteínas)

 Adición de grupos prostéticos

 Residuos de lisina o grupos carboxilo pueden ser metilados metilados.