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La Termodinámica y la Vida

Prof. Mirko Zimic
mzimic@jhsph.edu
La Biología está basada en la
materia ´suave´ viviente
Auto-ensamblaje
Alta especificidad
Información
“Los objetos vivientes están
compuestos por moléculas inertes”
Albert Lehninger
El problema es:
Cómo estas moléculas
confieren la admirable
combinación de
características que
denominamos vida???
Cómo es que un
organismo vivo aparece
ser más que la suma de
sus partes inanimadas???
La Física procura entender y reducir la
Biología en leyes fundamentales
Pero este es un problema muy
complicado !
Son demasiadas las variables y resulta
imposible describir un sistema de un
número tan grande de partículas
SOLUCIÓN:
Descripción estadística del mundo ´aleatorio´
La ACTIVIDAD COLECTIVA de ‘muchos’ objetos de
Movimiento aleatorio puede ser predicho, aun cuando el
movimiento exacto de un sólo objeto es desconocido
Si todo en el nano-mundo de las células es aleatorio,
cómo podemos realizar predicciones?
TERMODINÁMICA
• Permite predecir la ACTIVIDAD
COLECTIVA de ‘muchos’ objetos de
movimiento aleatorio, aun cuando el
movimiento exacto de un sólo objeto es
desconocido
Todo en el Universo esta
compuesto por Materia y Energía

Materia: - Medida de la ‘inercia’

Energía: - Energía cinética (movimiento)
- Energía potencial (reposo)
E = M C
2
Trabajo

Trabajo = Fuerza × Distancia

W = F ∆ x

La unidad del trabajo es el Newton-metro
conocido también como Joule.
Trabajo mecánico
F
F
∆ x
Kinetic Energy

Kinetic Energy is the energy of motion.

Kinetic Energy = ½ mass × speed
2
2
mv
2
1
KE ·
Potential Energy

The energy that is stored is called
potential energy.

Examples:

Rubber bands

Springs

Bows

Batteries

Gravitational Potential PE=mgh
Conversión entre la Energía cinética y
la Energía potencial
Qué es la Bioenergética?
• Es la disciplina que estudia los aspectos
energéticos en los sistemas vivos, tanto a nivel
molecular como a nivel celular.
– Interacciones moleculares
– ATP como biomolécula almacenadora de energía
– Biocatálisis
– Reacciones acopladas
Interacciones Fundamentales

Interacción Gravitacional (masa-masa)

Interacción Electromagnética (carga-dipolo)

Interacción Nuclear Débil (electrones-núcleo)

Interacción Nuclear Fuerte (protones-
neutrones)
Los Sistemas Biológicos son guiados
fundamentalmente por Interacciones
Electromagnéticas

Enlaces Covalentes

Enlaces No-covalentes (Interacciones Débiles):

Puentes de Hidrógeno

Efecto Hidrofóbico

Interacciones Iónicas

Interacciones Ión-Dipolo

Interacciones Dipolo-Dipolo

Fuerzas de Van der Waals
Enlace Covalente
Las interacciones Iónicas se dan
entre partículas cargadas
PUENTE DE
HIDRÓGENO
Participación de los Puentes de Hidrógeno:
Replicación, Transcripción y Traducción
Las interacciones débiles dirigen el
proceso de ‘docking’ molecular
El efecto hidrofóbico colabora en
el plegamiento de las proteínas
Revisión de algunos conceptos
Termodinámicos

Sistemas termodinámicos

Equilibrio termodinámico

Temperatura

Calor

Entalpía

Energía Libre

Entropía
Clasificación de los sistemas
termodinámicos

Sistemas Abiertos

Intercambian materia y energía con el exterior

Sistemas Cerrados

Sólo intercambian energía con el exterior

Sistemas Aislados

No tienen ningun tipo de intercambio con el
exterior
Equilibrio Termodinámico
Un sistema se encuentra en equilibrio
termodinámico cuando la distribución
espacial y temporal de la materia y la
energía es uniforme
En el equilibrio termodinámico se
reducen las gradientes y con ello se
reduce la energía potencial
Qué esta más frío?
El metal o la madera?
Temperatura
Es la medida de la energía cinética
interna de un sistema molecular
E
k
= N K T /2
Cool Hot
Qué es el “cero absoluto”?
Escalas de temperatura
Fahrenheit Celsius Kelvin
Boiling Point
of Water
Freezing Point
of Water
Absolute Zero
212°F
32°F
-459°F
100°C
0°C
-273°C
373 K
273 K
0 K
Los estados de la materia
Sólido Líquido
Gas Plasma
Calor
Es la energía cinética
que se propaga debido a
un gradiente de
temperatura, cuya
dirección es de mayor
temperatura a menor
temperatura
El flujo del calor
T = 100
o
C
T = 0
o
C
Temperature
Profile in Rod
Heat
Vibrating copper atom
Copper rod
Reversibilidad

Reversibility is the ability to run a process
back and forth infinitely without losses.

Reversible Process

Example: Perfect Pendulum

Irreversible Process

Example: Dropping a ball of clay
Procesos reversibles

Examples:

Perfect Pendulum

Mass on a Spring

Dropping a perfectly elastic ball

Perpetual motion machines

More?
Procesos irreversibles

Examples:

Dropping a ball of clay

Hammering a nail

Applying the brakes to your car

Breaking a glass

More?
Primera Ley de la Termodinámica
“ La energía no se crea ni se destruye, sólo
se transforma”
Q = W + dE
First Law: Energy conservation
Internal energy (E).- Total energy content of a system.
It can be changed by exchanging heat or work with
the system:
E
Heat-up the system
Do work on the system
E
Cool-off the system
Extract work from the system
∆ E = q + w
w
-P∆ V

Entalpía
H=E+PV
La entalpía es la fracción de la energía
que se puede utilizar para realizar
trabajo en condiciones de presión y
volumen constante
dH<0 proceso exotérmico
dH>0 proceso endotérmico
Entropía
S = K Ln(W)
La entropía es la medida del grado de
desorden de un sistema molecular
S
1
> S
2
La entropía es la medida del grado
de desorden de un sistema
Ordered Solid
Disordered Liquid
Hard-sphere crystal
Hard-sphere liquid
Hard-sphere freezing is driven
by entropy !
Higher Entropy…
Lower Entropy…
Segunda Ley de la Termodinámica
“En todo sistema
aislado, la entropía
siempre aumenta
hasta alcanzar el
estado de equilibrio”
dS>=0 (dS>=dQ/T)
Ordering and 2
nd
law of thermodynamics
-
Condensation into liquid (more ordered).
-
Entropy of subsystem decreased…
-
Total entropy increased! Gives off heat to room.
System in thermal contact with environment
Equilibration
Initially high
Cools to room
Algunos eventos bioquímicos contradicen
la segunda ley de la termodinámica?
• Second Law of Thermodynamics
– naturally occurring processes are directional
– these processes are naturally irreversible
Energía Libre de Gibbs
G=H-TS
La energía libre es
la fracción de la
energía que se
puede utilizar para
realizar trabajo en
condiciones de
presion, volumen y
temperatura
constante
Lo importante es la variación de la
energía libre…
dG<0 proceso exergónico (espontáneo)
dG>0 proceso endergónico
dG<0  perder capacidad de hacer trabajo ==
perder energía potencial == aumentar el desorden
(entropía)
∆G= ∆H - T ∆S
∆G+ (exergónico) ∆H +(endotérmico)

∆G – (endergónico)∆H- (exotérmico)
∆S +(sube entropía) ∆S – (baja
entropía)
Table 3.2


La paradoja del ¨Demonio de Maxwell¨
Segunda ley: Entropía y desorden
Las Enzimas o biocatalizadores,
reducen la Energía de Activación
La molécula de ATP
Los seres vivos utilizan la
molécula de ATP como
medio principal para
almacenar energía
potencial proveniente de
la degradación de los
alimentos
La manera de utilizarse la energía en la
molécula de ATP es mediante la separación
de un grupo fosfato el cual está unido
mediante un enlace covalente de alta energía
La síntesis de
ATP ocurre
durante la
glicólisis y la
respiración
celular en la
mitocondria
usualmente
En las plantas, la síntesis
de ATP ocurre asistida por
luz durante la fotosíntesis,
la cual es luego empleada
en las denominadas
reacciones oscuras. Este es
un ejemplo de
transformación de energía
radiante en energía
química.
El ATP participa en una serie de
reacciones acopladas
Diversas moléculas
biológicas requieren la
capacidad de
‘moverse’ para cumplir
sus funciones… Por lo
tanto hace falta energía
para realizar esta
función.
La fuente de energía
para el movimiento
molecular es
fundamentalmente el
ATP
El ATP contribuye a diversos
tipos de reacciones
El ATP suele participar en el
correcto plegamiento de las
proteínas
Thermodynamics
First Law: Energy conservation
Internal energy (E).- Total energy content of a system.
It can be changed by exchanging heat or work with
the system:
E
Heat-up the system
Do work on the system
E
Cool-off the system
Extract work from the system
∆ E = q + w
w
-P∆ V

Thermodynamics
A more useful concept is: ENTHALPY (H)
H = E + PV
At constant
pressure…
P V V P w V P - q H
p
∆ + ∆ +

+ ∆ · ∆
∆ E
0 0
Only P-V work involved… w´ = 0
(as in most biological systems)
So…
p
q H· ∆
At constant pressure, the enthalpy change in a process is
equal to amount of heat exchanged in the process by the
system.
Thermodynamics
We have…
H = E + PV
∆ H = ∆ E + P∆ V +
V∆ P
∆ P = 0
∆ V ≈ 0
in biological
systems
0 0
∆ H ≅ ∆ E
at ∆ P = 0 and since ∆ V ≈ 0
Q: How is this energy stored in the system?
1) As kinetic energy of the molecules. In isothermal (∆ T =
0) processes this kinetic energy does not change.
2) As energy stored in chemical bonds and interactions. This
“potential” energy could be released or increased in chemical
reactions
A:
Thermodynamics
Second Law: Entropy and Disorder
Energy conservation is not a criterion to decide if a process will
occur or not:
Examples…
q
Hot
T
Cold
T
T T
∆ E = ∆ H =
0
This rxn occurs in one
direction and not in the
opposite
these processes
occur because
the final state
( with T = T &
P = P) are the
most probable
states of these
systems
Let us study a simpler case…
tossing 4 coins
Thermodynamics
All permutations of tossing 4 coins…
1 way to obtain 4 heads
4 ways to obtain 3 heads, 1 tail
6 ways to obtain 2 heads, 2 tails
4 ways to obtain 1 head, 3 tails
1 way to obtain 4 tails
Macroscopic states…

H T T H
H H T T
H T H T
T H H T
T T H H
T H T H
2! 2!
4!
6
·
Microscopic states…
1
4
6
4
1
4 H, 0 T
3 H, 1 T
2 H, 2 T
1 H, 3 T
0 H, 4 T
The most probable
state is also the
most disordered
In this case we see that ∆ H = 0,
i.e.:
there is not exchange of heat between the system and its
surroundings, (the system is isolated ) yet, there is an
unequivocal answer as to which is the most
probable result of the experiment
The most probable state of the system is also the most
disordered, i.e. ability to predict the microscopic outcome
is the poorest.
Thermodynamics
Thermodynamics
A measure of how disordered is the final state is also a measure of
how probable it is:
16
6
P
2T 2H,
·
Entropy provides that measure
(Boltzmann)…
ln W k S
B

Number of
microscopic
ways in which
a particular
outcome
(macroscopic
state) can be
attained
Boltzmann
Constant
Molecular
Entropy
For Avogadro number’s
of molecules…
ln W ) k (N S
B Avogadro
·
R (gas constant)
Therefore: the most probable
outcome maximizes entropy
of isolated systems
∆ S > 0 (spontaneous)
∆ S < 0 (non-
spontaneous)
Criterion for Spontaneity:
Thermodynamics
The macroscopic (thermodynamic) definition
of entropy:
dS = dq
rev
/T
i.e., for a system undergoing a change from an initial state
A to a final state B, the change in entropy is calculated
using the heat exchanged by the system between these
two states when the process is carried out reversibly.
Thermodynamics

∆S·
dq
rev
T
initial
final

(Carriedthroughareversiblepath)
∆S·
C
P
T
initial
final

dT (Ifprocessoccursat contant pressure)
∆S·
C
V
T
initial
final

dT (Ifprocessoccursat constant volume)

SpontaneityCriteria
Intheseequations, theequal signappliesforreversible
processes. Theinequalitiesapplyforirreversible, spontaneous, processes :
∆S(system)+∆S(surroundings )≥0
∆S(isolated system)≥0
Thermodynamics
Free-energy…

Provides a way to determine spontaneity whether system is

isolated or not

Combining enthalpic and entropic changes
S T - H G ∆ ∆ ≡ ∆
What are the criteria for spontaneity?
Take the case of ∆ H = 0:
S T - G ∆ · ∆
< 0 > 0
∆ G >
0
∆ G <
0
∆ G =
0
non-spontaneous process
spontaneous process
process at equilibrium
(Gibbs freeenergy)
Thermodynamics
Free energy and chemical equilibrium…
Consider this rxn:
A + B C + D
Suppose we mix arbitrary concentrations of products and
reactants…

These are not equilibrium concentrations

Reaction will proceed in search of equilibrium

What is the ∆ G is associated with this search and finding?:
[A][B]
[C][D]
ln RT G G
o
+ ∆ · ∆
is the Standard Free Energy of reaction
o
G ∆
i.e. ∆ G when A, B,
C, D are mixed in
their standard state:
Biochemistry: 1M,
25
o
C, pH = 7.0
1 1
1 1
ln RT G G
o
Rxn
×
×
+ ∆ · ∆
o
Rxn
G G ∆ · ∆
Thermodynamics
Now… Suppose we start with equilibrium concentrations:
Reaction will not proceed forward or backward…
0 G
Rxn
· ∆
Then…
eq eq
eq eq
o
[B] [A]
[D] [C]
ln RT G 0 + ∆ ·
eq eq
eq eq
o
[B] [A]
[D] [C]
ln RT - G · ∆
eq
o
K ln RT - G · ∆
RT
o
S T -
o
H

eq
e K

,
`

.
|
∆ ∆

·

,
`

.
|

,
`

.
|
·
∆ ∆
+ −
R
o
S
RT
o
H
e e K
eq
RT
o
G
eq
e K


·
R
e
a
r
r
a
n
g
i
n
g
Thermodynamics
]
]
]

,
`

.
|

,
`

.
|
·
∆ ∆
+ −
R
o
S
RT
o
H
e e K ln
eq
Graph:
R
S

RT
H
- K ln
o o
eq

+

·
( )
1 - o
K
T
1
eq
K ln
R
S
o

-
∆H
o
R
Slope =
Van’t Hoff Plot
Thermodynamics
1) Change in potential
energy stored in bonds
and interactions
2) Accounts for T-dependence

of K
eq
3) Reflects: #, type, and
quality of bonds
4) If ∆ H
o
< 0: ↑T ⇒ K
eq

If ∆ H
o
> 0: ↑T ⇒ K
eq

1) Measure of disorder
S = R ln (# of microscopic ways of
macroscopic states can be attained)
2) T-independent contribution

to K
eq
3) Reflects order-disorder in
bonding, conformational
flexibility, solvation
4) ∆ S
o
↑ ⇒ K
eq

Rxn is favored
Summary: in chemical processes
∆ H
o
∆ S
o
Thermodynamics
Examples:
A B
Consider the Reaction…
[A]
initial
= 1M
[B]
initial
= 10
-5
M
K
eq
= 1000
eq
o
K ln RT - G · ∆
Free energy change
when products and
reactants are present at
standard conditions
( )( ) ( ) 1000 ln K 298 1.98 - G
K mol
cal
o
· ∆
mol
Kcal
o
4.076 - G · ∆
Spontaneous rxn
How about ∆ G
Rxn

[A]
[B]
ln RT G G
o
Rxn + ∆ · ∆
( ) ( )( )
1
10
ln K 298 10 1.98 4.076 - G
-5
K mol
Kcal
3 -
mol
Kcal
Rxn
× + · ∆
mol
Kcal
Rxn
10.9 - G · ∆
Even more spontaneous
Thermodynamics
Another question… What are [A]
eq
and [B]
eq
?
1M 10 1 [B] A] [
-5
≈ + · +
[B] - 1 A] [ ·
1000
[A]
[B]
K
eq
eq
eq
· ·
( )
eq eq
[B] - 1 1000 B] [ ·
1000 B] [ 1001
eq
·
1M 0.999M
1001
1000
B] [
eq
≈ · ·
0.001M A] [
eq
·
Thermodynamics
Another Example… Acetic Acid Dissociation
∆ H
o
~ 0
CH
3
– COOH + H
2
O CH
3
– COO
-
+ H
3
O
+
5 -
3
3
-
3
eq
10 ~
COOH] [CH
] O ][H COO [CH
K


·
+
Creation of charges ⇒ Requires ion solvation
⇒ Organizes H
2
O around ions
At 1M concentration, this is entropically unfavorable.
K
eq
~ 10
-5

If [CH
3
– COOH]
total
~ 10
-5
→ 50% ionized
Percent ionization is concentration dependent. We can favor
the forward rxn (ionization) by diluting the mixture
If [CH
3
– COOH]
total
~ 10
-8
→ 90% ionized
Thermodynamics
CH
3
– COOH + H
2
O CH
3
– COO
-
+ H
3
O
+

K
eq
·
[CH
3
−COO
-
][H
3
O
+
]
[CH
3
−COOH]
=
[CH
3
−COO
-
][H
3
O
+
]
[CH
3
−COOH]
T
2
[CH
3
−COOH]
T
−[CH
3
−COO
-
]
[CH
3
−COOH]
T
2
K
eq
·
α
2
[CH
3
−COOH]
T
1−α
with α≡
[CH
3
−COO
-
]
[CH
3
−COOH]
T
and α=
-K
eq
+ K
2
eq +4[CH
3
−COOH]
T
K
eq
2[CH
3
−COOH]
T
α
CH3-COOHtotal
Thermodynamics
Thermodynamics
Third Example… Amine Reactions
R – N – H + H
2
O → R – NH
2
+ H
3
O
+

H
H
+
∆ S
o

0
mol
Kcal
o
14 H · ∆
-10
eq
10 K ·
not favorable
Backbone Conformational Flexibility
N
C
R
H
O
N
H
H
C
Φ Ψ
For the process…
folded unfolded
(native) (denatured)
folded
unfolded
o
conf. backbone
W
W
ln R S · ∆
How many ways to form the unfolded state?…
Backbone Conformational Flexibility
degrees of freedom = 2
Φ
Ψ
Assume 2 possible values for each degree of freedom. Then…
residue
isomers onal conformati
4 of Total
For 100 amino acids…
4
100
~ 10
60
conformations
These results do not take into account excluded volume
effects. When these effects are considered the number of
accessible configurations for the chain is quite a bit smaller…
W
unfolded
~ 10
16
conformations
Backbone Conformational Flexibility
Thermodynamic considerations…
16 o
conf. backbone
10 ln R S · ∆
2.303 16 1.987 × × ≅
K mol
cal
73 ·
C 25 at 22 - S T - G
o
mol
Kcal
o o
conf. backbone
· ∆ · ∆
In addition other degrees of freedom may be quite important,
for example…
N
C
R
H
O
N
H
H
C
ω
We will see this
later in more detail
] ][OH O [H K
-
3 w
+
·
Ionization of Water

Water is the silent, most important component in the cell

Its properties influence the behavior and properties of all other
components in the cell.
H
2
O + H
2
O H
3
O
+
+ OH
-
Here we concern ourselves with its ionization properties:
O] [H
] ][OH O [H
K
2
-
3
eq
+
·
Since in the cell, [H
2
O] ~ 55M, and ionization is very weak, then
[H
2
O] ~ constant, so se can define…
“the ionic
product of
water”
] O [H log -
] O [H
1
log pH
3
3
10
+
+
· ·
Ionization of Water
From the previous equation…
] ][OH O [H K
-
3 w
+
·
-14
w
10 K · For pure water…
M 10 ] [OH ] O [H ] [H
-7 -
3
· · ·
+ +
i.e. in a neutral soln: M 10 ] O [H
-7
3
·
+
M 10 ] [OH
-7 -
·
The overall acidity of the medium greatly affects many
biochemical reactions, because most biological components can
function either as bases or acids.
A measure of acidity is given by the pH scale, defined as…
7
10
1
log pH
7 -
10
· ·
So, in fact for
pure water:
Weak Acids and Bases
All biological acids and bases belong to this category
Consider acetic acid…
AH A
-
+ H
+


The Dissociation Constant…
AH] [
] A ][ [H
K
-
a
+
·
[AH]
] [A
log pK pH
-
a
+ ·
rearrange…
Henderson-
Hasselbalch
equation
where, pK
a
= - logK
a
Fraction of deprotonated acid is…
[AH] ] A [
] [A

A
+
·



f
Weak Acids and Bases
Also… −
− ·
A
AH
1 f f


+ ·
A
A
a
- 1
log pK pH
f
f
pH
0.5 −
A
f
1.0
0
pK
a
i.e. pK
a
is the pH at
which the acid is
50% ionized
So, wecanre-writethe
Henderson-Hasselbalch
equation
Weak Acids and Bases
Based on the previous page…
90%
11
10
; 1 pK pH
A
a
≈ · + ·

f
9% ; 1 pK pH
A
a
≈ − ·

f
etc. 0.9%, ; 2 pK pH
A
a
≈ − ·

f
If…
Morever… the lower the pK
a
, the stronger the acid
pH
0.5 −
A
f
1.0
0
stronger
acid
weaker
acid


+ ·
A
A
a
- 1
log pK pH
f
f
Weak Acids and Bases
Some useful relationships…

f
AH
·
AH
A

+AH
·
H
+
[]
K
a
+H
+
[]
f
A
-
K
a
f
AH
K
a

f
A

·
A

A

+AH
·
K
a
K
a
+H
+
[]
Multiple Acid-Base Equilibria
Consider Alanine…
NH
3
+
CH
3
CH COOH
Titrate a solution of ala, using a gas electrode (pH meter), and a
buret to add a strong base of known concentration:
=

2
.
3
=

9
.
7
pK
1
pK
2
pH
(
f
r
a
c
t
i
o
n

d
e
p
r
o
t
o
n
a
t
e
d
)
m
L

o
f

b
a
s
e

a
d
d
e
d
Macroscopic
experiment shows
2 inflection points
(2 pKs)
Pleasecorrect inyour notes
Multiple Acid-Base Equilibria
N
+
CH
3
CH COOH
H
H
H
N
+
CH
3
CH COO

H
H
H
N
CH
3
CH COO

H
H
Cation Zwitterion Anion
If we assume that the ionization of a given group is independent
of the state of ionization of the others, then…
As we vary the pH of the solution from low to high:
So, in fact the two inflection points seen correspond to the
deprotonation of the carboxylic group (at low pH) and then
to the deprotonation of the amine group (at high pH).
So, How can we estimate the fraction of these different species in solution?
Multiple Acid-Base Equilibria
f
+
HAH


·
f
COOH

×
f
NH
3
+

·

H
+
K
a1

+
H
+
|
.

`
,

H
+
K
a2

+
H
+
|
.

`
,

f
+
HA


·
f
COO


×
f
NH
3
+

·

K
a
1
K
a1

+
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La Biología está basada en la materia ´suave´ viviente

Auto-ensamblaje

Información

Alta especificidad

“Los objetos vivientes están compuestos por moléculas inertes” Albert Lehninger

El problema es: Cómo estas moléculas confieren la admirable combinación de características que denominamos vida??? Cómo es que un organismo vivo aparece ser más que la suma de sus partes inanimadas??? .

La Física procura entender y reducir la Biología en leyes fundamentales Pero este es un problema muy complicado ! Son demasiadas las variables y resulta imposible describir un sistema de un número tan grande de partículas .

aun cuando el movimiento exacto de un sólo objeto es desconocido . cómo podemos realizar predicciones? La ACTIVIDAD COLECTIVA de ‘muchos’ objetos de Movimiento aleatorio puede ser predicho.SOLUCIÓN: Descripción estadística del mundo ´aleatorio´ Si todo en el nano-mundo de las células es aleatorio.

aun cuando el movimiento exacto de un sólo objeto es desconocido .TERMODINÁMICA • Permite predecir la ACTIVIDAD COLECTIVA de ‘muchos’ objetos de movimiento aleatorio.

Medida de la ‘inercia’ • Energía: .Energía potencial (reposo) E = M C2 .Energía cinética (movimiento) .Todo en el Universo esta compuesto por Materia y Energía • Materia: .

.Trabajo • Trabajo = Fuerza × Distancia • W=F∆ x • La unidad del trabajo es el Newton-metro conocido también como Joule.

Trabajo mecánico F ∆ x F .

• Kinetic Energy = ½ mass × speed2 1 2 KE = mv 2 .Kinetic Energy • Kinetic Energy is the energy of motion.

Potential Energy • The energy that is stored is called potential energy. • Examples: – – – – – Rubber bands Springs Bows Batteries Gravitational Potential PE=mgh .

Conversión entre la Energía cinética y la Energía potencial .

Qué es la Bioenergética? • Es la disciplina que estudia los aspectos energéticos en los sistemas vivos. – – – – Interacciones moleculares ATP como biomolécula almacenadora de energía Biocatálisis Reacciones acopladas . tanto a nivel molecular como a nivel celular.

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Interacciones Fundamentales • • • • Interacción Gravitacional (masa-masa) Interacción Electromagnética (carga-dipolo) Interacción Nuclear Débil (electrones-núcleo) Interacción Nuclear Fuerte (protonesneutrones) .

Los Sistemas Biológicos son guiados fundamentalmente por Interacciones Electromagnéticas – Enlaces Covalentes – Enlaces No-covalentes (Interacciones Débiles): • • • • • • Puentes de Hidrógeno Efecto Hidrofóbico Interacciones Iónicas Interacciones Ión-Dipolo Interacciones Dipolo-Dipolo Fuerzas de Van der Waals .

Enlace Covalente .

Las interacciones Iónicas se dan entre partículas cargadas .

PUENTE DE HIDRÓGENO .

Participación de los Puentes de Hidrógeno: Replicación, Transcripción y Traducción

Las interacciones débiles dirigen el proceso de ‘docking’ molecular

El efecto hidrofóbico colabora en el plegamiento de las proteínas

Revisión de algunos conceptos Termodinámicos • • • • • • • Sistemas termodinámicos Equilibrio termodinámico Temperatura Calor Entalpía Energía Libre Entropía .

Clasificación de los sistemas termodinámicos • Sistemas Abiertos – Intercambian materia y energía con el exterior • Sistemas Cerrados – Sólo intercambian energía con el exterior • Sistemas Aislados – No tienen ningun tipo de intercambio con el exterior .

Equilibrio Termodinámico Un sistema se encuentra en equilibrio termodinámico cuando la distribución espacial y temporal de la materia y la energía es uniforme .

En el equilibrio termodinámico se reducen las gradientes y con ello se reduce la energía potencial .

Qué esta más frío? El metal o la madera? .

Temperatura Es la medida de la energía cinética interna de un sistema molecular Ek = N K T /2 .

Cool Hot .

Qué es el “cero absoluto”? .

Escalas de temperatura Fahrenheit Boiling Point of Water Freezing Point of Water Absolute Zero 212°F 32°F -459°F Celsius 100°C 0°C -273°C Kelvin 373 K 273 K 0K .

Los estados de la materia Sólido Líquido Gas Plasma .

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Calor Es la energía cinética que se propaga debido a un gradiente de temperatura. cuya dirección es de mayor temperatura a menor temperatura .

El flujo del calor T = 100oC Temperature Profile in Rod T = 0oC Heat Copper rod Vibrating copper atom .

Reversibilidad • Reversibility is the ability to run a process back and forth infinitely without losses. • Reversible Process – Example: Perfect Pendulum • Irreversible Process – Example: Dropping a ball of clay .

Procesos reversibles • Examples: – – – – – Perfect Pendulum Mass on a Spring Dropping a perfectly elastic ball Perpetual motion machines More? .

Procesos irreversibles • Examples: – – – – – Dropping a ball of clay Hammering a nail Applying the brakes to your car Breaking a glass More? .

sólo se transforma” Q = W + dE .Primera Ley de la Termodinámica “ La energía no se crea ni se destruye.

First Law: Energy conservation Internal energy (E). It can be changed by exchanging heat or work with the system: Heat-up the system E Do work on the system E Extract work from the system Cool-off the system ∆ E=q+w w -P∆ V w´ .Total energy content of a system..

Entalpía H=E+PV La entalpía es la fracción de la energía que se puede utilizar para realizar trabajo en condiciones de presión y volumen constante dH<0 proceso exotérmico dH>0 proceso endotérmico .

Entropía S = K Ln(W) La entropía es la medida del grado de desorden de un sistema molecular S1 > S2 .

La entropía es la medida del grado de desorden de un sistema .

Disordered Liquid Ordered Solid .

Hard-sphere liquid Higher Entropy… Hard-sphere freezing is driven by entropy ! Lower Entropy… Hard-sphere crystal .

Segunda Ley de la Termodinámica “En todo sistema aislado. la entropía siempre aumenta hasta alcanzar el estado de equilibrio” dS>=0 (dS>=dQ/T) .

.Condensation into liquid (more ordered).Entropy of subsystem decreased… .Total entropy increased! Gives off heat to room.Ordering and 2nd law of thermodynamics System in thermal contact with environment Equilibration Initially high Cools to room . .

Algunos eventos bioquímicos contradicen la segunda ley de la termodinámica? .

• Second Law of Thermodynamics – naturally occurring processes are directional – these processes are naturally irreversible .

Energía Libre de Gibbs G=H-TS La energía libre es la fracción de la energía que se puede utilizar para realizar trabajo en condiciones de presion. volumen y temperatura constante .

Lo importante es la variación de la energía libre… dG<0 proceso exergónico (espontáneo) dG>0 proceso endergónico dG<0  perder capacidad de hacer trabajo == perder energía potencial == aumentar el desorden (entropía) .

∆G= ∆H .T ∆S ∆G+ (exergónico) ∆H +(endotérmico) ∆G – (endergónico) ∆H.(exotérmico) ∆S +(sube entropía) ∆S – (baja entropía) .

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2 .Table 3.

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La paradoja del ¨Demonio de Maxwell¨ Segunda ley: Entropía y desorden .

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Las Enzimas o biocatalizadores. reducen la Energía de Activación .

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La molécula de ATP Los seres vivos utilizan la molécula de ATP como medio principal para almacenar energía potencial proveniente de la degradación de los alimentos .

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La manera de utilizarse la energía en la molécula de ATP es mediante la separación de un grupo fosfato el cual está unido mediante un enlace covalente de alta energía .

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La síntesis de ATP ocurre durante la glicólisis y la respiración celular en la mitocondria usualmente .

la síntesis de ATP ocurre asistida por luz durante la fotosíntesis. . Este es un ejemplo de transformación de energía radiante en energía química.En las plantas. la cual es luego empleada en las denominadas reacciones oscuras.

El ATP participa en una serie de reacciones acopladas .

.Diversas moléculas biológicas requieren la capacidad de ‘moverse’ para cumplir sus funciones… Por lo tanto hace falta energía para realizar esta función.

La fuente de energía para el movimiento molecular es fundamentalmente el ATP .

El ATP contribuye a diversos tipos de reacciones

El ATP suele participar en el correcto plegamiento de las proteínas

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Total energy content of a system.. It can be changed by exchanging heat or work with the system: Heat-up the system E Do work on the system E Extract work from the system Cool-off the system ∆ E=q+w w -P∆ V w´ .Thermodynamics First Law: Energy conservation Internal energy (E).

P∆V + w ′ + P∆V + V∆P ∆E Only P-V work involved… w´ = 0 (as in most biological systems) At constant pressure… So… ∆H = q p At constant pressure. the enthalpy change in a process is equal to amount of heat exchanged in the process by the system.Thermodynamics A more useful concept is: ENTHALPY (H) H = E + PV 0 0 ∆H = q p . .

2) As energy stored in chemical bonds and interactions. This “potential” energy could be released or increased in chemical reactions ∆ P=0 ∆ V≈ 0 .Thermodynamics We have… H = E + PV 0 0 in biological ∆ H = ∆ E + P∆ V + systems V∆ P ∆ H≅ ∆ E at ∆ P = 0 and since ∆ V ≈ 0 Q: How is this energy stored in the system? A: 1) As kinetic energy of the molecules. In isothermal (∆ T = 0) processes this kinetic energy does not change.

Thermodynamics Second Law: Entropy and Disorder Energy conservation is not a criterion to decide if a process will occur or not: Examples… THot TCold q ∆ E=∆ H= 0 This rxn occurs in one direction and not in the opposite T T these processes occur because the final state ( with T = T & P = P) are the most probable states of these systems Let us study a simpler case… tossing 4 coins .

4 T 1 . 2 tails 4 ways to obtain 1 head. 3 tails 1 way to obtain 4 tails Microscopic states… HTTH HHTT 4! HTHT 6= THHT 2! 2! TTHH THTH The most probable state is also the most disordered 6 4 2 H. 0 T 4 1 H. 1 tail 6 ways to obtain 2 heads. 3 T 1 3 H. 2 T 4 H. 1 T 0 H.Thermodynamics All permutations of tossing 4 coins… Macroscopic states… 1 way to obtain 4 heads 4 ways to obtain 3 heads.

. (the system is isolated ) yet. i.e.: there is not exchange of heat between the system and its surroundings.Thermodynamics In this case we see that ∆ H = 0. ability to predict the microscopic outcome is the poorest. there is an unequivocal answer as to which is the most probable result of the experiment The most probable state of the system is also the most disordered. i.e.

Thermodynamics A measure of how disordered is the final state is also a measure of how probable it is: P2H. 2T Entropy provides that measure (Boltzmann)… 6 = 16 For Avogadro number’s of molecules… S ≡ k B ln W Molecular Entropy Boltzmann Constant Number of microscopic ways in which a particular outcome (macroscopic state) can be attained S = (N Avogadrok B ) ln W R (gas constant) Therefore: the most probable outcome maximizes entropy of isolated systems ∆ S > 0 (spontaneous) ∆ S < 0 (nonspontaneous) Criterion for Spontaneity: .

Thermodynamics The macroscopic (thermodynamic) definition of entropy: dS = dqrev /T i. the change in entropy is calculated using the heat exchanged by the system between these two states when the process is carried out reversibly. for a system undergoing a change from an initial state A to a final state B..e. .

Thermodynamics ∆= ∫ S iia nl t i fa il n d rv qe (aehg rebp) Cdr her l a r t o aviet r u s h i T C P d (peo raonrse T I r s cst nt e r f os c ct p u c u a s) T C V d (peo raoavm T I r s cst nno e f os c cs t l ) c u t u T ∆= ∫ S iia nl t i fa il n ∆= ∫ S iia nl t i fa il n SnC p err oi ii nt ta t ye a Ihqn neas tsu . oo nu as ps rs os c e e : . c . e t ei o telgpoel hanl frre e saerv qi p ei u i s s b ps Tqia fivl r s h uslo ee os e a p rei. i lep r r e ni y r s e et b ∆ sm ) ∆ son Sy (s t e + Suns (r d ri ug ∆ile So (a st d sm ) 0 y s t e ≥ )≥ 0 ste pn.

T∆S What are the criteria for spontaneity? Take the case of ∆ H = 0: (G b freeen y ib s erg ) ∆G = .Thermodynamics Free-energy… •Provides a way to determine spontaneity whether system is isolated or not •Combining enthalpic and entropic changes ∆G ≡ ∆H .T∆S <0 >0 ∆ G> 0 ∆ G< 0 ∆ G= non-spontaneous process spontaneous process process at equilibrium .

Thermodynamics Free energy and chemical equilibrium… Consider this rxn: A+B C+D Suppose we mix arbitrary concentrations of products and reactants…are not equilibrium concentrations •These •Reaction will proceed in search of equilibrium •What is the ∆ G is associated with this search and finding?: [C][D] o ∆G = ∆G + RT ln i. [A][B] C.e.0 ∆G Rxn = ∆G o . D are mixed in o ∆G is the Standard Free Energy of reaction their standard state: ∆G Rxn 1× 1 = ∆G + RT ln 1× 1 o Biochemistry: 1M. B. pH = 7. ∆ G when A. 25oC.

RT ln o [C]eq [D]eq [A]eq [B]eq  ∆Ho .RT ln K eq S H  e − ∆RT  e + ∆R  K eq =       o o .T∆So      RT ∆G o = .Thermodynamics Now… Suppose we start with equilibrium concentrations: Reaction will not proceed forward or backward… ∆G Rxn = 0 Then… 0 = ∆G + RT ln o [C]eq [D]eq Rearranging [A]eq [B]eq K eq = e K eq = e − − ∆G RT o ∆G = .

Thermodynamics Graph: S H K =  e − ∆RTo  e + ∆Ro  ln  eq        ∆H o ∆So ln K eq = + RT R V ’t HffP t an o lo ln K eq ∆So R ∆Ho Slope = R 1 o -1 (K) T .

solvation 4) ∆ So↑ ⇒ Keq ↑ Rxn is favored . conformational flexibility. type. and quality of bonds 4) If ∆ Ho < 0: ↑T ⇒ Keq ↓ If ∆ Ho > 0: ↑T ⇒ Keq ↑ ∆ So 1) Measure of disorder S = R ln (# of microscopic ways of macroscopic states can be attained) 2) T-independent contribution to Keq 3) Reflects order-disorder in bonding.Thermodynamics Summary: in chemical processes ∆ Ho 1) Change in potential energy stored in bonds and interactions 2) Accounts for T-dependence of Keq 3) Reflects: #.

076 ) + (1.98 mol K ) ( 298 K ) ln (1000 ) ∆G o = .9 Kcal mol .10.(1.076 Kcal mol How about ∆ GRxn … o Spontaneous rxn [B] ∆ G Rxn = ∆ G + RT ln [A] Kcal mol ∆G Rxn = .RT ln K eq cal ∆G o = .98 ×10 -3 10 -5 Kcal ( ) mol K ) 298 K ln 1 Even more spontaneous ∆G Rxn = .4.( 4.Thermodynamics Examples: Consider the Reaction… A Free energy change when products and reactants are present at standard conditions B [A]initial = 1M [B]initial = 10-5 M Keq = 1000 ∆G o = .

001M .999M ≈ 1M 1001 [A]eq = 0.[B] K eq = [B]eq [A]eq = 1000 [B]eq = 1000 (1 .Thermodynamics Another question… What are [A]eq and [B]eq ? [A] + [B] = 1 + 10-5 ≈ 1M [A] = 1 .[B]eq ) 1001[B]eq = 1000 [B]eq = 1000 = 0.

this is entropically unfavorable.+ H3O+ Creation of charges ⇒ Requires ion solvation ⇒ Organizes H2O around ions At 1M concentration.Thermodynamics Another Example… Acetic Acid Dissociation ∆ Ho ~ 0 CH3 – COOH + H2O CH3 – COO.][H 3O + ] K eq = ~ 10-5 [CH 3 − COOH] If [CH3 – COOH]total ~ 10-5 → 50% ionized Percent ionization is concentration dependent. Keq ~ 10-5 [CH 3 − COO . We can favor the forward rxn (ionization) by diluting the mixture If [CH3 – COOH]total ~ 10-8 → 90% ionized .

e + K e +4C 3 −C O] T K q Kq q [H OH e ad α = n 2C [ H −C O] OH 3 T .Thermodynamics CH3 – COOH + H2O CH3 – COO.+ H3O+ [ H −C O -] H O+] C O [ 3 3 + 2 [ H 3 −C O ] H3O ] C O [ [ H 3 −C O] T C OH Kq = = e [ H 3 −C O] C OH [ H 3 −C O] T −[ H 3 −C O ] C OH C O 2 [ H −C O] C OH 3 T 2 α [C 3 −C O] T H OH [ H 3 −C O ] C O Kq = w ith α ≡ e 1−α [ H 3 −C O] T C OH 2 .

Thermodynamics α C 3-C O to H O H tal .

Thermodynamics Third Example… Amine Reactions H + R – N – H + H2O → R – NH2 + H3O+ H ∆ So ≈ 0 not favorable ∆H o = 14 Kcal mol K eq = 10 -10 .

Backbone Conformational Flexibility Φ R C N H For the process… folded (native) Ψ C O H N H unfolded (denatured) ∆S o backbone conf. Wunfolded = R ln Wfolded How many ways to form the unfolded state?… .

When these effects are considered the number of accessible configurations for the chain is quite a bit smaller… Wunfolded ~ 1016 conformations .Backbone Conformational Flexibility Φ degrees of freedom = 2 Ψ Assume 2 possible values for each degree of freedom. Then… Total of 4 conformational isomers residue For 100 amino acids… 4100 ~ 1060 conformations These results do not take into account excluded volume effects.

987 × 16 × 2. ≅ 1.303 cal = 73 mol K ∆G o = . for example… R ω H C N H H C O N We will see this later in more detail .22 Kcal at 25o C backbone conf. mol In addition other degrees of freedom may be quite important.Backbone Conformational Flexibility Thermodynamic considerations… ∆So = R ln 1016 backbone conf.T∆So = .

] water” . most important component in the cell •Its properties influence the behavior and properties of all other components in the cell. and ionization is very weak. so se can define… “the ionic product of K w = [H 3O + ][OH . Here we concern ourselves with its ionization properties: H2O + H2O H3O+ + OH- [H 3O + ][OH . [H2O] ~ 55M. then [H2O] ~ constant.] K eq = [H 2 O] Since in the cell.Ionization of Water •Water is the silent.

] = 10-7 M The overall acidity of the medium greatly affects many biochemical reactions. because most biological components can function either as bases or acids. in fact for pH = log 10 -7 = 7 10 pure water: . A measure of acidity is given by the pH scale.e. defined as… 1 pH = log 10 = . in a neutral soln: [H 3O + ] = 10 -7 M For pure water… [H + ] = [H 3O + ] = [OH .] = 10-7 M [OH .] K w = 10-14 i.log [H 3O + ] [H 3O + ] 1 So.Ionization of Water From the previous equation… K w = [H 3O + ][OH .

Weak Acids and Bases All biological acids and bases belong to this category Consider acetic acid… AH The Dissociation Constant… A.] HendersonpH = pK a + log Hasselbalch [AH] equation rearrange… where. pKa = .logKa .] Ka = [AH] [A .+ H+ [H+ ][A.

Weak Acids and Bases Fraction of deprotonated acid is… f A− [A − ] = − [A ] + [AH] Also… f AH = 1 − f A − S .e. w canre-w th o e rite e H d n asselb en erso -H alch eq atio u n 1.fA− f A− 0.5 pKa 0 i. pKa is the pH at which the acid is 50% ionized pH .0 pH = pK a + log f A− 1 .

Weak Acids and Bases Based on the previous page… pH = pK a + 1 .f A− pH = pK a − 2 . f A − 10 ≈ 90% 11 ≈ 9% pH = pK a + log f A− 1 . the stronger the acid 1.9%. Morever… the lower the pKa. f A − = If… pH = pK a − 1 . f A − ≈ 0. etc.5 weaker acid 0 pH .0 stronger acid f A− 0.

Weak Acids and Bases Some useful relationships… + H [] A H f =− = A H AA K [] + H ++ H a fAH Ka − A K a f =− = − A AA K [] + H ++ H a fA- Ka .

7 P co iny u n tes lease rrect o r o = 2. and a buret to add a strong base of known concentration: (fraction deprotonated) mL of base added = 9.Multiple Acid-Base Equilibria Consider Alanine… CH3 NH3+ CH COOH Titrate a solution of ala.3 pK1 pK2 pH Macroscopic experiment shows 2 inflection points (2 pKs) . using a gas electrode (pH meter).

How can we estimate the fraction of these different species in solution? If we assume that the ionization of a given group is independent of the state of ionization of the others. So. then… . in fact the two inflection points seen correspond to the deprotonation of the carboxylic group (at low pH) and then to the deprotonation of the amine group (at high pH).Multiple Acid-Base Equilibria As we vary the pH of the solution from low to high: H H H N+ CH3 CH COOH H H H N+ CH3 CH COO – H H N CH3 CH COO – Cation Zwitterion Anion So.

Multiple Acid-Base Equilibria f + HAH − = fCOOH × fNH 3+  + +   H H   =   Ka1 + H+ Ka 2 + H+   +  K a1  H   f + HA − = fCOO − × fNH 3+ =   Ka 1 + H +  K a 2 + H +    +  Ka 2  H   = fCOOH × fNH 2 =  f AH  Ka 1 + H +  K a 2 + H +    K a1   Ka 2    f A− = f COO − × fNH 2 =   Ka 1 + H +  Ka 2 + H +   f + HAH − + f + HA − + f AH + f A − = 1 .