Professional Documents
Culture Documents
HOMEGROUP 1 Evania Hutasoit (1206248483) Maylina Chandra Puspita (1206212451) Nindya Bestari (1206255122) Sabrina Zahra Fitriani (1206249391) Vifki Leondo (1206238665) TEKNOLOGI BIOPROSES DEPARTEMEN TEKNIK KIMIA FAKULTAS TEKNIK UNIVERSITAS INDONESIA DEPOK 2014
Struktur Protein
STRUKTUR PROTEIN
I. Struktur Protein
Protein merupakan salah satu nutrisi yang dibutuhkan oleh makhluk hidup. Protein memiliki ukuran yang cukup besar apabila dibandingkan dengan zat lainnya, memiliki struktur molekul yang kompleks, dan tersusun dari ratusan unit terkecil, yakni -asam amino dengan bentuk Asam amino terdapat 20 jenis yang apabila dikombinasikan dapat membentuk protein.
2.2
4.19 5.14 15.8 5.6 22.5 3.36 2.37 2.7 1.54 1.06 0.038
10.1
Non-Esensial Pada kondisi normal, tubuh dapat memproduksi asam amino non-esensial. Berikut ini merupakan jenis-jenis asam amino non-esensial: Alanin Asparagin Asam aspartat Sistein Glutamin Asam glutamat Glisin Prolin Serin Tirosin
Esensial secara Kondisional Ketika sistem tubuh bekerja secara tidak seimbang atau mengalami suatu penyakit, beberapa asam amino berikut menjadi esensial, biasa ditemukan dalam suplemen makanan: Arginin Glisin Sistin Tirosin Prolin Glutamin
(berdasarkan GUGUS R)
Non-polar Pada asam amino non-polar, gugus R-nya mengandung polar hidrofobik sehingga tidak membentuk ikatan hidrogen dengan H2O. Gugus R yang dimaksud adalah: Gugus (-OH) : serin, treonin, tirosin Gugus (-SH): sistein Gugus amida: glutamin dan aspargin Gugus (-NH2): lisin, arginin dan histidin Gugus (-COOH): aspartat dan glutamat
(berdasarkan GUGUS R)
(berdasarkan GUGUS R)
Polar Gugus R lainnya, yang merupakan gugus alkil hidrofilik dapat berikatan membentuk ikatan hidrogen, sehingga 9 asam amino lainnya bersifat nonpolar, berikut ini merupakan asam amino non-polar: Glisin Alanin Valin Leusin Isoleusin Fenilalanin Triptofan Prolin Metionin
(berdasarkan GUGUS R)
(berdasarkan GUGUS R)
Asam - Negatif Pada asam amino yang bermuatan negatif, berdasarkan sifatnya secara fisiologis, pH-nya lebih rendah dari 7. Contohnya adalah: Aspartat Glutamat
Basa positif Secara fisiologis, asam amino yang bersifat basa memiliki muatan positif, hal ini disebabkan oleh adanya kelebihan NH2 atau nitrogen yang bersifat basa dan dapat mengikat proton pada rantainya, menyebabkan muatannya menjadi positif. Contohnya adalah: Lisin Arginin Histidin
(berdasarkan GUGUS R)
Isomerisasi asam amino berkaitan dengan stereokimianya, stereokimia asam amino dibedakan berdasarkan betuk cerminannya, yakni enantiomernya, dimana memiliki C-kiral. L-asam amino merupakan jenis asam amino yang dapat ditemui pada eukariotik, seluruh jenis l-asam amino biasanya mudah ditemukan pada kehidupan sehari-hari. D-asam amino merupakan jenis asam amino yang jarang ditemukan di kehidupan sehari-hari, karena d-asam amino biasanya hanya dimiliki oleh bakteri dan antibiotik. Namun pada suatu penelitian, dasam amino juga dapat ditemukan pada tubuh manusia, berfungsi dalam membantu proses penuaan, sinyal saraf, serta distribusi hormon sekresi.
Struktur helix Struktur -helix pada gambar menunjukkan bahwa ikatan peptida berputar searah jarum jam menjauhi pembaca. Struktur ini dapat terbentuk akibat adanya ikatan hidrogen yang terjadi pada gugus amida (NH) dengan atom O pada gugus karbonil (-CO). Struktur -sheet Struktur -sheet berbeda dengan struktur -helix, hal ini dikarenakan pada -sheet ikatan hidrogen hanya terjadi pada daerah linear rantai polipeptida, yakni antara atom O pada gugus karbonil (-CO) dari satu ikatan peptida dengan atom N pada ikatan peptida lainnya. Selain dengan rantai peptida lainnya, ikatan hidrogen juga dapat terjadi pada suatu rantai tunggal hingga membentuk suatu lipatan. Struktur Supersekunder Struktur supersekunder merupakan jenis protein yang terbentuk oleh adanya kombinasi antara struktur sekunder, atau gabungan dari -helix dan -sheet dengan lengkungan yang berbentuk acak. Gambar 5. Struktur Sekunder Protein (Sumber: uic.edu)
V. Struktur Tersier
Struktur tersier terbentuk karena adanya interaksi antar residu asam amino yang letaknya jauh pada urutan primernya sehingga melibatkan helix dan -sheet. Interaksi kovalen dan non-kovalen dapat terjadi pada ikatan tersier. Pada interaksi kovalen melibatkan pembentukan ikatan disulfida, sedangkan pada interaksi non-kovalen terjadi interaksi hidrofobik.
Protein yang telah ter-denaturasi, beberapa dapat melakukan renaturasi, yakni kembali ke keadaan semulanya.
Fungsi Protein
I. Fungsi Penyimpanan
Protein sebagai penyimpanan (protein nutrient) digunakan dalam perkembangan embrionik manusia, hewan maupun tumbuhan. Protein mendukung semua pengembangan sel dengan menyimpan sumberdaya yang berhubungan dengan pertumbuhan dan pengembangan sel. Protein penyimpanan juga di digunakan sebagai pengkarantina sel Berbagai protein nutrient diantaranya : ovalbumin, kasein, ferritin, dan mioglobin.
I. Fungsi Penyimpanan
1. Albumin Albumin banyak ditemui pada putih telur dan darah manusia. Pada tubuh manusia. Albumin dihasilkan retikulum endoplasma dalam hati. Albumin berperan mengangkut asam lemak dari jaringan adiposa ke jaringan otot. Albumin melawan infeksi, membangun dan memperbaiki jaringan otot. Albumin juga berkontribusi dalam regulasi osmosis, membantu transportasi hormon, obat-obatan dan zat-zat lain melalui darah.
I. Fungsi Penyimpanan
2. Ferritin
Ferritin adalah protein menyimpan zat besi pada tubuh manusia dan melepaskannya dalam jumlah yang terkontrol. Besi tersimpan di dalam protein ferritin tersebut tepatnya di tengah. Bila dilihat dari stuktur kristalnya, satu monomer ferritin mempunyai lima helix. Ion Fe berada di tengah kelima helix tersebut. Ketika zat besi dibutuhkan oleh tubuh, ferritin berubah dari Fe(III) menjadi Fe(II) sehingga zat besi dapat lepas melalui struktur spheric ferritin. Jumlah ferritin dalam plasma menggambarkan jumlah besi yang tersimpan di dalam tubuh kita.
I. Fungsi Penyimpanan
3. Kasein Kasein adalah protein yang terdapat dalam susu yang berfungsi sebagai pengikat berbagai macam makanan. Kasein merupakan golongan fosfoprotein yang merupakan kumpulan ikatan hidrogen yang mengandung asam fosfat. 4. Mioglobin Mioglobin berfungsi sebagai tempat penyimpanan dan transportasi oksigen. Setiap mioglobin mengandung polipeptida yang mengandung gugus prostetic, dan heme.
Sintesis Protein
PETA KONSEP
mRNA ditranskripsi oleh enzim RNA polimerase II dari segmen DNA yang ditunjuk sebagai gen, bagian informasi-coding dari genom. Terdapat faktor inisisasi, yaitu TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF dan TFIH
III. Translasi
Elongasi (pemanjangan)
Faktor protein, eEFs (faktor elongasi eukariotik), diperlukan untuk mempercepat siklus elongasi.
III. Translasi
Terminasi
Salah satu dari tiga kodon mRNA - UAA , UAG dan UGA - digunakan untuk sinyal ke ribosom yang sedang melakukan elongasi bahwa terjemahan harus dihentikan pada saat ini. RF (faktor rilis protein) berikatan dengan ribosom dan mensinyalkan pelepasan rantai polipeptida
IV. Post-translasi
Pelipatan Protein Modifikasi kimia
IV. Post-translasi
Protein targeting
Pada prokayotik, protein ditentukan antara dua pilihan, yaitu menjadi protein ekstraselular atau intraselular sel. Sedangkan pada eukaryotik lebih kompleks lagi dimana protein ekstraseluler dapat ditargetkan untuk sekresi, ke membran sel, atau salah satu dari banyak organel intern. Protein intraseluler dapat ditargetkan untuk cyoplasm, untuk inti atau organel khusus seperti mitokondria atau kloroplas. Setiap protein tersebut sudah memiliki urutan sinyal masing-masing sehingga dapat langsung menuju tempat seharusnya.
Protein turnover
Masa hidup protein juga harus diatur. Beberapa protein membutuhkan untuk waktu yang sangat singkat - dan bisa berbahaya hadir terlalu lama. Lainnya diperlukan sepanjang waktu dan itu akan menjadi tidak boros untuk menjaga sintesis ulang mereka
RNA Polimerase I, II, dan III mensintesis rRNA, mRNA, dan tRNA.
RNA dilepaskan dan diproses pada nukleus Inisiasi dari transkripsi butuh faktor transkripsi RNA Polimerase terdiri dari 10-15 polipeptida
Deteksi Protein
Metode Kjeldahl
Metode analisis kuantitatif protein dengan menghitung kadar senyawa nitrogen total yang terkandung pada senyawa nitrogen serta senyawa lain yang terkait protein
Metode Kjeldahl
Kelebihan: Mudah dilakukan, universal, presisi tinggi Kekurangan: Tidak mengukur protein yang sesungguhnya, karena nitrogen dalam makanan tidak semuanya bersumber dari protein, dan waktu yang diperlukan cukup lama. Penggunaan asam sulfat pada suhu tinggi berbahaya, demikian juga beberapa katalis
Spektroskopi UV-Vis
Analisis spektroskopi yang menggunakan sumber radiasi elektromagnetik ultra violet dekat dan sinar tampak dengan menggunakan spektrofotometer. Memanfaatkan kemampuan protein untuk menyerap (atau menyebarkan) cahaya pada rentang UV-Visible pada spektrum elektromagnetik. Dapat juga dilakukan dengan cara memodifikasi protein secara kimia maupun fisika terlebih dahulu.
Metode Lowry
Mengkombinasikan biuret dengan reagen fenol FolinCiocalteau (berwarna biru) yang bereaksi dengan residu tirosin dan triptofan pada protein. Menyerap panjang gelombang antara 500-750 nm. Menghasilkan puncak kecil pada panjang gelombang 500 nm yang digunakan untuk menentukan protein konsentrasi tinggi dan menghasilkan puncak besar pada panjang gelombang 750 nm yang digunakan untuk menentukan protein konsentrasi rendah. Keuntungan: lebih sensitif terhadap konsentrasi rendah dibandingkan metode biuret.
Metode Dye-Binding
Pewarna (dye) yang bermuatan negatif ditambahkan kedalam larutan protein yang pH nya telah diatur sehingga muatnannya menjadi positif. Protein membentuk kompleks tak terlarut dengan dye, namun dye yang tidak berikatan tetap larut. Dengan sentrifugasi, kompleks protein-dye dipisahkan dan dye yang tidak berikatan ditentukan dengan cara mengukur absorbansinya. Jumlah protein dalam larutan (dye bond) ialah Dyebound = Dyeinitial - Dyefree
Metode Dye-Binding
Keuntungan: cepat dan mudah dilakukan, sensitif terhadap protein dalam konsentrasi kecil. Kerugian: dibutuhkan larutan yang tidak mengandung kontaminan yang dapat menyerap atau menyebarkan cahaya dengan panjang gelombang yang sama dengan protein yang dianalisis.
Metode Bradford
Pengukuran kadar protein total pada suatu larutan dengan metode kolorimetri. Prinsip pengikatan pewarna Commassie Brilliant Blue G250 yang terdapat dalam pereaksi Bradford dengan protein yang mengandung residu asam amino. Zat warna tersebut akan mengikat protein dan mengubah warna pada larutan yang mengandung protein tersebut dari warna kemerahan menjadi warna kebiruan. Ikatan terjadi karena adanya gaya Van der Walls. Antara zat warna dan protein juga terdapat kekuatan ionik yang memperkuat ikatan antara keduanya dan membuat zat warna tersebut menjadi stabil. Hal ini lah yang digunakan pada metode Bradford untuk menentukan kadar protein di dalam suatu larutan.
Metode Bradford
Kandungan protein yang berikatan dengan zat warna tersebut dapat diukur dengan menggunakan instrument spectronic 20 D untuk mengukur nilai absorbansnya pada panjang gelombang kisaran 465595 nm. Nilai absorbansi kemudian digunakan untuk membuat kurva standar yang menjadi dasar penentuan konsentrasi dan kadar protein di dalam larutan. Metode ini menentukan kadar protein bukan dari ikatan peptidanya namun metode ini mendeteksi suatu asam amino spesifik yang berada di dalam protein tersebut dan berikatan dengan zat warnanya. Keunggulan : cepat dan sensitif, ketelitiannya tinggi.
Reaksi Liebermann
HCl pekat + protein (padatan) dididihkan, lalu ditambah beberapa tetes larutan sukrosa warna violet Warna violet menunjukkan bahwa protein mengandung triptofan.
Reaksi Sulfur
Larutan protein yang akan diuji ditetesi dengan menggunakan larutan NaOH pekat. NaOH berperan dalam denaturasi protein sehingga ikatan yang menghubungkan S dapat terputus oleh Pb asetat membentuk PbS. Kemudian, dilakukan pemanasan dan diberi beberapa tetes larutan timbal (II) asetat kemudian terbentuk endapan hitam (dari PbS). Ini menunjukkan adanya unsur belerang pada protein.
Reaksi Ninhidrin
Ninhidrin dipanaskan bersama asam amino kompleks berwarna. Pada reaksi ini, dilepaskan CO2 dan NH4 sehingga asam amino dapat ditentukan. Kompleks berwarna yang terbentuk mengandung dua molekul ninhidrin yang bereaksi dengan amonia yang dilepaskan pada oksidasi asam amino. Dapat dilakukan terhadap urin untuk menguji adanya asam amino atau untuk mengetahui adanya pelepasan protein oleh cairan tubuh.
Reaksi Acree-Rosenheim
Jika protein yang mengandung triptofan ditambahkan asam HCl kemudian dipanaskan, uji ini memberikan nilai positif dengan ditunjukkannya cincin berwarna ungu. Ini menunjukkan adanya formaldehid (mempunyai gugus aldehid)
Uji yang dilakukan untuk menunjukkan adanya senyawa yang mengandung gugus amida asam yang berada bersama gugus amida lain atau sebagai pengemulsi. Larutan protein dibuat alkalis dengan NaOH, kemudian ditambahkan larutan CuSO4 encer. Apabila larutan positif mengandung protein, maka warnanya akan menjadi warna merah atau biru violet.
Dilakukan penambahan senyawa Hg ke dalam protein endapan putih. Endapan putih dari senyawa merkuri tersebut berubah dapat berubah menjadi merah akibat pemanasan. Endapan yang terbentuk ialah berupa garam kompleks dari tirosin yang ternitrasi. Jika larutan protein yang dianalisis terdapat dalam suasana basa, maka larutan tersebut terlebih dahulu dinetralisasi dengan asam (selain HCl).
Larutan asam nitrat pekat ditambahkan dengan hati hati ke dalam larutan timbul endapan putih. Setelah itu dipanaskan endapan tersebut menjadi kuning. Penambahan alkali atau amonia pekat mengubah warna zat menjadi jingga. Reaksi yang terjadi pada reaksi ini ialah nitrasi pada inti Benzena yang terdapat pada molekul protein. Reaksi ini positif untuk protein yang mengandung tirosin, fenilalanin dan triptofan.
Natriumnitroprusida dalam larutan amoniak menghasilkan warna merah dengan protein yang mempunyai gugus SH bebas. Beberapa protein yang memberikan hasil negatif terhadap uji ini, ternyata menjadi positif setelah dipanaskan sampai mengalami koagulasi atau denaturasi. Protein yang mengandung asam amino sistein juga memberikan hasil positif pada reaksi ini.
ANALISIS STRUKTUR
Proses untuk menentukan jumlah masingmasing asam amino dalam protein. Ada empat langkah dalam analisis asam amino, yaitu : Hydrolysis Derivatization, Separation of derivatized amino acids Data interpretation and calculations
Circular Dichroism Spectroscopy (CDS) Mengukur perbedaan penyerapan left-handed polarized light right-handed polarized light. Fungsi dari metode ini ialah menentukan karakteristik struktur sekunder dan struktur tersier, menunjukkan perbandingan konformasi, dan menentukan apakah interaksi protein-protein atau protein-ligan mengubah konformasi protein.
X-Ray Crystallography Metode untuk menentukan struktur atom dan molekul dari kristal, di mana atom kristal menyebarkan berkas sinar-X. Pancaran sinar-X yang ditembakkan mengenai suatu protein yang telah dimurnikan atau memiliki kemurnian tinggi sehingga berbentuk kristal. Pancaran gelombang sinar-X yang mengenai struktur kristal protein kemudian akan terhambur. Hamburan sinar-X yang muncul kemudian dibaca dan struktur kristal protein dapat diketahui.
Keuntungan : tidak ada batas ukuran protein yang ingin diketahui strukturnya. Namun, struktur protein tidak dapat ditentukan secara pasti. Ada 2 cara untuk mendapatkan X-ray cristallography yaitu rotating anode generator dan synchrotron.
Langkah-langkah dalam Protein Crystallography : Purifikasi Protein Pembentukan kristal protein Difraksi data dengan X-ray crystallography Elektron density dan struktur protein.
NMR Spectroscopy
NMR (Nuclear Magnetic Resonance) atau resonansi magnetik inti) berhubungan dengan karakter inti dari suatu atom dalam suatu molekul yang dianalisis. Merupakan bentuk lain dari spektroskopi absorbsi sama halnya dengan UV-VIS dan IR. Perbedaanya dengan IR dan UV-VIS adalah sistem absorbsi dibawah pengaruh medan magnet. Pada NMR energi radiasi elektromagnetik
NMR Spectroscopy
Kriteria penggunaaan medan magnet pada spektroskopi NMR: Medan magnet harus kuat. Karena kepekaan spektroskopi NMR makin tinggi seiring meningkatnya kekuatan medan magnet. Medan magnet harus cukup homogen terhadap semua sampel yang dianalisis. Apabila tidak terjadi kemogenan medan magnet akan menghasilkan pitapita yang melebar dan terjadi distorsi sinyal. Medan magnet harus sangat stabil. Dengan kestabilan yang tinggi menjadikan analisis secara akurat dari detik ke detik bahkan hingga orde jam
Aplikasi Protein
Peta Konsep
PERTANIAN
INDUSTRI
PROTEIN
KESEHATAN
PANGAN
I. Bidang Kesehatan
BIOSENSOR GLUKOSA
Enzim digunakan sebagai bioreseptor atau komponen biologis aktif Enzim glucose oxidase (GOD) mengoksidasi molekul glukosa dan menghasilkan elektron yang ditangkap oleh elektroda
Likuifikasi
Sakarifikasi
Isomerasi
Mengubah suspensi pekat granula pati menjadi larutan dekstrin (oligosakarida) menggunakan enzim glukoamilase
Referensi :
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2008. The Cytosceleton. In: Molecular Biology of the Cell. Fifth ed. Garland Science, New York. Asep Muhammad Samsudin. Membran Komposit Berbasis Kitosan Dan Uji Aplikasinya Untuk Pembuatan Biosensor Glukosa. Universitas Diponegoro. Bailey, Regina. 2008. DNA http://biology.about.com/b/2008/11/29/what-are-ribosomes.htm (Diakses pada 15 Maret 2014 pukul 16 Maret Pukul 20.00) Bailey, Regina. 2009..DNA http://biology.about.com/od/geneticsglossary/g/DNA.htm. (Diakses pada 15 Maret 2014 pukul 19.00) Bradford MM. 1976. A rapid and sensitive method for the quantitation of microorganisms quantities of protein in utilizing the principle of proteindye binding. Anal. Biochem 72:248254 Chin, J. et al. 2003. An expanded eukaryotic genetic code. Science. 301. pg 964 Encyclopaedia Britannica. 2014. Encyclopaedia Britannica 2006 Ultimate Reference Suite DVD. 17 Mar. 2014. Februari 2011 ISSN 1693 4393 Garrett, R.H., and Grisham, C.M. Biochemistry fourth edition; Brooks/Cole. Australia, 2010. p. 93-95, 135, 143, 160. Harsa Pawignya. 2011. Pembuatan Protein Sel Tunggal dari Limbah Nanas dengan Proses Fermentasi. Prosiding Seminar Nasional Teknik Kimia Kejuangan Pengembangan Teknologi Kimia untuk Pengolahan Sumber Daya Alam Indonesia Yogyakarta, 22 http://aris.gusc.lv/ChemFiles/MedBiochem2edBaynes07/HTML/bookcontent.cfm@id=hc002004.htm http://mcdb-webarchive.mcdb.ucsb.edu/sears/biochemistry/tw-amn/aas-stereo.htm http://www.comed.uobaghdad.edu.iq https://folding.stanford.edu/ Jenni Rismijana, Iin Naomi Indriani, Tutus Pitriyani. 2003. Penggunaan Enzim SelulaseHemiselulase pada Proses Deinking Kertas Koran Bekas. Jurnal Matematika dan Sains Vol. 8 No. 2, Juni 2003, hal 67 71 Karp, Gerald. 2010. Cell and Molecular Biology Concepts and Experiments. John Wiley & Sons, Inc. Keenan, R. 1992. Biokimia Laboratorium. Jakarta : Erlangga. Khopkar, S. 2007. Konsep Dasar Biokimia. Jakarta : UI Press.
Referensi (2)
Khoronenkovaand, S.V and V. I. Tishkov. 2008 . D-Amino Acid Oxidase: Physiological Role and Applications. Moscow : Chemistry Faculty, Lomonosov Moscow State University. King, Michael W. 2003. themedicalbiochemistrypage.org. LLC Lehninger, A. L., 1988, Dasar-Dasar Biokimia Jilid I, Erlangga, Jakarta Liang, Barbara. 2004. Protein Synthesis. http://www.wisc-online.com/objects/ViewObject.aspx?ID=AP1302. (Diakses pada 15 Maret 2014 pukul 19.00) Liljas, Andres. 2004. Structural Aspects of Protein Synthesis. London: World Scientific Publishing Co. Pte, Ltd. Mandal, Anaya. 2013. What is RNA. http://www.news-medical.net/health/What-is-RNA.aspx. Diakses pada 15 Maret 2014 pukul 23.00) Martin, Robin. 2010. Protein Synthesis: Methods and Protocol. New Jersey: Humana Press. Mulligan, Martin. 1996. Protein Synthesis: Folding, Modification, Targetting, and Degradation. http://dwb4.unl.edu/Chem/CHEM869N/CHEM869NLinks/www.mun.ca/biochem/courses/3107/Lectures/Topics/F olding_etc.html (Diakses pada 22 Maret 2014 pukul 16.16 Nelson, David L., and Cox, Michael C. Principles of Biochemistry 5th edition. 2008. New York : W.H.Freeman and Company Skals PB, Krabek A, Nielsen PH, Wenzel H (2008): Environmental assessment of enzyme assisted processing in pulp and paper industry. Int J LCA 13 (2) 124132 Tribe, Michael A.1976. Protein Synthesis .New York: Cambridge University Press. Voet, Donald and Judith G. Voet. 2010. Principles of Biochemistry 4th Edition, International Student Version. New York : John Wiley & Sons Wang, J. (2008). Electrochemical Glucose Biosensors. Chem. Rev., 108 (2), 814. Weistheimer, F. H. 1987. Why Nature Chose Phospates. Science.