Professional Documents
Culture Documents
a.hidratarea CO2 este catalizat de anhidraza carbonic , cea mai activ enzim:
CO2 + H2O
H2CO3
H 2O 2
Fe3
i de catalaz:
2 H2O2
activitatea catalazei este de
2 H2O + O2
2 x 106 ori mai mare ca a
Fe3
3.Specificitate
De reacie De substrat:
Specificitate de reacie
Substrat + Reactant clasificarea enzimelor:
Oxido-reductaze; Transferaze; Hidrolaze; Liaze; Ligaze.
Produi
H2N
CO
NH2 + 2 H2O
CO2 + 2 NH3
H2O
H3 C COOH + H2 C HO
CH2 N (CH3 )3
+
N+(CH3 )3
-anhidraza carbonic
R CH2 OH
R CH
CH 2-OH O
OH
CH 2-OH O
OH
(H, OH) OH
CH 2-OH O O
OH
(H, OH) OH
OH
CH 2-OH O
OH 1
HOH 2C
2 H
O
HO
H
5
HO OH
O HO
H
CH 2 OH
Proteazele
Pepsin
Pepsina
NH CH CO R2
NH CH CO R3
Tripsin
Tripsina
NH CH CO R2 NH CH CO R3
Chimotripsin NH CH CO R2 NH CH CO R3 R2 = Phe, Tyr, Trp
R2 = lizin, arginin
Chimotripsina
Carboxil esterazele
O R C O R1
5.Specificitate stereochimic
Enzimele disting -un enantiomer levogir de cel dextrogir; -un izomer cis de cel trans.
COOH Lactat dehidrogenaza HO C H NAD+ NADH + H+ CH 3 Acid L-lactic COOH C O
CH 3 Acid piruvic
Succinatdehidrogenaza
COOH CH 2 CH 2 COOH Acid succinic FAD FADH2 HOOC H C C H Acid fumaric COOH
Complexul ES
reprezentare reacii enzimatice :
E + S
ES
E + Produsi
His - 57 din lanul B; Ser - 195 din lanul C; Asp - 102 din lanul B.
Triada Asp-His-Ser
Resturile de aa din situsurile catalitice ale enzimelor sunt: cistein, serin, histidin, tirozin, acid glutamic i acid aspartic, lizin cu gruprile + funcionale: HN OH, SH, NH3+, COO-
NH
imidazol
Centrul activ nu este o suprafa plan ci este o entitate tridimensional cu forme diferite.
Substrat
Complexul ES
Substrat
Cataliza covalent
Enzime care formeaz compui covaleni enzim-substrat. Clasa serinei Tripsina, Chimotripsina, Elastaza, Acetilcolinesteraza
Triada Asp-His-Ser
Cataliza acido-bazic
Enzimele conin grupri funcionale care pot aciona ca donori sau ca acceptori de protoni: amino, carboxil, sulfhidril, imidazol, hidroxilul fenolic.
Glucozo-6-fosfat izomeraza
Energia liber
Stare initial
Reactanti A + B
Stare final
Produsi C + D
Durata reactiei
2.Legtura:
A.Se formeaz sub influena F-XIIIa. B.Este o legatur de tip baz Schiff C.Se formeaz ntre lanurile L i H ale imunoglobulinelor D.Se formeaz ntre lanurile alfa i beta din hemoglobin E.Particip la formarea structurii primare a proteinelor
Cinetica enzimatic
Factori care influeneaz activitatea enzimatic Teoria cinetic Michaelis-Menten Ecuaia Lineweaver Burk
Cinetica enzimatic
Cinetica studiaz reaciile chimice: desfurarea n timp a reaciei; factori care influeneaz viteza reaciilor; etapele intermediare prin care trec reactanii pn devin produi.
Viteza unei reacii = variaia n timp a concentraiei reactanilor sau a produilor de reacie.
A
d[ A ] v dt
d[B] v dt
ecuaii cinetice
Viteza de reacie este proporional cu produsul concentraiilor reactanilor Pentru o reacie: A Produi Pentru o reacie: A+B Produi
V = K [A]
V = K [A][B]
Activitatea enzimatic
U.I. (unitatea internaional) = activitatea enzimei care transform 1 mmol substrat/minut n cond standard de pH, temperatur, cofactori Activitatea molecular = nr. molecule de S transformate n produs de ctre o molecul de E /secund. Activitatea specific = nr. de uniti de activitate enzimatic / mg de protein total. Constanta catalitic (turn-over number) = nr. de transformri S P catalizate de fiecare CA al E n unitatea de timp.
Temperatura
T optim = temp. la care activitatea enzimelor este maxim
activitatea enzimatic % 100
50
20
40 Toptim 60 temperatura
pH
pH-uri extreme denatureaz enzimele Variaii mici de pH n zona de stabilitate a enzimei modific v.
[E]
[S] = constant, v este proporional cu cantitatea de enzim
activitatea enzimatic %
concentratia enzimei
concentratia substratului
K1 E+S
K2 Etapa rapid
ES
K3
E + Produs
Etapa lent
KM
KM este o msur a afinitii dintre E i S
(afinitile enzimelor pentru substraturile lor sunt cu att mai mari cu ct valorile KM sunt mai mici).
[E ][S] K 2 K 3 KM [ES] K1
- 1/KM
1/[S]
Inhibiia ireversibil
legturi covalente ntre E i I
E + I EI
Cnd [I] = [E], activitatea catalitic a enzimei este redus la zero. diizopropil-fluorofosfatului (DIFP), un compus utilizat ca paralizant (acetilcolinesteraza este foarte sensibil la aciunea DIFP)
NH CH CH 2 OH + F O P O DIFP
CO
NH
CH CO CH 2
- HF CH 3 O CH CH 3
CH 3 HC CH 3 O
O P O
CH 3 O CH CH 3
CH 3 HC CH 3
Hemoproteinele (citocromi, hemoglobina) sunt inactivate de ctre: CO, CN care se leag de ionul de Fe2+ din hem
Inhibiia reversibil
E + I EI
Aciunea I este evaluat cu ajutorul efectelor pe care ei le au asupra celor doi parametrii cinetici vmax i KM
EI
reacia enzimatic atinge vmax la concentraii mari de S. aparent creste KM, deci afinitatea enzimei pentru S scade i nu se modifica vmax;
1/V
+ Ic
1/Vmax - 1/KM` 0
concentratia substratului
1/[S]
Sulfanilamida
Folat sintetaza, la bacterii este pclit i sintetizeaz un intermediar cu sulfanilamid n locul acidului para-aminobenzoic care nu se poate transforma n acid folic. Cum acidul folic este indispensabil bacteriilor, acestea mor.
NH2 NH2
SO 2 NH2 Sulfanilamida
OH N H2 N N N 5 N pterina
10 9 CH 2 NH
COOH CO NH CH CH 2 CH 2
se utilizeaz n chimioterapia cancerului. inhib sinteza de acizi nucleici, mpiedicnd diviziunea celular care este mult mai rapid n tumori
Metotrexat
EI + S
ESI
1/v
+ Ic
grupri - SH libere din alte poziii dect centrul activ, pot fixa prin legturi slabe ioni ai metalelor grele Ag+, Hg2+ care micoreaz sau chiar anuleaz activitatea enzimelor (aa se explic efectul otrvitor al unor metale grele).
Enzime alosterice
Sunt proteine oligomere (dimeri, tetrameri, etc.) Au mai multe centre de legare pentru S (cte un centru pentru fiecare subunitate. Curbele v = f([S]) sunt sigmoide Vmax se atinge atunci cnd toate centrele active sunt ocupate cu S;
Parametrii cinetici pentru enzimele oligomere sunt: -Vmax i -S0,5(S50), concentraia substratului pentru care reacia are o vitez semimaxim.
Aspectul sigmoid al curbei v = f([S]) reflect o modificare a afinitii enzimei pentru substrat.
KM
concentratia substratului
Enzimele care dau curbe v=f([s]) sigmoide sunt denumite alosterice. Liganzii fixai pot s fie de acelai fel (de ex. substratul s fie fixat n ambele locuri ale unui dimer) sau diferii; centru izosteric leag substratul centru alosteric (allos=altul) care poate fi situat pe acelai lan polipeptidic dar n regiune diferit, fixeaz un efector alosteric;
vmax
50
1 2
KM
[S]
Dup natura centrelor alosterice i a liganzilor pentru aceste centre, efectele alosterice sunt: Efecte homotrope (presupun cooperarea ntre dou centre izosterice Efecte heterotrope (cooperare ntre un centru izosteric i un centru alosteric)
Enzime
Alosteria Reglarea cantitativ a enzimelor Reglarea eficienei catalitice Complexe multienzimatice Antienzime Izoenzime Denumirea enzimelor Clasificarea enzimelor
Alosteria = capacitatea unor liganzi de a modifica funciile unor proteine prin inducerea unor tranziii alosterice (modificri conformaionale). Enzimele alosterice: -regleaz etape cheie din cile metabolice; ireversibile, cu DGo < 0
Modelul simetric
Subunitile dimerului, pot avea dou
conformaii; -R (relaxat) cu afinitate mare pentru substrat -T (tensionat) cu afinitate mic pentru substrat.
Modelul secvenial
Dei nu este enzim hemoglobina fixeaz O2 prin cooperativitate coordonat de factorii: H+; CO2; 2,3-DPG
eficiena enzimelor
Ks Kd
Proteine
Enzimele constitutive: Ks = Kd. Catalizeaz procese fundamentale pentru existena celulei. Se gsesc n celule n cantiti relativ constante. Ele nu sufer fluctuaii mari n raport cu factorii de mediu.
Enzimele inductibile: Ks > Kd Sunt implicate n ci catabolice. Enzima este sintetizat numai dac exist substratul asupra cruia s acioneze Substratul acioneaz ca un inductor, accelernd sinteza enzimelor.
Enzimele represibile: Ks < Kd Sunt implicate n procese anabolice Sinteza lor este ncetinit de produsul final al reaciei catalizate; Represia se face de obicei, prin intermediul complexelor corepresori - aporepresori.
Controlul degradrii proteinelor (enzimelor) -se face indepen-dent de controlul sintezei; -se face prin intermediul ubiquitinei; -este proces dependent de ATP.
Glucoz + ATP
Glucozo-6-P + ADP
Hexokinaza: -prezent n toate esuturile extrahepatice, -are afinitate mare pentru glucoza (KM = 0,15 mM) -esuturile preiau glucoza din snge la orice valoare a glicemiei Glucokinaza: -prezent numai n ficat -are afinitate mic pentru glucoza (KM = 10 mM) - este activ dup ingestia de glucide
Reglarea activitii enzimelor alosterice prin produsul final (inhibiie de tip feed back)
E1 E2 E3
Produsi
E1 A B
E2 C
E3 E4
D E
P1 P2
Reglarea covalent
Apare la organismele superioare i presupune: a.Transformarea unor enzime din forma activ n forma inactiv i invers prin ruperea unor legturi covalente (enzime interconvertibile). Conversia are loc prin: fosforilare; nucleotidilare
b.Trecerea enzimelor inactive n enzime active prin proteoliz, ruperea unei legturi covalente (proces unidirecional).
Unele enzime sunt active n forma fosforilat (glicogen fosforilaza implicat n catabolismul glicogenului), altele sunt active n forma defosfo (glicogen sintetaza implicat n proces anabolic). Acest tip de activare este, de multe ori, etapa final ntr-o cascad de evenimente declanate de legarea unui hormon la o membran celular.
ATP proteinkinaze ADP
Enzim (Ser-OH)
forma defosfo
Enzim (Ser-OP)
forma fosfo
fosfataze Pi H2O
Enzimele proteolitice digestive secretate de stomac (pepsinogenul) secretate de pancreas (tripsinogenul, chimotripsinogenul, proelastaza, procarboxipeptidaza) Enzimele coagulrii sngelui (secretate de ficat n form de proenzime) Enzimele sistemului complement
HCl
pepsinogen pepsina (- segment terminal (44 aminoacizi) cu caracter bazic)
Transformarea Tripsinogen tripsin enteropeptidaz (enterokinaz) (fragment N-terminal de 6 aminoacizi din tripsinogen) Tripsina activeaz tripsinogenul, chimotripsinogenul, proelastaza, i procarboxipeptidaza. Zimogenii pancreatici se activeaz cnd coninutul stomacal a ajuns n duoden.
Transformarea chimotripsinogen chimotripsin este activat de tripsin i se face prin ndeprtarea a dou dipeptide.
Chimotripsina cuprinde trei lanuri peptidice i cinci puni de sulf.
Tripsinogen
Chimotripsinogen
Enteropeptidaz
Chimotripsin
Procarboxipeptidaza B
Carboxipeptidaza B
Enzimele coagulrii i fibrinolizei. Exist dou ci iniiate de activatori diferii care converg ntr-o cale final comun calea intrinsec, cu participare de factori sanguini; calea extrinsec, la care particip i factori de origine exclusiv tisular.
Iniierea procesului de coagulare este urmat de activarea n cascad a factorilor de coagulare Care sunt avantajele unui rspuns reglator n cascad ? -o cantitate foarte mic de iniiator declanaz un rspuns amplu. -fiecare etap a cascadei amplific rspunsul
Fibrinoliza. Componenii necesari dezagregrii chiagului se gsesc n snge n form inactiv i se activeaz proteolitic
Factor tisular Plasminogen Plasmin Cheag de fibrin Peptide solubile
Antienzime (antiproteaze) = proteine reglatoare Serpinele sunt inhibitori de serin proteaze. Se leag necovalent n centrul activ al serin proteazelor:
antitrombina III 1 antiproteaza (denumit i 1 antitripsina) inhibitorul pancreatic al tripsinei inhibitorul proteinei C (proteina C este o serin proteaz plasmatic dependent de vitamina K, activat de trombin, care transform factorii activi VIIIa i Va ai coagulrii n forme inactive).
Antitrombina III: -prezent n plasm; -inactiveaz trombina i ali factori ai coagulrii: IXa, Xa, XIa -Heparina mrete viteza de formare a complexelor ireversibile ntre antitrombina III i serin proteazele coagulrii.
1-antiproteaza: -protein plasmatic; -este componenta fraciunii 1-globulinice. -inhib elastaza, tripsina i alte proteaze
1-antiproteaza sintetizat de ficat i de monocitele i macrofagele alveolare difuzeaz n plasm i apoi n spaiul intersitiial unde are rol n protejarea esuturilor de aciunea elastazei (enzim proteolitic distructiv, poate distruge elastina din pereii alveolelor pulmonare) secretat de neutrofilele activate. O deficiena la nivelul 1-antiproteazei poate duce la instalarea emfizemului pulmonar.
Inhibitorul pancreatic al tripsinei: -este o protein cu masa molecular mic, produs de pancreas.
-se leag de tripsin, prevenind activarea prematur a cascadei enzimelor proteolitice pancreatice, fapt ce ar duce la distrugerea pancreasului.
Izoenzimele
Izoenzimele: - proteine oligomere -catalizeaz aceeai reacie n toate esuturile; -difer prin: structur distribuie tisular.
Diferenele structurale pot influenta proprietile fizico-chimice: pH izoelectric mobilitate electroforetic masa molecular
Izoenzimele se difereniaz i prin nsuirile lor catalitice: afiniti diferite fa de acelai substrat; sensibiliti diferite la aciunea unor efectrori alosterici; -specificiti distincte pentru coenzime.
LDH are structur cuaternar omogen sau heterogen; LDH este tetramer, alctuit din lanuri M (muscle) i din lanuri H (heart). LDH are cinci izoenzime: H4, H3M, H2M2, HM3, i M4 sau dup mobilitatea electroforetic LDH1 LDH5.
Reacia catalizat:
Lactat dehidrogenaza H3 C CH COOH H3 C C COOH OH Acid L-lactic O Acid piruvic
NAD+
NADH + H+
Izoenzimele LDH au afiniti diferite pentru piruvat (sau lactat): H4 i H3M sunt caracteristice inimii - H4 are cea mai mica afinitate pentru piruvat (l transform greu n lactat). M4 i M3H sunt caracteristice muchilor scheletici, ficatului - M4 are afinitate mai mare pentru piruvat ca H4.
Determinarea activitii enzimelor serice poate fi folosit n clinic pentru stabilirea originii esutului lezat
Creterea activitii creatin kinazei-MB n ser, indic lezarea miocardului (infarct de miocard).
Ore Infarct
Complexe multienzimatice
Asamblri de proteine ntr-un complex, cu scopul de a crete eficiena global a procesului. Rolul lor: cataliza coordonat a unei succesiuni de reacii; minimalizarea unor reacii secundare. Exempl: acid gras sintetaz, complexul piruvat dehidrogenazei, etc.
Numele enzimei cuprinde: -denumirea substratului, -tipul reaciei catalizate, -coenzima Fiecare enzim este codificat de patru cifre, care definesc: -clasa; -subclasa; -sub-subclasa; -numrul de ordine al enzimei din ir.
Clasificarea enzimelor
Sunt 6 clase de enzime dup tipul de reacie catalizat: 1.Oxidoreductaze 2.Transferaze 3.Hidrolaze 4.Liaze 5.Izomeraze 6.Ligaze
Subclase: Dehidrogenazele catalizeaz transferul de hidrogen de la substrat (SH2) pe o coenzim redox (NAD+; NADP+; FMN; FAD):
SH2 + Co S ox + CoH2
Sox + CoH2
SH2 + Co
Oxidazele catalizeaz transferul de echivaleni reductori de la un substrat la dioxigen, reducndu-l fie la ap, fie la peroxid de hidrogen:
Peroxidazele catalizeaz transferul de echivaleni reductori de la un substrat la un peroxid (HOOH sau R-OOH)
SH2 +
HOOH
S ox + 2 H2O
CH CH
+ O2
CH O + O
CH
Monooxigenazele ncorporeaz numai un atom de oxigen n substrat, celalalt atom al dioxigenului este redus la ap. Multe monooxigenaze sunt hidroxilaze care implic participarea sistemului redox: NADP+ - (NADPH + H+)
R-H + O2 + (NADPH + H+) R-OH + H 2O + NADP+
Transferazele
catalizeaz reacii de transfer a unei grupri de la un donor ctre un acceptor
AX + BY
AY + BX
Subclase: Aminotransferaze (transaminaze) catalizeaz transferul unei grupri amino ntre un amino i un cetoacid. Coenzima participant este piridoxal fosfatul.
R1 CH COOH + R2 NH2 C O COOH R1 C O COOH + R2 CH COOH NH2
Aciltransferazele catalizeaz transferul restului acil de pe compui cu potenial chimic ridicat (R-CO~SCoA), pe acceptori potrivii cu formare de esteri, amide, anhidride:
R-CO~S-CoA + R1-OH
R-CO-OR1 + CoA-SH
Glucoz + ATP
Glucozo-6-P + ADP
Metiltransferazele catalizeaz transferul gruprilor metil, coenzima care poart aceast grupare fiind tetrahidrofolatul (FH4).
Hidrolazele
A-B + H2O A-H + B-OH
Subclase
Glicozidaze Peptidaze
Liazele
catalizeaz reacii de adiie reversibile, la legturi multiple. Anhidraza carbonic catalizeaz hidratarea dioxidului de carbon:
CO2 + H2O H2CO3
H C C
Izomerazele
catalizeaz reacii de izomerizare: Racemazele transform un enantiomer dextrogir n enantiomerul levogir
L-Alanina
D-Alanina
COOH HC H2 C OPO3 H2 OH
Acid 3-fosfogliceric
Acid 2-fosfogliceric
Ligazele
catalizeaz reacii de condensare cuplate cu scindare de ATP
A-H + B-OH ATP ADP + Pi A-B
Glutamin