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Bibliografia Marcadores

Moleculares
 Killops, S, Killops, V. 2005.
Introduction to organic
geochemistry 2nd Edition Chapter 5
”Chemical stratigraphic concepts
and tools” p 166-245 Blackwell U.K
 Poynter, J, Eglington, G 1991 “ The
biomarker concept-strenghts and
weaknesses “. Fresenius J Anal.
Chem 339:725-731

Bibliografia
 Brocks J.J, Summons, R.E 2005
“Sedimentary hydrocarbons,
biomarkers for early life” Chapter
8.03 p 64-114 IN Vol 8 “
Biogeochemisrty” - Treatise on
Geochemistry. Elsevier 701p

Geoquímica orgânica
– Básicamente é o estudo das
reações e processos que
ocorrem com as moléculas
orgânicas no no Sistema
Terra.
 Os processos são tanto mediados
biológicamente ou ainda controlados
pelas variáveis simples como a
Temperatura e Pressão, no caso dos
orgânicos ocluídos no interior da Terra.

Vida , moléculas e registros
geológicos
 A vida deixa tanto registros físicos visíveis a olho
nú( esqueletos, carapaças), ou ao
microscópio(microalgas) ou ainda moléculas orgânicas
fósseis no registro sedimentar.
 Os fósseis quimicos* ou marcadores moleculares, podem
dar indicações precisas da sua origem biológica inicial a
partir da sua composição isotópica e da estrutura
molecular.Podem ainda estimar as condições ambientais
reinantes no passado geológico.

 Em outras palavras a assinatura química original é preservada apesar dos processos biológicos ou geoquímicos a que foram submetidas. .rochas.Marcadores Moleculares Orgânicos  São moléculas orgânicas encontradas em sedimentos. betume ou petróleo que não sofreram alterações significativas na sua estrutura básica original que apresentavam nos organismos vivos.

A origem das porfirinas de ambas matrizes é a mesma : a molécula original da clorofila. .Histórico  O primeiro relato de um marcador molecular é de 1934 quando Treibs isolou moléculas de porfirinas tanto do petróleo como de sedimentos marinhos antigos e associou os fatos.Marcadores Moleculares.

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o pigmento do nosso sangue e bile. que é um anel plano com 12 átomos de C e 4 de N no centro.  As cadeias laterais esterificadas podem ser álcoois de cadeia longa como o fitol no caso da clorofila. . Papel biológico porfirinas  O núcleo básico da porfirina. No caso da clorofila o Mg é o metal complexado no centro do anel. é a base da construção de vários pigmentos de grande importância bioquímica. Na hemina. é o Fe o átomo complexado no anel porfirínico.

pois senão as porfirinas teriam sido completamente destruídas. . Esta descoberta levou Treibs acertadamente a propor a origem biológica para o petróleo e que os compostos precursores do petróleo não poderiam ter sido submetidos a temperaturas muito altas.  Isto significa que algumas moléculas orgânicas complexas podem sobreviver milhões de anos dentro de rochas ou sedimentos.

Assim compostos orgânicos que resistem a destruição parcial das suas estruturas originais pelo processos biogeoquímicos foram chamados de Fósseis Quimicos” por Eglinton(1967). Marcadores Orgânicos em Geoquímica: fósseis químicos » Devido a eficiência da remineralização da matéria orgânica .poucas moléculas conservam sua estrutura inteira intacta ou mesmo seu esqueleto carbônico original. .

. facilitou mais ainda identificação de inúmeros novos marcadores moleculares. Esta técnica permite a separação de misturas complexas de compostos orgânicos em matrizes naturais. a identificação de novos marcadores na década de 60 foi possível graças à cromatografia em fase gasosa.  O acoplamento da cromatografia de gás à espectrometria de massa nos anos 70. Após o trabalho pioneiro de Treibs com as porfirinas .

CROMATOGRAFIA Cromatografia Métodos de resolução de substâncias em uma mistura Fase móvel Separação cromatográfica Fase estacionária .

Gas Chromatograph Injection Port Detector Capillary Column Data System or Recorder Carrier Gas Oven Supply .

240 200 Temp (deg C) 160 120 80 40 0 0 10 20 30 40 50 60 Time (min) .

1) (c.2) .detetores (a) (b) (c.

Cromatógrafo .

Gas Chromatography E A D Gas Chromatograph B C Sample: mixture of volatile liquids (~1µ L) Gas Chromatogram B E C A ec nadnub A D 0 5 10 15 20 Time (minutes) .

comparado com o de padrões comerciais ou sintetizados no próprio laboratório. . Assim precisamos de um número enorme de padrões que são de alto custo ou investir tempo nas sínteses  Já com acoplamento CG-EM a identificação é feita pela razão massa/ carga do íon comparada com as M/z s de uma biblioteca de espectros.Cromatografia com DIC ou com Espectroscopia de Massa  No caso de detectores como o de ionização de chama a identificação é feita com base no tempo de retenção do pico .

Mass Spectrometer Sample Data Introduction Output Inlet Data System Ion Mass Ion Source Analyzer Detector Vacuum Pumps .

Electron Impact Ionization Source ~70 Volts Electron Collector (Trap) Positive Ions + Repeller Neutral Inlet __ Molecules + + + to + + + + Analyzer e.e- _ Electrons Filament Extraction Plate .e.

Magnetic Sector Mass Analyzer ion trajectory in register ion trajectory not in register (too light) S Ion Detector Source N ion trajectory not in register Electromagnet (too heavy) .

Quadrupole Ion Filter resonant ion non-resonant ion _ Detector + + _ Ion Source DC and AC Voltages .

Mass Spectrometer Sample Data Introduction Output Inlet Data System Ion Mass Ion Source Analyzer Detector Vacuum Pumps .

Mass Spectrometry O C H3 H3C C N N C C H Mass C C Spectrometer O N N H Typical sample: isolated compound (~1 nanogram) 194 Mass Spectrum 67 109 Abundance 55 82 42 94 136 165 40 60 80 100 120 140 160 180 200 Mass (amu) .

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. Uso de marcadores moleculares como traçadores de origem  Em 1967 Eglington passou a usar hidrocarbonetos encontrados em sedimentos marinhos ou organismos como traçadores de origem do material  Uma das primeiras aplicações foi no estudo da contaminação por petróleo de organismos e sedimentos. Pela distribuição dos alcanos (parafinas) é possível determinar a origem destes compostos.

Hidrocarbonetos como traçadores
 Hidrocarbonetos biogênicos ou
seja os naturais, apresentam
predominânica de parafinas com
número par de átomos de carbonos
no seu esqueleto. Já os
hidrocarbonetos de petróleo, ou
seja de origem antropogênica,
apresentam uma distribuição
equitativa de hidrocarbonetos de
número par e impar de carbonos.

C12

C13

C14 Tetradeceno

C15
FID1 A, (T EBAGO08\SEDTEB5.D)

C16 Hexadeceno

C17
Pristano

C18
Fitano

C19

C20 Eicoseno

C21

C22

C23

C24

C25

C26

C27
Amostra de sedimento com n-alcanos naturais

C28

C29

C30

C31

C32

C33

C34

C35

C12

C13

C14
FID1 A , (RLA MA H09 \C UR V T H P 1.D )

C15

Hexadeceno C16

Pristano C17

Fitano C18

C19

Eicoseno
C20

C21

C22

C23

C24

C25

C26
Amostra de petróleo da Baía de Todos os Santos

C27

C28
C29
C30
C31
C32

Cromatograma de uma amostra de sedimento com UCM

carvão ou de derivados do petróleo. A análise dos hidrocarbonetos polinucleares aromáticos(HPAs) de uma amostra ambiental também auxilia na identificação da sua origem . . Pela distribuição relativa dos HPAs não alquilados e alquilados no cromatograma ou no EM dá para saber se estes compostos vieram da combustão de biomassa.  O Laboratório de Química Orgânica Marinha do IOUSP utiliza em rotina os marcadores moleculares como traçadores de origem.

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fica ainda mais facilitada a identificação da origem do material se marinho ou terrestre ou mista. como é o caso do equipamento IRCGMS que foi mostrado a vocês no laboratório da Geoquímica Marinha. Razões isotópicas acoplada a CG- MS  Com o acoplamento da cromatografia de gás simultaneamente a determinação das razões isotópicas numa só injeção. .

assim sendo sua ocorrência pode ser associada a existência prévia destes organismos naquele ambiente. . Definição atual de Marcador Molecular  “ Uma molécula orgânica cujo esqueleto carbônico pode ser ligado inequivocamente à um precursor biológico definido”  Algumas moléculas sómente são produzidas por certas espécies ou classes de organismos .

origem da vida  Arqueologia  Estudos microbiológicos  Exobiologia . Áreas de aplicação dos marcadores moleculares  Exploração de petróleo e gás  Paleoceanografia  Exploração da biosfera.

Requisitos para uso de marcadores moleculares Os compostos devem ser possíveis de serem determinados quantitativamente em matrizes naturais complexas fornecendo: -Identificação das estruturas moleculares -Composição isotópica -Origem biológica claramente associada a um grupo de organismos. .

Requisitos para marcadores moleculares  Isso implica num o esqueleto carbônico bem definido e com características próprias devido a especificidade do processo biossíntético.São os terpenos( do Grego terebinthos. terebentina). Portugues.  Blocos de Construção bem definidos  Exemplo é sequência isoprênica C=C-C=C  C Isopreno é elemento básico de construção de vários compostos com 10. No ambiente marinho o esqualeno é um exemplo de terpenóide sendo o precursor do colesterol.15 ou 20 Cs. .

Diterpenos importantes na ambiente marinho  Phytol derivado da clorofila  .

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N15 e O16 eO18 nestas carapaças. Paleo-oceanografia Clássica  Antes do uso generalizado de marcadores moleculares a forma clássica de avaliar a contribuição sedimentar para os ambientes atuais. . era o estudo dos fósseis marinhos. Posteriormente passou-se a usar as razões isotópicas de C 13. visíveis pela microscopia como restos de esqueletos calcáreos ou silicosos.

 Ocorre que nem sempre os sedimentos  mais antigos preservaram estes restos de organismos. Estratigrafia química Químiotaxonomia Paleoceanografia  O exemplo clássico são os esqueletos de foraminíferos marinhos.  Em contraste os lipídeos são bem preservados fazendo parte da constituição bioquímica original do .

Os hidrocarbonetos em geral. Deste modo na prática são os marcadores moleculares mais utilizados em rotina. ácidos graxos e alcooís superiores são bem preservados nos sedimentos marinhos e nas rochas geradoras de óleo. . Requisitos de Biomarcadores  organismo.

O marcador não precisa conservar todos seus grupos funcionais originais como COOH. OH. etc durante os processos de diagenese.Mas isto não significa que qualquer lipídeo ou hidrocarboneto sirva como marcador ideal. Características dos Biomarcadores  . . NH2. metagenese mas precisa conservar seu esqueleto principal.

Alterações da estrutura original dos marcadores moleculares  Durante a diagênese nos sedimentos os marcadores sofrem as mesmas reações que os outros orgânicos do sedimento:  Perda dos grupos funcionais  Aromatização( perda de Hs)  Isomerização  A diferença é que o esqueleto carbônico básico é conservado .

Paleo-oceanografia Clássica  Tradicionalmente a relação O18:O16 do restos de fósseis de invertebrados marinhos  ( testas carbonáceas). de compensação do carbonato e a diagênese afetam a exatidão destas determinações . a profundidade. encontrados no sedimentos tem sido usada na determinção das paleotemperaturas dos oceanos. mas a extensão das glaciações. o balanço da evaporação e precipitação.

Uma nova e fascinante aplicação dos marcadores moleculares é nos estudos da paleotemperatura dos oceanos . Marcadores moleculares e a paleotemperatura dos oceanos Tradicionalmente os marcadores moleculares são muito utilizados pela industria de petróleo para caracterizar os diversos tipos de óleo e sua maturidade.

As alquenonas são cetonas insaturadas de cadeia longa. Uso das alquenonas Uma alternativa ao uso das testas de fosséis e a relação O16/O18 é usar um marcador molecular. como a Emiliana huxleyi. presentes em algas halofitas. . C37-C39.

registrando assim as variações dos blooms de fitoplâncton que ocorreram no passado geológico. . Emiliana huxleyi Esta alga é ubíqua em todos oceanos e suas assinaturas moleculares estão presentes em praticamente todos sedimentos marinhos e lacustres.

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isto é o. das alquenonas encontradas nos sedimentos. número de duplas ligações entre os Cs . Ocorrência das alquenonas  A maior fonte das alquenonas é o cocólitoforito “Emiliana Huxley” Estudos com culturas destas algas mostraram que o número de duplas ligações era função da temperatura de cultivo. . Aumentando as duplas ligações diminui o ponto de fusão destes lipídeos permitindo a sobrevivência desta alga em temperaturas mais baixas. esta associada as quedas de temperatura ocorridas nos oceanos no passado.  O grau de insaturação.

 Isto porque são os lipídeos é que garantem a fluidez celular.  Para calibração do método é usada a relação das alquenonas C 37:2 e C 37:3. Esta notação refere-se a posição das duplas ligações . sendo os lipideos mais estáveis que conhecemos. As alquenonas resistem bem aos processos diagenéticos.

Aplicações dos marcadores moleculares no Atlântico Sul  Tese de Livre Docência da Prof.a Márcia Caruso Bícego em 2007 IOUSP  “ Reconstrução paleoceanográfica dos últimos 7500 anos na plataforma continental do Atlântico Sudoeste baseada em marcadores geoquímicos orgânicos” .

 Tese de Doutorado de Rafael Lourenço 2007 IOUSP  “ Aplicação de marcadores orgânicos moleculares em estudos oceanográficos e paleoceanográficos: Estudo de caso na Margem Continental Superior do Sudeste do Brasil 142p .

Foi possível inferir claramente mudanças de temperatura e de produção primária no período de alguns milhares de anos com estes marcadores. esteróis. alquenonas. ácidos graxos e álcoois superiores como marcadores moleculares nos testemunhos de sedimentos. Em ambos trabalhos foram usados os hidrocarbonetos. .

* .  A extração simples com um único solvente remove os lipídeos livres. sedimentos ou organismos estão na forma livre ou químicamente ligados. Dependendo do tipo de estudo é necessária um extração diferenciada dos dois da matriz original. Lipídeos como Marcadores: Metodologia Analítica  Os lipídeos na coluna de água.

mas facilmente solúveis em em solventes de gorduras tais como clorofórmio. éteres. Definição de Lipídeos  * Lipídeos são todas substâncias produzidas por organismos. hidrocarbonetos alifático e aromáticos e acetona” apud Bergmann. tetracloreto de carbono. 1963  A definição é “ OPERACIONAL” não definindo classe pelos grupos funcionais . que são praticamente insolúveis em água.

 Já Alcoois. Lípideos saponificáveis e insaponificáveis  Os Ácidos Graxos e seus ésteres (Gorduras) são solubilizados pela saponificação em meio alcalino forte. . Esteroídes e hidrocarbonetos não são afetados pelos alcalis  Já na extração da matriz original(sed/org) podemos usar esta diferença para uma separação prévia por tipos .

carotenóides. Lipídeos Polares e Apolares  Apolares ou neutros:Cêras.esteróis hidrocarbonetos. pigmentos da clorofila. . ésteres de ácidos carboxílicos( gorduras).  Polares: Principalmente fosfolipídeos mas também inclui as lipoproteínas.

 Os neutros tem como função principal estocar energia nos organimos. .  Os lipídeos estão entre os compostos orgânicos mais abundantes dos organismos. Papel Biológico dos Lipideos Neutros e Polares  Os polares constituem os principais componentes das membranas celulares dos seres vivos. servindo ainda de agentes de transmissão e recepção nervosa.

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Estruturas químicas do lípideos usados como marcadores  Extremamente diversificadas  Hidrocarbonetos simples  Ácidos graxos livres  Álcoois superiores  Terpenóides  Esteróis  Hopanos .

 Analise final por cromatografia de gás com Detector de Ionização de Chama ou acoplada a Espectrometria de Massas .Etapas do procedimento analítico  Extração  Purificação dos extratos – Clean Up  Derivatização(Opcional).

Extração .

Clean up .

Cromatografia .

C27. C30 e C32. Já nas cêras cuticulares  hidrocarbonetos ímpares n. Lipídeos predominantes em matrizes biológicas  São os hidrocarbonetos e ácidos graxos  No Fito e Zooplâncton marinhos:  Ácido Graxo predominante é o n-C16  Hidrocarbonetos: n-C17 e n-C18  Nas Plantas Terrestres Superiores temos  ácidos graxos pares de maior PM como n- C28. C29 e C31 .

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Unidades básicas de esqueletos de C dos lípideos marcadores  Os lipídeos marcadores apresentam dois tipos principais de cadeias  C  Poli-isoprenos (C=C-C-C) n   Poliquetídeos .

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Lipídeo de plantas terrestres .