BLOK XI

LAPORAN PRAKTIKUM
MERANCANG PROBE

NAMA : Asep Setiyawan
NIM : 20120350076
GOL : B
TANGGAL : 28 Mei 2014
DOSEN PEMBIMBING : Lutfiana Indriani S.Farm,Apt


PROGRAM STUDY FARMASI
FAKULTAS KEDOKTERAN dan ILMU KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH YOGYAKARTA
2012

PEMBAHASAN
Pada praktikum kali ini kami melakukan praktikum dengan judul merancang
probe.Praktikum ini bertujuan merancang dan menganalisis probe yang akan digunakan dalam
Southern Blod dengan menggunakan Bioinformatics data base (NCBI),serta untuk mengetahui
dan memahami cara mendeteksi terjadinya ekspresi gen dengan teknik Hibridisasi metode
Southern Blod .Sebelumya DNA probe adalah suatu fragmen DNA atau RNA atau protein
pelacak target gen. DNA probe yang telah dilabel akan berkomplementasi dengan target melalui
hibridisasi sehingga dapat mendeteksi keberadaan gen dilacak sehingga ikatan komplemen probe
dengan DNA target cenderung lebih kuat dan presisi.
Tiap organisme memiliki gen yang merupakan sekuen DNA yang menyandi : kode
genetik yang dapat diekspresikan menjadi protein. Gen tidak selalu dieksprsikan tergantung
pada pengaturan nomeostatis yang terjadi pada tiap organisme. Dalam beberapa kasus, seperti
deteksi penyakit,pelacakn terjadinya ekspresi gen menjadi sangat penting. Oleh karena itu
dikembangkan teknik hibridisasi yang merupakan salah satu cara pengidentifikasian dengan
menggunakan probe. Probe merupakan istilah umum untuk untai DNA atau RNA yang
bersesuaian dengan gen atau sekuens yang menjadi minat. Dasar hibridisasi adalah kemampuan
DNA untuk mengalami denaturasi dan renaturasi. Pada kondisi tertentu misalnya dengan
pemanasan atau penambahan basa untai ikatan H yang menyambungkan dua basa ( 2untai )
akan lepas tapi tidak mempengaruhi ikatan phosphodiester pada DNA. Secara in vitro, DNA
single strand (ss) dapat dikembalikan menjadi doble srtand (ss) dengan kondisi tertuntu seperti
penurunan suhu secara pelahan-lahan setelah pemanasan ( jika penurunan suhu dilakukan dengan
cepat maka rantai DNA akan tetap menjadi ss). Probe yang spesifik akan melacak sekuens basa
yang spesifik pula. Probe dengan spesifikasi tinggi ini diperlukan agar tidak terjadi kesalahan
dalam pendektesian, karena dalam prakteknya isolasi DNA/RNA yang dilakukan akan
mengisolasi semua DNA/RNA. Probe yang tiddak spesifik juga dapat berkomplemen dengan
DNA/RNA lain yang tidak menjadi target pelacakan (competitor). Salah satu yang
mempengaruhi kespesifikan suatu probe adalah panjang probe. Pada umumnya panjang suatu
probe adalah 100-1000 bp (base pair). Dengan adanya Bioinformatics data base dapat dilakukan
perancangan suatu probe yang spesifik.
Dalam praktikum ini dilakukan precobaan terhadap gen homo sapriens/human.Probe
berfungsi sebagai pelacak terjadinya eksprisi gen dengan menggunakan teknik hibridisasi yang
terjadi antara DNA dengan DNA (southern blot).Langkah pertama yang kami lakukan adalah
membuka situs NCBI melalui www.google.com/MSN. Website ini menyediakan gen bank data
base yang diperlukan$$$-P untuk merancang suatu probe,kemudian setelah masuk ke situs
tersebut kami mengisi kotak search nucleotida for dengan nama gen (kode gen) yang akan
dianalisis,kode yang kami gunakan adalah E2F.Kemudian kami memilih satu gen homo
sapiens.Setelah di klik maka akan muncul banyak sekali probe,kemudian kami pilih 3 macam
probe di daerah CDS yang telah di tentukan dengan sekuen 100-150 basa.Kami memilih satu per
satu probe dengan memblock sekuen pada oringin yang masuk dalam regions CDS dengan
mouse sepanjang yang diinginkan dengan sekuenya antara 100-150 kemudian kami copy.Kami
merancang 3 probe yang akan kami bandingkan dengan range sebagai berikut :


1.probe dengan sekuen 107 basa,yang diambil antara 651-757 basa transkrip varian b
2. probe dengan sekuen 115 basa,yang diambil antara 1101-1216 basa transkrip varian b
3. probe dengan sekuen 130 basa,yang diambil antara 881-1010 basa transkrip varian b
Setelah itu probe yang telah kami pilih diatas satu persatu kami masukan dalam analisis
BLAST kemudian kami paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak Query untuk mencari
komplemennya.Kemudian kami tekan Blast, setelah muncul halaman baru tekan FORMAT.
Akan muncul hasil format pada new windows.Berikut adalah hasil yang didapat :
Probe ke 1 dengan sekuen 107 basa,yang diambil antara 651-757 basa transkrip varian b
Meliliki color key for alignment scores antara 80-200 berwarna pink.
Distribution of 87 Blast Hits on the Query Sequence
Max score : 198
Total score : 198
Querycover : 100%
E value : 6e-48

Probe ke 2 dengan sekuen 115 basa,yang diambil antara 1101-1216 basa transkrip varian b
Meliliki color key for alignment scores antara >=200 berwarna merah.
Distribution of 82 Blast Hits on the Query Sequence
Max score : 213
Total score : 213
Querycover : 100%
E value : 6e-52

Probe ke 3 dengan sekuen 130 basa,yang diambil antara 881-1010 basa transkrip varian b
Meliliki color key for alignment scores antara >=200 berwarna merah.
Distribution of 100 Blast Hits- on the Query Sequence
Max score : 241
Total score : 241
Querycover : 100%
E value : 6e-60
Dari data diatas kita dapat menganalisis dan membandingkan mana probe terbaik dari ke
3 probe tersebut :
Probe ke 1 : Meliliki color key for alignment scores antara 80-200 berwarna pink dan
distribution of 87 Blast Hits on the Query Sequence
Probe ke 2 ; Meliliki color key for alignment scores antara >=200 berwarna merah dan
distribution of 82 Blast Hits on the Query Sequence
Probe ke 3 :Meliliki color key for alignment scores antara >=200 berwarna merah dan
distribution of 100 Blast Hits on the Query Sequence
Berdasarkan teori bahwa probe dikatan baik jika memiliki color key for alignment score
berwarna merah dan memiliki Sequences producing yang sedikit karna dengan sedikitnya
Sequences producing maka probe tersebut bekerja secara spesifik.kita lihat dari ketiga data diatas
probe yg memiliki warna merah hanya probe ke 2 dan 3 sedangkan yang memiliki sequences
producing terkecil adalah probe ke 2 yaitu 82 .Namun kita lihat aspek pembanding berikutnya
yaitu adalah max score dan E value berikut adalah datanya :
Probe ke 1 : Meliliki Max score : 198
Total score : 198
Querycover : 100%
E value : 6e-48

Probe ke 2 :Meliliki Max score : 213
Total score : 213
Querycover : 100%
E value : 6e-52
Probe ke 3 ; Meliliki Max score : 241
Total score : 241
Querycover : 100%
E value : 6e-60
Berdasarkan teori bahwa probe dikatakan baik jika memiliki max score yang tertinggi
dan memiliki E value yang tinggi.Jika dilihat data diatas bahwa yang memiliki max score dan E
value yang tertinggi adalah probe yang ke 3.Jadi berdasarkan perbandingan beberapa aspek
diatas maka probe yang terbaik adalah probe ke 3 karna memiliki E value yang tinggi dari pada
probe ke 2 walaupun probe ke 2 memiliki sequences producing yang relatif sedikit yang berarti
lebih spesifik daripada probe ke 3 namun selisih sequences producing antara probe ke 2 dan
probe ke 3 tidak terlalu siknifikan sehingga dapat dikatakan bahwa probe yang terbaik antara
ketiga probe yang dibandingkan diatas adalah probe ke 3.

VII KESIMPULAN
DNA probe adalah suatu fragmen DNA atau RNA atau protein pelacak target gen. DNA
probe yang telah dilabel akan berkomplementasi dengan target melalui hibridisasi sehingga dapat
mendeteksi keberadaan gen dilacak sehingga ikatan komplemen probe dengan DNA target
cenderung lebih kuat dan presisi.
Probe berfungsi sebagai pelacak terjadinya eksprisi gen dengan menggunakan teknik
hibridisasi yang terjadi antara DNA dengan DNA (southern blot)
Semakin pendek probe maka semakin spesifik untuk DNA atau target sekuen tertentu
dibandingkan probe dengan bp panjang.
probe yang terbaik adalah probe ke 3, karna memiliki E value yang tinggi dari pada probe ke 2
walaupun probe ke 2 memiliki sequences producing yang relatif sedikit yang berarti lebih
spesifik daripada probe ke 3 namun selisih sequences producing antara probe ke 2 dan probe ke 3
tidak terlalu siknifikan.







VIII. DAFTAR PUSTAKAa
Anonim. 2012. Buku Petunjuk Praktikum Biologi Molekuler Universitas Wahid Hasyim .
Semarang
http://id.wikipedia.org/wiki/DNA_probe ( diakses tanggal 14 April 2014)
http://id.wikipedia.org/wiki/Blot_Southern ( diakses tanggal 14 April 2014)
www.ncbi.nlm.nih.gov ( diakses tangal 11 dan 14 April 2014)