VISUALISASI PROTEIN PyMol (Python Molecular Viewer) Merupakan software untuk visualisasi protein, DNA dan senyawa yang

mudah digunakan tapi tetap memberikan hasil yang powerful. Software PyMol dapat didownload di. http://pymol.org Pengenalan PyMol Ketika dijalankan pymol memiliki 2 jendela yaitu: Viewer Window and the External (Tcl/Tk) GUI Window

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Komponen Viewer di PyMol

Cara Menvisualisasikan Protein 1. Membuka file pdb (protein) File -> open pilih protein yang ingin divisualisasikan (pdb format)

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Cara memanipulasi tampilan di PyMol Kontrol dengan mouse

Untuk menggubah tampilan protein, melakukan labeling, pewarnaan dll. Dapat dilakukan dengan mudah di panel berikut ini:

Makna dari huruf tersebut adalah:

= action : digunakan untuk melakukan beberapa aksi analisis. Misalnya menambah

hydrogen, menghilangkan molekul air, melakukan perhitungan surface area, menentukan ikatan polar, melihan sisi pengikatan dll.

S = show : digunakan untuk merubah representasi dari protein yang sedang divisualisasikan. H = hide : untuk menyembunyikan parameter visualisasi, label dll. Agar tidak terlihat dalam
window viewer.

L = label : digunakan untuk memberi label (misalnya menunjukkan residu dari protein yang
sedang divisualisasikan).

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

C = color : digunakan untuk mewarnai protein yang sedang divisualisasikan. Untuk protein
bisa diwarnai berdasarkan struktur sekundernya untuk membedakan alfa-helif dan beta-sheet. Proses pewarnaan dapat disesuaikan dengan kreativitas pengguna. Berikut ini merupakan berbagai macam hasil representasi di PyMol

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Cara menvisualisakan Protein agar diketahui struktur sekundenya. 1. Buka protein yang ingin di visualisasikan 2. Klik panel S. pilih as pilih cartoon

3. Maka akan tervisualisasikan sebagai berikut

CATATAN: pilihan show as hanya untuk represantasi 1 tipe.

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

4. Selanjutnya lakukan pewarnaan agar dapat dibedakan struktur sekundernya. 5. Klik C pilih by ss (secondary structure)

6. Maka akan tervisualisasikan sebagai berikut

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Cara menvisualisasikan surface suatu protein 1. Buka Protein yang ingin divisualisasikan 2. Klik panel S. pilih as pilih surface

Cara Menampilkan sekuen asam amino 1. Buka protein yang ingin divisualisasikan 2. Klik tombol S (sequence) pada panel bawah

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

3. Maka akan muncul sebagai berikut

Cara mengubah Background di PyMol Klik Display pilih Background pilih warna yang diinginkan (misal white)

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Analisis penentuan interaksi antara ligand dan reseptor di PyMol 1. Buka file protein kompleks yang ingin dianalisis 2. Klik A pilih A Preset ligand site cartoon

3. Maka akan tervisualisasikan sebagai berikut

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Cara melabel residu pada struktur protein 1. Lakukan seleksi pada protein di viewer

2. Klik kanan pilih labelpilih residues 3. Maka akan muncul tampilan sebagai berikut

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Analisis superimpose (alignment structure) Untuk membandingkan struktur normal dan mutasi. 1. Buka file protein wild type 2. Buka file protein mutant 3. Masukkan perintah untuk alignment structure (align nama_protein1, nama_protein2 >ENTER

4. Kemudian Perbandingan 2 protein dapat dianalisis di vewer

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Cara visualisasi dengan kombinasi 1. 2. 3. 4. Buka protein yang akan divisualisasikan Ubah tampilan protein menjadi cartoon Buat tapilan protein menjadi surface Setting transparansi surface dengan cara klik Setting Transparancy surface

5. Hasil kombinasi visualisasi sebagai berikut:

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com

Dalam tutorial ini hanya menunjukkan cara visualisasi dasar dan analisis yang banyak digunakan. Masih banyak lagi cara visualisasi yang bisa dilakukan di PyMol. Untuk lebih detailnya dapat dilihat di manual PyMol.

SELAMAT MENCOBA

Created by: Didik Huswo Utomo dknatow@gmail.com