Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación

Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación
El profesor Simon Cox Ingeniería Computacional Grupo de Investigación y Diseño Facultad de Ingeniería y Medio Ambiente Universidad de Southampton, SO17 1BJ, Reino Unido. V0.2: 8 º 09 2012 V0.3: 30 º 11 2012 [Actualizado con menos vinculación directa a MPICH2 descargas] V0.4: 9 º 01 2013 [Actualizado etapa 33]

Los primeros pasos para llegar hasta la máquina
1.

Obtenga la imagen de http://www.raspberrypi.org/downloads Originalmente utilizado: 2012-08-16-sibilante raspbian.zip Actualización 30/11/12: 2012-10-28-sibilante raspbian.zip Mi consejo es que para comprobar la descarga de página en raspberrypi. org y utilizar la última versión. 2. El uso de imágenes win32 disco para poner la imagen en una tarjeta SD (o en un disco de Mac por ejemplo Utilidades / dd ) http://www.softpedia.com/get/CD-DVD-Tools/Data-CD-DVD-Burning/Win32-Disk-Imager.sht ml Que va a utilizar el "Write" para poner la imagen desde el disco a la tarjeta 3. Arranque en Pi 4. Ampliar imagen para llenar la tarjeta con la opción en la pantalla cuando el primer arranque. Si no lo hace en el primer arranque, entonces usted necesita utilizar $ Sudo Raspi-config http://elinux.org/RPi_raspi-config 5. Entrar y cambiar la contraseña http://www.simonthepiman.com/beginners_guide_change_my_default_password.php $ passwd 6. Cierre la sesión y comprobar que ha escrito todo bien (!) $ exit 7. Vuelve a entrar de nuevo con su nueva contraseña

Edificio MPI para que podamos ejecutar código en varios nodos
8. Actualizar la lista de paquetes en la caché $ sudo apt-get update 9. Sólo hago esto por costumbre, pero tenga en cuenta, sin hacer nada más que conseguir la lista (actualización mediante " sudo apt-get upgrade "). 10. Cómo Fortran ... después de todo lo que es la programación Fortran científica sin ser una posibilidad? $ sudo apt-get install gfortran 11. Lea acerca de MPI en el Pi. Este es un mensaje excelente para leer sólo para mostrar que usted va a llegar al final, pero no escribir ni hacer nada por el momento, vamos a construir todo lo que nosotros mismos: http://westcoastlabs.blogspot.co.uk/2012/06/parallel-processing-on-pi-bramble.html Tenga en cuenta que hay algunas cosas a tener en cuenta aquí a) Desde que pusimos en Fortran que son buenos para ir sin excluir nada

1 De 10

tar..1p1.mpich. Obtener fuentes MPI de Argonne.anl.org/documentation/guides/ y obtener la última Guía del instalador.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1. puede navegar a: http://www..mpich.gov/research/projects/mpich2/documentation/files/mpich2-1.1p1... Lee un poco más antes de empezar: http://www.pdf Nota: A partir de la versión de MPICH2 actualizaciones. usted es mejor ir a: http://www.1p1/mpich2-1. [Tenga en cuenta que como las actualizaciones del origen de MPI.4.esto también hará que sea más fácil de averiguar lo que han puesto en la nueva en su sistema. y añadir al final estas dos líneas: # Añadir MPI a la ruta PATH = "$ PATH :/ home / rpimpi / mpich2-install/bin " b) 2 De 10 . Cree un directorio para colocar las fuentes en $ mkdir / home/pi/mpich2 $ cd ~ / MPICH2 14. $ sudo mkdir / home / rpimpi / $ sudo mkdir / home / rpimpi / MPICH2 install[Yo opté por el " rpimpi "para reemplazar el" tú "en la guía de Argonne y yo hicimos la creación de directorios en dos pasos] 17. Instale los archivos $ sudo make install Hacer otra taza de té .Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación $ wget http://www.mcs. Agregue el lugar que usted pone la instalación en su camino $ Export PATH = $ PATH :/ home / rpimpi / mpich2-install/bin Tenga en cuenta que poner permanentemente esta en el camino tendrá que editar..4.tar. Realice los archivos $ sudo hacer Hacer otra taza de té 21.4.org/downloads/ para obtener la última versión estable para MPICH2] 15.anl.2 (de la sección de inicio rápido) en la guía.terminará .4.1p1/configure-prefix = / home / rpimpi / MPICH2 install[Nota: Usted tendrá que actualizar esto como la versión de MPICH2 incrementos] Hacer una taza de té 20.1-install guide.. 22. Cree un directorio de compilación (por lo que mantener el directorio de fuentes limpias de generación de las cosas) mkdir / home / pi / mpich_build 18.. así que vamos a construir nosotros mismos MPI 12. Haga usted mismo un lugar para poner las cosas compilado . Perfil $ nano ~ /. Ahora vamos a configurar la construcción de $ sudo / home/pi/mpich2/mpich2-1. Desembale ellos.gz [Nota: Usted tendrá que actualizar esto como la versión de MPICH2 incrementos] 16. perfil . Vamos a seguir los pasos de 2.4. 13. También usted puede terminar la construcción de esto unas cuantas veces .mcs. $ tar xfz MPICH2-1.. Cambie al directorio BUILD $ cd / home / pi / mpich_build 19.gz Los paquetes de aquí son para armel y necesitamos armhf en este caso .

Si se utiliza $ mpiexec -f machinefile -n 1 hostname La salida es: raspberrypi 28.softpedia. Ahora utilizará MPI en el Pi para calcular Pi: $ cd / home / pi / mpi_testing $ mpiexec -f machinefile -n ~ 2 / mpich_build / examples / cpi La salida es Proceso 0 de 2 está en raspberrypi Proceso 1 de 2 es en raspberrypi pi es aproximadamente 3. Cambie el directorio de regreso a casa y crear un lugar para hacer sus pruebas $ Cd ~ $ Mkdir mpi_testing $ Cd mpi_testing 25. Compruebe si las cosas se ha instalado o no $ que mpicc $ que mpiexec 24. Utilice Win32 disco de imágenes (o en un disco Mac ejemplo Utilidades / dd ) para poner la imagen DESDE tu tarjeta SD de nuevo A tu PC: http://www. El uso de imágenes win32 disco para poner la imagen en una tarjeta SD (o en un disco de Mac por ejemplo Utilidades / dd ) http://www. Ahora a correr un poco el código C.sht ml Que va a utilizar el "Read" para poner la imagen desde el disco a la tarjeta Vamos a llamar a la imagen "2012-08-16-sibilante raspbian_backup_mpi_master.com/get/CD-DVD-Tools/Data-CD-DVD-Burning/Win32-Disk-Imager.sht 3 De 10 . En el subdirectorio de ejemplos de dónde se construyó MPI es el famoso ejemplo del IPC. Apagar el Pi con mucho cuidado $ sudo poweroff Extraiga la tarjeta SD y el pop de nuevo en el escritor de tarjeta SD en su PC / otro dispositivo.Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación 23. Extraiga la tarjeta y poner una tarjeta nueva en su PC / otro dispositivo. Ahora podemos probar si funciona para usted MPI en un solo nodo mpiexec -f machinefile -n hostname <número> donde machinefile contiene una lista de direcciones IP (en este caso sólo una) para las máquinas a) Obtenga su dirección IP $ ifconfig b) Ponga esto en un solo archivo llamado machinefile 26. el error es 0... una vez 29.img" 31. Ahora tenemos una copia maestra del nodo principal de la máquina con todos los archivos instalados de MPI en un solo lugar.1.168. Ahora queremos clonar esta tarjeta. Inflamación mí . 30.1415926544231318.0000000008333387 Celebre si llegas a este punto.161 [ o sea cual sea su dirección IP fue] 27. $ nano machinefile Añada esta línea: 192.com/get/CD-DVD-Tools/Data-CD-DVD-Burning/Win32-Disk-Imager.softpedia.

pero ambos tienen el mismo nombre de host en el momento).161 192. de lo anterior se ejecuta en los dos equipos. cat .0000000008333387 Si repite esta segunda vez no tendrá que escribir las contraseñas pulg Hurray.168. ssh. $ cd / home / pi / mpi_testing $ mpiexec -f machinefile -n ~ 2 / mpich_build / examples / cpi La salida es Proceso 0 de 2 está en raspberrypi Proceso 1 de 2 es en raspberrypi pi es aproximadamente 3.pub | ssh pi@192. Si lo deja en blanco (no tan buena seguridad).dynedge. $ cat ~ /. [Tenga en cuenta que hay maneras probablemente más eficientes de hacer esto .co.168. ssh / id_rsa.img" la imagen que acaba de crear. en el paso 4 de la sección primera] 32.162 "" mkdir . (Entrar en ella y obtener su dirección IP.1415926544231318. ssh / id_rsa para almacenar la clave Introduzca una palabra pe " myfirstpicluster ". Ahora debe tener dos frambuesa Pis sucesivamente.162 [ o sea las dos direcciones IP que tiene para las máquinas son] 36. Ponga la tarjeta en su segunda Pi y arrancar esto.1. Uso de SSH en lugar de contraseña de acceso entre los Pis 33. 37. Tenga en cuenta que nosotros NO han cambiado los nombres de host con todo (eso si.168.1.Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación ml Que va a utilizar el "Write" para poner la imagen desde el disco a la tarjeta y elegir el "2012-08-16-sibilante raspbian_backup_mpi_master. Ahora vamos a agregar el nuevo Pi a la machinefile . La primera vez que tendrá que introducir la contraseña de la clave que ha generado anteriormente (a menos que lo dejó en blanco) y también la contraseña del Pi segundo. entonces no escribir más de una frase de paso que se necesita. Ahora a correr un poco el código C de nuevo. En el subdirectorio de ejemplos de dónde se construyó MPI es el famoso ejemplo del IPC. como antes) Trabajo sobre el Pi Maestro frambuesa (el primero que se construyó): $ nano machinefile Que sea leído 192. Clasificar RSA para permitir registro rápido pulg Esto es lo mejor para que diga: http://steve. ssh Usted debe ver un archivo llamado " authorized_keys ".1.este es su boleto a 'no hay cielo login' en los nodos 35. >> ssh / authorized_keys " 34. todos los comandos se escriben debajo del Pi maestro que creó en primer lugar. Si cambia el nombre de host en su segunda máquina (véase el Apéndice 1 "Script Host") y 4 De 10 . A menos que se especifique lo contrario. Si ahora accede a tu Pi otro y hacer $ ls -al ~ /.en particular tal vez evitar la expansión del sistema de archivos . el error es 0.uk/2012/05/30/logging-into-a-rasberry-pi-using-publicprivate-keys/ En resumen (que trabaja en el nodo maestro Pi) $ Cd ~ $ Ssh-keygen-t rsa-C "raspberrypi @ raspberrypi" Esta establecer una ubicación predeterminada de / home / pi /.

Gracias a todo el equipo en el laboratorio: Richard Boardman.softpedia.Secuencias de comandos y otras cosas que hacer Flash me . FELICIDADES .img" 3.com/get/CD-DVD-Tools/Data-CD-DVD-Burning/Win32-Disk-Imager.Ahora ya ha terminado la construcción de 2 nodos SUPERCOMPUTADORA Si usted sigue los pasos a continuación. el hijo del profesor James Cox quien proporcionó apoyo especializado en Lego y pruebas del sistema. Apagar el Pi con mucho cuidado $ sudo poweroff 2.. por supuesto. que hizo todos los pedidos de equipos ocurrir de manera tan eficiente. Utilice Win32 disco de imágenes (o en un disco Mac ejemplo Utilidades / dd ) para poner la imagen de su tarjeta SD a su PC: http://www. Neil O'Brien. puede ampliar ESTO A 64 (o más) los nodos Agradecimientos Gracias a todos los autores de los puestos relacionados en esta guía y Nico Maas. El uso de imágenes win32 disco para poner la imagen en una tarjeta SD (o en un disco de Mac por ejemplo Utilidades / dd ) http://www. una vez más (aclarar y repetir para cada nodo adicional) 1. También a Pergamino Oz y Andy Everett (iSolutions) Gracias a Pavittar Bassi en Finanzas. en el paso 4 de la sección primera] 5 De 10 . y Scott Marcos .Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación ejecutar: $ mpiexec -f machinefile -n ~ 2 / mpich_build / examples / cpi Salida: Proceso 0 de 2 está en raspberrypi Proceso 1 de 2 es en iridispi002 Ahora usted puede ver cada proceso que se ejecuta en los nodos separados..en particular tal vez evitar la expansión del sistema de archivos .img" la imagen que acaba de crear. Gereon Kaiping . Johnston Steven. Y. [Tenga en cuenta que hay maneras probablemente más eficientes de hacer esto . Apéndice 1 .softpedia.sht ml Que va a utilizar el "Write" para poner la imagen desde el disco a la tarjeta y elegir el "2012-08-16-sibilante raspbian_backup_mpi_master.. Extraiga la tarjeta SD y el pop de nuevo en el escritor de tarjeta SD en su PC / otro dispositivo. Apague el Pi trabajador y extraer la tarjeta $ sudo poweroff Ahora tenemos una copia de los nodos trabajador de la máquina con todos los archivos instalados de MPI en un solo lugar. Ahora queremos clonar esta tarjeta ya que tiene el ssh llave en él en el lugar correcto.sht ml Que va a utilizar el "Read" para poner la imagen desde el disco a la tarjeta Vamos a llamar a la imagen "2012-08-16-sibilante raspbian_backup_mpi_worker.com/get/CD-DVD-Tools/Data-CD-DVD-Burning/Win32-Disk-Imager. Extraiga la tarjeta y poner una tarjeta nueva en la máquina.

1415926544231318. Estos son muy útiles para eliminar las cosas si sus intentos de conseguir mpi4py no llegan a tener éxito $ sudo apt-get install python-mpi4py $ mpiexec.tar.scipy. mundo! Soy el proceso 1 de 2 en iridispi002.1. mundo! Soy el proceso 1 de 4 en iridispi002. $ mpirun. mundo! Estoy proceso 3 de 4 en iridispi002. ¡Hola. Más información en http://mpi4py. puede hacerlo desde el nodo maestro usando: ssh 'pi@192.py 6 De 10 . mundo! Soy el proceso 0 de 2 en raspberrypi . el error es 0.com/files/mpi4py-1. Ejecutar un ejemplo (en el nodo maestro) La salida es: ¡Hola. También queremos ejecutar la demostración así que vamos a obtener el código fuente demasiado $ cd ~ $ mkdir mpi4py $ cd mpi4py $ wget http://mpi4py.3.162 sudo echo "iridispi002" | sudo tee / etc / hostname ' ssh 'pi@192.org/ http://mpi4py.1.googlecode. La salida es: ¡Hola. ¡Hola. 6.gz $ cd mpi4py-1.3. debe reiniciar cada nodo de trabajo Si vuelve a ejecutar el paso ( 36 ) por encima de nuevo. ¡Hola.org/docs/usrman/index. mundo! Soy el proceso 2 de 4 en raspberrypi .1.gz $ Tar xfz mpi4py-1.tar.np 2 .scipy.168. usted obtendrá: $ mpiexec -f machinefile -n ~ 2 / mpich_build / examples / cpi Salida: Proceso 0 de 2 está en raspberrypi Proceso 1 de 2 es en iridispi002 pi es aproximadamente 3.machinefile / home / pi / mpi_testing / machinefile helloworld.machinefile / home / pi / mpi_testing / machinefile python helloworld. mundo! Estoy 0 Proceso de 4 en raspberrypi .py python 5. Usemos mpi4py. 1.0000000008333387 Esto muestra el nodo maestro sigue llamando raspberrypi y el primer trabajador llamado iridispi002 Al utilizar Python Hay varias Uniones Python para MPI. ¡Hola.Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación Guión Hostname Si desea cambiar el nombre de cada equipo.168.html $ sudo apt-get install python-mpi4py 2. A continuación.164 sudo echo "iridispi004" | sudo tee / etc / hostname ' etc . Repita los pasos 1 y 2 en cada uno de los otros nodos (que no cocinar esto en la imagen del sistema) 4.openmpi .163 sudo echo "iridispi003" | sudo tee / etc / hostname ' ssh 'pi@192. Esta guía sólo pretende mostrar cómo conseguir uno de ellos trabajando.openmpi -n 4 .168.3/demo 3.

$ sudo mkdir / home / rpimpi_shared / $ sudo mkdir / home / rpimpi_shared / MPICH2-install_shared [Yo opté por el " rpimpi_shared "para reemplazar el" tú "en la guía de Argonne y tomé la creación de directorios en dos pasos] 5.org/downloads/ para obtener la última versión estable] 3.1.168.tar.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.mpich.anl.Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación $ sudo apt-get autoremove Keygen script de comandos cat ~ /.pub | ssh ".pub | ssh pi@192.1p1. [Tenga en cuenta que como las actualizaciones del origen de MPI. Esto le da un archivo de biblioteca que termina en ". ssh / id_rsa.org/en/latest/installing.1p1.1.esto también hará que sea más fácil de averiguar lo que han puesto en la nueva en su sistema.py curl | sudo python $ Https://raw. Más información se encuentra en http://www. para el envío de los intercambios de claves si quieres hacer esto de nuevo después de haber generado una nueva clave Obtención de Raspberry Pi Pip 1. Cree un directorio de compilación (por lo que mantener el directorio de fuentes limpias $ wget http://www.py curl | sudo python Notas sobre la toma de MPI Bibliotecas compartidas para Raspberry Pi Librerías MPI también se puede construir "compartida" de forma que puedan ser cargados dinámicamente.163 ssh / authorized_keys " etc . $ tar xfz MPICH2-1. Un requisito previo para pip es "distribuir" así que vamos a conseguir que el primero y luego instalar pip. >> gato pi@192. Podemos instalar Pip.org/distribute_setup.1.1p1/mpich2-1.html http://www. Esta es una repetición de los pasos anteriores. que nos da una buena manera de crear paquetes de Python (y desinstalarlos también).pip-installer. etc. El sudo es porque la instalación de estos tiene que ejecutar como root.4. 2.161 ssh / authorized_keys " cat ~ /. >> gato ssh / authorized_keys " cat ~ /.pub | ssh ". Así que" no.4.github.168. Haga usted mismo un lugar para poner las cosas compilado . "A" y podemos hacerlo mediante la construcción de las librerías MPI nuevo. >> gato pi@192.tar.168. $ mkdir / home/pi/mpich2_shared $ cd ~ / mpich2_shared Cree un directorio para colocar las fuentes en Obtener fuentes MPI de Argonne.gz 7 De 10 . ssh / id_rsa.162 ".com/pypa/pip/master/contrib/get-pip. ssh / id_rsa. pero escrito cabo de nuevo utilizando el sufijo "_shared" en los nombres de directorio.4.mcs.gz [Nota: Usted tendrá que actualizar esto como la versión de MPICH2 incrementos] 4.org/en/latest/index.pip-installer. puede navegar a: http://www. Desembale ellos. $ Http://python-distribute. 1.html $ cd ~ $ mkdir pip_testing $ cd pip_testing 2.

Instale los archivos $ sudo make install 10.1p1/configure-prefix = / home / rpimpi_shared / MPICH2-install_shared .Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación de generación de las cosas) $ mkdir / home / pi / mpich_build_shared 6. Realice los archivos $ sudo hacer 9. perfil .enable shared- 8 De 10 ... Cambie al directorio BUILD $ cd / home / pi / mpich_build_shared 7. y añadir al final estas dos líneas: # Añadir MPI compartido a la ruta PATH = "$ PATH :/ home / rpimpi_shared / mpich2-install_shared/bin " $ sudo / home/pi/mpich2_shared/mpich2-1. Ahora vamos a configurar la construcción de [Nota: Usted tendrá que actualizar esto como la versión de MPICH2 incrementos] 8. Por último añadir el lugar que usted pone la instalación en su camino $ Export PATH = $ PATH :/ home / rpimpi_shared / mpich2-install_shared/bin Tenga en cuenta que poner permanentemente esta en el camino tendrá que editar.4. Perfil $ nano ~ /.

Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación Un par de fotos cuando se terminó (Créditos imagen de abajo: Glenn Harris 2012) 9 De 10 .

Pasos para hacer Raspberry Pi Supercomputación Imágenes por lo que es (Créditos imagen de abajo: Simon J Cox 2012) (Créditos de imagen: Simon J Cox 2012) 10 De 10 .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful