Racionalno načrtovanje učinkovin

Rational Drug Design

The Search
for a Needle
in a Haystack

Haystacks in Provence
Vincent van Gogh, 1888
NAČRTOVANJE UČINKOVIN

• Ciljana pot do novih učinkovin

- strategije

• Ciljana pot do novih učinkovin - stari sen človeštva

alkimisti eliksir

Uspehi raziskav novih učinkovin so presenetljivi !!!

lenghty, costly, risky process…

New molecular entities approved for marketing by US FDA

 Uspehi raziskav učinkovin...
Včasih... danes…

•alkohol, opij - narkotiki, lokalni anestetiki

•infekcijske bolezni - kemoterapevtiki, antibiotiki
- H2 antagonisti, inhibitorji
protonske črpalke
- psihofarmaki

virusna obolenja ?
tuberkuloza ?
 Štiri faze v raziskavah zdravil...

• ljudska medicina
• sistematično iskanje novih sinteznih učinkovin, uvedba živalskih
modelov
• uvedba in vitro testnih sistemov
• uvedba novih eksperimentalnih in teoretičnih metod, ki omogočajo
racionalno načrtovanje učinkovin
• proteinska kristalografija
• molekulsko modeliranje
• QSAR
 Ljudska medicina….

Papaver somniferum opij morfin

Digitalis purpurea srčni glikozidi digitoksin

Paracelzus Theophrastus Bombastus von Hohenheim 1493-1541

• prelomnica za znanstveni pristop k raziskavam učinkovin
• življenje je razlagal s kemijskimi procesi
• za zdravilne učinke rastlin so odgovorne substance,
ki jih te vsebujejo
digitoksin
 Prebujenje organske kemije
CH3

opioidni analgetiki
O
HO OH

morfin (Sertuerner 1806)

H
H2C

H
N

HO H
antimalariki
O
H3C

kinin (Runge, Pelletier, Caventou 1819)

 Novi alkaloidi...
CH3 O

N O
CH3

O
lokalni anestetiki
H

kokain (von Niemann 1860)

CH3
N

spazmolitiki
O O

HO

atropin (Willstaetter 1901)

 Novi alkaloidi...

H3C N
psihofarmaki
O N
H H
H

O CH3
H
O O
O

O
CH3
O
CH3 O
antihipertoniki
O CH3
CH3

reserpin (Robinson, Woodward, 1950)

 Natural products: taxol

taxol
 Natural products: Epothilones

from
Sorrangium cellulosum

U. Klar et al, Angew. Chem. 45, (2006)

 Natural products: (+)-
discodermolide
stabilizacija mikrotubulnega citoskeleta,
zaustavitev mitoze
Izolacija iz globokomorske
spužve-Discodermia dissoluta
leta 1990
 Štiri faze v raziskavah zdravil...

• ljudska medicina
• sistematično iskanje novih sinteznih učinkovin, uvedba živalskih
modelov
• uvedba in vitro testnih sistemov
• uvedba novih eksperimentalnih in teoretičnih metod, ki omogočajo
racionalno načrtovanje učinkovin
• proteinska kristalografija
• molekulsko modeliranje
• QSAR
 • Živalski poskusi

Sir James B. Black ICI propranolol

SKF cimetidin

Opažanja o delovanju učinkovine so direktno odvisna od

uporabljenega farmakološkega modela

Za številne bolezni ni ustreznih živalskih modelov

Novi farmakološki modeli – ključ do odkrivanja

novih učinkovin
 • In vitro testni modeli,
molekularni testni sistemi...
Celične kulture
-kulture rakastih celic
-kulture embrionalnih piščančjih srčnih celic

Molekularni testni modeli

vloga in pomen
-model inhibicije encimov
genske tehnologije !!!
-model izoliranih receptorjev

selektivnost vs. prostorska lokalizacija učinka

Drug discovery paradigm
• animal models of disease
˝black box approach˝

• target-based drug discovery

˝one target – one disease approach˝

redukcionistični pristop
 Štiri faze v raziskavah zdravil...

• ljudska medicina
• sistematično iskanje novih sinteznih učinkovin, uvedba živalskih
modelov
• uvedba in vitro testnih sistemov
• uvedba novih eksperimentalnih in teoretičnih metod, ki omogočajo
racionalno načrtovanje učinkovin
• proteinska kristalografija
• molekulsko modeliranje
• QSAR
 Moderne metode...

• računalniško podprto načrtovanje učinkovin

• rentgenska strukturna analiza
• večdimenzionalne NMR metode
• molekularno modeliranje
• načrtovanje
• iskanje spojin vodnic
• optimiranje vodnic

H N
OH

kaptopril ACE inhibitor O

HS CH3 O
karboksipeptidaza
 Karboksipeptidaza A

v v
lipofilni zep lipofilni zep

Zn2+ Zn2+

O O
H O
N O +
N + HO NH2
H NH2
R O O
H2N N H2N N
H H

" substrat inhibitor (benziljantarjeva kislina)

 Inhibitorji ACE

2
O R O
H
N
N OH substrat
3 H R
1
R O

"
2
O R O
H
N inhibitor
HO OH
1
O R
 Razvoj kaproprila
Spojina Ki/ IC50

Pyr-Trp-Pro-Arg-Pro-Gln-Ile-Pro-Pro teproid Ki = 100 nM

CH3
N
H2N Ki = 230 µM
O
COOH

N
HOOC IC50 = 70 µM
O
COOH

CH3
N
HOOC IC50 = 4.9 µM
O
COOH

CH3
HS N kaptopril IC50 = 23 nM
O Ki = 1.7 nM
COOH
 Slučaj...

• acetanilid 1886 Cahn, Hepp

• fenacetin 1924 Carl Duisberg

• N2O 1844 H. Wells

• LSD 1943 Albert Hoffmann

 Nepričakovano delovanje snovi
dobljenih na osnovi načrtovane
CH3
sinteze...
O

O
CH3

Cl
H3C
O H
NO2 N
CH3 N
O
O
H3C N CH3
H3C NH
O
O O
Cl
CH3
N H3C N CH3
H
CH3

verapamil nifedipin klonidin

SERENDIPITY 1754 Sir Horace Walpole

 Serendipity vs. sagacity

...As Princes of Serendip travelled,

they were making discoveries by
accidents and sagacity

prepared mind

clonidine
A. Szent-Györgi:
...Discovery consists of seeing what α2 - agonist
everybody has seen and thinking
What nobody else has thought...
 Iskanje spojin vodnic...
• naravne spojine npr. TUBOKURARIN ….. mišični relaksanti
MORFIN ………….. opioidni analgetiki
PAPAVERIN………. spazmolitiki
TAKSOL…………… citostatiki
•spojine mikrobiološkega izvora npr. PENICILINI,
CEFALOSPORINI
CIKLOSPORIN
• rešetanje (screening) spojin sinteznega izvora
kombinatorna kemija
high-throughput screening
•testiranje intermediatov
•analogi prehodnega stanja
Testiranje intermediatov

citostatik Inhibitor
imunosupresiv ksantin oksidaze
Analogi
prehodn.
stanja
 Iskanje spojin vodnic

• opazovanje stranskih učinkov (DISULFIRAM, SULFONAMIDI)

• in silico (in computro) iskanje spojin vodnic

• poznavanje strukture terapevtsko relevantnih proteinov
(rentgenska strukturna analiza)
• poznavanje genoma (genomika, proteomika)
Virtuano rešetanje
(virtual screening)
Virtual screening – an example

http://www.kubinyi.de/istanbul-09-06.pdf
Dynamic combinatorial libraries

J. M. Lehn et al, Nature Rev. Drug Discov. 1, 26 (2002)

Fragment based lead discovery

D. C. Rees et al, Nature Rev. Drug Discov. 3, 660 (2004)

De novo drug design

G. Schneider et al, Nature Rev. Drug Discov. 4, 649 (2005)

Lead structure search

H. Kubinyi, http://www.kubinyi.de/dd-01.pdf
Leadlikeness vs. druglikeness

Rishton, GM., DDT 8, 86-96 (2003)

 Lead compound vs. drug

• spojine vodnice imajo praviloma drugačne lastnosti od

končnih učinkovin
• njihova moč (potency) je manjša
• moč delovanja (potency) se izboljša z dodajanjem novih
kemijskih skupin
• to poveča molekulsko maso, zviša število H-donorjev in
H-akceptorjev
• log P se praviloma poveča (dodatne hidrofobne interakcije,
koncentracija v membrani)