ANALIZA HUMANOG GENOMA Normalni i patoloki kariotip

Kariotip
U jedru svake somatske elije ovjeka nalazi se hromozomski komplement od 46 hromozoma, ili 23 para homologih hromozoma (jedan set hromozoma je porijeklom od oca , drugi od majke). Pored 22 para autozoma, u svakoj eliji se nalazi i par polnih hromozoma , koji su u enskom polu isti XX, a u mukom razliiti XY. Svaki metafazni hromozom se sastoji od dvije istovjetne hromatide, a svaka hromatida sadri jedan linearni molekul DNK povezan sa histonima i nehistonskim proteinima. Kao i kod ostalih eukariota , DNK hromozoma se sastoji od 50% jedinstvenih i 50% repetitivnih sekvenca. Ukupan diploidni set hromozoma sadri oko 7,1x10(na9) parova nukleotida. Jedinstvene sekvence obuhvataju strukturne gene za razliite proteine i naizmjenino su rasporeene najee sa srednje repetitivnim sekvencama. Srednje repetitivne sekvence se prepisuju u rRNA, tRNA i iRNA za histone. Ove sekvence za histone se nalaze na hromozomu 7 kod ovjeka. Visoko repetitivne sekvence su rasporeene u pericentromernim I telomernim regionima hromozoma. Ove sekvence bi mogle biti ukljuene u spiralizaciji hromozoma u mitozi i mejozi, u konjugaciji, a kasnije i u separaciji homologih hromozoma u mejozi.Svaki hromozom ima centromeru, a prema poloaju centromere , koja dijeli hromozom na dva dijela (p i q), ustanovljene su tri grupe hromozoma ovjeka: metacentrini hromozomi (sa medijalnim poloajem centromere), submetacentrini (sa centromerom pomjerenom ka jednom kraju hromozoma) i akrocentrini (sa terminalnim poloajem centromere). Metacentrini hromozomi su 1,3,6,19 i 20, akrocentrini su 13,14,15,21, 22 i y, a svi ostali hromozomi su metacentrini. Centromera je dio hromozoma koji u interakciji sa diobnim vretenom obezbjeuje pravilnu segregaciju hromozoma. U samoj centromeri ili u njenoj blizini nalazi se familija sekvenci dna koje se periodino ponavljaju.

Telomere hromozoma predstavljaju prirodne krajeve linearnog molekula dna i imaju viestruke funkcije.Jedna od najznaajnih je ouvanje linearnog integriteta hromozoma i zatita od degradacije ili fuzije slobodnih krajeva dna hromozoma.

Normalni kariotip
EUPLOIDIJA
Euploidna elija sadri normalan broj hromozoma za odreenu vrstu.Tako su humane somatske elije (2 haploidna seta 2n) i humane gamete (1n) euploidne.

Patoloki kariotip
Hromozomske aberacije mogu biti : STRUKTURNE I NUMERIKE STRUKTURNE : intrahromozomske i interhromozomske NUMERIKE: polipoidije i aneuploidije Poliploidija je numerika hromozomska aberacija karakterizirana poveanjem broja haploidne hromozomske garniture (3n, 4n, 5n itd.). Tipovi poliploidije su triploidija (3n = 69), tetraploidija (4n = 92), pentaploidija (5n = 115), itd. Aneuploidija je numerika hromozomska promjena kod koje postoji viak ili manjak hromozoma unutar jednog hromozomskog para.Aneuploidije mogu biti: polisomije (trisomije i tetrasomije) i monosomije. Strukturne aberacije hromozoma su mutacije uzrokovane lomovima i spajanjem odlomljenih krajeva. Delecije (del) predstavljaju gubitak hromozomskog segmenta. Izgubiti se moe terminalni ili sredinji dio kraka hromozoma (terminalna i intersticijska delecija). Uzrokuju parcijalnu monosomiju deletiranih lokusa. U sluaju terminalne delecije obadva kraka spajaju se slomljeni krajevi i oblikuje se prstenasti ili ring (r) hromozom, koji ima centromeru. Razliite terminalne delecije opisane su u ovjeka i predstavljaju kliniki prepoznatljive sindrome. Primjer kariotipa: 46,XY,del(4)(p15) - Wolfov sindrom.

Terminalna delecija

Inverzije (inv) su vrsta balansiranih strukturnih aberacija, uzrokovanih dvostrukim lomom. Fragment izmeu taaka loma okrene se za 180 i ponovno ugradi u hromozom. Inverziju obino ne prate fenotipske promjene, no ukoliko se radi o mutacijama de novo, moe doi do promjene fenotipa. Nositelje inverzija najee otkrivamo kariotipizacijom zbog poremeaja reprodukcije: spontanih pobaaja ili roenja abnormalnog djeteta. Ako invertirani dio hromozoma obuhvaa centromeru, inverzija je pericentrina, a ako zahvaa dio samo jednog kraka hromozoma, inverzija je paracentrina. Pericentrina inverzija mijenja oblik hromozoma, dok u paracentrinoj inverziji oblik hromozoma ostaje nepromijenjen. Inverzija ometa normalnu konjugaciju homolognih hromozoma tijekom gametogeneze te uzrokuje stvaranje inverzijske petlje

Izohromozom (i) je tip strukturne aberacije koja nastaje poprenom diobom centromere. Time nastaje metacentrini hromozom s genetikim materijalom dva p kraka ili ee dva q kraka. Posljedica izohromozoma su parcijalna monosomija i parcijalna trisomija jednog hromozomskog kraka. Izohromozom je esto opisan na hromozomu X, a osoba s izohromozomom i (Xq) predstavlja prepoznatljiv Turnerov sindrom.Primjer kariotipa: 46,X,i(Xq)

INTERHROMOZOMSKE STRUKTURNE ABERACIJE

Najei tip interhromozomskih aberacija su translokacije koje nastaju kao posljedica prebaaja genetikog materijala jednog homolognog hromozoma na drugi ili izmjene hromozomskih fragmenata izmeu dva i vie heterologa. Razlikujemo reciprone i Robertsonove translokacije. Robertsonova translokacija ili centrina fuzija dogaa se samo izmeu akrocentrinih hromozoma, i to izmeu homologa ili heterologa. Nakon lomova koji nastaju u centromeri ili blizu centromere dolazi do spajanja q krakova akrocentrinih hromozoma, dok se p kraci gube. Gubitak p krakova kompenzira se genima s drugih p krakova akrocentrinih hromozoma te je stoga ova vrsta translokacija balansirana aberacija i uglavnom nema fenotipskih posljedica za nositelja. Ukoliko ova aberacija nastane kao svjea, u 3% sluajeva moe se javiti neka vea kongenitalna promjena. Primjer kariotipa:45,XX,der(13;21)(q10;q10) - mirni nositelj Robertsonove translokacije Reciprone translokacije predstavljaju prebaaj odlomljenih hromozomskih fragmenata izmeu dva ili vie hromozoma. Ova vrsta translokacije moe biti intersticijska ili terminalna. Primjer kariotipa:46,XX,t(2;5)(q21;q31) - mirni nositelj reciprone translokacije Osobe koje su nositelji Robertsonove ili reciprone translokacija mogu pored nebalansiranih gameta stvarati i balansirane gamete te tako imati i zdravu djecu. Stoga se tim osobama preporuuje prenatalna dijagnostika (npr. amniocenteza). Naalost, nositelji translokacija otkrivaju se tek nakon vie spontanih pobaaja ili roenja malformiranog djeteta.

Aneuploidije
Sindrom Down - trisomija 21 (47,XX,+21 ili 47,XY,+21) Sindrom Patau - trisomija 13 (47,XX,+13 ili 47,XY,+13) Sindrom Edwards - trisomija 18 (47,XX,+18 ili 47,XY,+18) Sindrom Klinefelter (47,XXY ili 48,XXXY) Dvostruki "Y" sindrom ( 47,XYY) Triplo "X" sindrom ( 47,XXX) Tetra "X" sindrom (48,XXXX) Sindrom Turner - monosomija X ( 45,X) Triploidija ( 69,XXX ili 69,XXY ili 69,XYY) Tetraploidija ( 92,XXYY) Uniparentna disomija

Daunov sindrom
Daunov sindrom je najea aneuplodija i javlja se s uestalou od 1 : 770 novoroenadi, neto ee u djeaka negoli u djevojica (3 : 2). Karakterizira ga mentalna zaostalost, a pritom stupanj zaostalosti moe varirati. Postoji znatno intrauterino i postnatalno zaostajanje u tjelesnom razvoju i rastu. Glava je smanjena opsega, a zatiljak pljosnat. Oi su koso, "mongoloidno" postavljene, iroko razmaknute (hipertelorizam), na medijalnom onom kutu postoji nabor koe (epikantus), a uz obod arenice bijele, Brushfildove pjege. Nos je malen, iroka korijena. Usta su malena, pa normalno velik jezik esto viri iz usne upljine. U dobi od 5 do 6 godina jezik postaje naglaeno izbrazdan (lingua scrotalis). Uke su gotovo uvijek loe formirane, malene i nisko postavljene. Zubi su nepravilna oblika i broja, te kasno izbijaju. ake su iroke i kratke s kratkim prstima, a esta je klinodaktilija (nagnutost 5. prsta u radijalnom smjeru). Na dlanovima moe postojati brazda etiriju prstiju (majmunska brazda) uz izmijenjene dermatoglife. Muskulatura je upadljivo hipotonina, a zglobovi hiperfleksibilni. Otprilike 40% djece s Daunovim sindromom ima priroenu sranu manu, najee defekte septuma. este su stenoze i atrezije probavnog trakta, te smanjena otpornost prema infekcijama. ivot je, u prosjeku, smanjen na polovicu u odnosu prema zdravoj populaciji, a u velikoj mjeri ovisi o postojanju malformacija vitalnih organa i ivotnih uvjeta. U pretpenicilinskoj eri trajanje ivota osoba s Daunovim sindromom bilo je znatno krae zbog sklonosti prema infekcijama. Djeca nikad ne dosegnu mentalne sposobnosti zdrave djece (kvocijent inteligencije u 15. godini iznosi samo 40 - 50), a osobito im nedostaje sposobnost apstraktnog miljenja. Veina djece nije sposobna za kolovanje i ostaje socijalno ovisna itavog ivota.

Daunov sindrom (neke od karakteristika)

HIPOTONIJA MUSKULATURE

TIPIAN IZGLED LICA

LOE FORMIRANE UKE

JEZIK VIRI IZ USNE UPLJINE

Sindrom Patau - trisomija 13 (47, XX,+13 ili 47, XY,+13)

Patauov sindrom (Patau sa suradnicima 1960.god.) je poslije Daunova sindroma jedna od eih trisomija autosoma (1 : 5000 novoroenadi) kliniki karakteriziran vrlo tekim malformacijama mozga (arinencefalija), oiju (mikroftalmija ili anoftalmija), rascjepima usne, eljusti i nepca (heliognatopalatoshiza), polidaktilijom te anomalijama srca (defekti septuma), bubrega (cistini bubrezi, potkovasti bubrezi) i probavnog trakta (malrotacije crijeva). ivotna prognoza je loa i veina djece umire u prvim mjesecima ivota.

Sindrom Edwards - trisomija 18 (47, XX,+18 ili 47, XY,+18)

Prvog bolesnika s trisomijom 18 opisao je Edwards godine 1960. Uestalost Edwardsova sindroma iznosi 1 : 5000-8000 novoroenadi, a u djevojica je taj sindrom ei negoli u djeaka (4:1). Glavna su obiljeja: intrauterina distrofija (hidramnion, mala posteljica, mala poroajna teina), kraniofacijalna dismorfija (mikrocefalija ili hidrocefalija, izrazita dolihocefalija, mikroftalmija, loe formirane uke, malen i uzak nos, malena mandibula, visoko nepce), kratak sternum, anomalije srca, bubrega i probavnog trakta. Postoje i karakteristine fleksijske kontrakture prstiju (2. prst preko 3., a 5. preko 4.), to je vrlo izraeno u prvim tjednima ivota. Prognoza je takoer loa, i veina djece umire tijekom prve godine ivota. Djeca koja ive due obino imaju manje izraene anomalije organa, ali imaju naglaenu mentalnu zaostalost.

Sindrom Klinefelter (47, XXY ili 48, XXXY)

Klinefelterov sindrom je bio kliniki prepoznat i prije otkria njegova genetikog uzroka (Klinefelter sa suradnicima, godine 1942.). Glavni su simptomi: relativno visok rast, atrofija testisa s oskudnom ili odsutnom spermatogenezom uz ouvane Lydigove stanice, sterilitet, ginekomastija i katkad mentalna zaostalost. Budui da u pravilu nije kliniki prepoznatljiv prije puberteta, sindrom se najee otkriva u mukaraca koji se lijee od neplodnosti, a u veini sluajeva vode normalan ivot. Uestalost Klinefelterova sindroma iznosi 1 : 1000 muke novoroenadi.

Dvostruki "Y" sindrom ( 47, XYY)

Dvostruki -Y sindrom nije fenotipski jasno definiran pa predstavlja uglavnom citogenetiki pojam. Javlja se u 1 : 1000 muke novoroenadi, koja se veinom ne razlikuju od djece s normalnim mukim kariotipom. Uz pojaani rast tijekom puberteta zapaaju se psihike smetnje u drutvenom prilagoavanju i sklonost agresivnom ponaanju te mogui infertilitet. Jo je nerazjanjeno jesu li takve osobe genetski sklone prijestupnitvu. Odgovor na to osjetljivo pitanje moe imati znaajne drutvene, moralne i etike posljedice.

Triplo "X" sindrom ( 47, XXX)

ene s triplo-X sindromom se fenotipski ne razlikuju od ena s normalnim kariotipom, kliniki su zdrave i uglavnom fertilne. Manji broj takvih ena ima primarnu ili sekundarnu amenoreju, a neke imaju emotivne tekoe u drutvenom prilagoavanju i

blau mentalnu zaostalost. Njihova djeca imaju najee normalan kariotip. Taj se sindrom otkriva najee sluajno, s uestalou od 0,8 - 1 : 1000 enske novoroenadi.

Tetra "X" sindrom (48, XXXX)

Tetra-X sindrom je polisomija koju karakterizira jaka mentalna zaostalost, s koeficijentom inteligencije ispod 50% od uobiajene za odgovarajuu dob. Trajanje ivota nije poremeeno. Postoji mikrocefalija, ovalno lice, hipertelorizam, epikantus, strabizam i kratki prsti s klinodaktilijom 5. prsta. Pubertet s menarhama ne razlikuje se od onoga u normalnih osoba.

Sindrom Turner - monosomija X ( 45, X)

Turnerov sindrom je takoer kliniki prepoznat znatno ranije od otkria njegova genetskog uzroka (Turner, 1932.god.), a predstavlja gotovo jedini primjer monosomije spojive s gotovo normalnim trajanjem ivota. Uestalost iznosi 1: 2500 enske novoroenadi, a pretpostavlja se da se tek 1 : 40 djece s Turnerovim sindromom raa, dok preostali bivaju spontano pobaeni u prvim mjesecima trudnoe. Prepoznatljivi simptomi su malena teina i duina pri poroaju, a na licu postoji mikrognatija, epikantus, ptoza jednog ili oba gornja ona kapka, uz loe formirane i nisko postavljene uke. Vrat je kratak uz kone nabore na lateralnoj strani, koji se proteu od uha do ramena (pterigij). Kosa zavrava na vratu nisko s ravnom linijom, koa je esto bogata pigmentiranim nevusima. Na akama i stopalima novoroenadi vide se pseudolimfatiki edemi, zglobovi su hiperelastini, a postoji izraziti cubitus valgus. Mogu postojati anomalije srca (20%) i anomalije bubrega (40-60%). Odrasle osobe dosegnu visinu od priblino 150 cm, uz primarnu amenoreju, sterilnost i izostanak sekundarnih spolnih oznaka. Umjesto ovarija postoje samo fibrozni traci, a stanica zametnog epitela nema. Psihiki je razvoj normalan u veine, a u manje od 20% djece javlja se mentalna zaostalost. ivotna prognoza djeteta s Turnerovim sindromom ovisi o postojanju i teini anomalija srca i bubrega, a rast u visinu i fertilitet ne mogu se popraviti. Nasuprot tome, supstitucijskom ciklikom terapijom estrogenima i progesteronom u doba inae oekivanog puberteta, moe se izazvati pojava sekundarnih spolnih oznaka, te izbjei pojava psihikih smetnji i rana osteoporoza.

Triploidija ( 69, XXX ili 69, XXY ili 69, XYY)

Triploidija se u humanoj genetici susree uglavnom prilikom citogenetike analize spontano pobaenih plodova. U 80% triploidija dodatna haploidna garnitura hromozoma oeva je porijekla i dovodi do razvoja parcijalne mole hidatidoze, vrste patoloke trudnoe gdje su prisutne hidatidiformne promjene placente. Interesantno je spomenuti da u sluaju vika majine haploidne garniture hromozoma ne dolazi do takve promjene placente. Ovaj fenomen razlike u ekspresiji gena, odnosno hromozoma s obzirom na njegovo roditeljsko porijeklo naziva se genomic imprinting. Iznimno rijetko dolazi do raanja djece s triploidnim kariotipom. No, budui da su simptomi dosad opisanih sluajeva prilino karakteristini, moe se govoriti o sindromu triploidije. Karakteristian izgled lica udruen je s arinencefalijom, heliognatopalatoshizom, onim kolobomima, sindaktilijom 3. i 4. prsta te mnogobrojnim anomalijama unutarnjih organa, a esto je promijenjena i placenta. Vitalnost je vrlo slaba, tako da uglavnom umiru na poroaju ili nakon nekoliko dana.

Tetraploidija ( 92, XXYY)

Tetraploidija je meu ivoroenom djecom opisana u samo nekoliko sluajeva, od kojih su sva djeca umrla odmah nakon roenja. Karakteristina je mikrocefalija, dismorfija lica, malformacije ekstremiteta, te anomalije urinarnog trakta i mozga.

Uniparentna disomija
Uniparentna disomija je posebna vrsta mutacije koju karakterizira prisutnost homolognih romozoma istog roditeljskog podrijetla u diploidnom kariotipu. Uniparentna disomija moe nastati kao posljedica oplodnje dviju aneuploidnih gameta (jedna disomina i druga nulisomina s obzirom na isti hromozom) ili, to je ee sluaj, kao posljedica gubitka (anafazno zaostajanje) hromozoma vrlo rano u embrionalno doba u sluaju trisomine zigote. Nerazdvajanje hromozoma u I mejotikoj diobi dovodi do heterodisomije, dok nerazdvajanje u II mejotikoj diobi stvara izodisomiju.