Professional Documents
Culture Documents
Exercitiul 1.
Pentru un set de secvente sa se determine alinierile tuturor perechilor si sa se identifice perechea
pentru care alinierea este maxima.
Indicatie. Un exemplu de functie care realizeaza alinierea tuturor perechilor de secvente dintr-un
set este:
function
[matriceScor,matriceAlinieri,perecheMax,scorMax]=alinierePerechi(secven
te)
n=size(secvente,2);
iMax=0; jMax=0; scorMax=-1000;
for i=1:n
for j=i+1:n
[scor,aliniere]=nwalign(secvente{i},secvente{j},'Alphabet','nt');
matriceScor{i,j}=scor;
matriceAlinieri{i,j}=aliniere;
if (scor>scorMax) && (i~=j)
iMax=i;
jMax=j;
scorMax=scor;
end
end
end
perecheMax={iMax,jMax};
end