LAMMPS インストールメモ on Mac OS X

LAMMPS は分子動力学のシミュレータです。
手間は掛かりますが、Mac OS X にもインストールできます。

関連キーワード：
http://www.kanshin.com/keyword/2323948
[関心空間 - hoomd (Highly Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics -- Blue Edition)]

http://lammps.sandia.gov/
[LAMMPS Molecular Dynamics Simulator]
lamp: a device that generates light, heat, or therapeutic radiation; something that illumines the mind
or soul -- www.dictionary.com
This is the home page for the classical molecular dynamics code LAMMPS, an acronym for Large-
scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. The current version of LAMMPS is 15 Jan
2010.

###LAMMPS の Mac OS X でのインストール (Snow Leopard)

##GPU の組み込みはしません。
##2011-Jan15 版の lammps のソースコードを make した。(2011-01-15)

(1) OS は OS X 10.6.3, MacBook LATE2009 を使用

(2) Xcode はバージョン 3.2.5 をインストール
(3) gfortran を hpc.sf.net から入手
http://hpc.sourceforge.net/ の gfortran-snwleo-intel-bin.tar.gz
インストール
(A) gunzip gfortran-snwleo-intel-bin.tar.gz
(B) sudo tar -xf gfortran-snwleo-intel-bin.tar -C /

(4) git を http://code.google.com/p/git-osx-installer/ から入手してインストール

(5) lammps を入手
適当なディレクトリで
git clone http://git.icms.temple.edu/lammps-ro.git mylammps
(http://lammps.sandia.gov/download.html 参照)
mylammps 以下に最新版が展開される。

(6) OpenMPI をインストール

http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/
適当なディレクトリで展開して
./configure
make all
make check
sudo make install

(7) FFTW のインストール

FFTW はバージョン 2.1.5 を使用した。
http://www.fftw.org/download.html[FFTW Download Page]から入手。
適当なディレクトリに展開して
./configure
make all
make check
sudo make install

(8) LAMMPS の make

LAMMPS のソースのディレクトリに移る。
(A) lib の atc, meam, poems, reax を make
atc: make -f Makefile.g++
meam: make -f Makefile.gfortran
poems: make -f Makefile.g++
reax: make -f Makefile.gfortran
(B) mylammps/src/MAKE の
Makefile.openmpi の修正
#meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf
#reax_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf
meam_SYSLIB = -lgfortran
reax_SYSLIB = -lgfortran
とする。
(C) src で
make yes-all
GPU を使わないので: make no-gpu
(D)src で
make openmpi を実行すると、src に lmp_openmpi ができる。
これが LAMMPS の実行ファイル。
(E)実行
mpirun -np N lmp_openmpi < スクリプトファイル (N はプロセスの数)
で実行できる。
詳細はマニュアル参照。

http://bit.ly/atirpw
[分子動力学法 - Wikipedia]