DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur

perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus,
mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi
sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan
tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas,
yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola
pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki
protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein
histon.
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-komponennya,
yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang
merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set
lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom.
DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi
melalui darah. Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih, karena memiliki nukleus dimana
terdapat DNA didalamnya.
DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida dan metabolit
sekunder seperti tannin, pigmen, alkaloid, dan flavonoid. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman
tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena tanaman
memiliki dinding sel yang kuat, dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak
asam nukleat. Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim, misalnya DNA tidak
sensitive oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR.
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan,
mengidentifikasi, mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNA/RNA. Cara pemisahan dengan
elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok dalam teknologi DNA rekombinan,
dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA.

DASAR TEORI

2.1 elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan suatu
makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan
ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan
biokimia dan biologi molekuler (Magdeldin, 2012).
Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics.
InTech Publisher :Rijeka Croatia.


Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin
digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai cairan biologis
(serum, urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang menggunakan prinsip elektroforesis zona.
Seperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada medium padat/gel yang direndam
dengan suatu larutan penyangga di bawah pengaruh medan listrik. Migrasi ini tergantung pada
muatan listrik, titik isoelektrik bersih dan massa molekul protein (Jean and Francois G., 2010)
jean, Francois Giot. 2010. Agarose Gel Electrophoresis Aplications in Clinical
Chemistry. Journal of Medical Biochemistry 2010; 29 (1).

Hasil elektroforesis akan didapatkan pita-pita protein yang terpisahkan berdasarkan berat
molekulnya. Tebal tipisnya pita yang terbentuk dari pita protein menunjukkan kandungan
atau banyaknya protein yang mempunyai berat molekul yang sama yang berada pada
posisi pita yang sama. Hal ini sejalan dengan prinsippergerakan molekul bermuatan, yakni
molekul bermuatan dapat bergerak bebas di bawah pengaruh medan listrik, molekul dengan
muatan dan ukuran yang sama akan terakumulasi pada zona atau pita yang sama atau
berdekatan (Soedarmadji, 1996).
Sudarmadji, S., 1996. Teknik Analisa Biokimiawi. Edisi
Pertama.Liberty. Yogyakarta.



2.2 prinsip
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik ditempatkan
pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub
positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Magdeldin, 2012).
Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda),
sedangkan molekul-molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(katoda) (Klug and Cummings, 1994). Klug, W.S., M.R. Cummings. 1994. Concept of
genetics 4
th
ed. Merrill Publishing Co. : Columbus, Ohio.

Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan
muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan untuk
digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen dari
protein atau asam nukleat setiap individu (Fairbanks & Andersen, 1999).
Fairbanks, D.J., W.R. Andersen. 1999. Genetics: The continuity of life.
Brooks/Cole Publishing Company, New York.

Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya melewati suatu
gel di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul
DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang
sama (Campbell dkk, 2002). Campbell, N.A., J. B. Reece & L. G. Mitchell.
2002. BIOLOGI. Ed ke-5. Erlangga:Jakarta

2.3 jenis
Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu:
1. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda oligonukleotida dan
menganalisis hasil ekstensi primer.
2. Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar.
3. Gel agarose formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem elektroforesis
yang digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran standar
(Davis dkk. 1994).
Davis, L., M. Kuehl, & J. Battey. 1994. Basic methods: Molecular biology
2
nd
ed. Appleton & Lange, Norwola

2.4 manfaat
Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk PCR,
memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran, lalu dapat disequencing, dan
juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai
macam kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda,
mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada atau
tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan
jumlah mRNA dalam sel atau jaringan tertentu, mengetahui aktivitas gen selama perkembangan
berbagai tipe sel organisme atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu,
mempelajari evolusi di tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam populasi natural di
alam, menentukan atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, RNA, protein dan
aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui PCR,
mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar individu, dan menentukan jumlah
fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan plasmid DNA (Russell, 1994)
Russell, P.J. 1994. Fundamentals of genetics. Harper Collins College
Publishers, New York

2.4 komponen
Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari:
1. Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarose.
2. Tray : digunakan untuk sebagai cetakan gel agarose.
3. Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarose.
4. Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis
(Birren and Lai, 1993).

Birren, B., E. Lai. 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide.
Academic Press, Inc., San Diego.

Biasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih besar (lebih dari
200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil (kurang dari 200 bp). Jarak antara
dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan berdasarkan konsentrasi matriks
agarose. Mobilitas/pergerakan DNA relatif tergantung pada faktor-faktor tertentu, terutama pada
konsentrasi agarosa dalam gel, kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer,
dan konformasi fragmen DNA itu sendiri. Molekul DNA bermigrasi melalui pori-pori kecil yang
terbentuk dalam padatan gel agarosa. Secara umum, molekul yang lebih kecil bergerak lebih
cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih rendah
saat bergerak menuju elektroda positif. Konsentrasi yang rendah pada gel agarosa memberikan
resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar, dengan memberikan pemisahan yang lebih besar
antara band yang secara ukuran tidak terlalu jauh berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi, di
sisi lain, dapat mengurangi kecepatan migrasi fragmen panjang yang sementara itu dapat
memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada fragmen DNA kecil (Lee & Bahaman, 2010).

Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi secara lebih cepat daripada fragmen yang
lebih kecil, karena tegangan pada gel yang ditingkatkan. Selain itu, DNA memiliki muatan yang
konsisten untuk rasio massa, sehingga ukuran molekul DNA merupakan faktor utama yang
mempengaruhi migrasi melalui matriks gel. Terlepas dari kenyataan bahwa penerapan tegangan
tinggi dapat meningkatkan kecepatan migrasi fragmen DNA, tetapi juga dapat menurunkan
resolusi pemisahan (di atas sekitar 5 sampai 8 V/cm). Untuk alasan itu, resolusi terbaik dari
fragmen yang lebih besar dari 2 kb dicapai dengan menerapkan tidak lebih dari 5 V/cm pada gel
(Lee & Bahaman, 2010).

Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium Bromida yang bersifat
karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium Bromida dapat meningkatkan
daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi
sebagai pewarna untuk memantau kecepatan molekul DNA pada gel (Birren and Lai, 1993).

Namun disamping itu, elektroforesis gel juga memiliki kekurangan yaitu pada deteksi atau
identifikasi amplikon. Penggunaan elektroforesis gel ini dirasakan kurang efisien karena lama
pengerjaannya dan terbatasnya jumlah sampel yang dapat diperiksa. Disamping itu, kadang
kadang hasil PCR dalam gel muncul pita yang tidak berbentuk (ghost atau smeary bands) atau
pita yang terlampau banyak sehingga hasilnya sulit diinterpretasikan (Tarigan, 2011)