Tap chi Cong nghé Sink hoe 4(1): 1-11, 2006 BAI TONG QUAN XAC DINH CAC QTL LIEN QUAN MOT SO TINH TRANG CO ¥ NGHIA KINH ‘TE G CA RO PHI: HIEN TRANG VA TRIEN VONG Quyén Dinh Thi, Pham Anh Tuan’ {Vign Cong nghé Sink hoc *Vign Nghién eitu va Nu6i tréng Thily san I TOM TAT Ca 16 phi la. mot trong ede loai ed vay nui tha quan trong nhét trén thé gidi. 7 quan nay, chiing ti gidi thigu cu thé vé sit dung céc chi thj microsatellite va AFLP cae locus tinh trang nhu gid tinh, chju lanh, ehju stress, dap ting mién dich, thude cf. Dac bist, phat minh vé mi ‘nhs man ef ong bi tng xée dink inh trudng va kich két qud nghién eitu méi nhit da duge ding ky bin quyén Vién quan gia t&e dé sinh trudng trong cée moi trutng nude ngot, I vA man vidi kigu gon ma héa prolactin. Lin du tifn, mot chi chon ging cing nhu quy trinh xée din chi thi nay da duge cép bin quyén cho thay tam quan trong eda cée nghién ettu vé mdi tung quan gta chi thj di truyén va tinh trang. Bay la mot cing cu ré tién, don gidn va dng tin edy 4 chon ging cé 76 phi sinh trtting nhanh 6 &% mAn khée nhau theo kigu gen prolactin etia ching. Sit dung phuong phay niy, ngudi ta 06 thé chon céc gidng cA r6 phi sinh trudng tii thich cho ede d9 man lehée hau, ti nude ngot, nude Ig én nude bién hodn toan, toy theo dia phusng. Tée d9 sinh trudng ¢6 thé ting gap doi néu c& thé d6 duge mudi d nutée 66 & mén thich hhgp vai kigu gen A chea so véi cae d@ mén khong tuong thich khie. Dé dap ving nhu edu nudi tha cf r6 phi sinh trudng nhanh é d@ man khée nhau doc theo bi bién Vigt Nam, ching ta ote mua bin quyén phat minh hode ty phat trién chi thi prolactin, tat nhién dua trén od 3d tai ligu da cong bs. Tic khéa: AFLP, ci ro phi, chiu lanh, dip ing mién dich, dap wing stress, microsatellite, QTL, te dé sink trating M6 DAU. Ro phi la mot trong cae loai ca vay nudi thd quan trong nhat trén thé gidi va bao gm tat ci cde lodi ed, phén Ién 1a nisée ngot, thuge gidng Tilapia, ho Cichlidae cé nguén gc Chau Phi, Tilapia gidng loai ca thai duong Bée My va c6 thé phat trién tdi 9 kg. Tilapia 1a loai e nudi phd bign do dé nudi va dé thu hogch lam thife phim, Chiing 1én nhanb, chéng chu bénh tt tét, an dong vat phi du va tao thita thai ¢6 sin. Két qua 1a ‘ilapia duge nui trong cae hé thong nude im do nén Van minh Ai Cap trude diy da dua vao mdi truing nude nggt. Hon nit, m6t 86 loai Tilapia cing phat trién tot 6 nuiée man, va c6 kha nang chju man khac nhau, O nbiéu noi trén thé gidi, ngudi ta thich nudi ec rd phi 4 nude Ig va vinh, nhung khéng phi tit ed cdc cf thé déu phat trign tét 4 nhiing diéu hign nay. Trong thye cae loai ré phi chi man va sinh trudng 6 cée 3 man rat khéc nhau. Day 1a mot kho Khan dé chon va tién doin ca thé nado sé sinh trudng tét nhiit 4 db man nao DA c6 nhiéu nghién ettu tim ra cée phuong phép nudi cé v6 phi to han va lén nhanh han. Nhu véi moi vat nuéi thuc phim khée, ngudi sin xudt mong doi cae phucng phap chon gidng va nudi ca r6 phi lén nhanh hgn, trong thai gian ngiin hon. Ngwdi ta da sit dung hormone sinh truting & quy m6 khée nhau dé lich thich tée d sinh trudng é hau hét ed vat nnudi, ké cd ca r6 phi. Ngoai ra, ngudi ta clingsit dung nhigt 4 muéc, 43 man va lai tao gidng dé cai thign tée 46 sinh truing. Tuy mhién, hign nay chia 6 phuong phap nio Khéc phuong phap thit va sai dé nhan dang gidng ca ro phi sinh trudng t6t 8 cdc d6 man Khe nhau, Bai béo tng quan nay trinh bay két qua nghién eit méi nhat vé moi tuong quan gitia gen ma héa prolactin va t6c d6 sinh truting 6 cée moi trong nude min khéc nhau, ngoai nhiing méi tuong quan gitla céc tinh trang chiu lanh, d4p ting mién dich, dap ting stress, gidi tinh, mau sée véi chi thi microsatellite va AFLP. ‘TINH TRANG TOC DO SINH TRUONG Prolactin thuge ho gen hormone sinh trudng GH/PH, c6 vai tré thich nghi nude ngot, tang do tham that plasma bing céch giam hoat tinh Na’-K"-ATPase. Tuyén yén 4 16 phi téng hgp hai dang prolactin, 6 khdi lugng phan tii (24 va 20 kDa) va s6' amino acid (188 va 177) khac mhau, do hai gen khée nhaw (prl 1 va pri 2) ma hoa. Chting c6 €6 tuong ding 70% amino acid, nhtmg diéu hoa tham chau va hoat dong sinh diténg lei khéc nhaw. Thi nghiém trudc day cho thily khi cf di chuyén vao mai truging nude min hon, cd mRNA lin prolactin huyét thanh déu gidm, nhat 1a adi vi pri 1. Promoter pri 1 6 4 r6 phi c6 chung céc thanh phan khng dich ma nhw 6 chuét. Ca hai promoter déu 6 céc microsatellite (CAIGT), rai rac & che ving lién két gid dinh véi yéu t6 phién ma dac higu tuyén yén Pit-1. Naylor va Clarke (1990) cho ring céc trinh ty lap lai nay 8 chu@t tao ra cifu trie Z-DNA quay trai in vitro va te ché bigu hién pri 7. Streelman va Kocher (2004) Iuan ra rang céc tac déng diéu hoa tutong tut e6 thé ray ra & promoter pri 1 ca 6 phi. D6 dai agin microsatellite 4 cac thé khéc nhaw ¢6 thé anh hudng téi sy biéu hign prl 1 in vivo va gop phan thay déi su thich nghi va sinh trudng 6 nhang €6 man khée nhau. ‘Trude kia, lap Iuan kinh dién cho rang, n6i chung microsatellite va dé dai cha n6 thude ving khéng ma héa giiia cac ca thé 2 Quyén Dinh Thi & Pham Anh Tudin cia mot loai la trung tinh va khong e6 chite nang tinh trang, trit mt 66 lin quan dén benb di truyén chua duge nghién cifu sau. Nhung thy té, céc microsatellite hai nucleotide trong genome té bao nhan that c6 mét ty 18 dOt bién cao, tao ra mét tiém nang va vai trd diéu héa gen rong khap. Ty day, ngui ta mun tim ra mot phudng php don gin, dua trén su bién déi kiéu gen, dé nhan dgng va chon cée ca thé r6 phi sinh trudng t6i thich 4 cae d6 man khae nhau. Phuong phép nay 06 thé han ché viée sit dung céc chat kich thich sinh truding hoae cac ky thuat nkén tao khée. Phuong phip chon cA giéng nudi Ién nhanh ¢ cae dd man Khée nhau da dude Streelman va Kocher (2004) phat hign va ding ky bin quyén. Phuong phap nay dua frén méi lién quan gita tinh da hinh microsatellite 4 ving promoter cia prolactin (prl 1) cf 16 phi véi mic d9 biéu hign pri 7 va te dé sinh truting & cae dé man khae nhau. Phuong phap bao gém: a) xée dinh kiéu gen prolactin I cia e4 dye va c& ci; b) cho dé con gitta cé duc vA cé cai c6 kiéu gen prolactin I chon loe; c) nuéi ed con trong méi truding nutée 1g man tung ting véi tée d6 sinh trudng téi da cho kiéu gen prolactin ea eA con, Kiéu gen prolactin 1 bao gém déng hgp tit allele ngin, déng hgp tit allele dai, va di hyp tit allele ngan va dai. Kiéu gon prolactin I ‘tutong thich nhat véi nude ngot la @éng hp tt allele dai va dj hop tit allele ngén va dai. Kigu gen prolactin I tuong thich nhat vdi nude Id 18 déng hgp tit allele ngin va dj hop tit allele ngiin va dai. Day 1a mot cong cu ré tién, don gidn va dang tin ey dé chon gidng 4 r6 phi sinh trudng nhanh & d@ man khée nhau theo kiéu gen prolactin cha chting, Sit dung phwong phap nay, ngudi ta cé thé chon cac ging ca 16 phi sinh trudng téi thfch cho cée dé man khge nhau, tit nude nggt, nutée 19 dén nude bign hoan toan, tay theo dia phucng. Tée a6 sinh trudng 6 thé tang gap déi néu cé thé a6 duge nudi 6 nude ¢6 4 man thich hop véi kigu gen da chon so vi cée d§ min khong tong thich khac.Tap chi Cong nghé Sinh hoe 4(1): 1-11, 2006 1000 800 --- _-@ Hinh 1. So dé ving prt 1 promoter cé 16 phi. ATG: Start codon; CA,, GT,: Microsatelite; Pit 1: Ving gid dink bit cap v6i yu t6 phién ma (Swennen et al, 1992). Khi ca di chuyén vao méi tring man, ham lugng mRNA cing nhu prolactin 1 va 2 trong huyét thanh déu gidm xudng, nhat la prolactin 1. Do dé, thi nghiém chi tap trung vao gen prolactin 1, tuy nhién phuong phap phat hign khéng chi gidi hen cho prolactin 1. Streelman va Kocher (2002) da tap trung ngay vio microsatellite CA, (-200 bp) gin diém xudt phat cia phién ma prl 1 nhat (Hinh 1). Cac con cai cia dong Oreochromis mossambicus (thich nghi man) duge giao phéi ‘vdi mét con duc Oreochromis niloticus (thich nghi nude nggt) mang cac microsatellite allele Khe nhau 17 den vi lap lai (CAq, so v6i CA). Céc con efi O. mossambicus la déng hop ti allele dai (CA,,) va céc con duc O. niloticus 1a i hap tit e6 cfc allele dai va ngan. Cae c@ thé F, duge chon lam siding sao cho c6 ba kiéu gen tiép theo d thé hé F,: déng hgp tit allele ngén (sau day "SS"), dong hgp tit allele dai (“LL"), va dj hap tit (‘SE"). Bay lim cf thé thé hé F, cing mot lita duge nudi 6 ba & man: nude ngot O% NaCl, nutée 1 16% NaCl, va nutée bién 32% trong ba thing 200 1 tach bigt. C4 con hai tudn dude xit ly theo chu ky 3 ngay cho thfch nghi khf hau cho téi khi trong luong cé dat trung binh 15 g (khoang 6 thang). Khi xi! ly man, tat cd ca thude ba kigu gen duige nudi trong cling mot thing. Vao théi gian cuéi chu ky thi nghigm, of duge mé thjt, xéc dinh gidi tinh va cn trong hwgng. Cac tuyén yén duge thu thap va béo quan 8-20°C trong dung dich RNAlater cho tai khi chiét RNA. Mute dé biéu hign pri 1 8 tuyén yen celia cf thé F2 duge xée dink bang phvong phap real-time PCR véi miu dd Taqman (PE Biosystems) va déi chitng B-actin. Méi va miu dé duge thiét ké theo chiang trinh Primer Express (phién bin 1.5 Applied Biosystems). Vi tri lign két mau dé nm 6 ving bién intron- exon ngén khuéch dai DNA nhan bio, Céc miu dd duge danh dau huynh quang véi déu 8’. Sut phat quang duge do trong qua trinh 40 chu ky cia PCR trén may GeneAmp 5700 Sequence Detection System (Applied Biosystems) 4 95°C/15", 55°C/30", 65°C)’ (Streelman, Kocher, 2002). 85 chu ky ti han dude xée djnh khi huynh quang vuot mot wid tri ngudng gin tri nén Bigu hign gen pri 7 wong déi dge xic dinh theo cong thite 2! MCT, trong d6 CT ha s6 chu ky tdi han, Méi real-time PCR va fe trinh txt mdu dd nit sau: méi mudi F- CCC ATC AAC GAA CTG TTC GA; méi nguge R, GCA TGA TCA CCC TGC CTA TAG G; Mau do- CTC ACC CAG GAG CTG GAC TCT CAC ‘Tre cer ¢. Cc con ei 1én han ede con due qua tit c& itl d9 man nhung khong khée vé mac €6 biéu hign pri Z, Noi chung, trong lutgng cé trung binh tang khi d6 man tang (p= 8,4 x 10%, G mutde ngot 0%o (p = 0,006) céc kiéu gen _ bigu hign prl 1 khée nhau. Cac e4 thé SS bidu hién én lugt gdp gin 2 lin va 7 lin so vdi cae ca thé SL va LL (Hinh 2A). 6 nuée Ig 16%e (p = 0,0005) eée kiéu gen cling biéu hign prl I khée nhau nhung nguge lai véi kiéu bigu hign 6 nude ngot. Cac c& thé LL biéu hign pri 1 gap 2 lén (Hinh 2B), nhimng lai nhd hon 2 lin (Hinh 2D) so véi cdc ca thé SS va SL 8 16%, trong khi dé cée c4 thé SS 1a nhé hat 4 O'%e (Hinh 20). Tuy nhién, ba kiéu gen biéu hign prl 1 va cé kich thuée khong Khéc nhau, déu sink trudng tét 6 nude min 32%e (inh 2F), ‘Tat od cdc kiéu gen @éu 6 méi tuong quan kidu v6i méi trutmg: mute 46 biéu hign pr! 1 3cang nhu trong lugng déu khée nhau qua c4 xitI¥ mde man; déi vai SS: p = 1,5 x 10 (iéu hign) va p = 0,08 (trong lugng); SL: p = 3,8 x 10 (bigu hién) va p = 0,008 (trong lugng); LL: P= 0,0008 (biéu hién) va p = 0,06 (trong legng). Biéu hign pri 1 6 cdc ed thé SS va SL giim manh hon 10 Ian tit 0 lén 16%, nhumg khong rang cho kiéu gen LL (Hinh 2B), MBi kidu gen phat trién tét nhst & mot 6 mudi khée nhau (Hin 2R) va sink truting trung binh 4 eée kiéu gen tudng quan nguge voi mc d6 bigu hién prl I trung binh qua ode A iu hign Pal 3 0% c ‘Teong luong cé 6 0% 5, z E BBigu hign Pri qua xir ty musi | os = are Quyén Dinh Thi & Pham Anh Tudin a man, déi véi SS, SL, va LL thi r* lan lagt a 0,957; 0,971; va 0,530. Tuy nhién, hinh 2e va 2f cho théy méi kiéu gen phan tng khac nhau déi vi néng 4 mudi bén ngoai. & cdc qudn dan ty nhién, cée méi tvong quan giao nhau 1a bing chiing cho thay sy bién déi di truyén duy tri sy thich ghi trong céc méi truting dao dong. Néi céch khéc, dudi cae diéu kign man mét sé kiéu gen phat trién manh hn cae kiéu gen khac, c& ba kiéu gen @éu 06 kha nang phat trién 4 cae diéu kien tir nude ngot dén nutée bién. B ta Biuhign Pri 16% D Thong luong cf 8 16Ne * st u ‘Trong luomg ef qua xi ly musi i$ Hinh 2. Biéu hign Prt 1 va trong lugng cé khdc nhau qua xir ly mubi 86 thi trong A-D m6 18 #1SE trung binh. Cac tryc y ca A, B, va E la cdc mite 66 bigu hign Pr! 1 binh thuting dug x8c dinh theo céng thie 2°": © § 46 CT la s6 chu ky t6i han, *P < 0,05 va “P < 0,005, mitc 46 quan trong tis cdc phép this da so sénh Tukey's post hoc (Streelman, Kocher, 2002) ‘Tat cd cae kiéu gon déu o6 méi twang quan ‘kiéu voi mai truing: mite dO biéu hign prl 1 cing nhut trong lugng déu khée nhau qua cie ait Iy nude man; déi véi SS: p= 1,5 10 (biéu 4 hign) va p = 0,03 (trong Iugng); SL: p 10 (biéu hign) va p = 0,008 (trong lugng); LL: p= 0.0008 (bidu hién) va p = 0,06 (trong Iugng) gu hign pri 1:6 ce ca thé SS va SL giimTap chi Cong nghé Sinh hoe 4(1): 1-11, 2008 manh hon 10 Jan tit 0 1én 16%, nhuing khong 6 rng cho kiéu gen LL (Hin 28). Mi kidu gon phat trién t6t nhat 6 mot do mudi khéc nhau (Hinh 2F) va sinh trudng trung binh é cac kiéu gen tuong quan nguge ‘véi mite d6 biéu hign pri I trung binh qua cae 6 man, déi véi SS, SL, va LL thir? Vin luot 18 0,957; 0,971; va 0,580. Tuy nhién, hinh 2E va 2F cho thay méi kiéu gen phan ting khac nhau déi voi néng a} mudi bén ngoai. 6 cée quin dan ty nhién, eae méi tuang quan giao nhau Ja bing chting cho thay su bién déi di truyén duy tri st thich ghi trong cée mdi tring dao dong. Noi each khac, dudi cée diéu ign man mot 86 kiéu gen phat trign manh hon céc kiéu gen khéc, c4 ba kiéu gen déu 06 kha nang phat trign d ede digu kién tit nutée ngot dén nutée bién. Hon 20 nam vé true, Nordheim va Rich (2983) @a dua ra gid thuyét ring cde dai xen 6 purine va pyrimidine 06 thé Anh hufdng téi mite & biéu hién gen. Dé dai ngin cia cae trinh tu lap lai lam thay d6i céu tric promoter tao ra kha nang lién két hac nhau vdi cc thé diéu hia phién mi, Mite 49 biéu hign pri 1 4 r0 phi duge diéu hoa 48 dap ‘img v6i do thém théu plasma, nhi vao céc méi ttigng quan véi Pit-1. Cae allele pri microsatellite dai c6 thé hoat déng cach ly, han ché tiép xiic véi cée enhancer (vi dy 6 nuiée nggt) va céc thé tte ché (vi du 6 nude bién) déi vai cae viang Pit-1 Do céc ca thé F, khong phai la cde dong c6 cing nguén gée phan ly cho cic allele microsatellite khéc nhau, ngudi ta khong thé loai trir kh nding trude day ring cde allele & trang thai Iehdng can bing lign két véi mot da hinh nhan qué khéng do dae, Tuy nhién khong thay e6 su thay thé thich hgp nao é céc ving lién két yéu t6 diéu hoa da biét Ikhi so sénh trinh tu 1,2 kb cia promoter prl 1 6 céc cé thé SS véi LL. Trong thyc té, mot khac biét trinh ty nita 3 ving nay duige tim thay 1A mot microsatellite tht hai GT,, céch codon khéi dong 800 bp nguge dong. Cac cA thé 06 kiéu gen SS ding thai cing ¢6 cdc allele GT, ngin (GT,o hon cdc ca thé LL (GT) Ca hai microsatellite 3 promoter pri 1 cia che cf thé SS o6 kich thuiée nhé hin mot nita ciia trinh ty tuong ing cia cfc e& thé LL. Két qua nay biéu thi mot kiéu gen lién két 461 tutgng phan véi céc sé ligu vé céc loai c& 6 xudng khée. C6 kha nang nhiing microsatellite nay e6 lién quan véi su bin 461 phién ma é mét gen khéc. Da cé nhigu gid thuyét vé chite ning cia céc microsatellite, nhung day la nhiing bang ching in vivo diu tién vé tac dong cba 6 dai microsatellite tdi mite 49 biéu hign gen va dng théi bign déi cée hg qua sinh ly. Két qua nay bac bé lap luan kinh dién ring do dai ngiin microsatellite dinucleotide khong c6 hé qua chite nang. ‘Méi tung quan nghich gida biéu hign prt 1 va trong lugng ca 1A kh6 giai thich hon. Ca hai prolactin va hormone sink trudmg duge kkich hoat béi Pit-1 4 cde dang té bao tuyén yén khae nhau va cic hormone nay c6 anh hung nguge Ini tdi diéu hoa thim théu, Mot digu chua 13 la ligu sy kha biét diéu hoa thim thdu digu tiét sinh trudng hay st tte ché phién ma gen hormone sinh truting. Nhang locus microsatellite tién héa nhanh, e6 mat khdp trén genome té bio nhan that. Trinh ty lgp lai dinucleotide & ving DNA khéng ma héa 1a mét cdng cu lam thay 4éi ham lugng san phdm gen gitla cac cé thé Khong thay @éi trinh ty amino acid cia protein hole peptide. Moi lin quan gida microsatellite véi cae yéu 16 phién ma va gen iéu hda méi truéng cho thay vai trd cia cée microsatellite 6 mite d6 diéu hia tinh vi cia biéu hign gen. Mac di cd ché diéu hda tinh chju man & cf x6 phi chuta r0, nhutng méi lign quan gia 49 dai microsatellite va tinh chiu min da tao ra kha nang phit trién mot cong cu ré tién va don gid dé chen gidng cé r6 phi phat trién ti thich 8 ose d9 man khée nhau. XAC DINH GJOI TINH Shirak va déng téc gid (2002) di nghién ‘cau méi lién két gitta ba locus microsatellite UNH169, UNH231 va UNH216 véi céc allele doc hai va ty Ié gidi tinh khéng ro rang 8 222 ‘cf thé con lai cling mau cia of r6 phi O. aureus. ‘Trude day, ba chi thj nay da duge lap ban dé 5vvao cée nhom lién két khée nhau va cho thaly 66 méi lién keét v6i cde allele c6 hai trong dang nay. Mot mé hinh o6 kha ning xay ra tdi da sidi han duge si dung dé phan tich nhizng anh ‘huténg chinh va m6i tuong tae cita chiing véi ty 1e gidi tink va su sting sét. M6 hinh nay dya tren. sé Iugng tit vong chon loc cia cée gidng, cée anh huéng bd qua eila cae gen xée dinh gidi tinh o6 thé. Két qua cho thay, cfc gen eé hai lien ket v6i UNH216 va UNH231 gay tj le chet 6 céc con ei cao hon & céc con dye (P lin hrgt < 0,0005 va 0,05). UNH159 khéng lién quan true tigp véi ty 1é gidi tinh khéng ro rang, nhung thay déi manh ty 16 gidi tinh Khi két hop véi UNH216 va UNH231 ‘Tang locus ¢6 mot anh hudng ding ké téi su séing s6t (P< 0,05) trong phan tich e6 kha nang xay ra téi da. Céc anh hudng locus dan 6 hai hoat dong manh tung phan véi eae con fi, trong khi d6 hau hét cae méi tuong quan lin ét gen gay ra ty 16 chét cao hon d cae con dye, Mau thuan nay cho két qua ty Ié gidi tin gain 1:1 4 giai doan trading thanh. Co ché di truyén va tm quan trong cia su cin bing nhut thé giita céc gidi tinh vin con Ia diéu bi an, Mét phan tich chi tiét cia ty Ié chét dic higu gidi tinh 6 thé duge 4p dung bing eéch sing loc hang loat giao phdi thich hgp va lap. ban dé chi tiét vdi cde chi thi bé sung. Cac 86 ligu ciia Shirak va déng téc gid (2002) dia ra gid thuyét ring UNH216 va UNH231 lién két vdi cdc gen ty \€ gidi tinh khéng rd rang va UNH159 6 thé lien két v4i mot yéu t6 anh hhuing dén nbting gen nay. Gigi tinh 8 ¢4 r6 phi song Nile O. niloticus 1a he théng XX-XY (di giao tit duc) do mot gen chinh quy dinb. Lee va déng tac gia (2003) da phan tich phan ly s6 lugng Idn va tim ra cfc chi thi DNA lién két vdi locus chinh nay. Muti microsatellite thude nhom lién két 8 dude tim thay o6 lién Két véi kiéu hinh gi¢i tinh. Cée allele nhim sie thé Y gid dinh tién doén ‘king gidi tinh 3 95% c4 thé con due va cai trong hai gia dink. Két qua nay din t6i gia thuyét mét locus xe dinh gidi tinh chink nam trong vai centimorgan cia cc chi thi UNH995 va UNH104. Gia dinh thit ba cing quén dan khdng c6 mi lién két cia vang nay vdi kigu hinh tinh trang. Diéu nay cho thay 6 Quyén Dinh Thi & Pham Anh Tuan con 06 cae yeu td di truyén vahhoge mai truing Ithée xéc dinh gidi tinh & mat s6 gia dinh. Co thé ting dung nhiing chi thi nay dé nghién edtu euting €9 cde allele niém sic thé Y khéc, va nhan dang s6 ban sao ciia dan béi Y. Gidi tinh 8 c4 16 phi xanh O, aureus 1a he théng WZ-ZZ (di giao tit cdi) do mét gen chfnh uy dinh. (Lee et al,, 2004) da phan tich phan ly 6 lutgng lén va tim ra cde chi thi DNA lién. két vi gen chinh nay. Muti mot microsatellite § nhém lién két 3 duge nhan dang ¢6 lien két véi kiéu himh gidi tinh. Don di nhiém sdc thé W gid dinh tién doén chinh xc gidi tinh 4 97% cA thé due vi 85% ca thé cai. Két qua nay gid thuyét ring locus W nim trong khoang vai centimorgan ca cae chi thi GM354, UNH168, GM271 va UNH131. Cac chi thi 6 LG1 cing lién két manh véi gidi tinh, va su phan ly cia allele xéc dinh gidi tinh duc trong ving nay. Phan tich méi tvdng quan lain fit gen trong 86 cdc locus dua ra gid thuyét hoat déng cua yéu té tte ché gidi tinh duc trdi (don béi thé W 6 LG3) va mét thé xac dinh gidi tinh duc trdi (don boi thé Y 6 LG1). C6 thé ting dung cée chi thi nay dé nghién ctu cuting 6 cia céc allele nhiém sc thé gidi tinh khac, va nhan dang s6 ban sao don bi thé W. Ezaz va ding tae gil (2004) da phiin tich da hinh dé dai phan dogn khuéch dai (AFLP) 6 c& 16 phi song Nile O. niloticus XX va YY tao ra tit di truyén giao tit cai va nhém déi chiing ludng béi thé dé tim cae chi thi lién két hoge dic higu gidi tinh, Phan tich phan ly so lugng lén quy mé gia dinh (hén hgp gia dinh 4i truyén giao tit cai XX va Y¥) va sing loc ca thé (di trayén gino tt cai XX va YY va cd thé d6i_ ching XX va XY) nhan dang 3 chi thi AFLP ign két-Y (Oni¥425, OniY382, OniY227) va mét lién két -X (OniX420). Trong, 45, OniX420 va Oni¥425 la allele cia nhau. Phuong phép PCR locus don duge phat trién cho nhiing chi thj nay. O nhiing gia dink géc nay, c6 méi lién két chat ché gitta céc chi thi AFLP va locus gidi tinh. Tuy nhién, khong the sit dung nhiing chi thi nay dé nhan dang gidi tinh é nhiing ¢é thé khong ho hang khac. Lee va déng tac gid (2005) da x4y dung mot ban dé lién két thé hé con lai F, gitta ca ré phi O. niloticus va O. aureus. Quin dan F,Top ché Cong nghé Sink hoc 4(1): 1-11, 2006 gém 62 con duc va 94 con cai. Ban dé c6 525 microsatellite va 21 chi thj dua trén gen. Né trii dai 1311 cM 4 24 nhom lién két, trung inh 2,4 cM/chi thi. Phan tich chi thj don st dung phép thi: Kruskal-Wallis phat hign méi lien két quan trong gitta gidi tinh va 6 chi thi 6 cudi nhom lien két LG3: GM354, GM204, UNH168, GM271, GM139, UNHI3I. Bin dé nay tgo ra kha nang lap ban dé va chon gigng theo cée tinh trang sé wong quan trong d6i voi nudi kinh té cé ré phi lam the phém va g6p phén nghién extu cée loai c& cichlid hg hang gén di cur thich nghi 6 ede hé Dong chau Phi, ‘Bang 1. Cc chi thi microsatellite va AFLP lign két vi mdt 86 tinh trang c& 16 phi chi thi (GM354, GM271, GM354, GM204, GM271, GM139, UNH104, UNH130, UNH131, UNH159, UNH168, UNH216, UNH879, UNH231, UNH848, UNHB58, LUNH9985, Onix420, Oni¥227, Oni¥382, Oni¥425 GM180, GM553, MHC-/, UNH848, UNHE68, UNH898, UNH925 i (GM47, GM552, UNH208, UNH881, UNH952, UNH886 (M47, GM180, UNH123, , UNH172, UNH180, UNH216, UNH183, UNH197, UNH222, UNH@48, UNH868, UNH898, UNH907, UNH915, UNH925, UNH934, UNH1003 mo, GM024, GM128, GM150, GM3é5, GMS26, (GMS87, UNH106, UNH971, Tip kidu gen ma héa prolactin ‘Trude day, d§ dai ban dé toan phin duige de tinh vaio khoang 1200 cM, dua trén té hop. xy ra a cc con cai Kocher va déng tac gid (1998). Ban 46 hign nay dya trén su tai té hop 4 ca hai gidng, chi dai han mét cht @choang 1300 eM). Tuy 49 dai toan phan tuong ty mhau nhtng su phan bé tai t6 hop doc theo cée nhiém sc thé o6 thé rat khée nhau gitta con dye va con cai. Trong khi phan mém JoinMap khong thich hgp dé lap bin dé dac higu gidi tinh, thi phan mém Crimap dua ra gia thuyét c4 10 phi c6 mot kiéu dic higu gidi tinh. Mae dit mtic d6 toan phén eiia suf t6 hop gin nhu déng nbat, cde lién két noi vang thudng én hon 6 4 cai, trong khi dé lign két cudi ving Ién hon & c4 dyc (Lee et al., 2004). Lee va déng tée gid (2005) da lap bin dé centromere cia méi nhiém sac thé dé xc dinh_ név kiéu miu nay ¢6 lign quan véi vi tri ciia centromere, nhut céc loai c4 Khée. Lin két Tailigu tham kno. th (Shirak of af, 2002; Cnaani ot al, 2003; 2004; Ezaz et al, 2004; Lee ‘et al, 2003; 2004; 2005) chi lanh ‘Trong lugng, chiéu dai Romana-Eguia of at, 2005) Mau a6 (Lee ot ai, 2005) Tée 46 sinh {(Streeiman, Kocher, 2002; 2004) trudng ‘Trong khi xée djnh gidi tinh d cf r6 phir Fang c6 0 sd di truyén, kiéu mu di truyén la phiic tap, va cde yéu t6 moi trudng cing dong m@t vai tr. Lee va déng tée gid (2003) da han dang ede chi thi lién két vdi locus (XY) xée dinh gidi tinh dye troi 8 LG1 & O. niloticus. Lee va déng tac gia (2004) tim thay cdc chi thj lién két véi hai locus xc dinh gidi tinh phan ly trong gia dinh don O. aureus. Mot hé théng xc dinh con efi trdi (dj giao ti e&i, WZ) 8 LGB In at gen so véi hé thong xac dinh con duc tx6i Gi giao ti duc, XY) 6 LG1. Nghién cttw nay kiém tra giao hop gidia loai gia con duc . niloticus (XY, 222) va mét con céi 0. aureus (XX?, WZ). Con dye FI la (KY, ZZ) hoe (XX, 2Z) vi con ei Fl 1a (KK, 22) hose (2, W2). Gia dinh F, 66 mot 96 chi thj lién két idl tinh chat ché & LGB, pha hop voi yéu to ge lap xée dinh con cdi troi (W) c6 nguén gée bé me O. aureus. Cac chi thi 6 LG1 va LG3 1cing 06 méi lién quan vdi gidi timh 4 thé hé con lai F, gita O. aureus va O. niloticus (Cnaani et al,, 2004) TINH TRANG CHJU LANH VA KICH THUGC CA Chaani va déng tée gid (2003) da tim ra méi lin két di truyén gida cfc chi thi microsatellite va céc locus tinh trang sé lugng QTL (trong lung va dé dai chudn) va tinh trang chiu lanh 6 hai gia dinh con lai F2 Khéng ho hang gida loai c4 10 phi 0. ‘mossambicus va O. aureus. Thi nghiém thit hit sing loc mot gia dinh 60 c4 thé cho 20 microsatellite. Th nghigm thi hai sing Toc mét gia dinh 114 4 thé cho 6 microsatellite trong mét nhém lién két, nhim thit lai QTL. duige tim thay trong thi nghiém thit nhat. Thi nghiém hai bude nay nham logi bd céc mét lin két dudng tinh gia. G cd hai gia dinh, cae méi lién két quan trong duge tim thay cho hai locus ndi trong cing mét nbém lin két. Hai QTL, gin UNH879 cho tinh trang chiu lah, va gin UNH30 cho kich thudc than, duge 6c tinh céch nhau Khodng 22 eM, ma khong 06 sv tung tae gita hai tinh trang (Cnaani et al, 2003). M@t trong nhiing locus, UNH879, con lian két vdi xAc dinh gidi tink. Su khong ro rang tit ty 1g kid gen theo Mendel mong doi duge quan sit thily cho 3 chi thi: UNHI30, UNHI80 va UNH907, dua ra gid thuyét Tien Két véi_ mot sy song sét anh hudng QTL. Cac két qua nay nhan dang mét vang nhiém sie thé dca 76 phi mang mét s0 tinh trang sung site anh huéng QTL. © thi nghiém thi nhét, tim thay hai chi thi khong lien két UNHII8 va UNHI80 06 ‘méi lign két thong ké ding ké (P < 0,05) véi 4G chiu lanh. Ba ehi thi UNH180, UNH183 va UNHL97 cé lién két véi trong hugng co thé (P < 0,05). UNHI83 la m@t microsatellite khong Igp ban 8, con hai chi thj kia 6 cing nhém lign két AR1O trén bin dé cia Agresti va déng ‘4c gid (2000), tuong tut véi LG23 8 cde ban dé a cong b6 (Kocher et al., 1998; Lee et al., 2002). 8 Quyén Dinh Thi & Pham Anb Tuan Sau chi thj 3 thi nghiém thet hai trai dai 69 Kosambi cM cia nhom lign két 23. Ban dé khodng céch héi quy khu tré QTL 46 dai chudin 14 cM doc theo nh6m lién két (P< 0,01), trong Iutong cd thé 16 cM doc theo nhém lién két (P < 0,05), va chiu lanh 38 cM doe theo nhém lign két (P < 0,08). Chi thj c6 méi lién két cao nhat véi trong Jugng 9 thé va chiéu dai chudn la UNH130, voi dé tin cay lin lugt la P = 0,002 va P 0,014. Trong lung va chiéu dai trung binh cia ci déng hap tit allele bé me c6 6 Téch chudn 0,4 trén trong binh quan dan, trong Khi ede con edi di hgp tit e6 dé Iéch chun 0,2 thap hon, cho c hai tinh trang. Ban 46 khong each héi quy biéu thj céc higu ting bé sung 9,2 mm va 2,8 g va céc higu ting trgi - 26,1 mm va -12,5 g, cho thay mot higu ding ‘trGi qué gidim d6i véi ed hai tinh trang. Khéng 6 chi thi nao lién két véi ty le trong lugng co thé va chiéu dai chun. Nhu mong dgi, mot méi Tién két cao giita trong Iwong co thé vA chigu dai chudin duge quan sat thay (R = 0,91, P < 0,001). Khi phan tich cdc bién sf kinh dién chi c6 mét bién a6 lién két vdi chi thi UNH30, cho thiy ciing locus anh huang téi ca trong lugng co thé lan chiéu dai chudn. Khéng ¢6 méi lién két gitta nhiing tinh trang nay véi tinh trang chiu lanh. UNH879 6 méi lién két cao nhat véi tinh trang chit lanh, véi mét xie suit 0,021. Ca ding hop tit allele bé me 6 49 léch chuan ‘trung binh 0,2 man cdm han va ca dj hop tit ¢6 dé léch chudn trung binh 0,3 chéng chju hon trung binh quin dan. Ban dé khoang cach héi quy biéu thi mot higu tng bé sung. 0,18 CDD va mot higu iing trOi 0,82 CDD, cho thay mot higu ting troi qua tang lén cho cé hai tinh trang. Higu tg tinh qué trdi trong ch hai tinh trang, kich thuée cf va tinh chiu lank, hop tit cho méi chi thi c6 thé chiu Janh han va nhé hon e4 déng hgp tit. Chi thi UNH879 lién két vai gidi tinh véi su khic bigt vé ty le gidi tinh gitia ca mang kiéu gen déng hop tit bo me (29 con dye vA 19 con cai) va kigu gen lai di hgp ti (38 con duc va 14 con c&i). Mac di ca hai tinh trang chiu lanh va i6i tinh déu lién két vi UNH879, khong co mot méi quan hé ding ké nao gida hai tinhTap chi Cong nghé Sink hoe 4(1): 1-11, 2006 trang. Tan s6 kiéu gen cia ba chi thi UNH907, UNH190 va UNHI80 cho thay su khéng 13 rang dang ké tit cdc t 16 phan ly Mendel mong dgi. TINH TRANG DAP UNG MIEN DICH VA pAP UNG STRESS Cnaani va déng téc gid (2004) 4a tim ra mdi lién két di trayén gitia céc chi thi DNA va locus tinh trang sé Itong QTL cho tinh mién dich bam sinh, dap ting stress, céc chi s6 h6a sinh mau va kich thuiéc e4 mot quin dan con lai F, gitta cée loai c@ r0 phi O. mossambicus x 0. aureus. Mot gia dinh gém 114 ca thé duge sting loc cho 40 chi thi microsatellite DNA da hinh va hai gen da hinh, trai rng trén 80% genome ca r6 phi. Nhiing ca thé nay da duge xc dinh kiéu hinh trade dy cho mét sé tinh trang dap ttng mign dich va 6 chi tiéu mau. Céc gid tri t6i han cho § nghia la P < 0,05 véi 13 1é phat hign sai FDR dude kiém soat 6 40% Phan tich quét genome cho két qua 35 méi lign két tinh trang - chi thi quan trong, bao g6m 26 chi thj 16 nhém lién két. G thi nghi¢m thit hai, 9 chi thi duge tai iy mdu 6 gia dinh thi hai cia 79 4 thé cia cing ding tsi. Bay chi thi GM180, GM553, MHC.1, UNH848, UNH868, UNH898_ va UNHS925 8 5 nh6m lien két LGA, 8, 4, 22 va 23 lién két vdi tinh trang dap ting stress (Cnaani et al, 2004). Sau chi thi tiép theo GM47, M352, _UNH208, UNH881, _UNH952, UNH998 6 5 nhém lién két LG4, 16. 19, 20 va 28 duge xée minh lién két véi tinh trang dap ‘ing mién dich. Bién s6 cho mdi QTL trung binh 1a 11% va t6i da 1a 29%. anh hung bo sung QTE e6 d6 léch chudin trung binh 0,2 va t6i da 0,33 déi véi tinh trang dap ting stress va kich thude cf. Céc QTL vé dap itng stress, trong lugng ea thé va xée dinh gth nim 3 ba hom chi thi lién két LG1, 3 va 23. ‘TINH TRANG MAU SAC Phan tich chi thi don gen khém phé ra 8 chi thi: GM024, UNH971, GM150, dmo, Trp1, GM128, UNH106, GM587, GM526, GM385 4 nh6m lién két LG3 lien két chat ché véi kidu hinh mau dd. Locus mau dé nam gan trp! 6 sida nhom lién két LG3. Ca ré phi mau && (digu héng) duge chon loc tit mét s6 dot bién doe lap & cae gidng thé nghiém va thyong mai (Huang et al., 1988). Allele nghién ettu & xudt hign nhu mét thé d6t bién mai d ging University of Stirling (McAndrew et al., 1988). Né anh hung tdi sit phat triém cia t& bao sic 1 sém @ giai doan phat trién (Hilsdorf et al, 2002). Két qua cia Lee va déng téc gid (2005) cho thiy d6t bién cd lap mot gen tr6i don gan trp1. Neuai ta dang 06 ing nhan dong gen nay. Hign nay chua c6 mot nghién ctu chinh thie nao 4 Vigt Nam vé méi lién quan gitfa ccée chi thi phan tit di truyén va céc tinh trang 4 cA 76 phi, Tuy nhién, chting ta khéng phai tén cong stte vi kinh phf lam lai tir ddu, ma ‘chi chon nhting chi thj nao trén thé pidi new’ ta da cé bing ching vé méi lien két gitta chi thi phan tit va tinh trang. Dya theo céc tai ligu thu thap dugc, chiing ta hoan toan 6 thé phan tich trinh ty ving promoter cia gen ma ‘héa prolactin 1 cia m@t 86 cp cf bé me. Tit 46 s@ bidt chinh xéc kiéu gen cita timg ca the 'b6 me va cée dan con cia ching. Cé thé sti dung cée dan con véi cdc kiéu gen biét trude dé lam gidng thich nghi cho tig ving nude nudi. Ngoai ra ¢6 thé khdo sit céc chi thi microsatellite va AFLP trong méi tuang quan v6i cae tinh trang chiu lanh, chu stress, dap ting min dich, kich thuée c4 dé phue vu cong téc chon ging cd r6 phi én nhank, chiu lank va chéng chiu benh té, KET LUAN DA 06 it nhat mot ban quyén vé mdi bién ‘két gitta we d9 sinh trudng va chi thi phan tit 4 cé v6 phi. Phat minh bao gém cic phttong phép xée dinh hoae Iya chon 4 man cha moi truting nudi 4 thich hgp, xéc dinh kiéu gen prolactin (prl 1) cia ft nhift mot con due va ft nhat mét con cai lam gidng; gay gidne ft nhét mt con due va con cai e6 dutgc kiéu gen mong muén cho thé hé con o6 cdc kiéu gen tién doan uige; va nudi thé hé con trong mt moi trung €6 49 man Iya chon.Ngoai thinh cng trén, nhiéu cong trinh Khée efing 48 khdo sét va tim thay méi lién két gitia céc locus microsatellite va cée tinh trang gidi tinh, chju lanh, dap ting mién dich, ap ting stress, va mau sic. ‘TAI LIEU THAM KHAO Agresti IJ, Seki S, Cnaani A, Poompuang S, Mallerman EM, Umiel N, Hulata G, Gall GAE, May B (2000) Breeding new strains of | Tilapia development of an artificial center of origin and Jinkage map based on AFLP and microsatellite loci. Aquaculture 185: 43-56. Cnaani A, Hallerman EM, Ron M, Weller JI, Indelman M, Kashi Y, Gall GAE, Hulata G (2003) Detection of a chromosomal fegion with two quantitative trait loci, affecting cold tolerance and fish size, in an F2 Tilapia hybrid. Aquaculture 223: 117-128, Chaani A, Zilberman N, Tinman S, Hulata G, Ron M (2004) Genome-scan analysis for quantitative trait loci in an F2 Tilapia hybrid. Mol Gen Genomics 272: 162.172, Ezaz MT, Harvey SC, Boonphakdee C, Teale AJ, McAndrew BJ, Penman DJ (2004) Isolation and. physical mapping of sex-linked AFLP markers in Nile Tilapia (Oreochromis niloticus 1). Mar Biotechnol 6: 435-445, Hilsdorf AWS, Penman DJ, Farias EC, McAndrew B. (2002) Melanophore appearance in wild and red Tilapia embryos. Pigm Cell Res 15: 57-61, Huang CM, Chang SL, Cheng HJ, Liao 1C (1988) Single-gene’ inheritance of red body coloration in ‘Taiwanese red Tilapia. Aquaculture 74: 227-232. Kocher TD, Lee WJ, Sobolewska H, Penman D, ‘McAndrew B (1998) A genetic linkage map of a ‘cichlid fish, the Tilapia (Oreochromis niloticus. Genetics 148: 1225-1232. Lee BY, Penman DJ, Kocher TD (2003) Identification of a sex-determining region in Nile Tilapia (Orecchromis niloticus) using bulked ‘segregant analysis. Anim Genet 34: 1-5. Lee BY, Hulata G, Kocher TD (2004) Two unlinked loci controlling the sex of blue Tuapia (Oreochromis aureus). Heredity 92: 543-549. 10 Quyén Dinh Thi & Pham Anh Tusin Lee BY, Lee WJ, Carleton KL, Streeiman JT, Kocher TD (2002) Genetic linkage map of Tilapia (Oreochromis. sp). Abstracts of the Plant and Animal Genome X Conference, W626. Scherago Intl. San Diego, CA, USA: 234. Lee BY, Lee WJ, Streciman JT, Carleton KL, Howe AE, Hulata G, Siettan A, Stern JE, Terai Y, Kocher ‘TD.(2005) A second-generation genetic linkage map of Tilapia (Oreochromis spp.). Genetics 170: 237- 244, McAndrew BI, Roubal FR, Roberts RJ, Bullock AM, McEwen IM (1988) The genetics and histology of red, blond, and associated colour variants in Oreochromis niloticus. Genetica 76: 127-131. Naylor LH, Clarke EM (1990) d(TG),-d(C&),, sequences upstrearn of the rat prolactin gene feem Z- DNA and inhibit gene transcription. Nucleic Acids Res 18: 1595-1601 "Nordheim A, Rich A (1983) The sequence (4C-4A),- (GG-d7), forms left-handed Z-DNA in negatively supercoiled plasmids. Proc Nat! Acad Sci USA 80: 1821-1825. Quyén Dinh Thi, Pham Anh Tuan (2004) Ung dung ‘eéc kg thudt sinh hoc phan tir trong chon giding c r6 phi (Oreochromis sp.): hign trang va trién vong. Tap chi Cong nghé Sink hoc 2(3): 265-278. Romana-Eguia MRR, Ikeda M, Basiao ZU, ‘Taniguchi N (2005) Genetic changes during mass selection for growth in Nile Tilapia, Oreochromis ailoticus (L.), assessed by microsatellites. ‘Aquaculture Res 36(1): 69-78. ‘Shirak A, Palti Y, Cnaani A, Korol A, Hulata G, Ron M, Avalion RR (2002) Association between loci with deleterious alleles and distorted sex ratios in an inbred line of Tilapia(Oreochromis aureus). 276 The J Hered 2002: 93(4): 270-276. ‘Saeelman JT, Kocher TD (2002) Microsatellite variation associated with prolactin expression and growth of salt challenged Tilapia. Physio! Genomics 9: 1-4. Steelman IT, Kocher TD (2004) Method for identifying fast - growing fish. United States Patent 6,720,150. ‘Swennen D, Poncelet AC, Sekkali B, Rentier-Delrue , Martial JA, Belayew A (1992) Structure of the Tilapia (Oreochromis mossambicus) prolactin I gene. DNA Cell Biol 11:673-684.Tap chi Céng nghé Sinh hoc 4(1): 1-11, 2006 DETECTION OF QUANTITATIVE TRAIT LOCI (QTL) ASSOCIATED WITH ECONOMIC IMPORTANT TRAITS IN TILAPIA: CURRENT STATUS AND PERSPECTIVE Quyen Dinh Thi'*, Pham Anh Tuan* "Institute of Biotechnology *Research Institute of Aquaculture 1 SUMMARY Tilapia are among the world's most important aquacultural fishes. In the present review, we discussed in details about using microsatellite and AFLP to determine locus traits including sex, cold tolerance, stress and immune responses, and body size and weight. Particularly, we introduced the most novel research results about associations between growth in different salty environments and genotypes of prolactin gene. First time, a breeding selection marker as well as process of this marker determination were licenced indicating the importance of researchs on ‘associations between genetic markers and traits. This is an unexpensive, simple and confident tool to select suitable tilapia populations growing faster in different salinities according to their prolactin genotype. Using this method, one can select tilapia populations for maximum growth to the different salinities from freshwater, brackish to complete seawater, dependent to local ‘reas. The growth rate can increase twofold if these individuals are farmed in the suitable salinity with the selected genotype in comparison to other noncompatible salinities. To meet the demand of farming tilapia populations for fast growing to different salinities along Vietnam coasts, we have to buy the licence or to develop by ourselves this prolactin marker, of course based on published informations, * Author for correspondence: Tel: 04, 7568260; Fax : 04. 8363144; E-mail: guyen@ibi.ac.un wy