DNA: Material Genetik Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid, RNA), memungkinkan

organisme hidup mereproduksi komponen-komponen kompleksnya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Kromosom, yang strukturnya seperti benang ditemukan di nukleus membawa informasi pewarisan sifat. Kromosom tersusun dari protein dan asam nukleat. Percobaan Transformasi Griffith Frederick Griffith mempelejari dua galur bakteri Streptococcus penumoniae. Bakteri galur S (smooth, mulus) dapat menyebabkan pneumonia pada mencit. Bakteri S bersifat patogenik karena memiliki kapsul yang melindungi dirinya dari sistem pertahanan hewan. Bakteri galur R (rough, kasar) tidak memiliki kapsul dan bersifat nonpatogenik. Untuk menguji sifat patogenitas, Griffith menyuntik mencit dengan dua galur bakteri seperti yang ditunjukkan di bawah:

Griffith menyebut fenomena ini sebagai transformasi. Griffith menyimpulkan bahwa bakteri R yang hidup telah ditransformasi menjadi bakteri S patogenik oleh suatu zat terwariskan yang belum diketahui dari sel-sel S yang mati yang memungkinkan sel-sel mambuat kapsul. Kini transformasi didefinisikan sebagai perubahan genotipe dan fenotipe akibat asimilasi DNA eksternal oleh suatu sel.

Percobaan Transformasi Avery Penelitian Avery untuk menemukan identitas zat pentransformasi itu. Avery memusatkan perhatiannya pada tiga kandidat utama: DNA, RNA dan protein. Avery membongkar bakteri patogenik yang dibunuh dengan panas dan mengekstraksi kandungan sel. Dalam sampel-sampel yang terpisah, ia menggunakan perlakuan-perlakuan spesifik yang menginaktivasi satu dari ketiga tipe molekul. Kemudian menguji setiap sampel yang telah diberi perlakuan untuk mengetahui kemampuan sampel mentransformasi bakteri nonpatogenik yang masih hidup. Hanya ketika DNA dibiarkan aktiflah transformasi terjadi. Percobaan Bakteriofag Hershey-Chase Alfred Hershey dan Martha Chase menggunakan sulfur radioaktif untuk melacak nasib protein dan menggunakan fosfor radioaktif untuk tujuan yang sama terhadap nasib DNA fag T2 yang menginfeksi sel-sel bakteri. Mereka ingin mengetahui molekul mana yang memasuki dan dapat memprogram ulang sel agar membuat lebih banyak fag. DNA fag memasuki sel-sel bakteri, namun protein-protein fag tidak. Hershey dan Chase menyimpulkan bahwa DNA, bukan protein, berfungsi sebagai materi genetik bagi fag T2.

KOMPOSISI DAN STRUKTUR DARI DNA DAN RNA DNA merupakan materi genetic, para ilmuwan mencoba menentukan struktur molekul. DNA dan RNA merupakan polimer (molekul besar yang terdiri dari monomer-monomer yang saling terkait). Monomer yang membentuk DNA dan RNA adalah nukleotida. 1 nukleotida terdiri dari gula pentose, basa nitrogen, dan gugus fosfat. Satu nukleotida terdiri dari 5 karbon. Gula pentose yang ada di DNA dan di RNA itu berbeda. Gula pentosa yang ada di DNA adalah deoxyribosa, sedangkan yang ada dalam RNA adalah ribose. Hal tersebut dilihat dari senyawa kimia (karbon) yang terkandung di dalamnya. Atom hydrogen (H) ada di deoxyribosa dan gugus hydroxyl (OH) ada di ribose.

Di basa nitrogen terbagi menjadi 2 kelas, yaitu : 1. Purin = yang beranggota 9 dan dengan struktur cincin ganda. Komponen purin diantaranya adenin (A) dan guanin (G). 2. Pirimidin = yang berangggota 6 dan dengan struktur cincin tunggal. Komponen pirimidin diantaranya thymin (T), cytosine (C), dan urasil (U). Di dalam DNA dan RNA terkandung adenine, guanine, dan cytosine. Namun, thymine hanya ditemukan di DNA sedangkan uracil hanya ditemukan di RNA. Di dalam DNA dan RNA, basa selalu melekat pada karbon 1 dari gula pentose dengan ikatan kovalen. Sedangkan purin terikat pada nitrogen 9 sedangkan pirimidin terikat pada nitrogen 1. Kombinasi dari gula dan basa disebut nukleotisida. Ketika fosfat ditambahkan ke dalam nukleosida, molekul tersebut dinamakan nukleotida atau nukleosida fosfat. Gugus fosfat yang ada di DNA disebut DNA nukleotida (deoxyribonukletida) sedangkan di RNA disebut dengan RNA nukleotida (ribonukleotida).

Adenine ( A) Nukleoside : deoxyribosa + basa Nukleotida : Deoxyribose+ basa + gugus Fosfat Nukleosida : Ribose + basa Nukleotida : Ribose + basa + gugus fosfat

Basa : Purin (Pu) Guanine (G) Deoxyguanosine (dG) Deoxguanylic acid or deoxyguanosine monophosphate (dGMP) Guanosine (G) Guanylic acid or guanosine monophosphate (GMP)

Cytosine (C) Deoxycytidine (dC)

Basa : Pirimidin (Py) Thymine (T)

-hanya deoxyribosa-

Uracil (U) -hanya ribose-

DNA

Deoxyadenosine (dA) Deoxyadenylic acid or deoxyadenosine monophosphate (dAMP) Adenisone (A) Adenylic acid or adenosine monophosphate (AMP)

Thymidine (dT) Thymidlic acid or thymidine monophosphate (TMP) Uridine (U) Uridulic acid or uridine monophosphate (UMP)

Deoxcytidylic acid or deoxycytidine monophosphate (dCMP) Cytidine Cytidylic acid or cytidine monophosphate (CMP)

RNA

Untuk membentuk polynukleotida di kedua DNA atau RNA, nukleotida saling beikatan dengan gugus fosfat, dengan ikatan kovalen. Untuk memahami bagaimana rantai nukleotida melakukan sintesis, kita harus menyadari ciri-ciri rantainya. Dua rantai terakhir tidaklah sama, yaitu rantai 1 terdiri dari karbon 5 (dengan gugus fosfat), sedangkan rantai karbon 3 (dengan gugus hidroksil) di akhir rantai. Penemuan dari DNA dengan rantai ganda

Pada 1953, James D. Watson dan Francis H. C. Crick mempublikasikan usulannya sebuah model dan struktur dari molekul DNA. Model yang mereka rancang, disesuaikan dengan data yang ada di dalam komposisi dari molekul DNA. Tidak diragukan lagi, penentuan struktur DNA adalah kesempatan penting dalam biologi, mengarah langsung ke transformasi dalam pemahaman kita tentang semua aspek dari ilmu-ilmu kehidupan. DNA sudah diketahui terdiri dari nukleotida. Namun, tidak diketahui bagaimana nukleotida membentuk struktur DNA. Data dari Watson dan Crick yang digunakan untuk membantu menghasilkan model mereka datang terutama dari dua sumber: dasar studi komposisi yang dilakukan oleh studi difraksi Erwin dilakukan oleh Rosalind Franklin dan Maurice H.E. Wilkins.

Komposisi Dasar Penelitian Dari perlakuan kimia, Erwin Chargaff menemukan hidrolisis DNA dengan teridentifikasinya purin dan pirimidin. Hal tersebut menunjukkan bahwa DNA terdiri dari rantai ganda. 50% dari purin dan 50% dari pirimidin. Aturan yang sama dikemukakan oleh Chargaff.

Penelitian Pengukuran X-Ray Rosalind Franklin bersama dengan Maurice H.F. Wilkins mengisolasi benang-benang DNA dengan menggunakan penyinaran X-Ray agar terlihat molekulnya. Molekul yang terdifaksi oleh X-Ray akan tercatat pada plat fotografi. Dengan menganalisis foto-foto, Franklin memperoleh informasi tentang struktur atom molekul. khususnya, dia menyimpulkan bahwa DNA adalah struktur heliks dengan dua keteraturan khas 0,34 nm dan 3,4 mm sepanjang sumbu molekul.

Model Watson dan Crick Berdasarkan studi komposisi basa dan difraksi sinar-X, Watson dan Crick membuat model struktur DNA dalam 3 dimensi. Model ini memiliki beberapa ketentuan : 1. Molekul DNA mengandung dua rantai polinukleotida saling mengelilingi satu sama lain dalam arah jarum jam. 2. Kedua rantai tersebut bersifat antiparalel, bagian kepala rantai satu bertemu bagian ekor pada rantai yang lainnya, dan sebaliknya.

3. Kerangka gula fosfat berada pada luar strukutr double helix, dengan komponen lempeng basa menghadap pada sumbu tengah. 4. komponen basa pada masing-masing untaian terikat satu sama lain dengan ikatan hydrogen, rangkap dua pada A-T, rangkap tiga pada G-C. 5. pasangan komponen basa tersebut berjarak 0.34 nm dalam untaian DNA. Memuntir sebesar 360. Setiap puntiran terdapat 10 pasang komponen basa. 6. Karena komponen basa terikat dengan pasangan masing-masing, kerangka gula fosfat dalam struktur double helix tidak memiliki jarak yang tetap satu sama lain. Hal ini menghasilkan mayor groove dan minor groove.

Struktur DNA yang berbeda Beberapa tahun terakhir, suatu metode dikembangkan untuk mensintesis molekul DNA pendek yang disebut Oligomers. DNA murni oligomer dapat di kristalkan dan dianalisa dengan difraksi sinar-x. pendekatan itu membuktikan bahwa ada beberapa bentuk berbeda molekul DNA : A-, B, dan Z-DNA. Model Watson dan Crick adalah termasuk B-DNA, seperti B-DNA, A-DNA memuntir kearah kanan (searah jarum jam), tetapi Z-DNA memuntir kearah kiri dengan kerangka zigzag gula fosfat. Karakteristik A-, B-, dan Z-DNA Karakteristik Arah puntir Jumalah pasangan basa dalam satu puntir Morfologi keseluruhan Mayor groove Sangat Tipis dan sangat dalam Minor groove Sangat lebar dan dangkal Lebar, kedalaman sedang Tipis, kedalaman sedang Merata pada permukaan helix Sangat tipis dan sangat dalam Pendek dan lebar Panjang dan tipis Memanjang dan tipis A-DNA Kanan 10.9 B-DNA Kanan 10.0 Z-DNA Kiri 12.0

Lokasi sumbu helix

Mayor groove

Melalui pasangan basa

Minor groove

Diameter helix

2.2 nm

2.0 nm

1.8 nm

DNA dalam Sel Dalam cairan, Biasanya DNA ditemukan dalam bentu B-, maka di dalam sel yang banyak ditemukan adalah bentuk B-DNA. A-DNA ditemukan hanya ketika DNA mengalami dehidrasi. Sedangkan keberadaan Z-DNA menjadi topic yang diperdebatkan oleh para ilmuwan. Ada beberapa dugaan bahwa pada Z-DNA terdapat ikatan protein yang mempertahankan bentuk ZDNA tersebut.