Odredjivanje N-terminalnog kraja proteina

Za odreivanje N-terminalnog kraja polipeptida, odnosno za odreivanje aminokiseline na strani NH2 kraja proteina ili poplipeptida esto se koristi 2,4-dinitrofluorbenzen. Ovo jedinjenje ima na svom aromatinom prstenu atom fluora, koji se u reakcijama nukleofilne supstitucije ponaa kao odlazea grupa, dok sa druge strane amino grupa iz polipeptida predstavlja dobar nukleofil. Ove dve injenice predstavljaju potrebne uslove da se desi reakcija nukleofilne supstitucije u kojoj atom azota iz polipeptida menja atom fluora na sp2 hibridizovanom atomu ugljenika. Ova reakcija predstavlja i prvu od dve faze metoda za odreivanje Nterminalne aminokiseline. U drugoj fazi, u kiseloj sredini se hidrolizuje polipeptidni lanac do aminokiselina iz kojih je sastavljen. Nterminalna aminokiselina koju odreujemo se sada nalazi vezana na aromatini prsten i nekom od pogodnih metoda (hromatografski, spektroskopski...)se vri njena karakterizacija-odreuje se koja je kiselina u pitanju.

Nukleofilna supstitucija iz prve faze reakcije ne bi bila mogua da nije dve nitro grupe u molekulu 2,4dinitrofluorbenzena. Naime sam benzenov prsten nije dobar supstrat za reakcije nukleofilne supstitucije jer su njegovi supstituenti (u ovom sluaju fluor) koji su inae dobre odlazee grupe, vrsto vezani za sp2 hibridizovani atom ugljenika iz benzenovog prstena i odgovarajui ugljenikov atom je nedovoljno elektropozitivan za nukleofilnu supstituciju. Elektronprivlane grupe kao to je nitro grupa, privlaei elektone iz prstena ine C-atom koji spominjemo elektropozitivnijim i podlonijim nukleofilnoj supstituciji.