16­1

The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Three processes play central roles in aerobic 
metabolism
• Citric acid cycle (TCA cycle, Krebs cycle) Know all 
structures!
• Electron transport chain
• Oxidative phosphorylation
Metabolism: the chemical changes in living cells by which energy 
is provided for vital processes and activities and new material is 
assimilated, consists of…
• catabolism:
catabolism: the oxidative breakdown of nutrients
• anabolism:
anabolism: the reductive synthesis of biomolecules

The citric acid cycle is 
amphibolic
amphibolic; that is, it 
plays a role in BOTH catabolism and anabolism
16­2
The Citric Acid Cycle: 
The Citric Acid Cycle: 
overview
overview
Pyruvate
Acetyl­CoA
GDP
GTP
FAD
FADH
2
NAD
+
NADH
NAD
+
NADH
CO
2
NAD
+
NADH
CO
2
Citric
acid
cycle
(8 steps)
Coenzyme A
NAD
+
NADH
Responsible for 
Responsible for 
producing NADH 
producing NADH 
that is used for 
that is used for 
ATP production by 
ATP production by 
electron transport
electron transport
Remember, for 
Remember, for 
every glucose, this 
every glucose, this 
cycle occurs twice!
cycle occurs twice!
16­3
Pyruvate to Acetyl­CoA
Pyruvate to Acetyl­CoA

Oxidation by NAD
+
 and formation of a thioester
• this 5 step conversion requires NAD
+
, FAD, Mg
2+

thiamine pyrophosphate, coenzyme A, and lipoic acid
• ∆G°’ = ­33.4 kJ•mol
­1
    drives formation of acetyl­CoA
CH
3
CCOO
-
+ NAD
+
CoA-SH +
CH
3
C-SCoA + CO
2
pyruvate
dehydrogenase
complex
Pyruvate Coenzyme A
Acetyl­CoA
O
O
+ NADH
First NADH produced
First NADH produced
in TCA cycle!
in TCA cycle!
made up of
made up of
5 enzymes
5 enzymes
16­4
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 1: condensation of acetyl­CoA with 
oxaloacetate; ∆G°’ = ­32.8 kJ•mol
­1
 (results from
high energy thioester bond)
• citrate synthase is an allosteric enzyme, inhibited by 
NADH, ATP, and succinyl­CoA
CH
3
C-SCoA
Acetyl­CoA
C­COO
­
CH
2
­COO
­
Oxaloacetate
+ C­COO
­
HO
CH
2
­COO
­
CH
2
­COO
­
+
CoA­SH
Coenzyme A
citrate
synthase
Citrate
O
O
condensation refers to
condensation refers to
new C­C bond formation
new C­C bond formation
16­5
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 2: dehydration and rehydration gives 
isocitrate; catalyzed by aconitase
C-COO
-
HO
CH
2
-COO
-
CH
2
-COO
-
Citrate
C­COO
­
CH
2
­COO
­
C­COO
­
H
CH­ COO
­
CH
2
­COO
­
Aconitate
HO
Isocitrate
CH­ COO
­
example of an isomerization
example of an isomerization
H
H
2 2
O
O
H
H
2 2
O
O
16­6
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 3: oxidation of isocitrate followed by 
decarboxylation
•  isocitrate dehydrogenase is an allosteric enzyme; it is 
inhibited by ATP and NADH, activated by ADP and 
NAD
+
C-COO
-
H
CH-COO
-
CH
2
-COO
-
HO
Isocitrate
C­COO
­
H
C­COO
­
CH
2
­COO
­
C­H
H
C­COO
­
CH
2
­COO
­
NADH NAD
+
αKrtoyiutopotr
XO
2
ioo)itpotr
ôrnwôpoyrvoor
O
O
Ocoioou))ivotr
Second NADH
Second NADH
Produced in TCA cycle!
Produced in TCA cycle!
16­7
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 4: oxidative decarboxylation of 
α­ketoglutarate to succinyl­CoA
• like pyruvate dehydrogenase, α­ketoglutarate 
dehydrogenase is a multienzyme complex and requires 
coenzyme A, thiamine pyrophosphate, lipoic acid, FAD, 
and NAD
+
• ∆G
0’
 = ­33.4 kJ•mol
­1   
drives formation of succinyl­CoA
CH
2
C-COO
-
CH
2
-COO
-
α­Ketoglutarate
O
CoA­SH
NADH NAD
+
a­ketoglutarate
dehydrogenase
complex
CH
2
C
CH
2
­COO
­
SCoA O
Succinyl­CoA
+
CO
2
third NADH produced
third NADH produced
in TCA cycle!
in TCA cycle!
thioester
thioester
16­8
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 5: formation of succinate
• this is the first energy­yielding step of the cycle
• breakage of the thioester drives GTP formation
CH
2
C
CH
2
-COO
-
SCoA
O
Succinyl­CoA
GDP  +  P
i
CoA­SH
Succinate
+ GTP +
succinyl­CoA
synthetase
CH
2
­COO
­
CH
2
­COO
­
+
Succinyl­CoA
+
H
2
O Succinate
+
CoA-SH
GDP + Pi GTP
+
H
2
O
∆I

(xû~µoi
1
)
33.4
+30.1
3.3
Lu))ivwiXoA
+
IAH + Hi Lu))ivotr + XoALH + ITH
ATP
ATP
16­9
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 6: oxidation of succinate to fumarate

Step 7: hydration of fumarate to form malate
FAD
FADH
2
CH
2
-COO
-
CH
2
-COO
-
Succinate
succinate
dehydrogenase
C
C
H
H
COO
­
­
OOC
Fumarate
C
C
H
H
COO
-
-
OOC
Fumarate
H
2
O
CH­ COO
­
HO
CH
2
­COO
­
L­Malate
fumarase
goes to electron
goes to electron
transport chain
transport chain
16­10
The Citric Acid Cycle
The Citric Acid Cycle

Step 8: oxidation of malate to oxaloacetate

Completes TCA cycle to produce oxaloacetate
for condensation with new acetyl­CoA
C-COO
-
CH
2
-COO
-
Oxaloacetate
NAD
+
NADH
malate
dehydrogenase
CH­ COO
­
HO
CH
2
­COO
­
L­Malate
O
fourth NADH produced
fourth NADH produced
in TCA cycle
in TCA cycle
16­11
The TCA cycle at a glance
The TCA cycle at a glance
CoA­SH
+
Pyruvate dehydrogenase complex
Citric acid cycle
Pyruvate
+ NAD
+
Acetyl-CoA+ NADH + CO
2
H
+
+
Acetyl-CoA+3NAD
+
+FAD GDP + +
P
i
2CO
2
+CoA-SH+ 3NADH 3H
+
+ +FADH
2
+ GTP
Pyruvate 4NAD
+
+FAD GDP
+ +
P
i
2H
2
O
+
2H
2
O
+
3CO
2
+4NADH +
FADH
2
+GTP 4H
+
+
+
Since glycolysis results in 2 pyruvate per glucose,
Since glycolysis results in 2 pyruvate per glucose,
this reaction should be doubled to tell you how much
this reaction should be doubled to tell you how much
you get from 1 glucose.
you get from 1 glucose.
 
16­12
Control of the TCA Cycle
Control of the TCA Cycle
Figure 16.7 Conversion of pyruvate to acetyl­CoA
                       
High ATP, NADH,
High ATP, NADH,
and TCA cycle
and TCA cycle
intermediates 
intermediates 
indicate 
indicate 
surplus
surplus
 
energy in the cell.  
energy in the cell.  
The opposite Is
The opposite Is
true for high ADP
true for high ADP
and NAD
and NAD
+ +
.
.
16­13
Control continued
Control continued

Cells in a resting metabolic state
• need and use comparatively little energy
• high ATP, low ADP imply high ATP/ADP ratio
• high NADH, low NAD
+
 imply high NADH/NAD
+
 ratio
• results in inactivation of metabolism

Cells in an active metabolic state
• need and use more energy than resting cells
• low ATP, high ADP imply low ATP/ADP ratio
• low NADH, high NAD
+
 imply low NADH/NAD
+
 ratio
• results in stimulation of metabolism
16­14
TCA Cycle in Catabolism
TCA Cycle in Catabolism

The breakdown products of proteins, 
carbohydrates, and fatty acids all feed into the 
citric acid cycle at one or more points
Pyruvate
αKrtoyiutopotr
Lu))ivwiXoA
4uµopotr
Ocoioo)rtotr
4ottw A)iôo
Hpotrivo
Aµivo A)iôo
A)rtwiXoA
Xopþonwôpotro
Moiotr
ivtrpµrôiotro
oo tnr )itpi)
o)iô )w)ir
Generation of energy
Generation of energy
from proteins does not
from proteins does not
require glycolysis and
require glycolysis and
should result in less
should result in less
ATP production than
ATP production than
from glucose.
from glucose.
16­15
CA Cycle in Catabolism
CA Cycle in Catabolism
Figure 16.9 A summary of catabolism
                              
                               
16­16
The TCA Cycle in Anabolism
The TCA Cycle in Anabolism

The citric acid cycle is also a source of starting 
materials for the biosynthesis of other 
compounds
• examples include:
-
OOCCH
2
CH
2
CCOO
-
O
transamination
­
OOCCH
2
CH
2
CHCOO
­
­
OOCCH
2
CCOO
­ ­
OOCCH
2
CHCOO
­
NH
3
+
NH
3
+
O
αKrtoyiutopotr
Ocoioo)rtotr Aoroptotr
Iiutoµotr
tpovooµivotiov
16­17

If a component of the citric acid cycle is taken out 
for biosynthesis, it must be replaced to keep the 
cycle going
• oxaloacetate, for example, is replaced by the 
carboxylation of pyruvate (no energy produced from 
this molecule of pyruvate)
CA Cycle and Anabolism
CA Cycle and Anabolism
CH
3
CCOO
-
CH
2
CCOO
-
O
COO
-
+ CO
2
+
ATP + ADP + P
i
Pyruvate
Oxaloacetate
biotin
pyruvate
carboxylase
O
16­18
The TCA Cycle in Anabolism
The TCA Cycle in Anabolism
The supply of metabolic intermediates
                       
If intermediates are
If intermediates are
removed from the
removed from the
TCA cycle, acetyl­CoA
TCA cycle, acetyl­CoA
will build up and trigger
will build up and trigger
the production of
the production of
oxaloacetate from 
oxaloacetate from 
pyruvate and CO
pyruvate and CO
2 2
.  This
.  This
replenishes the pathway.
replenishes the pathway.
16­19
The TCA Cycle in Anabolism
The TCA Cycle in Anabolism
Transfer of materials in gluconeogenesis
                            
Occurs when energy level
Occurs when energy level
in the cell causes catabolism
in the cell causes catabolism
to be shut down.  
to be shut down.  
Pyruvate
Pyruvate
 
will be shuttled out of the
will be shuttled out of the
mitochondrion either in
mitochondrion either in
the form of 
the form of 
PEP
PEP
 or 
or 
malate
malate
.
.
 
16­20
The TCA Cycle in Anabolism
The TCA Cycle in Anabolism

Lipid anabolism (production) begins with acetyl­
CoA and takes place in the cytosol
acetyl­CoA is produced mainly in mitochondria from 
pyruvate by breakdown of fatty acids and 
carbohydrates
an indirect transfer mechanism, involving citrate, 
exists to get acetyl­CoA into the cytoplasm for 
anabolism­ citrate can freely cross the membrane
Citrate
+
CoA-SH + ATP
Acetyl-CoA
+
Oxaloacetate +ATP +P
i D
D
FA biosynthesis
FA biosynthesis
16­21
The TCA Cycle in Anabolism
The TCA Cycle in Anabolism
• the net effect of these two reactions is replacement of 
NADH by NADPH, which may be used for reductive
biosyntheses
• while there is some NADPH produced by this means, 
its principal source is the pentose phosphate pathway

The anabolic reactions that produce amino acids 
and many other biomolecules begin with TCA 
cycle molecules that are transported into the 
cytosol
Oxaloacetate +
NADH
Malate
+ NAD
+
+
H
+
Malate+ NADP
+
Pyruvate +
NADPH
+
CO
2
+
H
+
16­22
TCA Cycle and Anabolism
TCA Cycle and Anabolism
Summary of anabolism
                     

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