Peptida dan protein A.

Protein Ketika asam amino yang dihubungkan oleh obligasi asam amida , makromolekul linier ( peptida ) yang dihasilkan. yang mengandung lebih dari ca . 100 residu asam amino digambarkan sebagai protein ( polipeptida ) . setiap organismcontains ribuan protein yang berbeda , yang memiliki berbagai fungsi . pada pembesaran ca . 1,5 juta , yang semischematic ilustrasi menunjukkan struktur dari intra dan ekstraseluler protein sedikit, memberikan kesan berbagai mereka . fungsi protein dapat diklasifikasikan sebagai berikut . Pembentukan dan pemeliharaan struktur . Protein struktural bertanggung jawab untuk bentuk dan stabilitas sel dan jaringan . A sebagian kecil dari molekul kolagen ditampilkan sebagai contoh (kanan , lihat hal 70 . ) . lengkap molekul adalah 1,5 300 nm dalam ukuran , dan pada perbesaran yang digunakan di sini Itwould menjadi sepanjang tiga halaman buku. Histon juga protein struktural . Mereka mengatur pengaturan DNA dalam kromatin . dasar komponen kromatin , nukleosom (kanan atas , . lihat hal 218 ) terdiri dari octameric kompleks histon , sekitar yang DNA adalah melingkar . Transportasi . Sebuah protein transport wellknown adalah hemoglobin dalam eritrosit ( bottom kiri ) . Hal ini bertanggung jawab untuk pengangkutan oksigen dan karbon dioksida antara paru-paru dan jaringan ( lihat hal . 282 ) . Plasma darah juga mengandung banyak protein lain dengan transportasi fungsi . Prealbumin ( transthyretin ; tengah) , misalnya, mengangkut tiroid hormon tiroksin dan triiodothyronine . ion saluran dan protein membran integral (lihat hal. 220 ) memfasilitasi pengangkutan ion dan metabolit melintasi membran biologis . Perlindungan dan pertahanan . Sistem kekebalan tubuh melindungi tubuh dari patogen dan zat-zat asing . Komponen penting dari sistem ini adalah imunoglobulin G ( bottom kiri , lihat hal . 300 ) . Molekul ditampilkan di sini adalah terikat pada eritrosit oleh pembentukan kompleks dengan glikolipid permukaan ( lihat hal . 292 ) . Kontrol dan regulasi . Dalam sinyal biokimia rantai, protein berfungsi sebagai zat sinyal ( hormon ) dan sebagai reseptor hormon . Kompleks antara pertumbuhan hormon somatotropin dan reseptor adalah ditampilkan di sini sebagai contoh ( tengah) . Di sini , domain ekstraselular dari dua reseptor molekul sini mengikat satu molekul hormon . Pengikatan ini mengaktifkan sitoplasma domain kompleks , yang mengarah ke lebih lanjut konduksi sinyal ke interior sel (lihat p.384 ) . Peptida kecil hormon insulin dibahas secara rinci di tempat lain (lihat halaman 76 , 160 ) . Mengikat protein DNA ( faktor transkripsi , lihat p.118 ) yang tegas terlibat dalam mengatur metabolisme dan proses diferensiasi . Struktur dan fungsi dari protein aktivator katabolit ( kiri atas) dan transkripsi bakteri sejenis faktor telah sangat baik diteliti . Katalisis . Enzim , dengan lebih dari 2000 wakil dikenal , adalah kelompok terbesar protein dalam hal jumlah (lihat hal . 88 ) . Enzim terkecil memiliki massa molekul 10-15 kDa . Enzim Intermediatesized , seperti alkohol dehidrogenase ( kiri atas) adalah sekitar 100-200 kDa , dan terbesar - termasuk sintetase glutamin dengan 12 monomer (kanan atas ) - bisa mencapai lebih dari 500 kDa. Gerakan. Interaksi antara aktin dan myosin bertanggung jawab untuk kontraksi otot dan gerakan sel (lihat hal. 332). Myosin (kanan), dengan panjang lebih dari 150 nm, antara protein terbesar ada. Aktin filamen (F-aktin) timbul karena polimerisasi subunit protein yang relatif kecil (Gactin). Seiring dengan protein lain, tropomyosin, yang berhubungan dengan F-aktin, mengontrol kontraksi. Penyimpanan. Tanaman mengandung protein penyimpanan khusus, yang juga penting bagi manusia gizi (tidak ditampilkan). Pada hewan, otot protein merupakan cadangan nutrisi yang dapat dimobilisasi dalam keadaan darurat.

ikatan peptida A. Peptida obligasi ? Komponen asam amino peptida dan protein dihubungkan oleh ikatan amida (lihat hal. 60 ) antara karboksil dan amino kelompok . Jenis ikatan karena itu juga dikenal sebagai ikatan peptida . Dalam dipeptida yang ditampilkan di sini , residu serin memiliki gratis gugus amonium , sedangkan karboksilat kelompok di alanin gratis . Karena asam amino dengan gratis NH3+ Kelompok bernama pertama, peptida dikenal sebagai seryl alanin , atau disingkat membentuk Ser - Ala atau SA . B. Resonansi ? Seperti semua obligasi asam amida , ikatan peptida adalah distabilkan oleh resonansi ( lihat hal . 4 ) . Dalam konvensional notasi ( kanan atas) itu diwakili sebagai kombinasi dari C = O ikatan ganda dengan C - N tunggal obligasi. Namun, C = N ikatan rangkap dengan biaya di O dan N juga dapat ditulis ( tengah) . Kedua hal ini hanya kasus-kasus ekstrim distribusi elektron , yang dikenal sebagai resonansi struktur . Pada kenyataannya , elektron adalahterdelokalisasi seluruh atom ( bawah ) . Sebagai sistem mesomeric , peptida obligasi planar . Rotasi di sekitar C N obligasi hanya akan mungkin dengan mengorbankan dari sejumlah besar energi , dan ikatan itu karena itu tidak bebas diputar . rotasi adalah hanya mungkin sekitar satu bondsmarked dengan panah . Keadaan ini diungkapkan menggunakan sudut dan ( lihat A ) . Pesawat di mana atom dari kebohongan ikatan peptida adalah disorot dalam warna biru muda di sini dan pada berikut halaman . C. Peptida nomenklatur ? Rantai peptida memiliki arah dan karena itu dua ujung yang berbeda . Amino terminus ( N terminus ) sebuah peptida memiliki amonium gratis kelompok, sedangkan ujung karboksi ( C terminus ) dibentuk oleh kelompok karboksilat dari terakhir asam amino yang . Dalam peptida dan protein , yang komponen asam amino biasanya terkait dalam linear . Untuk mengekspresikan urutan dari peptida , karena itu adalah sien suf untuk menggabungkan tiga huruf atau satu huruf singkatan untuk residu asam amino ( lihat hal . 60 ) . ini urutan selalu dimulai pada ujung N . untuk Misalnya , hormon peptida angiotensin II (lihat hal. 330 ) memiliki urutan Asp - Arg - Val - Tyr - Ile His- Pro - Phe , atau DRVYIHPF .

D. ruang konformasi peptida chain ? Dengan pengecualian dari residu terminal , setiap asam amino pada peptida terlibat dalam dua ikatan peptida (satu dengan sebelumnya residu dan satu dengan yang berikut ) . karena dengan rotasi terbatas sekitar C N obligasi, rotasi hanya mungkin sekitar N - C dan C - C obligasi ( 2 ) . Seperti disebutkan di atas , rotasi ini dijelaskan oleh dihedral sudut ( phi ) dan ( psi ) . sudut menggambarkan rotasi di sekitar ikatan N - C ; menggambarkan rotasi C - C - i . e . , posisi ikatan berikutnya . Untuk alasan sterik , kombinasi khusus hanya dari dihedral sudut yang mungkin . Hubungan ini dapat digambarkan dengan jelas oleh apa yang disebut / diagram ( 1 ) . kebanyakan kombinasi dari dan yang sterik " dilarang " ( daerah merah ) . Sebagai contoh, kombinasi = 0 dan = 180 ( 4 ) akan menempatkan dua karbonil atom oksigen kurang dari 115 pm terpisah - i . e . , pada jarak jauh lebih kecil daripada jumlah mereka van derWaals jari-jari ( lihat hlm. 6 ) .Demikian pula , dalam kasus = 180 dan = 0 ( 5 ) , dua atom hidrogen NH akan bertabrakan. Kombinasi yang terletak di dalam hijau daerah adalah satu-satunya yang sterik layak ( e. g . , 2 dan 3 ) . Yang penting sekunder struktur yang dibahas sebagai berikut halaman juga terletak di daerah-daerah.

Konformasi terletak di yellowareas yang penuh semangat kurang menguntungkan , tetapi masih mungkin . The / diagram ( juga dikenal sebagai Ramachandran plot) adalah dikembangkan frommodeling studi peptida kecil . Namun, konformasi sebagian besar asam amino dalam protein juga terletak di daerah yang diizinkan . Data yang sesuai untuk protein kecil ,insulin (lihat hal. 76 ) , yang diwakili oleh warna hitam titik dalam 1 . struktur sekunder Dalam protein , kombinasi spesifik dari dihedral yang sudut dan ( lihat hal . 66 ) jauh lebih umum daripada yang lain . Ketika beberapa berturut-turut residu mengadopsi salah satu konformasi ini, struktur sekunder didefinisikan timbul , yang distabilkan oleh ikatan hidrogen baik dalam rantai peptida atau antara rantai tetangga . Ketika sebagian besar dari protein mengambil struktur sekunder didefinisikan , protein sering membentuk mekanis filamen stabil atau serat . protein struktural jenis ini ( lihat hal . 70 ) biasanya memiliki karakteristik komposisi asam amino . Yang paling penting struktur sekunder unsur protein yang dibahas di sini pertama . Ilustrasi hanya menunjukkan jalannya rantai peptida , rantai samping dihilangkan . untuk membuat jalannya rantai jelas , yang tingkat ikatan peptida akan ditampilkan sebagai pesawat biru. Sudut dihedral dari struktur ditampilkan di sini juga ditandai dalam diagram D1 pada p . 67 . A. Helix ? Tangan-kanan -helix ( R ) adalah salah satu Struktur sekunder yang paling umum . dalam hal ini konformasi , rantai peptida adalah luka seperti sekrup. Setiap pergantian sekrup ( sekrup sumbu ditunjukkan dalam oranye ) mencakup sekitar 3.6 residu asam amino . Pitch sekrup ( i. e . , jarak terkecil antara dua poin setara) adalah 0,54 nm . heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen hampir linier antara NH dan kelompok CO residu , yang empat posisi terpisah dari satu sama lain dalam urutan (ditandai dengan titik merah ; lihat hal . 6 ) . Dalam heliks lagi , asam amino yang paling residu sehingga masuk ke dua ikatan H . apolar atau amphipathic - heliks dengan lima sampai tujuh ternyata sering melayani untuk jangkar protein dalam biologi membran ( heliks transmembran ; lihat hal . 214 ) . Cermin gambar helix R , yang kidal - helix ( L ) , jarang ditemukan di alam , meskipun akan penuh semangat " halal . " B. Collagen helix ? Tipe lain dari helix terjadi pada kolagen , yang merupakan konstituen penting connectivetissue yang matriks ( lihat hlm 70 , 344 ) . itu heliks kolagen kidal , andwith pitch dari 0,96 nm dan 3,3 residu per giliran , itu curam daripada - helix . Berbeda dengan - helix , obligasi H tidak mungkin dalam helix kolagen . Namun, konformasi adalah distabilkan oleh asosiasi tiga heliks untuk membentuk kolagen yg memakai tangan kanan triple helix (lihat hal. 70 ) . C. struktur -lembar lipit ? Dua tambahan , hampir menggeliat, konformasi dari rantai peptida yang dikenal sebagai lembar lipit , saat pesawat-pesawat peptida diatur seperti lembaran dilipat teratur kertas . Sekali lagi , obligasi H hanya dapat membentuk antara tetangga rantai ( " alur" ) dalam lembaran lipit . Ketika dua untai berjalan dalam arah yang berlawanan ( 1 ) , struktur ini disebut sebagai antiparalel lipit lembar ( a ) . ketika mereka berjalan dalam arah yang sama ( 2 ) , itu adalah paralel lembar lipit ( p ) . Dalam kedua kasus, C atom menempati titik tertinggi dan terendah dalam struktur , dan sisi rantai titik bergantian lurus ke atas atau lurus ke bawah (lihat p . 71 C ) . The a struktur , dengan yang hampir linier Obligasi H , penuh semangat lebih menguntungkan . Dalam diperpanjang lembar lipit , individu helai lembar biasanya tidak sejajar , namun memutar relatif terhadap satu sama lain ( lihat hal . 74 ) .

D. truns truns sering ditemukan di lokasi di mana Perubahan arah rantai peptida . ini adalah bagian di mana empat residu asam amino diatur sedemikian rupa bahwa kursus rantai membalikkan sekitar 180 ke arah yang berlawanan. Dua putaran ditampilkan ( tipe I dan II ) sangat sering . Keduanya distabilkan oleh ikatan hidrogen antara residu 1 dan 4 . Ternyata sering terletak antara helai individu antiparalel lembar lipit , atau antara helai lipit lembar dan heliks . protein struktural Protein struktural memberikan ekstraseluler stabilitas struktur mekanik , dan terlibat dalam struktur sitoskeleton (lihat hal. 204 ) . Sebagian besar dari protein ini mengandung persentase yang tinggi dari struktur sekunder tertentu (lihat hal. 68 ) . Untuk alasan ini, amino Komposisi asam banyak protein struktural juga karakteristik ( lihat di bawah ) . A. Keratin ? - Keratin merupakan protein struktural yang dominan terdiri dari heliks . Rambut ( wol ) , bulu , kuku , kuku dan kuku hewan sebagian besar terdiri dari keratin . Ini juga merupakan komponen penting dari sitoskeleton ( cytokeratin ) , di mana ia muncul di antara filamen (lihat hal . 204 ) . Dalam keratin , sebagian besar peptida chain menunjukkan tangan kanan melingkar heliks . Dua rantai setiap bentuk superhelix kidal , seperti juga terlihat dalam myosin (lihat p.65 ) . Dimer keratin superheliks bergabung untuk membentuk tetramers , dan ini agregat lebih lanjut untuk bentuk protofilaments , dengan diameter 3 nm . Akhirnya , delapan protofilaments kemudian membentuk filamen menengah, dengan diameter dari 10 nm ( lihat hal . 204 ) . Filamen keratin serupa ditemukan di rambut. Dalam serat singlewool dengan diameter sekitar 20 m, jutaan filamen yang dibundel bersama dalam sel-sel mati . Individu keratin heliks yang cross-linked dan distabilkan oleh banyak ikatan disulfida ( lihat hal . 72 ) . fakta ini dimanfaatkan dalam mengeriting rambut . awalnya, ikatan disulfida keratin rambut terganggu dengan reduksi senyawa tiol (lihat hal. 8 ) . Rambut ini kemudian ditata di inginkan bentuk dan panas - kering . Dalam proses , baru ikatan disulfida terbentuk oleh oksidasi , yang mempertahankan gaya rambut untuk beberapa waktu . B. Kolagen Kolagen adalah kuantitatif yang paling penting inmammals protein , membuat naik sekitar 25 % dari total protein . Ada banyak berbeda jenis kolagen , terutama di ikat jaringan. Kolagen memiliki asam amino yang tidak biasa komposisi . Sekitar sepertiga dari asam amino glisin ( Gly ) , sekitar 10 % proline( Pro ) , dan 10 % hidroksiprolin ( Hyp ) . itu dua asam amino yang terakhir hanya terbentuk selama biosintesis kolagen sebagai akibat dari posttranslational modifikasi ( lihat hal. 344 ) . Triplet Gly - X - Y ( 2 ) terus diulang di urutan kolagen , dengan Posisi X sering diduduki oleh Pro dan posisi Y oleh Hyp . Alasan untuk ini adalah bahwa kolagen sebagian besar hadir sebagai triple helix terdiri dari tiga heliks kolagen individu ( 1 ) . Dalam heliks tiga , setiap residu ketiga terletak di bagian dalam themolecule , di mana untuk sterik alasan hanya ada ruang untuk residu glisi ( 3; residu glisin ditampilkan dalam kuning) . Hanya bagian kecil dari triple helix diilustrasikan di sini . Kolagen lengkap molekul adalah sekitar 300 nm panjang. C. Silk serat Sutra dihasilkan dari benang pintal dariulat sutera ( larva ngengat Bombyx mori dan spesies terkait ). Protein utamasutra , serat , terdiri dari antiparalel lipit struktur lembar mengatur satu di atas lainnya dalam berbagai lapisan ( 1 ) . Karena amino rantai samping asam dalam lembar lipit menunjukkan

baik lurus ke atas atau lurus ke bawah (lihat hal.68 ) , hanya rantai samping kompak sesuai antara lapisan . di Bahkan, lebih dari 80 % dari serat terdiri dari glisin , alanin , dan serin , tiga amino asam dengan rantai samping terpendek . tipikal urutan asam amino berulang adalah ( Gly - Ala Gly - Ala - Gly - Ser ) . Lembar lipit individu lapisan dalam serat ditemukan untuk berbohong secara bergantian 0,35 nm dan 0,57 nm terpisah . Dalam kasus pertama , hanya residu glisin ( R = H ) menentang satu sama lain . Yang sedikit lebih besar jarak 0,57 nm hasil dari kekuatan tolakan antara rantai samping alanin dan serin residu (2). protein globular Protein larut memiliki struktur yang kompleks amore selain berserat , benar-benar larut protein struktural . Bentuk protein larut lebih atau kurang bulat ( globular ) . di bentuk aktif biologis mereka, globular protein memiliki struktur spasial didefinisikan ( konformasi asli) . Jika struktur ini hancur ( denaturasi , . lihat hal 74 ) , tidak hanya apakah efek biologis menghilang , tetapi protein juga biasanya mengendap di larut bentuk . Hal ini terjadi , misalnya, ketika telur direbus , protein terlarut dalam telur putih didenaturasi dengan panas dan menghasilkan solid putih telur . Untuk menggambarkan konformasi protein dalam jelas ( tapi sangat disederhanakan ) cara , Richardson diagram sering digunakan . dalam diagram , - heliks dilambangkan oleh warna merah silinder atau spiral dan helai lipit lembar oleh panah hijau. Daerah yang kurang terstruktur dari rantai , termasuk - liku , ditunjukkan sebagai bagian dari pipa abu-abu. A. interaksi konformasi menstabilkan Konformasi asli protein distabilkan oleh sejumlah interaksi yang berbeda . Di antaranya , hanya ikatan disulfida ( B ) merupakan ikatan kovalen . Ikatan hidrogen , yang dapat terbentuk di dalam struktur sekunder , serta antara residu yang lebih jauh , yang terlibat dalam semua protein ( lihat hlm. 6 ) . banyak protein juga distabilkan oleh pembentukan kompleks dengan ion logam (lihat halaman 76 , 342 , dan 378 , untuk misalnya) . Efek hidrofobik sangat penting untuk stabilitas protein . dalam globular protein , asam amino yang paling hidrofobik residu disusun dalam interior Struktur dalam konformasi asli, sementara asam amino polar terutama ditemukan pada permukaan ( lihat hlm 28 , 76 ) . B. obligasi disulfida Ikatan disulfida muncul ketika kelompok SH dua residu sistein yang kovalen dihubungkan sebagai sebuah dithiol oleh oksidasi. Obligasi jenis ini hanya ditemukan ( dengan beberapa pengecualian ) dalam ekstraseluler protein , karena dalam interior sel glutation ( lihat hal . 284 ) dan lainnya mengurangi senyawa yang hadir dalam konsentrasi tinggi seperti bahwa disulfida akan reduktif dibelah lagi. Protein tanaman kecil crambin ( 46 asam amino ) berisi tiga disulfida obligasi dan karena itu sangat stabil . itu tingkat stabilitas tinggi insulin ( lihat hal. 76 ) memiliki alasan yang sama . C. dinamika Protein Konformasi protein globular yang tidak kaku , tetapi dapat berubah secara dramatis pada mengikat ligan atau kontak dengan lainnya protein . Misalnya, siklase enzim kinase (lihat hal. 336 ) memiliki domain seluler ( domain = Independen dilipat struktur parsial ) , yang lipatan ditutup setelah pengikatan substrat ( kuning) . Semakin besar domain (bawah ) juga nyata mengubah konformasi . Ada sejumlah besar alosterik protein jenis ini . Kelompok ini mencakup, Misalnya , hemoglobin ( lihat hal. 280 ) , kalmodulin (lihat hal. 386 ) , dan banyak enzim alosterik seperti aspartat karbamoiltransferase (lihat p.116 ) . D. pola lipat ? Protein globular menunjukkan tingkat tinggi variabilitas dalam melipat rantai peptida mereka.

Hanya beberapa contoh yang ditampilkan di sini . semata-mata protein spiral dilipat seperti mioglobin ( 1 ; lihat hal . 74 , heme kuning) jarang terjadi . Secara umum, lembar lipit dan elemen heliks ada berdampingan satu sama lain . Dalam hormon binding domain dari reseptor estrogen ( 2; seep.378 ) , kecil , fungsi lembar lipit dua untai sebagai " penutup " untuk situs pengikatan hormon ( kuning estradiol ) . Dalam flavodoxin , sebuah flavoprotein kecil dengan fungsi redoks ( 3; FMN kuning) , berbentuk kipas , lipit lembar terdiri dari lima untaian sejajar membentuk inti dari molekul . Konformasi dari subunit dari G - protein transducin ( 4; lihat pp.224 , 358 ) sangat luar biasa. Tujuh lembar lipit membentuk besar , simetris " baling-baling . " The N - terminal bagian protein berisi satu panjang dan satu pendek helix .

Model Molekul : insulin Halaman presentsmodels kebalikan dari insulin , protein kecil . Biosintesis dan fungsi hormon ini penting dibahas di tempat lain dalam buku ini ( pp.160 , 388 ) . monomer insulin terdiri dari 51 asam amino , dan dengan massa molekul 5,5 kDa hanya setengah ukuran terkecil enzim . Namun demikian, memiliki sifat khas dari protein globular . Sejumlah besar insulin murni diperlukan untuk pengobatan diabetes mellitus (lihat p.160 ) . Persyaratan tahunan untuk insulin adalah lebih dari 500 kg di negara ukuran Jerman . Sebelumnya , hormon harus diperoleh dari pankreas membantai hewan dalam rumit dan mahal prosedur . Insulin manusia , yang diproduksi oleh berlebih dalam rekayasa genetika bakteri , sekarang terutama digunakan ( lihat hal . 262 ) . A. Struktur insulin Ada berbagai tingkatan struktural yang berbeda dalam protein , dan ini dapat dibahas secara singkat lagi di sini menggunakan contoh insulin . Struktur utama dari protein adalah yang urutan asam amino . Selama biosintesis insulin di pankreas , sebuah peptida kontinyu rantai dengan 84 residu pertama kali disintesis proinsulin (lihat p.160 ) . Setelah lipat dari molekul , tiga ikatan disulfida yang pertama kali dibentuk , dan residu 31-63 yang kemudian proteolitik dibelah melepaskan apa yang disebut C peptida . Molekul yang tersisa ( 1 ) sekarang terdiri dari dua rantai peptida , A rantai ( 21 residu , yang ditunjukkan dengan warna kuning ) dan B rantai ( 30 residu , orange ) . Salah satu disulfida obligasi terletak di dalam rantai A , dan dua lainnya menghubungkan dua rantai bersama-sama . Struktur sekunder adalah daerah dari rantai peptida dengan konformasi didefinisikan (lihat hal. 68 ) yang distabilkan oleh H - obligasi . di insulin ( 2 ) , daerah - heliks yang dominan , membuat naik 57 % dari molekul ; 6 % terdiri dari struktur -lembar - lipit , dan 10 % dari - liku , sedangkan sisanya ( 27 % ) tidak dapat ditugaskan ke salah satu sekunderstruktur . Tiga - dimensi konformasi dari protein , terdiri dari elemen struktur sekunder dan unordered bagian, disebut sebagai struktur tersier . Dalam insulin , itu kompak dan berbentuk baji ( B ) . Ujung wedge dibentuk oleh rantai B , yang berubah arah pada saat ini . Struktur Kuarter . Karena non kovalen interaksi , banyak protein untuk membentuk merakit kompleks simetris ( oligomer ) . individu komponen protein oligomer (biasanya 2-12 ) yang disebut subunit atau monomer . Insulin juga membentuk struktur kuartener . Dalam darah, sebagian hadir sebagai dimer . Selain itu, ada juga hexamers distabilkan oleh ion Zn2 + ( biru muda) ( 3 ) , yang merupakan bentuk yang insulin disimpan di pankreas (lihat p.160 ) . B. Insulin ( monomer ) Van der Waals model insulin monomer ( 1 ) sekali lagi menunjukkan berbentuk baji struktur tersier yang dibentuk oleh dua rantai bersama-sama . Dalam secondmodel ( 3 , bawah ) , yang rantai samping asam amino polar ditunjukkan dalam biru, sedangkan residu apolar adalah

yellowor pink. Model ini menekankan pentingnya "Efek hidrofobik " untuk protein folding (lihat p . 74 ) . Dalam insulin juga, paling hidrofobik rantai samping yang terletak di bagian dalam molekul , sedangkan residu hidrofilik terletak di permukaan . Rupanya dalam kontradiksi aturan ini , sejumlah rantai samping apolar (pink ) yang ditemukan di permukaan . Namun, semua residu ini terlibat dalam hidrofobik interaksi yang menstabilkan dimer dan bentuk hexameric insulin . Dalam model ketiga ( 2 , kanan) , berwarna residu adalah mereka yang terletak di permukaan dan terjadi selalu (merah ) atau hampir selalu ( oranye ) di semua insulin dikenal . sekarang diasumsikan bahwa residu asam amino yang tidak digantikan oleh residu lainnya selama kursus evolusi sangat penting untuk protein fungsi . Dalam kasus insulin , hampir semua residu ini terletak di salah satu sisi molekul . Mereka mungkin terlibat dalam mengikat hormon dengan reseptornya (lihat p . 224 ) . Isolasi dan analisis protein Protein dimurnikan yang saat ini diperlukan untuk berbagai aplikasi dalam penelitian , obat-obatan , dan bioteknologi . Karena globular protein khususnya sangat tidak stabil (lihat p . 72 ) , pemurnian dilakukan pada suhu rendah ( 0-5 C ) dan khususnya lembut proses pemisahan digunakan . Beberapa metode pemurnian dan karakterisasi protein dibahas di halaman ini . A. Salt presipitasi Kelarutan protein sangat tergantung pada konsentrasi garam ( kekuatan ionik ) medium . Protein biasanya buruk larut dalam air murni . Kelarutannya meningkat dengan meningkatnya kekuatan ion , karena lebih dan lebih dari sumur terhidrasi ion anorganik ( lingkaran biru) terikat permukaan protein , mencegah agregasi molekul ( salting in ) . Pada sangat tinggi kekuatan ionik , garam mencabut hidrat air dari protein dan dengan demikian mengarah agregasi dan pengendapan molekul ( salting out ) . Untuk alasan ini , menambahkan garam seperti amonium sulfat ( NH4) 2SO4 memungkinkan untuk memisahkan protein froma campuran menurut tingkat kelarutan ( fraksinasi ) . B. Dialisis Dialisis digunakan untuk menghapus lebih rendah molekul komponen dari larutan protein , atau untuk pertukaran medium. Dialisis didasarkan pada fakta bahwa karena ukuran , molekul protein mereka tidak dapat melewati pori-pori membran semipermeabel , sementara rendah - molekul zat mendistribusikan sendiri merata antara ruang dalam dan luar dari waktu ke waktu . Setelah berulang bertukar dari solusi eksternal , kondisi di dalam tabung dialisis ( konsentrasi garam, pH ,dll ) akan sama seperti pada larutan di sekitarnya . C. Gel filtrasi Kromatografi permeasi gel ( " gel filtrasi " )memisahkan protein menurut mereka ukuran dan bentuk . Hal ini dilakukan dengan menggunakan kromatografi yang kolom , yang diisi dengan partikel gel bulat (diameter 10-500 m ) bahan polimer ( ditunjukkan secara skematis di 1a ) . Bagian dalam partikel dilalui oleh saluran yang telah ditetapkan diameter . Campuran protein ini kemudian diperkenalkan di ujung atas kolom ( 1b ) dan elusi dilakukan dengan melewatkan larutan buffer melalui kolom . Molekul protein besar ( red ) tidak dapat menembus partikel , dan karena itu melewati kolom cepat . Partikel menengah ( hijau) dan kecil ( biru) yang tertunda selama lebih panjang atau pendek periode ( 1c ) . Protein dapat dikumpulkan terpisah dari ef uent ( eluat ) ( 2 ) . mereka Volume elusi Ve tergantung terutama pada mereka massa molekul ( 3 ) .

D. SDS gel elektroforesis Yang paling umum digunakan prosedur memeriksa kemurnian protein adalah sodium dodesil sulfat

elektroforesis gel poliakrilamid ( SDS -PAGE ) . Dalam elektroforesis , molekul bergerak dalam medan listrik ( lihat hal . 276 ) . Biasanya , kecepatan gerakan mereka tergantung pada tiga ukuran faktor mereka , bentuk mereka , dan muatan listrik mereka . Dalam SDS -PAGE , proteinmixture ini diperlakukan sedemikian rupa bahwa hanya massa molekul ' mempengaruhi gerakan mereka . Hal ini dicapai dengan menambahkan natrium dodesil sulfat ( C12H25 -OSO3Na ) , ester asam sulfat lauril alkohol ( dodesil alkohol ) . SDS adalah deterjen dengan sifat sangat amphipathic ( lihat hal . 28 ) . itu memisahkan protein oligomer menjadi subunit mereka dan denatures mereka. molekul SDS mengikat dilipat rantai peptida ( ca. 0,4 g SDS / g protein ) dan memberikan thema kuat muatan negatif . Untuk mencapai denaturasi lengkap , tiol juga ditambahkan dalam rangka untuk membelah ikatan disulfida ( 1 ) .Setelah elektroforesis , yang dilakukan dalam gel vertikal diatur dari polimer akrilamida ( 2 ) , protein dipisahkan adalah dibuat terlihat dengan pewarnaan . Dalam contoh ( 3), berikut dipisahkan : a) ekstrak sel dengan ratusan protein yang berbeda , b ) protein dimurnikan dari ini, dan c ) campuran protein dengan massa diketahui .