Atlas de Poche Microbiologie

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Atlas de poche de microbiologiel
Tony Hart
Professeur, Dpartement de Microbiologi Universit de Liverpool, Royaume-Uni
Paul Shears
Matre de confrence. Dpartement de Microbiologie mdicale Universit de Liverpool, et cole de Mdecine tropicale de Liverpool, Royaume-Uni
Traduit de l'anglais par Olivier Gaillot

Biologiste, Assistant Hospitalier Universitaire Laboratoire de Microbiologie Facult de Mdecine Necker-Enfants Malades, Paris
Mdecine-Sciences Flammarion
4, rue Casimir-Delavigne, 75006 PARIS
Chez le mme diteur Dans la mme collection :
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Atlas de poche d'anatomie (3 volumes), W. Kahie, H. Leonhardt, W. Platzer. Atlas de poche d'anatomie en coupes sries TDM-1RM (2 volumes), T.B. Mlier, E. Rief. Atlas de poche de biochimie, J. Koolman, K.-H. Rhm. Atlas de poche d'embryologie, U. Drews. Atlas de poche de gntique, E. Passarge. Atlas de poche d'histologie, W. Khnel. Atlas de poche de pharmacologie, H. Lllmann, K. Mohr, A. Ziegler. Atlas de poche de physiologie, S. Silbernagi, A. Despopoulos. Atlas de poche de pathologie infectieuse, N.J. Beeching, F.J. Nye. Atlas de poche des mthodes d'analyse, G. Schwedt. Dans d'autres collections : Bactriologie.mdicale, L. Le Minor, M. Vron. Bactriologie, P. Berche, J.L. Gaillard, M. Simonet Virologie mdicale, J. Mauvin. Virologie, J.M. Huraux, J.C. Nicolas, H. Agut. Aide-mmoire de parasitologie et de pathologie tropicale, P. Boure. Nouvelles techniques en parasitologie, Y.J. Golvan, P. Ambroise-Thomas. Les parasitoses humaines d'origine animale, J. Euzeby. Mdecine tropicale, M. Gentilini. Mdicaments anti-infectieux, C. Carbon, B. Rgnier, A.G. Saimot, J.L. Vild, P. Yeni. Le livre de l'interne : la pathologie infectieuse, C. Carbon. La petite encyclopdie Hamburger, M. Leporrier. Trait de mdecine, P. Godeau, S. Herson, J.C. Piette. Mdico, sous la direction de L. Guillevin.
I"' dition, 1997. 2e tirage, 1999.
Cet ouvrage a t publi en anglais sous le titre : Color Atlas of Mdical Microblology 1996 Times Mirror International Publishers Limited Published by Mosby-Wolfe Pour recevoir le catalogue Flammarion Mdecine-Sciences, il suffit d'envoyer vos nom et adresse Flammarion Mdeclne&iences 4, rue Casimir-Delavigne 75006 PARIS ISBN : 2-257-10125-1 1997 by Flammarion Printed in France.
Prface Remerciements 1. Introduction 2. Prions et encphalopathies spongiformes transmissibles 3. Virus et infections virales 4. Bactries et infections bactriennes 5. Champignons d'intrt mdical 6. Parasites d'intrt mdical 7. Insectes d'importance mdicale et autres ectoparasites Appendices Index
iv vi 1 16
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71 227 247 279 299 310
La microbiologie mdicale est l'tude des micro-organismes pathognes pour l'homme. Elle a pour principal objectif le diagnostic spcifique des infections, mais embrasse galement l'pidmiologie, la pathogense, le traitement et la prvention des maladies infectieuses. Bien que l'incidence des maladies microbiennes ne soit pas trs leve dans les pays dvelopps, les pidmies d'infections restent encore inquitantes. Dans les pays en voie de dveloppement, les maladies microbiennes font un grand nombre de victimes, en terme de morbidit comme de mortalit. Chaque anne surviennent, dans le monde, 3 5 milliards d'pisodes de diarrhe infectieuse (causs par une trentaine d'agents pathognes possibles), qui provoquent 5 10 millions de dcs (principalement des enfants). Cependant, mme les diarrhes infectieuses deviennent insignifiantes en comparaison des 12 millions de morts causes chaque anne par les infections aigus de l'arbre respiratoire. Des infections comme la poliomylite, la coqueluche et la typhode (qui ont t peu prs radiques dans les pays dvelopps) ont encore une forte incidence globale. On estime 10 milliards le nombre d'infections par le Poliovirus chaque anne, occasionnant 10 millions de cas de poliomylite, et dix mille dcs par an. La tuberculose tait qualifie de capitaine des soldats de la mort dans l'Europe du dix-neuvime sicle, priode au cours de laquelle elle tait responsable d'un taux annuel de 500 morts pour 100 000 habitants. Avec les progrs de l'alimentation et des conditions sociales, de la chimiothrapie et de la vaccination, l'incidence de la tuberculose a considrablement dcru, Dans les annes 60 et 70 par exemple, elle diminuait de 5 10 % chaque anne. Malheureusement, un plateau a t atteint dans les pays dvelopps avec un taux de 10 pour 100 000 habitants, et une recrudescence a t observe entre 1985 et 1992 avec, par exemple, une augmentation de 20 % de l'incidence aux tats-Unis. En plus de la rsurgence d' anciens germes infectieux, comme Mycobacterium tuberculosis, on assiste l'identification, voire l'mergence de nouveaux agents pathognes, allant de pair avec la mise au point de nouvelles technologies, les modifications des modes de vie, et les progrs dans le domaine de la survie mdicalement assiste. Nous estimons qu'au cours des deux dernires dcennies, deux trois nouveaux pathognes ont t dcrits chaque anne. Parmi eux, des virus comme celui de Muerto Canyon (responsable du syndrome pulmonaire Hantavirus), le virus de l'immunodncience humaine (responsable du SIDA), ou les Astrovirus (responsables de diarrhes), des bactries comme Bartonella henselae (responsable de la maladie des griffes du chat), Legionella pneumophila (responsable de la maladie du lgionnaire) et Tropheryma whippelii (responsable de la maladie de Whipple), des parasites comme Cryptosporidium parvum et Cyclospora cayetanensis (tous deux responsables de diarrhes), et Strongyloides fullebornii (responsable de dcs chez des nouveau-ns en Papouasie-Nouvelle Guine). On a longtemps espr qu'avec l'avnement de l're des antibiotiques (voire des antiviraux), on disposerait d'armes miraculeuses pour traiter la plupart des infections. Bien qu'initialement ces espoirs aient t concrtiss, des bactries rsistantes de nombreux
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antibiotiques sont apparues rcemment (les super-microbes ). Citons par exemple certaines souches de Salmonella typhi (agent de la typhode), rsistantes tous les antibiotiques de premire intention (cotrimoxazole, ampicilline, chloramphnicol, ttracycline et ciprofloxacine). La plupart des gnes responsables de la rsistance sont ports par des plasmides (ADN circulaire extra-chromosomique), qui peuvent facilement tre transfrs entre espces ou genres bactriens. l'heure actuelle, l'mergence des rsistances est peine en retard sur la production de nouveaux antibiotiques. Ceci est en partie d au mauvais usage de ces derniers, et en partie la capacit infinie des bactries muter sous la pression des antibiotiques, ainsi qu' leur vitesse de rplication (dans des conditions optimales, certaines multiplient leur nombre par deux toutes les vingt minutes). Enfin, les nouvelles technologies permettent de mieux comprendre comment les microorganismes causent les maladies, aident diagnostiquer les infections, et mme dfinir de nouveaux agents pathognes. Ainsi, bien que le virus de l'hpatite C n'ait pu jusqu' prsent tre cultiv artificiellement, la combinaison de techniques de clonage, d'insertion dans des vecteurs, d'amplification par PCR et d'expression du gnome viral, ont conduit la mise au point d'outils de diagnostic et de typage. Lobjectif de cet atlas est de fournir un cadre permettant de comprendre les agents pathognes (prions, virus, bactries, champignons, protozoaires et parasites pluricellulaires) qui infectent l'homme. Leurs caractristiques, les infections qui leur sont associes et leur diagnostic spcifique sont dcrits en images, tableaux et arbres dcisionnels. Nous esprons russir transmettre nos lecteurs une partie au moins de notre enthousiasme pour ces questions.
A. Hart, P. Shears, avril 1996
Nous exprimons notre gratitude Mlle Carol Boulin pour la dactylograhie du manuscrit, M. Brian Getty pour la photographie et la microscopie lectronique, Mme Norma Lowe pour les cultures bactriennes et la microphotographie, et M. John McKeown pour les cultures fongiques. Nous remercions galement les membres du Dpartement de Microbiologie Mdicale pour leur aide et leur bonne volont. Les collgues suivants ont aimablement contribu l'iconographie. Dr R. Ashford Dr W. Bailey M. B. Baker Dr G. Barnish Dr D. Baxby Dr A. Carty Dr A. Caunt M. J. Corkill Dr D. Dance Br J. Fletcher Dr C. Gilks M. M. Guy Mme L. Hindie M. K.Jones Prof. D. Kelly Dr S. Lewis-Jones Prof. K. McCarthy Dr I. McDicken Dr T. Makin Dr I. Marshall Dr J. Midgely Dr R. Nevin Dr J. Pennington Prof. A. Percival Prof. T. Rogers Dr G. Sharpe Dr D. Smith Dr D. Theakstone Dr W. Tong Prof. H. Townson Prof. S. Trees Dr C. Valentine Dr J. Varley Dr C. Wray
Jenny et Anne
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LES DOMAINES DE LA MICROBIOLOGIE

Les agents pathognes responsables d'infections chez l'homme couvrent un large spectre (1). l'extrmit de l'chelle des plus petites tailles se situent les protines auto-rplicatives appeles prions ou agents transmissibles non conventionnels. Ils sont responsables des encphalopathies subaigus spongiformes transmissibles telles que le kuru, la maladie de Creutzfeldt-Jakob, et, chez les bovins d'levage, de la maladie dite de la vache folle (encphalopathie spongiforme bovine). Suivent, dans l'ordre croissant, les virus dont le diamtre varie de 20 400 nm. Ce sont des parasites intracellulaires obligatoires, incapables de mener une existence indpendante. Leurs stratgies rplicatives sont varies, utilisant toujours les voies mtaboliques de la cellule hte. Les bactries ont une taille comprise entre 0,5 et 10-15 |im, et une forme qui varie selon le genre. titre d'exemple, Escherichia coli a la forme d'un btonnet, Staphylococcus aureus est sphrique et s'assemble en amas ( grappe de raisin 11). Streptococcus pyogenes est galement sphrique, mais crot en longues chanettes, et Vibrio cholerae est incurv en forme de virgule. Les bactries sont des procaryotes et ne possdent donc pas de noyau, mais un seul chromosome circulaire d'ADN. Bien que certaines bactries comme Chiamydia trachomatis soient des pathognes intracellulaires stricts, la plupart sont capables de crotre sur des milieux de culture synthtiques acellulaires. Les bactries se reproduisent par scissiparit. La majorit d'entre elles possdent une paroi compose de peptidoglycane. Les champignons ou myctes sont des eucaryotes, et possdent donc un noyau entour d'une membrane nuclaire, ainsi que diffrents types d'organites cytoplasmiques limits par des membranes. Ils sont plus grands que les bactries et peuvent constituer des assemblages de grande taille. Ils se reproduisent par scissiparit, et leur paroi cellulaire est constitue de chitine et non de peptidoglycane. Parmi les agents pathognes de ce rgne, on trouve des levures comme Candida albicans ou Cryptococcus neolormans, et des dermatophytes formant des filaments mycliens complexes comme Epidermophyton floccosum. Le diagnostic de certaines infections dues aux protozoaires et aux parasites pluricellulaires peut ncessiter l'expertise d'un centre spcialis en parasitologie et mdecine tropicale. Cependant, nombre d'entre elles peuvent tre identifies au laboratoire de microbiologie mdicale. Les protozoaires sont des micro-organismes unicellulaires qui se reproduisent par scissiparit mais qui ont aussi un cycle vital complexe, comprenant plusieurs tapes et une reproduction sexue. Leur taille varie de 5 30 u.m. On rencontre par exemple Entamoeba histolytica, Cryptosporidium parvum et Giardia intestinalis, qui sont responsables de diarrhes, Trichomonas vaginalis, pathogne sexuellement transmissible, ou encore Plasmodium falciparum, agent du paludisme. Les helminthes sont des para1
Atlas de microbiologie mdicale
1 Tailles relatives des microorganismes pathognes. L'chelle est logarithmique, allant de 10 nm 1 mm (106 nm). A droite de l'chelle se trouvent les gammes de taille des virus, bactries, champignons et protozoaires. Les plus petits des helminthes sont tout juste trop grands pour y figurer (Enterobl'us vermicularis : diamtre 0,2 mm, longueur 2 5 mm). gauche de l'chelle se trouvent les tailles de quelques cellules participant l'immunit anti-infectieuse. Le microscope optique ne peut sparer des objets d'une taille infrieure 300 nm; la limite de rsolution du microscope lectronique est d'environ 0,5 nm.
Introduction sites pluricellulaires dont la taille est comprise entre 5 mm et 3 mtres. Certains (comme le ver solitaire, Taenia saginata) produisent des infections asymptomatiques; d'autres (comme les oxyures, Enterobius vermicularis) sont simplement irritants, alors que les anguillules (Strongyloides stercoralis) peuvent tre l'origine d'un syndrome infectieux fatal.
QU'APPELLE-T-ON FLORE NORMALE ?

Les virus, bactries et champignons sont souvent considrs comme des micro-organismes agressifs et invasifs pour le corps humain, ce qui n'est cependant pas l'exact reflet de la ralit. En fait, le corps humain est normalement colonis par un grand nombre de germes qui constituent la flore normale . Il a t estim qu'un individu adulte, homme ou femme, n'tait qu' 10 % humain. Il y a en effet 1014 cellules chez un homme adulte, dont seules 1013 sont humaines. Les 9 x 1013 cellules restantes sont des bactries, des champignons, des protozoaires ou appartiennent des arthropodes de la flore normale. De plus, certains virus peuvent infecter l'homme de faon persistante, et sont excrts tout au long de la vie. Parmi eux, on trouve des Herpsvirus comme le Cytomgalovirus, le virus Epstein-Barr, l'Herpsvirus 6, de mme que le virus de l'immunodficience humaine (VIH). Leur place au sein de la flore normale est controverse. In utero, le ftus reste microbiologiquement strile. Le premier contact avec des microorganismes a lieu la naissance lors du passage de la filire maternelle, puis lors de l'alimentation par le contact maternel. L'installation d'une flore normale et stable prend environ 2 3 semaines pour les enfants ns terme et nourris au sein. Le processus est plus lent pour les prmaturs et les enfants nourris au biberon, chez lesquels peut se produire une colonisation par une flore anormale. La flore normale n'est pas rpartie uniformment et certains sites sont normalement striles (2). leur niveau, la mise en vidence d'un micro-organisme signe une infection. Les bactries constituent la plus grande part de la flore normale, et les bactries anarobies prdominent dans la plupart des sites. Des bactries potentiellement pathognes peuvent aussi faire partie de la flore normale. Par exemple, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae et Neisseria meningitidis, qui peuvent tre l'origine de mningites bactriennes, colonisent la gorge de nombreux individus. L'infection survient quand ces micro-organismes accdent des sites normalement striles. Les champignons sont moins frquemment rencontrs, par exemple Pityrosporon (Malassezia) ovale sur la peau et Candida albicans dans la bouche et le vagin. Des protozoaires comme Entamoeba coli et Endolimax nana, parfois mme certaines souches de E. histolytica, peuvent tre retrouvs dans l'intestin en l'absence de maladie. L'infection due aux cestodes Taenia solium, T. saginata ou Trichuria trichiuris est rarement symptomatique. L'arthropode Demodex follicularum, comme son nom l'indique, se rencontre dans les follicules pileux et les glandes sbaces du visage.
Atlas de, microbiologie mdicale
La flore microbienne normale de l'homme.
Introduction
VOIR LES MICROBES

Ds 1546, Fracastoro suggra que des organismes invisibles pouvaient tre responsables des infections, mais jusqu' l'invention du microscope par van Leeuwenhoek au dix-septime sicle, il fut impossible de les voir. En 1676, celui-ci rapporta l'observation d'animalcules, qui taient probablement des protozoaires, voire des bactries. Cependant, ce ne fut qu'en 1876 qu'un lien direct put tre tabli par Koch entre une infection humaine (la maladie du charbon) et une bactrie (Bacillus anthracis). Au cours des annes qui suivirent, la microbiologie se dveloppa rapidement, mais il ne fait aucun doute que la possibilit de voir les bactries responsables d'infection fut un vnement dterminant. Les virus furent dtects et leur taille dtermine indirectement par l'utilisation de filtres de faible porosit, mais il fut impossible de les visualiser avant 1933, date du dveloppement par Ruska du microscope lectronique.
LA MICROSCOPIE OPTIQUE
Le pouvoir rsolutif d'un microscope dpend de la longueur d'onde du rayonnement incident. Ainsi, les plus petits objets visibles en microscopie optique mesurent 200 300 nm. Les microscopes modernes sont composs, en ce sens qu'ils mettent en uvre deux lentilles ou plus. Dans le cas le plus simple, l'image se forme au travers de la lentille de l'objectif, puis est agrandie par la lentille de l'oculaire (3a). Les microscopes optiques ordinaires sont appels microscopes fond clair, car l'objet apparat comme une image sombre sur un fond clair (3b). L'ouverture numrique d'une lentille ne pouvant dpasser la valeur 1 dans l'air, le grossissement maximal d'un objectif ne dpasse pas 40 fois. Pour contourner cet inconvnient, un liquide incolore (l'huile immersion), dont l'indice de rfraction est suprieur celui de l'air, est dispos entre l'objet et la lentille de l'objectif. Ceci permet d'obtenir un grossissement utile de 100 fois pour l'objectif. Lorsque l'on utilise en plus un oculaire agrandissant 15 fois, on obtient un grossissement utile de 1 500 fois pour un microscope fond clair. La plupart des microscopes de ce type servent l'examen de micro-organismes fixs et colors (3b). Les micro-organismes vivants, non colors peuvent tre observs l'aide d'un microscope fond noir, ou contraste de phase. En microscopie fond noir, un cran et un condenseur crent un faisceau de lumire creux concentr sur l'chantillon (4a). Avec ce dispositif, seule la lumire rflchie ou rfracte par l'chantillon est collecte par la lentille de l'objectif. Le micro-organisme apparat alors brillant sur un fond sombre (4b).
Arias de microbiologie mdicale

3 a Illustration du trajet lumineux dans un microscope fond clair. b Coloration argentique de Salinonella typhi montrant les flagelles. Dans un microscope fond clair, la lumire (miroir ou lumire lectrique) est concentre sur le plan de l'chantillon par un condenseur situ sous la platine. L'objectif grossit l'objet en formant une image primaire relle agrandie. Celle-ci est son tour grossie par l'oculaire. Le grossissement total est gal celui de l'oculaire multipli par celui de l'objectif. Ainsi, avec un objectif x40 et un oculaire x10, le grossissement total sera de 400 fois.
Introduction
4 a Illustration du trajet lumineux dans un microscope fond noir. b Leptospira canicola, bactrie spirale enroulement serr. En microscopie fond noir, seule la lumire incidente rflchie ou rfracte par le micro-organisme est collecte par l'objectif. Le micro-organisme (flche) brille comme un phare sur un arrire-plan noir.
Afhs de microbiologie mdicale
En microscopie contraste de phase (Sa), le condenseur possde un anneau de contraste de phase qui produit aussi un cne de lumire creux, focalis sur le plan de l'chantillon. Quand le cne passe travers les lments rfringents d'une prparation, les rayons sont dvis et retards d'environ un quart de longueur d'onde La lumire dvie est alors focalise pour former une image. Les rayons non dvis passent travers un anneau de phase plac dans une lame de phase. L'anneau de phase est construit de telle faon qu'il avance d'un quart de longueur d'onde le faisceau non dvi. On obtient ainsi des rayons dvis et non dvis approximativement en opposition de phase (une demi-longueur d'onde d'cart), qui s'annulent lorsqu'ils sont runis. L'image de l'objet apparat donc dans diffrents tons sombres sur un fond clair. Comme le microscope contraste de phase est utilisable pour des chantillons non fixs, il est particulirement utile pour visualiser les structures internes et les organites des bactries, champignons et protozoaires (5b). En microscopie fluorescence, le micro-organisme est color directement ou non (par l'intermdiaire d'un anticorps ou d'une lectine) avec un fluorochrome. Le fluorochrome absorbe la lumire ultraviolette et la rmet une longueur d'onde suprieure, dans la partie visible du spectre (6a). La couleur de la lumire rmise varie selon la nature du fluorochrome utilis. Par exemple, la fluorescine absorbe la lumire UV la longueur d'onde de 495 nm et la rmet sous forme d'une lumire visible jaune-vert (d'une longueur d'onde de 525 nm) Une coloration directe par l'auramine phnique est utilise, par exemple, dans le diagnostic de la tuberculose (6b).
5 a Illustration du trajet lumineux dans un microscope contraste de phase, b Oocyste de Isospora belli en contraste de phase de Nomarski. (Remarquer les deux sporocystes l'intrieur de l'oocyste.) Le microscope contraste de phase convertit de petites diffrences d'indice de rfraction en diffrences d'intensit lumineuse. Le contraste de phase de Nomarski est une technique plus sophistique qui fournit des images tridimensionnelles.
Introduction
6 a Le microscope fluorescence, b Mycobacferium fuberculosis colore l'auramine phnique, vu au microscope fluorescence.
Allas de microbiologie mdicale L'immunofluorescence utilise des anticorps auxquels sont fixs les fluorochromes par des liaisons covalentes sur le fragment Fc de l'anticorps de telle sorte que le fragment Fab puisse encore se lier son pitope spcifique. En immunofluorescence directe (7a), le fluorochrome est li l'anticorps dirig contre le micro-organisme. En immunofluorescence indirecte, le fluorochrome est li un anticorps dirig, par exemple, contre les anti-
7 a Immunofluorescence directe. En immunofluorescence directe, l'objet est rendu visible par raction avec un anticorps marqu la fluorescine, dirig contre un pitope du micro-organisme.
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Introduction corps humains (7b). L'immunofluorescence directe sert dtecter des micro-organismes spcifiques. Sa spcificit est celle de l'anticorps. L'immunofluorescence indirecte peut, elle aussi, tre utilise pour dtecter des micro-organismes spcifiques, mais sert surtout la dtection d'anticorps prsents dans le srum du patient et dirigs contre un microorganisme particulier.
7 b Immunofluorescence indirecte. En immunofluorescence indirecte, l'antisrum dirig contre le micro-organisme est ajout, puis la lame est lave. Puis on ajoute un anticorps marqu la fluorescine, et dirig contre le premier anticorps. Cette technique peut tre utilise pour dtecter soit des micro-organismes, soit des anticorps dirigs contre un micro-organisme dans le srum d'un patient.
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Atlas de microbiologie mdicale De multiples informations ont t obtenues par l'observation en microscopie optique des micro-organismes. Cependant, il est trs vite apparu que certains agents transmissibles taient trop petits (c'est--dire < 0,2 u.m) pour tre vus par cette mthode. Les lectrons se comportent comme des rayons lumineux et peuvent tre focaliss, non par des lentilles de verre, mais par des lectro-aimants annulaires (en forme de tore) (8). La longueur d'onde des lectrons est approximativement 105 fois plus courte que celle du rayonnement visible, ce qui signifie qu'un microscope lectronique conventionnel peut sparer
8 Trajet du faisceau d'lectrons dans un microscope lectronique. Le faisceau d'lectrons est produit par un filament de tungstne. Il est focalis sur l'chantillon par un condenseur lectromagntique. Il est ensuite agrandi par un objectif et une lentille de projection, qui sont tous deux des lectro-aimants. Les lectrons frappent alors un cran fluorescent pour produire une image, ou une plaque photographique pour un enregistrement permanent. Les lectrons tant absorbs par l'air, la colonne dans laquelle se trouvent les lentilles et l'chantillon est maintenue sous un vide pouss.
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Introduction des objets distants de 0,5 nm. L'image est obtenue lorsque les lectrons frappent un cran cathodique (9). Dans le cas du microscope lectronique transmission, le spcimen est maintenu par une petite grille de cuivre (10), et vu travers les mailles de celle-ci. L'chantillon ne doit pas excder 100 nm d'paisseur, et doit tre suffisamment maintenu et solide pour rsister aux bombardements des lectrons sous un vide pouss. Les microorganismes peuvent tre visualiss directement dans un chantillon, aprs une coloration ngative l'acide phosphotungstique. Par cette technique, la coloration ngative adhre
9 Le microscope lectronique. Un microscope lectronique avec le canon lectrons (e) au sommet de la colonne, la platine de l'chantillon (s) et l'cran fluorescent (f).
10 Grille de microscope lectronique. Diamtre approximatif 4 mm. L'chantillon est maintenu par la grille et les micro-organismes sont visibles travers les mailles.
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Arias de microbiologie mdicale aux contours de la bactrie ou du virus et absorbe le faisceau d'lectrons. Le micro-organisme apparat ainsi au premier plan sur un fond clair (11). Une autre mthode consiste enduire le spcimen d'une fine couche de platine ou d'un autre mtal lourd. Par vaporation du mtal partir d'une source place sous un angle de 45, on obtient la projection d'une ombre. Cette technique est particulirement utile pour l'tude des appendices situs la surface des bactries, tels les fimbriae (pili) ou les flagelles (12). On peut galement marquer immunologiquement les micro-organismes ou leurs appendices pour la microscopie lectronique, d'une faon analogue celle utilise en immunofluorescence. Dans ce cas, l'anticorps n'est plus coupl un colorant fluorescent, mais de minuscules particules d'or opaques aux lectrons (13). Une image tridimensionnelle peut tre obtenue par microscopie lectronique balayage (14), bien que cette technique soit rarement utilise des fins diagnostiques en microbiologie.
lia Microphotographie optique d'une chanette de Streptococcus pyogenes (Gram positif), b Microphotographie lectronique en coloration ngative d'une chanette de Streptococcus pyogenes (barre = 2 ym].
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IntroducHon
12 Microphotographie lectronique aprs ombrage de Escherichia coli, montrant les flagelles. Ce sont des appendices protiques utiliss par la bactrie pour se dplacer en milieu liquide, (barre = 0,5 prn)
13 Microphotographie lectronique aprs marquage immunologique l'or, montrant les flagelles de Pseudomonas aeruginosa. Un anticorps antiflagelline coupl de petites particules d'or s'est li aux flagelles, (barre = 0,5 ym]
14 Microphotographie lectronique balayage de Staphylacoccus epidermidis. Les filaments reliant les sphres ou cocci sont les rsidus condenss de la matrice extracellulaire dsigne sous le nom de slime. (barre = 1,0 pmj
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Les encphalopathies subaigus spongiformes transmissibles (ESST) sont un groupe de maladies qui affectent diverses espces animales. Parmi elles, l'homme (kuru, maladie de Creutzfeldt-Jakob, maladie de Gerstmann-StrassIer), les bovins (encphalopathie spongiforme bovine), le mouton (tremblante du mouton) et le chat (encphalopathie spongiforme fline). Toutes sont caractrises par une lente dgnrescence du cerveau. L'examen microscopique post mortem du cerveau montre une microcystose des neurones et des neuropiles, produisant un aspect spongiforme (15). On observe la destruction graduelle de ces cellules et une prolifration des astrocytes, sans signe d'inflammation crbrale (malgr l'encphalopathie). Ces phnomnes s'accompagnent de l'accumulation d'une protine fibrillaire appele protine du prion (PrP) (16). Bien que certains travaux aient incrimin de petites structures de type viral (de 10 12 nm de
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Coupe crbrale
chez un patient atteint de

la maladie de Creutifaldt Jakob. On remarque la vacuolisation des neurones et des neuropiles, confrant l'aspect spongiforme.
16 Microphotographie lectronique en coloration ngative de la protine fibrillaire du prion. Celle-ci s'accumule dans le cerveau des sujets atteints d'encphalopathie subaigu spongiforme transmissible. (barre = 50 nm)
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Prions et encphalopafhies spongiformes fransmissibles
diamtre) comme tant les agents des ESST, l'hypothse selon laquelle PrP serait une protine auto-rplicative et l'agent des ESST est la plus communment admise. PrP possde la mme squence en acides amins qu'une protine normalement prsente dans le cerveau. Une modification post-transcriptionnelle la rendrait rsistante aux enzymes protolytiques, provoquant son accumulation dans le cerveau des individus atteints. Le kuru est une maladie transmise par des pratiques de cannibalisme rituel, se limitant une aire tribale de Papouasie-Nouvelle Guine (groupe linguistique des Fore). L'interdiction des pratiques cannibales a permis d'viter l'apparition de nouveaux cas. La maladie de Creutzfeldt-Jakob, au contraire, connat une distribution mondiale. 11 s'agit d'une affection rare touchant environ un individu sur un million. Elle a pu tre transmise lors d'interventions neurochirurgicales strotaxiques, lors de transplantations de corne, ou encore par injection d'hormone de croissance extraite d'hypophyses humaines. La priode d'incubation est longue (1 30 ans). La maladie volue inexorablement vers la dmence et la mort. Il n'existe pas de traitement spcifique, pas plus que de mthode diagnostique non invasive. Le diagnostic est ralis sur des biopsies crbrales, ou l'autopsie.
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Bien que l'on ait su depuis un certain temps que de trs petits agents filtrables taient responsables de certaines infections humaines, l're des virus n'a pas dbut avant 1950. Au cours des quarante annes qui ont suivi, nos connaissances se sont accrues de faon exponentielle grce aux cultures cellulaires et virales, la srologie et aux techniques sans cesse plus performantes de biologie molculaire. Les virus sont les plus petits et les plus primitifs des agents infectieux conventionnels. Ils diffrent de la plupart des bactries, champignons et protozoaires par le fait qu'ils sont des parasites intracellulaires obligs. Les virus ne disposent pas de l'quipement enzymatique ncessaire pour leur rplication. Pour se reproduire, ils doivent donc pirater les rserves nergtiques de la cellule hte, ses nuclotides, ses acides amins, ses lipides, ainsi que ses voies mtaboliques de biosynthse. En fait, la plupart des virus possdent des facteurs qui dtournent les processus mtaboliques des cellules htes, au profit de la production de nouvelles particules virales. Ceci est en partie responsable de la mort des cellules infectes, et contribue aux manifestations cliniques infectieuses. Les autres diffrences majeures entre les virus et les micro-organismes plus complexes sont les suivantes : un gnome viral est constitu d'ARN ou d'ADN, jamais des deux simultanment les bactries, champignons et protozoaires se reproduisent par scissiparit, tandis que les virus utilisent un mode complexe de dsassemblage, rplication et rassemblage au sein de la cellule hte les virus n'ont ni paroi ni organisation cellulaire, et sont beaucoup plus petits que les autres micro-organismes. Deux consquences majeures dcoulent de ces diffrences. La premire est qu'aprs excrtion par l'hte, le nombre des particules virales ne peut que dcrotre, celles-ci tant incapables de se multiplier dans un environnement inanim, la diffrence des bactries et des champignons. La seconde est qu'il est beaucoup plus difficile de concevoir des antiviraux efficaces et atoxiques que des drogues antibactriennes, les virus utilisant les systmes cellulaires de l'hte.
CLASSIFICATION DES VIRUS

A l'origine, les virus ont t classs selon leur pouvoir pathogne, et selon des considrations pidmiologiques et cologiques. La classification actuelle repose largement sur des considrations biophysiques, antigniques, et de biologie molculaire. Les virus sont diviss en familles, sous-familles et genres selon la structure et l'organisation de leur gnome, la symtrie de leur capside, la taille, le lieu d'assemblage et la prsence ventuelle d'une enveloppe lipidique. Au sein d'un mme genre, les diffrents membres sont dfi18
Vrus et infecHons virales nis par la prsence de diffrents antignes (ex. les subdivisions des Echovirus et Coxsackievirus), par des diffrences gnomiques (Papillomavirus humains), ou mme par des diffrences dans la prsentation clinique ou les vecteurs (ex. FIaviviridae).
GNOME
La premire grande subdivision est faite selon la nature, ARN ou ADN, du gnome (17, 18). Le gnome des virus ARN peut tre simple brin (ex. Picornaviridae), ou double brin (ex. Rotavirus). Chez certains, il peut tre circulaire (ex. Arenaviridae), mais il est linaire chez la plupart (17), constitu d'un seul long brin (ex. Retrovirida) ou de plusieurs segments (ex. Orthomyxoviridae ou Rotavirus). Enfin, le gnome simple brin peut tre polarit positive (traduisible directement en polypeptides viraux, ex. Coronaviriofae), ou polarit ngative (devant tre transcrit en ARNm, comme chez les Myxoviridae et les Rhabdoviridae) ou mme ambisens (ex. Bunyavirida). Les virus ADN (18) ont un gnome double brin linaire (ex. Herpesvirida) ou circulaire (ex. Adenovirida). Les seuls virus ADN simple brin sont les Parvovirus, et leur gnome est en gnral polarit ngative.
SYMTRIE DE LA CAPSIDE
La capside est une coque protique qui entoure et protge le gnome viral. Les sous-units protiques qui la composent sont appeles capsomres. Les capsomres et le gnome forment la nuclocapside. Les sous-units peuvent tre assembles soit en capside symtrie hlicodale (19), soit en structure tridimensionnelle trois axes de symtrie (capside symtrie cubique). En fait, la plupart des capsides symtrie cubique possdent vingt facettes, et sont dites icosadriques (du grec eicosa, vingt, et hedron, ct). Enfin, certains virus ont une symtrie indfinie (ex. Flavivirida) ou complexe (ex. Poxvirida).
ENVELOPPE LIPIDIQUE
En gnral, les virus non envelopps (nus) (ex. Rotavirus, Picornaviridae, Adenovirida) sont capables de survivre plus longtemps dans un milieu inanim que ceux qui possdent une enveloppe lipidique (ex. Myxoviridae, Retrovirida, Herpesvirida). Pour ces derniers, exception faite des Poxviridae, la perte de l'enveloppe lipidique s'accompagne de la perte du pouvoir infectieux. Ainsi, les virus envelopps peuvent tre inactivs par l'ther ou par des dtergents. Ils prsentent galement des spicules de glycoprotines leur surface, qui permettent l'attachement et la pntration dans la cellule hte. Lenveloppe peut tre constitue par bourgeonnement au travers de la membrane nuclaire (20), de l'appareil de Golgi (ex. Hantavirus), ou de la membrane cytoplasmique (21). 19
17 Virus ARN d'importance mdicale.
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Virus et infections virales 19 Symtries hlicodale et cubique de la nuclocapside virale.
20 Microphotographie lectronique d'une coupe mince montrant le virus varicelle-zoster acqurant son enveloppe lipidique par bourgeonnement travers la membrane nuclaire (barre = 0 1 \im)
21 Microphotographie lectronique d'une coupe mince montrant un Parainfluenzavirus acqurant son enveloppe lipidique par bourgeonnement travers la membrane cytoplasmique (barre = 0,1 \im)
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Atlas de microbiologie mdicale VIRUS NUS A ARN Les infections dues des virus nus ARN sont recenses dans le tableau 22.
22 Infections virus nus ARN.
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Virus ef infections virales
PICORNAVIRIDAE
Ce sont les plus petits (20-30 nm) des virus ARN (23). Leur nom est un acronyme de poliovirus, insensibilit l'ther (ils ne sont pas envelopps), coxsackievirus, virus orphelin, /hinovirus et RNA. De plus, pico signifie petit en grec. Il existe cinq genres de Picornaviridae (Aphtovirus, Cardiovirus, Entrovirus, Heparnavirus, Rhinovirus), dont trois seulement (Entrovirus, Heparnavirus, Rhinovirus) sont pathognes pour l'homme. La temprature optimale d'isolement des Rhinovirus est de 33 C, analogue celle de l'arbre respiratoire suprieur. Les Rhinovirus sont responsables de rhumes, d'angines et de coryza. Il existe plus de 118 srotypes diffrents, l'un ne confrant pas ncessairement une immunit aux autres. Les Rhinovirus sont responsables d'environ la moiti des cas de rhume banal.
23 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Picornavirus. Le virus est nu, avec une capside de symtrie cubique et un gnome ARN simple brin positif (PM environ 2,5 x 106). (barre = 100 nm)
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Allas de microbiologie mdicale Les Entrovirus sont diviss en Poliovirus, Echovirus, et Coxsackievirus. Les reprsentants du genre dcouverts plus rcemment sont tous appels Entrovirus ( partir d'Entrovirus 68). Les infections Entrovirus sont gnralement asymptomatiques, et au cours des pidmies, on note un phnomne d' iceberg , o, par exemple, seuls 1 10% des patients infects Poliovirus prsentent une maladie. Les autres constituent un rservoir silencieux qui propage l'infection. On dfinit grce des ractions de neutralisation trois srotypes de Poliovirus (1, 2 et 3), avec peu de protection croise entre les srotypes. L'homme est l'hte naturel, mais ces virus peuvent tre facilement cultivs sur des lignes cellulaires humaines et simiennes. Les Coxsackievirus tirent leur nom d'un village de l'tat de New York. Ils sont diviss en deux groupes, A (24 srotypes) et B (15 srotypes) sur la base de leur pouvoir pathogne pour la souris. Les virus du groupe A sont difficiles cultiver in vitro, mais infectent les souriceaux nouveau-ns. Ils sont associs divers exanthmes (syndrome main-piedbouche) et nanthmes (par exemple l'herpangine), des infections neurologiques et des conjonctivites (A24). Les virus du groupe B sont responsables de myalgies pidmiques (maladie de Bornholm), de mningites et de myocardites. Echo est un acronyme de enteric cytopathic Auman orphan (le terme orphelin signifiant l'absence d'association une pathologie spcifique). La plupart des Echovirus se cultivent aisment sur des lignes cellulaires humaines et simiennes. Ils sont principalement associs des mningites aseptiques, des infections nonatales et des exanthmes. L'Entrovirus 68 est associ des infections respiratoires, l'Entrovirus 70 des conjonctivites aigus hmorragiques, et l'Entrovirus 71 des mningoencphalites et des syndromes proches de la poliomylite. Le virus de l'hpatite A, l'origine d'pidmies et de cas sporadiques d'hpatite (24), tait dsign comme Entrovirus 72, mais est maintenant rattach une famille spare, les Heparnaviridae. Les sources et modes de dissmination des Picornavirus et virus apparents sont rsums dans le tableau 25.
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Virus et infedions virales
24 Patient atteint d'hpatite infectieuse aigu due au virus de l'hpatite A. Remarquer la sclreuse ictrique (jaune).
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Virus et infections virales
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Arfos de microbiologie mdicale
ASTROVIRIDAE
Ce sont des virus sans enveloppe, arrondis, de petite taille (27-30 nm), dont la surface prsente un motif caractristique en toile (26). On compte au moins cinq srotypes dont le premier prdomine au Royaume-Uni Celui-ci est l'origine de diarrhes et de vomissements infantiles (10 12% des cas), qui surviennent en hiver dans les rgions tempres. Le diagnostic peut tre port par microscopie lectronique, dtection antignique, ou RTPCR (amplification enzymatique en chane utilisant la transcriptase inverse).
CALICIVIRIDAE
II s'agit galement de virus nus, arrondis, de petite taille (35-40 nm). Leur capside possde une configuration en toile de David (27), formant la surface du virus de petites dpressions en forme de coupe (leur nom provient du grec Calyx, qui signifie coupe). Les
26 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Astrovirus. Remarquer l'toile six branches caractristique. Les Astrovirus ont un ARN positif (7,8 kb) monocistronique. Le protopolypeptide est ensuite cliv par une protase pour individualiser les protines de structure, (barre = 100 nmj
27 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Calicivirus. Remarquer les dpressions en forme de coupe la surface du virus. Le gnome est un brin positif d'ARN (8 kb). fbarre = 100 nm)
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Calicivirus sont responsables d'pidmies de diarrhes et vomissements affectant la plupart des classes d'ge L'agent de Norwalk est responsable d'un syndrome digestif hivernal. Enfin, il est probable que le virus de l'hpatite E (HEV) soit aussi un Calicivirus. Le HEV est l'origine d'hpatites pidmiques de transmission oro-fcale Le diagnostic des infections Calicivirus repose sur la microscopie lectronique, la dtection antignique, la RT-PCR, ou, pour le HEV, la dtection d'anticorps.
REOVIRIDAE
Des trois genres que compte cette famille (Orbivirus, Rovirus, Rotavirus), seuls les Rotavirus ont une importance en pathologie humaine. Ce sont des virus de taille moyenne (70 nm), dont la double capside a la forme caractristique d'une roue en microscopie lectronique (en latin, rota signifie la roue) (28). Le gnome est constitu de onze fragments d'ARN double brin (29); il est dtectable directement dans les selles des patients infects. Lanalyse du profil
28
Microphotographie
lectronique en coloration ngative d'un Rotavirus. La double capside confre au virus une forme typique en roue. (barre = 200 nm]
29
Electrophorse en gel
de polyacrylamide de l'ARN de Rotavirus direc-
tement extrait des selles.

L'ARN est visible par coloration argentique. Le profil de migration fournit de prcieuses informations pidmiologiques.
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Arias de microbiologie mdicale lectrophortique des fragments permet de diffrencier les souches, et d'obtenir ainsi des informations pidmiologiques On connat 7 srogroupes de Rotavirus (A G), mais seuls le groupe A et, dans une moindre mesure, les groupes C et D infectent 1 homme II existe neuf srotypes et les anticorps dirigs contre un srotype sont protecteurs Malheureusement, les anticorps agissant contre un srotype ne sont pas protecteurs vis--vis des autres Les Rotavirus sont la cause principale de diarrhe chez les enfants de moins de cinq ans (20 a 60% des cas) L encore, les infections prdominent en hiver dans les rgions tempres Le diagnostic repose sur la microscopie lectronique, la dtection antignique, l'lectrophorse de 1 ARN gnomique, ou la RT PCR
VIRUS A ARN ENVELOPPES

Les virus ARN envelopps d'importance mdicale et les pathologies qui leur sont associes sont indiqus dans le tableau 30 Le terme d'Arbovirus a t employ pour dsigner des virus transmis l'homme par piqre d'insecte (arthropod-borne) Ces virus se multiplient dans l'insecte vecteur et sont injects a l'homme lors du repas suivant Cette classification tait base sur des considrations cologiques En fait, les Arbovirus regroupent plusieurs familles, en particulier les Togavmdae, les Flavivmdae et les Bunyaviridae
FLAVIVIRIDAE
Ce sont des virus envelopps de petite taille (40 50 nm), ARN gnomique simple brin polarit positive (environ 10 kb) La symtrie de leur capside est indtermine Beaucoup d entre eux sont transmis par des moustiques et sont responsables de fivres hmorragiques virales (virus de la fivre jaune et de la dengue) ou de menmgoencephalites (virus japonais B et virus de l'encphalite de St Louis) Le diagnostic peut s'effectuer par isolement du virus (qui ncessite des installations confines spciales), ou par dtection d une rponse anticorps Le virus de l'hpatite C est probablement un Flavivirus, mais n'est pas transmis par un insecte II reprsente une cause importante d hpatite non-A non-B acquise par voie parentrale (environ 90% des cas) L'infection se transmet par le sang au cours de transfusions, de transplantations, de piqres d aiguille ou lors de partage de seringue chez les toxicomanes par voie intraveineuse Elle entrane une hpatite chronique, le virus pouvant persister la vie entire dans le foie Le diagnostic repose sur la dtection d'anticorps spcifiques, ou par dtection du gnome viral par RT-PCR.
TOGAVIRIDAE
Les Alphavirus, Rubivirus et peut-tre aussi les Pestivirus sont des genres, pathognes pour l'homme (31). Les Alphavirus sont principalement transmis par des moustiques et 32
Virus et infections virales sont l'origine d'encphalites (ex virus de l'encphalite quine orientale) ou d'exanthme fbrile avec polyarthrite (ex chikungunya). Tous possdent un gnome ARN linaire simple brin a polarit positive d'environ 12 kb Ces virus se rpliquent dans le cytoplasme et sont librs par bourgeonnement Le diagnostic peut tre srologique, et/ou direct par culture virale Le virus de la rubole est le seul reprsentant du genre des Rubivirus II se transmet par contact ou par voie arienne, et peut tre responsable d'un exanthme fbrile de l'enfant, bien que l'infection soit souvent asymptomatique II pose surtout problme lors d'une infection au cours de la grossesse Le virus de la rubole peut en effet traverser le placenta pour infecter le ftus, provoquant la mort m utero ou des malformations congnitales Les Pestivirus provoquent des diarrhes dans les levages bovins (virus de la diarrhe bovine) et porcins (fivre porcine europenne). Il a rcemment t rapport l'association de diarrhes humaines un Pestivirus
RENAVIRIDAE
Ce sont des virus ARN pliomorphes, envelopps dont la taille varie entre 50 et 300 nm de diamtre Ils contiennent des granulations denses aux lectrons, riches en ARN, qui ressemblent des nbosomes (32) et donnent l'apparence de grains de sable (en grec, arena signifie grain de sable) Leur gnome consiste en deux simples brins d'ARN polarit positive ou ambisens Ils peuvent tre linaires ou en boucle Les infections sont des zoonoses Les diffrents Arnavirus infectent asymptomatiquement et de faon persistante diverses espces de rongeurs, et 1 homme s'infecte par contact avec leurs djections Le virus de la chonomningite lymphocytaire est le seul Arnavirus rencontre en Europe II est excrt dans les urines de souris (Mus musculus) et il est une des rares causes de mningite aseptique Les autres Arnavirus sont 1 origine de fivres hmorragiques virales En Afrique de 1 Ouest, le virus de la fivre de Lassa infecte de faon persistante le rongeur Mastomys natalensis, dans les urines duquel il est excrt L inhalation ou l'ingestion d'urine peut entraner une infection qui peut tre asymptomatique ou varier d'une simple pharyngite a une fivre hmorragique svre, avec saignement cutan et viscral. L'hypothse d une transmission de personne a personne ne peut tre exclue Les virus des fivres hmorragiques sud-amricaines, Junin (en Argentine), Machupo (en Bolivie) et Sabia (au Venezuela) infectent de faon persistante les rongeurs du genre Calomys. Ils produisent des tableaux cliniques similaires celui de la fivre de Lassa
BUNYAVIRIDAE
Ils constituent une grande famille de virus, dont certains sont transmis par des insectes (Bunyamwera, Nairo et Phlbovirus), certains infectent des plantes (Tospovirus), d'autres causent des zoonoses (Hantavirus) Cependant, tous sont des virus sphnques (95 nm), 33
30 Infections virus envelopps ARN.
0 <Jl
31 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Togavirus. La particule sphrique enveloppe a un diamtre de 60 70 nm, avec des spicules glycoprotiques sa surface. La nuclocapside est icosadrique (25 35 nm de diamtre). Le gnome est simple brin, polarit positive (12 kb). (barre = 70 nm)
32 Microphotographie lectronique d'une coupe mince d'un Arnavirus. Virus ARN envelopp, sphrique, avec un gnome essentiellement positif. Les granules denses aux lectrons (flche) sont riches en ARN et ressemblent des ribosomes. (barre = 200 nm)
33 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un virus Puumala. C'est un Hantavirus de la famille des Bunyaviridae. Ces virus sont envelopps, avec un gnome ARN ambisens dans une capside symtrie cubique. L'enveloppe a un aspect de mosaque, (barre = 100 nm)
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envelopps (33), nuclocapside de symtrie cubique. Leur gnome ARN est compos de trois segments linaires, polarit surtout ngative bien qu'en partie ambisens. Les virus Bunyamwera se rencontrent dans le monde entier, sont transmis par des moustiques et peuvent causer des encphalites (ex. La Crosse), des myalgies fbriles (ex. Guama), ou une fivre sans point d'appel (ex. Tahnya). On distingue environ 45 Phlbovirus, mais tous ne sont pas pathognes pour l'homme. La fivre phlbotomes est transmise par ces insectes et consiste en une affection fbrile avec cphale, photophobie et douleurs articulaires. La maladie est spontanment rsolutive avec gurison complte, aucun dcs n'ayant t rapport. Les Nairovirus sont transmis par des tiques; la principale infection est la fivre hmorragique de Crime-Congo, dont la transmission peut tre aussi interhumaine. Enfin, les Hantavirus infectent de faon persistante diverses espces animales (surtout des rongeurs), et sont excrts dans leur urine et leur salive. Il existe deux syndromes cliniques distincts. Les fivres hmorragiques avec syndrome rnal (FHSR) ont une rpartition mondiale. Les formes svres surviennent en Extrme-Orient (Hantaan) et dans les Balkans (Fojnica, Porogia), les formes modres (Soul) dans le monde entier, et les formes bnignes dues au virus Puumala dans le nord de l'Europe (nphropathie pidmique). Le syndrome pulmonaire Hantavirus rcemment dcrit est d au virus de Muerto Canyon; plusieurs cas grevs d'une forte mortalit (environ 60%) sont survenus travers toute l'Amrique du Nord. Le diagnostic de ces infections repose sur la srologie, la dtection d'antignes, la culture ou la RT-PCR. Il est ncessaire de disposer d'installations confines spciales, de haute scurit biologique.
FILOVIRIDAE
Ce sont des virus envelopps nuclocapside hlicodale. Ils forment des structures en btonnet, voire des filaments ramifis (34) pouvant atteindre. 14 mm de long pour un dia-
34 Microphotographie lectronique en coloration ngative du virus Ebola, de la famille des Filoviridae. Il s'agit d'un virus ARN, envelopp, filamenteux, parfois ramifi, symtrie hlicodale. (barre = 200 nmj
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Allas de microbiologie mdicale mtre de 80 nm. Ils sont l'origine de fivres hmorragiques trs souvent mortelles (90% des cas). La transmission est animale, mais parfois inter-humaine par des scrtions (salive, expectorations) ou par le sang. Des singes peuvent transmettre l'infection l'homme, et le premier cas dcrit chez l'homme en Allemagne (Marburg, 1967) le fut de cette faon. Cependant, le rservoir primaire de l'infection est mal connu. Depuis 1976, trois pidmies sont survenues, dans le nord du Zare (bola), le sud du Soudan, et rcemment dans le centre du Zare (1995).
RHABDOVIRIDAE
Le virus de la rage est le plus grand pathogne humain. C'est un virus en forme de balle de revolver, envelopp, avec une nuclocapside hlicodale (35). Son gnome est compos d'ARN simple brin, polarit ngative (13 16 kb). Il appartient au genre des Lyssavirus (du grec iyssa, signifiant rage). La rage est une zoonose. Le risque majeur de transmission provient des chiens adultes non vaccins. Linfection peut aussi tre transmise par les chauves-souris vampires, les renards, les chats, les ratons laveurs et les chacals. La contamination se fait en gnral par morsure, mais peut aussi rsulter de l'inoculation de salive dans des plaies ouvertes, ou mme d'un passage travers les muqueuses. Le virus monte au cerveau via les nerfs priphriques. La priode d'incubation varie selon la distance entre le point d'inoculation et le cerveau, de 9 jours jusqu' aussi loin que 3 ans. -v
CORONAVIRIDAE
Les Coronavirus sont des virus pliomorphes, envelopps, de symtrie hlicodale, avec des spicules glycoprotiques de surface en forme de massue (36). On distingue deux
35 Microphotographie lectronique en coloration ngative du virus de la rage. C'est un virus hlicodal envelopp, ARN ngatif. Il a la forme d'une balle de revolver. {barre = 50 nm)
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Virus et infections virales groupes de souches antigniquement apparentes de Coronavirus humains. Les Coronavirus sont une cause du rhume banal, et sont responsables de 5 15% des cas d'infection respiratoire haute chez l'adulte et l'enfant. Ils sont galement impliqus dans certaines diarrhes.
ORTHOMYXOVIRIDAE
Les virus influenza, agents de la grippe, sont des virus envelopps ARN avec une nuclocapside hlicodale et un gnome linaire, simple brin, segment, polarit ngative (37). On distingue trois types de virus influenza (A, B et C), selon la nature antignique de la capside protique. Il existe une bordure de spicules glycoprotiques la surface de ces virus qui mtervient dans l'attachement et la pntration dans la cellule hte (hmagglutinine), et la libration des particules virales (neuraminidase). Les anticorps dirigs contre ces spicules
36 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Coronavirus. C'est un virus hlicodal envelopp, ARN ngatif, d'aspect pliomorphe. Remarquer les spicules glycoprotiques caractristiques en forme de massue (flches), {barre = 50 nm)
37 Microphotographie lectronique en coloration ngative du virus de la grippe. C'est un virus hlicodal envelopp, ARN ngatif linaire segment. Il possde deux types de spicules glycoprotiques sa surface, responsables des activits hmagglutinine (HA) et neurominidase (NA). fborre OO nm)
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Alfas de midvbiologie mdicale
confrent une immunit protectrice, et l'on produit des vaccins composs de spicules d'hmagglutinine et de neuraminidase purifies (38). Malheureusement, la structure antignique des hmagglutinines (HA), et dans une moindre mesure des neuraminidases (NA) du virus Influenza A peut varier. Cette variation peut survenir de deux faons : par glissement ou par cassure antignique. Le glissement antignique est un changement lent qui correspond l'accumulation progressive de substitutions nuclotidiques dans le gne de l'hmagglutinine; il en rsulte une variation annuelle d'environ 1% dans la composition de HA en acides amins. Cette variation est la cause des pidmies de grippe qui affectent chaque hiver une partie de la population. La cassure antignique est un changement majeur rsultant de recombinaisons entre diffrents virus de la grippe. Elle entrane l'apparition d'un virus dot d'un nouvel antigne HA, et d'une pandmie mondiale.
38 Microphotographie lectronique en coloration ngative des glycoprotines hmagglutinine (HA) et neuraminidase (NA). Celles-ci ont t prpares partir de virus entiers, par solubilisation de l'enveloppe et sparation de la nudocapside par centrifugation. HA prend un aspect toile, et NA une forme en roue de charette (flche). Elles sont utilises comme fractions vaccinales en prvention de la grippe, (barre = 50 nmj
39 Microphotographie lectronique en coloration ngative du virus de la rougeole (Paramyxovirus). L'enveloppe lipidique a clat, permettant de voir l'aspect caractristique en chevrons (flche) de la nudocapside hlicodale. (barre = 100 nm)
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PARAMYXOVIRIDE
Les Paramyxoviridae sont aussi des virus envelopps avec une nudocapside hlicodale (39). Ils diffrent des Orthomyxovirus par un ARN gnomique non segment. On distingue trois genres principaux qui sont pathognes pour l'homme, savoir les Parainfluenzavirus, Morbillivirus et Pneumovirus. Les Parainfluenzavirus (1, 2, 3, 4a, 4b) sont responsables d'infections respiratoires, y compris de laryngites du nourrisson. Un autre membre du genre, le virus des oreillons, est responsable d'une infection aigu de l'enfance, caractrise par une parotidite, et parfois une orchite, une pancratite et une mningite aseptique. Le virus de la rougeole est le Morbillivirus humain; le virus de la maladie de Carr infecte les chiens et celui de la peste des petits ruminants infecte le btail. La rougeole est un exanthme aigu de l'enfance, dont les effets sont dsastreux dans les pays en voie de dveloppement. Le diagnostic des infections Ortho- et Paramyxovirus peut tre ralis par immunofluorescence directe, culture virale, RT-PCR, ou srologie.
RETROVIRIDAE
II s'agit d'une grande famille de virus envelopps nudocapside cubique (40). Chaque nudocapside contient deux copies du gnome d'ARN linaire, simple brin, polarit positive (3,5 9 kb). Ces virus ont la capacit de faire revenir (en grec rtros signifie en arrire) leur gnome d'ARN un provirus ADN double brin qui devient, alors, partie intgrante du gnome de la cellule hte. Ceci est d aux produits des gnes de la rgion pol (41), notamment une transcriptase inverse, une endonudase et une intgrase. Il y a trois sous-familles principales de Retroviridae. Les Spumavirus provoquent une intense vacuolisation des cellules infectes, ressemblant de la mousse (du grec
40 Microphotographie lectronique en coloration ngative du virus de l'immunodficience humaine (Rtrovirus). Les spicules glycoprotiques (composes de trois molcules de gp120 et de gp41 ) sont visibles la surface. Le virus possde une nudocapside cubique contenant deux copies du gnome ARN simple brin polarit positive, (barre = 100nm)
41
Allas de microbiologie mdicale
41 Transcription inverse du gnome du VIH en ADN proviral, qui est intgr au chromosome de la cellule hte.
42 Diagramme de la structure et des polypeptides du VIH.
42
spuma qui signifie cume) Aucune association une maladie n'a pu tre dmontre Les Lentivirus ont une longue priode d'incubation (du latin lentus, lent) Les principaux agents pathognes pour l'homme sont les virus de 1 immunodficience (VIH) 1 et 2, qui peuvent tous deux entraner le dveloppement d'un syndrome d'immunodficienc acquise (SIDA) Le virus VIH-1 s attache aux cellules exprimant son rcepteur (l'antigne CD4), et pntre l'intrieur de celles ci grce ses spicules glycoprotiques de surface (42) Ces spicules sont constitues de deux glycoprotmes (gp41 et gpl20), codes par la rgion eni/du gnome La capside et les protines de la matrice (ex p24 et pl7, respectivement) sont codes par la rgion gag (.group spcifie antigen) Les Oncovirus sont une sous famille encore mal dfinie et comprennent quatre sousgroupes morphologiques distincts Cette classification repose essentiellement sur l'aspect de coupes cellulaires en microscopie lectronique (43) Les particules de type A, de 60 90 nm de diamtre, sont intracellulaires Les particules de type B s'observent la suite du bourgeonnement d'une capside prforme travers la membrane cytoplasmique Elles mesurent de 125 130 nm de diamtre, et possdent un noyau excentr dense aux lectrons Le virus de la tumeur mammaire de la souris est caractristique de ce groupe Les particules de type C ont une nuclocapside qui s'assemble au niveau de la membrane cytoplasmique au moment du bourgeonnement, mesurent de 80 120 nm de diamtre, et contiennent une partie centrale dense aux lectrons Les Oncovirus de type C comprennent les virus des leucmies munne, fline et simienne Les particules de type D ont un centre en forme de barreau caractristique l'intrieur d'une enveloppe dpourvue de bordure en surface Le virus de la leucmie humaine cellules T (HTLV-1) est un virus de type C, responsable chez l'homme de la paraparsie spastique tropicale et de leucmie cellule T de l'adulte.
VIRUS A ADN
Les infections causes par les virus ADN sont recenses dans le tableau 44.
43 Microphotographie lectronique d'une coupe mince de nuclocapsides intracellulaires d'Oncovirus de type B.
(barre = 200 nm)
43
44
Virus ot inhcHons vi'rofes
PARVOVIRIDAE
Ce sont les plus petits des virus (18 21 nm). Ils sont nus et ont un gnome linaire simple brin de 5 kb, polarit en gnral ngative (45). Le Parvovirus B19 est pathogne pour l'homme. 11 est responsable chez l'enfant d'une maladie fbrile appele mgalrythme pidmique ou cinquime maladie. Chez l'adulte, il peut aussi tre l'origine d'arthrite au long cours. Ce virus infecte particulirement les cellules mdullaires prcurseurs de la ligne rythrocytaire (l'antigne de groupe sanguin P est le rcepteur du virus). Chez les patients souffrant d'anmie hmolytique (ex. sphrocytose hrditaire ou thalassmie), l'infection peut entraner des aplasies au cours desquelles le taux sanguin d'hmoglobine peut chuter rapidement. Les Parvovirus peuvent aussi passer la barrire placentaire pour infecter le ftus, provoquant des accouchements prmaturs, des avortement ou mme des anasarques fto-placentaires dans 5 7% des cas Le diagnostic repose sur la dtection du gnome viral ou la mise en vidence d'IgM anti-Parvovirus.
PAPOVAVIRIDAE
On distingue deux sous-familles chez les Papovaviridae. Les Polyomavirus (JC et BK) causent rarement des maladies chez l'homme. Tous deux sont excrts de faon persistante, dans les urines surtout, aprs l'infection initiale. Le virus JC peut entraner une infection neurologique svre (leucoencphalopathie multifocale progressive), chez des patients immunodprims. Les Papillomavirus humains (HPV) forment un grand groupe de virus ADN, nus, symtrie cubique (46). Ils ont un gnome circulaire double brin d'environ 8 000 paires de bases (8 kpb). Ils sont difficiles cultiver, car ils requirent des cellules cutanes diffrencies pour se rpliquer. Ils sont diviss en plus de 60 gnotypes selon leur squence
45 Microphotographie lectronique en coloration ngative du Parvovirus B19. Virus nu, cubique, avec un gnome ADN simple brin. Il est responsable de la cinquime maladie, (barre = 100 nmj
45
Allas de microbiolog mdicale
nuclotidique. Ils sont responsables de verrues (ex. HPV1) et de condylomes gnitaux (ex. HPV12). Il existe une relation entre certains types de HPV (ex. HPV16, HPV18 et HPV33) et le carcinome du col de l'utrus.
ADENOVIRIDE
Ce sont des virus nus icosadriques (47), possdant un gnome d'ADN double brin linaire de 36 38 kpb. Il existe environ 42 srotypes d'Adnovirus. Les srotypes sont associs diffrentes infections, parfois asymptomatiques, comme avec les Entrovirus. Jusqu' 10 % des pneumonies de l'enfant seraient dues aux Adnovirus de types 1, 2, 3, 5
46 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Papillomavirus. Virus nu, cubique, avec un gnome circulaire d'ADN double brin. Il existe plus de 60 gnotypes de Papillomavirus humains, (barre = OO nmj
47 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un Adnovirus. C'est un virus nu, avec un gnome ADN double brin. La capside est forme de 20 facettes triangulaires, chacune constitue de capsomres globuleux. (barre = 50 nm)
46
Virvs et infections virales et 7; d'autres srotypes peuvent provoquer des syndromes de type coquelucheux. Les srotypes 40 et 41 sont responsables de diarrhes aigus. La pharyngoconjonctivite fbrile est due aux srotypes 3 et 7a, et la kratoconjonctivite pidmique aux srotypes. 3, 4, 7 et 8. Le diagnostic peut tre port par culture, dtection d'antigne viral (srotypes 40 et 41) ou srologie.
HEPADNAVIRIDAE
Le virus de l'hpatite B (HBV) est un petit virus envelopp (42 nm) nuclocapside icosadrique (48). Son gnome d'ADN (3,2 kpb) est double brin, l'un des brins formant une boucle complte et le brin complmentaire une boucle partielle. Le virus HBV est l'un des agents d'hpatite acquise par voie parentrale. La priode d'incubation est longue (2 6 mois). Chez un certain nombre de patients (en particulier lorsque l'infection est acquise la naissance), l'infection n'est pas limine par le systme immunitaire, et persiste dans les hpatocytes. Cette persistance peut entraner une hpatite chronique, voire un carcinome hpatocellulaire. Les patients infects de faon aigu ou persistante peuvent prsenter des virions circulants complets (particules de Dane), ainsi que des tubules et des vsicules contenant l'antigne de surface HBs (49). La dtection de l'antigne HBs dans le sang d'un patient ne prsentant pas d'hpatite aigu signe une infection persistante. La prsence de l'antigne HBe signale des patients risque lev de transmettre l'infection, mme avec un petit volume de sang, par exemple lors d'une blessure par piqre d'aiguille. Si un donneur est HBe-ngatif, il est probable que seul un grand volume de sang pourra transmettre l'infection (par exemple une transfusion sanguine).
48 Microphotographie lectronique en coloration ngative du plasma d'un patient atteint d'infection aigu par le virus de l'hpatite B. Les particules virales entires (particules de Dane, d) ont une enveloppe lipidique et une nuclocapside cubique contenant le gnome en boucle d'ADN double brin. Les tubules (t) et les vsicules (v) sont constitues seulement de lipides de l'enveloppe virale, (barres 100nml
47
HERPESVIRIDAE
Les Herpsvirus forment une grande famille de virus envelopps nuclocapside icosadrique (50). Ils possdent un gnome linaire double brin (120 200 kpb). On connat l'heure actuelle huit Herpsvirus humains (HHV-1 HHV-8), qui, aprs une transmission initiale, entranent une infection latente ou persistante. Le virus herps simplex de type 1 (HHV-1) reste latent dans le ganglion du nerf trijumeau et peut tre ractiv, produisant une pousse de bouton de fivre. Le virus herps simplex de type 2 (HHV-2) est l'agent de l'herps gnital. Le virus varicella-zoster (VZV, HHV-3) est l'agent de la varicelle et sa
49 Diagramme des diffrents antignes du virus de l'hpatite B.
50 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un virus herps simplex. Virus envelopp, capside cubique, et gnome d'ADN linaire double brin. Il existe huit types diffrents d'Herpsvirus humains. (barre = 100nm)
48
Virus et infections virales ractivation produit le zona. Le virus Epstein-Barr (EBV), aussi appel HHV-4, est l'agent de la mononuclose infectieuse, au cours de laquelle l'examen de frottis du sang priphrique rvle la prsence de grandes cellules irrgulires mononucles (51). Ce sont des lymphocytes T activs pour liminer les lymphocytes B infects par l'EBV. Linfection Cytomgalovirus (HHV-5) est habituellement asymptomatique, mais le virus peut traverser le placenta pour infecter le ftus. Dans ce cas, il est une cause frquente d'arriration mentale. HHV-6, et dans une certaine mesure HHV-7, sont la cause de l'exanthme subit du jeune enfant. HHV-8, rcemment dcrit, est probablement l'agent du sarcome de Kaposi chez les sujets infects ou non par le VIH.
POXVIRIDAE
Ce sont les plus grands (350 x 400 nm) et les plus complexes des virus. Il peuvent prsenter une enveloppe lipidique (52), mais qui n'est pas absolument ncessaire, l'infecti-
51 Frottis de sang priphrique d'un patient souffrant de mononuclose infectieuse, due au virus Epstein-Barr (HHV-4). Les grandes cellules irrgulires mononucles sont des lymphocytes T activs.
52 Microphotographie lectronique en coloration ngative du virus de la variole. Bien que l'enveloppe lipidique soit visible, elle n'est pas ncessaire l'infectivit. (barre = 300 nm)
49
Allas de microbiologie mdicale vite. La symtrie de leur capside est complexe, et leur gnome linaire est constitu de deux brins d'ADN (130 280 kpb). Les Orthopoxvirus comprennent les virus de la variole (aujourd'hui radique), du cowpox et du monkeypox. Parmi les Parapoxvirus, un seul, orf, est responsable d'infection humaine (53). Le molluscum contagiosum est d un Poxvirus encore inclass, qui n'a pu tre cultiv artificiellement. En microscopie lectronique, il ressemble une pelotte de fil (54).
53 Microphotographie lectronique en coloration ngative de orf, un Parapoxvirus. Virus complexe, dont le gnome d'ADN double brin est linaire. La structure rgulire de sa surface est caractristique des Parapoxvirus. (barre = 300 nmj
54 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un virus du molluscum contagiosum. Ce virus ne peut tre maintenu en culture artificielle. Il est dcrit comme ressemblant une pelotte de fil. (barre = 300 nm)
50
Virus ef infections virales
VIROLOGIE DIAGNOSTIQUE
Bien que la prsence d'une infection virale puisse parfois tre dduite de marqueurs non spcifiques, tels qu'une lymphocytose leve (dans le sang ou le LCR par exemple), le diagnostic prcis repose sur le dpistage du virus, d'antignes viraux, du gnome viral, ou encore sur la mise en vidence d'une rponse srologique au virus (55).
55 Mthodes de diagnostic virologique.
5?
DETECTION DES VIRUS

Microscopie lectronique en coloration ngative Cette technique fournit un diagnostic rapide et spcifique de la plupart des diarrhes virales, mais a aussi t utilise pour dpister des infections respiratoires virales (56). Pour que les virus soient visibles, l'chantillon doit contenir au moins W particules par ml. La sensibilit et la spcificit peuvent tre amliores par addition d'un antisrum spcifique (immunomicroscopie lectronique).
Culture
Les virus peuvent tre cultivs chez l'animal (ex. souriceau nouveau-n pour les virus Coxsackie B), sur uf embryonn (ex. virus grippal, Poxvirus), ou sur cultures cellulaires. Les animaux sont aujourd'hui peu utiliss. Les ufs de poule embryonns peuvent servir l'isolement de nombreux virus, en utilisant des sites d'inoculation spcifiques pour chacun (57). titre d'exemple, les virus grippaux sont cultivs dans la cavit amniotique, les Parainfluenzavirus dans l'allantode, le virus de l'encphalite de St Louis sur la membrane vitelline, et les Poxvirus sur la membrane chorio-allantode (58). Cependant, on dispose de lignes cellulaires permettant la culture de la plupart des virus, et les ufs embryonns sont de moins en moins employs. En fait, leur principale utilisation est la culture grande chelle des virus de la grippe et de la rougeole, pour la production de vaccins. La possibilit de cultiver des cellules humaines ou d'autres mammifres a permis de grands progrs en virologie animale, en fournissant un substrat pratique pour la culture virale. Les cellules mammaliennes peuvent tre facilement cultives dans des flasques de plastique contenant un milieu appropri (59), et croissent en suspension ou en adhrant au plastique du rcipient. Les cellules peuvent provenir directement de tissus vivants normaux et sont alors appeles cultures cellulaires primaires. Leur dure de vie est en gnral limite. Des cellules transformes, obtenues partir de tumeurs malignes ou
56 Microphotographie lectronique directe en coloration ngative de scrtions bronchiques d'un enfant souffrant de bronchiolite obstructive. Un Adnovirus a t cultiv partir de ce prlvement, (barre = 200 nml
52
57 Schma d'un uf de poule embryonn g d'environ 10 jours.
58 Membrane thorio-allantode avec des lsions caractristiques de Poxvirus.
59 Flasques plastiques usage unique contenant une monocouche de cellules dans un milieu de croissance.
53
Arias de microbiologie mdicale mme de cellules transformes in vitro, fournissent des lignes immortelles croissance rapide. Certaines cellules ont un aspect fibroblastique (ex. MRC-5) (60), d'autres ressemblent des cellules pithliales (ex. Vero) (61), d'autres encore ne poussent qu'en suspension et drivent de prcurseurs lymphoblastiques (ex. Raji) ou monocytaires (ex. LJ937). Il n'existe pas de ligne universelle permettant la pousse de tous les virus; aussi les laboratoires de virologie maintiennent-ils un ventail de lignes cellulaires. Aprs inoculation et croissance, les virus peuvent tre dtects grce leur effet cytopathique (ecp). Le dlai d'apparition de celui-ci varie selon le virus. Celui des virus herps simplex (62) apparat en 24 heures, alors que celui du Cytomgalovirus peut prendre jusqu' 5 jours (63). Pour quelques virus, l'effet cytopathique peut fournir un diagnostic spcifique (ex. 62, 63). Pour d'autres (les Entrovirus par exemple), il est moins net (64). Dans certains cas, il n'y a que peu ou pas d'effet cytopathique et le virus doit tre caractris par d'autres activits biologiques telles qu'hmadsorption, interfrence, ou production d'anti-
60 Monocouche de fibroblastes pulmonaires d'embryon humain (MRC-5). Les cellules sont fusiformes.
61 Monocouche de cellules de rein de singe vert africain (Vero).
54
Vru5 et infections virhs
62 Effet cytopathique typique d'un virus herps simplex sur cellules de rein de singe vert africain (Vero). Les placards (flches) sont formes de cellules ayant fusionn.
63 Effet cytopathique typique du Cytomgalovirus sur les cellules MRC-5. Les grandes cellules rfringentes sont infectes par le virus.
64 Effet cytopathique induit par le Poliovirus sur cellules Vero. Les cellules sont tues, mais un aspect similaire peut tre induit par d'autres virus ou certaines toxines.
55
Arias de microbiologie mdicale gne. L'hmadsorption (65) survient, par exemple, quand les spicules d'hmagglutinine du virus grippal sont exprimes la surface des cellules infectes. Lorsque l'on ajoute des hmaties, elles adhrent spcifiquement aux cellules infectes. Un grand nombre de tests immunologiques sont utiliss pour dtecter la croissance virale, que ce soit en diagnostic rapide, avant l'apparition de l'ecp (66), ou pour des virus qui n'en produisent pas. Dans la plupart des cas, la croissance virale et l'identification peuvent tre confirmes par microscopie lectronique en coloration ngative du liquide de culture. Inclusions II est galement possible de dtecter les virus dans les tissus, ou mme dans les cellules du sang priphrique, soit par la prsence d'inclusions, soit par dtection d'antignes viraux. Les inclusions sont des agrgats de particules virales (67), intranuclaires ou intracytoplasmiques, selon le site de rplication et d'assemblage du virus. Le virus de la rage forme des inclusions intracytoplasmiques dans les cellules crbrales appeles corps de Ngn (68). Les Herpsvirus tels que le virus varicella-zoster (69) ou le Cytomgalovirus (70) forment des inclusions intranuclaires (ainsi, l'infection prinatale Cytomgalovirus
65 Hmadsorption d'hmaties de poulet sur des cellules infectes par le virus de la grippe.
66 Mise en vidence de
l'antigne prcoce du CMV par immunofluorescence directe. Les cellules MRC-5 infectes par le Cytomgalovirus sont colores par un anticorps marqu la fluorescine dirig contre l'antigne prcoce feor/y antigenj du CMV. Cet antigne apparat dans les 24 48 heures suivant la mise en culture du virus.
56
Virus et infections virales est galement appele maladie des inclusions cytomgaliques). Les cellules infectes sont de grande taille et prsentent des inclusions intranuclaires caractristiques en il de chouette (70). On peut mettre les inclusions en vidence par de simples colorations histologiques, mais la sensibilit et la spcificit de cette mthode sont faibles. Elles peuvent tre amliores par l'utilisation d'antisrums spcifiques pour colorer les inclusions, l'aide, par exemple, d'un marquage des anticorps la peroxydase ou la phosphatase alcaline (71).
DTECTION DES ANTIGNES VIRAUX

Des antisrums (mono- ou polyclonaux) peuvent tre utiliss pour dpister les antignes viraux dans les liquides biologiques, partir de cellules exfolies ou encore dans les leucocytes circulants. De telles mthodes sont souvent trs sensibles, car elles dtectent les antignes des fractions virales qui ne sont plus cultivables m visibles en microscopie lectronique. Elles ont cependant l'inconvnient d'tre spcifiques d'un seul agent pathogne,
67 Microphotographie lectronique d'une coupe mince montrant des inclusions du virus du cowpox. Les inclusions sont intracytoplasmiques et peuvent aussi tre vues au microscope optique aprs coloration de Giemsa.
68 Inclusions cytoplasmiques ross caractristiques de l'infection par le virus de la rage. On les trouve dans les cellules crbrales Elles sont appeles corps de Ngri.
57

0 Inclusions nuclaire* de Cytomgalovirus, galement visibles en microscopie optique aprs coloration de Giemsa (voir 70). Ibarre = 400 nm)
' u Aspect typique en il de chouette des cellules infectes contenant des inclusions nuclaires de Cytomgalovirus.
7^ Cancer intrapithlial du col utrin, de stade 1. Coloration par la phosphatase alcaline couple c un anticorps monoclonal anti-Papillomavirus humain (HPV). Les cellules exprimant des antignes HPV sont colores en bleu
58
,
f
c'est--dire qu'il faut un examen spar pour chaque pathogne test, au contraire de la microscopie lectronique ou des cultures cellulaires, qui sont des techniques attrapetout . Les tests immunologiques varient selon la mthode 'de dtection du complexe anti gne-anticorps utilise ELISA (enzyme linked immunosorbent cissay)
ls
On utilise des techniques ELISA par capture d'antigne (72). Ce type de dosage existe pour de nombreux virus entropathognes (Rotavirus, Astrovirus, Adnovirus 40/41, agent
72 Capture d'antigne ELISA. Les puits sont recouverts d'anticorps dirigs contre le virus L'chantillon contenant le virus (1) est mis en contact, et aprs plusieurs lavages, on ajoute un second anticorps antiviral, coupl un enzyme (2) Aprs un autre cycle de lavage, le substrat de l'enzyme (3) est a|out Une coloration se dveloppe si l'antigne viral est prsent dans l'chantillon (4)
59
de Norwalk), pour le virus de l'hpatite B (antignes HBs, HBe, HBc) et le VIH (antigne p24) Dans chaque cas se produit une reaction colore dont l'intensit est proportionnelle la quantit d'antigne prsent (73). Agglutination de particules de latex On utilise de petites particules de latex recouvertes d'un antisrum spcifique d'un virus (74). Si ce dernier est prsent dans l'chantillon, il se fixe aux particules recouvertes d'anticorps, dissociant la solution lactescente en agrgats visibles l'il nu (75). Des tests latex sont disponibles pour le diagnostic des infections Rotavirus ou virus respiratoire syncytial. Ces techniques sont en gnral moins spcifiques et moins sensibles que les dosages ELISA.
73 Plaque ELISA avec puits positifs (jaune/marron) et ngatifs. Dans ce cas, l'enzyme utilis est la phosphatase alcaline et les anticorps dtects sont ceux dirigs contre le virus de l'hpatite C.
74 Agrgation par un antigne de particules de latex recouvertes d'antisrum spcifique.
60
Virus et inhcthns virales
Immunofluorescence L'immunofluorescence, directe ou indirecte, est applique la dtection d'antignes viraux en solution ou dans des cellules. Elle fournit un diagnostic rapide et sensible des infections respiratoires (ex. virus respiratoire syncytial, Parainfluenzavirus, virus de la grippe et de la rougeole). Ces virus infectent les cellules de tout l'arbre respiratoire. Ainsi, des cellules dsquames obtenues par aspiration nasopharynge sont-elles fixes sur des lames de microscope et colores avec des antisrums marqus la fluorescine, spcifiques de chaque virus, raison d'un anti-srum par lame (76). La mthode s'applique galement la dtection rapide de la virmie Cytomgalovirus L'antigne p66 du CMV peut tre mis en vidence dans les polynuclaires neutrophiles du sang priphrique (77).
75 Raction d'agglutination de particules de latex Rotavirus. L'aspect en lait caill de la suspension indique la prsence d'antigne Rotavirus (flche).
76 Immunofluorescenc* directe de cellules nasopharynges d'un enfant atteint de bronchiolite due au virus respiratoire syncytial.
61
DTECTION DU GNOME VIRAL

lectrophorse en gel de polyacryldmide de l'ARN (RNA-PAGE) Cette technique n'est approprie qu'au dpistage direct des Rotavirus (29) ou des Picobirnavirus, et n'est possible qu'en raison d'une excrtion massive dans les selles et de la structure double brin de l'ARN gnomique. Hybridation gnomique Cette mthode repose sur la capacit de l'ARN ou de l'ADN viral se lier spcifiquement (hybridation) des brins complmentaires d'ADN (sonde nuclotidique), gnrs artificiellement, ou partir du gnome viral clone (78). La liaison est dtecte grce au mar-
77 Immunofluorescence directe de polynuclaires neutrophiles du sang priphrique chez un patient atteint d'infection aigu par le Cytomgalovirus. Des anticorps anti-protine p66 conjugus la fluorescine sont utiliss pour dtecter les polynuclaires contenant le CMV.
78 Coupe de rein chez un transplant rnal infect par le Cytomgalovirus. La coupe a t colore par une sonde d'ADN de CMV couple la phosphatase alcaline. Les noyaux infects apparaissent en rouge.
62

quage radioactif ou enzymatique de la sonde. Le marquage radioactif est rvl sur un film sensible aux rayons X, en gnral en buvardage dot fa/or). Ce mode de dtection est trs sensible, mais ncessite des temps d'exposition parfois assez longs, et de disposer de radioactivit. L'incorporation d'enzymes tels que peroxydase ou phosphatase alcaline (habituellement, via des nuclotides biotinyls) autorise une dtection de type ELISA. On peut galement hybrider in situ des coupes histologiques pour dpister l'infection (78, 79). Amplification enzymatique du gnome Les rcents dveloppements de la biologie molculaire permettent l'amplification de fragments de gnome viral partir des chantillons des patients. Plusieurs mthodes ont t proposes, comme la Hgase chain reaction ou le systme Q-p. Cependant, la premire d'entre elles et la plus souvent employe est la raction de polymrisation en chane (PCR). Elle consiste tout d'abord en la sparation par la chaleur des deux brins d'ADN contenant la rgion amplifier. L'chantillon est alors mlang avec des amorces (d'environ 20 nuclotides) complmentaires des squences nuclotidiques flanquant la rgion amplifier. Ces amorces sont choisies de faon tre situes aux extrmits d'une squence de 50 1000 bases (80). Lorsque l'ADN se refroidit, les amorces, en excs, se fixent leur squence complmentaire sur l'ADN cible, puis des nuclotides sont incorpors squentiellement par une ADN polymrase thermostable, la Taq polymrase; deux copies de l'ADN cible sont alors produites. Le mlange est chauff nouveau pour sparer l'ADN double brin, puis refroidi pour permettre la fixation des amorces et l'incorporation des nuclotides. La Taq polymrase (de Thermus aquaticus) est utilise car elle n'est pas dnature par les chauffages et
79
Coupe sophagienne
chez un patient siden atteint d'cesophagite herptique (HSV). Cette coupe a t colore par une sonde d'ADN de HSV couple la peroxydase. Les cellules infectes apparaissent en marron.
63
Alhs de microbiologie mdicale
refroidissements successifs. Aprs 30 80 cycles effectus automatiquement par un thermo-reitrateur (81), l'ADN amplifi peut tre dtect par lectrophorse en gel d'agarose (82). 11 est cependant essentiel de vrifier que le fragment amplifi correspond bien
80 Raction d'amplification enzymatique en chane (PCR). 81 Thermo-reitrateur utilis pour la PCR.
64
Virus et infections virales la squence cible, soit par digestion par une endonuclase de restriction (83), soit par hybridation avec une sonde ADN. La mthode peut tre modifie pour dtecter des virus ARN, en ajoutant une tape de transcription inverse avant le dbut de la PCR. En tho-
82 quipement ncessaire l'lectrophorse en gel d'agorose des produits de PCR, incluant un gnrateur (p), et une cuve lectrophorse (t).
83 Gel d'agarose d'un produit de RT-PCR du gne de la protine NP du virus respiratoire syncytial, digr par une endonuclase de restriction. La piste 1 contient une chelle de marqueurs de poids molculaire. Les pistes 2 et 4, les pistes 5 et 6, et la piste 3 montrent respectivement trois gnotypes NP distincts.
65
Allas de microbiologie mdicale rie, une seule copie du gnome viral peut tre dtecte par chantillon. En pratique, les quantits ncessaires sont plus importantes. L'chantillon peut aussi contenir des inhibiteurs de la raction qui entranent des rsultats faussement ngatifs. La mthode est extrmement sensible et des faux positifs surviennent lors de contamination de l'chantillon par une cible exogne. C'est pourquoi il est conseill de disposer de locaux distincts pour la prparation des chantillons, l'amplification, et la dtection des produits amplifis. La sensibilit et la spcificit de la PCR peuvent tre amliores en ralisant une seconde amplification avec des amorces internes au premier fragment ( nested PCR ) (84).
DTECTION DE LA RPONSE SROLOGIQUE

la suite de l'exposition initiale un antigne (tel qu'un agent pathogne viral ou bactrien), une premire rponse anticorps apparat (85). Elle atteint son niveau maximal en 2 semaines environ, et les anticorps produits sont surtout des IgM. Lors d'une exposition ultrieure, une rponse secondaire se dclenche, beaucoup plus rapide (de l'ordre de 24 48 h), produisant de forts taux d'anticorps haute affinit, principalement IgG (85). Ceci est, bien sr, le rsultat de l'immunisation. Cependant, il rsulte de ce qui vient d'tre dcrit que la srologie d'une infection virale ne fournit souvent pas de rponse prcise avant que le patient ne soit guri. Des srums prlevs en phase aigu (exposition ini84 La nested PCR accrot la sensibilit et la spcificit de la PCR.
85 Rponses immunitaires
primaires et secondaires. Lors de l'exposition initiale un antigne (vaccin ou pathogne), la production d'anticorps est maximale en 2 3 semaines, et les anticorps produits sont surtout des IgM, de faible affinit. A la seconde exposition, la rponse est plus intense et rapide (2 3 jours). Les anticorps produits sont haute affinit, principalement des IgG et IgA.
66
Virus et infections virales tiale), et pendant la convalescence (10 14 jours plus tard) sont ncessaires, avec une lvation d'un facteur au moins gal 4 du titre, pour affirmer l'infection. Dtection des IgM Les IgM sont la premire classe d'anticorps produite, et leur dtection peut fournir une preuve prcoce de l'infection. Elles sont utiles, par exemple, au diagnostic prcoce de l'infection EBV. Cependant, elles sont habituellement indtectables avant le cinq ou sixime jour de la maladie. La dtection des IgM du virus de l'hpatite A fournit un diagnostic prcoce (86), car les anticorps apparaissent au moment de l'ictre.
Dtection de l'augmentation du titre d'anticorps
Une grande varit de techniques de dtection des anticorps viraux est disponible. La fixation du complment (87) est une mthode prouve. Cependant, elle souffre d'une sensibilit moyenne, est techniquement dlicate, et dtecte de faon indiffrencie les
86 Dtection de la rponse IgM au

virus de l'hpatite A. La bille, recouverte d'anticorps anti-lgM, est mise en contact avec le srum du patient, pigeant les IgM. Elle est ensuite place dans une solution contenant des antignes HAV coupls un enzyme. Si le patient possde des IgM, la bille va fixer le complexe antigneenzyme, et une coloration se dveloppera lors de la mise en contact avec une solution du substrat de l'enzyme.
67
87 Raction de fixation du compliment.
68
IgM et les IgG. Elle est de moins en moins utilise comme outil diagnostic, mais garde encore une valeur certaine (88). Les anticorps dirigs contre le virus des oreillons, le virus de la grippe ou les Parainfluenzavirus, peuvent se fixer sur les spicules d'hmagglutinine de leurs virus respectifs, et empcher ainsi la liaison de ces derniers aux rcepteurs rythrocytaires (les acides sialiques). On peut donc estimer le taux d'anticorps par inhibition d'hmagglutination (89). Pour doser des anticorps neutralisants, on mesure leur capacit inhiber la rplication virale. Tous les anticorps de la rponse immunitaire l'infection ne sont pas neutralisants, et cette mthode est surtout utilise pour le typage de certains virus (diffrenciation des Echovirus, par exemple). L'ELISA est probablement la plus sensible et la plus polyvalente des techniques. Deux configurations sont disponibles (90). Dans la premire, des antignes viraux recouvrant le fond des puits sont mis en contact avec des dilutions des srums. La dtection des complexes antigne-anticorps du patient se fait par adjonction d'un anticorps anti-humain coupl un enzyme appropri En utilisant des conjugus enzymatiques anti-IgG, IgA, IgM, ou mme anti-IgE humaines, on dtecte sparment les diffrentes classes d'anticorps antiviraux. Dans la seconde configuration, les puits sont recouverts d'anticorps anti-IgG, anti-lgA, ou anti-lgM humaines, qui capturent tous les anticorps de ces classes prsents dans l'chantillon. On ajoute alors l'antigne viral spcifique, puis un anticorps conjugu un enzyme, spcifique de l'antigne. Cette mthode est des plus utiles quand les taux d'anticorps sont relativement faibles, par exemple pour dtecter des IgA, IgM, ou IgG spcifiques dans la salive.
88 Plateau de l'OMS montrant une raction de fixation du complment. Une hmolyse signifie l'absence d'anticorps antiviral; l'absence d'hmolyse signifie que l'anticorps antiviral est prsent. Le srum prlev chez le patient avant transplantation montre des anticorps anti-CMV la dilution au 1/10. Un chantillon prlev huit semaines aprs la transplantation, lors d'un rejet, montre que le titre est mont au 1 /640.
69

89 Raction d'inhibition d'hmagglutination (IHA). Un sdiment cellulaire au fond des puits indique que les hmaties n'ont pas t agglutines par le virus de la grippe, cor des anticorps taient prsents. Chez le patient A, le titre d'IHA tait de 1:4 au dbut de la maladie, mais a atteint 1:128 trois semaines plus tard.
90 Dtection d'anticorps antiviraux par mthode ELISA. La technique d'immunocapture fournit des ractions plus sensibles pour dtecter les IgG, les IgA ou les IgM dans la salive.
70
Les infections bactriennes sont responsables de maladies allant de l'angine bnigne aux pidmies de cholra et de peste. Les bactries sont des micro-organismes remarquablement adaptables, l'origine de maladies graves ou de simple colonisation de la peau. Elles sont capables de survivre et se multiplier dans l'environnement et certaines forment des spores qui survivent pendant des dcennies. Un grand nombre parasite les animaux, et n'infecte l'homme que par hasard. D'autres ne peuvent survivre qu'au contact intime de leur hte humain. Alors que la plupart des bactries se rpliquent en quelques heures ou jours, d'autres ont une croissance beaucoup plus lente, entranant des infections chroniques difficiles traiter. En plus d'une grande diversit d'habitat, les bactries ont unimportant potentiel d'adaptation gntique. Elles contiennent souvent de l'ADN plasmidique, capable de transfrer du matriel gntique au sein de l'espce ou vers des espces diffrentes. Cette adaptabilit gntique peut accrotre la fois leur pouvoir pathogne et leur rsistance aux antibiotiques.
STRUCTURE DES BACTRIES

Les bactries sont des cellules procaryotes, leur ADN n'tant pas localis dans un noyau (91). Beaucoup contiennent des structures circulaires d'ADN extra-chromosomique appeles plasmides. Il n'y a pas d'autre organite dans le cytoplasme que les ribosomes, qui sont de plus petite taille que ceux des cellules eucaryotes. l'exception des mycoplasmes, les bactries sont entoures par une paroi complexe, diffrente selon que la bactrie est Gram positif ou ngatif. De nombreuses bactries possdent des flagelles, des pili, ou une capsule l'extrieur de la paroi. Aussi bien les bactries Gram positif que les bactries Gram ngatif ont une membrane cytoplasmique forme d'une bicouche lipidique associe des protines. Dans les deux cas, le composant principal de structure de la paroi est le peptidoglycane, un rseau tridimensionnel de chanes polysaccharidiques (composes de N-actylgiucosamine et 'd'acide N-actylmuramique) et d'acides amins.
71
91
Structure et morphologie bactriennes.
72
Bactries et infections bactrienne* ' , i Chez les bactries Gram positif, la paroi est constitue presque exclusivement de la couche de peptidoglycane, laquelle sont associs des polymres d'acide teichoque (92). Les bactries Gram ngatif ont une paroi plus complexe. La couche de peptidoglycane est plus fine que celle des Gram positif, et elle est entoure par une membrane
92 Structure de la paroi des bactries Gram positif.
73
Atlas de microbiologie mdicale externe compose de lipopolysacchandes et de lipoprotines (93). La partie lipopolysaccharidique de la paroi des Gram ngatif comprend les molcules d'endotoxine (lipide A) qui contribuent au pouvoir pathogne bactrien.
93 Structure de la paroi des bactries Gram ngatif.
74
Bactries et infections bactriennes
CLASSIFICATION BACTRIENNE ET CULTURE

La forme des bactries et leur affinit pour les colorants constituent la base de leur classification. Les bactries peuvent tre sphriques (coques ou cocci), en forme de btonnet (bacilles), ou intermdiaires (coccobacilles). La plupart prennent la coloration de Gram, les bactries Gram positif en bleu-violet, les bactries Gram ngatif en ros. Les mycobactries (ex. Mycobacterium tuberculosis) sont colores en ros par la technique de ZiehI-Neelsen. Les figures 94 97 dtaillent la classification des bactries d'importance mdicale, la plupart d'entre elles tant dcrites dans les chapitres suivants.
94 Classification des bactries.
75
95 Bactries arobies Grain positif.
76
96 Badines arobies Gram ngatif.
77
97 Bactries anarobies.
78
Bactries et infections badriwinw
La plupart des bactries peuvent tre cultives sur des milieux de culture artificiels fournissant les nutriments ncessaires la croissance. Certaines bactries sont des para^ sites intracellulaires obligatoires (telles les Rickettsia, Chiamydia, ou Coxiell), et sont cultivables seulement in vivo ou sur des cultures cellulaires. Les bactries cultivables peuvent pousser sur des milieux nutritifs non slectifs comme la glose au sang, ou sur des milieux slectifs, dans lesquels la prsence d'adjuvant (ex la bile dans le milieu de MacConkey) ou d'antibiotique (ex. vancomycine ou colistine) permet de limiter la pousse certaines espces seulement. II existe des bactries strictement anarobies qui ne se dveloppent qu'en atmosphre dpourvue d'oxygne Dans un laboratoire de diagnostic, on utilise des milieux et des conditions de culture diffrents pour isoler telle ou telle bactrie partir d'chantillons cliniques (98). Si les caractres microscopiques et culturaux de quelques bactries permettent parfois une identification prsomptive (ex. Vibrio cholerae, Neisseria meninsitidis) des examens complmentaires sont en gnral ncessaires pour la confirmer. Beaucoup de ces tests sont biochimiques, et des bactries d'apparence similaire la coloration de Gram et en culture peuvent tre diffrencies par la fermentation d'hydrates de carbone ou par d'autres ractions chimiques (99). Chez plusieurs espces (ex. Salmonella enterica N. meninsitidis), des sous-types sont dfinis par des diffrences antigniques, mises en vidence par agglutination avec des antisrums spcifiques (100).
79
98 Milieux de culture bactrienne.
80
81
99 Ractions biochimiques d'identification des bactries.
82
83
100 Exemples de typoge bactrien selon des caractres antigniques.
84
Bactries et infections badriennw BACTRIES AROBIES GRAM POSITIF COCC1 AROBIES GRAM POSITIF Les caractristiques des cocci Gram positif sont rsumes dans les tableaux 101 103 et 113 115.
101
Cocci Gram positif. Infections.
85
102
Cocci Gram positif. Sources et modes de transmission.
103
Cocci Gram positif. Caractres d'identification
86
Bactries et infections bactriennes Staphylocoques Les staphylocoques sont une composante essentielle de la flore humaine normale, mais comprennent aussi des espces qui sont d'importants pathognes. Aprs coloration, ils apparaissent sous la forme de cocci Gram positif en amas (104, 105, 106). Les figures 107 et 108 montrent l'aspect de cultures de 5. epidermidis et 5. aureus sur glose au sang. La prsence d'une coagulase est utilise pour distinguer 5. aureus (coagulase positive) des autres staphylocoques (109). On peut aussi rechercher la prsence d'une ADNase, 5. aureus produisant cet enzyme (110). Des milieux slectifs, comme la glose hypersale au mannitol, sont utiliss pour la culture de 5. aureus, lors d'tudes pidmiologiques visant dtecter des sujets porteurs (111). La figure 112 montre un& culture de microcoque sur glose au sang. 11 s'agit de cocci Gram positif rarement impliqus en clinique.
87
^4 Staphylococcus aureus. Coloration de Gram montrant les cocci Gram positif en amas typiques. S. oureus est un pathogne important, responsable d'infections cutanes, ostomylites, septicmies et pneumopathies. S. aureus est coagulase positive. {Gram, xlOOOf
Staphylococcu5 aureus. Coloration de Gram d'hmoculture d'un patient septicmique. Une septicmie S. oureus peut rsulter de l'infection d'une blessure mineure. {Gram, x1000)
105
106 Staphylococcus aureus. Coloration de Gram de pus de blessure infecte S. aureus. Remarquer les cocci Gram positif et les polynuclaires altrs colors en ros. (Gram, x1000f
88

107 Staphylococcus epidermidis. Culture sur glose au sang, montrant des colonies blanches. S. epidermidis est l'un des staphylocoques coagulase ngative. Ils font partie de la flore normale de la peau, mais peuvent tre l'origine d'infections chez le nouveau-n, l'immunodprim, et chez les patients porteurs de dispositif invasif. (Glose au sang, 18 h
37 "Cl
108
Staphylococcus
aureus. Culture sur glose au sang. Les colonies de S. aureus sont jaunes ou dores, contrastant avec les colonies blanches de S. epidermidis et des autres staphylocoques coagulase ngative. (Glose au sang, 18 h 37 "Cf
109 Activit coagulase en tube. S. aureus produit une coagulase capable de faire coaguler le plasma. Quelques gouttes de culture en bouillon des souches tudier sont ajoutes du plasma dilu au 1/10 dans du srum physiologique. Les tubes sont incubs pendant 2 h 37 C. (A) : S. aureus, coagulase positive; (B) : S. epidermidis, coagulase ngative; (C) : tmoin ngatif (plasma dilu,Nd7).(2h37C)
89

1 10 Production d'ADNase. Les staphylocoques coagulase positive ou ngative peuvent tre diffrencis en recherchant la production d'ADNase Aprs incubation d'une nuit sur un milieu contenant de l'ADN, on inonde la bote avec de l'acide chlorhydrique dilu, qui prcipite l'ADN non hydrolyse. Les colonies productrices d'ADNase sont entoures d'une zone transparente, l o l'ADN a t hydrolyse. 5. aureus est ADNase positive (Glose l'ADN, 18 h 37 -Ci
111 Staphylococcus aureus.

Culture sur glose hypersale au mannitol, montrant des colonies jaunes. Ce milieu slectif permet la dtection de sujets porteurs de S. aureus lors d'enqutes pidmiologiques. (Glose hypersale au mannitol, 18 h 37 Cj
112 Microcoque. Culture sur glose au sang, montrant des colonies jaune ple Les microcoques sont des contaminants occasionnels des chantillons cliniques. (Glose au sang, 18 h 37 "Q
90
113
Cocci Gram positif. Infections (suite du tableau 101).
91
114 Cocci Gram positif. Sources et modes de transmission des bactries.
115 Cocci Gram positif. Caractres d'identification.
92
Bactries et Infections bactriennes
Streptocoques
Les streptocoques sont des cocci Gram positif diffrenciables des staphylocoques par l'absence de catalase (116). 5. pyogenes est un pathogne responsable de toute une gamme d'infections superficielles et profondes. Il forme des chanettes de cocci dans les prparations colores au Gram (117). La figure 118 montre une coloration de Gram de 5. aga/acffae (streptocoque du groupe B) dans l'hmoculture d'un nouveau-n septicmique. Les streptocoques peuvent tre classs selon l'hmolyse qu'ils produisent sur glose au sang. 5. pyogenes produit une hmolyse claire de type P (119) Les streptocoques p-hmolytiques sont diviss selon la classification de Lancefield, qui repose sur le typage d'un antigne polysaccharidique de paroi (120). 5. pyogenes appartient au groupe A et 5. agalactiae au groupe B de Lancefield. L'hmolyse de type a est partielle et produit une zone verdtre autour des colonies. S. pneumoniae (121) et 5. viridans (122) sont a-hmolytiques; sur les gloses se trouve un disque d'optochine qui diffrencie S. pneumoniae (sensible l'optochine) des autres streptocoques a-hmolytiques. 5. pneumoniae peut aussi tre identifi par solubilisation dans les sels biliaires (123). 5. pneumoniae possde un aspect caractristique en diplocoque la coloration de Gram (124 et 125) La plupart-ds-streptocoques intestinaux sont aujourd'hui classs dans le genre Enterococcus Ils'poussent sur le milieu de MacConkey qui contient de la bile (126). Les entrocoques se diffrencient des streptocoques par leur capacit rduire la liqueur de tournesol (127). Les streptocoques du groupe milleri (128) sont des germes microarophiles associs des abcs abdominaux et crbraux.
116 Recherche d'une activit catalase. Les staphylocoques (catalase positive) et les streptocoques (catalase ngative) peuvent tre diffrencis par ce test. Les germes producteurs de catalase peuvent dissocier le peroxyde d'hydrogne en oxygne et en eau. Un petit inoculum bactrien est introduit dans un tube contenant 2 3 ml de H^O;. Un dgagement de bulles s'observe avec les germes catalase positive. A gauche : catalase ngative; droite : catalase positive. (Aspect aprs 1 minf 0'
117 Streptococcus pyogenes. Coloration de Gram montrant des cocci Gram positif en chanettes typiques. Les streptocoques des diffrents groupes de Lancefield ont un aspect similaire au Gram. (Gram, x1000)
118 Streptococcus agalactiae (groupe B de Lancefield). Coloration de Gram montrant des cocci Gram positif dans une hmoculture de nouveau-n. Les streptocoques du groupe B sont une cause importante de mningite et d'infection gnralise du nouveau-n. (Gram, x1000)
94
119 Culture de Streptococcus pyogenes sur glose au sang. Les colonies sont entoures d'une zone d'hmolyse claire de type p. La bote contient un disque de bacitracine, laquelle S. pyogenes est sensible ( la diffrence de la plupart des autres streptocoques phmolytiques). (Glose au sang, 18 h 37 Cj
120 Groupage de Lancefield. Les streptocoques sont classs dans diffrents groupes, selon la nature d'un antigne polysaccharidique de paroi. On peut utiliser une technique d'agglutination sur lame avec des antisrums spcifiques de chaque groupe. La raction est positive dans le cercle du milieu. (Agglutination aprs 2 min temprature ambiante)
95
121 Streptococcus pneumoniae. Culture sur glose au sang. Remarquer l'hmolyse de type a (verdtre) des colonies. La bote contient un disque d'optochine, ractif auquel S. pneumoniae est sensible, la diffrence des autres streptocoques a-hmolytiques. (Glose au sang, 18 h 37 "Cl
122 Streptococcus viridans . Culture sur glose au sang montrant l'hmolyse a et la rsistance l'optochine. Ces streptocoques font partie de la flore buccale normale, mais sont aussi responsables d'endocardites bactriennes chez des patients prsentant des anomalies congnitales ou acquises des valves cardiaques. (Glose au sang, 18 h 37 C)
96
123 Jcst de solubilit dans la bile. Test supplmentaire pour diffrencier les pneumocoques des autres streptocoques a-hmolytiques. Un fort inoculum du germe tudi est mis en suspension dans du srum physiologique, puis on ajoute un sel biliaire (ex. dsoxycholate de sodium). Ce dernier permet la dissolution du pneumocoque, et clarifie la solution trouble. gauche 5 viridans; droite 5. pneumoniae. {Solubilisafion en 3 min aprs l'addition du sel biliaire)
124 Streptococcus pneumoniae. Coloration de Gram montrant les diplocoques Gram positif lancols typiques de S. pneumoniae (pneumocoque). Crachat d'un patient au cours d'une pneumonie pneumocoque. {Gram, x1000j
97
125 Sfreptococcus pneumoniae. Coloration de Gram du liquide cephalorachidien d'un patient prsentant une mningite pneumococcique. Les halos clairs entourant les diplocoques sont dus la prsence d'une capsule. (Gram, x1000l
126
Enterococcus faeca-
lis. Croissance sur glose de MacConkey montrant des colonies punctiformes rouges. Les entrocoques sont un groupe de Strepfococcaceae de l'intestin humain. Ils poussent sur milieu de MacConkey, la diffrence des streptocoques Ils sont associs des infections urinaires, des infections de plaie et des endocardites bactriennes. (Glose de MacConkey, 18 h 37 "Q
98
127 Enterococcus faecalis. Dcoloration de la liqueur de trounesol. La souche tudie est incube 4 h 37 C dans la liqueur de tournesol. Les entrocoques dcolorent le ractif ( droite) Le contrle ngatif ( gauche) est un streptocoque a-hmolytique non groupable. f4 h 37 C]
128 Streptocoque du groupe milleri . Commensales du tube digestif, mais associes des abcs intraabdominaux, ces bactries produisent de petites colonies sur glose au sang. (Glose au sang, 18 ^!,'37's];":-^ '.'.<''' ^
99
BACILLES AROBIES GRAM POSITIF

Les caractristiques des bacilles Gram positif sont rsumes dans les tableaux 129 131. Bacillus Les espces de Bacillus sont des bacilles Gram positif sporuls. Beaucoup ne sont pas pathognes, mais B. anthracis est l'agent de la maladie du charbon. La figure 132 montre le bacille du charbon color par la raction de MacFadyean, et la figure 133 une culture de B. anthracis sur glose au sang. B. cereus est l'origine d'intoxications alimentaires (134). On peut le cultiver sur un milieu slectif au mannitol, jaune d'uf, rouge de phnol et polymyxine (glose MYPA) (135).
Listeria
Listeria monocytogenes est responsable d'infections nonatales et chez l'immunodprim C'est un petit bacille Gram positif (136) produisant des colonies claires et p-hmolytiques sur glose au sang (137).
129 Bacilles Gram positif arobies. Infections.
mn
Bactries ef inhcHons bactriennes Corynbactries C. diphteriae est l'agent de la diphtrie. La coloration de Ernst-Neisser montre des granulations mtachromatiques (grains de volutine) dans les bacilles diphtriques (138). La coloration de Gram des corynbactries montre de petits bacilles Gram positif, souvent arrangs en lettres chinoises (139). Lespce C diphteriae est divise en trois biotypes : gravis, intermedius et mitis. Tous produisent des colonies noires sur milieu au tellunte (140), mais on observe quelques variations dans l'aspect des colonies de chacun d'entre eux (141 143). Seules les souches toxmognes de C. diphteriae sont responsables de diphtrie. Le test d'Elek (144) est utilis pour rechercher la production de la toxine. Plusieurs corynbactries sont dpourvues de pouvoir pathogne, et peuvent tre diffrencies par des ractions biochimiques selon la mthode de Hiss (145 147). Une espce apparente, C. jeikeium, est l'origine, de bactrimies sur cathter intraveineux. Lactobacilles Les lactobacilles (148,149) font partie de la flore normale du tube digestif et du vagin, et sont rarement associs une pathologie.
130 Bacilles Gram positif arobies. Sources et modes de transmission.
101
132 Bacillus anthracis. Coloration au bleu de mthylne polychrome (raction de McFadyean). La capsule est colore en ros-mauve. (Bleu de mthylne polychrome, x1000)
133 Bacillus anthracis/B. cereus. Culture sur glose au sang, montrant de grandes colonies gris-blanc aux bords onduls. Les espces de BaAs saprophytes sont habituellement hmolytiques. Le charbon est extrmement infectieux et de grandes prcautions doivent tre prises lors de la manipulation d'chantillons au laboratoire. (Glose au sang, 18 h 37 Cf 709 0.?
134 Bacillus cereus. Coloration de Gram montrant de longs bacilles a Gram positif, souvent disposes en chanettes 6 cereus est responsable d'intoxications alimentaires, et l'on utilise un milieu slectif pour l'isoler des selles ou de l'alimentation (milieu MYPA mannitol, [aune d uf, rouge de phnol et polymyxine) (Gram, xi 000}
135 Bacillus cereus, culture sur milieu MYPA. 6 cereus forme de grandes colonies gris blanc, entoures par un halo de prcipite blanc Le milieu MYPA peut tre utilise dans l'investigation d'intoxications alimentaires pour isoler 8 cereus des selles ou de l'alimentation (Glose au mannitol (aune d'uf, rouge de phnol et polymyxine, 18 h a 37 Q
104
136 Listeria monocytogenes. Coloration de Gram du liquide cphalorachidien lors d'une mningite neonatale a L monocytogenes, montrant de petits bacilles a Gram positif fGram, x10001
137 Listeria monocytogenes. Culture sur glose au sang montrant de petites colonies claires entoures d'un halo d'hmolyse p 1. monocytogenes peut pousser a +4 C (Glose au sang 18 h a 37 C]
105
138 Corynebacterium diphteriae, coloration de Ernst-Neisser. La coloration montre les grains de volutine caractristiques de C diphteriae, a l'intrieur des bacilles (Coloration de Ernst Neisser, xi 000)
139 Coloration de Grain de corynbactries. Plusieurs espces sont commensales de la peau On remarque les arrangements bacillaires en lettres chinoises {Qram, x1000j
106
140 Corynebacterium diphferiae, sur milieu tellurite et sang. C diphteriae rduit le tellurite en formant des colonies gris noir Les corynbactries commensales sont grises (Glose au sang et tellunfe, 45 h 37 Q
141 Corynebacferium diphteriae, biotype gravis. Gros plan des colonies montrant les bords stries (aspect en marguerite) (Glose au sang et tellunfe, 48 h a 37 C)
107
142 Corynebacterium diphteriae, biotype mih's. Gros plan montrant de petites colonies a centre noir (Glose au sang et tellunte 48 h a 37 C} "'
143 Corynebacterium hofmannii. Gros plan des colonies a 1 aspect conique surlev (Glose au sang et tellunte 24 h a 37 C}
108
144 Test d'Elek dmontrant la toxinogense chez Corynebacterium diphteriae. Une bande de papier filtre contenant de l'antitoxine diphtrique est place sur une bote de Ptri puis le milieu est coule La souche teste et deux souches indicatrices, l'une toxinogene et l'autre non sont ensemences a angle droit de la bande Une souche toxinogene induit une prcipitation en forme de V entre la toxine et l'antitoxine (Milieu d'Elek, 48 h a 37 C]
145 Diagnostic biochimique d'espce des corynbactries par la mthode de Hiss. Les tubes contiennent de gauche a droite, du glucose, du maltose, du sucrose, de l'amidon et de l'ure C diphteriae gravis acidifie le glucose, le maltose et l'amidon (Milieu de Hiss avec diffrents sucres, rouge de phnol, 24 h a 37 Q
109
146 Diagnostic biochimique d'espce des corynbactries par la mthode de Hiss. C. diphteriae mitis acidifie le glucose et le maltose. (Milieu de Hiss avec diffrents sucres, rouge de phnol, 24 h 37 Cj
147 Diagnostic biochimique d'espce des corynbactries par la mthode de Hiss. C. hofrnannii, commensal de la gorge, ne fermente pas les sucres, mais produit une urase. (Milieu de Hiss avec diffrents sucres, rouge de phnol, 24 h 37 C)
110
148 Coloration de Gram de lactobacille. Les lactobacilles sont de grands bacilles Gram positif, isols ou en chanettes. Ils font partie de la flore vaginale normale. (Gram, x1000j
149 Culture de lactobacille sur glose au sang. Les lactobacilles poussent mieux en atmosphre enrichie 5% de CO;, et forment de petites colonies claires. (Glose au sang, 18 h 37 "Ci 111
BACTRIES AROBIES GRAM NGATIF BACILLES AROBIES GRAM NEGATIF

Entrobactries Les caractristiques de cette famille sont rsumes dans les tableaux 150 154. Les entrobactries comprennent une grande varit d'espces y compris des bactries commensales de l'intestin et d'importants pathognes comme les shigelles et les salmonelles. La coloration de Gram ne permet pas de distinguer les diffrentes espces. La figure 155 montre leur aspect typique, ici Escherichia coll. Les entrobactries (conformes) poussent toutes sur milieu de MacConkey qui diffrencie les espces qui fermentent le lactose (colonies ross) de celles qui n'en sont pas capables (colonies jaune ple). La figure 156 montre une culture de . coli (fermentant le lactose) sur milieu de MacConkey, alors que Proteus mirabilis (ne fermentant pas le lactose) apparat jaune ple sur la figure 157. La figure 158 montre des colonies muqueuses de Klebsiella pneumoniae, fermentant le lactose. La figure 159 permet de voir la diffrence entre un coliforme (colonies plus grandes, bleutres) et un staphylocoque (colonies plus petites, blanches), dans un chantillon d'urine ensemenc sur milieu cystine-lactose dficient en lectrolytes (CLED). Un milieu de MacConkey contenant du sorbitol la place du lactose est utilis pour diffrencier le srotype 0157 de E. coli, responsable de colites hmorragiques, des autres colibacilles. E. coli 0157 ne fermente pas le sorbitol et forme donc des colonies ples sur ce milieu (160 et 161). Les Proteus produisent un nappage caractristique sur glose au sang (162). La figure 163 montre une culture de . co/;' (fermentant le lactose) et de Shigella sonne; (ne fermentant pas le lactose) sur milieu de MacConkey. Des milieux plus slectifs tels que le milieu xylose-lysine-dsoxycholate (XLD) peuvent tre utiliss pour isoler les shigelles et les salmonelles d'chantillons de selles (164, 165). Parmi les autres milieux slectifs de ces espces, on peut citer les gloses salmonelle-shigelle (SS) (166) et dsoxycholate-citrate (DCA) (167). Un grand nombre de ractions de fermentation des sucres et autres tests biochimiques permettent de diffrencier les entrobactries. Des exemples de fermentation des sucres en eau peptone sont prsents sur les figures 168 172. La figure 173 montre la production d'indole qui permet de distinguer E. coli de K. pneumoniae. Les figures 174 178 montrent d'autres ractions biochimiques discriminantes. Des combinaisons de ces ractions sont maintenant disponibles dans de nombreux systmes du commerce (ex. galeries API, 179 et 180). L o les moyens sont limits, en particulier dans les pays en voie de dveloppement, la caractrisation biochimique peut se faire l'aide de milieux composites peu onreux. Parmi eux, le milieu de Kligler (181 183) et le milieu ure-indole-mobilit (184 186) sont utiliss pour diffrencier les shigelles et salmonelles pathognes des autres entrobactries. Dans le genre Salmonella se trouvent les agents des fivres typhodes et paratyphodes, ainsi qu'un grand nombre de srotypes responsables d'infections intestinales moins svres. Les srotypes se distinguent par leur antigne 0 (somatique) et H (flagel112
Bodries et infections bactriennes laire), selon le systme de typage de Kauffman et White. La figure 187 montre une raction d'agglutination sur lame pour dterminer le srotype 0 d'une salmonelle en utilisant des antisrums spcifiques. Les fivres typhodes et paratyphodes peuvent tre galement diagnostiques en identifiant les anticorps spcifiques anti-0 et anti-H dans le srum du patient, par la mthode de Widal (188, 189). Des dilutions successives de srum sont incubes avec des suspensions standardises d'antigne 0 ou H de S. typhi ou S paratyphi et l'on dtermine le titre le plus lev (inverse de la dilution) pour la floculation H et l'agglutination 0. On trouve aussi chez les entrobactries le genre Yersinia, comprenant l'agent de la peste, Y. pestis (190), et Y. enterocolitica, responsable d'adnite msentrique et d'entrocolite (191).
150
Entrobactries. Infections.
113
151
Entroboctries. Infections
114
152
Entrobactries. Sources et modes de transmission
115
153
Entroboctries. Sources et modes de transmission
116
117
155 Escherichia coli, coloration de Gram. La coloration montre les bacilles Gram ngatif typiques des Enterobaclenaceae La plupart ont une morphologie identique, et ne peuvent tre diffrencis par la coloration de Gram (Grain, x1000)
156 Escherichia coli sur milieu de MacConkey. co/i forme des colonies ross fermentant le lactose Le milieu de MacConkey est slectif des bactries entnques, et contient des sels biliaires, du lactose et un indicateur de pH, le rouge neutre Les colonies fermentant le lactose produisent des acides et colorent l'indicateur en rouge (Glose de MacConkey, 18 h 37 C)
118
157 Profeus mirabilis sur milieu de MacConkey. P mirabilis ne fermente pas le lactose et forme des colonies claires (Glose de MacConkey, 18 h 37 C)
158 Klebsiella pneumoniae sur milieu de MacConkey. K pneumomae Fermente Je lactose et forme des colonies muqueuses ross (Glose de MacConkey, 18h37C)
119
159 Estherichia coli et Staphylococcus epidermidis sur milieu CLED. La glose cystine-lactose dficiente en lectrolytes (CLED) est utilise comme milieu slectif pour les chantillons d'urine E coli forme de grosses colonies bleutres, S. epidermidis forme de petites colonies blanches. (Glose cystine-lactose dficiente en lectrolytes, 18 h 37 C)
160 Escherichia coli 0157 sur milieu de MacConkey au sorbitol. Le srotype 0157 est un pathogne important responsable de colite hmorragique et de syndrome hmolytique urmique. Il ne fermente pas le sorbitol, et forme des colonies claires sur un milieu de MacConkey dans lequel le lactose a t remplac par le sorbitol (Glose de MacConkey au sorbifol, 18 h 37 C; 120
161 E. co/i 0157 sur milieu de MacConkey et milieu de MacConkey au sorbitol. co/i 0157 fermente le lactose et forme des colonies ross sur milieu de MacConkey standard ( gauche), compares aux colonies ne fermentant pas le sorbitol sur le milieu slectif ( droite) (Gloses de MacConkey et MacConkey au sorbifol, 18 h 37 C}
162 Proteus mirabilis sur glose au sang. P mirabilis pousse en nappe, masquant souvent les autres bactries dans les cultures mixtes. (Glose au sang, 18 h 37 C]
121
163 Escherichia coli et Shigella sonnei sur milieu de MacConkey. Les colonies de S sonne! sont claires, ne fermentant pas le lactose, avec souvent une bordure ondule caractristique E coli forme des colonies typiques, ross, fermentant le lactose. (Glose de MacConkey, 18 h 37 "Cf
164 Shigella sonnei et Escherichia coli sur milieu xylose-lysine-dsoxycholate (XLD). Ce milieu slectif permet l'isolement des shigelles et des salmonelles partir d'chantillons de selles. Il contient un indicateur, le rouge de phnol, rouge pH alcalin et jaune pH acide. Les colonies de shigelles sont rouges car elles ne fermentent pas le xylose; E. coli forme des colonies jaune clair. (Glose xylose-lysine-dsoxycholate, 18 h 37 C) 122
165 Salmonella enterifidis et Escherichia coli sur milieu XLD. Les colonies de salmonelles sont rouges centre noir en raison de la production d'H;S. Les colonies de E co/i sont jaunes (Milieu XLD, 18 h 37 Q
166,167 Salmonella enterifidis sur gloses SS (166) et DCA (167). Les milieux SS (salmonelle-shigelle) et DCA (glose dsoxycholate-citrate) ,sont slectifs pour l'isolement de ces pathognes partir des selles. Sur les deux, les salmonelles forment des colonies claires, ne fermentant pas le lactose. (Gloses SS et DCA, 18 h 37 C)
123

168-172 Ractions des sucres en eau peptone des entrobactries. Une srie de tubes d'eau peptone contenant diffrents sucres (glucose, mannitol, lactose, sucrose, dulcitol) ou de l'ure peuvent tre utiliss pour diffrencier biochimiquement les entrobactries. La production d'acide fait virer l'indicateur au rouge, et la production de gaz est mise en vidence par les bulles dans le petit tube renvers. (Sucres en eau peptone, indicateur d'Andrade, 24 h 37 "Q 169 Escherichia coli 170 Shigella sonnei. 171 Salmonella typhimurium. 172 Profeus mirabilis.
168
169 124
Bactries et in/BClien JwHnennes
172
125
173 Raction d'indole en tube. Certaines bactries hydrolysent le tryptophane en indole, qui ragit avec le ractif de Kovacs en donnant une coloration rouge. . co/i" est indole positive (droite), K pneumoniae est indole ngative (gauche). (Eau peptone, 24 h 37 C)
174 Raction au rouge de mthyle. Les entrobactries peuvent plus ou moins abaisser le pH d'un milieu par fermentation du glucose Avec le rouge de mthyle, seules les espces capables d'abaisser le pH des valeurs proches de 5 font virer l'indicateur au rouge. E co/i est rouge de mthyle positif (droite), Enterobacter cloacae est rouge de mthyle ngatif (gauche). (Glucose phosphate en eau peptone, 24 h 37 Q
126
175 Raction de Voges-Proskauer (VP). Certaines entrobactries fermentent le glucose en produisant de l'actylmthylcarbinol, qui est oxyd et reagit avec l'a-naphtol en donnant une coloration rouge Enterobacter aerogenes est VP positif (droite), E. col! est VP ngatif (gauche). (Glucose phosphate en eau peptone , 48h 37 C, ajout de potasse et d'a-naphlol, et lecture au bout de 5 min)
176 Milieu au citrate de Simmons. Permet de distinguer les entrobactries qui peuvent utiliser le citrate comme seule source carbone. L'indicateur est le bleu de bromothymol qui vire du vert au bleu au cours de cette raction alcaline. Citrobacfer freundii est citrate de Simmons positif ( droite), E. co/iest ngatif ( gauche). (Milieu au citrate de Simmons, 18 h 37 C]
127
177 Rduction des nitrates. Le germe tudier est incub dans un bouillon contenant des ions nitrate Au bout de 4 h, on met en vidence la rduction des nitrates en nitrites par raction avec l'acide sulfanilique et l'alpha-naphtylamine, qui donne une coloration rouge. Raction positive E. coli ( droite); raction ngative : P aeruginosa ( gauche). (Bouillon nitrate, 4 h 37 Cj
178 Raction de dsamination de la phnylalanine. Certaines entrobactries (Proteus, Providenciaf produisent, partir de phnylalanine, de l'acide phnyipyruvique, qui se colore en brun-vert en prsence de chlorure ferrique Raction positive : Proteus mirabilis ( droite), raction ngative : . co/i ( gauche). (Glose la phnylalanine, 18 h 37 C, puis quatre gouttes de chlorure ferrique 10%, coloration observe aprs 5 min)
128

179 Galerie API 10S pour entrobactries. Ces galeries contiennent des ractifs dshydrats dans des cupules, auxquels on ajoute une suspension du germe tudier La galerie est alors incube pendant la nuit, et les ractions lues. Cette mthode permet de traiter rapidement un grand nombre de souches Les tests sont, de gauche droite, ONPG, GLU, ARA, LDC, ODC, CIT, H,S, URE, TDA, INDOLE (la prsence d'une nitrate rductase peut tre rvle dans la cupule GLU, Nd1] A Escherichia coli B Klebsiella pneumoniae C Shigella sonne/ (Galeries API 10S, 18 h 37 Q
180 Galerie API 10S (suite). D Salmonella lyphimurium E Profeus mirabilis F Ctrobacter freundii (Galeries API 10S, 18 h 37 "C)
129
181
Ractions en milieu de Kligler. ^2 Ractions des entrobactries en milieu de Kligler. Le milieu de Kligler est un milieu composite contenant du glucose, du lactose, du rouge de phnol et du citrate de fer. Un culot jaune indique la fermentation du glucose; un culot et une pente jaunes indiquent la fermentation du glucose et du lactose. Des bulles indiquent la production de gaz partir du glucose. Un noircissement du culot indique la production d'Hyi. A, E. co/i; B, 5. sonne;; C, non ensemenc. (Glose de Kligler, 18 h 37 "Q
183 Milieu de Kligler. A, 5. enferitidis; B, Proteus mirabilis; C, non ensemenc. (Glose de Kligler, 18 h 37 "Ci
130
184 Ractions en milieu ure-indole-mobilit.
185 Ractions des entrobactries en milieu ure-indole-mobilit. C'est un milieu composite contenant du tryptophane, du rouge de phnol, de l'ure et une bande de papier imbibe de ractif de Kovacs. Il est ensemenc en son centre, l'aide d'une tige rigide. Les germes immobiles (ex. shigelles) poussent seulement le long de la strie d'inoculation, mais les bactries mobiles (ex. la plupart des salmonelles) poussent en troublant tout le milieu Les germes urase positive (ex. Proteus) font virer le milieu au rouge. Ceux qui sont producteurs d'indole (ex E. coli) colorent le papier en rouge. A, E. co/i; B, S. sonnei; C, non ensemenc. (Milieu ure-indole-mobilil, 18h37CI
186 Ractions des entrobactries en milieu ure-indole-mobilit. A, S. enterih'dts; B, Proteus mirabilis; C, non ensemenc. (Milieu ureindole-mobilit, 18 h 37 "Ci
131
187 Identification des salmonelles par srolypage (antigne 0). Une souche identifie comme appartenant au genre Salmonella (caractres culturaux et profil biochimique) doit tre srotype vis--vis de ses antignes 0 et H. L'agglutination 0 est ralise en suspendant la souche dans une solution de srum physiologique, puis en ajoutant une goutte d'antisrum spcifique d'un ou plusieurs antignes 0. Aprs 30 s, on recherche une agrgation visible. (Agglutination aprs 30 s)
188 Diagnostic de fivre typhode par la raction de Widal. Ce test value la production d'anticorps circulants par raction avec des prparations d'antignes 0 et H de Salmonella typhi. Deux sries de dilutions du srum d'un patient sont ajoutes aux antignes dans des tubes, et l'on note la plus grande dilution provoquant une agglutination granuleuse avec l'antigne 0 et une agglutination floconneuse avec l'antigne H. Dilutions du 1:20 au 1:1280 et contrle ngatif. Titre 0, 1:80. (Incubation 2 h 37 C)
189
Raction de Widal, agglutination H. Titre H, 1:320. (Incubation 3 h 37 C)
132
190 Yersinia pesfis (bacille pesteux), coloration de Wayson. Cette coloration montre des coccobacilles coloration bipolaire. (Coloration de Wayson, <1000)
191 Yersinia enterocolitica, culture sur milieu CIN. Le milieu CIN (cefsulodineirgosan-novobiocine) est slectif pour isoler / enterocolitica dans les selles. Aprs 48 h d'incubation, Y. enterocolitica apparat sous forme de colonies ross centre rouge. (Glose CIN, 48 h 37 C)
133
COCCI ET COCCOBACILLES GRAM NGATIF

Les caractristiques principales et les effets des bactries de ce groupe sont rsums dans les tableaux 192 200. Neiserria Le genre Neisseria comprend deux pathognes importants, N. meningitidis et N. gonorrhoeae, ainsi que des organismes commensaux comme N. lactamica. Sur la figure 201, la coloration de Gram du liquide cphalo-rachidien d'un patient atteint de mningite mningococcique montre des paires de cocci Gram ngatif de N. meningitidis. La figure 202 montre des colonies de N. meningitidis sur glose au sang cuit (chocolat ). Une coloration de Gram et une culture de N gonorrhoeae sont prsentes sur les figures 203 et 204. Des milieux slectifs tels que la glose MNYC (pour modified New York C i f y ) sont ncessaires pour isoler N. gonorrhoeae des chantillons cliniques. Les Neisseria sont oxydase positive (205), et sont diffrenciables entre elles par des tests d'utilisation des sucres (206 208). Moraxella catarrhalis (anciennement Neisseria puis Branhamella catarrhalis) est parfois implique dans des infections respiratoires (209). M. lacunata (210) est responsable de conjonctivites. Bordetella Bordetella pertussis, agent de la coqueluche, se prsente comme un coccobacille Gram ngatif (211). Les chantillons cliniques sont ensemencs sur des milieux slectifs tels que le milieu charbon-cphalexine au sang (CCBA) et requirent une incubation de 2 3, jours. Les colonies ont un aspect mtallique, en goutte de mercure (212).
Haemophilus
Le genre Haemophilus comprend une espce pathogne pour l'homme, H. influenzae (et H. ducreyi, agent du chancre mou, NdT). Les souches de H. influenzae peuvent tre ou non capsules . Les souches capsules de srotype b sont responsables de mningites et d'piglottites. Les figures 213, 214 et 215 montrent l'aspect la coloration de Gram de U. influenzae La culture des bactries du genre Haemophilus ncessite l'adjonction des facteurs de croissance X (hmine) et/ou V (NAD). H. influenzae requiert les deux, qui sont prsents dans les gloses au sang cuit (216). Le diagnostic diffrentiel des espces de Haemophilus selon leur dpendance aux facteurs X et V est illustr par les figures 217 et 218. Sur la figure 219, une strie de 5. aureus (fournissant le facteur V) sur glose au sang permet une pousse accrue de H. influenzae proximit (satellitisme).
Pasfeurella
Pasteurella multocida fait partie de la flore buccale des chiens et des chats et peut tre responsable d'infections de plaie de morsure (220 et 221). 134
Bactries et infections bactriennes Brucella La brucellose humaine peut tre cause par Brucella abortus (origine bovine), B. melitensis (origine ovine ou caprine), ou B. suis (origine porcine). la coloration de Gram, B. abortus est un petit coccobacille Gram ngatif (222). Les diffrentes espces de Brucella se distinguent par leur sensibilit deux colorants, la thionine et la fuchsine (223). La contamination du btail peut tre dpiste srologie quement, dans le lait par le test de l'anneau milk ring test, 224), ou dans le srum par la raction au ros Bengale (225).
192
Cocci et coccobacilles Gram ngatif. Infections.
135
Afias de microbiologie mdicale
193
Cocci et coccobocilles Gram ngatif. Sources et modes de transmission.
194
Cocci et coccobacilles Gram ngatif. Caractres d'identification.
736
195 Coccobacilles Gram ngatif. Infections.
196 Coccobacilles Gram ngatif. Sources et modes de transmission.
737
197
Coccobacilles Gram ngatif. Caractres d'identification.
198 Coccobacilles Gram ngatif. Infections. Transmission sexuelle possible (NEJM 1996), Nal
38
199
Coccobacilles Gram ngatif. Sources et modes de transmission.
.*Jh
CarfoEiarilles Gram naatif- ("nrnrtpre ^'it-l^ntifirritirtn
139
201 Coloration de Gram du LCR d'un patient atteint de mningite mningococcique. La coloration montre les diplocoques Gram ngatif de Neisseria meningitidis, et en ros, les leucocytes. iGram, xi 000)
202 Neisseria meningitidis, glose chocolat. La culture sur glose au sang cuit ( chocolat ) montre des colonies gris ple, oxydase positive. (Glose au sang cuit, 18 h 37 Cj
140
Bactries et infections bocff's"'15
203 Neisseria gonorrhoeae, coloration de Gram. Pus urtral de patient souffrant de gonorrhe Remarquer que les diplocoques sont surtout intracellulaires. (Gram, x1000)
204 Culture de Neisseria gonorrhoeae, milieu MNYC (modified New York City). Il s'agit d'un milieu slectif pour isoler N. gonorrhoeae d'chantillons urognitaux. fG/ose MNYC, 18 h 37 C, sous C0,j
141
205 Neisseria gonorrhoeae, raction de l'oxydase. Les Neisseria sont oxydase positive Les bactries sont dposes sur un papier filtre imbib de ractif la phnylnediamine, qui est oxyde en indophnol pourpre. (Papier imbib de ractif oxydase, lecture aprs 30 s)
206 Utilisation des sucres gifidis) peuvent tre identifies par sucrose. La production d'acide se seria au rouge de phnol, 18 h
par les Neisseria. Les diffrentes espces (ici N menmleur capacit utiliser le glucose, le maltose, le lactose et le traduit par une couleur jaune. (Milieux aux sucres pour Neis37 C)
142
207 Utilisation des sucres par les Neisseria. N gonorrhoeae ne Fermente que le glucose (Milieux aux sucres pour Neisseria ou rouge de phnol, 18 h 37 C)
208 Utilisation des sucres par les Neisseria. N. lactamica fermente le glucose, le maltose et le lactose (Milieux aux sucres pour Neisseria au rouge de phnol, 18 h 37 C)
143
209 Moraxella catarrhalis. Coloration de Gram d'une expectoration montrant de gros cocci a Gram ngatif M catarrhalis est un commensal du haut de l'arbre respiratoire, mais est aussi une cause d'infection respiratoire (Gram, x1000j
210 Moraxella lacunata. Coloration de Gram d'un coulement oculaire lors d'une conjonctivite, montrant des coccobacilles Gram ngatif souvent en forme de brique, jointifs par leurs extrmits (Qram, x1000)
144
211 Bordetella pertussis. Coccobacilles a Gram ngatif, seuls ou apparies La coqueluche est tou|ours une infection d'actualit chez les enfants Les chantillons sont prlevs par couvillonnage naso-pharynge et ensemences sur des milieux slectifs tels que la glose charbon-cephalexine au sang (CCBA) (Gram, x1000)
212 Bordetella pertussis, culture d'couvillonnage naso-pharynge. Culture sur CCBA Apres une incubation de 2 a 5 |ours en atmosphre humide, 8 pertussis forme de petites colonies brillantes l'aspect mtallique, en goutte de mercure (Milieu CCBA, 5 (ours a 37 C)
145
213 Haemophilus influenzae. Coloration de Gram d'une culture montrant des coccobacilles Gram ngatif. (Gram, xi 000)
214 Mningite Haemophilus influenzae. Coloration de Gram du LCR d'un patient atteint de mningite H. influenzae. Les coccobacilles Gram ngatif sont parfois difficiles distinguer parmi les polynuclaires ross (Grain, x1000)
146
215 Haemophilus influenzae. Coloration de Gram d'expectoration contenant H. influenzae (coccobacilles Gram ngatif) et S. pneumoniae (diplocoques Gram positif). (Gram, xi 000]
216 Culture sur glose chocolat de Haemophilus influenzae. H. influenzae requiert de l'hmine (facteur de croissance X) et du NAD (nicotinamide adnine dinuclotide, ou facteur V). Le facteur V est libr par chauffage du sang. Les colonies sont grises et muqueuses (Glose au sang cuit, 18 h 37 "Cj
147
217 Dpendance des facteurs X et V de Haemophilus influenzae. Croissance sur glose nutritive, en prsence des facteurs X, V, et X+V H. influenzae requiert les deux facteurs, et ne pousse qu'autour du disque contenant X et V (Glose nutritive, 18 h 37 C)
218 Haemophilus influenzae et H. parainfluenzae. Les deux moitis de la glose ont t ensemences avec H. influenzae et H. parainftuenzae, en prsence des facteurs X, V, et X+V H parainfluenzae requiert seulement le facteur V, et pousse donc autour des disques contenant V et X+V. fG/ose nutritive, 18 h 37 "Ci
148
219 Effet d'une culture de Staphylococcus aureus sur la croissance de H. influenzae. Culture sur glose au sang, montrant le satellitisme au voisinage d'une strie de 5. oureus S. aureus produit un excdent de facteur V permettant la pousse de H influenzae proximit (Glose au sang, 18 h 37 C)
220 Pasteurella multocida, coloration de Gram. Coccobacilles Gram ngatif. P multocida (ait partie de la flore buccale normale des chiens, et peut infecter les plaies de morsure (Gram, x1000)
149
221 Culture de Pasteurella multocida. La pousse sur glose au sang montre des colonies translucides non hemolytiques avec des reflets bleus P multocida est oxydase positive, et ne pousse pas sur milieu de MacConkey (Glose au sang, 18 h a 37 C)
222 Brucella abortus. Coloration de Gram montront des coccobacilles a Gram ngatif Les bactries peuvent prsenter une coloration bipolaire, et sont rarement observes a l'examen direct avant culture (Grain x1000j
150

223 Identification des espces de Brucella par un test de sensibilit aux colorants. Les espces de Brucella peuvent tre diffrencies selon leur sensibilit a deux colorants, la fuchsine basique et la thionine Des papiers filtres imbibes de ces composes sont incorpores au milieu et les souches sont ensemences en stries perpendicu laires Fuchsine/thionine A = 8 abortus +/ M = 6 me/itensis +/+ S = 8 suis /+ (Glose au sang, 4 fours sous CO; a 37 C + = croissance) 224 Raction de l'anneau dans le lait (milk ring test). Le lait des animaux atteints de bru cellose peut contenir des aggluti nines anti Brucella On a|oute a un chantillon de lait une suspen sion de Brucella tues et colores a l'hematoxyline La formation d'un anneau bleu a la surface signe une reaction positive (les com plexes immuns ainsi formes auraient une forte affinit pour les globules lipidiques du lait entier, NdT} (Incubation de 1 ha 37 C)
225
Test au ros Ben-
gale. Ce test est un dpistage d'anticorps onti Brucella dans le srum d animaux (ou dans le srum humain NdT) (Agglutination sur carton lue aprs 3 min, S = positif)
151
VIBRIONS, CAMPYLOBACTER, LEGIONELIA ET GARDNERELLA

Les caractres de ces bactries sont rsums dans les tableaux 226 228. Le cholra est d aux vibrions V. cholerae 01 et 0139. V. cholerae est un bacille Gram ngatif en forme de virgule (229), trs mobile. Les vibrions sont visibles dans des chantillons de selles non colors, au microscope fond noir. Ils poussent facilement en eau peptone alcaline (230). Le milieu slectif glose thiosulfate/citrate/sels biliaires/sucrose (TCBS) est utilis pour isoler V. cholerae des selles, sous forme de colonies jaunes, donnant une raction d'oxydase positive (231). Tous les srotypes de V. cholerae poussant sur TCBS, l'identification des srotypes 01 et 0139 est ralise par agglutination sur lame (232). Il existe deux biotypes de V. cholerae 01, classique et El Tor. On les distingue par leur sensibilit (biotype classique) ou leur rsistance (biotype El Tor) aux poly-
226 Vibrions et espces voisines, Legionella, Gardnerella. Infections.
152
Bactries et infections bactriennes myxines (233). V. parahaemolyticus est responsable d'infections alimentaires. 11 forme des colonies vertes sur TCBS (234). Aeromonas hydrophila est un bacille Gram ngatif droit et mobile, l'origine de diarrhes et plus rarement de septicmies. Il pousse sur glose au sang l'ampicilline, produisant des colonies hmolytiques (235). Les figures 236 et 237 montrent Campylobacter jejuni, cause frquente de gastro-entrites. La coloration de Gram montre de dlicats bacilles Gram ngatif, en ailes de mouette . C. jejuni est cultiv sur des milieux slectifs contenant de la vancomycine et de la colistine, et pousse prfrentiellement en microarophilie, 42 C. Helicobacter pylori est associ des gastrites et des ulcres gastriques. Il peut tre mis en vidence par coloration de Giemsa directe (238), ou cultiv sur glose au sang (239), partir d'une biopsie gastrique. Legionella pneumophila, agent de la maladie du lgionnaire, requiert jusqu' sept jours de culture sur un milieu slectif de type BCYE (glose tamponne au charbon et l'extrait de levure) (240). On peut aussi la rechercher directement par immunofluorescence sur certains prlvements (241). Gardnerella vaginalis est associe aux vaginoses bactriennes. La coloration de Gram des scrtions montre des cellules pithliales entoures par des bacilles Gram ngatif plomorphes (242). La figure 243 montre des colonies de G. vaginalis sur un milieu slectif.
227 Vibrions et espces voisines, Legionella, Gardnerella. Sources et modes de transmission.
153

229 Vibrio cholerae. Coloration de Gram partir d'une culture en eau peptone alcaline, montrant un bacille Gram ngatif en forme de virgule. Cet aspect caractristique peut aider au diagnostic prsomptif de cholra. fGram, x1000j
230
Culture en eau pep-
tone alcaline de Vibrio cholerae. La croissance est visible au bout de 6 heures de culture temprature ambiante, l'interface air-liquide. L'eau peptone alcaline est un bon milieu de transport des selles et d'couvillonnages rectaux de patients suspects de cholra. /fou peptone alcaline, 6 h temprature ambiante)
231 Vibrio cholerae. Cul ture sur glose thiosulfate-citratesels biliaires-sucrose (TCBS). V. cholerae fermente le sucrose et forme des colonies jaunes. Il est oxydase positive. (Glose TCBS, 18 h 37 Q
154
155
Agglutination de Vibrio cholerae sur lame. Une souche de V cholerae du srolype 01 est agglutine sur lame par un antisrum spcifique anti-01 Une goutte de suspension dilue de la souche cultive sur glose est mlange une goutte d'anticorps anti-01, et examine aprs 30 s (Agglutination sur lame, lecture aprs 30 sj
232
233 Biotypes de Vibrio cholerae. V cholerae est divis en deux biotypes, classique et El Tor La plupart des cas de choiera sont dus au biotype El Tor La sensibilit a 50 Ul de polymyxme en milieu glose permet de distinguer le biotype El Tor (rsistant) du biotype classique (sensible) (Antibiogramme en milieu glose, 18 h 37 C) 156
234 Culture de Vibrio parahaemolyticus. La cdture sur TCBS montre des colonies vertes (ne fermentant pas le sucrose) V parahaemolyticus est responsable d'infections alimentaires associes des fruits de mer (Glose TCBS, 18 h 37 C)
235 Aeromonas hydrophila. Culture sur glose au sang contenant 10 ug/ml d'ampicilline Les colonies p-hmolytiques sont oxydase positive (Glose au sang, 18 h 37 C)
157
236 Campylobacter jejuni. La coloration de Gram montre des bacilles caractristiques incurves en spirale a Grrm ngatif souvent compares a des ailes de mouette {Gram x1000f
237 Culture de Campylobacter jejuni. C (e(uni est un germe microaerophile, qui pousse preferentiellement a 42 C Sur milieu slectif Campylobacter, contenant de la vancomycine et une polymyxine, les colonies sont petites, grises et en gouttelettes (Milieu slectif Campylobacter, 48 h 43 C, sous O % Oj
158
238 Helicobacter pylori, coloration de Giemsa. Coloration directe de biopsie de muqueuse gastrique, montrant H py/on dans les cellules a mucus (Glemsa, x1000)
239 Helicobacter pylori sur glose au sang. La culture produit des colonies claires, qui peuvent pousser a partir d'un chantillon de biopsie gastrique (Glose au sang, 18 h a 37 Cj
159
240 Culture de Legionella pneumophila. Les chantillons contenant L pneumophila sont cultivs sur milieu tamponn au charbon et l'extrait de levure (BCYE) incub sous COz pendant 3 14 jours. Les colonies sont luisantes, gris-blanc et constitues de bacilles Gram ngatif. (Milieu BCYE, 4 jours 37 "Cj
241 Legionella pneumophila en microscopie fluorescence. L pneumophila peut tre recherche dans les scrtions respiratoires, en utilisant des anticorps marqus la fluorescine. (Microscopie fluorescence, xi 000]
160
Bactries et infections baclriennes
242 Gardnerella vaginalis, coloration de Gram. Les bacilles Gram ngatif sont masss la priphrie des cellules pithliales, parfois dsignes sous le terme de c/ue ce//s . (Qram, xlOOO]
243 Culture de Gardnerella vaginalis. Sur milieu Gardnerella, une glose de base Columbia contenant de la gentamicine, de l'acide nalidixique et de l'amphotricine B, les colonies de G. vaginalis sont petites et grises. (Milieu Gardnerella, 48 h 37 C sous COj
161
PSEUDOMONAS ET AUTRES BACILLES GRAM NGATIF NON FERMENTANTS

Les caractres de ces bactries sont rsums dans les tableaux 244 246. Le genre Pseudomonas et les espces voisines comprennent des bactries largement distribues dans l'environnement, et dont certaines sont d'importants pathognes pour l'homme. Ce sont des germes rsistants de nombreux antibiotiques. P. aeruginosa est responsable de toute une gamme d'infections, en particulier de plaies de l'arbre urinaire, ou septicmiques. La figure 247 montre la coloration de Gram d'une expectoration, avec des cocci Gram positif (S. aureus) et des bacilles Gram ngatif (P. aeruginosa).
244 Pseudomonas et autres bacilles Gram ngatif non fermentants.

Infections.
162
Bactries et infections bactriennes P. aeruginosa ne fermente pas le lactose et produit une raction d'oxydase positive. Les cultures produisent souvent un pigment bleu-vert (pyocyanine) (248). Biochimiquement, les Pseudomonas se diffrencient des entrobactries par l'absence de mtabolisme fermentatif (reactions d'oxydation-fermentation) (249, 250). Burkholderia cepacia (anciennement Pseudomonas cepacia) est un important pathogne respiratoire chez les patients atteints de mucoviscidose; il peut tre dtect par sa rsistance la colistine (251). B. pseudomallei est l'agent d'une infection tropicale humaine, la mliodose (252 254). Eikenella corrodons est retrouv dans des plaies de morsure humaine et forme des colonies jauntres sur glose au sang (255), qui peuvent s'incruster dans le milieu. Le genre Flavobacterium comprend F. meningosepticum (renomm rcemment Chryseobacterium meningosepticum, NdT), responsable de rares mningites nonatales, et F. odoratum, pathogne occasionnel de l'immunodprim. Les Fia voba cterium produisent des colonies jaunes sur glose au sang (les colonies de C. meningosepticum sont cependant beaucoup plus ples que celles des autres espces, NdT) (256).
245 Pseudomonas et autres bacilles non fermentants. Sources et modes de transmission.
163
Bactries ef infections bactriennes
247 Coloration de Gram d'une expectoration contenant Pseudomonas leruginosa. Cette expectoration d'un patient atteint de mucoviscidose montre des staphylooques et les fins bacilles a Gram ngatif de P aeruginosa fGram, x1000j
248 Pseudomonas aeruginosa. Culture sur milieu de MacConkey P aeruginosa ne fermente pas le lactose, est oxydase positive et produit souvent un pigment bleu-vert, la pyocyamne (Glose de MacConkey, 18 h a 37 Cj
164
165
249,250 Ractions d'oxydationfermentation. Le germe tudi est ensemenc dans deux tubes de milieu glose contenant du glucose et un indicateur de pH (bleu de bromothymol). L'un des tubes est ensuite scell par une couche d'huile de paraffine pour isoler son contenu de l'oxygne de l'air. Les tubes sont incubs jusqu' deux semaines. L'acidification se traduit par une coloration jaune. Les bactries qui oxydent et fermentent le glucose produisent une acidification dans les deux tubes, alors que celles qui sont strictement oxydantes n'acidifient que le milieu du tube sans paraffine.
249 Escherichia coli, oxydation et fermentation.
230 Pseudomonas aeruginosa. Bactrie non fermentante. L'acidification n'apparat que dans le tube de gauche (non paraffin). (Glose peptone, 7 jours 37 Q
166
251 Burkholderia cepacia (anciennement Pseudomonas cepacia). Pathogne respiratoire d'importance croissante chez les patients atteints de mucoviscidose. La plupart des souches sont multirsistantes aux antibiotiques. 8. cepacia est ensemenc au centre. Une souche de contrle sensible est ensemence en priphrie. (Milieu pour antibiogramme, 18 h 37 C)
252 Burkholderia pseudomallei. Coloration de Gram dans une expectoration. Les bactries sont plomorphes, coloration parfois bipolaire. (Gram, x1000f
167
253 Burkholderia pseudomallei, glose au sang. Culture de 72 heures montrant les colonies caractristiques sches et rides Les cultures ont une odeur de truffe (Glose au sang 72 h a 37 Q
254 Burkholderia pseudomallei, milieu de Ashdown. Il s'agit d'un milieu selec tif, contenant du glycerol, du violet cristal et de la gentamicine La morphologie ride est accentue par la prsence de glycerol (Milieu de Ashdown, 72 h a 37 Cj
168
255 Eikenella corrodons. Culture sur glose au sang produisant des colonies |auntres Quand les colonies sont racles de la glose, il reste souvent une dpression (Glose m sang, 18 h a 37 "Ci
256 Flavobacferium odoratum. Culture sur glose au sang produisant des colonies |aunes caractristiques Les F/avooacfenum sont largement rpandus dans l'environnement et sont occasionnellement pathognes F meningosepticum est parfois responsable de mningite neonatale fGe/ose ou sang, 18 h a 37 "Ci
169
BACTERIES ANAEROBIES STRICTES

Les caractres des bactries anarobies sont rsums dans les tableaux 257 259.
BACTRIES ANAROBIES GRAM POSITIF

Les Clostridium sont des bacilles Gram positif sporuls, et comprennent les agents de la gangrne gazeuse, d'intoxications alimentaires, du ttanos, du botulisme et de colites associes la prise d'antibiotiques. La figure 260 montre les bacilles Gram positif en forme de brique de C. perfringens dans un prlvement de gangrne gazeuse. La figure 261 montre des bacilles de C. tetani, avec des spores terminales. Les Clostridium poussent sur glose au sang, formant des zones d'hmolyse (262, 263). Les espces se diffrencient par leur reaction en milieu de Robertson la viande cuite (264), sur glose au lactose, au jaune d'uf et au lait (265), et par la raction de Nagler (266). C. difficile est impliqu dans des colites post-antibiothrapie. Sur glose cyclosrine/cfoxitine/fructose (CCFA), il forme des colonies en clat de verre (267,268). La production de toxine par C. difficile peut tre mise en vidence par un test de cytotoxicit sur culture cellulaire (269) (et surtout par mthode immunoenzymatique, NdT).
BACILLES GRAM NGATIF ANAROBIES

Bacteroides fragilis est frquemment isol lors d'abcs abdominaux (270). Les espces du genre Bacteroides se distinguent par leur profil de rsistance aux antibiotiques (271) et par leur profil d'acides gras volatils, en chromatographie en phase gazeuse (272). B. melaninogenicus (aujourd'hui Prevotella rnelaninogenica) forme des colonies brun-noir caractristiques sur glose au sang (273). Les bactries du genre Fusobacterium sont responsables d'infections chroniques (et aigus, NdT), en particulier l'angine de Vincent, infection oro-pharynge dans laquelle le spirochte Borrelia vincenti est galement impliqu, aux cts de Fusobacterium nucleatum. Ce sont de fins bacilles Gram ngatif, aux extrmits souvent effiles (274). F. necrophorum peut entraner des infections de la tte et du cou, parfois septicmiques dans les formes graves (275, 276).
170
257
Bactries anarobies strictes. Infections.
171
172
173
260 Clostridium perfringens. Coloration de Gram d'un pus de gangrne gazeuse, montrant des bacilles pais Gram positif, en forme de brique (Gram, x1000j
261 Clostridium tetani, Gram. Fins bacilles Gram positif spore terminale Le centre des spores ne prend pas la coloration (Gram, x1000)
174
262 Clostridium perfringens. La culture sur glose au sang montre l'hmolyse 8 Certaines souches produisent une double zone d'hmolyse (Glose au sang 24 h 37 "C en anarobiosej
263 Clostridium perfringens, glose au sang. Les colonies sont entoures d'un double halo d hmolyse, d aux diffrentes toxines prsentes. (Glose au sang 48 h 37 C en anarobiosej
175
264 sance faible milieu
Closfridium perfringens, milieu de Robertson la viande cuite. La croisdans ce milieu ( gauche) provoque une activit saccharolytique (rougissement) et une activit protolytique (noircissement). I l / a galement production de gaz. A droite, non ensemenc. (Milieu la viande cuite, 24 h 37 C)
265 Clostridium perfringens, glose au lactose, au jaune d'oeuf, et au lait. Sur ce milieu, C. perfringens produit des colonies ross par fermentation du lactose, entoures d'un halo opaque d la dgradation de la lcithine (Glose au lactose, jaune d'uf, et lait, 48 h 37 "C, en anarobiose)
176
266 Reaction de Nagler. La glose de Nagler contient un milieu au jaune d'uf dont une moiti contient de l'antitoxine de C. perfringens La souche est ensemence en strie transversale, passant de la moiti contenant l'antitoxine celle qui en est dpourvue Aprs incubation d une nuit en anarobiose, un rsultat positif apparat, avec l'opacification du milieu autour de la strie dans la partie sans antitoxine A droite, pas d'antitoxine. fG/ose de Naaler 18 h a 37 C, en anarobiose) '
? Ju cte5fr'd"Jm difficile, glose cyclosrine-cfoxitine-fructose (CCFA). L difficile est responsable de colite pseudomembraneuse Sur milieu CCFA, les colonies sont orillantes et grises fG/ose cydosrine-chxitme-fructose , 48 h 37 C, en anarobiose]
177
268 Clostridium difficile, glose CCFA, gros plan des colonies. Aspect mtal lique brillant des colonies (Glose cydosenne cefoxitine fructose , 48 h a 37 C, en anoerobiosef 269 Culture tissulaire et action des toxines de Clostridium difficile. Les colites et les diarrhes sont dues a des souches de C difficile productrices de toxines Celles ci peuvent tre dtectes par leurs effets sur des cellules Vero, aprs 18 h d'incubation (b), (a) tmoin non ensemence (Cellules Vero/ 18 h a 37 Q
178
270 Bacteroides fragilis, Gram. 8 fragilis est un petit bacille Gram ngatif, associe a des abcs intra abdominaux (Qram, x1000)
271 Antibiogramme de Bacteroides. L antibiogramme peut aider a l'identification des espces de Bacteroides Les souches sauvages de B fragilis sont rsistantes aux pnicillines et aux cephalosponnes, mais sensibles au coamoxyclav et au metronidazole De rares souches peuvent cependant acqurir des rsistances multiples, comme ici, au coamoxyclav au metronidazole et a l'erythromycine (Milieu pour antibiogramme, 48 h a 37 C, en anaerobiosej
179
272 Identification de Kacferoidaf par chromatographie en phase gazeuse. Graphe de chromatographie en phase gazeuse (CPG), montrant les pics des principaux acides gras B fragilis produit des pics d'acide actique et d'acide propionique
273 Prevofella melaninogenica (anciennement Bacteroides melaninogenicus). Culture sur glose au sang montrant les colonies brun-noir aprs 5 |ours d'incubation (Glose au sang, 5 /ours a 37 C, en anaerobiosel
180

274 Fusofeocterium nucleatum, Gram. Tous les Fusobactenum ne sont pas fusi formes Cette coloration de Gram de F nucleatum dans une infection maxillaire montre des bacilles a Gram ngatif, dont quelques uns ont des extrmits effiles {Gram, xlOOOf
275 Fusobactenum necrophorurn. Coloration de Gram d'hmoculture a F necro phorum chez un patient septicemique, a la suite d'une mastodite [Qram, x1000)
276 Fusobacferium necrophorum, glose au sang. Culture montrant de petites colonies claires de F necrophorum (Glose au sang, 48 h a 37 "C, en anaerobiosej
181
BACTERIES DE CLASSIFICATION INCERTAINE

Un certain nombre de bactries, en particulier parmi les pathognes rcemment dcrits, n'ont pas encore clairement leur place dans la classification traditionnelle. Les caractres de quelques-unes d'entre elles sont rsums dans les tableaux 277 279. Beaucoup sont difficiles cultiver ou biochimiquement assez inertes. Bartonella bacilliformis est un germe coccode Gram ngatif, agent de la bartonellose, maladie cutane chronique ou fbrile limite aux rgions andines de l'Amrique du Sud. On peut le mettre en vidence par coloration de Giemsa des frottis sanguins de patients infects (280) Bartonella henselae est un bacille Gram ngatif, rcemment dcrit comme responsable de la maladie des griffes du chat et de l'angiomatose bacillaire (281).
277
Bactries de classification incertaine. Infections.
182
07g
Bactries de classification incertaine. Sources et modes de transmission.
279
Bactries de classification incertaine. Caractres d'identification.
183
280 Coloration de Giemsa d'un frottis sanguin mettant en vidence Bartonella bacilliformis chez un patient atteint de la fivre d'Oroya. Le frottis montre les coccobacilles intracellulaires colors en violet fonc. 8. bacilliformis se multiplie dans les globules rouges, entranant leur destruction et une anmie. {Giemsa, x1000)
281 Bartonella henselae, Gram. Coccobacilles Gram ngatif. 8. henselae peut tre responsable de la maladie des griffes du chat, et est l'agent de l'angiomatose bacillaire. (Gram, x1000]
184
Bactries sf iafecfions bactriennes
MYCOBACTERIES
Les caractres des mycobactries sont rsums dans les tableaux 282 284. On trouve parmi les mycobactries les agents de la tuberculose et de la lpre, ainsi que des germes de l'environnement, qui sont des pathognes opportunistes. Les mycobactries sont colores par la mthode de ZiehI-Neelsen en bacilles acido-alcoolo-rsistants ross (285) On utilise galement une coloration l'auramine phnique (286). Les mycobactries ont des exigences nutritionnelles empchant leur croissance sur milieux ordinaires. Le milieu de Lwenstein-Jensen (LJ) contient, entre autres, de l'uf, du glycrol et du vert malachite. La plupart des mycobactries poussent lentement, ne produisant de colonies visibles qu'en 4 12 semaines. La figure 287 montre une culture de 6 semaines de M tuberculo sis sur milieu LJ, avec un aspect typique en miettes de pain. M. bovis pousse mieux sur pente de LJ contenant de l'acide pyruvique au lieu du glycrol (288) Les figures 289 et 290 montrent les cultures sur pentes de U de mycobactries dites atypiques , M kansasii et une mycobactrie du groupe avium-intracellulare. Les espces se diffrencient par les effets de la temprature sur leur croissance, la production de pigment, ou la vitesse de pousse. Les figures 291 293 montrent des mycobactries spectre de temprature troit ou large. Les mycobactries sont soit non pigmentes (non chromognes), soit pigmentes sous l'action de la lumire (photochromognes) (294), soit encore pigmentes, y compris l'abri de la lumire (scotochromognes) (295) La figure 296 montre l'aspect aprs 7 jours de cultures de mycobactries croissance lente (M. tuberculosis) et rapide (M. fortuitum). La figure 297 montre une coloration de ZiehI-Neelsen de M. leprae sur un frottis de biopsie cutane.
185
186
Bactries ef infections bactrienne
283
Mycobactries. Sources et modes de transmission
284
Caractristiques de croissance des mycobactries.
18
285 Mycobacterium tuberculosis. Coloration de ZiehI-Neelsen de l'expectoration d'un patient tuberculeux, montrant des bacilles acido-alcoolo-rsistants ross sur un fond bleu de dbris cellulaires. (ZiehI-Neelsen, xlOOOj
286 Mycobacterium tuberculosis, coloration l'auramine phnique. L'auramine est un fluorochrome, c'est--dire un colorant fluorescent quand il est illumin par la lumire UV Les bacilles tuberculeux sont blanc-jaune fluorescent. (Auramine phnique, xlOOO)
188
287 Mycobacterium tuberculosis, milieu de Lowenstein-Jensen (U). Culture de six semaines Les mycobactries forment des colonies crmeuses, en miettes de pain. (Milieu de Lowenstein-Jensen, 6 semaines 37 C)
288 Mycobacterium bovis, milieu de U. Culture sur un milieu contenant du glycrol ( droite), et du pyruvate ( gauche) M. bovis pousse mieux sur la pente au pyruvate (Milieu de Lowenstein-Jensen, 6 semaines 37 Q
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289 Mycobacterium kansasii, milieu de LJ. Bactrie opportuniste, occasionnellement responsable d'une infection pulmonaire voisine de la tuberculose. M. kansasii est un photochromogne. {Milieu de Lwenstein-Jensen, 6 semaines 37 C)
290 Mycobacterium du complexe avium-intracellulare, milieu de LJ. Pathogne potentiel des patients immunodprims, en particulier sidens. (Mi/ieu de Lwenstein-Jensen, 6 semaines 37 "Cf
190
Bactries et infections badriennes
291-293 Effets de la temprature sur la croissance des mycobactries. Les diffrentes mycoboctries poussent des gammes de temprature diffrentes. Les pentes de Lwenstein-Jensen ont t incubes 25 C, 32 C, 36 C et 44 C. {Milieu de Lwensfein-Jensen, tempratures comme indiqu)
291 M. fuberculosis, pousse 32 C et 36 C.
292 M. kansasii, pousse 25 C, 32 C et 36 C.
293 M. malmomse, pousse 25 C, 32 C, 36 C et 44 C.
191

294-295 Effets de la lumire sur les mycobactries. Les mycobactries qui ne produisent pas de pigment sont dites non chromognes. Celles qui produisent un pigment la lumire sont dites photochromognes Celles qui produisent un pigment la lumire et dans l'obscurit sont dites scotochromognes Sur ces clichs, le milieu en pente de gauche a pouss dans l'obscurit, et celui de droite la lumire. (Milieu de Lwenstein-Jensen 37 C)
294
M. kansasii, photochromogne.
295
M. gordonae, scotochromogne.
192
296 Vitesse de croissance des mycobactries. On peut sparer les mycobactries en espces pousse rapide et lente. Celles croissance rapide forment des colonies en 4 5 jours La plupart des mycobactries ncessitent 3 4 semaines pour qu'apparaissent des colonies visibles. Les milieux en pente ont t incubs 7 jours. A droite, M. tuberculosis, pas de pousse; gauche, M forfuitum, croissance rapide. (Milieu de Lwenslein-Jensen 37 C]
297 Mycobacterium leprae, coloration de ZiehI-Neelsen. M leprae peut tre mis en vidence sur frottis de biopsie cutane par une coloration de ZiehI-Neelsen modifie. Cette bactrie est faiblement acido-alcoolo-rsistante, et la solution de dcoloration d'acidealcool doit tre 1 % au lieu de 3 % M. leprae apparat comme un fin bacille ros, souvent intramacrophagique. (ZiehI-Neelsen, x1000)
193
MYCOPLASMES, SPIROCHTES ET RICKETTSIES

Les caractres des mycoplasmes et de Ureaplasma lirealyticum sont rsums dans les tableaux 298 300, ceux des spirochtes dans les tableaux 302 304, et ceux des rickettsies et de Coxiella burnetii dans le tableau 309 a c. Les mycoplasmes ne sont pas directement dtectables par coloration des chantillons. Ils poussent lentement et produisent de petites colonies sur milieu slectif, aprs plusieurs jours d'incubation (301). Les spirochtes sont des organismes spirales mobiles, difficilement cultivables en routine au laboratoire. Les trois genres d'importance mdicale sont Treponema, Leptospira, et Borrelia. Treponema pallidum, agent de la syphilis, est visible en microscopie fond noir sous la forme d'un spirochte troitement spirale (305). Le diagnostic de syphilis est gnralement srologique. Parmi les anticorps produits, certains sont spcifiques du trponme et d'autres sont spcifiques d'un haptne (le cardiolipide), prsent chez T. pallidum, mais aussi dans certaines cellules bactriennes et animales NdT). Les ractions de type VDRL-charbon (306) permettent la mise en vidence des anticorps anti-cardiolipide (anciennement dsigns sous le nom de ragines). Leptospira interrogans, agent de la leptospirose, est observable en microscopie fond noir, aprs coloration argentique, ou encore en immunofluorescence (307). Borrelia reu/Tenus, responsable de fivres rcurrentes, peut tre vu sur frottis sanguin de patient infect, aprs coloration de May-Grnwald-Giemsa (308). Les rickettsies et Coxiella burnetii sont des parasites intracellulaires obligatoires cultivables seulement sur uf embryonn ou sur cellules. Des ractions srologiques sont utilises pour le diagnostic des infections rickettsiennes. La raction de Weil et Flix est un test non spcifique reposant sur l'agglutination de souches particulires de Proteus mirabilis et vulgaris par les anticorps anti-rickettsie (310). La fivre Q, provoque par Coxiella burnetii, peut tre diagnostique par raction de fixation du complment (311).
194
298
Mycoplasmes et Ureaplasma. Infections.
299 Mycoplasmes. Sources et modes de transmission des bactries.
300
Mycoplasmes. Caractres d'identification.
195
Arfcw de microbiologie mdicale

301 Culture de Mycoplasme hominis. Un gros plan montre les colonies en uf au plat , sur un milieu enrichi Ipleuropneumonia Ilke organisms, PPLO) (Milieu PPLO, S lours 37 Cj
302
Spirochtes. Infections.
196
303
Spirochtes. Sources et modes de transmission des bactries
,304
Spirochtes. Caractres d'identification.
197
305 Treponema pallidum en microscopie fond noir. T. pallidum apparat comme un spirochte raide, l'enroulement serr (Fond noir, x1000)
306 Diagnostic srologique de la syphilis par un test de type VDRL-charbon. Il s'agit d'une recherche d'anticorps l'aide d'un antigne cardiolipidique (ne provenant pas d'un spirochte), positive dans les premiers stades de la maladie. Le srum du patient est mlang une prparation commerciale de cardiolipide sur des particules de charbon. Une raction positive provoque la coalescence des particules antigniques. (Agglutination aprs 4 min)
198
Bactries ef infections bactrienne
307 Leptospira interrogans en microscopie fond noir. Les leptospires sont des spirochtes raides, l'enroulement serr et aux extrmits caractristiques en crochet. Ils sont responsables de zoonoses, et de leptospirose ou maladie de Weil chez l'homme. (Fond noir, xlOOOi
308 Coloration de Giemsa de Borrelia recurrentis dans le sang d'un patien atteint de fivre rcurrente. Les Borellia sont d'assez grands spirochtes onduls, rougemauve la coloration de Giemsa (Giemsa, x1000j
10
309a Rickettsies et Coxiella. Infections
309b Rickettsies et Coxiella. Sources et modes de transmission
309e Rickettsies et Coxiella. Caractres d identification
200
310 Reaction de Weil et Flix dans les infections rickettsiennes. Les anticorps anti nckettsie reagissent avec certaines souches de Proteus vulgans et de Profeus mirabilis Le srum du patient est incube en prsence de solutions commerciales colores d antignes et l'on recherche les agglutinations On ralise des dilutions sries de 1 20 a 1 1280 Le srum de ce patient ragit (ici avec 1 antigne de Proteus vulgans OX 19) |usqu a un titre de 1 320 {Incubation de 4 h a 50 Cf
311 Reaction de fixation du complment pour le diagnostic d'infection Coxiella burnetii. La range 4 contient des dilutions sries (de 1 8 a 1 512 et tmoin) de srum du patient reagissant contre l antigne de phase 1 de Coxiella burnetii |usqu a un titre de 1 64 (Incubation de 18 h a +4 C, aont des hmaties et incubation pendant 30 min a
37 a
201
CHLAMYDIACEAE
Les caractres des Chiamydiaceae sont rsums dans les tableaux 312a, b et 313. Ce sont des bactries intracellulaires obligatoires. Elles possdent de l'ADN et de l'ARN, une paroi cellulaire, et se divisent par scissiparit Elles pntrent dans la cellule hte par endocytose et se rpliquent dans l'endosome, en formant une grande inclusion (314). Elles existent sous deux formes, le corps lmentaire, petit et dense aux lectrons, qui est la forme infectante, et le corps rticul, plus fragile, qui est la forme de reproduction et ne se trouve que dans les inclusions. Trois espces sont pathognes pour l'homme. Malgr son nom, Chiamydia psittaci infecte une grande varit d'espces, en plus des psittacids (perroquets et perruches). C. psittaci est responsable d'une pneumopathie atypique, habituellement acquise par contact aviaire. Un srotype particulier (responsable d'avortement chez la brebis) est une cause exceptionnelle d'avortement, de prmaturit et de septicmie foetale. Le diagnostic repose sur la mise en vidence de l'agent infectieux dans les tissus par immunofluorescence ou sur la srologie. La culture est possible par inoculation du sac vitellin d'uf de poule fcond, et requiert des installations confines de haute scurit biologique. Les souches des srotypes A C de Chiamydia trachomatis sont l'origine du trachome, premire cause infectieuse de ccit dans les pays en voie de dveloppement. Les souches des srotypes D K sont responsables de maladies sexuellement transmissibles, de distribution mondiale. L'infection peut tre inapparente (en particulier chez la femme), ou entraner urtrite, cervicite, ou pididymite (chez l'homme). L'extension au haut appareil gnital provoque des salpingites chez la femme C'est la premire cause de maladies transmises sexuellement depuis le recul de la gonococcie. Lorsqu'un enfant nat en passant par un col infect, il y a 50 % de chance qu'il dveloppe une conjonctivite nonatale inclusions, puis ventuellement une pneumopathie. La culture sur cellules pithliales (ex. cellules McCoy) permet le diagnostic, mais ncessite jusqu' 72 heures pour visualiser les inclusions caractristiques (315). Des tests plus rapides sont maintenant disponibles, par ELISA ou immunofluorescence directe (316) (et biologie molculaire, par hybridation avec des sondes nucliques, NdT). Chiamydia pneumoniae, auparavant appele TWAR (Ta; Wan Acute R.espiratory) est une espce pathogne de dcouverte plus rcente. Elle est responsable de pneumopathie atypique, spcialement chez l'adolescent et l'adulte jeune. On l'a galement associe des affections coronariennes. Le diagnostic s'effectue par srologie, culture, ou dtection du gnome viral par PCR.
202
312a Chiamydia. Infections.
312b Chiamydia. Sources et modes de transmission.
313
Chiamydia. Caractres d'identification. 203
314 Chiamydia frachomatis, inclusions. Microphotographie lectronique d'une coupe mince d'une cellule McCoy contenant une grande inclusion de C. Irachomatis. Les formes petites et denses aux lectrons sont les corps lmentaires (e), et les plus grandes sont les corps rticuls (r).
315 Culture de Chiamydia trachomatis sur cellules McCoy. Les cellules colores au Giemsa contiennent de grandes inclusions chiamydiennes, masquant en partie le noyau. fGiemsa, xOOO;
204
316 Chiamydia trachomatis en immunofluorescence. Immunofluorescence directe sur un frottis cervical montrant les corps lmentaires vert pomme fluorescent de C. trachomatis. (Microscopie fluorescence, x1000j
205
ANTIBIOTIQUES ET RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES ABREVIATIONS UTILISEES POUR LES DIFFERENTS ANTIBIOTIQUES
AMC MTZ AML NA
C OX CAZ
P CE R CIP R CN
T
CTX
VA
F
W
MET
coamoxyclav mtronidazole amoxicilline acide nalidixique chloramphnicol oxacilline ceftazidime pnicilline cfaclor rifampicine ciprofloxacine sulfamthoxazole gentamicine ttracycline cfotaxime vancomycine nitrofurantone trimthoprime mticilline
La dtermination de la sensibilit aux antibiotiques des bactries isoles en clinique et l'tude de l'efficacit des traitements sont deux des tches essentielles du laboratoire de microbiologie. Les mcanismes d'inhibition de la croissance bactrienne par les principales familles d'antibiotiques sont recenss dans la figure 317. Les bactries peuvent tre intrinsquement rsistantes certains antibiotiques, ou peuvent acqurir la rsistance, soit par transfert gntique, soit par mutation. Des exemples de mcanismes de rsistance des bactries figurent dans le schma 318. Au laboratoire, la mesure de la sensibilit aux antibiotiques est ralise le plus souvent par diffusion en milieu glose (mthode des disques). Parfois (en particulier au RoyaumeUni, NdT), les gloses sont ensemences de telle sorte que l'on puisse comparer sur la mme bote la souche teste un germe tmoin sensible. Des disques chargs d'antibiotique sont placs l'intersection des deux parties de la glose, pralablement ensemence par la souche tester d'une part et la souche tmoin d'autre part. Les botes sont incubes 18 heures et l'on compare les zones d'inhibition de la souche tester et de la souche tmoin. Souvent, la rsistance d'une souche entrane une croissance adjacente au disque ou moins de 2 mm de sa bordure. La figure 319 montre la relation entre la taille 206

317 Mcanismes antibactriens des antibiotiques.
Voie mtabolique alternative trimthoprime sulfamides
^10 0
Mcanismes bactriens de rsistance aux antibiotiques.
207
Atlas de microbiologie mdicale 319 Droite de rgression montrant la relation entre la taille de la zone d'inhibition et la concentration minimale inhibitrice (CMI). La droite montre la relation linaire entre concentration inhibitrice et distance du bord de la zone de croissance au disque. La zone d'inhibition est souvent compare celle d'une souche sensible de la mme espce.
320 Antibiogramme de Staphylococcus aureus. L'anneau extrieur es) constitu de la souche de contrle NCTC 6571 de S. aureus, sensible aux quatre antibiotiques tests. A l'intrieur, une souche rsistante P, mais sensible F, CE et CN. (Glose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 "CJ
321 Antibiogramme de souches sensibles et rsistantes de Escherichia coll. L'anneau extrieur est ensemenc avec une souche de contrle de E. coli NCTC sensible AML, W, F et NA et montre des zones d'inhibition autour de chaque disque d'antibiotique. Une souche de E. coli d'un chantillon clinique est tale au centre, et montre une sensibilit F et NA, et une rsistance AML et W (pas de zone d'inhibition). (Glose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 C)
208
Bactries et'infections bactriennes de la zone d'inhibition et la concentration minimale inhibitrice d'antibiotique. Des exemples d'antibiogrammes par la mthode des disques sont donns, pour S. aureus (320) et E. coli (321). La rsistance aux pnicillines et aux antibiotiques voisins est souvent due la production par les bactries d'enzymes dtruisant le cycle p-lactame. La figure 322 montre une souche de E. coli productrice de p-lactamase, sans zone d'inhibition autour du disque d'amoxicilline. Sur cet antibiogramme figure galement un antibiotique particulier, le coamoxyclav, compos d'amoxicilline et d'un inhibiteur de R-lactamase, l'acide clavulanique; ce dernier restaure la sensibilit de la souche l'amoxicilline, ce qui se traduit par une zone d'inhibition. Parfois, la production de p-lactamase par le micro-organisme est insuffisante pour inactiver l'antibiotique proximit du disque, et l'on observe une zone d'inhibition dont la bordure est constitue de grosses colonies, . confrant un aspect paissi (323). La production de p-lactamase peut tre mise en vi-
322 Rsistance l'ampicilline par production de p-lactamase chez Escherichia coli. La glose est ensemence avec une souche de E. co/i rsistante l'ampicilline, mais sensible au coamoxyclav. Ce dernier est constitu d'amoxicilline et d'un inhibiteur de p-lactamase, l'acide clavulanique. (Glose DST S% de sang hmolyse, 18 h 37 "Cl
323
Rsistance l'am-
picilline par production de P-lactamase chez Escherichia coll. La souche de E. coli de l'anneau extrieur est totalement sensible. La souche rsistante laisse voir une zone d'inhibition autour du disque, plus petite et dont la bordure a . un aspect paissi. (Glose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 "Cl
209
Alfas de microbiologie mdicale dence par une simple raction colore utilisant une cphalosporine chromogne, la nitrocfine (324). La rsistance la mticilline chez S. aweus peut tre dtecte en plaant une bande de papier imprgn de l'antibiotique (25 ug) en travers de stries de la souche tester et de deux souches de contrle, l'une sensible et l'autre rsistante (325).
324 Mise en vidence de la production de p-lactamase par raction avec une cphalosporine chromogne (nitrocfine). La nitrocfine vire du jaune au rouge en prsence de (3-lactamase Une souche de Haemophilus influenzae rsistante l'ampicilline par production d'une p-lactamase a t dpose sur le papier, et fait apparatre la coloration rouge en 60 secondes.
325 Staphylococcus aweus rsistant la mticilline. La bande de papier contient 25 ug de mticilline. Les souches sensibles sont inhibes de part et d'autre de la bande, tandis que la souche rsistante de S. aureus (SARM) pousse son contact. (Glose Columbia, 18 h 37 "Cl
326 Streptococcus pneumoniae rsistant la pnicilline. L'anneau extrieur est ensemenc avec une souche de contrle sensible de S. aureus. La rsistance de S pneumoniae la pnicilline est dtecte l'aide du disque charg de 1 ug d'oxacilline. La souche ensemence au centre est rsistante la pnicilline et l'rythromycine. (Glose chocolat, 18 h 37 CI
210
Baclries et infections bactriennes La rsistance la pnicilline est un problme clinique d'importance croissante chez 5. pneumoniae; elle est due des modifications des protines liant la pnicilline II a t montr que sa dtection pouvait tre ralise de faon reproductible in vitro, a l'aide d'un disque charg de 1 u,g d'oxacilline (326). Des antibiogrammes par la mthode des disques de H. influenzae, N. meningitidis et N. gonorrhoeae sont montrs sur les figures 327 329.
327 Rsistance l'ampicilline chez Haemophilus influenzae. Antibiogramme montrant une souche de H. influenzae rsistante l'ampicilline, mais sensible au chloramphnicol et au cfotaxime. fG/ose chocolat, 18 h 37 C)
328 Sensibilit de Neisseria meningitidis aux antibiotiques. Antibiogramme montrant une souche de N. meningitidis sensible la pnicilline et la rifampicine, mais rsistante aux sulfamides. (Glose chocolat, 18 h 37 "Cf
329 Rsistance la pnicilline chez Neisseria gonorrhoeae. Antibiogramme montrant une souche de N. gonorrhoeae rsistante la pnicilline, mais sensible la spectinomycine. (Glose chocolat, 18 h 37 Cj
211
Arias de microbiologie mdicale Les souches cliniques de P. aeruginosa sont souvent rsistantes de nombreux antibiotiques. La figure 330 montre une souche rsistante la gentamicine et au cfotaxime. Chez les entrocoques, il a t rapport des rsistances la vancomycine, bas niveau (331) et haut niveau. Pour dterminer la sensibilit de plusieurs souches un mme antibiotique, il est intressant d'utiliser une bote de glose contenant une concentration fixe de cet antibiotique, gale la concentration critique, et qui ne laisse donc pousser que les souches rsistantes (332). La mthode des disques ne fournit que des informations qualitatives (ou semi-quantitatives, grce aux courbes de concordance, NdT) sur la sensibilit ou la rsistance d'une souche II existe des mthodes quantitatives permettant de mesurer les concentrations minimales inhibitrices (CMI) et bactricides (CMB) d'un antibiotique vis--vis d'une souche clinique Ces mesures sont utiles dans les cas d'infections svres telles que les endocardites, ou lorsqu'on utilise des antibiotiques dont le seuil de toxicit est proche de la concentration efficace. Les figures 333 et 334 illustrent la dtermination de la CMI par
330 Antibiogramme de Pseudomonas aeruginosa. L'anneau extrieur est ensemenc avec une souche de contrle de P aeruginosa (NCTC 10662), sensible CTX, CM, CIP, CAZ. La souche teste est rsistante au cfotaxime et la gentamicine. (Glose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 C)
331 Rsistance la vancomycine chez Enterococeus faecalis. Quelques souches sont rsistantes bas niveau la vancomycine. Celleci est rsistante au disque charg 5 ug, mais sensible au disque 30 ug, et la teicoplanine. (Glose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 Q
212

332 Mesure de la sensibilit de Escherichia coli l'amoxicilline par rapport deux concentrations critiques. Les souches sont ensemences, l'aide un inoculateur tiges multiples, sur des milieux contenant deux concentrations diffrentes d'amoxicilline Aprs une nuit d'incubation, on note la prsence ou l'absence de croissance. (Glose DST 5% de sang hmolyse Concentration d'amoxicilline dans les botes : gauche, 1 ug/ml, droite, 8 ug/ml)
333
333, 334 Dtermination en tube de la concentration minimale inhibitrice d'amoxicilline pour deux souches de Escherichia coll. On prpore une srie de dilutions d'amoxicilline (concentrations finales 0,5 64 ug/ml). 1 ml du germe tudier est ajout dans chaque tube. Aprs une nuit d'incubation, on observe les tubes prsentant un trouble visible La CMI est la plus faible concentration d'antibiotique inhibant la croissance. En haut (333), la CMI est gale 2 ug/ml. En bas (334), elle est gale 32 ug/ml [Concentration d'amoxicilline dans les botes (ug/ml), de gauche droite, 0,5, 1, 2; 4; 8; 16; 32; 64, et O (contrle)]
334
213
Arias de microbiologie mdicale la mthode de dilution en milieu liquide, et les figures 335 et 336 la dtermination de la CMB. En pratique clinique, la connaissance d'ventuels synergie ou antagonisme entre antibiotiques est importante. La figure 337 montre la synergie entre le trimthoprime et un sulfamide, deux agents agissant des niveaux diffrents de la synthse des acides nucliques bactriens. Un antagonisme entre l'acide nalidixique et la mtrofurantone apparat sur la figure 338. Un antagonisme peut survenir par induction d'une p-lactamase de classe 1 (cphalosporinase inductible, NdT), une p-lactamine rduisant l'activit d'une autre molcule de la mme famille (339)
335
335, 336 Concentration minimale bactricide (CMB) d'amoxicilline pour deux souches de E. coll. On prlve 20 pi de chacun des tubes limpides de la manipulation prcdente, qui sont dposs sur un quadrant de glose au sang et incubs 18 heures La CMB est la plus faible concentration d'antibiotique ne donnant aucune croissance sur la bote. Pour la souche dont la CMI tait gale 2 ug/ml, la CMB est gale 16 pg/ml (335). Pour celle dont la CMI tait gale 32 ug/ml, la CMB est suprieure 64 pg/ml (336). (Glose au sang, 18 h 37 Q
336
214
337 Mise en vidence d'une synergie antibiotique. On voit ici la synergie d'action entre le trimthoprime et le sulfamthoxazole. La taille de la zone d'inhibition entre les disques est plus importante quand les deux antibiotiques sont prsents. fEscherichia coli, g/ose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 Q
338 Mise en vidence d'un antagonisme entre antibiotiques. On voit ici l'antagonisme d'action entre l'acide nalidixique et la nitrofurantone. La taille de la zone d'inhibition entre les disques est diminue quand les deux antibiotiques sont prsents. fProteus vulgaris sur g/ose CLED, 18 h 37 "Cl
339 Induction de la production de (i-lactamase. L'imipnme induit la production de P-lactamase chez Pseudomonos aeruginosa, diminuant la zone d'inhibition autour de la pipracilline. (Glose DST 5% de sang hmolyse, 18 h 37 C]
215
Allas de microbiologie mdicale Les synergies sont recherches en pratique clinique (les association d'antibiotiques servent surtout limiter le risque d'mergence de bactries rsistantes, largir le spectre, ou encore augmenter la vitesse de bactricidie, NdT). Les figures 340 et 341 dmontrent les effets synergiques de l'association pnicilline-gentamicine. Dans certaines infections graves, il est utile de dterminer l'activit bactricide du srum du patient vis--vis du germe isol. Des chantillons sriques sont prlevs (en cours de traitement, NdT) avant une administration d'antibiotique (taux rsiduel), et en gnral une heure aprs (taux au pic). On mesure la plus grande dilution de chacun des srums exerant une activit bactricide sur le germe (342 344). Une dilution au 1/8 du srum au pic est considre comme adquate, bien que certaines tudes aient suggr qu'une dilution au 1/32 soit ncessaire la gurison.
340
341
340, 341 Association d'antibiotiques. Chaque puits contient l'association de pnicilline et de gentamicine, diffrentes concentrations, indiques dans la figure 340. La range F montre une croissance toutes les concentrations de pnicilline, en l'absence de gentamicine. La colonne 5 montre une croissance toutes les concentrations de gentamicine sauf 32 ug/ml, en l'absence de pnicilline. Les antibiotiques agissent en synergie, la croissance tant inhibe par 2 ug/ml de gentamicine, en prsence de 1 ug/ml de pnicilline (341).
216

342, 343 Dtermination de l'activit antibiotique du srum. Des chantillons de srum de patient sont prlevs avant et aprs administration du traitement antibiotique. Chacun est dilu en srie et mis en prsence de 1 ml de culture en bouillon du germe isol chez le patient. Les tubes sont incubs une nuit. La dilution minimale inhibitrice avant administration (rsiduelle) est gale 1:2 (342), alors qu'aprs administration (pic srique) elle atteint 1:32 (343). (Dilutions en bouillon, de gauche droite, 1:2, 1:4, 1:8, 1:16, 1:32, 1:64, 1:128, contrle)
342
343 344 Pouvoir bactricide
du srum. Vingt ul du contenu des tubes n'ayant pas pouss dans l'exprience prcdente ont t dposs sur glose au sang, et incubs 18 heures, pour dterminer la dilution minimale bactricide, qui est gale 1:16. {Glose au sang, 18 h 37"Cj
217

345, 346, 347 Mesure des concentrations sanguines de gentamicine. Une bote de glose isosensitest est ensemence avec une dilution au 1:50 d'une culture de 18 heures de Klebsiella pneumoniae. Des puits sont dcoups et remplis de solutions calibres de gentamicine ou bien de srum (selon la disposition indique figure 345). Aprs incubation d'une nuit (346), on mesure les zones d'inhibition et l'on tablit une courbe de calibration (347). La concentration de gentamicine des chantillons est extrapole partir de ce graphe La concentration de l'chantillon A est de 1 ug/ml, celle de l'chantillon B est de 10 ug/ml.
345
346 347
218
Bactries et infections bactriennes Jn examen complmentaire important consiste dterminer les taux sriques d'antibiotique, pour estimer l'activit in vivo et viter les concentrations toxiques. Les figures 345 347 montrent un dosage microbiologique dans le srum de gentamicine (taux rsiduel et taux au pic). Les autres figures de ce chapitre dcrivent le transfert de dterminants de rsistance. La figure 348 montre le principe du transfert plasmidique de gnes de rsistance Au laboratoire, des cultures d'une bactrie donatrice (multi-)rsistante et d'une rceptrice convenable possdant un marqueur de rsistance chromosomique, sont incubes en prsence l'une de l'autre, puis tales sur un milieu contenant la fois l'antibiotique marqueur de la rceptrice et l'un des antibiotiques auxquels la donatrice tait rsistante. Seuls les transconjugants (bactries rceptrices contenant maintenant les gnes plasmidiques de rsistance de la donatrice) vont pousser sur le milieu slectif. Les figures 349 351 illustrent le transfert de rsistance chez . coll. Le gel prsent sur la figure 352 montre les profils plasmidiques de donatrices et de rceptrices, mettant en vidence les transferts de plasmides.
348 Transfert de gnes plasmidiques de rsistance aux antibiotiques. La souche donatrice est rsistante l'ampicilline, la ttracycline et au chloramphnicol, mais sensible l'acide nalidixique. La rceptrice est une souche de F. co/i Kl 2 rsistante uniquement l'acide nalidixique. Le transconjugant est rsistant aux quatre antibiotiques
219
Arfos de microbiologie mdicale
349
349, 350, 351 Transfert de rsistance par conjugaison bactrienne. La souche donatrice (349) est une souche de Escherichia co/i sensible l'acide nalidixique, mais rsistante l'ampicilline, la ttracycline et au chloramphnicol. La rceptrice est une souche de laboratoire (E. co/i K12, NA"), sensible l'ampicilline, la ttracycline et au chloramphnicol, avec une rsistance chromosomique NA (350). Le transconjugant (351) est rsistant aux quatre antibiotiques.
350
351
220
352 lectrophorse en gel d'agarose montrant le transfert de plasmides de rsistance aux antibiotiques. Les pistes 3 12 montrent une alternance de donatrices et de transconjugants, avec transfert de plasmide. Par exemple, la piste 3 contient l'ADN de la donatrice, avec quatre plasmides (au dessus de la bande large d'ADN chromosomique). La piste 4 montre le transfert d'un des plasmides de la donatrice chez le transconjugant. (Extraction d'ADN par lyse en 5DS et prcipitation l'thanol. Electrophorse en gel 0,7 % d'agarose. Coloration au bromure d'thidium)
22?
TECHNIQUES D'EPIDEMIOLOGIE
Au cours de l'investigation d'infections hospitalires croises, le typage des pathognes au-del du niveau de l'espce est souvent ncessaire pour identifier d'ventuelles souches pidmiques. Des exemples de technique spcifique de typage sont prsents dans ce chapitre, mais des mthodes plus gnrales (caractres biochimiques, phnotype de rsistance aux antibiotiques, srotype) peuvent aussi tre utilises. Ces dernires sont illustres dans les chapitres prcdents. La figure 353 est un exemple de lysotypage de 5. aureus. Le lysotype de la souche est indiqu par la rfrence des phages qui produisent des plages de lyse sur la glose. La figure 354 illustre une technique de pyocinotypie (mise en vidence de la production de bactriocine) chez Pseudomonas aeruginosa Des mthodes analogues ont galement t appliques au typage des shigelles et d'autres entrobactnes. Elles ncessitent de la main d'uvre et sont rarement utilises depuis que des techniques molculaires plus spcifiques et reproductibles sont disponibles. La figure 355 montre le typage de souches nappantes de Proteus par la technique de Dienes. Des souches qui diffrent produisent une dmarcation l o les nappes se rencontrent.
353 Typage phagique de

Staphylococcus aureus
(lysotypie). Une culture en bouillon de S. aureus est ensemence sur une glose nutritive, et diffrents phages sont dposs selon un plan prdfini. Aprs incubation, le profil de lyse indique le lysotype de la souche fG/ose nutritive, 18 h 37 "Ci
222

354 Pyodnotypoge de Pseudomonas aeruginosa. La souche tudier est inocule en stries de haut en bas au centre de la bote La pousse est limine par raclage des colonies, et la bote est expose des vapeurs de chloroforme pour tuer les bactries restantes Des souches indicatrices sont alors ensemences en stries transversales sur la bote, qui est nouveau incube Le profil d'inhibition des souches indicatrices indique le pyocinolype de la souche tudie. (Glose au sang, 18 h 37 Q
355 Typage de souches de Proteus par la technique de Dienes. Trois souches sont dposes quidistance la priphrie de la glose, qui est incube une nuit. Les deux souches identiques forment deux nappes confluantes, sans sparation. La troisime souche, diffrente, fait apparatre une ligne de dmarcation fG/ose au sang, 18 h 37 Q
223
Alfas de microbiologie mdicale Les mthodes molculaires dont l'utilisation va croissant comprennent l'analyse des profils des protines cellulaires totales ou de membrane externe, des profils plasmidiques et des profils de restriction de l'ADN gnomique aprs digestion par des endonuclases. La figure 356 montre des profils lectrophortiques de protines cellulaires totales lors de l'tude de souches de B. cepacia chez des patients atteints de mucoviscidose. Il existe d'autres techniques molculaires ne reposant pas sur l'tude de l'ADN, comme l'analyse des protines de membrane externe et le typage du lipopolysaccharide (357). Les techniques rapides d'extraction de l'ADN petite chelle ont conduit la mise au point de plusieurs techniques reproductibles, aux nombreuses applications, qui permettent de diffrencier les souches. La figure 358 montre les profils plasmidiques de souches de 5. sonnei isoles de diffrents foyers d'infection, et comment on peut les diffrencier. La dissmination de bactries Gram ngatif multirsistantes est un problme croissant d'infectiologie hospitalire. Les produits de restriction des plasmides de bactries pr; sentant le mme phnotype de rsistance peuvent permettre d'identifier les souches pidmiques (359). Les endonuclases de restriction sont galement utilises pour produire
356 Typage de B. cepacia par lectrophorse des protines cellulaires totales. Aprs lyse des bactries, les protines totales sont spares par lectrophorse en gel de polyacrylamide et colores au bleu de coomassie. Les pistes extrieures contiennent des marqueurs de poids molculaire. Les profils protiqus des souches des pistes 1 5 et de la piste 9 prsentent des similitudes.
357 Typage de Legionella par lectrophorse des protines cellulaires totales (WCP), des protines de membrane externe (OMP) et du lipopolysaccharide (LPS). Les pistes 1 et 6 contiennent des marqueurs de poids molculaire. La piste 2 montre le profil de WCP, la 3 le profil d'OMP, et la 4 le profil du LPS. (Electrophorse en gel de polyacrylamide, coloration argentique)
224

358 Typage plasmidique de Shigella sonnei. La piste 12 contient des marqueurs de poids molculaire. Les autres pistes montrent des groupes de profils identiques (ex. pistes 1 3, pistes 5 et 7, pistes 9 et 10), et des profils distincts les uns des autres. (Extraction d'ADN par lyse en SDS et prcipitation l'thanol. Electrophorse en gel 0,7% d'agarose. Coloration au bromure d'tbidium.j
359 Caractrisation de plasmides de rsistance chez Cscherichia col! par digestion avec des endonuclases de restriction. Le gel montre les produits de digestion par l'enzyme Psi 1, de plasmides ayant tous un poids molculaire de 62 MD. Les profils de restriction des plasmides des pistes 1, 2, 3, 4 et 7 sont identiques. Ceux des pistes 9 et 10 sont similaires l'un l'autre, mais diffrents de tous les autres. (Extraction d'ADN par lyse en SDS et prcipitation l'fhanol. Digestion enzymatique pendant 2 h 37 C. Elecfropho- rse en gel 0,7% d'agarose. Coloration au bromure d'thidium.j
225
Allas de microbiologie mdicale des profils d'ADN chromosomique. En raison du grand nombre de fragments obtenus (et surtout de leur grande taille, NdT), on utilise l'lectrophorse en champ puis, avec un champ lectrique variant en dure et en voltage au cours du temps. Cette mthode est trs discriminante (360). Les enqutes ralises au dcours d'pidmies ncessitent galement des analyses microbiologiques de l'environnement. Le contrle de la qualit des eaux est un exemple de ce type d'investigation (361). Les bactries conformes qui poussent 44 C sont de bons indicateurs de contamination fcale.
360 lectrophorse en champ puis (PFGE) de l'ADN chromosomique de plusieurs souches de Staphylococcus aureus rsistant la mticilline (SARM). L'ADN des diffrentes souches a t digr par l'endonuclase de restriction Smal, et les fragments obtenus ont t spars par lectrophorse en champ puis. Les souches des pistes 3, 4, 6, 7, 9 et 10 montraient des profils identiques et ont t identifies comme un clone pidmique. (Extraction d'ADN par lyse cellulaire et traitement par la protinase K, digestion enzymafique pendant 2 h 37 C, lectrophorse en gel 1 % d'agarose, champ lectrique 6 Y/cm, angle 120, pulsations variant de 5,3 s a 34,9 s)
361 Contrle microbiologique de la qualit de l'eau, par filtration sur membrane. Des chantillons de 100 ml d'eau sont filtrs sur des membranes de porosit 0,45 prn, qui sont ensuite trempes dans un milieu contenant du laurylsulfate et incubes 44 C pendant 16 h. Les coliformes fcaux forment des colonies jaunes et l'on dtermine leur nombre pour 100 ml. En haut, une numration faible; en bas, une numration leve, suggrant une contamination fcale importante.
226
Les champignons ou myctes constituent un rgne trs important, dont seul un petit nombre de reprsentants sont pathognes pour l'homme. Ce sont des eucaryotes, possdant un noyau et une paroi cellulaire compose de chitine. Un aperu des principaux groupes de champignons pathognes figure dans le schma 362. Les champignons peuvent se prsenter sous forme unicellulaire (levure) ou pluricellulaire, lorsque les cellules s'allongent pour former des filaments ou hyphes (qui constituent le myclium, NdT). Les quatre principaux embranchements des champignons vrais (eumyctes) se distinguent par leur mode de reproduction. Les zygomyctes peuvent avoir une reproduction sexue, les zygotes se formant par fusion des extrmits des filaments (gamtanges, NdT). On trouve parmi eux les genres pathognes Mucor et Absidia. Les basidiomyctes possdent des spores sexues externes produites par des cellules en forme de massue appeles basides (Oyptococcus neoformans est la forme levure d'un champignon basidiomycte, NdT). Les ascomyctes forment des
362
Taxonomie des champignons.
227

spores sexues l'intrieur d'un asque; Piedraia hortae est un pathogne appartenant cet embranchement. Les principaux pathognes humains appartiennent l'embranchement des deutromyctes, aussi appels champignons imparfaits (Fungi imperfecti), car on n'a pas pu mettre en vidence chez eux de reproduction sexue. En revanche, ils forment des spores ou conidies. Les Fungi imperfecti comprennent les genres Epiderinophyton, Candida et Pityrosporum. Cependant, on utilise une classification plus pratique base sur l'association des maladies : mycoses superficielles, sous-cutanes ou systmiques (363). Bien que les genres Actinomyces et Nocardia soient forms de bactries ramifies, ils ont t placs ici par commodit.
363
Champignons et maladies humaines.
228
Champignons d'intrt mdical
ACTINOMYCETACEAE
Ce sont des bactries ramifies (364), qui peuvent faire partie de la flore normale. Le principal agent pathogne est Actinomyces israelii, bacille Gram positif non acido-alcoolorsistant, anarobie ou microarophile. Il est responsable d'abcs maxillaires, pulmonaires et abdominaux, ainsi que d'infections sur strilet. Le diagnostic repose sur la coloration de Gram de frottis de pus, contenant parfois des grains jaune soufre (365), et
364 Actinomyces israelii dans un pus. Coloration de Gram d'un frottis de pus d'actinomycose abdominale. On peut voir les bactries ramifies Gram positif (Actinomyces israelii j . (barre = 10 \sm]
365 Actinomycose. Grains jaunes dans un pus d'actinomycose abdominale.
229
Arfca de microbiologie mdicale

sur la culture en milieu liquide ou solide. Sur milieu solide, les colonies sont gris-blanc avec une surface irrgulire dentele (366). Le traitement consiste drainer l'abcs et administrer de la pnicilline.
NOCARDIACEAE
Ce sont aussi des bactries filamenteuses et Gram positif (367), mais qui sont partiellement acido-alcoolo-rsistantes, et qui prsentent des formes coccodes et bacillaires, contrairement Actinomyces israelii. Nocardia astrodes a une distribution mondiale et provoque des abcs profonds. N. brasiliensis et N. caviae sont des agents de myctomes. Sur glose au sang, N. astrodes produit des colonies la surface irrgulire. Le traitement requiert un drainage chirurgical et une antibiothrapie au long cours par les sulfamides ou le cotrimoxazole.
366 Colonies de Actinomyces israelii sur glose au sang. Quatre jours d'incubation 37 C en microarophilie. Remarquer les colonies irrgulires (aspect dentel).
367
Nocardia astrodes
(Gram positif) dans un pus. Coloration de Gram d'un frottis de pus contenant N. astrodes.
230
MYCOSES SUPERFICIELLES
Les dermatophytes (368) sont un groupe de champignons pouvant utiliser la kratine comme nutriment. Dans les tissus, ils sont prsents sous forme d'un myclium cloisonn. Sur les milieux de culture solides (ex. milieu de Sabouraud glucose), ils produisent des colonies duveteuses ou poudreuses (369 371) et des macro- et microconidies caractristiques qui permettent de distinguer les espces. Les caractres biochimiques sont peu utiliss pour l'identification. Le genre Epidermophyton possde des macroconidies piriformes paroi lisse (372), le genre Microsporum des macroconidies fusiformes paroi le plus souvent chinule (373), et le genre Trichophyton des macroconidies cylindriques paroi lisse. La production de macroconidies par les Trichophyton est faible, y compris sur glose au malt. Une caractristique diagnostique de T. mentagrophytes est la production de filaments en vrille (374). Les principales infections sont les teignes (teignes tondantes,
368
Les dermatophytes.
23?
Atlas de microbiologie mdicale 369 Culture de Trichophyfon rubrum. Croissance aprs 10 jours sur milieu de Sabouraud glucose.
370 Culture de Microsporum gypseum. Croissance aprs 10 jours sur milieu de Sabouraud glucose.
371 Culture de Epidermophyton floccosum. Croissance aprs 10 jours sur milieu de Sabouraud glucose.
232
Champignons c/'/nfnt mdical
372 Culture de Epidermophyton floccosum. Prparation colore par le lactophnol au bleu coton de E. floccosum aprs culture sur milieu de Sabouraud, montrant les macroconidies pyriformes typiques.
373 Culture de Microsporum canis. Prparation colore par le lactophnol au bleu coton de M. canis aprs culture sur milieu de Sabouraud, montrant des macroconidies paroi chinule.
374 Culture de Trichophyfon mentagrophytes. Prparation colore par le lactophnol au bleu coton de T. mentagrophyles aprs culture sur milieu de Sabouraud, montrant des filaments en vrille (flche).
233
Atlas de microbiologie mdicale suppuratives, favique), les pidermophyties (herps circin, eczma margin de Hbra, intertngo interdigitoplantaires), et les onychomycoses (375, 376). Le Tokelau ou Tnea imbricata est d T. concentricum et se caractrise par des lsions cutanes concentriques (377). Les dermatophytes peuvent aussi envahir les cheveux et les poils Lorsqu'ils
375 Herps circin. Exemple de dermatophytie cutane.
376 Onyxis. Exemple d'onyxis.
377 Tokelau. Exemple de tinea imfcricoto, due Trichophy ton concenfricum.
234
en surface, on dit qu'ils sont exothrix, et endothrix s'ils envahissent l'intrieur de la (sont gaine (378). Les dermatophytes d'origine animale produisent en gnral une raction plus intense, pouvant aller jusqu' la formation d'un krion (379). Le diagnostic ncessite de prlever des chantillons de peau, de dbris d'ongle ou de cheveu et de les placer dans
378 Atteinte endothrix montrant les filaments fongiques l'intrieur de la gaine du cheveu.
379 Krion (raction inflammatoire l'infection par un dermatophyte d'origine animale).
380 Prparation de squames claircie la potasse. Les squames ont t obtenues par raclage cutan On peut voir des filaments mycliens et des arthrospores.
235
Atlas de microbiologie mdicale une solution de potasse 30 % sur une lame de microscope. Celle-ci est examine la recherche de filaments mycliens et d'arthrospores (380) Certaines lsions de dermatophytes (dues, par exemple, M audouinn, M canis, T scboenleinii) sont fluorescentes quand on les expose aux rayons ultraviolets (365 nm, lampe de Wood) Le diagnostic prcis s effectue aprs culture temprature ambiante (idalement 26 28 C) sur glose de Sabouraud glucose, en laissant incuber jusqu' 2 semaines Une petite portion de colonie est alors place dans une solution de lactophnol au bleu coton sur une lame de microscope, ce qui permet de visualiser les spores (372 374) Le traitement, si ncessaire, est la gnsofulvme per os
MYCOSES SOUS-CUTANEES
Ces infections sont causes par un grand nombre de champignons (ou par certaines bactries), mais sont surtout rencontres dans les rgions tropicales et subtropicales. La plupart de ces germes sont prsents dans le sol et pntrent sous l'piderme la suite d'un traumatisme
MYCTOMES
Ils se prsentent sous la forme de lsions localises dlabrantes draines vers la surface de la peau, le plus souvent au niveau du pied (381) ou des mains. Les actinomyctomes sont dus des bactries telles que Actinomadwa madurae et Nocardia astrodes Les
381 Myctome du pied, d

Fusarium.
382 Culture de Fusanum sur glose de Sabouraud glucose.
236
Champignons d'intrt mdical eumyctomes sont causs par des champignons tels que Madurella mycetomatis, et des espces des genres Acremonium, Aspergillus et Fusanum (382) Le diagnostic est microscopique sur liquide de drainage ou prlvement par raclage cutan (et claircissement de la prparation dans la potasse) Cependant ce sont l'examen de biopsies et la culture (3 4 semaines) sur glose de Sabouraud sans cycloheximide qui fournissent un diagnostic dfinitif Le traitement est la fois chirurgical et mdicamenteux, base d'antifongiques ou d'antibiotiques appropris
CHROMOMYCOSES
Ces pathologies d'Afrique et d'Amrique latine se caractrisent par l'apparition de nodules verruqueux Les principaux agents des chromomycoses sont Phialophora (Fonsecaea) pedrosi, P verrucosa et Cladosponum carrionn.
SPOROTRICHOSE
II s'agit de la seule mycose sous-cutane pouvant survenir dans les rgions tempres, quoique rarement L'agent responsable est un champignon dnnorphique, Sporothnx schenckn Dans les tissus, il est prsent sous la forme levure II provoque une lsion nodulaire qui s ulcre Des nodules secondaires apparaissent ensuite le long des canaux lymphatiques drainant la lsion initiale (383)
383 Sporotrichose. Exemple de sporotnchose, avec des lsions secondaires sur le trajet lymphatique
237
MYCOSES SYSTMIQUES
La plupart de ces infections rsultent de l'inhalation de spores, bien que Candida albicans provienne plutt du tube digestif ou de dispositifs intra-vasculaires. Plusieurs d'entre elles, comme l'histoplasmose et la paracoccidiomycose, sont limites des rgions gographiques dont le climat est optimal pour la croissance du pathogne. Certaines affectent des individus auparavant en bonne sant, mais beaucoup sont des infections opportunistes.
ASPERGILLOSES
Aspergillus fumigatus, A. flavus et A. niger sont les principaux pathognes. Ce sont surtout des agents opportunistes. Ils peuvent coloniser des cavits pulmonaires prexistantes, provoquant un aspergillome (384), ou envahir le tissu pulmonaire, voire d'autres
334 Radiographie pulmonaire montrant un aspergillome. La cavit pulmonaire indique par la flche contient l'aspergillome.
238
Champignons d'infrt mdical 'tissus chez les patients immunodprims. Ils sont ubiquitaires dans l'environnement. Rcemment, une augmentation du nombre d'infections, par exemple dans des units de greffe de moelle osseuse, a t associe des travaux de construction, d'excavation, ou de rhabilitation au voisinage des hpitaux. A. fumigatus forme des colonies vertes et veloutes (385), et produit des conidies en colonne dans l'axe de la tige du conidiophore (386).
BLASTOMYCOSE
Cette infection que l'on pensait limite l'Amrique du Nord a t rapporte en Afrique et en Asie. Blastomyces dermatitidis est un champignon dimorphique, dont l'origine demeure inconnue. Les localisations initiales sont pulmonaires, mais les patients prsentent habituellement des lsions cutanes.
385 Culture de Aspergillus fumigatus sur glose de Sabouraud glucose.
386 Culture de Aspergillus fumigatus.

Prparation colore par le lactophnol au bleu coton de Aspergillus fumigatus aprs culture sur milieu de Sabouraud, montrant un conidiophore et des microconidies.
239
CANDIDOSES
Le principal agent pathogne est Candida albicans, mais C. glabrata, C. parapsilosis et C. tropicalis peuvent aussi tre l'origine d'infections. C. albicans est responsable d'infections superficielles aussi bien que systmiques, ces dernires ne survenant que chez des individus immunodprims. Il fait partie de la flore normale de l'intestin. Les infections superficielles comprennent le muguet (387), des vulvo-vaginites, des intertrigo (plis
387 Candida albicans sur la muqueuse buccale. Muguet buccal avec un placard blanc de C. albicans sur la muqueuse buccale. Le dcapage de la lsion rvle l'inflammation sous-jacente.
388 Imertriao.
389 Boule fongique (fungus bail) dans un rein. chographie abdominale du rein d'un nouveau-n montrant une boule fongique dans le calice rnal. Candida albicans a t retrouv l'ECBU.
240
Champignon$ d'intrt mdical [cutans humides) (388), des onychomycoses et prionyxis. Les infections dissmines |peuvent survenir dans n'importe quelle partie de l'organisme. Les prmaturs, en particulier, sont sujets des infections urinaires qui peuvent remonter jusqu'au rein avec formation d'une boule fongique ou fungus bail (389). Dans les tissus envahis, il y a production de pseudofilaments (390). Sur frottis color au Gram, on voit de grosses blastospores plomorphes Gram positif (391). Les Candida poussent bien sur milieu de Sabouraud (392) ou sur elose au sana. La diffrenciation de C. albicans des autres espces se fait
390 Candida albicans dans un pus. Coloration de Gram d'une prparation de pus d'abcs cutan d C. albicans montrant un pseudofilament.
391 Tailles compares de Candida albicans et Staphylococcus aureus. Deux lames de C albicans ( gauche) et de 5. aureus ( droite). Les blastospores de C. albicans sont deux trois fois plus grosses que les cocci de S. aureus.
392
Culture de Candida
albicans sur glose de Sabouraud glucose.
241
Arias de microbiologie mdicale par un test de filamentation 37 C dans du srum, C. albicans produisant un tube germinatif (393). La nystatine est utilise en traitement local et l'amphotricine B (en liposomes et associe ou non la 5-fluorocytosine) ou le fluconazole dans les infections systmiques.
COCCIDIOMYCOSE
Coccidioides immitis est un champignon tellurique, endmique dans les rgions sches et dsertiques du sud-ouest des tats-Unis, du Mexique et d'Amrique Centrale. L'infection est essentiellement respiratoire, mais la dissmination est possible. L'infection initiale limite au poumon est souvent spontanment rsolutive. Le traitement fait appel l'amphotricine B ou aux antifongiques imidazols.
393 Microphotographie lectronique de Candides albicans. Coupe de C. albicans montrant un tube germinatif. (barre = 5 jii-n)
394 Culture de Cryptococcus neoformans. Colonies muqueuses sur glose au sang. La surface luisante des colonies est due l'abondante capsule polysaccharidique produite par la forme levure. fG/ose au sang, 18 h 37 C]
242
CRYPTOCOCCOSE
Cryptococcus neoformans est un champignon dimorphique, habituellement responsable d'infections opportunistes, mais parfois aussi un pathogne primaire. A temprature ambiante, il produit des filaments, alors qu' temprature corporelle c'est une levure. Il accde aux poumons, et peut dissminer rapidement jusqu'au systme nerveux central, provoquant une mningite cryptococcique. 11 pousse bien sur glose de Sabouraud ou sur glose au sang (394), milieu sur lequel il produit des colonies muqueuses. Ce caractre rsulte de la prsence d'une paisse capsule polysaccharidique (395), visible aprs coloration l'encre de Chine, soit l'examen direct du liquide cphalorachidien (396), soit partir des colonies. Un test d'agglutination de particules de latex est galement disponible pour le diagnostic rapide. Le traitement est identique celui des candidoses dissmines.
395 Microphotographie lectronique de Cryptococcus neoformans. Coupe de C. neoformans colore au rouge de ruthnium pour mettre en vidence la capsule. {barre = S pmf
396 Liquide cphalorachidien de mningite cryptococcique. Coloration l'encre de Chine.
243
HISTOPIASMOSE
Histoplasma capsulatum est responsable d'infections pulmonaires aigus et chroniques, qui dissminent rarement. On le trouve dans des terrains contenant des djections d'oiseaux (et surtout de chauve-souris, NdT). L'infection est particulirement frquente aux tats-Unis, au Mississippi et dans les tats voisins.
PARACOCCIDIOMYCOSE
Paracoccidioides brasiliensis est l'origine d'infections buccales et pulmonaires (granulomes). On ne le rencontre qu'en Amrique Centrale et du Sud.
ZYGOMYCOSES (PHYCOMYCOSES, MUCORMYCOSES)

Ce sont des infections de patients immunodprims, volution rapide. Les infections pulmonaires sont associes aux effets immunosuppresseurs des chimiothrapies cytotoxiques, les infections gastriques sont plutt lies la malnutrition, et les infections rhinocrbrales au diabte. Les principaux pathognes sont Mucor pusillus (397), et Absidia corymbitera. Pour traiter les mucormycoses, le seul antifongique possdant une efficacit in vitro est l'amphotricine B.
397 Culture de Mucor pusillus sur glose de Sabouraud glucose.
PNEUMOCYSTIS CRINII
II existe une controverse concernant le rgne auquel appartient ce pathogne de l'arbre respiratoire. Initialement, sur des considrations morphologiques et de sensibilit aux agents antimicrobiens, il a t rang chez les protozoaires. Cependant, l'analyse rcente de squences des gnes codant l'ARN ribosomal 18S le placerait plus prs des Candida et des Saccharomyces. De plus, sa dihydrofolate rductase (inhibe par le trimthoprime) et sa thymidilate synthtase sont indpendantes, alors qu'elles sont codes par un gne unique chez les protozoaires. Malheureusement, il n'a jamais t possible de cultiver P. carinii in vitro. Chez le sujet immunocomptent, l'infection est asymptomatique. Chez l'immunodprim (SIDA, chimiothrapie cytotoxique, voire malnutrition), ce parasite est responsable de pneumopathies graves. De nombreuses observations indiquent qu'un grand nombre d'individus sont exposs ds leur plus jeune ge, et que les kystes restent dans les poumons, ne se ractivant que lorsque l'immunit est altre. Le diagnostic repose sur l'examen du liquide de lavage broncho-alvolaire aprs coloration argentique ou par immunofluorescence (398). La biopsie pulmonaire peut galement tre intressante pour mettre en vidence les kystes et les trophozotes en microscopie lectronique (399) ou par imprgnation argentique (400). Rcemment, la dtection par PCR du gnome de P. carinii a t utilise pour mettre en vidence le germe dans du liquide d'aspiration nasopharynge. Le traitement consiste en l'administration de cotrimoxazole forte dose, de dapsone, ou de pentamidine. Le cotrimoxazole est galement utilis en prophylaxie chez le sujet immunodprim.
398 Pneumocystis carinii en immunoflurescence. Mise en vidence directe sur un liquide de lavage broncho-alvolaire.
245
399 Microphotographie lectronique de Pneumocystis carinii dans les poumons. Coupe de poumon montrant des kystes de P. carinii (barre = 5 pm)
400
Kystes pulmonaires de Pneumocystis carinii. Colrotion argentique.
246
Ce chapitre traite des protozoaires (parasites unicellulaires) et des helminthes (parasites pluncellulaires) rencontrs en microbiologie mdicale.
PROTOZOAIRES
De nombreux protozoaires se rencontrent dans l'environnement anim et inanim; certains sont mme des commensaux de l'homme (ex. Entamoeba coli. Endolimax nana). Seul un petit nombre sont pathognes pour l'homme (401). La classification des protozoaires repose sur des caractres morphologiques et biologiques, mais il est aussi pratique de les sparer en pathognes des muqueuses et pathognes des tissus et du sang (402). PATHOGNES DES MUQUEUSES Microsporidies Les microsporidies, et spcifiquement Enterocytozoon bieneusii, sont responsables de diarrhes chez les sujets immunodprims, en particulier sidens On peut aussi observer chez ces patients des conjonctivites microsporidies. Le diagnostic dfinitif repose sur la mise en vidence des organismes dans des biopsies intestinales (403). On peut aussi les dtecter dans les selles par coloration au trichrome. On traite par le cotrimoxazole ou l'albendazole, mais les rechutes sont frquentes.
Entamoeba histolytica
Cette amibe existe sous diverses varits de souches ou zymodmes (selon leur profit isoenzymatique), dont quelques-uns seulement sont pathognes ( l'heure actuelle, les zymodmes non pathognes sont plutt rangs dans l'espce Entamoeba dispar, NdT). Elle est l'origine de la dysenterie amibienne et peut traverser le gros intestin et provoquer des abcs du foie La transmission est oro-fcale, par ingestion d'aliments ou d'eau contamins par des kystes (404). Le diagnostic d'espce est effectu sur des selles fraches, la recherche de trophozotes contenant des hmaties ingres (405). Les trophozotes sont galement prsents dans des chantillons d'ulcration colique obtenus par grattage, et l'examen histologique de biopsies (406). Les traitements sont base de composs nitro-imidazols (ex. mtronidazole). 247
Arfas de microbiologie mdicale
248
Parasites d'intrt mdical
402
Protozoaires pathognes.
403 Microphotographie lectronique de Enterocytozoon bieneusii. Coupe d'entrocytes duodnaux infects par E. bieneusii (microsporidiose). Le filament polaire (flche), utilis pour l'amarrage la cellule infecter, a t sectionn lors de la coupe, (barre = 100 nmj
249
404 Kystes de Entamoeba histolytica et Entamoeba coll. Coloration au Lugol d une selle examine entre lame et lamelle montrant des kystes d E histolytica (flche), et l'espce non pathogne co/i fbcirre = 10 fJmj
405 Trophozoftes de Entomoebo histolytica. Trophozotes ayant ingre des hmaties Cette image est pathognomomque de E histolytica (barre = 10 ym)
406 Enfamoeba histolytica dans une biopsie. Coupe de biopsie rectale colore a l'hematoxyline eosine La coupe montre un abcs amibien, avec infiltrt de cellules inflammatoires et E histolytica (flche) (barre = 30 pmj
250
| Giardia intestinalis (syn. Giardia lamblia]
11 s'agit d'un protozoaire parasite flagell caractnstiquement pinforme (407) Sa transmission est oro fcale et il peut survivre dans 1 eau pendant de longues priodes Les kystes sont excrtes et constituent la forme infectieuse (408) Giardia infecte la partie proximale du grle entranant une affection diarrheique II existe des patients chez qui 1 infection est asymptomatique et d autres chez qui ell? est chronique Le diagnostic repose sur la prsence de kystes dans les selles ou de tiophozotes dans le liquide duodenal (obtenu sous fibroscopie) Le traitement est a base de composes nitro imidazoles
407 Trophozotes de Giardia intestinalis (lamblia). Les Flagelles sont clairement visibles (barre = Sfiml
408
Kystes de Giardia intestinalis (lamblia). Kystes dans les selles observes au microscope a contraste de phase de Normarski (barre = 5 ym)
251
Trichomonas vaginalis
Ce protozoaire flagelle mesure 5 15 }im mais peut atteindre 30 u.m (409) Comme son nom 1 indique il est responsable de vaginite qui se prsente habituellement sous la forme de pertes souvent abondantes et occasionnant une inflammation penneale A la colpo scopie la muqueuse vaginale apparat inflammatoire avec des lsions ponctiformes On peut aussi observer une dysune et une pollakiune L infection chez 1 homme est norma lement asymptomatique mais peut exceptionnellement entraner une prostatite ou une epididymite Le diagnostic repose sur 1 examen direct des pertes vaginales au microscope contraste de phase Le traitement consiste en 1 administration d un mtro-imidazole Isospora belli L infection est en gnral asymptomatique mais peut provoquer de graves diarrhes chez les patients immunodeprimes en particulier sidens La transmission est oro fcale et la forme infectante est 1 oocyste (environ 30 u.m x 12 u.m) qui contient deux sporocystes (410) Loocyste est immature au moment de 1 excrtion et il mrit dans les selles pour
409 Trichomonas vaginalis. Etat frais en microscopie a contraste de phase Le flagelle qui communique le mouvement est visible (barre = S ym)
4l0 Oocystes et sporocystes de Isospora belli.

Coloration au Lugol d une selle examine entre lame et lamelle montrant un oocyste de 1 belli Les deux sporocystes sont visibles a 1 intrieur de 1 oocyste (barre = 20 pm)
252
Parasites d'intrt mdical devenir infectant Le diagnostic est ralis aprs coloration de frottis de selles par la technique de Ziehl Neelsen modifie ou la safranme-bleu de mthylne (411) Le cotnmoxazole est le traitement de choix Cryptosporidium parvum Cette petite coccidie parasite est une cause majeure de diarrhe de 1 entant (2 19 % des cas) et un pathogne qui peut tre mortel chez 1 immunodepnme Sa transmission est oro fcale et les premiers cas rapportes taient d origine animale Cependant la contamination mter humaine est au moins aussi importante Loocyste est la forme infectante (412) et ceci des 1 excrtion qui se fait en quantits normes II est de petite taille (4 a 5 u.m) et sa paroi paisse lui confre une grande rsistance a de nombreux desinfectants II en est resuite d importantes pidmies de diarrhes a partir d eau contamine Qusqu a 250 000 patients) aux Etats Unis et au Royaume Uni Loocyste contient quatre sporocystes qui s attachent puis pntrent dans les enterocytes Ils se transforment en trophozotes (413) que 1 on dcrit comme tant mtra enterocytaires mais extra cytoplasmiques car ils sont spares de la partie centrale de 1 enterocyte par une membrane appele membrane 411 Oocyste et sporocyste de Isospora belli.
Coloration a la safranine bleu de mthylne de / belli Le sporo cyste immature fixe la safranine (ros) et la paroi de 1 oocyste le bleu de mthylne (barre = 10pml
412 Microphotographie lectronique en coloration ngative d'un oocyste de Cryptosporidium parvum. {barre = 1 fJmj
253
Arias de microbiologie mdicale nutritive (membrane de Tyzzer, NdT) Le mcanisme de la diarrhe n'est pas lucid Le diagnostic est ralise par examen microscopique de frottis de selles colore par la tech nique de Ziehl Neelsen modifie par coloration a la safranme bleu de mthylne (414) ou encore a 1 auramine pheniquee (415) Des tests d nnmunofluorescence et de type ELISA sont galement disponibles pour la dtection d antigne ou la srologie II n existe aucun traitement ayant fait preuve de son efficacit Cyclospora cayetanensis Ce protozoaire rcemment dcrit est responsable de diarrhes au long cours Sa trans mission est oro-fecale et des pidmies a partir d eau contamine sont survenues dans des pays en voie de dveloppement La forme infectante est un oocyste a la paroi paisse qui peut atteindre 8 u.m de diamtre (416) Le diagnostic est ralise par examen micro scopique de frottis de selles convenablement colors (417) Le traitement consiste en 1 administration de cotnmoxazole
la Cryptosporidium parvum dans une biopsie. Coupe de biopsie duodenale chez un patient atteint de cryptospondiose Un trophozote se trouve dans l'enterocyte, mais il est spare du reste du cytoplasme par la membrane de Tyzzer (dite membrane nutritive) (barre = 5 pmj
414 Oocystes de Cryptosporidium parvum. Frottis de selles colore par la safranme bleu de mthylne Les oocystes de C parvum sont colores en ros, alors que les autres lments apparaissent en bleu (barre = 10 ym)
254

415 Cryptosporidium parvum en microscopie fluorescence. Frottis de selle colore a 1 auramine pheniquee et observe au microscope a fluorescence Les oocystes retiennent l'auramine pheniquee, et apparaissent fluorescents (barre = 5 pm)
K 416 Y'te! de Cyclospora cayetanensis. Etat frais de selle contenant des kystes de C cayetonensis (flche), observes en microscopie a contraste de phase de Normarski (barre = 5 pm)
4^7 Cyclospora cayetanensis. Selle contenant C cayetonensis, coloration la safranme bleu de mthylne (barre = 5 \im}
255
Balantidium coli B. coli est le seul protozoaire cili qui infecte l'homme (418). Il estresponsable de rares cas de diarrhes. On peut le traiter par une ttracycline.
PATHOGNES DU SANG ET DES TISSUS

Naegleria fowleri II s'agit d'une amibe possdant une forme flagelle, mais qui est amibode dans les tissus. Elle est l'origine de rares cas de mningite purulente, survenant partir d'eau de piscine contamine Des cas ont t dcrits chez des sujets ayant frquent les bains romains de la ville de Bath en Angleterre, la suite d'insufflation d'eau chaude dans le nez. Le diagnostic s'effectue par examen direct du liquide cphalorachidien. Le traitement par amphotricine B pourrait tre potentialis par les ttracyclines. Tryponosomes Deux types de pathologies dues des trypanosomes surviennent chez l'homme. La maladie du sommeil en Afrique est due Trypanosoma brucei (subsp. gambiense et rhodesiense). Elle est transmise par la morsure de la mouche ts-ts (G/ossma palpalis pour T. b. gambiense, G. morsitans pour T. b. rhodesiense) La varit d'Afrique de l'Est (T. b. rhodesiense) est plus virulente, mais les deux peuvent entraner une mningoencphalite. Le rservoir de T b rhodesiense est le gibier et le btail domestique. Aucun rservoir animal de T b. gambiense n'a t identifi. Le diagnostic repose sur l'identification des formes trypomastigotes sur frottis sanguin (419). Le traitement consiste administrer de la suramine, du mlarsoprol ou de la pentamidine. T. cruzi est transmis par les djections d'une punaise (la rduve, Panstrongylus megistus). Le trypanosome se dveloppe dans le tube digestif de la punaise, qui dfque sur l'homme au moment de la piqre urticante. T. cruzi pntre alors par grattage dans les tissus sous-cutans, et produit un chagome au point d'inoculation, accompagn du signe de
41g Balantidium coli dans une biopsie rectale.
(barre = 10 \im)
256
Romana (420). Le parasite dissmine ensuite par voie sanguine, au foie et la rate, o il peut tre limin. Dans le cas contraire, il se dveloppe intracellulairement sous forme amastigote, dans le muscle cardiaque ou d'autres tissus. Son aire gographique est l'Amrique du Sud (au sud du Tropique du Cancer), avec une prdominance au Brsil Les animaux servant de rservoir sont les chats, les chiens et les tatous La maladie de Chagas est diagnostique par la prsence de formes amastigotes dans les tissus et la rponse IgM. Le seul traitement disponible est un driv de la nitrofurfurylidine, le nifurtimox (Lampit^, NdT) Leishmanies Le bouton d'Orient (421) est d Leishmania tropica, et est transmis par un phlbotome. On l'observe dans les rgions du sud et de l'est de la Mditerrane, dans les tats du sud de l'ex-URSS (Armnie, Azerbadjan), en Afghanistan et en Inde. Le rservoir est humain. Le diagnostic est d'abord clinique, mais on peut aussi mettre en vidence des formes amastigotes dans les macrophages de la lsion. Le traitement est le Glucantime'.
419 Trypanosoma brucei dans un frottis sanguin. Frottis sanguin de patient atteint de la maladie du sommeil. Les (ormes trypomastigotes de T brucei apparaissent clairement. (barre = S ym)
420 Signe de Romana chez un enfant infect par Trypanosoma cruzi.
ND
Nom dpos
257
Alfas de microbiologie mdicale

La leishmaniose cutano-muqueuse due L. brasiliensis est endmique en Amrique du Sud o on l'appelle espundia Le rservoir est constitu des chiens et des rongeurs des forts Le vecteur est un phlbotome. La leishmaniose viscrale ou kala-azar est due L. donovani Elle svit dans de nombreuses rgions d'Afrique et d'Asie ainsi que dans le sud de l'Europe. Le vecteur est un phlbotome et le rservoir semble tre canin. Lmfection est fbrile, avec des malaises, une anmie et une hpatosplnomgalie. Le diagnostic est port en prsence du parasite dans les macrophages (422) sur ponction splnique, hpatique, ou de moelle osseuse. Le traitement est le Glucantime^.
-_-
Bouton d'Orient d Loishmania
HVpka chez un enfant.
.)) Macrophage contenant des formes amastigotes. Coloration de Giemsa d'une ponction de moelle osseuse chez un enfant souffrant du kala-azar. On voit ici un macrophage contenant de nombreuses formes amastigotes. (barre = 10 ym)
258
Plasmodium
Ce sont des protozoaires au cycle complexe chez le moustique et l'homme. Ils se multiplient dans l'intestin de l'insecte. Les sporozotes sont transmis l'homme par le moustique femelle lors du repas sanguin. Chez l'homme, le parasite passe par deux phases, intra- et extra-rythrocytaire Plasmodium falciparum est responsable de paludisme aprs une incubation de 8 11 jours. La fivre survient toutes les 36 48 h et un premier accs palustre non trait dure 2 3 semaines L'infection peut persister pendant 6 11 mois. Les principales complications sont le neuropaludisme (423) et l'anmie. P. vivax est un agent de fivre tierce bnigne, aprs une incubation de 10 17 jours. La fivre survient toutes les 48 h et un premier accs non trait dure 3 8 semaines ou plus. L'infection peut persister pendant 5 7 ans. L'anmie est la principale complication. La mortalit est faible P. malariae est responsable de fivre quarte, aprs une incubation de 18 40 jours. La fivre survient toutes les 72 h et un premier accs non trait dure 3 24 semaines L'infection peut persister pendant 20 ans avec des ractivations Parmi les complications, on peut observer une protinune et parfois un syndrome nphrtique (nphrite quartane, NdT). P. ovale est un agent de fivre tierce, aprs une incubation de 10 17 jours. La fivre survient toutes les 48 h et un premier accs non trait dure 2 3 semaines. L'infection peut persister pendant 12 mois II s'agit en gnral d'une affection bnigne. Le diagnostic est port aprs examen d'une goutte paisse et d'un frottis sanguin, colors par la mthode de May-Grnwald-Giemsa (424 427) Le traitement et la prophylaxie dpendent de l'origine gographique de l'infection, la rsistance la chloroquine prvalant de plus en plus. Les options thrapeutiques sont la quinine, l'artmther, l'association pyrimthamine-sulfadoxine (Fansidar^), et l'halofantrine (et la mfloquine, NdT). La prophylaxie repose sur la prise de chloroqume, de proguanil, ou de mfloquine.
423 Vaisseau crbral lors de neuropaludisme. Vaisseau crbral d'un enfant mort de neuropaludisme. Les hmaties sont adhrentes l'er dothlium capillaire.
25?
424 Trophozo'ites de Plasmodium falciparum. Frottis mince du sang d un patient atteint de paludisme a P falaparum On distingue des formes en bague a chaton de P hicipa rum (barre = 5 ym} (Copyright Liverpool School or Tropical Mdiane)
425 Trophozo'fte annulaire de Plasmodium vivax. Frottis mince du sang d un patient atteint de paludisme a P vivax (fivre tierce bnigne) On peut voir une hmatie ami boide (au centre) contenant un trophozofte annulaire de Plasmodium vivax (barre = 5 ym) (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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426 Plasmodium malariae intra-rythrocytaire. Frottis mince du sang d un patient atteint de paludisme a P malariae (fivre quarte) On peut voir une forme en bandeau de P malariae dans une hmatie (barre = 5 pmj (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
427 Hmaties infectes par Plasmodium ovale. Frottis mince du sang d un patient atteint de paludisme a P ova/e Les hmaties infectes sont ovales, et contiennent des tropho zoltes de P ovofe et des granulations de Schuffner (barre = S pmJ (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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Toxoplasma gondii
Cette coccidie parasite a une distribution mondiale, et son hte dfinitif est le chat Celuici excrte de faon persistante dans les fces une grande quantit d'oocystes qui, aprs maturation peuvent infecter d autres espces y compris 1 homme II existe deux forme de trophozotes les tachyzotes (428) multiplication rapide, et les bradyzotes multiplication lente qui constituent les kystes L'homme peut aussi s infecter par ingestion de viande peu cuite contenant des bradyzotes L'infection est asymptomatique dans plus de 50 % des cas Lorsqu elle est symptomatique, son expression clinique est proche de celle de la mononuclose infectieuse, avec, rarement, une encephalomylite Chez les patients immunodpnms, le risque d enc-
428 ^hyzotes de
Toxoplasma gondii. Microphotographie lectronique d'une coupe mince (barre = 5 ym)
w) Toxoplosmose congnitale. Radiographie du crne d'un enfant atteint de toxoplasmose congnitale, avec calcification intracrbrale
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Toxoplasmose congnitale. Enfant prsentant une microcphalie et un opisthotonos dus une toxoplasmose congnitale
phalomyelite est majeur T gondii est capable de passer la barrire placentaire et d'infecter le ftus La principale consquence est une chonortmite entranant la ccit On l'observe chez les nouveau-ns infects m utero (jusqu' 60 %), mais rarement lorsque 1 infection survient la naissance Des atteintes crbrales avec calcification (429) et microcphalie (430) peuvent aussi se produire La toxoplasmose est diagnostique srologiquement (lvation du titre des IgG ou prsence d'IgM), mais une mthode d amplification enzymatique du gnome par PCR est galement disponible Le traitement repose sur 1 association de pynmethamine et de sulfadiazme
HELMINTHES_______
Les parasites multicellulaires sont diviss en deux embranchements, les Plathelminthes ou vers plats comprenant les trmatodes et les cestodes, et les Aschelminthes (ou vers ronds, NdT) dont la classe des nmatodes comprend plusieurs pathognes humains
TRMATODES
Les trmatodes, ou douves, ont un cycle vital complexe impliquant un mollusque (habituellement gastropode) comme hte intermdiaire L'adulte se dveloppe chez l'homme, qui excrte les ufs dans lesquels se dveloppe une larve La larve libre, ou miracidium,' infecte le mollusque Dans celui-ci le trmatode passe par une srie d'tapes (sporocyste puis redie, NdT) conduisant la libration d'une autre larve appele cercaire, laquelle infecte l'homme en pntrant par voie transcutane (ex schistosomes), par ingestion d'un second hte intermdiaire (ex un poisson pour Clonorchis smensis), ou encore par ingestion d une matire vgtale sur laquelle le cercaire est attach (ex le cresson pour Fasciola hepatica) 263
264

Douves intestinales Fasciolopsis buski est une douve intestinale gante (de 2 7,5 cm) rencontre en Extrme Orient L infection est transmise par ingestion de lgumes d eau contamines (ex pousses de bambou marron d eau) Une lourde infestation (> 500 vers) entrane des desordres de type malabsorption (selles pteuses et jaunes) avec carence vitaminique et hypoalbuminemie La prsence d ufs dans les selles permet le diagnostic (432) Le trai tement est le praziquantel Fasciola hepatica (433) est la douve du foie du mouton rencontre en Europe en Amrique Latine et dans beaucoup d autres rgions L infection est transmise a 1 homme par ingestion de cresson provenant de sites accessibles aux herbivores en particulier ovins Les metacercaires perforent la paroi duodenale sans passer par les voies biliaires pour atteindre le foie II s ensuit une infection souvent symptomatique fbrile avec frissons et cholangite La prsence d ufs dans les selles permet le diagnostic Le traitement est le praziquantel
432 CEuf de Fasciolopsis buski. Coloration au lugol d'une prparation de selle entre lame et lamelle (barre = 40 ^m) (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
433 Partie antrieure de Fasciola hepatica. Partie antrieure d une douve du foie, F hepatica (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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Atlas de microbiologie mdicale Schistosomes (bilharzies) Schistosoma mansoni est un parasite prsent en Afrique Arabie et Madagascar et l'on pense qu il a t transporte aux Antilles et en Amrique du Sud par le trafic des esclaves Schistosomd japonicum se rencontre en Extrme Orient tandis que Schistosoma hae matoblum a diffuse a partir de la valle du Nil a travers 1 Afrique a Chypre au Portugal et au Moyen Orient A 1 inverse des autres trematodes les schistosomes ne sont pas herma phrodites Les miracidiums sortent des ufs qui ont t excrtes dans les selles (S man soni S Japonicum) ou dans les urines (S haematoblum) et infectent des gastropodes d eau douce dans lesquels ont lieu la reproduction et la libration des cercaires Ceux ci peuvent pntrer la peau humaine intacte et passer dans la circulation Les adultes de 5 mansoni vivent dans les veines mesentenques infrieures (qui drainent la partie infe neure du colon) ceux de 5 japomcum dans les veines mesentenques suprieures (qui
Schistosoma mansoni dans une coupe de foie. Coupe de foie montrant un mle adulte (m) et une femelle adulte (f) accouples (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane) 434
435 uf de Schistosoma mansoni. Coloration au lugol d une prparation de selle entre lame et lamelle montrant un uf de S monsoni avec son peron latral bien dmarque (barre = 20 ym) (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
266
Parasites d'intrt mdical drainent 1 intestin grle) et ceux de 5 haematoblum dans les plexus vsicaux utrins et prostatiques Les adultes mles et femelles (434) s accouplent et dposent leurs ufs m situ Ces derniers pntrent dans 1 intestin ou la vessie et sont de l excrtes L affection resuite de I inflammation intense due a cette translocation De plus la pntration des cercaires peut causer un rash cutan intense et fbrile (fivre de Katayama) conduisant parfois a une mylite transverse L infection est transmise lors de baignades ou de barbotage dans des eaux peu profondes contenant les escargots htes Les schistosomiases (ou bilharzioses NdT) sont diagnostiques par la prsence d ufs dans les selles les urines ou les tissus 5 mansoni produit des ufs ovodes (150 x 60 u.m) avec un peron latral prs d un des ples (435) 5 japonicum produit des ufs plus petits (60 x 50 u.m) avec un petit peron latral (436) et S haematoblum des ufs peron terminal (437)
436 CEuf de Schistosoma
japonicum. Coloration au lugol d une prparation de selle entre lame et lamelle montrant un uf de S /oponicum avec son petit peron (flche) (barre = 20 ym} (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane]
437
uf de Schistosoma
haematoblum. Coloration au lugol d un chantillon d urines entre lame et lamelle montrant un uf de 5 haematoblum avec son peron terminal (barre = 50 fJmf (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
267
CESTODES
Les cestodes ou vers solitaires sont acquis par ingestion de larves prsentes dans les chairs insuffisamment cuites de poisson (Diphyllobothnum latum) de buf (Taenia sagi nata) ou de porc (T solium) Les tnias du porc et du buf peuvent atteindre 2 50 m de long (438) L infection nest en gnral remarque q u a 1 mission de segments dans les selles Les traitements de choix sont le niclosamide et le praziquantel Si des ufs de tnia arme (T sohum excrtes dans les selles humaines) sont ingres les larves eclosent puis envahissent la paroi intestinale passent dans la circulation et vont se localiser dans diffrents tissus notamment les muscles le cur le cerveau et la rtine Elles y produi sent des kystes provoquant la cysticercose La prsence de ces kystes dans le cerveau peut entraner un dficit neurologique focal des crises epileptiformes une hydrocphalie
438 Tnia du buf. Tnia du buf enroule autour des mains de son hte {Copyright Lwerpool School or Tropical Mdiane)
Radiographie pulmonaire montrant des kystes calcifis. Clich montrant de nombreux cysticerques calcifis
248

ou une mningite chronique Le diagnostic est radiologique (439), ou ncessite de mettre en vidence les cysticerques dans les tissus Le traitement fait appel au praziquantel ( l'exception des localisations oculaires) en association avec la dexamthasone pour diminuer 1 inflammation autour des kystes morts Le tnia du chien (Echmococcus granulosus) se rencontre particulirement dans les rgions d levage ovin (ex Nouvelle Zelande Australie Balkans Amrique du Sud) Lingestion d ufs provoque 1 hydatidose chez 1 homme Les larves pntrent la muqueuse intestinale et se logent principalement dans le foie et les poumons L embryon forme un ''kyste qui continue a grandir pouvant atteindre un volume de plusieurs litres (440) Le kyste contient des protoscolex des vsicules filles et des dbris amorphes constituant le sable hydatique (441) La mise en vidence initiale des kystes est souvent radiologique (442) L aspiration prcautionneuse du kyste permet 1 examen du sable hydatique (les
440 Poumon contenant plusieurs kystes hydatiques. (Copyright Liverpool School or Tropical Medicinef
441
Sable hydatique.
442 Hydatidose hpatique. Radio graphie montrant un gros kyste hydatique du foie
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Atlas de microbiologie mdicale auteurs franais dconseillent cette pratique, en raison du risque de dissmination et d'anaphylaxie, NdT). On dispose galement d'un diagnostic srologique. Le traitement fait appel une exrse chirurgicale et, en cas d'impossibilit, au mbendazole (non disponible en France, o 'l'on utilise l'albendazole, NdT).
NMATODES
Les nmatodes sont des vers ronds non segments, ayant pour la plupart un stade d'existence libre (c'est--dire qu'ils doivent, l'exception des oxyures, passer par un stade de maturation dans le milieu extrieur, NdT).
Vers intestinaux
Ascaris lumbncoides (443) est un long ver intestinal (de 20 35 cm). L'infection fait suite l'ingestion d'ufs embryonns mrs (444). Les ufs sont excrts dans les selles (une estimation de 1947 indiquait que 18 000 tonnes d'ufs d'ascaris taient mis chaque anne en Chine). Ils closent dans le duodnum et les larves franchissent la paroi intesti443 Ascaris lumbricoides dans une veine rnale. Le ver rond est sorti de l'intestin au dcours d'une plaie au couteau, et s'est log dans une veine rnale.
444 uf de Ascaris lumbricoides dans les selles. La larve est visible l'intrieur de l'uf. (barre = 20 pmj (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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v
nale, passent dans la circulation veineuse ou lymphatique pour atteindre le foie. Elles rejoignent alors les alvoles par la veine cave, franchissent celles-ci, et les jeunes adultes , montent jusqu'au pharynx, aprs un court sjour dans le poumon, puis gagnent l'intestin via l'sophage C'est l qu'ils s'accouplent et librent leurs ufs (environ 200 000 par jour) L'infection est en gnral asymptomatique, sauf quand se produit une raction de type asthmatique ou une fausse route pendant la phase migratoire, avec sortie du ver par la bouche ou le nez. Une infestation massive peut entraner une occlusion intestinale ou un retard de croissance chez l'enfant L'ascaridiose a une distribution mondiale, notamment dans les rgions d'hygine prcaire. La dtection des ufs dans les selles permet le diagnostic (444) Lmfection peut tre traite au mbendazole (non disponible en France, o l'on utilise le flubendazole, NdT) Enterobius vermicularis, l'oxyure, est frquemment responsable d'infections chez l'enfant, partout dans le monde Le ver adulte rside dans le caecum et ses parties contigus. Les femelles gravides (445) migrent vers la marge anale o elles dposent leurs ufs (446), provoquant une irritation intense, qui fait se gratter l'enfant; les ufs passent alors sur les doigts, et peuvent infecter d'autres enfants ou auto-infecter, si les doigts sont por445 Enterobius vermicularis. Femelle gravide d'oxyure, remplie d'ufs.
446 ufs de Enterabius vermicularis. (barre = 20 ym}
27}
Afias de microbiologie mdicale

ts la bouche. La prsentation clinique varie selon l'intensit du prurit, mais l'infection interfre souvent avec le sommeil, les vers sortant la nuit Ils peuvent aussi migrer dans le vagin et provoquer une vulvo-vaginite Le diagnostic est ralis l'aide d'un scotchtest Un morceau de ruban adhsif est appliqu au matin sur la marge anale, et rcolte des ufs II est ensuite coll sur une lame de microscope et examin l'objectif xlO, qui permet de voir clairement les ufs (446) Le flubendazole et le pamoate de pyrantel sont des traitements actifs Toute la famille doit tre traite Les ankylostomes, Ancylostoma duodenale et Necator amencanus, infectent l'homme en pntrant travers la peau intacte, habituellement aux pieds Lhomme semble tre l'hte exclusif de A duodenale, mais les lapins, agneaux et veaux peuvent tre exprimentalement infects par N amencanus A duodenale existe en Europe, Amrique du Sud, Inde, Chine et dans les les du Pacifique N amencanus se rencontre en Afrique subsaharienne et fut probablement import aux Amriques par le trafic d'esclaves Les ufs d'ankylostomes (447) sont excrts dans les selles, et closent de prfrence dans des terrains sableux humides, donnant des larves rhabditoides Elles muent alors pour devenir infectieuses (larves strongyloides), et attendent qu une surface de peau humaine soit disponible Elles sont alors emportes aux poumons par la circulation sanguine, et traversent les alvoles Les adultes empruntent le carrefour pharyng et descendent jusque
447 CEuf de Ancylostoma duodenale. uf d'ankylostome dans un chantillon de selle {barre = 20 pm)
272
Parasites d'Intrt mdical dans l'intestin grle. Ils s'y fixent l'aide de crochets et de plaques tranchantes La pntration cutane s'accompagne d'un prurit entramant parfois des lsions de grattage (gourme des mineurs, NdT), et l'entre dans les poumons peut provoquer une pneumopathie asthmatiforme Une fois dans l'intestin, les vers peuvent occasionner des douleurs abdominales Le principal problme pos par une infestation massive persistante est celui de l'anmie par carence martiale svre L'ankylostomiase est diagnostique sur la prsence d'ufs dans les selles (447), et son traitement requiert du flubendazole Languillulose (due Strongyloides stercoralis) a une rpartition gographique similaire celle des ankylostomiases Chiens et chats peuvent aussi tre infects Dans des conditions d'environnement optimales (chaleur et humidit), les larves rhabditoides peuvent donner plusieurs gnrations Finalement, elles se transforment en larves strongyloides infectantes qui s'agrgent (448) et sont capables de pntrer la peau humaine intacte La suite du cycle est identique celle du cycle des ankylostomes, la diffrence prs que ce sont des larves rhabditoides plutt que des ufs qui sont excrts De plus, ces larves peuvent se transformer en formes strongyloides infectantes dans l'intestin mme, crant un cycle d'auto-infection chez l'hte L'infection peut ainsi persister pendant des dcennies Pour exemple, un certain nombre de soldats britanniques ayant t retenus au Japon dans des camps de prisonniers, taient encore infects 50 ans aprs Certains patients
448 Larves d'anguillule. Larves filanformes infectantes de Strongyloides stercoralis au sol, prtes pntrer la peau expose d'un imprudent (Copyright Dr R Ashford)
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Atlas de microbiologie mdicale peuvent dvelopper des symptmes pulmonaires au moment du passage des vers dans les poumons, ou un syndrome de malabsorption en cas d'mfestation intestinale massive l'occasion, certaines larves peuvent perdre leur chemin et se dplacer sous la peau (larva currens) (449) Lors d'infestations massives, ou chez l'immunodpnm, une anguillulose dissmine redoutable survient, avec la pntration des vers dans le cur, le foie, les poumons, les reins et le systme nerveux central, souvent accompagne d'une septicmie a bactries Gram ngatif Le diagnostic repose sur la prsence de larves dans les selles (450), ou dans le liquide d'aspiration duodnale Des tests srologiques sont disponibles dans des centres spcia-
449 Larva currens. Patient atteint de larva currens due S. stercoralis. (Copyright Dr R. Ashhrdi
450 Larves d'anguillule. Larves rhabditoides de Strongyloides stercoralis dans un chantillon de selle. (Copyright Dr C. Parryl
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Parasites d'intrt mdical lises Le thiabendazole est l'antiparasitaire de choix dans l'anguillulose, mais limit par ses effets indsirables et une efficacit incomplte Tnchuns tnchiura, le tnchocphale (451) connat une distribution mondiale et s'acquiert par contamination oro-fecale L'infection est le plus souvent asymptomatique, mais parfois 1 origine de ballonnements digestifs, de diarrhes muco-sanglantes de perte de poids, voire d'anmie si l'infestation est massive La prsence d'ufs en forme caractristique de tonneau (452) dans les selles permet le diagnostic Le traitement, si ncessaire, fait appel au flubendazole.
451 Trichuris trichiura. Ver tnchocphale (T tnchiura). (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
452 uf de Trichuris trichiura. Coloration au lugol d'une prparation de selle entre lame et lamelle (barre = 20 ym}
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Atlas de microbiologie mdicale Nmatodes du sang et des tissus Les filaires (Wucherena bancrofti, Loa loa, Onchocerca volvulus, Brugia malayi) sont prsentes dans les rgions tropicales et subtropicales Toutes ont un insecte (moustique, taon, ou simulie) comme hte intermdiaire et sont transmises 1 homme lors d'un repas sanguin Elles sont responsables de blocage lymphatique entranant un lymphdme (453), de syndrome de larva migrans cutane ou encore d atteinte oculaire, selon l'espce La filaire de Mdme (Dracunculus medinensis) se rencontre en Afrique dans la valle du Nil, et en Asie, du Moyen-Orient jusqu au Pakistan et au centre de l'Inde La femelle adulte peut mesurer 1,50 m (454), le mle se contentant d' peine 2 cm de long La femelle gravide se tient sous la peau 1 extrmit antrieure faisant surface en formant une phlyctene (455) Celle-ci clate au contact de 1 eau tide librant un grand nombre de larves Ces dernires sont ingres par un minuscule crustac du genre Cyclops, dans lequel elles subissent une maturation Si le crustac est ingr par l'homme les larves traversent la paroi intestinale et migrent dans le tissu conjonctif profond o elles deviennent adultes et s'accouplent Lmfection devient apparente quand la femelle gravide merge (455) Le traitement repose sur 1 administration de mndazole (adjuvant a 1 extraction manuelle progressive de la filaire NdT) Leradication de la dracunculose est un objectif de l'OMS, qui peut tre atteint par un contrle correct de 1 eau de boisson (construction de puits a margelle, NdT)
453 lphantiasis d la filaire Loa loa. Lymphdme chez un enfant africain atteint de loase (Copyright Liverpool School or Tropical Mdiane)
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Parasites d'intrt mdical La trichinose, due Tnchinella spiralis, est transmise l'homme par la consommation de viande contamine peu cuite de porc ou d'autres animaux Les vers mles et femelles s'accouplent dans l'intestin pour donner des larves qui creusent la paroi jusqu'aux vaisseaux lymphatiques, et gagnent ainsi la circulation gnrale, elles traversent alors la gaine des muscles stris et s enkystent (456) L envahissement musculaire est caractrise par de
454 Dracunculus medinensis. Un |eune soudanais exhibe la filaire de Medine qui vient d'tre extraite de sa |ambe
455 Phlyctene contenant les larves d'une filaire de Mdine. Phlyctene due a Dracunculus medinensis sur le pied d'un enfant nigrian Cette ampoule est pleine de larves Le ver adulte est visible s'enroulant sous la peau autour de la plante du pied
456 Larves de trichine (Trichinella spiralis). Coupe de muscle avec de trs nombreuses larves de T spiralis (barre = 10 um) (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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Afiasde microbiologie mdicale
la fivre, une hyperosinophilie, des douleurs et une fragilit musculaires, ainsi qu'un dme pri-orbital pathognomonique. Elles peuvent aussi se loger dans le cerveau, provoquant une encphalite. Le diagnostic est srologique ou direct, par mise en vidence d'organismes enkysts dans le muscle. Le traitement vise d'abord rduire l'inflammation (dexamthasone) L'intrt du thiabendazole ou des autres imidazols n'est pas dmontr. Le syndrome de /a/va migrans viscrale des pays temprs est principalement d Toxocara canis ou T. cati. Comme leur nom l'indique, les vers adultes sont prsents dans l'intestin des chiens et des chats (457). Les ufs sont excrts dans les fces et mrissent dans le milieu extrieur. L'homme (en particulier l'enfant) s'infecte par ingestion de fces de chien ou de chat. Dans l'intestin, les ufs closent puis traversent la paroi intestinale pour envahir les viscres dans lesquelles ils s'enkystent. L'expression clinique est variable, allant de l'absence de symptme une hyperosinophilie, avec ou sans hpatomgalie, ou une rtinite (458), voire un envahissement pulmonaire et la mort. Cette dernire ventualit est heureusement trs rare. Le diagnostic est clinique. La srologie et une laparoscopie peuvent tre envisages. Aucun traitement n'est habituellement prescrit. Si ncessaire, le thiabendazole peut tre utilis.
457 Toxocara canis. Vers
adultes dans des excrments de chien. (Copyright Dr R. Ashfordj
458 Rtinite due Toxocara canis.
278
Le phylum des arthropodes (du grec arthron, articulation, et pous, pied) comprend de trs nombreux genres (plus de 800 000), dont la plupart sont inoffensifs pour l'homme. Les arthropodes d'importance mdicale sont regroups en six classes (459). Il est cependant plus utile de les sparer en agents directement responsables d'affections (460), et agents vecteurs d'autres maladies (461) On peut voir que certains arthropodes appartiennent chacune de ces deux catgories.
459
Arthropodes d'importance mdicale.
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AGENTS DIRECTEMENT RESPONSABLES D'AFFECTIONS SANGSUES

Les sangsues terrestres se rencontrent en Inde, Asie du Sud-Est et certaines rgions d'Ocanie et d'Amrique du Sud. Les sangsues aquatiques ont une distribution mondiale. Ce sont des vers annels possdant des pices buccales chitineuses spcialises, et qui scrtent un anticoagulant, l'hirudine. Les sangsues terrestres ont de puissantes
460 Affections dues des arthropodes et autres ectoparasites, conscutives des traumatismes, inoculations de venin ou ractions d'hypersensibilit.
280
Insectes d'importance mdicale et autres ectoparasites mchoires qui pntrent la peau (462), alors que celles des sangsues aquatiques sont plus faible et se fixent plutt sur les muqueuses. Les sangsues peuvent entraner d'importantes pertes de sang, et, si on les arrache, peuvent laisser leurs mchoires dans la peau, entranant des infections secondaires. On peut provoquer leur retrait par la chaleur (cigarette ou allumette allumes), une solution sale hypertonique, l'alcool ou le vinaigre. Les sangsues aquatiques ont encore des indications mdicales, par exemple le drainage d'hmatomes sous-cutans. Bien qu'hmatophages, les sangsues ne transmettent pas de maladies (on leur associe des infections Aeromonas hydrophila, NdT).
461
Arthropodes vecteurs d'infections.
28?
MOUCHES (DIPTRES MUSCIDS)

Les myiases sont des affections dues au dveloppement de larves de mouches qui envahissent les tissus et se transforment en asticots Elles peuvent tre cutanes ou localises dans diffrentes cavits Les larves de certaines mouches envahissent de faon opportuniste des lsions prexistantes (ex Lucilla) mais certaines peuvent traverser la peau saine La larve de
462 Sangsues terrestres. Papouasie Nouvelle Guine (Copyright Dr R Ashford)
463 Asticot de Cordylobia anthropophages. Le ver de Cayor (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
464 Lsion de l'asticot de Cordylobia anthropophaga. Lsion Furonculeuse du ver de Cayor (Copyright Liverpool School of Tropical Medi cin)
282
Insectes d'importance mdicale et autres ectoparosites Cordylobia anthropophaga (ou ver de Cayor NdT) (463) se dveloppe partir d ufs pondus dans les vtements et envahit la peau en produisant une lsion ressemblant a un furoncle (464) en moins douloureux cependant Un examen attentif montre non pas du pus mais les stigmates respiratoires de 1 asticot Le retrait de ce dernier d une lsion mure peut tre ralise en la recouvrant de vaseline ou d huile de paraffine (465) asphyxiant ainsi la larve qui merge alors hors de son trou et peut tre extirpe par une lgre pression La prvention passe par le schage du linge dans des endroits inaccessibles aux mouches et le repassage soigneux des coutures pour dtruire les ufs D autres asticots comme ceux de Dermatobia homims (ver macaque NdT) ont des pines qui imposent parfois une exrse chirurgicale Les myiases des cavits telles que les sinus et 1 oreille moyenne sont dues par exemple Chrysomyia bezziana et causent plus de dgts avec une mortalit significative Qusqu a 8 %) Certains asticots (ceux de la lucillie par exemple) ont t utilises a des fins thrapeutiques pour le debndement de plaies
PUCE-CHIQUE ET AUTRES PUCES

Les puces chiques (Tunga penetrans) sont des insectes fouisseurs qui provoquent des lsions douloureuses parfois invalidantes (466) Les adultes vivent a 1 tat libre mais une
465 Emergence d'un asticot de Cordylobia anthropophaga. La mme lsion traite a la vaseline pour faire sortir 1 asticot (Copyright bverpool School of Tropical Mdiane)
466 Lsion de Tunga pntrons. Exemple de (un gose Les lsions circulaires sont dues a 1 enfouissement de la puce chique (T pntrons) (Copyright Dr R Ashford)
283

fois fconde, la femelle se fixe un hte adquat (volaille, cochon, homme, ou autres animaux) et pntre dans les gerures et crevasses de la peau. Elle s'y maintient solidement et grossit, atteignant souvent la taille d'un pois (467). Aprs 8 12 jours, le renflement devient irritant. L'inflammation svre est suivie d'une ulcration et de l'expulsion d'un grand nombre d'ufs. Des surinfections peuvent suivre, en particulier le ttanos. Le traitement consiste retirer la chique, sans la perforer, avec une aiguille strile, et couvrir la lsion d'un pansement strile et antiseptique. La prvention repose sur le port de chaussures appropries, la puce sautant mal, et sur une politique de terre brle . Les morsures des autres puces sont localement irritantes ou allergisantes. La puce humaine, Pu/ex irritans, se rarfie. Les morsures observes chez l'homme sont surtout le fait de puces du chat ou du chien (Ctenocephalides felis et C. can;s) (468). La puce du rat (Xenopsylla cheopsis) est le vecteur classique de la peste (due Yersinia pestis) et du
467 Femelle gravide de Tunga pntrons.
^S Ctenocephalides
canis. La puce du chien.
284
Insectes d'importance mdicale et autres ecloparasHes typhus endmique (d Rickettsia mooseri). Elle peut aussi, avec d'autres, transmettre l'hymnolpiase (due au tnia nain Hymenolepis nana), par ingestion accidentelle. La rsistance de ces insectes au DDT est croissante, mais le malathion semble plus actif.
POUX
'
Trois espces infestent l'homme, Phthirus pubis (pou de pubis ou, vulgairement morpion), Pediculus corporis (pou de corps), et Pediculus capitis (pou de tte). En fait, ces deux derniers sont trs similaires, ne diffrant que par quelques dtails anatomiques mineurs, et sont souvent appels Pediculus humanus. Les poux de tte infectent les zones couvertes de cheveux (469). Les adultes parcourent le cuir chevelu. Ils se nourrissent en agrippant la peau avec une pice buccale suceuse, l'haustellum, puis en la perforant l'aide de deux stylets pour aspirer le sang. Aprs fcondation, la femelle cimente un uf la gaine du cheveu, laissant une lente caractristique (470). Les lentes sont dposes au rythme de 7 10 par jour, et chaque
469 Pediculus capitis. Le
pou de tte.
470
closion d'une lente
de pou. (Copyright Liverpool

School of Tropical Mdiane)
285
Atlas de microbiologie mdicale femelle est active pendant environ un mois. La dure totale du cycle d'uf uf est d'environ 16 jours La transmission du pou de tte se fait par contact rapproch, l'endmicit tant importante dans de nombreuses coles Ces poux ne sont pas habituellement vecteurs de maladie, et peuvent tre radiqus par retrait des lentes l'aide d'un peigne fin et utilisation d'un insecticide de type malathion II n est pas ncessaire de raser la tte Les poux de corps svissent dans des conditions de mauvaise hygine Ils infestent les zones pileuses, mais prfrent celles qui sont aussi recouvertes par les vtements Leur distribution est mondiale, quoique tendant prvaloir dans les rgions relativement froides. Ils se transmettent par contact rapproch, et lors de partage de vtements ou de literie. La femelle pond ses ufs sur les poils, mais plus frquemment sur les fibres de
471 Phfhirus pubis. Le pou de pubis ou morpion .
472 Pdiculose. L'infestation peut parfois atteindre les
286
Insectes d'importance mdicale et autres ectoparasHes tissu et la literie Le pou de corps est l'unique vecteur du typhus exanthmatique (du Rickettsia prowazekii), des fivres rcurrentes Borrelia reu/rente, et de la fivre des tranches (due Bartonella quintana) Le malathion est utilis pour traiter l'infestation Les poux ne survivant pas plus de 10 jours sans repas sanguin humain, ils ne persistent pas dans les maisons Les lentes peuvent persister sur les vtements jusqu' un mois, et sont dtruites par un chauffage de 30 minutes 70 C Les poux de pubis (471) possdent des pinces sur la deuxime et la troisime paire de pattes, permettant d'agripper les poils pubiens Ils sont plutt lthargiques et se cantonnent habituellement la rgion pubienne, bien qu'ils puissent infester la barbe, les sourcils et les cils (472) Phthirus pubis est encore sensible au DDT. Cependant, ce produit n'est pas actif sur les lentes, et on lui prfre le malathion
HYMNOPTRES
II existe plus de 4 000 espces d'abeilles, gupes et frelons, quipes d'un aiguillon Les dommages directs causs par celui-ci sont en gnral locaux (rougeur, douleur et dme) et de courte dure Le venin est injecte travers un aiguillon barbel et contient diverses amins vaso-actives (ex l'histamine), des enzymes (ex la phospholipase A), et des peptides toxiques Le dcs peut survenir par anaphylaxie, en cas d'hypersensibilit au venin (0,5 % de la population) Les piqres les plus frquentes sont le fait de gupes (473) et d'abeilles (Apis mellilera) Le traitement local consiste a retirer l'aiguillon (qui continue dlivrer le venin), et ventuellement appliquer des antiseptiques locaux Le traitement du choc anaphylactique requiert de l'adrnaline par voie sous-cutane (0,5 1 ml de solution 0,5 %), le maintien des voies ariennes libres, et une hospitalisation urgente.
473 Une gupe. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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MOUSTIQUES
On dnombre au moins 35 genres de moustique Ils se rencontrent depuis le cercle polaire jusque bien en dessous de l'quateur Les adultes des deux sexes se nourrissent de nectar, et certains sucent aussi le sang d'une grande varit d'espces animales, y compris les oiseaux L hypersensibilit a la salive du moustique est responsable de l'aspect de la piqre De plus les femelles sont d importants vecteurs de maladies Les anophles (Anophles) (474) sont les vecteurs biologiques (c est-a-dire que l'agent infectieux se reproduit chez le moustique) du paludisme, de filanoses d infections Alphavirus (encphalite qume vnzulienne) Flavivirus (encphalite de St Louis), et Bunyavirus (Tahyna) Ils ne sont cependant pas le vecteur principal des trois derniers Les Ades (475) transmettent aussi des filanoses et sont les principaux vecteurs d'infections Alphavirus (ex chikungunya), Flavivirus (ex dengue et fivre )aune), et quelques Bunyavirus (encphalite californienne)
474 Moustique anophle la fin d'un repas sanguin. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
475 Ades aegypti au cours d'un repas sanguin. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
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Insectes d'importance mdical et autres octoparasifes
TAONS (DIPTERES TABANIDES)

Cette famille comprend plusieurs espces parmi lesquelles on trouve les plus grands insectes hmatophages volants, avec une envergure atteignant 6 cm Leur morsure est trs incommodante Seules les femelles mordent, et peuvent prendre d'importants repas sanguins (20 200 mg) De plus, les taons du genre Chrysops (476) sont les vecteurs biologiques de la loase (due a Loa loa) D'autres tabamds pourraient tre les vecteurs mcaniques d infections telles que le charbon, la tularmie, et peut-tre la maladie de Lyme
PUNAISES
Les punaises ont une distribution mondiale Les principaux parasites de l'homme sont Cimex lectuJanus (477) et C hemipterus (surtout sous les tropiques) Les femelles pondent jusqu' 100 ufs dans leur vie Ils sont dposs dans les fissures des murs, sous les
475
Chrysops dimidiata.
Une mouche des rivires. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
477
Cimex lectularius.
Une punaise des lits
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tableaux et les papiers peints, et dans les lits et les matelas. La morsure est irritante, et les punaises pourraient transmettre l'hpatite B. ^
ARAIGNES
II existe de nombreux genres d'araigne, dont la plupart sont inoffensifs. Les grosses araignes poilues sont en gnral inoffensives, alors que des espces relativement petites et d'apparence insignifiante sont les plus venimeuses. Les venins sont habituellement ncrosants ou neurotoxiques. La veuve noire (Lactrodectus mactans) (478) produit une puissante neurotoxine et fut l'origine de 63 dcs aux tats-Unis sur une priode de 10 ans dans les annes 50. Atrax robustus fait partie des araignes toile en entonnoir, et se rencontre en Australie, Sydney et dans les alentours.
475 Lactrodectus mactans. Araigne veuve noire {Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
479 Un scorpion.
{Copyright Liverpool School of Tropical Medicine)
290
Insectes d'importance mdicale f autres ectoparasHs
SCORPIONS
Les scorpions (479) sont largement rpandus dans les rgions tropicales et subtropicales. Ils inoculent leur venin par un aiguillon incurv, situ l'extrmit de la queue. la suite de piqres, la mortalit peut atteindre 55%, spcialement chez les jeunes enfants Au Mexique, l'incidence annuelle observe est de 84 dcs pour 100 000 habitants dans l'tat de Colima Le venin est neurotoxique et localement ncrotique.
ACARIENS
Les acariens regroupent plus de 30 000 espces. Bien qu'il en existe plus de 200 familles, seuls quelques-uns affectent l'homme. Sarcoptes scabiei est l'agent de la gale (480), et se rencontre partout dans le monde. Son incidence augmente nettement en temps de guerre,
480 Gale gnitale. Chaque lsion est '

une galerie contenant un sarcopte.
291
Afias d microbiologie mdicale de famine Ou autres catastrophes La transmission est interhumame par contact troit dans les familles et peut aussi survenir lors de rapports sexuels On estime que dans l'arme britannique au cours de la Deuxime guerre mondiale jusqu a 6 000 nouveaux cas taient diagnostiques par mois Le sarcopte adulte (481) a la forme d un petit disque aplati (250-350 u.m) avec huit courtes pattes trapues La femelle gravide creuse une galerie dans la peau de quelques millimtres a centimtres de long (jamais en dessous de la couche corne) Les sites prfrentiels sont ceux ou la peau est fine ou ride par exemple au poignet a la surface extrieure du coude sous les aisselles au pnis au scrotum et sous les seins Au fur et a mesure qu elle creuse elle dpose 20 a 30 ufs qui closent en 4 a 5 jours Dans les galeries les larves muent en nymphes puis a nouveau pour donner les adultes Le cycle complet d uf a uf dure 2 a 3 semaines Le traitement de toute la famille est a base de benzoate de benzyl ou de lindane La gale n tant transmissible que par contact troit, il n est absolument pas ncessaire de desinfecter la literie
481 Sarcoptes scabiw. Acanen responsable de la 9dle (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
482
pileux
Demodex folliculo-
rum. Acanen des follicules
292
Insectes d'importance mdicale et autres ectoparasites Demodex folliculorum (482) n'est responsable d'aucun trouble, 1 exception peut-tre de nvrose C'est un rsident normal des follicules cutans des paupires, du nez et du visage Dermatophagoides pteronyssmus acanen de la poussire de maison (483) se nourrit comme son nom I indique de peau desquamee II peut former des populations trs importantes dans les oreillers les matelas et les canaps Ses djections sont un puissant allergene responsables d asthme et de rhimtes allergiques On peut le contrler en traitant les sites infestes par des insecticides et en nettoyant rgulirement avec un aspirateur
MYRIAPODES
Les mille pattes de type scolopendre (484) ont aussi une distribution gographique mondiale mais seules les grandes varits tropicales et subtropicales peuvent infliger des morsures dangereuses Le venin qui est inocule par des pinces drives de la premire paire de pattes produit des lsions ncrosantes
483 Acarien de poussire de maison. Dermatophagoides pteronyssinus
484 Un mille-pattes de type scolopendre. Mynapode du genre Scolopendra
293
Alfas de microbiologie mdicale Les mille-pattes de type iule (485) se distinguent des scolopendres par leur corps cylindrique et un nombre bien plus lev de segments et de pattes Ils scrtent ou jectent avec force un liquide toxique provenant de glandes spcialises, trs irritant pour la peau, la conjonctive et les autres muqueuses
LINGUATULES
(PENTASTOMIDAE)
Ce groupe (aujourd hui rattache aux crustacs NdT) comprend deux genres, Linguatula (486) et Armillifer (487) L adulte de Linguatula vit dans les voies nasales du chien du loup et du renard L homme peut s infecter par ingestion d ufs (liguatulose viscrale) ou de larves Dans ce dernier cas les larves s installent dans les voies nasales produisant un syndrome nasopharynge appel haizoum avec enrouement, dysphagie dyspne et
485 Un mille-pattes de
type iule.
486 Linguatula serrata.

Linguatule (Copyright Liverpool
School of Tropical Mdiane)
294
Insectes d'importance mdicale ef autres ectoparasifes vomissements Annilliler est transmis par ingestion de viande crue de python ou d'autres serpents ou par de l'eau de boisson contamine par ces animaux L'infection est le plus souvent asymptomatique, mais peut endommager le foie (488)
VECTEURS DE MALADIES PHLEBOTOMES Les phlebotomes appartiennent au genre Phlebotomus (489) dans 1 Ancien Monde et au genre Lutzomyia dans le Nouveau Monde Seules les femelles sont hematophages Leur morsure peut provoquer un urticaire reactionnel mais leur rle le plus important est celui de vecteur des leishmamoses cutanes et viscrales de la fivre d Oroya (dans les
487 Armillifer armillotus. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
488 Granulome et fications hpatiques Armillifer armillatus. right Liverpool School of Mdiane)
calcidus (CopyTropical
295
Andes) et d'infections Phlbovirus (fivre pappataci). Les mouches adultes sont de petite taille et difficiles dtecter. Elles sont surtout actives la nuit.
SIMULIES
Ce sont les femelles du genre Simulium (490) qui sont hmatophages. Elles transmettent la filaire parasite Onchocerca volvulus, agent de l'onchocercose, la fois en Afrique et en Amrique Latine.
489 phlbotome (Phlebotomus papatasi) lors d'un repas sanguin. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
490 simulie (Simulwm damnosum) lors d'un repas sanguin. (Copyright Liverpool School of Tropical Medicinei
491 Mouche ts-ts (Glossina morsitans). (Copyright Liverpool School of Tropical Medicine)
296
Insectes d'importance mdicale et autres ecfoparasifes
MOUCHE TS-TS
Les glossines (Glossina) (491) sont confines l'Afrique tropicale. Elles sont attires par les couleurs sombres et les odeurs fortes. Leur morsure est douloureuse, mais elles sont surtout vectrices de la maladie du sommeil (due Trypanosoma bmcei).
MOUCHE BLEUE
Les mouches bleues (492) et les mouches domestiques peuvent tre les vecteurs mcaniques de germes responsables de diarrhes, et de Chiamydia trachomatis, agent du trachome.
PUNAISES
Les rduves (493) dfquent sur la peau au moment de la morsure et librent ainsi Trypanosoma cruzi, qui peut entrer dans la plaie la faveur du grattage. Il en rsulte localement un chagonne accompagn du signe de Romana, puis la maladie de Chagas (trypanosomiase sud-amricaine).
492 Mouche bleue

(Calliphora) s'alimentant. (Copyright Liverpool School of Tropical Medicine)
493 Rduve (Triafoma dimidiata). (Copyright Liverpool School of Tropical Medicine)
297
TIQUES
Toutes les tiques sont des parasites obligatoirement hmatophages (494 et 495). Il en existe schmatiquement deux formes : les tiques du type Argas, tguments mous, et celles du type Ixodes, tguments rigides. Ces dernires se nourrissent lentement et restent attaches pendant plusieurs jours, alors que les tiques molles se nourrissent plus vite, souvent du jour au lendemain La plupart s'alimentent sur des animaux, domestiques ou non, et seulement de faon fortuite sur l'homme. La tique molle d'Afrique tropicale (Ornithodorus moubata) est la seule tre adapte l'homme et la volaille. Les tiques molles transmettent l'homme les agents de certaines fivres rcurrentes (Borrelia duttoni, B. hermsii, B. persica), en Afrique, Asie, Amrique, et Europe mditerranenne. Les tiques dures transmettent la maladie de Lyme (B. burgdorferi), certaines nckettsioses (fivre boutonneuse mditerranenne, fivre pourpre des Montagnes Rocheuses), la babsiose, des infections Flavivirus (fivres de la fort de Kyasanur et fivre hmorragique d'Omsk), et Bunyavirus (fivre hmorragique de Crime-Congo).
494 Tique molle (Ornithodorus moubata) sur le point de s'alimenter. (Copyright Liverpool School of Tropical Mdiane)
495 Ornithodorus moubata gorg de sang. Mme individu que prcdemment, gorg de sang (Copyright iiverpool School of Tropical Medidnel
79ft
Appendice 1 Infections du systme nerveux.
299
Appendice 1 Infections du systme nerveux (suite).
300
Appendices
Appendice 2 Infections ORL.
301
Appendice 3 Infections respiratoires.
302
Appendices
Appendice 4 Exanthmes.
303
Appendice 5 Infections gastro-intestinales.
304
Appendices
Appendice 6 Infections gnito-urinaires.
305
Allas de microbiologie mdicalt
Appendice 7 Infections de la peau et des tissus mous.
304
Appendices
Appendice 8 Infections musculaires et osto-articulaires.
307
Appendice 9 Infections cardiovasculaires.
308
Appendices
Appendice 10 Fivre d'origine inconnue.
309
Note la numrotation fait rfrence aux pages et non aux illustrations

abcs penamygdalien 301 abeilles 287 Absidia 227 Absidia corymbifera 244 acariens 291 3 de la poussire de maison 293 Ac netobacter 137 138 Ac emonium 237 Ac inomddura inadurae 236 Ac inomv<:es 228 Ac inomyce'-, israein 229, 230 act nomycetome 236 act nomycose 229 30 act vite bactricide (srum) 216, 217 Adenovindae 44 46-7 ADN chromosomique (profils de restriction de 1 ) 226 ADNase (production d') 87, 90 Ades 288 Aeromonas hydrophila 153, 154, 156 aiguillons 287 albendazole 247 alphavirus 32 3 288 amastigote 257 258 amoxicilline 208 209, 213 amphotencine B 242 244, 256 ampicillme 213 214 rsistance 209 211, 219, 220 amygdales 301 Ancylostoma duodenale 272 angine de Vincent 170, 301 ankylostomes 272-3 Annelides 280 Anophles 259 288 antibiotiques 206-21 activit dans le srum 216, 217 antagonisme 214 215 associations 216 mesure de la sensibilit 206, 208-14 rsistance plasmidique 225 sensibilit 170 179 synergie 215 216 transfert de rsistance 219-21 antignes viraux (dtection des) 51, 57, 59-61 Arachnides 249 280, 281 araignes 290 Arbovirus 32-3 34-6, 37 arbre unnaire (infections de 1') 305 Arenavindae 33 35, 36 Armillifer 294-5 arthropodes 3 279 281-94 vecteurs 295-8 arthrospores 236 Ascaris lumbncoides 270-1 ascomyctes 227
aspergillose 238-9 Aspergillus 237 Aspergillus flavus 238 Aspergillus fumigatus 238-9 Aspergillu^, mger 238 Astrovmdae 30 Atrax robustus 290 auramine phemquee 185, 188 babesiose 298 bacilles 75 78 anaerobies 78 anaerobies strictes 170-81 classification 75 76^, 79 de classification incertaine 182-4 milieux de culture 79, 80-1 morphologie 72 parasites obligatoires 79 paroi cellulaire 71, 73-4 reactions biochimiques d'identification 82-3 rsistance aux antibiotiques 206-21 structure 71-4 typage selon des caratres antigniques 84 BaciHus anthracis 5 100, 101, 102, 103 Bacillus cereus 100 101, 102, 103, 104 bactries 1 2 3 71 Bacteroides fragilis 170, 171, 172, 173, 179 180 Balantidium coli 256 Bartonella bacilliformis 182, 183, 184 Bartonella henselae 182, 183, 184 Bartonella quintana 287 basidiomycetes 227 bta-lactamase 209 10 induction 214 215 Blastomyces dermatitidis 239 blastornycose 239 Bordetella pertussis 134, 137, 145 Borrelia 298 Borrelia reu/rente 194, 197, 199, 287 Borrelia vincenti 170 bronchectasie 302 Brucella abortus 135, 138, 139, 150-1 Brucella melitensis 135, 138, 139, 151 Brucella suis 135 138, 139, 151 Brugia inalayi 276 Bunyavindae 33 35-7, 288, 298 Burkholdena cepacia 163, 164, 167 224 Burkholdena pseudomallei 163, 164, 1678 calcification mtra-crbrale 262, 263 Calicivindae 30-1 Calfiphora 297 Calymmatobactenum granulomatis 182 183 Campylobacter ]e]uni 153, 154, 158 Candida 228 Candida albicans l, 3, 238, 240-2, 242
Candida parapsilosis 240 Candida tropicalis 240 candidose 240 2 carcinome du col de l'utrus 58 cardiolipide 194 198 catalase (mise en vidence de la production de) 93 cphalosponne chromogne 210 Cestodes 268-70 Chagas (maladie de) 297 chagome 256 7 297 champignons 1 2 3 Actinomycetaceae 229-30 d importance mdicale 227-8 maladies humaines 228 mycoses superficielles 228, 231-6 mycoses systemiques 238-46 Nocdrdiaceae 230 taxonomie 227 charbon (maladie du) 5 100 Chilipodes 279 chique (puce ) 283-4 Chiamydia pneumomae 202, 203 Chiamydia psittaci 202 203 Chiamydia trachomatis 1, 202, 203, 2045 297 chloramphemcol (rsistance au) 219,
220
choiera 152 156 chonoretmite 263 chromatographie en phase gazeuse 170 180 chromomycose 237 Chrysomia bezziana 283 Chrysops 289 Cimex 289 90 Citrobacter freundn 116, 117, 127, 129 Cladosponum carnonn 237 CLED (milieu) 112 120 Clonorchif sinensis 263 Clostndium difficile 170, 171, 172, 173, 1778 Clostridium perfnngens 170, 171, 172, 173 174 175-7 Clostridium tetam 170, 171, 172, 173, 174 coagulase (recherche d'une activit) 87 89 cocci 75 78 arobie a Gram positif 85-99 Coccidiodes immitis 242 coccidiomycose 242 colorants (test d'inhibtion par les) 135, 151 coloration de ZiehI-Neelsen 185, 188, 193 complment (raction de fixation) 51, 67-9 concentration critique 212 213 minimale bactricide (CMB) 212, 214
310
Index
minimale inhibitnce (CMI) 208, 212 en milieu liquide 212, 213, 214 contrle de qualit des eaux 226 coqueluche 134 145 302 Cordylobia anthropophaga 282-3 Coronavmdae 34 38-9 corynebactenes 101 106 107 Corynebactenum dphtenae 100, 101, 102 1068 109 110 biotype gravis 101 107 biotype mitis 101 108 100 Corynebactenum hofmannu 108, 110 Corynebactenum ]eikeium 100, 101, 102 Corynebactenum urealyticum 100, 101, 102 cotnmoxazole 245 247, 253, 254 cowpox 57 Coxsdckievirus 24 26 Coxiella 79 194 200 201 Coxiella burnetn 194 200, 201 Creutzfeldt Jakob (maladie de) 1, 16, 17 Crustacs 279 281 cryptococcose 243 Cryptococcus neoformans l, 242-3 Crypto^pondium parvum l, 253-5 Ctenocephaide', canis 284 Ctenocephalides felis 284 culture de cellules mammaliennes 52-6 cyclosenne-cefoxitine-fructose (glose) 170 177 Cyclospora cayetanensis 254, 255 cysticercose 268 Cytomegalovirus 3, 49, 54-8, 61, 62 Dane (particules de) 47, 48 dapsone 245 DDT 287 Demodex folliculorum 3, 292, 293 Dermatobia hominis 283 Dermatophagoides pteronyssinus 293 dermatophytes 228 231-6 dsoxycholate-citrate (milieu) 112, 123 deuteromycetes 228 diagnostic virologique dtection des antignes viraux 51, 57 59-61 dtection du gnome viral 51, 62-6 dtection des virus 52-6 srologie 51 66-70 diarrhes 153 204 a protozoaires 247, 251, 254, 256 virales 30 32 33 Dienes (typage de) 222-223 dilution minimale bactricide 216, 217 minimale inhibitnce 217 Diphyllobothnum latum 268 Diplopodes 279 diptres 282 3 disques (mthode des) 206, 208, 212 disques d antibiotique 206, 208 douves 265 266 7 Dracunculus medinensis 276, 277 dysenterie amibienne 247 Ebola (virus) 37 Echinococcus granulosus 269 Echovirus 24, 26 ectothnx 235 eczma margin de Hbra 231 Edwardsiella tarda 116, 117 Eikenella corrodons 163, 164, 169 lectronique (microscopie) 12-14, 15, 51 52 electrophorese de 1 ARN en gel de polyacrylamide 31 51 62 en champs puis 226 en gel d dgarose 64, 65, 221 des protines cellulaires totales (typdge par) 224 Elek (test d ) 107, 109 elephantiasis 276 ELISA51 59-60 dtection des anticorps anti-viraux 51 69 70 encphalite de St Louis (virus de 1') 52 encephalomyelite 262 299 encephalopathies subaigus spongiformes transmissibles 1, 16-17 Endolimax nana 3 endonucleases de restriction 224, 225,
226
espundia 258 eumycetome 236-7 exanthmes 303 Fasciola hepatica 263 265 Fasciolopsis buski 265 fermentation des sucres 112 fievre(s) hmorragiques 33, 37 d origine inconnue 309 Q 194 rcurrentes 194 199 a poux 287 a tiques 298 des tranches 287 filaire 276 de Bancroft 276 de Medme 276, 277 filanose 288 Filovindae 35 37-8 FIavindae 32 34 288, 298 Flavobactenum menmgosepticum 163, 164 169 Flavobactenum odoratum 163, 164, 169 flore normale 3 4 fluconazole 242 fluorescence (microscopie ) 8, 9 Francisella tularensis, 135, 136 frelons 287 fuchsine (inhibition par la) 135 Fungus bail 240 241 Fusanum 236 237, 244 Fusobactenum necrophorum 170 171 172 173 181 Fusobactenum nucleatum 170, 171, 172 173 181 galeries de diagnostic API 129 gangren gazeuse 170, 174 Gardnerella vagmalis 153, 154, 160 gastrite 304 gnome viral (dtection du) 51, 62-6 genomique amplification 51, 63-6 hybridation 51, 62-3 gentamicme 216 218, 219 Gerstmann Straussier (maladie de) 16 Glardia intestmalis (lamblia) 1, 251 glossme 296 7 Glucantime 257 258 gonorrhee 141 Gram ngatif (bactries ) 71, \74 arobies 77 Aeromonas 153, 154, 156 bacilles 112-33 cocci/coccobacilles 134-51 bacilles anaerobies 170, 172, 173, 174 17981 Campylobacter JCJuni 153, 154, 158 Gardnerella vaginalis 153, 154, 160 Helicobacter pylon 153, 154, 159 non fermentants (bacilles) 1623 164-9 Pseudomonas 162-3, 164-6 Vibno 152-3, 154-7
endothnx 235 Entamoeba coli 3 Entamoeba histolytica 3 247, 250 Enterobacter aerogenes 113, 115, 117, 126 Enterobacter cloacae 113, 115, 117 enterobactenes 112, 133 reaction des sucres en eau peptonee 124-5 Enterobins vermiculans 3, 271-2 Enterococcus faecalis 91, 92, 98-9 Enterococcus faecium 212 enterocoques 91 92 93 98-9 Enterocytozoon bieneusu 247, 249 Enterovirus 26 pidemiologie (techniques d') 222-6 Epidermophyton 228 Epidermophyton floccosum 1, 231, 2323
piglottite 302 Epstem Barr (virus) 3, 49, 67 Erysipelothnx rhusiopathlae 100, 101, 102 Eschenchia coli 1, 15, 113, 115, 117-18, 122 124 amoxicilline (mesure de la sensibilit a 1 ) 213 amoxicilline (rsistance 1') 209 citrate de Simmons 127 CMB a 1 ampicillme 214 CMI a 1 ampicillme 213 diamtres d inhibition 208, 209 indole (production d ) 126 milieu de Kligler 130 oxydation fermentation 166 phenylalamne desammase 128 profil de restriction genomique 225 rduction des nitrates 128 rsistance plasmidique aux antibiotiques 225 rouge de methylel26 serotype 0157 112 120-1 transfert de rsistance 219-20 Voges-Proskauer (reaction de) 127
311

Gram positif (bactries ) 71, 173 arobies 76, 85-111 bacilles 100-11 anarobies 170, 171, 172, 173, 174-8 cocci arobies 85-99 identification 86 infections 85, 91 sources et modes de transmission 86 griffes du chat (maladie des) 184, 186 grippe 35 gnsofulvine 236 gupes 287 Haemophilus 137, 146-8 Haemophilus aegyptius 137, 138 Haemophilus ducreyi 137, 138 Haemophilus influenzae 3, 134, 137, 138, 146-9 facteurs X et V 134, 147-8 rsistance l'ampicilline 210, 211 Haemophilus parainfluenzae 137, 138, 148 Hania alvei 116, 117 helminthes 1, 2, 3, 263-78 hmagglutinme 39-40, 56 Hepadnavindae 47 hpatite 304 A (virus de 1') 26, 27 dtection des IgM spcifiques 67 B (virus de 1') 47, 48 C32 herps circm 231, 234 simplex (virus) 48, 54, 55 hybridation gnomique 63 Herpesvmdae 3, 44, 48-9 Herpsvirus humains 3, 44, 48-9 . Hiss (mthode des sucres de) 101, 10910 Histoplasma capsula tum 244 histoplasmose 238, 244 hydatique (kyste) 269-70 hydatique (sable) 269 Hymenolepis 285 hymnoptres 287 imipnme 215 immunocapture (ELISA) 59-60, 69, 70 immunodficience humaine (virus de
l')3
Influenzavirus 3940, 52, 56 inhibition d'hmagglutination 69,

70
inhibition (zone d') 208, 209 inhibition d'hmagglutination 51, 69, 70 insectes 279-89 vecteurs 295-7 intertrigo 240-241 intoxication alimentaire 100, 104, 157 Isospora belli 252-3 kala-azar 258 Kaposi (sarcome de) 49, 303 Katayama (fivre de) 267 Kauffman-White (typage des salmonelles) 113 knon 235 Kingella kingae 163 Klebsjella edwardsii 218 Klebsiella oxytoca 113, 115, 117 Klebsiella pneumoniae 112, 113, 115, 117, 119 Kliger (milieu de) 112, 130 kuru l, 16, 17 Lactobacillus 100, 101, 102, 111 lactose-jaune d'uf-lait (glose) 170, 176 Lactrodectus mactans 290 Lampit 257 /a/va migrans cutane 274 viscrale 278 laryngo-tracho-bronchite 302 Lassa (fivre de) 33 latex (agglutination de particules de) 51, 60, 61, 243 Legionella 224 Legionella pneumophila 153, 154, 160 Leishmania 257-8 lentes (de pou) 285, 286, 287 lpre 184 Leptospira canicola 7 Leptospira interrogans 194, 197, 199 linguatule 294 lipopolysaccharide 74-224 Listena monocytogenes 100, 101, 102, 105 Loa loa 276, 289 Lwenstem-Jensen (milieu de) 185, 189, 190-3 LuciUa 282, 283 Ludwig (angine de) 301 Lyme (maladie de) 298 lysotypie 222 MacConkey (milieu de) 93, 98 entrobactries 112, 118-19, 121, 122 sorbitol 112, 120-1 Madurella mycetomatis 237 malathion 287 mebendazole 272, 273, 276 mningite 299 aigu 299 chronique 299 cryptocoque 243 cysticercose 269 Haemophilus influenzae 146 mningococcique 134, 140
immunodprim 244, 245 immunofluorescence 10-11, 51, 61, 204 immunoglobuline A (IgA) 66, 69 G (IgG) 66, 69 M (IgM) 66, 67, 69 inclusions 56-7, 204 indole (production d') 112, 126 infections articulaires 307 infections cardiovasculaires 308 cutanes, 306 gastro-intestinales 304 gnito-unnaires 305 musculaires 307 osseuses 307 respiratoires 39, 41, 52, 61, 302
Naegleria 256 nonatale 163, 169 mningoencphalite 256 mtromdazole 247, 251, 252 microcphalie 263 Micrococcus 85, 86, 90, 97 microscope contraste de phase 8 lectronique 12, 13 fluorescence 9 fond clair 6 fond noir 7 microspondies 247 Microsporum 231 Microsporum audouinii 236 Microsporum canis 233, 235, 236 Microsporum gypseum 232 milieux de culture pour bactries 79-81 mille-pattes 293, 294 MNYC (modified New York City, milieu de culture) 134, 141 mobilit-ure-mdole (milieu) 112, 131 molluscum contagiosum 44, 50 Moraxella catarrhalis 134, 135, 136, 144 Moraxella lacunata 134, 135, 136, 144 Morganella morganii 116, 117 morsure (infections de plaies de) 134, 138, 149, 163, 306 mouche(s) bleue 297 domestiques 297 ts-ts 256, 296-7 \moustique 259, 288 \m< Mucor 227 Ml Mucor pusilfus 244 mucormycose : voir zygomycose mucoviscidose 163, 165, 167, 224 muguet 240 myctome 230, 236-7 mycobactnes 75, 185-93 non chromognes 185, 192 Mycobactenum avium-intracellulare 185, 186, 187, 190 Mycobactenum bovis 185, 186, 187, 193 Mycobactenum fortuitum 185, 186, 187, 193 Mycobactenum gordonae 186, 187, 192 Mycobactenum kansasii 185, 186, 187, 190, 191, 192 Mycobactenum leprae 185, 186, 193 Mycobactenum malmoense 186, 187, 191 Mycobactenum tuberculosis 185, 186, 187, 188-9, 193 Mycoplasma hominis 195, 196 Mycoplasma pneumoniae 67, 195 mycoplasmes 194, 195 mycoses 228 sous-cutanes 236-7 superficielles 228, 231-6 systmiques 238-46 myiases 282, 283 Myriapodes 293 Nagler (raction de) 170, 171 nalidixique (acide) 214, 215, 219, 220 Necator americanus 272 Ngri (corps de) 56, 57
312
Index
Neisseria gonorrhoeae 134, 135, 136, 141, 142-3, 211 Neisseria lactamica 134, 143 Neisseria memngitidis 3, 79, 134, 135, 136, 140 ,142 mesure de la sensibilit aux antibiotiques 211 nmatodes 270-8 intestinaux 270-5 du sang et des tissus 276-8 neuramimdase 39-40 nifurtimox 257 niridazole 276 nitrates (raction de rduction des) 128 nitrocfme 210 nitrofurantone 214, 215 Nocardia 228 Nocardia astrodes 230, 236 Nocardia brasiliensis 230 nystatine 242 il (infections de 1') 306 uf de poule embryonn 52, 53 Onchocerca volvulus 276, 296 Oncornavirus 43 onychomycoses 241 optique (microscopie) 5-15 oreille moyenne 301 orf 44, 50 ORL (infections) 301 Ornithodorus moubata 298 Orthomyxoviridae 39-40, 41 orthopoxvirus 50 oxydation-fermentation (ractions d') 166 paludisme 259, 288 fivre quarte 259, 261 fivre tierce bnigne 259, 260 Plasmodium falciparum 259, 260 Plasmodium malariae 259, 261 Plasmodium ovale 259, 261 Plasmodium vivax 259, 260 Papillomavirus humains 44, 45-6, 58 Papovaviridae 44, 45-6 Paracoccid iodes brasiliensis 244 paracoccidiomycoses 238, 244 Parainfluenzavirus 23, 52 Paramyxovindae 35, 40, 41 Parapoxvirus 50 parasites 1, 2, 3 helminthes 263-78 pluricellulaires 264 protozoaires 247-63 paratyphoide 212, 213 Parvovindae 44, 45 Pasteurella multocida 134, 138, 139, 149, 150 PCR 51, 63-6, 245 peau (infections cutanes) 306 Pediculus capitis 285, 286-7 Pediculus humanus 285-7 pnicilline 211 association avec la gentamicine 216 rsistance 209, 210, 211 pentamidme 245 Pentastomidae 279, 280, 294 peptidoglycane 73 peste 133, 284 Pestivirus 32, 33 pharynx 301 phnylalanine dsaminase 128 Phialophora (Fonsecaea) pedrosi 237 Phialophora verrucosa 237 phlbotomes 37, 257, 258, 29^6 Phlebotomus 295-6 photochromognes (mycobactries) 185, 192 Phthirus pubis 285, 286-7 phycomycoses . voir zygomycoses Picornaviridae 24-7 Piedrasa hortae 227 pipracillme 215 Pityrosporum 228 Plasmodium 259-61 Plasmodium falciparum 1 pneumocoque 97, 98 Pneumocystis cannii 245-6 pneumopathie(s) 46, 202, 203, 302 infectieuse 302 Poliovirus 24, 26, 55 Polyomavirus 44, 45 potasse (mthode d'claircissement pour champignons) 235 pou de corps 286-7 pouvoir bactricide du srum 216, 217 poux 285-7 Poxvindae 44, 49-50, 52 praziquantel 265, 269 PrevoteIIa melaninogenica 170, 171 172, 173, 180 prions 1, 16-17 profils plasmidiques 224, 225 protines de membrane externe 224 Proteus 112 typage par la mthode de Dienes 222, 223 Proteus mirabilis 112, 116, 117, 119, 121 milieu de Kliger 130 milieu ure-mdole-mobilit 131 recherche de la phnylalanine dsaminase 128 Proteus vulgaris 116, 117 agglutination 194, 201 protozoaires 1, 2, 247-63 parasites des muqueuses 247-56 parasites du sang et des tissus 249,
256-63
Puumala (virus) 36, 37 pyocinotypage 222, 223 pyrantel (pamoate de) 272 pyrimthamine-sulfadiazine 263 rage 34, 38, 56, 57 raction d'utilisation des sucres 134, 142-3 de Weil et Flix 194, 201 de Widal 113, 132 rduves 256, 297 Reoviridae 31-2 rsistance (transfert de gnes plasmidiques de) 219 Retrovindae 34, 41-3 rhabditoides (larves) 272, 273, 274 Rhabdoviridae 38 rhinites 301 Rhinovirus 25 Rickettsia 79, 194, 200, 201 Rickettsia mooseri 285 Rickettsia prowazeki 287 rickettsioses 298 rifampicine 211 ring test (brucellose animale) 135, 151 Robertson (milieu la viande cuite de) 170, 176 Romana (signe de) 257, 297 ros Bengale (test au) 135, 151 Rotavmdae 31-2 rouge de mthyle (raction au) 126 rougeole 41 rubole (virus de la) 33-4 Sabouraud (milieu de) 231, 232-3, 236, 237, 239, 241, 243 Salmonella 79, 112, 113, 132 Salmonella ententidis 123, 130, 131 Salmonella paratyphi 113, 115, 117 Salmonella typhi 6, 113, 115, 117, 132 Salmonella typhimurium 113, 115, 117, 124-5, 129 salmonelle-shigelle (milieu glose) 112, 123 sangsues 280-1, 282 Sarcoptes scabiei 291-2 SARM voir Staphylococcus aureus, rsistance la mticilline satellitisme 134, 149 Schistosoma 263 Schistosoma haematobium 266-7 Schistosoma japonicum 266-7 Schistosoma mansoni 266, 267 scolopendres 293 scorpions 290, 291 scotochromognes (mycobactries) 185, 192 srologie (dtection de la rponse immune) 66-70 lvation du titre 67-70 IgM 67 Serratia marcescens 116, 117 Shigella 112 Shigella boydii 113, 115 Shigella dysenteriae 113, 114, 117 , Shigella flexneri 113, 115 Shigella sonnei 112, 113, 115, 117, 122, 124-5 milieu de Kligler 130
Providencia stuarth 116, 117 pseudofilaments de Candida albicans 241 Pseudomonas aeruginosa 15, 162-3, 164-6, 212 induction de p-lactamase 215 mesure de la sensibilit aux antibiotiques 212 oxydation des sucres 166 pyocmotypie 222, 223 rduction des nitrates 128 rsistance aux antibiotiques 212 puce(s) 283-5 du chat 284 du chien 284 de l'homme 284 du rat 284 puce-chique 282 Pulex irritans 284
313
Atlas de microbiologie vndicale

milieu ure mdole mobilit'J31 profils plasmidiques 224 22a Simmons (milieu au citrate de) yi simulies 296 { Simuliurn 296 / sinusites 301 i < ; solubilit dans les sels biliaipes Cras. j tion ue; de ) 30 93 yi 97 ^ /J min )t spectinc mycine 211 Spirillum minus 182 183 ' Sporothnx ^henckii 237 sporotnchose 2^7
StaDhvlococctis-ameVS.^ 86 87 88-
^^^
Taenia saginata 3 268 Taenia solium 3 268 taons 289 teignes 231 234 tnia 268-70
nain 285
vaginoses 153 vancomycine 212 varicelle 23 48-9 variole (virus de la) 49 50 VDRL (diagnostic de la syphilis) 194 198
Vero (cellules) 54 55 vers ronds 270-8
antibiogramme en milieu glose 208 209 lysotvpie 222 rsistance a la mticilline 210 226 satellitisme 134 149 Staphylococcus epidermidis 15 85 86
87 89
Staphylococcus saprophyticus 85 86 staphylocoques 85 86 87 90 93 Streptobacillus monififormis 182 183 Streptococcus agalactiae 85 86 93

4
Streptococcus bo\ is 91 92 Streptococcus faecalis 91 92 98-9 212 Streptococcus milieu 91 92 93 99 Streptococcus pneumomae 3 91 92 93 968 210 Streptococcus pyogenes l 14 85 86
93 94 95
Streptococcus vmdans 91 92 93 96-7 Streptococcus zooepidemicus 85 86 streptocoques 85 86 a hemolytiques 91 92 93 96-8 p h( molytiques 85 86 93 5 groupe D de Lancefield 91 92 93
98-9
Strongyloides stercoralis 273 5 sucres (reaction en eau peptonee) 1245
sulfamides 211 suppuration intracranienne 300 synergies 215 216 syphilis 194 198 systme nerveux (infections du) 299300
tetracyclines 219 220 256 thiabenddzole 275 thionine (inhibition de croissance par la) 135 Tinea concentncum 234 tiques 291 3 298 tissus mous (infecton des) 306 Togavmdae 323 34 36 Toketau 234 tournesol (dcoloration de la liqueur de) 93 99 Toxocara canis 278 Toxocdra cati 278 Toxopla^ma gondu 262 3 trachome 202 transconjugants 2196 trematodes 263 2b5 7 tremblante du mouton 16 Treponema pallidum 194 196 197 198 Tnatoind dimidiata 297 Trichinelld spiralis 277-9 tnchocephdle 271 2 275 Tnchom )nas vaginalis 1 252 Tnchophvton 231 Tnchophyton mentagrophytes 231 233 Trichopbvton rubruin 232 Tnchuris tnchuna 3 275 Trypanc soma 256 7 Trvpanowma brucei 297 Trypanowma cruzi 297 tuberculose 184 lunga penetrans 283-4 TWAR (Chiamydia) 202 203 typage par les bactenocines voir pyocinotypage typhode 112 113 132 typhus exanthematique 287 munn 284-5 ulcre gastrique 304 Ureaplasma 194 195 vaginites 252
Vibno cholerae 1 79 152 3 154-6 Vibno parhaemolyticus 152 153-4 157 VIH (infection par le) 41 42 43 190 virologie (mthodes diagnostiques) dtection des antignes viraux 51 57 5961 dtection du genome viral 51 62-6 dtection des virus 52-6 srologie 51 66-70 virus 1 2 3 18 ADN 22 29 43 50 ARN 20 1 28 enveloppes 32-43 nus 24 6 27 30-2 classification 18-23 culture 51 6 enveloppe lipidique 19 23 genome 19 inclusions 56 7 infection persistante 3 mise en vidence 52-6 sources et modes de transmission 28-9 ^ symtrie de la capside 19 23 virus varciella zoster 23 48-9 Voges Proskauer (reaction de) 127 vomissements 30 304 VRS (virus respiratoire syncytial) 61 65 Wucherena bancrofti 276 Xenopsyfla cheopsis 284 xylose lysine desoxycholate XLD) 112 122 3 (glose
Yersmia enterocolitica 113 116 117 133 Yersima pestis 113 116 117 133 284 Yersima pseudotubercutosis 116 117 zygomycetes 227 zygomycose 244
Imprime en octobre 1999 et Cassegrain imprimeurs (Niort) (n0 3884) Flammarion et 0e diteurs (n0 10471 ) Dpt lgal novembre 1999 Impnme en France

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Atlas de poche de microbiologiel

Traduit de l'anglais par Olivier Gaillot

Chez le mme diteur Dans la mme collection :

I"' dition, 1997. 2e tirage, 1999.

A. Hart, P. Shears, avril 1996

LES DOMAINES DE LA MICROBIOLOGIE

Atlas de microbiologie mdicale

QU'APPELLE-T-ON FLORE NORMALE ?

Atlas de, microbiologie mdicale

La flore microbienne normale de l'homme.

VOIR LES MICROBES

Arias de microbiologie mdicale

Afhs de microbiologie mdicale

6 a Le microscope fluorescence, b Mycobacferium fuberculosis colore l'auramine phnique, vu au microscope fluorescence.

chez un patient atteint de

Prions et encphalopafhies spongiformes fransmissibles

CLASSIFICATION DES VIRUS

17 Virus ARN d'importance mdicale.

Atlas de microbiologie mdicale

Virus et infections virales 19 Symtries hlicodale et cubique de la nuclocapside virale.

22 Infections virus nus ARN.

Virus ef infections virales

Virus et infedions virales

Atlas de microbiologie mdicale

Virus et infections virales

Arfos de microbiologie mdicale

Virus et infections virales

de polyacrylamide de l'ARN de Rotavirus direc-

tement extrait des selles.

VIRUS A ARN ENVELOPPES

30 Infections virus envelopps ARN.

Atlas de microbiologie mdicale

Virus et infections virales

Alfas de midvbiologie mdicale

Virus et infections virales

Allas de microbiologie mdicale

42 Diagramme de la structure et des polypeptides du VIH.

Virus et infections virales

Atlas de microbiologie mdicale

Virus ot inhcHons vi'rofes

Allas de microbiolog mdicale

Atlas de microbiologie mdicale

49 Diagramme des diffrents antignes du virus de l'hpatite B.

Virus ef infections virales

55 Mthodes de diagnostic virologique.

Atlas de microbiologie mdicale

DETECTION DES VIRUS

Virus et infections virales

57 Schma d'un uf de poule embryonn g d'environ 10 jours.

58 Membrane thorio-allantode avec des lsions caractristiques de Poxvirus.

61 Monocouche de cellules de rein de singe vert africain (Vero).

Vru5 et infections virhs

DTECTION DES ANTIGNES VIRAUX

Atlas de microbiologie mdicale

Virus et infections virales

Arias de microbiologie mdicale

74 Agrgation par un antigne de particules de latex recouvertes d'antisrum spcifique.

Virus et inhcthns virales

Atlas de microbiologie mdicale

DTECTION DU GNOME VIRAL

Virus et infections virales

Alhs de microbiologie mdicale