28 BIOLOGIE VEGETALE INTEGRATIVE

Prsident Hlne Barbier-Brygoo Membres de la section Marc Bergdoll Florence Corellou Jean-Marc Deragon Dominique Gagliardi Thierry Gaude Deborah Goffner Thierry Lagrange Thierry Langin Marc-Henri Lebrun Michel Lebrun Laurence Lejay-Lefvre Claire Lurin Herrade Nehlig Soufian Ouchane Sophie de Peindray dAmbelle Philippe Potin Christophe Robaglia Dominique Rumeau Marylin Vantard Franoise Vedele

Le prsent rapport rsulte dun travail de rflexion conjoint entre la section 28 et un groupe de travail sur la biologie vgtale, compos dexperts reprsentant le CEA, le CIRAD, le CNRS, lIRD et lINRA. Le prcdent rapport de conjoncture de la section 28 prsentait un tat des lieux trs dtaill de la recherche en Biologie Vgtale qui reste dactualit et ne sera pas repris ici. Diffrents rapports nationaux et internationaux publis ces dernires annes et donnant une vision prospective de la recherche sur les modles vgtaux peuvent galement tre consults (voir Annexe 2). Le prsent document sattache dgager, en fonction des grands enjeux de recherche et de socit et des atouts du dispositif franais, les grandes lignes des actions mettre en place. Il est divis en trois parties qui prsenteront successivement : (i) les enjeux auxquels doit rpondre la Biologie Vgtale et une rapide prsentation des forces en prsence, (ii) les questions scientifiques et biologiques qui retiennent lattention sur le plan stratgique et sur lesquelles la position forte des quipes franaises et leur comptitivit doivent tre soutenues, et (iii) les outils et ressources dvelopper ou renforcer pour rpondre aux questions de recherche majeures, pour structurer et renforcer la communaut travaillant sur les vgtaux (au sens large) et ainsi faire face aux grands dfis de la recherche dans le domaine.

1 ENJEUX ET ETAT DES LIEUX DE LA RECHERCHE EN BIOLOGIE VEGETALE EN FRANCE 1.1 LES ENJEUX DE LA RECHERCHE EN BIOLOGIE VEGETALE
Des enjeux scientifiques Les vgtaux ont des proprits remarquables qui constituent un champ dtude original et complmentaire aux modles animaux et microbiens. Au cours de lvolution, les vgtaux, organismes gnralement fixs et photosynthtiques, ont intgr dans leur fonctionnement les contraintes lies lenvironnement abiotique (lumire, humidit, temprature) et biotique (microorganismes). Ceci se traduit par une grande diversit de stratgies mtaboliques et dveloppementales. Les eucaryotes photosynthtiques prsentent une trs grande diversit phylogntique avec divers groupes ayant volu vers une organisation multicellulaire de faon indpendante. Les recherches en biologie vgtale permettent ainsi de rpondre des questions fondamentales pour la comprhension du vivant et de sa complexit. De plus,

Rapport de conjoncture 2010 la diversit des modles vgtaux permet de rpondre des enjeux scientifiques importants non seulement dans le champ de la biologie et de la sant, mais galement dans celui des problmatiques lies lenvironnement. Les recherches sur les plantes sont lorigine de contributions fondamentales et originales dans le domaine de la biologie. Une premire raison est que les plantes partagent un certain nombre de caractristiques avec les animaux et les champignons comme le contrle gntique, la rgulation transcriptionnelle, des modules de signalisation communs, les fonctions du cytosquelette ou la prsence de cellules souches. De ce fait, la recherche en biologie vgtale a contribu des avances importantes telles que lidentification des bases de la morphogense cellulaire et des relations de la cellule lorganisme, le concept dorganogense de novo (vs prformation), lhritabilit des caractres et linactivation pigntique dpendante des petits ARN. De plus, lexistence de domaines de recherche spcifiques aux vgtaux, tels que la photosynthse, lorganogense continue, les mcanismes de signalisation spcifiques, la totipotence et une plasticit extrme en rponse aux contraintes de lenvironnement, justifient un intrt particulier. Les plantes sont galement trs diffrentes des animaux sur le plan structural, avec la prsence autour des cellules dune paroi qui leur permet dexploiter et de guider une forte pression de turgescence interne. Rsoudre la complexit des systmes biologiques vgtaux pour en tirer le meilleur parti ne pourra se faire quen accumulant tout dabord les connaissances sur des organismes modles pour les intgrer ensuite une chelle suprieure. Le nouvel lan de la recherche en biologie vgtale repose donc galement sur la diversification des systmes modles. Ces nouveaux modles doivent permettre un transfert horizontal de connaissances vers des espces dintrt agronomique dont la manipulation est plus complexe. Ltude de certains dentre eux se justifie par elle-mme du fait de proprits intrinsques originales dont la comprhension peut aboutir leur exploitation propre, comme par exemple les lignes eucaryotes photosynthtiques qui peuvent tre phylogntiquement loignes et prsenter des mtabolismes originaux. Arabidopsis thaliana reste lespce de rfrence en ce qui concerne les plantes suprieures, en raison du recul acquis sur ce systme modle permettant dans la pratique dtre plus efficace pour adapter ou dvelopper de nouvelles approches (dont les approches globales dites omiques intgrant les donnes gnomiques et postgnomiques). La disponibilit doutils et de technologies de pointe et de concepts acquis sur ce systme via la comprhension approfondie de sa biologie sont dautres atouts dArabidopsis. Ces mmes outils ouvrent ds prsent la voie pour aller au del de cette espce pionnire, et permettre des tudes comparatives qui amlioreront la comprhension du vgtal en gnral et conduiront un meilleur transfert des connaissances vers des espces non-modles, dimportance conomique et/ou cologique, ainsi que la dcouverte de caractres originaux dautres vgtaux. Ladoption dun nombre limit despce de rfrence pour les procaryotes et eucaryotes photosynthtiques, allant des algues jusquaux arbres, permettra de mettre en lumire les lments communs et la diversit et de tirer profit de la spcificit des organismes photosynthtiques. Par exemple, le soutien franais lmergence de modles tels que Ostreococcus et Ectocarpus commence porter ses fruits. Cependant le nombre dquipes travaillant sur ces modles non conventionnels, reste trs rduit, ce qui fragilise la prennit des recherches sur des modles originaux en France. Des enjeux conomiques et socitaux Le dfi actuel majeur est de savoir comment exploiter durablement la biomasse vgtale et plus gnralement les organismes photosynthtiques. Ceci revient non seulement contribuer au dveloppement dune agriculture respectueuse de lenvironnement et de la sant humaine mais galement mettre en uvre des mthodes qui prservent les ressources naturelles et la biodiversit en protgeant les cosystmes des dsquilibres induits par les changements climatiques et la surexploitation des milieux naturels. Le contexte conomique mondial et la comptitivit de lagriculture europenne face aux conomies dominantes (USA) et mergentes (Chine, Inde, Brsil) sont dautres aspects importants prendre en compte. La dmarche actuelle pour linnovation en agriculture (sur les espces agronomiques mais aussi sur les espces vgtales moins conventionnelles telles que les algues qui reprsentent dimportantes ressources aquatiques en France) ne semble pas suffisante devant limportance des enjeux du futur. Il est galement est ncessaire de renforcer le transfert de nos connaissances gnriques vers des espces cultives et de produire plus de connaissances sur la biologie de la plante et son fonctionnement intgr dans lenvironnement. Lexploitation de la biomasse vgtale terrestre et aquatique doit pouvoir rpondre aux besoins alimentaires, sanitaires et socitaux (produits dintrt pharmaceutique, bio-remdiation, nouveaux matriaux de construction, nouveaux synthons de la chimie verte et bio-nergies) qui vont croissant avec lvolution dmographique. Laccroissement estim de la population mondiale est de 2.2 milliards dici 2050. Lalimentation et la qualit de vie des populations dpendront de manire prpondrante des progrs raliss en agriculture et en ingnierie des vgtaux. Lexploitation des ressources agricoles, forestires, aquacoles ne se fera durablement que sur la base de solides connaissances en biologie vgtale. Lamlioration gntique a contribu fortement laugmentation historique du rendement des cultures. A lavenir, le succs de lagriculture dpendra de la gnration de nouvelles cultures qui devront combiner un rendement plus lev et une meilleure qualit, avec des capacits accrues de rsistance aux stress biotiques et abiotiques (scheresse, maladies, parasites), dans des conditions dapport rduit en engrais et en produits phytosanitaires. Notre comprhension actuelle des bases molculaires de la domestication reste rudimentaire, mme si quelques gnes cls ont t identifis. De plus, la manipulation de gnes uniques ou de traits phnotypiques isols ne parat pas suffisante pour atteindre tous les objectifs recherchs et nest pas compatible avec la ncessit dune vision

28 - BIOLOGIE VEGETALE INTEGRATIVE intgre du dveloppement de la plante, seule dmarche possible pour rsoudre les problmatiques complexes et rpondre aux enjeux auxquels nous sommes confronts. Lexploitation despces de champignons, dalgues et de microalgues a t jusqu prsent freine en raison dun retard de connaissance de ces systmes. Ces organismes constituent nanmoins un rservoir important de biodiversit et une source presque infinie de bioproduits directement exploitables pour lalimentation, lnergie, la para-pharmacie ou la cosmtique. Ils constituent dans certains cas une bonne alternative dusine cellulaire pour la synthse de produits recombinants. La production de masse de micro-organismes vgtaux ou fongiques en milieu confin ou les cultures en mer de vgtaux marins sont des alternatives prometteuses loccupation des sols ou au manque de ressources en eau qui attirent lintrt des industriels. Par ailleurs, les modles unicellulaires permettent daborder des questions biologiques gnriques de manire simplifie. Le succs grandissant de ces nouveaux modles passera, ici encore, par une comprhension approfondie de leur biologie. Des enjeux aux interfaces Au-del du dveloppement ncessaire des mthodes de production et danalyse de larges jeux de donnes (squenage haut dbit, protomique, mtabolomique, phnotypage haut dbit), puis de leur exploitation pour passer dune donne brute une information biologique pertinente (bioinformatique, bases de donnes, datamining, modlisation), lun des enjeux majeurs des prochaines annes en biologie vgtale sera de rassembler des rseaux inter-disciplinaires pertinents autour dune question biologique donne. Les interfaces suivantes mritent une attention particulire : - biologie/mathmatique, afin dassocier aux biologistes, ds la conception des expriences, des biomathmaticiens, des biophysiciens, des bioinformaticiens et de gnraliser lusage des statistiques et des mthodes de modlisation - biologie/physique, en particulier dans le domaine de limagerie pour dvelopper par exemple la manipulation de molcules uniques et ainsi passer de lchelle nano lchelle macro, la visualisation en temps rel diffrents niveaux dintgration, les techniques de tomographie pour les tissus vgtaux, les outils danalyse de la cellule unique et dtude des diffrents types cellulaires. - biologie/chimie, par exemple pour mesurer les changements mtabolomiques lis aux interactions entre la plante et son environnement et dvelopper les approches de chmognomique comparative. Des enjeux de formation Du fait de lvolution trs rapide de la biologie en gnral et des sciences vgtales en particulier, il semble important de repenser la formation des chercheurs pour leur faire acqurir les comptences ncessaires lapplication des mthodologies modernes (concepts, mthodes et outils) afin de favoriser une vision plus intgrative et plus prdictive de la biologie vgtale. Ceci ncessitera le dveloppement de formations pluridisciplinaires aussi bien pour les chercheurs travaillant sur des questions gnriques que pour ceux sadressant des questions plus finalises touchant lagronomie et lagriculture. Il est galement important damliorer nos efforts de vulgarisation et de diffusion des connaissances en biologie vgtale vers la socit, afin dattirer des jeunes chercheuses et chercheurs vers les questions spcifiques du vgtal, et daugmenter le niveau global de comprhension de la population pour ces problmes qui touchent de nombreuses questions socitales (maintien de la biodiversit, volution, perception des risques environnementaux et sanitaires, impact des biotechnologies, etc).

1.2 LES FORCES EN BIOLOGIE VEGETALE EN FRANCE

Comme le soulignait le prcdent rapport de conjoncture de la section 28, la force de la communaut des scientifiques travaillant sur les modles vgtaux rside, pour lessentiel, dans son organisation originale au sein de partenariats forts entre le CNRS, lINRA, le CEA, le CIRAD, lIRD et certains tablissements denseignement suprieur (Universits, ENS, AgroParisTech, Montpellier SupAgro, etc.). Ainsi, la trs grande majorit des laboratoires franais de biologie vgtale est constitue par des UMR impliquant ces diffrents partenaires (sur les 16 units ayant un rattachement principal la section 28, on compte 14 UMR et 2 UPR). La figure ci-dessous montre la rpartition des personnels permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs, IT et IATOS) entre les diffrents organismes, ainsi que la rpartition gographique des forces sur le territoire national. On notera la prsence de deux ples trs importants, en rgion parisienne et Montpellier. La communaut compte au total environ 3500 permanents, auxquels il faut ajouter les non-permanents composs essentiellement de doctorants et post-doctorants (au sein des units rattaches la section 28, on compte 368 permanents CNRS, 559 permanents non-CNRS et 417 non-permanents).

R p a r t it io n d e s p e r s o n n e ls p e r m a n e n t s p a r o r g a n is m e

U n iv 3 2 5 C EA 70 C IR A D 500 IR D 100 INR A 2000 C NRS 500

Rapport de conjoncture 2010 Comprendre comment les molcules interagissent pour former des modules structuraux ou fonctionnels est Lille un prrequis indispensable une meilleure comprhension (15) de lorganisation et du fonctionnement de la cellule. Le Rouen Amiens module structural le plus caractristique de la cellule Caen (15) (30) Roscoff vgtale est la paroi cellulaire dont la composition et la Strasbourg Paris Nancy (10) (30) (95) dynamique dorganisation sont variables selon les types (620) (90) Colmar cellulaires, lge, les contraintes dveloppementales Rennes Angers (75) ou environnementales. Dautres complexes Orlans (210) (100) Dijon macromolculaires demandent encore tre mieux (50) Poitiers (120) caractriss, et certainement dcouvrir, comme ceux (95) Lyon impliqus dans la dgradation des protines (protasome), Clermont (45) Bordeaux la formation de vsicules membranaires et leur trafic Grenoble (155) (380) Avignon (50) (machineries de transport intracellulaire), le transport des (240) protines entre compartiments endomembranaires (voies Nice Toulouse Montpellier Marseille de scrtion, recyclage, stockage et/ou dgradation (120) Outre-mer (190) (955) vacuolaire, etc.), la traduction des protines, la rgulation (75) (100) Corse de lexpression des gnes, les fonctions des organites, etc. Perpignan (25) Ces modules fonctionnels peuvent galement prendre la (35) forme de rseaux dans lesquels les protines interagissent en cascades. Cest le cas par exemple pour les voies de signalisation qui impliquent des interactions de type ligand2 QUESTIONS MAJEURES EN rcepteur pour transmettre un message de lextrieur vers BIOLOGIE VEGETALE lintrieur de la cellule. Ces signaux peuvent tre des hormones de natures varies (auxines, brassinostrodes, acides gibbrliques, cytokinines, strigolactones, etc.), 2.1 DYNAMIQUE CELLULAIRE ET des peptides, des polysaccharides, voire des contraintes DEVELOPPEMENT mcaniques. Nombre de ces rcepteurs sont encore inconnus. Il est souligner que le gnome dArabidopsis, Introduction contrairement ceux des mammifres, prsente une large famille de plus de 400 rcepteurs kinase membranaire Le squenage massif des gnomes et lutilisation putatifs et une autre famille de gnes codant plus de abondante des approches de transcriptomique et 1000 peptides constituant des ligands potentiels de ces de protomique pour rpondre diverses questions rcepteurs. A ce jour, seul deux couples peptide-rcepteur biologiques a eu deux consquences majeures en biologie kinase ont t clairement identifis. Cet exemple illustre le : (i) rvler lexistence de nombreux rseaux molculaires foss qui reste combler dans certains cas, pour passer avec la dcouverte dinteractions insouponnes entre des donnes mcanistiques simples leur intgration dans ces derniers, et (ii) favoriser la rencontre entre biologistes des rseaux plus complexes, ncessaire une approche et chercheurs dautres disciplines, notamment des intgrative. bioinformaticiens et des physiciens. Cette nouvelle dynamique en biologie a conduit considrer un Les rgles qui gouvernent ces assemblages organisme vivant comme un systme complexe, cest-- macromolculaires et les interactions entre molcules dire compos densembles dentits (molcules, cellules, (protines-protines, protines-acides nucliques, etc.) qui interagissent selon des rgles locales simples protines-polysaccharides ou lipides) devront tre mais dont les interactions conduisent lmergence dfinies, en combinant diffrentes mthodes issues de la de nouvelles proprits collectives, associes des biochimie, de limagerie cellulaire et de la biophysique. En niveaux dorganisation plus complexes. Ainsi, pour une particulier, la structure des protines, leurs concentrations analyse intgrative en biologie, ltude dune cellule ou cellulaires, leurs localisations sub-cellulaires et leurs dun organisme doit tre ralise la fois au niveau des possibles modifications post-traductionnelles (par exemple mcanismes molculaires qui rgissent leurs activits phosphorylation, ubiquitination) devront tre dtermines. mais galement un niveau suprieur de complexit pour A terme, la somme des informations mcanistiques comprendre comment les parties individuelles (territoires obtenues pour un complexe donn devrait nous permettre cellulaires, tissus, etc.) interagissent et sorganisent pour de prdire la structure et la dynamique de ce complexe former des structures dordre suprieur. Cette dualit de pour une cellule particulire ou un instant donn. connaissance est indispensable, et privilgier lune par rapport lautre ne conduirait qu une vision incomplte Dun point de vue technologique, les techniques haut dbit voire errone des processus biologiques. telles que limmunoprcipitation de la chromatine suivie de squenage (ChIP-Seq), les cribles double hybride chez Comprendre les bases cellulaires du dveloppement la levure et les analyses de protomique dinteractions : des assemblages molculaires aux proprits permettent la cration de cartes dinteractions molculaires cellulaires qui seront ensuite utilises pour tablir des rgles dinteraction. Par exemple, des modles biophysiques Comprendre comment les molcules sassemblent en ont t dvelopps pour prdire des interactions entre modules fonctionnels et en rseaux de rgulation facteurs de transcription/chromatine/ADN. Les rgles
Rpartition gographique

28 - BIOLOGIE VEGETALE INTEGRATIVE manant de ces modles sont dun grand intrt car elles peuvent tre utilises dans diffrents contextes (diffrents tissus, diffrentes espces). Une fois ces rgles de base tablies, la modlisation permet dintgrer les informations et danalyser les proprits mergentes des rseaux. Comprendre comment les lments structuraux de la cellule sassemblent et fonctionnent Les proprits physiques des cellules vgtales (forme, rigidit, polarit) dfinissent la forme gnrale de la plante entire. Ces proprits dpendent largement de trois composants structuraux: la paroi cellulaire, le cytosquelette et le systme membranaire. Paroi cellulaire et cytosquelette. Les mcanismes qui sous-tendent lexpansion cellulaire, la croissance anisotrope ou la croissance polarise dune cellule restent encore mal compris. Il apparat important dapprofondir nos connaissances sur la composition et larchitecture de la paroi cellulaire dans diffrents types de cellules, sur la nature des agents modifiant cette composition et comment ces modifications, lies des changements dans les contraintes dveloppementales ou environnementales, conduisent aux changements de formes de la cellule. Comment la cellule peroit ces contraintes et quelles sont les voies de signalisation impliques dans ces phnomnes sont galement des questions auxquelles il est ncessaire de rpondre. Les relations entre le cytosquelette et la paroi cellulaire et ltude de leur dynamique lors des processus de croissance et de division cellulaire devront tre analyses en dtails en utilisant les nouveaux outils dimagerie cellulaire. Enfin, au niveau dun organe, les rles jous par les diffrentes couches tissulaires dans la croissance et larchitecture devront tre recherchs. Systme endomembranaire et organites. En plus de leur fonction de barrire la diffusion des soluts et de dlimitation de compartiments intracellulaires, les lipides des membranes biologiques se sont rvls tre des composants essentiels dans le dveloppement des organismes multicellulaires. Chez les plantes, les lipides membranaires ont t impliqus dans diverses voies de signalisation et jouent un rle cl dans de nombreux processus dveloppementaux (dveloppement embryonnaire, germination des graines, croissance racinaire, germination du pollen et croissance du tube pollinique, signalisation hormonale, rponse aux stimuli environnementaux tels que la lumire, le stress, la carence en sucre ou en phosphore). Il existe une vritable dynamique dinteraction entre des protines du cytosol et certains lipides membranaires conduisant ltablissement de complexes multiprotiques varis. Selon la nature du complexe, des vnements dinternalisation ou de bourgeonnement de membrane, de transports de vsicules entre compartiments intracellulaires, de fusion de vsicules, peuvent stablir, conduisant une redistribution de protines membranaires et autres composants cellulaires. Ces mcanismes encore mal connus dans le dtail jouent un rle prpondrant dans la signalisation cellulaire et le transport de molcules, en rgulant notamment la quantit des rcepteurs et des transporteurs membranaires. Ils sont galement cruciaux dans le dialogue entre organites au sein de la cellule ou dans les changes de soluts, mtabolites, hormones et autres messages molculaires entre cellules dun mme tissu ou entre cellules de diffrents tissus et/ou organes. Ces systmes de transport sont essentiels pour divers aspects de la physiologie de la plante comme la nutrition, le dveloppement, la dtoxification, les rponses aux facteurs biotiques et abiotiques. Lamlioration de nos connaissances sur lhomostasie membranaire, les machineries de transport et les relations entre organites fournira des indications fondamentales pour mieux comprendre les voies de signalisation et de transport impliques dans la croissance et le dveloppement des plantes. La plante comme un systme complexe : des cellules lorganisme Signalisation courte et longue distance : comment les molcules de signalisation sont-elles distribues ? Les cellules ragissent des informations positionnelles provenant dune varit de molcules. Il peut sagir dhormones, de mtabolites, produits localement avec un effet courte distance ou au contraire transports sur de longues distances (MeJA, miRNA, auxine, florigne, etc.) de manire active ou passive. Leffet de concentration est un facteur primordial dans les rponses hormonales (exemple de lauxine) avec la mise en place de gradients de molcules signal. Par exemple, une mme hormone peut avoir des effets antagonistes sur llongation cellulaire en fonction de sa concentration. Comprendre comment se mettent en place ces gradients, tre capable de les dtecter au niveau cellulaire et tissulaire, et dterminer les effets antagonistes ou rtroactifs des molcules signal constitue un vritable challenge. Une autre particularit des plantes rside dans le fait que lidentit cellulaire et ladaptation environnementale est aussi dpendante dun important trafic de macromolcules (ARN, protines) longue et courte distance. Lorganisation de ce niveau de signalisation est encore largement inconnue. De lidentit cellulaire aux processus dveloppementaux En rponse aux stimuli internes ou environnementaux, la cellule active ou rprime lexpression de certains gnes, modifie lactivit de protines, leur localisation subcellulaire, leur abondance, gnre ou dgrade des molcules spcifiques, et va ainsi acqurir un nouvel tat physiologique qui pourra par exemple conduire sa division, sa diffrenciation, voire sa mort. Cette nouvelle activit cellulaire rsulte de lintgration de diffrents rseaux dinteractions molculaires (voies de signalisation, rseaux de rgulation transcriptionnelle et traductionnelle, voies de trafic intracellulaire, voies mtaboliques, etc.). Il est par consquent important, non seulement didentifier les composants de ces rseaux, mais galement den obtenir une vision intgre, de connatre comment ces rseaux ragissent aux stimuli et quelles en sont les cibles. Ceci requiert lintgration de donnes multiples qui ncessite des approches de modlisation. Les processus dveloppementaux impliquent un ensemble de cellules soumis divers stimuli dordre chimique

Rapport de conjoncture 2010 (hormones, carence en nutriments ou en eau, molcules signal), mais galement physique (pression mcanique de facteurs externes ou de la paroi cellulaire lors de la croissance, lumire). Le dveloppement rsulte ainsi de la combinatoire de nombreux rseaux dinteractions molculaires dont lintgration reflte les proprits mergentes du systme. Au cours de lvolution ou des tapes de domestication par lhomme, ce sont ces proprits mergentes qui se sont diversifies. Compte tenu du niveau de complexit extrme atteint dans ces systmes, des modles sophistiqus devront tre tablis en collaboration avec des quipes de mathmaticiens/ physiciens. Linitiation de la floraison, le dveloppement des organes reproducteurs, la fcondation et lobtention dune graine de qualit sont des vnements fortement contraints par des facteurs environnementaux et par le cycle de dveloppement de la plante. Les recherches dans ces domaines devront prendre en considration ces diffrents niveaux dinteractions. Un intrt tout particulier devra tre apport ltude de la fertilit, des stratgies sexuelles, de la persistance des espces et de la biodiversit. Mtabolomique/lipidomique et fluxomique : comprendre et matriser Les progrs technologiques dans les domaines de la gnomique et de la protomique ont permis des avances majeures mais leur exploitation pour des tudes fonctionnelles est maintenant limite par la capacit analyser lensemble des petites molcules produites dans les cellules de plantes, ce quon appelle le mtabolome, dont la complexit est immense. Un enjeu majeur pour garder notre comptitivit au niveau international est de mettre en place des plates-formes de mtabolomique regroupant lensemble des outils et des comptences ncessaires ltude qualitative, quantitative et haut dbit de lensemble des composs organiques du mtabolisme. Ces molcules sont dune diversit extraordinaire et dun potentiel inpuisable pour linnovation. Le mtabolisme dit primaire des plantes comprend des petites molcules solubles, par exemple les sucres simples, et des composs hydrophobes, les lipides. Du fait de limportance des sucres et des lipides pour les applications agricoles classiques dans le secteur de la nutrition, mais aussi pour linnovation dans les secteurs des biocarburants et des alternatives la ptrochimie, il est essentiel de consentir un effort particulier pour acqurir le plus rapidement possible les moyens danalyses en mtabolomique et en lipidomique. Les principaux objectifs sont de comprendre le systme complexe que constitue le mtabolisme par des approches de biomathmatiques valides par des exprimentations, et de proposer des moyens de le matriser en fonction des applications nouvelles dans des secteurs aussi divers que lagronomie, la nutrition, les biotechnologies, le secteur pharmaceutique ou lnergie. Au cours de certaines tapes de dveloppement ou en rponse aux facteurs environnementaux, les plantes produisent aussi des mtabolites dits secondaires qui constituent une vritable source pour les industries pharmaceutiques, la parfumerie, les industries des colorants ou des biopesticides. Une meilleure connaissance des voies du mtabolisme secondaire permettra denvisager dagir sur celles-ci afin doptimiser la production des mtabolites, de modifier leur localisation pour faciliter leur extraction, ou de les modifier pour crer de nouvelles molcules dintrt. Evolution et Dveloppement (Evo-Dvo) LEvo-Dvo repose sur lhypothse que les rgulateurs contrlant les grandes tapes du dveloppement chez les espces actuelles ont galement t des acteurs cls qui ont contribu crer de la nouveaut au cours de lvolution. La comparaison des mcanismes dveloppementaux entre diffrentes espces permet ainsi une comprhension de la diversit des formes et aide construire les scnarios de lvolution. La comparaison des espces ne permet pas seulement dtendre les donnes issues despces modles des espces non modles mais cette approche donne galement des informations sur le dveloppement des espces modles elles-mmes. A plus large chelle, lanalyse despces cls sur larbre des Eucaryotes fournit un moyen de comprendre lmergence indpendante de dveloppements multicellulaires dans des lignages distants. Ce type danalyse peut apporter des informations sur des principes trs fondamentaux du dveloppement. Les dernires annes ont vu lintensification au niveau national et international de programmes de recherche visant initier des tudes comparatives du dveloppement entre des plantes modles et des plantes cultives ou des espces basales (principalement mousse, gymnospermes et angiospermes basales avec des espces cls dautres groupes dEucaryotes tels que les algues rouges et brunes). Cette tendance devrait tre encourage et il paratrait tout fait pertinent de dfinir quelques espces de rfrence pour lesquelles ltablissement des outils de base serait facilit (squence du gnome, mutagense, transformation) par la nature intrinsque des modles. Plusieurs avances rcentes vont probablement avoir des rpercussions majeures sur les tudes dEvo-Dvo: - les techniques de squenage modernes facilitent la production de squences gnomiques, lobtention de donnes dexpression et mme de donnes dinteractions entre ADN et facteurs de transcription. Des plateformes de squenage performantes sont requises associes de fortes capacits danalyse de ces donnes. - les approches de tilling, de targeted nucleases et dextinction de gne induite par un virus (VIGS) permettent une analyse gntique et fonctionnelle des processus dveloppementaux chez des espces non modles. - les progrs dans la modlisation des systmes de rgulation offrent de nouvelles opportunits pour prdire et comparer les rseaux de rgulation des gnes du dveloppement partir du gnome de diffrentes espces. Des efforts devront tre faits pour russir ce challenge ambitieux et exploiter le grand nombre de nouvelles squences gnomiques qui seront dlivres dans un futur proche afin de comprendre la diversit des processus dveloppementaux ainsi que leur volution.

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2.2 STRUCTURE, EVOLUTION, EXPRESSION DES GENOMES ET REGULATIONS EPIGENETIQUES

Introduction Le squenage de gnomes entiers au cours des dernires annes a permis des avances fondamentales en gnomique fonctionnelle et comparative. La gnomique fonctionnelle des plantes a notamment bnfici dun apport sans prcdent des programmes de squenage du gnome despces modles. Ces informations laissent entrevoir des perspectives importantes de progrs dans la comprhension des proprits du vivant confres par les mcanismes de rgulation du gnome, mais ont aussi rvl la prpondrance de phnomnes de redondance gnique ou de gntique multifactorielle qui impliquent une approche globale future pour lucider les relations phnotype/gnotype. Un fait marquant de ces dernires annes en gnomique vgtale reste cependant la rvlation de limportance des mcanismes pigntiques, jusquici insouponns, dans la stabilit des profils dexpression des gnes et dans la rpression des squences parasites. La gnomique comparative tire un grand profit du dveloppement acclr des technologies de squenage haut dbit. En particulier, une analyse de la variabilit naturelle prsente au sein de la ligne photosynthtique est maintenant possible grce une tude globale et comparative des gnomes. Ce type danalyse devrait faciliter ltude des relations gnotypephnotype et le recensement des innovations gnomiques et fonctionnelles acquises au cours de lvolution des plantes. De par la grande distribution volutive des organismes photosynthtiques considrs, ces tudes macrovolutives pourront sappliquer lensemble des organismes photosynthtiques dans le but dtudier lvolution et lacquisition de mcanismes fondamentaux (par ex. les bases molculaire de la photosynthse) ou un niveau plus restreint pour tudier des caractristiques plus spcifique, propre aux angiospermes par exemple. Les deux sections suivantes exposent les questions scientifiques majeures dactualit dans les domaines de lvolution et de la rgulation des gnomes des organismes photosynthtiques. Une attention toute particulire sera porte sur les avances en pigntique et les consquences volutives des perces technologiques nouvelles qui vont certainement nous amener court terme reconsidrer notre vision de lexpression du gnome et de la comprhension de phnomnes biologiques complexes. Structure et dynamique volutive des gnomes La disponibilit dun nombre croissant de squences gnomiques compltes et leur tude comparative a mis en lumire une plasticit insouponne des gnomes, que ce soit travers des cycles de polyplodisation/diplodisation successifs ou par la distribution et lactivit des lments transposables, mettant en cause la notion mme de gnome modle. Ceci ouvre de nouvelles perspectives pour ltude des bases molculaires de la biodiversit des vgtaux, en particulier pour ce qui concerne les relations entre structure

et fonction des gnomes. Les techniques de squenage de nouvelle gnration (NGS) permettent de squencer un gnome trs faible cot. Ces dveloppements technologiques et mthodologiques constituent une vritable rvolution ouvrant la voie non seulement au squenage dun nombre de plus en plus important de gnomes despces non modles , mais galement la mesure de la variabilit gntique intraspcifique despces modles (Arabidopsis, riz, ). Toutefois, lun des dfis les plus importants de ce domaine de recherche sera de russir intgrer lensemble des nouvelles donnes acquises par les techniques NGS pour mieux comprendre la biologie des plantes, non plus seulement lchelle dun individu (i.e. la varit de rfrence choisie au dpart par les consortiums de squenage), mais lchelle des populations, voire des cosystmes. Ceci devrait conduire aborder la problmatique de la rponse des vgtaux aux changements environnementaux (anthropiques ou climatiques) une chelle jamais atteinte jusqu prsent et donc permettre de rpondre ces questions socitales aujourdhui incontournables. De ce constat se dgagent plusieurs priorits pour le dveloppement de ce champ de recherche. Afin de structurer les informations sur lensemble des organismes photosynthtiques, il faudra les placer dans un contexte volutif, les squences servant dans un premier temps tablir larbre phylogntique et, ensuite, classifier les organismes par rapport cet arbre. La phylognomique, base sur des squences gnomiques grande chelle, reprsente une avance importante par rapport aux arbres phylogntiques classiques et permettra dtablir les relations phylogntiques une chelle sans prcdent. Sur le plan fonctionnel, la technique de RNASeq fournira, la mme chelle que le squenage gnomique, des donnes quasi-exhaustives sur les transcriptomes et les mtatranscriptomes, et permettra dtablir des relations entre la variabilit gnomique et lexpression gnique ou les modifications dexpression en fonction de changements environnementaux ou de populations. La disponibilit de squences gnomiques compltes dorganismes plus ou moins proches permettra de mieux identifier les squences impliques dans le contrle de lexpression des gnes. Au niveau populationnel, les grands axes des recherches devront tre : comprendre lvolution des populations dans le temps et en fonction de lenvironnement, tudier les lments de rgulation dexpression des gnes et les transcriptomes de ces populations, tablir les relations structure/fonction des gnomes et comprendre les mcanismes adaptatifs associs lvolution des phnotypes en fonction de lenvironnement. Enfin, il sagira de comprendre les bases pigntiques de la biodiversit grce des approches de gnomique globale, telles que lanalyse du transcriptome ou du mthylome et ce au niveau des populations, voire des cosystmes. Rgulations gniques et pigntiques La recherche franaise a contribu de manire consquente la comprhension des mcanismes de rgulation gnique des plantes et du rle croissant tenu par les mcanismes pigntiques dans ltablissement de patrons stables dexpression gnique sans modification du patrimoine gntique. En particulier, des tudes pionnires

Rapport de conjoncture 2010 ont permis lidentification de nouveaux acteurs de rgulations pigntiques, tels les petits ARN non-codants, les modulateurs chromatiniens voire mme le protasome, ce qui illustre la diversit des mcanismes mis en jeu. Ces mcanismes pigntiques jouent un rle central dans la capacit des plantes sadapter leur environnement et leur tude demeure un domaine de recherche extrmement dynamique et comptitif. Llucidation des mcanismes de rgulations pigntiques est troitement dpendante de la comprhension des principes fondamentaux de rgulation gnique. Ce champ disciplinaire vaste comprend toutes les tapes du continuum de la rgulation gnique, du contrle de la dynamique chromatinienne et de la coordination des trois gnomes (nuclaire, mitochondrial et chloroplastique) prsents dans la cellule vgtale celui de lhomostasie des ARN codants et non-codants et des protines nosynthtises. Quatre priorits se dgagent dans ce champ de recherche: - une comprhension des mcanismes molculaires des rgulations gniques et pigntiques des organismes photosynthtiques doit rester un objectif prioritaire. Cette connaissance fondamentale reste indispensable pour comprendre et manipuler la plasticit remarquable de ces organismes en rponse des stimuli dveloppementaux et environnementaux. - les potentiels des approches de gntique directe et inverse classiques restent immenses mais lvidence tous les champs dtude de rgulations gniques et pigntiques deviennent dpendants danalyses haut dbit. Ces analyses sont incontournables pour dresser une carte prcise des composantes transcriptionnelles, posttranscriptionnelles et post-traductionnelles de la rgulation du gnome et de lpignome des vgtaux. Lintgration de ces donnes dans des systmes prdictifs lchelle cellulaire et de lorganisme dans son intgralit constitue un dfi majeur et prioritaire pour la recherche en biologie vgtale. - la tendance actuelle de dchiffrer les rgulations gniques et pigntiques lchelle cellulaire doit tre conforte. Cette stratgie ncessite le dveloppement doutils technologiques particuliers chez les vgtaux et reste ncessaire pour mieux comprendre leurs rponses des stimuli dveloppementaux et environnementaux. - le maintien dune diversit des modles dtude en biologie vgtale est essentiel pour la dcouverte de nouvelles fonctions rgulatrices de lexpression du gnome mais aussi pour apprhender lensemble des innovations fonctionnelles lies ces processus. En effet, bien que les acteurs protiques impliqus dans les mcanismes gntiques et pigntiques semblent tre fortement conservs au sein du rgne vgtal, il est probable que limpact de ces voies de rgulation sur la physiologie et le dveloppement des vgtaux soit spcifique chaque espce (par ex. adaptation de la machinerie pigntique implique dans la rpression des rgions rptes du gnome aux architectures gnomiques trs diffrentes des gnomes dArabidopsis et du riz). Conclusions Prises dans leur ensemble, ces observations soutiennent pleinement lide que les reprsentants des lignes eucaryotiques photosynthtiques constituent des modles originaux en gnomique comparative et fonctionnelle, pour certains trs peu explors. Il apparat vident que la gestion et la mise en relation de lensemble des donnes -omiques ncessiteront un accroissement considrable de la capacit de stockage et de puissance de calcul dans des centres appels grer les informations et une mise disposition des outils et des rsultats des analyses accessibles tous. Ces nouveaux outils impliquent de prvoir des formations pour les chercheurs amens utiliser ces donnes. Les concepts labors auront vocation irriguer tous les champs disciplinaires de la biologie vgtale moderne, allant de lintgration du mtabolisme dans la physiologie de la plante aux mcanismes qui prsident son dveloppement et sa rponse adaptative lenvironnement.

2.3 INTERACTIONS ENTRE LES VEGETAUX ET LEURS ENVIRONNEMENTS BIOTIQUES ET ABIOTIQUES

Introduction Les vgtaux sont confrontes de trs nombreux stress biotiques et abiotiques lors de leur colonisation denvironnements varis et contraignants. Leur capacit adapter leur mode de vie photosynthtique des milieux varis, changeants et souvent extrmes rsulte de leur aptitude mettre en place des mcanismes dajustement et de dfense, gnraux ou spcifiques, rguls finement au niveau spatio-temporel. La diversit de ces mcanismes est reflte par lexistence chez les plantes terrestres dun trs grand nombre de rseaux de rgulation (plus de 3000 facteurs de transcription dans un gnome de plante), qui sont pour la plupart impliqus dans la rponse de lorganisme ces contraintes environnementales. Ces rseaux de rgulation complexes et inter-connects contrlent la mise en place de phnotypes adapts chacune de ces contraintes. Les contraintes biotiques des plantes et des autres organismes photosynthtiques sont multiples et complexes, mettant en jeu des partenaires extrmement varis, capables dtablir des interactions favorables (symbiotes, mutualistes), ou dltres (pathognes, parasites, comptiteurs). En particulier, les vgtaux cultivs sont particulirement attaqus par un trs grand nombre de bio-agresseurs tels que des virus, des bactries, des champignons, des nmatodes et des insectes. Les dommages provoqus par ces bio-agresseurs sur les productions agricoles ont un impact conomique et socital majeur, tout en posant des problmes sanitaires. Il est donc absolument ncessaire de mettre en place des mthodes de lutte durables et raisonnes pour maintenir, sinon dvelopper, le niveau actuel de production agricole. Ces bio-agressions encore peu explores en milieu aquatique nen demeurent pas moins un enjeu pour le dveloppment de lexploitation durable de la biomasse vgtale aquatique en culture. Cette capacit adaptative est fortement mise contribution par les changements climatiques en cours. Ces changements vont en effet conduire de fortes

28 - BIOLOGIE VEGETALE INTEGRATIVE variations de la temprature et de la disponibilit en eau qui risquent daffecter la stabilit des cosystmes naturels et cultivs et de favoriser lmergence de nouveaux agents pathognes. De plus, lvolution des politiques publiques conduit prconiser une rduction de lutilisation dengrais et de pesticides en agriculture, ce qui, si ces changements ne sont pas compenss par de nouvelles pratiques culturales, induira certainement une diminution importante de la production agricole. Interactions entre les plantes et leurs microorganismes et bio-agresseurs associs Du ct de la plante, le dveloppement de systmes modles tels quArabidopsis thaliana, Medicago truncatula et le riz, ainsi que les progrs des recherches menes sur des plantes cultives comme le bl ou le mas, ont conduit une explosion de nos connaissances sur les bases gntiques et molculaires des interactions entre les plantes et leurs microorganismes associs, mutualistes ou pathognes. Ils ont aussi permis lidentification de nombreux gnes vgtaux impliqus dans les mcanismes de rsistance et de dfense, dont ceux codant des rcepteurs de signaux microbiens. La caractrisation de ces rcepteurs a t une question centrale de ltude des interactions plantes micro-organismes au cours de cette dernire dcennie. En parallle, ltude des rseaux de gnes contrlant lensemble des rponses de la plante aux diffrentes composantes de son environnement biotique a permis des avances importantes dans notre comprhension des processus biologiques et des mcanismes mis en jeu pour interprter la nature du ou des signaux perus et tenter dy apporter une rponse adapte ( par exemple linduction des mcanismes de rsistance et de dfense ou lactivation des programmes gntiques permettant ltablissement dune interaction symbiotique). Cette connaissance des gnes et des fonctions a largement nourri les programmes damlioration des plantes cultives visant optimiser leur rsistance aux agents pathognes, ou leur capacit symbiotique. En dpit des progrs importants raliss ces dernires annes, le fonctionnement de ces rseaux de rgulation complexes reste pour une large part mal connu. Pour les autres organismes photosynthtiques, les efforts de recherche ont t beaucoup plus limits, mais laccs aux donnes gnomiques chez ces organismes rvle une grande complexit et une volution ancienne de systmes dimmunit inne bass sur de potentiels rcepteurs de signaux microbiens. La domestication de nouveaux organismes photosynthtiques (microalgues) ncessitera probablement dintensifier ces travaux. Du cot des microorganismes, lacclration des programmes de squenage de gnomes microbiens, associs au dveloppement doutils puissants danalyse fonctionnelle, a permis un accroissement rapide des connaissances sur les programmes gntiques et les mcanismes mis en jeu lors de ltablissement des interactions avec le partenaire vgtal, tant au niveau fonctionnel quvolutif. Ces approches ont ainsi permis lidentification dun grand nombre de fonctions cls impliques dans ces interactions. En particulier, elles ont permis de dfinir les rpertoires de protines produites, injectes ou transloques par ces micro-organismes dans leurs plantes htes. Une proportion importante de ces protines microbiennes prsentes dans les tissus, correspond des effecteurs qui ont la particularit de reprogrammer les grandes fonctions mtaboliques et cellulaires de la plante, en particulier leurs systmes de dfense contre les bio-agresseurs. De plus, ces tudes ont permis dtablir une image dtaille, bien quincomplte, des mcanismes dentre et de colonisation des plantes par ces microorganismes. La vision offerte maintenant par ces interactions est celle dun dialogue o chacun des partenaires met en jeu des arsenaux labors et en constante volution. Il est prsent ncessaire dintgrer les connaissances acquises dans des modles fonctionnels. Un autre dfi est de dvelopper les approches couplant volution et analyse fonctionnelle, afin de mieux comprendre les mcanismes mis en place par les microorganismes et leurs htes lors de leur co-volution. Ces connaissances fondamentales seront particulirement utiles pour la slection de cultivars prsentant des rsistances durables. Plasticit et adaptation des plantes des conditions environnementales changeantes La croissance des plantes terrestres dpend de paramtres environnementaux tels que les variables physico-chimiques de composition du sol et de latmosphre (temprature, intensit et qualit de la lumire, disponibilits en eau et en lments minraux nutritifs). Des variations importantes de ces paramtres sont attendues dans le cadre des grands changements climatiques et gophysiques en cours (rchauffement, accroissement du CO2, modification des rgimes pluviaux, rosion des sols). Ces variations devraient engendrer des modifications importantes des cosystmes vgtaux, consquences dont il est aujourdhui difficile de mesurer avec rigueur limportance, mais quil est possible dvaluer travers des modles intgratifs. Une des fonctions essentielles des plantes vasculaires dans le cadre de leur adaptation un environnement abiotique, est la rcupration de leau et des lments minraux du sol laide de leur systme racinaire. Un dfi majeur dans ce domaine est de mieux comprendre comment les racines peroivent et intgrent des signaux multiples et souvent contrasts rencontrs dans le sol afin doptimiser leur capacit dexploration et dacquisition de ces ressources nutritionnelles. La comprhension des mcanismes impliqus dans ces rponses adaptatives a largement progress grce des tudes combinant des approches gntiques, physiologiques et gnomiques sur des plantes modles. Lintgration de lensemble de ces connaissances dans des modles cophysiologiques a permis dclairer la hirarchie et la structuration des facteurs impliqus dans la rponse des plantes aux contraintes abiotiques. Ainsi, il a t montr que plusieurs types de signaux (hormones, formes ractives de loxygne), et de protines impliques dans les rseaux de rgulation (facteurs de transcription, enzymes des voies de signalisation) sont des acteurs communs des voies de signalisation impliques dans les rponses aux contraintes abiotiques et les rponses dveloppementales des plantes.

Rapport de conjoncture 2010 Approches intgres pour ltude des effets des contraintes biotiques et abiotiques chez les plantes Historiquement, la rponse des plantes aux stress biotiques et abiotiques a t tudie dans le cadre dune seule contrainte applique le plus souvent en conditions contrles. Le dveloppement doutils de phnotypage haut dbit en biologie offre la possibilit dtudier et dintgrer les rponses des plantes des contraintes multiples. Lextraordinaire capacit de programmation de lexpression des gnes par les plantes est un lment cl de leur rponse ces contraintes. Lanalyse des modifications des profils transcriptionnels des plantes en rponse des contraintes biotiques et abiotiques trs diverses, a fait merger un concept nouveau suggrant une rponse initiale ces contraintes reposant sur un noyau de rgulateurs communs et dune rponse plus tardive dpendant de rgulateurs spcifiques de chacune des contraintes. Le dveloppement dapproches quantitatives en biochimie et mtabolomique, en particulier au niveau cellulaire, devrait permettre galement de mieux apprhender la complexit de la rponse des plantes ces contraintes. Le premier dfi majeur dans ce domaine de recherche est dacqurir une vision intgre des interactions entre les voies de signalisation impliques dans les rponses aux contraintes biotiques et abiotiques et celles contrlant la croissance et le mtabolisme. Un second dfi est de traduire les connaissances fondamentales acquises sur les plantes modles pour lamlioration de traits dintrt agronomique chez les plantes cultives. Adaptation des microorganismes et des bio-agresseurs leurs plantes htes Les interactions biotiques des plantes correspondent un ensemble complexe de rponses adaptatives rsultant aussi bien de la variabilit des plantes htes que de la cohorte de microorganismes et bio-agresseurs associs, et des modalits de ces interactions multipartenaires. Cette complexit ncessite des approches intgrant aussi bien les niveaux fonctionnel et volutif, qucologique. En particulier, la comprhension des forces volutives qui structurent les interactions entre ces multiples partenaires est particulirement importante pour prdire le comportement des plantes cultives dans diffrents cosystmes. Limpact de lvolution attendue du climat et des pratiques agricoles sur les microorganismes associs aux plantes est aussi un dfi majeur dans ce domaine de recherche. Les tudes mener ncessitent lidentification exhaustive des partenaires de linteraction, le dveloppement de systmes exprimentaux refltant cette complexit et leur analyse diffrents niveaux (du gne au champ). En particulier, la combinaison dapproches dcologie molculaire partir danalyses gnomiques et mtagnomiques permettra davoir un point de vue exhaustif sur les populations de plantes et leurs microorganismes associs. La mise en oeuvre dapproches de gnomique fonctionnelle au niveau dcosystmes modles permettra de mieux comprendre de rle des diffrents mcanismes impliqus dans ces interactions biotiques et de dcouvrir de nouvelles fonctions importantes cette chelle. Interaction des rponses environnementales avec les dveloppement des plantes aux contraintes programmes de

Ltude des voies majeures de signalisation qui coordonnent le dveloppement des plantes a permis dobtenir des connaissances essentielles sur ces processus biologiques, en particulier dans le domaine de la signalisation hormonale. Par contre, le rle dans le dveloppement des plantes, des signaux, des mtabolites et des protines impliques dans les rponses aux contraintes biotiques et abiotiques, est encore mal connu. La confrontation de ces deux champs disciplinaires (rponses aux contraintes et dveloppement) est ncessaire afin de mieux apprhender les interactions entre ces deux systmes intgrs de fonctionnement de la plante.

3 QUESTIONS, OUTILS ET RESSOURCES

Pour rpondre aux objectifs des trois grands domaines de recherche dfinis ci-dessus, il sera ncessaire de lever des verrous conceptuels ou techniques et de mettre en uvre diffrents types doutils et de ressources dont beaucoup ne sont pas spcifiques aux plantes mais peuvent tre partags avec la plupart des modles tudis en sciences du vivant. - explorer la diversit structurale des gnomes et la variabilit de leur expression Un enjeu majeur est daugmenter le nombre des platesformes de squenage haut dbit et den faciliter laccs, tout en amliorant les capacits danalyse des grands jeux de donnes gnres par ces nouvelles mthodologies. - dfinir les rgles dinteractions au niveau molculaire Les capacits danalyse grande chelle devront tre dveloppes pour caractriser les interactions protines/ protines ou protines/ADN ainsi que les modifications post-traductionnelles des protines, et les replacer dans le contexte hirarchique et temporel qui a conduit leur apparition. - dfinir et quantifier la distribution spatiale des molcules dans la plante et valuer leur dynamique Les processus de dveloppement et dadaptation lenvironnement se traduisent par une distribution diffrentielle de molcules dans le temps et dans lespace, et un investissement majeur est ncessaire pour quantifier ces distributions spcifiques. Une bonne connaissance de toutes les molcules, des enzymes aux mtabolites, qui composent les cellules vgtales est requise, incluant leur distribution spatio-temporelle lintrieur de la cellule ou dans la plante. Cette information doit tre obtenue en intgrant les approches de protomique et de mtabolomique et par des dosages biochimiques quantitatifs, atteignant dans lidal une rsolution lchelle de la cellule unique. Cette chelle peut tre atteinte notamment par les mthodes de micro-imagerie chimique, mobilisant tous les techniques de la spectromtrie de masse par dsorption de surface

28 - BIOLOGIE VEGETALE INTEGRATIVE ou les techniques de fluorescence et dabsorption des rayons X sur les rayonnements Synchrotron. Lanalyse du mtabolome se dveloppe actuellement trs rapidement dans toutes les tudes de biologie intgrative, qui visent apprhender de manire globale le mtabolisme et intgrer cette analyse dans les projets de modlisation de la physiologie des plantes. Les approches de mtabolomique cible (identification et quantification de familles particulires de mtabolites) ou globale (identification et quantification de lensemble des mtabolites) et de fluxomique (analyse des vitesses relles de conversion biochimique -flux mtaboliques- dans le systme vivant) sont toutes requises pour amliorer la comprhension des rseaux mtaboliques. Les techniques dimagerie et de spectroscopie in vivo seront galement essentielles pour localiser et quantifier les diffrents composants molculaires dans les cellules. De grandes collections de plantes transgniques exprimant des protines tiquetes par exemple par la Green Fluorescent Protein (GFP) peuvent tre dveloppes dans une premire tape pour localiser les protines individuelles et suivre leur dynamique (incluant les modifications post-traductionnelles). Cependant, de nouvelles mthodes dimageries sophistiques et les outils associs (nouveaux fluorochromes par exemple) seront ncessaires pour localiser et quantifier dautres molcules comme les sucres, les lipides ou les hormones. Les nouvelles mthodes dimagerie haute rsolution en temps rel fondes sur la microscopie STED ou PALM mritent dans ce cadre un intrt particulier. - rpondre au besoin dinfrastructures adaptes La rponse au besoin dinfrastructures performantes et adaptes (incluant squenage haut dbit, protomique, mtabolomique, imagerie, phnotypage, serveurs informatiques et centres de calcul) passera invitablement par la mise en place de plates-formes qui devront tre aisment accessibles aux communauts scientifiques (gographie et cot). - dvelopper des outils de modlisation Les donnes impliquant linteraction de centaines de composants ( lchelle des molcules, des cellules, ou des plantes) dans lespace et dans le temps seront impossibles apprhender sans les bases de donnes appropries, qui seront capables de connecter diffrents types de donnes et dacclrer ainsi le dveloppement de modles quantitatifs. Des modles sous la forme de cellules ou tissus virtuels sont actuellement dvelopps, mais la reprsentation spatiale complexe demeure un dfi. La modlisation multi-chelle ncessitera de nouveaux cadres thoriques pour remplir les structures spatiales avec les donnes de biochimie, de physique et de biologie cellulaire. Des dveloppements thoriques et techniques seront ensuite ncessaires pour appliquer lapproche systmique une large chelle, dabord pour construire les modles, puis pour automatiser lacquisition des donnes, leur analyse et le paramtrage des modles. Des approches comme la modlisation ou le biomimtisme requirent un effort de collaboration entre biophysiciens, biochimistes, mathmaticiens et informaticiens qui doivent tre intgrs dans des quipes pluridisciplinaires. Une telle intgration, ralise au niveau de scientifiques confirms mutualisant leurs efforts, mais aussi celui de la formation initiale (tudiants) et continue, permettra de rpondre lobjectif de placer la recherche en biologie vgtale dans une dimension pluridisciplinaire.

ANNEXES ANNEXE 1 : LISTE DES ACRONYMES AgroParisTech Institut des sciences et industries du vivant et de lenvironnement CEA Commissariat lEnergie Atomique et aux Energies Alternatives CIRAD Centre de Coopration Internationale en Recherche Agronomique pour le Dveloppement ENS Ecole Normale Suprieure GFP Green Fluorescent Protein IATOS Ingnieurs, administratifs, techniciens, ouvriers et personnel de service IT Ingnieurs et techniciens, INRA Institut National de la Recherche Agronomique IRD Institut de Recherche pour le Dveloppement Montpellier SupAgro Centre international dtudes suprieurs en sciences agronomiques ANNEXE 2 : DOCUMENTS A CONSULTER EU 2020 vision for Plant Science , labor la suite dun colloque organis en 2008 par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council (Royaume Uni) et la Deutsche Forschungsgemeinschaft (Allemagne) ( h t t p : / / w w w. u n i - t u e b i n g e n . d e / p l a n t p h y s / A F G N / EU2020VisionPlantScience.pdf). National Plant genome Initiative : 2009-2013 tabli en 2008 aux Etats-Unis par le National Science and Technology Council Committee of Science et lInteragency working group on plant genomes (http://www.nsf.gov/bio/pubs/reports/npgi_five_year_ plan_2009_2013.pdf) New horizons in plant sciences for human health and the environment publi en 2009 par les National Academies amricaines (the National Academy of Sciences, the National Academy of Engineering, the Institute of Medicine, and the National Research Council) (http:// www.whybiotech.com/resources/tps/plant_sciences_final. pdf) Rapport de synthse sur les technologies du futur issu dun projet men par lUnit Prospective INRA et visant identifier des technologies mergentes pertinentes pour la recherche agronomique et susceptibles de rpondre aux enjeux de lagriculture des dcennies venir (http://www.paris.inra.fr/prospective/projets/technologies_ du_futur) An International Model for the Future of Plant Science

Rapport de conjoncture 2010 labor la suite du colloque International Plant Science Vision Workshop organis aux Etats-Unis en 2009 par le Biotechnology and Biological Science Research Council (Royaume Uni), la Deutsche Forschungsgemeinschaft (Allemagne) et la National Science Foundation (EtatsUnis) ( h t t p : / / w w w. u n i - t u e b i n g e n . d e / p l a n t p h y s / A F G N / InternatModelFuturePlantSci.pdf)