A magyar nagy fehr hsserts s magyar laplyserts kzponti hzkonysgvizsglatnak (HVT) elemzse tlls becsls (survival analysis) alkalmazsval

Nagy Istvn1 Csat Lszl1 Farkas Jnos2 Radnczi Lszl3 Vgh Zsfia1
Kaposvri Egyetem, llattudomnyi Kar, Serts s Kisllattenysztsi Intzet, Kaposvr 2 Matematikai s Informatikai Intzet, Kaposvr 3 Orszgos Mezgazdasgi Minst Intzet, Budapest
1

SSZEFOGLALS A szerzk magyar nagy fehr hsserts, illetve magyar laplyserts hzkonysgi s vgsi teljestmnynek vizsglata (HVT) alapjn a hizlalsi napok szmt elemeztk a tlls becsls (survival analysis) mdszer felhasznlsval. Mindkt fajta esetben rtny s emse csoportra egyarnt kiszmtottk az gynevezett tlls, illetve hazard fggvnyeket. A kt ivar csoportjainak klnbsgt a log-rank teszttel ellenriztk. A szerzk megllaptottk, hogy a fajtkon bell az rtny illetve emse csoportok fggvnyei statisztikailag igazolt mdon eltrnek egymstl, nevezetesen az rtny egyedek a teljestmnyvizsglat sorn hamarabb rtk el a vgsi slyt, illetve ha adott idpontig mg egyik csoport sem rte el a 105 kg-os vgslyt, a kvetkez idegysg alatt az rtny egyedek nagyobb valsznsggel rtk el a vgsi slyt, mint emse kortrsaik. SUMMARY Authors analysed the days of fattening in relation to the station test for Hungarian Large White and Hungarian Landrace pig populations using, survival analysis. Survival and hazard functions were calculated in both groups separately for castrates and females. The log-rank test was applied to determine the significance of the differences across the groups. Authors established that within the breeds the functions of the castrates and females were significantly different, namely the castrates reached final weight sooner or, in cases where final weight was not reached by a certain period, castrates reached this weight during the next time unit with a higher probability than the females.

A tlls becsls (survival analysis) egy olyan statisztikai eljrs, melynek alkalmazsa abban az esetben javasolhat, ha a vizsgland tulajdonsg egy adott esemny bekvetkezsig eltelt idtartam (a ksrlet kezdettl mrve). Az gynevezett esemny lehet elhulls, valamilyen betegsg kialakulsa, vagy brmilyen ms trtns, melynek bekvetkezsi idpontja pontosan megllapthat. A vizsglt tulajdonsg teht az esemny jellegtl fggen lehet letben maradsi id (valamilyen betegsg esetben), egszsges llapot megtartsnak idtartama (a betegsg kialakulsig) stb. A ksrlet kezdete s az esemny bekvetkezse kztti idtartam mrtkegysge tetszleges, mrhet percben, rban, napban. A ksrletben rsztvev egyedekre vonatkozan a vizsglat kezdete s az esemny bekvetkezse kztti idtartamot tllsi

idnek (survival time) nevezzk s t-vel jelljk. Fontos megemlteni, hogy az gynevezett tllsi id fogalom hasznlata az esemny jellegtl fggetlen. Ha pl. a vizsglat clja annak elemzse, hogy adott sertspopulciban hny nap telik el kt fials kztt, akkor az esemny bekvetkezse (fials) nem kapcsoldik a biolgiai rtelemben vett tllshez, illetve elhullshoz. Ettl fggetlenl a fialsig eltelt napok szmt ebben az esetben is tllsi idnek nevezzk. A tlls becsls a rendelkezsre ll adatok alapjn kt fggvnyt llt el, az eredmnyek rtelmezse ezen fggvnyek segtsgvel trtnik. Ezek a fggvnyek az gynevezett tllsi fggvny (survival function), illetve hazard fggvny (hazard function). A tlls fggvny [S(t)], annak a valsznsgt adja meg, hogy a ksrletben rsztvevk tllsi ideje nagyobb, mint a ksrlet kezdettl szmtott t idtartam, vagyis t idvel a ksrlet megkezdse utn az esemny mg nem kvetkezett be. Az esemny jellegtl fggen az egyed mg nem pusztult el, a betegsg mg nem alakult ki, a koca mg nem fialt jra stb. A fggvny rtkei a ksrlet megkezdstl szmtva nem nvekednek (azonos szinten maradnak, vagy cskkennek), kezdeti rtkk egy (a ksrlet megkezdsnek pillanatban az esemny mg nem kvetkezett be), vgtelen id mlva rtkk nulla (elmletileg, ha a ksrlet vgtelenl sokig tartana az esemny minden rsztvev esetben bekvetkezne). A hazard fggvny [h(t)], azt az idegysgre vettett valsznsget adja meg, mely szerint t idvel a ksrlet megkezdse utn az esemny a kvetkez idegysgben bekvetkezik. Ellenttben a tlls fggvnnyel, mely a tllsi idre vonatkozik (arra az idszakra, mely idtartamban az esemny nem kvetkezik be) a hazard fggvny az esemny bekvetkezst jellemzi. Azt mutatja meg, mi a valsznsge annak, hogy t idvel a ksrlet megkezdse utn a kvetkez idegysg alatt az egyed elpusztul, a betegsg kialakul, a koca ismt fial stb. (azaz az esemny bekvetkezik). rtke nulla, illetve attl nagyobb szm lehet, melyek a ksrleti idegysgtl fggen is vltoznak (valsznsg / perc, ra, nap stb.). A kt fggvny teht egymssal ellenttes szemllet, minl nagyobb adott t idpontban a tlls fggvny rtke, annl kisebb a hazard fggvny.

A tlls becsls eljrs esetben fontos jelensg az gynevezett censoring. A ksrletben rsztvevk egy rsznl a tllsi id nem ismert. Ennek magyarzatt az adja, hogy a vizsglat nem tarthat vgtelen ideig, annak idtartamt valamilyen racionlis idtartamban llaptjk meg. Abban az esetben, ha a vizsglati idtartamban az esemny nem kvetkezik be, akkor a tllsi id a vizsglatot vgz szmra ismeretlen. Ha teht a ksrlet lezrsa utn a tllsi id a ksrletet vgz szmra brmilyen oknl fogva ismeretlen, akkor beszlnk az gynevezett censoring jelensgrl. Ennek a jelensgnek a kezelse adja az eljrs egyik legnagyobb elnyt, mely az alapjn trtnik, hogy a ksrlet vgn a ksrleti alanyok llapott kt csoportba lehet sorolni. Ha az esemny bekvetkezett, akkor a tllsi id ismert az llapotot jellse 1, mg ha az esemny nem kvetkezett be, akkor a tllsi id ismeretlen (censored), akkor ezt az llapotot 0-val jelljk. A hagyomnyos statisztikai eljrsok, pl. ANOVA egyltaln nem tudja kezelni azokat a megfigyelseket, ahol a pontos tllsi idk nem llnak rendelkezsre, kvetkezskppen az adatok egy rsze az rtkels szmra elvsz. A tlls becsls azonban ezeket a megfigyelseket is bepti az elemzsbe, vagyis knny beltni, hogy elemszmnvel hatsa miatt alkalmazsa az eddig ismertetett adatszerkezet esetben elnysebb, mint ms statisztikai eljrsoknl. A tlls becslsi eljrsok alapveten ktflk. Ha az S(t) eloszlsa pontosan ismert (ltalban nem ez a helyzet), pl. Exponencilis, Weibull, Gamma stb., akkor az gynevezett parametrikus eljrsokat kell alkalmazni, melyhez specilis szoftver ll rendelkezsre (Ducrocq s Slkner, 1998). Abban az esetben viszont, ha az S(t) eloszlsa ismeretlen, akkor az gynevezett nem parametrikus (nonparametric) mdszereket clszer hasznlni, melyek valamennyi tlls fggvny paramtereit jl jellemzik, fggetlenl annak konkrt (szmunkra ismeretlen) eloszlstl. Az gynevezett nem parametrikus eljrsokat az ltalnos statisztikai programcsomagok is tartalmazzk, ezrt az utbbi mdszerek hasznlata gyakoribb, mint a parametrikus eljrsok. Jelen dolgozatban clkitzsnk az volt, hogy a legfontosabb nem parametrikus mdszerek (Kaplan s Meier, 1958) alkalmazsa alapjn egyes magyar sertspopulcik (magyar nagy fehr hsserts, magyar laplyserts) hizlalsi napjaira megadjuk az gynevezett tllsi ([S(t)]), illetve hazard ([h(t)]) fggvnyeket, melyek alapjn a hizlalsi teljestmnyek Magyarorszgon eddig mg nem vizsglt szempontok szerint rtkelhetk. Az elemzshez hasznlt adatokat az 1996-2001 kztti hzkonysgi s vgsi teljestmnynek vizsglata (HVT) sorn rgztett adatbzis szolgltatta. Az elemzsben 6865 magyar nagy fehr hsserts, illetve 2758 magyar laplyserts vett rszt.

Az els fajtnl az egyedek 57, a msodiknl 34 tenyszetbl szrmaztak, a HVT vizsglatot mindkt esetben 7 lloms vgezte. A vizsglt tulajdonsg a hizlalsi napok szma volt. Az adatbzis nhny statisztikai jellemzjt az 1. tblzatban adtuk meg.
1. tblzat A vizsglt adatbzis egyes statisztikai jellemzi Tulajdonsg (1) Hizlalsi napok szma(6) Fajta (2) magyar nagy fehr hsserts(7) magyar laplyserts(8) Egyedszm (3) 6865 2758 tlag (4) 80.1 76.8 Szrs (5) 14.1 13.7

Table 1: Basic statistics of the analysed database Trait(1), Breed(2), Number of records(3), Mean(4), Standard deviation(5), Days of fattening(6), Hungarian Large White(7), Hungarian Landrace(8)

Az adatok alapjn a tllsi s hazard fggvnyeket Kaplan s Meier (1958) mdszere alapjn szmtottuk ki. A csoportok fggvnyeinek sszehasonltst a log-rank teszt segtsgvel vgeztk. Az emltett tlls becslsi eljrsok elvgzshez az SPSS (SPSS Inc, 1999) szoftvert hasznltuk. A Kaplan-Meier mdszer felhasznlsval kapott tlls fggvnyek az 1. brn lthatk. Az bra alapjn jl lthat, hogy mindkt vizsglt fajta esetben az rtny csoport tllsi grbi a ksrlet (HVT) egsz ideje sorn alatta maradtak az emse csoport egyedei ltal mutatott tllsi grbknek. Az y tengelyen az gynevezett tllsi hnyad ltszik, vagyis az eddigi magyarzatoknak megfelelen az llomny azon hnyada, melynl az esemny mg nem kvetkezett be. Jelen esetben ezek az egyedek mg nem rtk el a 105 kg-os testslyt, amikor a ksrlet (HVT) befejezdik. Az eredmny teht azt mutatja, hogy a hizlalsi napok szmnak emelkedsvel tlagosan tbb rtny esetben kvetkezik be az esemny, vagyis tbb rtny egyed ri el a vgsi slyt, mint emse kortrsa. A tllsi grbken jl ltszik, hogy azon egyedek esetben melyek a ksrlet sorn elrtk a vgsi slyt 80 nappal a HVT megkezdse utn az egyedek mintegy 50%-nl az esemny bekvetkezett. Ez az arny a ksrlet megkezdse utn 100 nappal mr mintegy 80%-ra ntt. A vgsi vgslyt 120 nappal a HVT megkezdse utn majdnem az sszes egyed elrte. Analg mdon, ha a HVT vizsglat kezdete utn brmely t idpontban a vizsglati egyedek a 105 kg-os vgsi sly mg nem rtk el, akkor a kvetkez idegysg sorn az rtny egyedek nagyobb valsznsggel rtk el a 105 kg-os testslyt, mint emse kortrsaik (2. bra).

1. bra: A vizsglt sertspopulcik tlls fggvnyei

1,0

1,0

,8

,8

,6

,6

Tllsi hnyad (1)

,4

Tllsi hnyad (1)

Ivar (2)
kasztrlt (3)

,4

Ivar (2)
kasztrlt (3)

,2 nivar (4) 0,0 40 60 80 100 120

,2 nivar (4) 0,0 40 60 80 100 120

Hizlalsi napok szma (magyar nagy fehr hsserts) (5)

Hizlalsi napok szma (magyar lapyserts) (6)

Figure 1: Survival functions of the analysed pig populations Cumulative survival(1), Sex(2), Castrates(3), Females(4), Days of fattening (Hungarian Large White)(5), Days of fattening (Hungarian Landrace)(6) 2. bra: A vizsglt sertspopulcik hazard fggvnyei
5 5

Bekvetkezsi valsznsg (1)

Bekvetkezsi valsznsg (1)

Ivar (2)
kasztrlt (3)

Ivar (2)
kasztrlt (3)

1 nivar (4) 0 40 60 80 100 120

1 nivar (4) 0 40 60 80 100 120

Hizlalsi napok szma (magyar nagy fehr hsserts) (5)

Hizlalsi napok szma (magyar laplyserts) (6)

Figure 2: Hazard functions of the analysed pig populations Cumulative hazard(1), Sex(2), Castrates(3), Females(4), Days of fattening (Hungarian Large White)(5), Days of fattening (Hungarian Landrace)(6)

A log-rank teszt valamennyi bemutatott fggvny esetben igazolta az rtny, illetve emse csoportok kztti klnbsgeket. Az eltrs minden esetben 0,1%-os szinten is szignifikns volt. A magyar nagy fehr hsserts esetben a tllsi id az egyedek 33,7%-ban, mg a magyar laplysertsek esetben 32,9%-ban ismeretlen (censored), volt, melynek jelentse, hogy a vizsglat tartamt 120 napra korltozva az sszes egyedszmnak ezen hnyada nem rte el a 105 kg-ot. Meg kell azonban jegyeznnk, hogy a Serts Teljestmnyvizsglati Kdex (OMMI, 2000) elrsai alapjn a vgsi vgsly 105 2 kg, vagyis az egyedeket mr akkor is le lehet vgni, ha a 105 kg-os testslyt megkzeltik. Ezek az egyedek nyilvnvalan ismeretlen tllsi idt mutatnak, mely magyarzza az ismeretlen tllsi idt mutat egyedek nagy hnyadt.

Sajnos az olyan kzlemnyeket, melyek a sertsek hzkonysgi s vgsi teljestmnynek vizsglatt a tlls becsls mdszervel elemeztk volna, nem talltunk. Ugyanakkor megllaptsunk, mely szerint az rtny csoport egyedei hamarabb rik el a vgsi slyt, vagyis jobb gyarapodst mutatnak, mint az emse csoport egyedei teljes mrtkben megegyezik Horn s mtsai (1988) megllaptsaival, akik rszletesen elemeztk a HVT eljrst s javaslatokat tettek az eltr ivari teljestmny alapjn trtn korrekcira, amennyiben a vizsglat pontossgt a klnbz ivararny elhullsok torztjk. A ksrlet alapjn lthat, hogy a tlls becsls eljrs alkalmazsa idelis az idskln mrhet tulajdonsgok esetben. A kapott fggvnyek rendkvl szemlletesen mutatjk a nvekeds folyamatt. Hagyomnyos statisztikai mdszerek 3

alkalmazsval (pl. t-prba, ANOVA) a jelenlegi adatbzis kevesebb mint 70%-t lehetett volna felhasznlni a vizsglati csoportok eredmnyeinek elemzse cljra, hiszen mindkt vizsglt fajta esetben az egyedek tbb mint 30%-a ismeretlen tllsi idt mutatott. Nem nehz beltni, hogy a

jelen esetben 32-33%-kal tbb adat elemzse olyan elny, mely adott esetben szignifikancia kimutatsnak lehetsgt jelentheti, vagyis az ismertetett eljrs az eddigiektl szlesebb krben trtn hasznlata mindenkppen javasolhat.

IRODALOM Duqrocq, V.-Slkner, J. (1998): The Survival Kit-V3.0. A package for large analyses of survival data. Proc. 6-th WCGALP, Armidale, Australia 27. 447-448. Horn, P.-Csat, L.-Baltay, L.-Farkas, J. (1988): Differences between the performance of sows and barrows and its influence on progeny test resulst. Acta Agronomica Hungarica, 37. 93-100. Kaplan, E. L.-Meier, P. (1958): Nonparametric Estimation from Incomplete Observations. J. Am. Stat. Assoc. 53. 457-481. OMMI (Orszgos Mezgazdasgi Minst Intzet) (2000): Serts Teljestmnyvizsglati Kdex. 3. Budapest. SPSS Inc. (1999): SPSS for Windows. Version 10.