BIOKIMIA 2

REPLIKASI DNA
DNA sebagai Materi Genetik

DISUSUN OLEH:
IIN MARGARETA (06101410013)

Dosen Pengasuh:
Drs. Made Sukaryawan, M. Si


PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2014



REPLIKASI DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus - menerus melakukan replikasi DNA.
Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel,
sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA
polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida - nukleotida penyusun
polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang
disebut reaksi berantai polimerase (PCR).

Garpu Replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk
ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang
memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya
untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian
tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua
untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase
membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh
enzim primase dan disebut primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida
dalam hal ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang
sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'3', sedangkan
DNA polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah
satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya
berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah
5'3'. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai
tunggal oleh enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi
tegangan untai DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian
tunggal (10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat
pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer,
membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebutleading strand (2) dan lagging
strand (1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-
segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4)
kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging strand tersebut.
Pembentukan leading strand
Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang
disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase
mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan
sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu
replikasi.
Pembentukan lagging strand
Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan
dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen
yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA
polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA
tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu
disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida
baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA.DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging
strand menjadi lengkap.
Dinamika pada garpu replikasi
Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein
yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA
membentuk gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini
merupakan akibat dari interaksi antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp loader.
Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu
berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan
di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding
clamp membentuk gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang
terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian
dalam sliding clamp memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak
membentuk interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengahclamp ini.
Lubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat sisanya
sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase mencapai ujung
templat atau mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah), sliding clamp mengalami
perubahan konformasi yang melepaskan DNA polimerase.
Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel
pada sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas
dari sliding clamp sehingga DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding
clamp hanya dapat berikatan pada polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA.
Jika DNA rantai tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan dengan subunit
pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading
strand, DNA polimerase III bergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding
clamp.
Replikasi di prokariota dan eukariota
Replikasi DNA prokariota
Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan
siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein
DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan
dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA
kromosom prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk
sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan
menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi.
Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah
molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan mengelilingi
kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA
(pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan
menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT
sehingga memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan
enzim helikase, yaitu enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk
bergerak di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi
oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk
melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA
primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek
untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus
berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan
heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling
negatif yang terjadi secara alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga
diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim
DNA girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri. Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA
terjadi baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu
kompleks yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval
1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit
ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja
pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan
kecepatan yang sama.
Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease3 5. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan
polimerase pada DNA. Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase
III, mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut
diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5
3, dan eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang primer,
sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen
Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA
polimerase III dan primosom diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut
dengan replisom. Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan
900 pb tiap detik. Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 C dari ori.
Di sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu
replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase
DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan
dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian
disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan.
Replikasi DNA eukariota
Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk
memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan
kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut
akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs
akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi
pada masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota
bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA
harus dilepaskan dari nukleosompada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu
sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi
secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling
awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin.
Daerah sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini
mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut
dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan
kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi.
Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer
dengan bantuan aktivitas primase yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a.
Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA
polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA
polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d
untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear
sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b
holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA,
kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu
replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat
divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi.
Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan
visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan
antibodi yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA
yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal. Dengan
demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung
kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang
tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5. Enzim telomerase
mengandung molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan
sekuens repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi
penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di dalam
sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan
pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang
membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat
penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak
terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
Proses replikasi DNA

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya
RNA primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan
membuka dengan bantuan helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer
sintesis, karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.Kemudian terjadi
proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading strand dan
lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork
Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication
bubble. Untuk replikasi perlu:
1.ORI
2. Helikase
3. Replication bubble
Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble
semakin besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork
Replication fork pada plasmid
Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5-3 dan
3-5. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5-3. Satu strain bisa
secara kontinyu disintesis yaitu yang 5-3 (leading strain). Sementara yang 3-5 tidak bisa
dibentuk, tetapi tetap harus dibentuk dengan 5-3, sehingga perlu satu strain yang terbentuk
dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut
okazaki fragmen.
Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5-3 maka tinggal menambah saja.
Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3-5 maka hanya diam, tetapi pada
titik tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5-3
(okazaki fragmen: fragmen 2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging
strain)-> Pada langging strand arahnya dari 3 5
Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada
lagging strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer
sehingga di OF ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu
untuk menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat
exonuclease tetapi juga bisa bersifat endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP.
Pada saat RNA dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru
sampai hilang sama sekali. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga
perlu DNA ligase untuk menempelkan. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:
- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA
- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah
DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.
DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang
bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi
juga bisa membentuk hairpins. Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang
saling berpasangan sehingga terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka
didatangkan single strand binding protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.
Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk
memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang
terpotong.
Protein aksesori: Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA
polimerasenya menempelnya stabil (tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.
Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses
pada lagging bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading
strand terlebih dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-
nya datang lagi. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan
dengan DNA yang baru.
Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-
strand binding protein, primase, topoisomerase. Setelah direplikasi ujung DNA harus ada
telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere maka kromosom akan saling menempel
sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui).
Chromosome end: Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan,
RNA juga akan dihilangkan, sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi
karena menggunakan primer RNA untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi
harus dibuang dan tidak bisa digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase
yang dibuat berkali-kali. (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim
telomerase. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek
tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. Telomer diadakan untuk
mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. EXTENDS 3 PRIMARY
GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya : telomerase. Semua sel selain stem
sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. Sampai pada
suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah. Karena
kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Pada saat telomere
memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti
membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase, maka kemampuan
membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan
membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker
memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki
kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis
sel akan berhenti membelah.
Replikasi DNA merupakan proses penggandaan / duplikat rantai DNA
menghasilkan DNA yang baru. Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu :
1. Hipotesis pertama, menyatakan bahwa pada proses replikasi DNA, DNA yang lama
akan tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru, disebut dengan konservatif.
2. Hipotesis kedua yaitu, menyatakan bahwa double helix akan terputus putus dan
selanjutnya segmen segmen tersebut akan membentuk segmen-segmen baru yang
bergabung dengan segmen-segmen lama dan akan membentuk DNA yang baru. Hipotesis ini
disebut dispersif.
3. Hipotesis ketiga yaitu, menyatakan bahwa dua pita spiral dari double helix akan
memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita pasangannya, disebut dengan semi
konservatif.
Teori mengenai replikasi DNA oleh Watson dan Crick menyatakan bahwa proses
replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Hipotesis ini mendapat dukungan kuat dari
M.S.Meselson dan F.W. Stahl. Mereka melakukan percobaan dengan menggunakan baktei
Escherichia coli sebagai organisme percobaan.
Replikasi heliks DNA dimulai dengan pemisahan kedua untaian DNA yang saling
melengkapi. Setiap untaian kemudian bertindak sebagai cetakan untuk pembentukan sebuah
molekul DNA baru melalui penambahan deoksiribonukleosid trifosfat secara berurutan.
Nukleotid yang harus ditambahkan pada setiap tahapan dipilih melalui suatu proses yang
mengharuskannya membentuk perpasangan basa komplementer dengan nukleotid berikutnya
dalam untaian induk, sehingga dengan demikian membentuk sebuah untaian DNA baru yang
saling melengkapi dengan untaian induk. Pada akhirnya informasi genetik diduplikasi secara
keseluruhan sehingga terbentuklah dua buah heliks rangkap DNA yang lengkap, masing-
masing mempunyai urutan nukleotid yang identik dengan urutan pada heliks DNA induk
yang bertindak sebagai cetakan. Karena setiap molekul DNA turunan tersusun dari sebuah
untaian asli dan sebuah untaian bentukan baru.
Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA :
1. Enzim Helicase
Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses replikasi
DNA menggunakan enegi kimia.
2. Enzim topoisomerase
Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan mengurangi
tegangan untaian DNA.
3. Enzim DNA polimerase
Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru.
4. Enzim Ligase
Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki.
5. Enzim Primerase
Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer.
Tahapan replikasi DNA :
1. Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase
membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal replikasi ini
disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). Dan akan membentuk percabangan untaian
struktur DNA ( replication fork ).
2. Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA
yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ).
3. Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim primerase
untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer.
4. Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian
DNA yang terbentuk, yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu dan lagging
strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang disebut fragmen
Okazaki.
5. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. DNA polimerase
memenjangkan untaian hanya dalam arah 5-3. Sedangkan lagging strand harus tumbuh
kontinu dengan arah 3-5.
6. Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen tersebut.
Kesalahan-kesalahan dalam replikasi DNA menyebab mutasi. Salah satu ciri yang
paling mengesankan dalam replikasi DNA adalah ketelitiannya. Dalam proses tersebut
terdapat beberapa mekanisme pengoreksi yang bertugas membuang nukleotid yang salah
posisi; akibatnya, urutan nukleotid dalam sebuah molekul DNA disalin dengan kesalahan
kurang dari satu untuk setiap 109 nukleotid yang ditambahkan. Bagaimanapun, jarang sekali
mesin replikasi melewatkan beberapa buah nukleotid, atau justru menambahkan nukleotid
lebih dari semestinya, atau memasangkan sebuah T padahal semastinya adalah C, atau
memasangkan sebuah A padalh seharunya G.
Setiap perubahan seperti ini dalam urutan DNA adalah sebuah kesalahan genetik
disebut mutasi, yang akan terus disalindan di transmisikan ke semua generasi sel berikutnya,
karena urutan DNA yang salah secar lugu akan diangga sebagai urutan yang benar. Akibat
yang ditimbulkan oleh kesalahan semacam ini bisa besar, karena perubahan sebuah nukleotid
tunggal saja dapat menimbulkan pengaruh-pengaruh yang tidak sepele terhadap sel,
tergantung dari di bagian mana mutasi telah terjadi.
Para pakar genetika menyakini bahwa gen-gen menentukan struktur setiap protein.
Dengan demikian, mutasi dalam sebuah gen yang disebabkan oleh berubahnya urutan DNA,
myngkin menagkibatkan tidak aktifnya protein yang sangat penting dan ini menyebabkan sel
yang bersangkutan mati. Sebuah mutasi mungkindapat terjadi di bagian tidak penting
sehingga tidak menimbulkan pengaruh sama sekali, mutasi ini disebut dengan silent mutasi.
Kesalahan pemasangan awal antara nukleotida yang baru masuk dan nukleotida yang
sudah ada di untai cetakan 100.000 kali lebih umum terjadi suatu tingkat kesalahn sebesar 1
dalam 10.000 pasangan basa. Salah satu mekanisme perbaikan DNA, perbaikan salah pasang
( mismatch repair ), memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin.
Selama replikasi DNA, DNA polimerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang.
Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida
ditambahkan pada untaian.
Selain perbaikan kasalahan replikasi, pemeliharaan informasi genetik yang dikode
dalam DNA juga menuntut perbaikan kerusakan pada DNA yang ada. Molekul-molekul
DNA selalu terancam oleh agen fisis dan kimiawi yang bisa melukai. Zat-zat kimia reaktif,
emisi radioaktif, sinar X, dan cahaya ultraviolet dapat mengubah nukleotida dengan cara yang
dapat berpengaruh pada informasi genetik yang terkode, umumnya berpengaruh buruk.
Seperti halnya perbaikan salah pasang, kebanyakan mekanisme perbaikan DNA rusak
memanfaatkan struktur pasangan basa yang dimiliki DNA. Biasanya, satu segman dari untai
yang mengandung kerusakan dipotong habis dan dibuang( dieksisi, excised ) oleh suatu
enzim pemotong DNA yaitu Nuklease. Dan celah yang terbentuk diisi dengan nukleotida-
nukleotida yang pasangannya sesuai dengan nukleotida yang terdapat dalam untai yang tidak
rusak. Enzim yang terlibat dalam pengisian celah ini adalah DNA polimerase dan DNA
ligase. Perbaikan DNA tipe ini disebut perbaikan eksisi ( excision repair ).

DNA SEBAGAI MATERI GENETIKA
Alam memperlihatkan mekanisme hayati untuk mempertahankan ciri khas mahluk
hidup dari satu generasi ke generasi berikutnya. Mekanisme ini terjadi ada semua tingkat
mahluk hidup. Dari yang paling rendah sampai paling komplek sekalipun. Ciri atau sifat khas
mahluk hidup tampak dari ciri morfologis, ciri anatomi maupun ciri tingkah laku yang dapat
diamati dan diukur.
Gregory Mendel (1822-1884) adalah orang pertama mengamati pewarisan sifat ini.
Dari hasil percobaan tahun (1866). Mendel menarik kesimpulan bahwa sifat-sifat
karakteristik dari kedua induk dapat diwariskan ke generasi berikutnya melalui segregasi.
Selanjutnya, August Weisman pada tahun 1892, mengemukakan bahwa sifat yang diwariskan
tersebut dilakukan oleh senyawa yang berasal dalam inti sel. Senyawa tersebut dalam
penelitian lanjutan disebut kromosom. Tahun 1869 seorang ahli ilmu kimia
berkebangsaan Jerman bernama Friedrich Miescher menyelidiki susunan kimia dari nucleus
sel. Ia mengetahui bahwa nukleus sel tidak terdiri dari karbohidrat, protein maupun lemak,
melainkan terdiri dari zat yang mempunyai pengandungan fosfor sangat tinggi. Oleh karena
zat itu terdapat di dalam nukleus sel, maka zat itu disebutnya nuklein. Nama ini kemudian
dirubah menjadi asam nukleat, karena asam ikut menyusunnya. Walter Sutton, tahun 1903,
mengemukakan bahwa kromosom merupakan benda-benda sel yang mengandung unit-unit
pewarisan. Unit tersebut oleh Wilhem Johannsen disebut gen (1909). Dan pada tahun
1926,Herman Muller membuktikan bahwa sinar-X memicu perubahan genetik lalat buah.
Penemuan DNA (Deoxyribonucleic acid) sebagai materi genetik pada awalnya
menimbulkan pro dan kontra. Pengetahuan tentang kromosom yang tersusun dari protein dan
asam nukleat, mulanya lebih condong menganggap bahwa protein sebagai materi genetik.
Hal ini berkaitan dengan peranan protein yang sangat dinamis dalam kehidupan sel.
Anggapan protein sebagai materi genetik terus dianut hingga tahun 1950-an. Sementara asam
nukleat karena dianggap terlalu kecil dan strukturnya terlalu sederhana, hanya sedikit sekali
mendapat perhatian sebagai materi genetik.
Percobaan Griffith dalam tahun 1928. la menemukan bahwa bakteri Diplococcus
pneumoniae (biasa disebut Pneumococcus), bila dipelihara di laboratorium,
maka berdasarkan bentuk koloninya dapat dibedakan dua bentuk, yaitu bentuk kasar (K) dan
bentuk halus (H). Kedua bentuk bakteri ini biasanya tumbuh murni, artinya tidak bercampur.
Griffith dapat menunjukkan bahwa apabila koloni bentuk H dibunuh karena direbus dan
sisanya dicampur dengan bakteri bentuk K yang hidup, maka beberapa dari bakteri bentuk K
ini ditransformasi (dirubah) ke bakteri bentuk H. Bakteri bentuk H ini kemudian tumbuh
murni seperti halnya dengan sisa bakteri K yang tidak mengalami transformasi.
Jadi secara singkat:
H mati + K hidup H hidup + K hidup
Ini berarti bahwa suatu substansi yang terdapat di dalam bakteri H yang mati telah
dipindahkan ke bakteri K dan merupakan sifat genetik dari bakteri K.
Pada pertengahan tahun 1940-an arah penelitian tentang bahan genetis mulai
beralih dari protein ke DNA, salah satu jenis asam nukleat mahluk hidup. Tahun
1944, Oswalt Avery, Colin Mac Leod dan Maclyn McCarty dengan menggunakan ekstrak
DNA berhasil menunjukkan bahwa DNA merupakan senyawa yang bertanggung jawab
dalam proses transformasi bakteri strain R (rough) yang kurang virulen dan kasar menjadi
strain S (smooth) yang sangat virulen dan halus.
Penelitian yang menunjukkan bahwa DNA merupakan bahan informasi genetik dan
bukan protein, dilakukan oleh Alfred Hershey dan Martha Chase ada tahun 1952. Percobaan
pembuktian DNA sebagai bahan informasi genetik dilakukan melalui pelabelan DNA
dengan 32P dan protein dengan 35S asal virus bakteriofag T2. Hasil analisis bakteri yang
terinfeksi dalam sel bakteri kemudian mengendalikan metabolisme sel bakteri guna
kepentingan bakteriofag, biosintesis DNA, dan protein bakteriofag. Sebaliknya sedikit sekali
yang mengandung 35S (protein bakteriofag induk).
Pada tahun 1953, James D. Watson, ahli Biokimia Amerika Serikat dan Francis
Crick, ahli biofisika Inggris, mampu mengidentifikasi rantai asam deoksiribonukleat di dalam
kromosom inti sel, tempat rantai DNA bernaung. Struktur yang ditemukan adalah rantai
ganda antiparalel, yang terbukti membawa ribuan gen yang menentukan sifat-sifat mahluk
hidup. Sekarang tidak terbantahkan lagi bahwa DNA merupakan materi genetik
STRUKTUR DNA (Asam deoksiribonukleat)
Bagian terbesar dari DNA terdapat di dalam kromosom. Sedikit DNA terdapat juga di
dalam organel seperti mitokondria dari tumbuhan dan hewan, dan dalam kloroplast dari
ganggang dan tumbuhan tingkat tinggi. Ada perbedaan nyata antara DNA yangterdapat di
dalam kromosom dan di dalam mitokondria maupun kloroplast. DNA di dalam mitokondria
dan kloroplast tidak ada hubungannya dengan protein histon dan bentuk molekulnya bulat
seperti yang terdapat pada bakteri dan ganggang biru. Sel tumbuhan dan hewan mengandung
kira-kira 1000 kali lebih banyak DNA daripada yang dimiliki sel bakteri.
Asam nukleat tersusun atas nukleotida (mononukleotida), yang bila terurai terdiri
dari gula, fosfat dan basa yang mengandung nitrogen. Basa nitrogen dan gula pentosa
deoksiribosa melalui ikatan glikosida membentuk molekul nukleosida. Ikatan glikosida
tersebut terjadi antara atom C-1 gula pentosa dengan atom N-1 pirimidin atau atom N-9
purin. Karena banyaknya nukleotida yang menyusun molekul DNA, maka molekul DNA
merupakan suatu polinukleotida.
Tiga komponen dasar molekul DNA yaitu:
1. Gula. Molekul gula yang menyusun DNA adalah sebuah pentosa, yaitu deoksiribosa
2. Fosfat. Molekul fosfatnya berupa PO4.
3. Basa. Basa nitrogen yang menyusun molekul DNA dibedakan atas:
a. Kelompok pirimidin. Kelompok ini dibedakan atas basa: - sitosin (S)- timin (T)
b. Kelompok purin. Kelompok ini dibedakan atas basa: - adenin (A) - guanin (G)

Struktur fisik dan kimia DNA dikemukakan James D. Watson dan Francis Crick.
DNA mempunyai dua rantai polinukleotida anti-paralel dalam heliks ganda. Ciri-ciri utama
model DNA heliks ganda yang diusulkan Watson dan Crick adalah sebagai berikut:
1. Molekul DNA mengandung dua rantai polinukleotida yang terikat satu dengan yang lain
dalam heliks ganda putar kanan.
2. Diameter heliks ganda tersebut adalah 2 nm.
3. Kedua rantai antiparalel (polaritas berlawanan), yaitu kedua rantai berorientasi dalam arah
berlawanan satu rantai arah 5 ke 3 dan rantai lain dari 3 ke 5.
4. Kerangka gula fosfat berada pada di sisi luar heliks ganda sementara basa terorientasi pada
pusat sumbu.
5. Basa-basa rantai yang berlawanan diikat bersama melalui ikatan hydrogen. Basa A elalu
berpasangan dengan T (dua ikatan hydrogen) dan G dengan C (tiga ikatan hydrogen).
6. Pasangan basa terpisah 0,34 nm (34 ) dalam heliks ganda. Putaran penuh (3600) heliks
mengambil 3,4 nm (0,34 ), sehingga ada 10 pasang basa setiap putaran.
7. Dua rantai yang mengikat pasangan basa pada cincin gulanya tidak berlawanan secara
langsung. Karena tulang punggung dua gula fosfat dari heliks ganda tidak sama panjang
dalam sumbu heliks sehingga menghasilkan lekukan antara tulang punggung. Lekukan
memiliki ukuran yang sama, sehingga disebut lekukan besar (mayor groove) dan lekukan
kecil (minor groove)
Kedua ujung rantai DNA linear dapat terikat secara kovalen satu sama lain
membentuk struktur lingkaran. Struktur tersebut dapat berbentuk acak (berlilitan) dan sirkular
terbuka. Pelilitan merupakan struktur DNA yang tertutup secara kovalen karena rantai
polinukleotidanya tetap utuh. Struktur ini tidak mempunyai ujung 5 atau 3 bebas. Jika salah
satu rantai polinukleotida putus, maka heliks ganda akan kembali ke bentuk normalnya
sebagai sirkular terbuka. Beberapa contoh struktur DNA berlillitan adalah DNA virus ST-40,
DNA plasmid bakteri.

Penelitian lanjutan oleh Wilkins dan kawan-kawan menemukan 3 macam struktur
DNA dan dinamakan struktur A, B, dan Z. Model struktur DNA paling stabil adalah struktur
B, seperti yang dikemukakan oleh Watson & Crick. Heliks ganda di alam (dalam larutan)
umumnya memiliki putar ke kanan (DNA-B). bila DNA memiliki basa purin dan pirimidin
berselang seling, terdapat kecenderungan bentuk B berubah menjadi bentuk Z yang
membentuk heliks zigzag. Bentuk A putar kiri, di antaranya terjadi bila rantai DNA berubah
menjadi tunggal untuk kemudian berpasangan dengan RNA.

Penelitian Chargaff (1955) melalui hidrolisis DNA membuktikan bahwa pada
berbagai macam makhluk ternyata banyaknya adenin selalu kira-kira sama dengan banyaknya
timin (A = T), demikian pula dengan sitosin dan guanin (S = G). Dengan perkataan
lain,aturan Chargaff menyatakan bahwa perbandingan A/T dan S/G selalu mendekati satu.

STRUKTUR DAN FUNGSI MATERI GENETIK
Makhluk hidup memiliki persenyawaan kimia yang sangat penting yang membawa
keterangan genetic dari sel khususnya atau dari makhlukdalam keseluruhannya dari satu
generasi ke generasi berikutnya. DNA sangat menarik perhatian para biologiwan modern
dalam abad ini, seperti halnya ahli kimia serta fisika tertarik pada atom. Oleh karena DNA
sangat erat hubungannya hamper dengan semua aktifitas biologi, maka banyak penyelidikan
telah dilakukan, bahkan kini masih terus berjalan untuk engetahui lebih banyak lagi tentang
DNA. DNA menempati urutan pertama dalam sitologi ( ilmu hal sel ), genetika, biologi
molekul, mikrobiologi, biologi perkembangan, biokimia dan evolusi
Sel eukariot mempunyai DNA dalam jumlah sangat besar. Dalam sel tubuh manusia,
misalnya DNA, yang terkandung kira-kira seribu kali lebih banyak daripada dalam sebuah sel
bakteri. sementara sel beberapa hewan amfibi memiliki kandungan DNA lebih dari 10 kali
dari yang terkandung dalam tubuh kita. Sebagian DNA bersifat structural, yang
memungkinkan bagian-bagian pembawa informasi genetic membentuk sususnan rapat.
Sebagian DNA bersifat regulator, yaitu membantu mengaktifkan dan mengistirahatkan gen
yang mengatur sintesis protein (Bruce, 1994).
Nukleus terdiri atas banyak benang yang kaya protein yang terletak di dalam cairan
nucleus. Di dalam sel yang istirahat benang-benang ini dinamakan kromatin. Pada kromosom
terletak penentu-penentu genetic atau ketururnan yang dinamai gene dalam sususnan
berderet. Jumlah kromosom dalam badan sel adalah tetap untuk jenis organisme tertentu (
Evelyn, 1995).
Gregor mendel (1882-1884), seorang rahib Austria, mengadakan penyelidikan untuk
membuka tabir rahasia keturunan melalui seperangkat eksperimen yang akan memberikan
hasil-hasil yang berguna. Setiap makhluk hidup memiliki sifat yang berbedabeda. Teori-teori
Mendel terkenal dengan sebutan Hukum Keturunan Mendel. Dalam penelitiannya, Mendel
menggunakan tanaman kapri atau ercis (Pisum sativum). Secara khusus ia ingin mengetahui
hokum-hukum yang mengatur produksi hibrida. Ia berasumsi tentang adanya suatu bahan
yang terkait dengan suatu sifat atau karakter yang dapat diwariskan. Ia menyebutnya faktor.
Pada 1910, Thomas Hunt Morgan menunjukkan bahwa gen terletak di kromosom.
Selanjutnya, terjadi perlombaan seru untuk menemukan substansi yang merupakan gen.
Banyak penghargaan Nobel yang kemudian jatuh pada peneliti yang terlibat dalam subjek ini.
Pada saat itu DNA sudah ditemukan dan diketahui hanya berada pada kromosom (1869),
tetapi orang belum menyadari bahwa DNA terkait dengan gen. Melalui penelitian Oswald
Avery terhadap bakteri Pneumococcus (1943), serta Alfred Hershey dan Martha Chase
(publikasi 1953) dengan virus bakteriofag T2, dari sini diketahui bahwa DNA adalah materi
genetic. Gregor Mendel telah berasumsi tentang adanya suatu bahan yang terkait dengan
suatu sifat atau karakter yang dapat diwariskan. Ia menyebutnya faktor. Pada 1910, Thomas
Hunt Morgan menunjukkan bahwa gen terletak di kromosom. Selanjutnya, terjadi
perlombaan seru untuk menemukan substansi yang merupakan gen. Banyak penghargaan
Nobel yang kemudian jatuh pada peneliti yang terlibat dalam subjek ini (Geoffrey, 1984).

Kromosom
Kromosom pertama kali diamati oleh Karl Wilhelm von Ngeli pada 1842 dan ciri-
cirinya dijelaskan dengan detil oleh Walther Flemming pada 1882. Pada 1910, Thomas Hunt
Morgan membuktikan bahwa kromosom merupakan pembawa gen. Kromosom merupakan
tabung-tabung protein dalam setiap sel. Jumlah kromosom sangat bervariasi dalam bentuk
tabung. Kromosom merupakan zat yang mudah mengikat zat warna sehingga mudah diamati
sewaktu sel membelah. Zat penyusun kromosom disebut kromatin, yaitu serabut halus yang
terjalin seperti benang. Kromosom terdiri atas belahan dua benang halus yang sama, disebut
kromatid. Kromosom merupakan struktur makromolekul besar yang memuat DNA yang
membawa informasi genetik dalam sel. DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom.
ukuran kromosom
Kromosom tersusun atas nucleoprotein, yaitu persenyawaan antara asam nukleat yang
terdapat dalam inti sel serta protein histon atau protamin, yang membawa keterangan genetic
hanyalah asam nukleat saja. Sebuah kromosom (dalam bahasa Yunani chroma = warna dan
soma= badan) adalah seberkas DNA yang sangat panjang dan berkelanjutan, mengandung
gen unsure dan nukleotida. Kromosom ini dilapisi oleh histon (protein structural). Setiap
kromosom memiliki dua lengan, yang pendek disebut lengan p (dari bahasa Perancis petit
yang berarti kecil atu pendek) dan lengan yang panjang lengan q (q mengikuti p dalam
alfabet).
struktur kromosom
Dalam kromosom terdapat gen yang membawa sifat-sifat keturunan atau disebut juga
faktor keturunan. Gen tersusun secara teratur pada suatu deretan tertentu dan berada di dalam
lokus. Di dalam kromosom terdapat DNA (Deoxyribonucleic Acid). Jumlah kromosom
dalam sel bervariasi, tergantung pada jenis makhluk hidupnya. Namun, jumlah kromosom
pada tiap jenis makhluk hidup selalu tetap. Panjang kromosom juga berbeda-beda. Hewan
cenderung memiliki kromosom yang pendek (4-6m), sedangkan tumbuhan cenderung
memiliki kromosom yang panjang (mencapai 50m). Panjang kromosom pada tiap-tiap
makluk hidup berbeda beda berkisar antara 0,2 20 mikron. Pada umumnya semakin
sedikit jumlah kromosom pada suatu makluk hidup semakin panjang kromosomya. Manusia
memiliki 46 kromosom, tepatnya 23 kromosom homolog. Dari jumlah tersebut, 44 (atau 22
pasang) merupakan autosom (A) dan 2 (atau sepasang) merupakan gonosom. Seorang
perempuan memiliki 22 pasang autosom dan sepasang kromosom X sehingga rumus
kromosomnya 22AAXX. Seorang laki-laki memiliki 22 pasang autosom dan 1 kromosom X
serta 1 kromosom Y sehingga rumus kromosomya 22AAXY.

DNA ( Deoksiribonucleic Acid)
Senyawa ini merupakan senyawa kimia yang terpenting pada makhluk hidup. DNA
memiliki fungsi untuk menyampaikan atau membawa informasi genetic suatu sel mahkluk
hidup dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA ditemukan pertama kali oleh
F. Miescher (1869) dari sel spermatozoa dan dari nucleus sel-sel darah merah burung, dan
menamakannya sebagai Nuklein. Molekul-molekul inilah yang menyediakan mekanisme
untuk meneruskan informasi genetic dari sel parental ke sel anak (pada tingkat seluler), dari
induk ke ekturunan (pada tingkat organis) serta dari generasi ke generasi (pada tingkat
populasi). Struktur DNA ditemukan dan diamati oleh James D. Watson (Perancis) dan F.C
Crick (Inggris), meraka menemukan bahwa struktur DNA adalah double helix. Double helix
yaitu tangga tali yang terpilin.
DNA adalah singkatan dari deoxyribonucleic acid atau asam deoksiribonukleat,
merupakan suatu makromolekul yang tersusun oleh nukleotida sebagai molekul dasarnya
yang membawa sifat gen. Sering disebut juga asam nukleat atau asam inti. Disebut asam inti
karena DNA biasanya terdapat dalam nukleus (inti). Ada pula DNA yang terdapat di luar
nukleus, misalnya di dalam kloroplas, mitokondria dan sentriol. Berikut akan dibahas struktur
dan replikasi DNA. Sebelumnya, DNA dianggap terlalu sederhana untuk menampung
informasi genetik. Awalnya protein dipercaya merupakan tempat penyimpanan informasi
genetik karena protein terdiri dari 20 macam asam amino. DNA yang merupakan asam
nukleat terdiri dari empat macam nukleotida (akan dibahas pada materi berikutnya) justru
dianggap sebagai penyokong protein. Sekilas protein terlihat memiliki kapasitas
penyimpanan yang besar. Misalnya seuntai tujuh jenis asam amino yang berbeda dapat diatur
menjadi sekitar satu juta kemungkinan susunan yang berbeda. Namun berdasarkan hasil
penelitian Oswarld Avery, Colin MacLeod, dan Macyln Mc Carty menunjukkan bahwa
justru komponen DNA-lah dan bukan protein yang membawa informasi genetik.
DNA tersusun atas rangkaian nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas :
1) Gugusan gula deoksiribosa (gula pentosa yang kehilangan satu atom oksigen)
2) Gugusan asam fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula)
3) Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula
Ketiga gugus tersebut saling terkait dan membentuk tulang punggung yang sangat
panjang bagi heliks ganda. Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga, dimana ibu
tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya adalah susunan basa nitrogen.
Sedangkan fosfat menghubungkan gula pada satu nukleotida ke gula pada nukleotida
berikutnya untuk membentuk polinukleotida.
Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan guanin (G), serta
basa pirimidin yaitu sitosin atau cytosine (C) dan timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan
basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu :
1) Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida (deoksiadenosin)
2) Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida (deoksiguanosin)
3) Ikatan C-gula disebut sitidin deoksiribonukleosida (deoksisitidin)
4) Ikatan T-gula disebut timidin deoksiribonukleosida (deoksiribotimidin)
Ikatan asam-gula-fosfat disebut sebagai deoksiribonukleotida atau sering
disebut nukleotida. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin
deoksiribonukleotida, timidin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida, timidin
deoksiribonukleotida. Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian yang
disebutpolinukleotida. DNA terbentuk dari dua utas poinukleotida yang saling berpilin.
Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang tetap dengan basa-basa
nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan
dengan sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan oleh dua atom hidrogen (A=T).
Adapun pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan oleh tiga atom hidrogen (CG).
Dengan demikian, kedua polinukleotida pada satu DNA saling komplemen.
DNA ( Deoksiribonucleic Acid ) selain memiliki fungsi sebagai pembawa keterangan genetic,
DNA juga berfungsi sebagai:
Fungsi heterokatalitis, yaitu DNA mampu mensintesis molekul kimiawi lainnya
secara langsung. Seperti mensintesis protein, dan RNA.
Fungsi autokatalis, yaitu DNA dapat mensisntesa dirinya sendiri.

RNA ( Ribonucleic acid )
Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai polipeptida. Meskipun
begitu, DNA tidak dapat secara langsung menyusun rantai polipeptida karena harus melalui
RNA. Seperti yang telah kita ketahui bahwa DNA merupakan bahan informasi genetik yang
dapat diwariskan dari generasi ke generasi. Informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Informasi ditransfer secara
akurat dari DNA melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang
spesifik. Selain DNA, sebagian besar sel prokariot dan sel eukariot juga memiliki asam
nukleat yang lain yaitu RNA. RNA singkatan dari ribonucleic acid atau asam ribonukleat.
RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA merupakan
polimer yang jauh lebih pendek dibanding DNA. Tidak seperti DNA yang biasanya dijumpai
di dalam inti sel, kebanyakan RNA ditemukan di dalam sitoplasma, terutama di ribosom.
Beberapa macam virus seperti virus Mosaik Tembakau atau TMV (Tobacco Mosaic
Virus) dan Virus Influenza tidak memiliki DNA, melainkan hanya RNA saja. Jadi, seluruh
bahan genetik di dalam selnya berupa RNA saja, sehingga membawa segala
pertanggungjawaban seperti yang dibawa DNA. Oleh karena itu RNA demikian itu sering
dinamakan juga RNA genetik, sedangkan RNA di dalam sel biasa disebut RNA nongenetik
(akan dipelajari lebih lanjut pada materi Macam RNA). Berikut akan diuraikan tentang
struktur RNA dan macam RNA.
RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan RNA
non-genetik. RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang tidak
memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan DNA, baik
sebagai materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas sel. RNA non-genetik tidak
berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh
makhluk hidup yang juga memiliki DNA. Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-
genetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA, dan rRNA.
1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)
mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan) dengan salah
satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal
linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. Panjang pendeknya mRNA berhubungan
dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang
menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul
mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida.
Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel
menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya
selesai, maka akan dihancurkan dalam plasma.
2) tRNA (transfer RNA) atau ARNt (ARN transfer)
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di dalam sitoplasma.
tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai penerjemah kodon dari mRNA.
Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam amino di dalam sitoplasma yang akan disusun
menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan dengan
kodon dinamakan antikodon.
3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal)
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat di dalam
nukleus. rRNA bersama protein membentuk ribosom, ialah benda-benda berbentuk butir-
butir halus di dalam sitoplasma. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi dari RNA
ribosom adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah
sepanjang mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.















DAFTAR PUSTAKA
http://id.wikipedia.org/wiki/Replikasi_DNA
http://wanenoor.blogspot.com/2011/10/pengertian-replikasi-dna.html#.UT0R0Nay19s
Lehninger, A.L., (1982), Dasar-Dasar Biokimia, Jilid 3, Terj: Maggy Thenawidjaya,
Penerbit Erlangga, Jakarta.
Roberts, J.A.F, (1985), Pengantar Genetika Kedokteran, Terj. Hartono, EGC, Jakarta.
Suryo, (2001), Genetika, UGM-Press, Yogyakarta.
Suryo, (2003), Genetika Manusia, UGM-Press, Yogyakarta.
http://islamudin-ahmad.blogspot.com/2011/12/dna-sebagai-materi-genetika-1.html
McGraw-Hill, 1985, Dasar-Dasar Genetika, Terj: Muchidin Apandi, Penerbit Erlangga,
Jakarta.
CBS College Publishing, (1984), Genetika, Terj. Soenartono Adisoemarnto, Penerbit
Erlangga, Jakarta.
Jorde, L.B., et al., (2003), Medical Genetics, Mosby, Elsevier USA.
Toha, A.H.A, 2001, Deoxyribonucleat Acid, Penerbit Alfabeta, Bandung
http://blog.ub.ac.id/rifenapangestuweni/2012/06/27/replikasi-dna/
http://zidniklopedia.blogspot.com/2011/11/struktur-dan-fungsi-materi-genetik.html