Professional Documents
Culture Documents
Definisi Replikasi
Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan sebagai
salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus.
Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi. Replikasi bahan genetik dapat
dikatakan sebagai proses yang mengawali pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan
merupakan suatu resultan banyak proses yang saling berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai
mekanisme replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan system penyutingan (editing) yang
sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai
komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik
diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi.
Sehingga kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan perubahan pada
sifasifat sel anakan.
Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein yang
masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di dalam proses replikasi
bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetik itu sendiri. Oleh karena
itu, ada kaitan fungsional yang sangat erat dan tidak terpisahkan antara proses replikasi bahan
genetik dengan proses ekspresi genetik dan metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang
terjadi pada proses metabolisme, misalnya penghambatan produksi energy, dapat pula
mempengaruhi proses replikasi karena replikasi juga memerlukan pasokan energy.
keterangan: (1) Lagging strand; (2) Leading strand; (3) DNA polimerase; (4) Enzim DNA ligase; (5)
Primer; (6) Primase; (7) Fragmen Okazaki (8) Molekul DNA polymerase;
(9) Enzim helikase; (10) Protein pengikat untaian tunggal; (11) Topoisomerase
1. Heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim helikase (9) dengan
bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
2. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
3. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5)
4. Molekul DNA polimerase (3) & (8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak
sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru
yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
5. DNA polimerase yang membentuk lagging strand
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
mensintesis
segmen-segmen
lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru
ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi
lengkap.
DNA polymerases tidak mampu mengisi ikatan covalent yang hilang. Celah yang tersisa
direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3 OH
dari salah satu helaian dari 5-P dari helaian yang lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP (adenosine
monophosphate) sebagai cofactor (faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP dibawa dari nucleotide
NAD+. Dalam sel-sel eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-ligase tidak dilibatkan dalam
pemanjangan rantai; melainkan, mereka berperan pemasang enzim-enzim untuk perekatan celah
melalui molekul DNA.
6. Modifikasi Post-Replikasi DNA
Setelah DNA direplikasikan, dua helaian tersintesis terbaru dipasangkan ke modifikasi
enzimatik. Perubahan-perubahan ini biasanya melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu
untuk mengkhususkan titik-titik sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA,
sehingga ini bisa membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang mungkin
bisa masuk ke dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga mempengaruhi cara molekul
diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi dengan penambahan kelompok methyl ke beberapa
adenine dan residu-residu cytosine. Grup methyl ditambahkan oleh DNA methylasess setelah
nucleotides telah digabungkan dengan DNA polymerases.
Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi dari adenine
membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada methylcytosine dalam sel-sel
bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl paling banyak ditambahkan ke cytosine.
Methylase muncul hanya pada beberapa rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-sel eukaryotik,
sebagai contoh, methylasi secara umum muncul pada saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi
3-OH (5 P-CG-3OH).Pola methylasi bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan, berperan seperti
tanda tangan untuk DNA spesies tersebut. Hal ini patut diperhatikan karena grup methy melindungi
DNA melawan perlawanan enzim-enzim tertentu disebut restriction endonucleases Oleh karena itu
DNA asing melalui sebuah sel dicerna dengan restriction endonucleases. Dalam sel tertentu,
restriction endonucleases bisa memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA methylase
menambah sebuah grup methyl.
Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki endonucleases tapi tidak
melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel spesies yang lain. Pembatasan ini
menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari spesies yang diproduksi sel-sel spesies yang
berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik tertentu mungkin akan berakhir pada konversi terdekat dari
B-DNA ke bentuk-bentuk Z-DNA. Dalam bentuk B-DNA, grup-grup hydropholic methyl dari alur
utama, menghasilkan pengaturan yang tepat. Dengan mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup methyl
membentuk area hydropholik yang membantu menstabilkan DNA. Konversi lokal ini (dari B-DNA ke
Z-DNA) mungkin mempengaruhi fungsi beberapa gen.
Nama Enzim
Keterangan Fungsi
Helikase (DnaB)
memutuskan
ikatan-ikatan
hidrogen
yang
menyatukan kedua untaian DNA sehingga terbentuk
garpu/cabang replikasi
Topoisomerase
Primase
mensintesis RNA-primer
menghentikan perkembangan garpu/cabang replikasi
untuk mencegah leading strand melampaui lagging
strand
mengawali pembentukan DNA baru pada leading
strand atau DNA fragmen Okazaki pada lagging strand
oleh DNA Polimerase
DNA polimerase
DNA ligase
menggabung
fragmen-fragmen
strand) saat proses replikasi
okazaki (lagging