Applications Molecular Marker Simple Sequence Repeats (SSRs) in Research Genetic Diversity Study Inbred Maize Zea mays L.

Marcia B. Pabendon* and Baharuddin**

*Molecular Laboratory, Indonesian Cereals Research Institute (ICERI), Department of Agriculture, Maros
and

**Biology Department, Math and Science of Faculty, Hasanuddin of University, Makassar

Researched January, 2011

ABSTRACT Utilization of Simple Sequence Repeats (SSRs) molecular marker-based to analyze the level of genetic diversity of maize (Zea mays L.) inbred was conducted at Indonesian Center Research Institute (ICERI). The objective of this research were to examine genetic diversity, to determine heterotic group (kluster) that visualized by dendrogram, and to identify the most representative possible pairs between inbred lines for each potential heterotic groups based on genetic distance by using NTSYSpc- 2.1 program. A total of 32 inbred lines from ICERIs germplasms collection were analyzed with 16 primers that are distributed over the ten chromosomes of maize genome. The steps of this experiment i.e. DNA extraction followed CTAB procedure, DNA amplification through Polymerase Chain Reactions (PCR), vertical electrophoresis using PAGE (polyacrilamide gel electrophoresis), staining, and captured of alleles as 0 (no band), 1 (one band) and 9 (missing data). Percent heterozygosity revealed that there are 9 inbred lines have less than 85% pure and there are 6 primers have >15% missing data. The remaining 23 inbred lines were furthered analyzed by using 10 polymorphic primers. From 23 inbred lines 48 alleles were identified, ranging from 2 to 9 alleles per locus with the average of 5 alleles. The polymorphisms information content (PIC) is a 0.79 showed medium genetic variability amoung the inbred lines tested. The output of SSR data analysis were two dendrograms indicated that the number of SSR primers to characterize the inbred s still limited. Cluster analysis based on genetic similarity data at 0.31 placed the inbred lines in three groups, and there are three inbreds did not belongs to the three groups. Genetic distance ranged from 0.00 (N51 and N86) to 0.95 (N26 and N87). The lowest value of genetic distance indicated that the two inbred lines coming from the same parents. Based on the genetic distance > 0.7, there are 130 pairs (24.71%) from the total of 526 possible pairs can be suggested to develop as parental hybrid maize. There are 398 pairs (75.29%) can be reduced from the program of parental hybrid selection. Its indicated that the utility of SSR markers can be increased the efficiency of time and cost in determination of parental hybrid.

Key words: Molecular Marker SSRs, Genetic Diversity, Inbreds of Corn.

Biology Molecular Research

Pemanfaatan Marka Molekuler Simple Sequence Repeats (SSRs) Dalam Analisis Keragaman Genetik Inbrida jagung zea mays l.

ABSTRAK

Penelitian tentang Pemanfaatan marka molekuler Simple Sequence Repeats (SSRs) dalam analisis keragaman genetik inbrida jagung (Zea mays) telah dilakukan di Balai Penelitian Tanaman Serealia (BALITSEREAL). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat keragaman genetik, kelompok heterotik (kluster) yang tervisualisasi pada dendrogram, dan penentuan pasangan persilangan berdasarkan nilai jarak genetik menggunakan program NTSYSpc- 2.1. Dalam penelitian ini digunakan 32 galur inbrida yang berasal dari koleksi plasma nutfah BALITSEREAL, karakterisasi menggunakan 16 primer yang terdistribusi secara merata pada 10 kromosom tanaman jagung. Tahapan pada penelitian ini meliputi proses ekstraksi DNA dengan metode CTAB, amplifikasi DNA dengan Polymerase Chain Reactions (PCR), elektrophoresis vertikal berbasis PAGE (Polyacrilamide Gel Electrophoresis), staining dan skoring untuk menghasilkan data biner (nilai 1 jika ada pita dan 0 tidak ada pita serta nilai 9 jika tidak terdapat missing). Persentase heterosigositas menunjukkan bahwa terdapat 9 galur inbrida yang memiliki nilai heterosigositas yang lebih rendah dari 15% dan terdapat 6 primer yang memiliki missing data >15%. Terdapat 23 galur inbrida dan 10 primer yang dapat dianalisis lebih lanjut. Dari 23 galur inbrida tersebut dihasilkan 48 alel yang teridentifikasi, dengan kisaran 2 sampai 9 alel perlokus dengan ratarata 5 alel. Tingkat Polimorfisme (PIC) adalah 0,79 menunjukkan bahwa inbrida yang dikarakterisasi memiliki variabilitas genetik yang cukup tinggi. Hasil analis dari SSRs terdapat 2 dendrogram yang mengindikasikan bahwa primer yang digunakan masih kurang. Hasil analisis kluster pada pada tingkat kemiripan genetik 0,31 terbentuk 3 kluster, selain itu terdapat 3 galur inbrida yang tidak masuk pada salah satu dari kelompok tersebut dan berdiri sendiri. Jarak genetik terendah berkisar antara 0,00 (N51 dan N86) sampai 0.95 (N26 dan N87). Nilai jarak genetik yang sangat rendah mengindikasikan bahwa galur inbrida tersebut berasal dari orang tua yang sama. Berdasarkan nilai matriks jarak genetik > 0.7 diperoleh 130 peluang persilangan (24,71%) dari 526 total pasangan dalam pembentukan hibrida. Terdapat 398 pasangan (75,29%) yang telah mengalami seleksi ini mengindikasikan bahwa penggunaan SSRs dapat meningkatkan efisiensi waktu dan biaya dalam proses pembentukan hibrida.

Kata kunci: Marka Molekuler SSRs, Keragaman Genetik, Inbrida Jagung.

Biology Molecular Research

Biology Molecular Research