Ukuran Populasi Efektif

Parameter dasar dari populasi biologis adalah jumlah populasi sensus, N,

diartikan sebagai jumlah keseluruhan individu dari sebuah populasi. Namun jika
dilihat dari perspektif populasi genetis dan evolusi, jumlah tersebut hanya
meliputi individu-individu yang berperan aktif dalam reproduksi. Dikarenakan
tidak semua individu berperan dalam reproduksi, maka jumlah populasi dalam
proses evolusi berbeda dibandingkan jumlah sensus. Bagian ini disebut dengan
ukuran populasi efektif, ditandai dengan Ne. Wright (1931) mengenalkan konsep
ukuran populasi efektif yang kemudian dengan kukuh menyatakan bahwa ukuran
tersebut adalah ukuran ideal dari populasi yang memiliki dampak pada populasi
nyata persis dengan teknik random sampling dalam frekuensi allele.
Coba pertimbangkan, misalnya sebuah populasi dengan jumlah sensus N,
dan anggap saja frekuensi allele A1 pada generasi t adalah p. Jika jumlah individu
yang berperan dalam reproduksi adalah N, maka selisih frekuensi allele A1 pada
generasi yang akan datang, pt+1, dapat diperoleh dari rumus 2.13 dengan cara
mengatur t = 1.
Rumus 2.14
Singkatnya, dikarenakan tidak semua individu berperan dalam proses reproduksi,
maka selisih yang didapatkan lebih besar dari yang didapatkan dari rumus 2.14.
Ukuran populasi efektif adalah nilai yang digantikan untuk N dengan tujuan
memenuhi rumus 2.14, antara lain,
Rumus 2.15
Secara umum, nilai Ne lebih kecil, terkadang jauh lebih kecil bila
dibandingkan nilai N. Sebagai contoh, ukuran populasi efektif dari nyamuk
Anopheles gambiae diperkirakan kurang lebih 2.000 sekitar enam kali lipat lebih
kecil dibandingkan jumlah populasi sensus.(Lehmann et al. 1998)
Perbedaan ini dapat disebabkan oleh beberapa faktor. Sebagai contoh,
sebuah populasi dengan keturunan yang tumpang tindih (khususnya bila selisih
dari jumlah keturunan antar individu dalam angka besar), pada waktu tertentu
sebagian dari populasi akan diisi oleh individu-individu baik yang berada di masa
pre-reproduksi ataupun pasca-reproduksi. Karena stratifikasi usia inilah, ukuran

populasi efektif jauh lebih kecil dari ukuran sensus. Seperti menurut Nei dan
Imaizumi (1966), dalam manusia, Ne hanya sedikit lebih besar dari N/3.
Penurunan dalam perbandingan ukuran populasi efektif terhadap sensus
dapat juga terjadi pada fenomena perbedaan jumlah pria dan wanita yang terlibat
dalam reproduksi. Hal ini khususnya terjadi dalam spesies poligami seperti
mamalia sosial, burung territorial, atau dalam spesies yang memiliki kasta nonreproduktif (seperti lebah sosial, semut, rayap dan tikus mol telanjang). Jika
dalam populasi terdiri dari Nm pria dan Nf wanita (N=Nm + Nf) Ne disepakati
sebagai berikut:
(Rumus 2.16)
Perhatikan bahwa Ne akan selalu lebih kecil dari N, kecuali apabila wanita yang
terlibat dalam reproduksi mempunyai jumlah yang sama dengan pria. Semisal
dalam contoh yang ekstrem, anggap saja terdapat sebuah populasi N yang mana
jumlah dari wanita dan pria nya adalah sama, semua wanita dan hanya satu pria
yang terlibat dalam proses reproduksi. Dari rumus 2.16 kita mendapatkan Ne = 2N
/ (1 + N/2). Jika N jauh lebih besar dari 1, seperti N/2 + 1 = N/2, maka Ne menjadi
4, tanpa menghiraukan ukuran sensus populasi.
Ukuran populasi efektif juga dapat disederhanakan lagi karena variasi
jangka panjang dalam ukuran populasi, yang bergiliran disebabkan oleh faktorfaktor alami seperti bencana, siklus reproduksi, kepunahan lokal dan rekolonisasi.
Ukuran populasi efektif jangka panjang dalam suatu spesies untuk sebuah periode
dari generasi n dapat dirumuskan sebagai:
(Rumus 2.17)
Dimana Ni adalah jumlah populasi dari populasi ke-i. Dengan kata lain, Ne
equivalen dengan nilai dari Ni, sebagai akibatnya, nilai tersebut lebih mendekati
nilai terkecil dari Ni dibandingkan dengan nilai terbesar. Sama halnya jika sebuah
populasi mengalami penyempitan atau kemacetan, ukuran populais efektif jangka
panjangnya akan sangat berkurang walaupun setelah populasi tersebut berhasil
melalui penyempitan. Banyak yang mengira ukuran populasi efektif jangka
panjang (yaitu 2 juta tahun) dari manusia sudah diumumkan. Sebagian besar dari
mereka berfokus pada nilai Ne yaitu sekitar 10.000 (Li dan Saddler 1991; Takahata

1993; Hammer 1995; Takahata et al. 1995; Harding et al. 1997; Sherry et al. 1997;
Clark et al. 1998).
Substitusi Gen
Substitusi gen diartikan sebagai proses dimana mutan allele secara total
menggantikan allele utama atau allele tipe liar dalam sebuah populasi. Dalam
proses ini, sebuah mutan allele muncul dalam populasi sebagai tiruan tunggal dan
menjadi satu-satunya setelah melawati beberapa generasi. Bagaimanapun juga,
tidak semua mutan mencapai tahap fiksasi. Bahkan mayoritas dari mereka
menghilang setelah beberapa generasi. Maka dari itu kita perlu mengangkat isu
probabilitas

fiksasi

dan

membahas

faktor-faktor

yang

mempengaruhi

kemungkinan dari mutan baru allele untuk mencapai fiksasi dalam sebuah
populasi.
Waktu untuk sebuah mutan baru allele mencapai fiksasi disebut dengan
waktu fiksasi. Berikutnya kita akan mengidentifikasi faktor-faktor yang
mempengaruhi waktu dari sebuah mutan baru allele menggantikan allele yang
lama dalam sebuah populasi.
Mutan baru terus menerus muncul dalam populasi. Oleh karena itu,
substitusi gen berhasil terjadi, dengan sebuah allele menggantikan yang lain dan
membiarkan dirinya seiring waktu digantikan oleh allele yang baru. Demikian kita
dapat membahas laju subtitusi gen, yaitu jumlah fiksasi allele baru per unit
waktu.
Probabilitas Fiksasi
Kemungkinan atau probabilitas dari sebuah allele tertentu untuk menjadi satusatunya dalam sebuah populasi tergantung pada (1) frekuensi, (2) keuntungan dan
kerugian selektif, s, dan (3) ukuran populasi efektif, Ne. Selanjutnya kita harus
mempertimbangkan kasus pemilihan gen dan menganggap jika kecocokan relatif
dari tiga genotipe A1A1, A1A2, A2A2 adalah berturut-turut 1,1 + s, dan 1 + 2s.
Kimura (1962) menunjukkan bahwa probabilitas fiksasi dari A2 adalah
(Rumus 2.18)

dimana q adalah frekuensi awal dari allele A2. Karena e-r 1 x untuk nilai kecil
dari x, Rumus 2.18 berubah menjadi sederhana; P q seiring dengan s mencapai
0. Maka dari itu, untuk allele netral, memiliki probabilitas fiksasi yang dengan
frekuensinya dalam populasi. Sebagai contoh, sebuah allele netral dengan
frekuensi 40 % akan menjadi satu-satunya (fixed) di 40% dari kasus, dan akan
hilang dalam 60% dari kasus. Secara tidak sengaja, hal ini sangat dapat dimengerti
karena dalam kasus allele netral, fiksasi terjadi karena dorongan genetis acak,
yang tidak menyerupai allele manapun.
Kita ingat bahwa sebuah mutan baru yang muncul sebagai satu buah
(tunggal) dalam populasi diploid dengan ukuran N, memiliki frekuensi awal 1 /
(2N). Maka probabilitas fiksasi dari allele mutan individual, P, dapat diperoleh
dengan cara mengganti q dengan 1 / (2N) dalam Rumus 2.18. Ketika s 0,
Rumus 2.19
Untuk mutasi netral, yaitu s = 0, rumus 2.19 menjadi
Rumus 2.20
Jika ukuran populasi bernilai sama dengan ukuran populasi efektif, rumus 2.20
berkurang menjadi
Rumus 2.21
Jika nilai absolute s normal, kita peroleh
Rumus 2.22
Untuk nilai positif dari s dan nilai besar dari N, rumus 2.22 berkurang menjadi
Rumus 2.23
Maka dari itu, jika sebuah mutasi yang bermanfaat muncul dalam sebuah populasi
besar dan manfaat selektif yang kecil terhadap semua allele lain, misalnya
mencapai 5%, probabilitas fiksasinya kurang lebih mencapai dua kali lipat dari
manfaat selektifnya sendiri. Sebagai contoh, jika sebuah mutasi kodominan
dengan s = 0.01 muncul dalam populasi, probabilitas dari fiksasinya adalah 2%.
Sekarang, mari kita bahas contoh angka. Sebuah mutan bar muncul dalam
populasi dengan 1000 individu. Berapakah probabilitasnya jika allele tersebut
menjadi tunggal (fixed) jika (1) allele tersebut netral, (2) allele tersebut memberi
manfaat selektif 0.01, atau (3) allele tersebut memiliki manfaat selektif 0.001?

Untuk lebih mudah, anggap saja bahwa N = Ne. Untuk kasus netral, probabilitas
fiksasi yang dihitung dengan menggunakan rumus 2.20 adalah 0,05%. Dari rumus
2.23 dan 2.21, kita peroleh probabilitas masing-masing 2% untuk manfaat selektif
dan 0.004% untuk mutasi yang rusak. Hasil-hasil ini layak diperhatikan, karena
mereka pada dasarnya berarti bahwa sebuah mutasi yang bermanfaat belum tentu
selalu menjadi tunggal dalam sebuah populasi. Sebaliknya, 98% dari seluruh
mutasi dengan manfaat selektif 0.01 akan hilang. Penemuan teoritis ini sangat
penting, karena menunjukkan bahwa persepsi terhadap evolusi adaptif sebagai
proses dimana mutasi bermanfaat muncul dalam populasi dan selalu mengambil
alih populasi dalam generasi-generasi berikutnya hanyalah konsep naif belaka.
Terlebih lagi, bahkan mutasi yang merusakkan memiliki kemungkinan yang
terbatas untuk menjadi tunggal dalam populasi, sekalipun yang terkecil.
Bagaimanapun juga, fakta belaka tentang allele perusak yang bisa menjadi tunggal
dalam populasi dengan mengorbankan allele yang lebih baik mengilustrasikan
dengan kuat pentingnya kesempatan dalam menentukan takdir mutasi selama
evolusi.
Waktu Fiksasi
Waktu yang diperlukan untuk fiksasi atau kehilangan dari allele tergantung pada
(1) frekuensi dari allele, (2) manfaat dan kerugian selektif, dan (3) ukuran dari
populasi. Sementara fiksasi atau kehilangan menjadi lebih pendek seiring dengan
frekuensi allele mencapai 1 atau 0.
Jika berurusan dengan mutasi baru, lebih nyaman untuk memperlakukan
fiksasi dan kehilangan secara terpisah. Untuk selanjutnya, kita berurusan dengan
rata-rata waktu fiksasi dari mutan-mutan tersebut yang nantinya akan menjadi
tunggal (fixed) dalam populasi. Variabel ini disebut sebagai waktu fiksasi
kondisional. Dalam kasus mutan baru yang memiliki frekuensi awal dalam
populasi diploid adlah dengan pengertian q = 1/(2N), rata-rata waktu fiksasi
kondisional, t, dihitung oleh Kimura dan Ohta (1969). Untuk mutasi netral,
diperkirakan dengan:
Rumus 2.24
Dan untuk mutasi dengan manfaat selektif s, diperkirakan dengan:

Rumus 2.25
Untuk mengilustrasikan perbedaan dari mutasi-mutasi dengan tipe
berbeda, anggap saja bahwa spesies mamalia memiliki ukuran populasi efektif
sekitar 106 dan rata-rata waktu generasi 2 tahun. Dengan kondisi-kondisi tersebut,
akan diperlukan mutasi netral, rata-rata, 8 juta tahun untuk menjadi tunggal (fixed)
dalam populasi. Sedangkan mutasi dengan manfaat selektif 1% akan menjadi
tunggal hanya dalam 5800 juta tahun saja. Yang menarik adalah; waktu fiksasi
kondisional untuk allele perusak dengan kerugian selektif s sama dengan allele
yang memiliki manfaat selektif s (Maruyama dan Kimura 1974). Hal ini secara
tidak sengaja diamklumi karena tingginya probabilitas dari kehilangan allele
perusak. Oleh karena itu, agar allele perusak bisa menjadi tunggal dalam populasi,
fiksasi harus terjadi dengan sangat cepat.
Dalam gambar 2.7, kami sajikan dinamika substitusi gen dalam bentuk
skema untuk mutasi bermanfaat dan netral. Kami faham bahwa mutasi bermanfaat
cepat hilang / musnah dan juga cepat menjadi tunggal dalam populasi. Sebaliknya,
perubahan frekuensi mutasi netral lambat, dan waktu fiksasinya jauh lebih lama
dibandingkan mutan bermanfaat.
Figure2.7
Gambar skema tentang dinamika substitusi gen (a) mutasi bermanfaat dan (b)
mutasi netral. Mutasi bermanfaat sangat cepat musnah dan juga cepat menjadi
tunggal, sehingga peran mereka dalam polimorfisme sangatlah kecil. Sebaliknya,
frekuensi dari allele netral berubah dengan sangat lambat, sehingga jumlah
polimorfisme sementara yang besar dapat dihasilkan. Waktu fiksasi kondisional
adalah t, dan 1/K adalah rata-rata waktu antar dua fiksasi berurutan. Dimodifikasi
dari Nei (1987)

Laju Subtitusi Gen

Saat ini mari kita membahas tentang laju subtitusi gen, diartikan sebagai jumlah
mutan yang mencapai fiksasi per unit waktu. Pertama-tama, kita harus
memikirkan mutasi netral lebih dahulu. Jika mutasi netral terjadi pada laju u per
gen per generasi, maka jumlah mutan yang muncul pada lokus dalam populasi

diploid dengan ukuran N adalah 2Nu per generasi. Karena probabilitas fiksasi dari
masing-masing mutan tersebut adalah 1 / (2N), kita peroleh laju substitusi gen dari
allele netral dengan mengkalikan jumlah mutasi dengan probabilitas fiksasi
mereka:
Rumus 2.26
Maka dari itu, untuk mutasi netral laju substitusi gen sama dengan laju mutasi
sebuah hasil yang sederhana dan penting (Kimura 1968b). Hasil ini dapat
dimengerti secara mudah dengan mencamkan bahwa dalam populasi yang besar,
jumlah mutasi yang muncul tiap generasi tinggi, namun probabilitas fiksasi tiap
mutasi sangat rendah. Sebagai perbandingan, dalam populasi kecil, jumlah mutasi
yang muncul tiap generasi sangat rendah, namun probabilitas fiksasi tiap mutasi
tinggi. Sebagai akibatnya laju substitusi gen dari mutasi netral independen
terhadap ukuran populasi.
Untuk mutasi bermanfaat, laju substitusi gen juga dapat diperoleh dengan
mengkalikan laju mutasi dengan probabilitas fiksasi untuk allele bermanfaat
seperti pada rumus 2.23. untuk seleksi gen dengan s 0, kita peroleh
Rumus 2.27
Dengan kata lain, laju substitusi dari seleksi gen tergantung pada ukuran populasi
(N), seleksi bermanfaat (s) dan juga laju mutasi (u).
Kebalikan dari K (yaitu 1/K) adalah rata-rata waktu dari dua fiksasi.
Gambar 2.7.
Polimorfisme Genetik
Sebuah populasi disebut monomofis pada lokus apabila hanya terdapat satu allele
dalam lokus. Sebuah lokus dikatakan polimorfis apabila terdapat dua allele atau
lebih dalam populasi. Bagaimanpun juga, jika satu allele memiliki frekuensi
tinggi, misalnya 99% atau lebih, maka allele lainnya kemungkinan tidak
terobservasi dalam sampel, kecuali sampel tersebut sangat besar. Maka, agar
praktis, sebuah lokus umumnya dikatakan polimorfis hanya apabila frekuensi dari
allele yang paling umum adalah kurang dari 99%. Definisi ini jelas-jelas muncul
begitu saja, dan di dalam buku, siapapun mungkin menemukan level yang berbeda
dari 99%.

Perbedaan Gen
Salah satu cara yang paling sederhana dalam menghitung tingkat polimorfisme
dalam populasi adalah dengan menghitung proporsi rata-rata dari loki polimorfis
(P) dengan membagi jumlah lokus polimorfis dengan jumlah lokus yang diambil
sebagai sampel. Sebagai contoh, jika 4 dari 20 lokus adalah polimorfis, maka P =
4/20 = 0.20. Bagaimanapun juga, penghitungan ini tergantung pada jumlah
individu yang dipelajari, karena semakin kecil ukuran sample, semakin sulit untuk
mengidentifikasi lokus polimorfis begitu saja.
Metode yang lebih tepat dari variabilitas gen adalah rata-rata perkiraan
heterozigositas, atau diversitas gen. Metode ini (1)

tidak bergantung pada

penggambaran polimorfisme tidak tentu, (2) dapat dihitung secara langsung dari
frekuensi allele yang diketahui, dan (3) hanya sedikit terpengaruh oleh efek dari
penarikan sampel. Diversitas gen atau expected heterozygosity lokus tunggal,
seperti dibawah ini:
Rumus 2.28
Dimana xi adalah frekuensi dari allele i dan m adalah jumlah allele pada lokus.
Untuk lokus tertentu, h adalah kemungkinan bahwa dua allele yang dipilih secara
acak dari populasi berbeda satu sama lain. Rata-rata nilai h dari seluruh lokus
yang diteliti, H, dapat digunakan sebagai perkiraan tingkat dari perubahan gen
(genetic variability) dalam populasi. Yaitu,
Rumus 2.29
Dimana h, adalah diversitas gen pada lokus i, dan n adalah jumlah lokus.
Seperti yang sudah kita lihat sebelumnya, aliran gen random adalah tenaga
anti-polimorfis dalam evolusi. Maka dari itu, diversitas gen diharapkan dapat
berkurang dengan adanya aliran gen random. Wright (1942) dan Kimura (1955)
menunjukkan bahwa dengan tidak-adanya input mutasi, diversitas gen akan
berkurang dengan fraksi 1/2Ne tiap generasi, dimana Ne adalah ukuran populasi
efektif.
Keanekaragaman Nukleotida

Keanekaragaman gen menghitung h dan H digunakan secara ekstensif dalam

elektroforesis dan pembatasan data enzim. Bagaimanapun juga, sebagian besar
dari mereka tidak cocok untuk rangkaian data DNA, karena tingkat dari diversitas
gen

pada

tingkat

DNA di

alam

sangat

luas.

Secara

khusus,

bila

mempertimbangkan rangkaian panjang, setiap rangkaian dalam sampel cenderung

berbeda satu nukleotida atau lebih dari rangkaian lainnya, dan hampir pada semua
kasus, h dan H keduanya akan mendekati 1. Maka,
Figure2.8
Dua grup dari empat rangkaian DNA. Pada (a) tiap rangkaian berbeda dengan
rangkaian manapun pada satu situs nukelotida (yang berwarna abu-abu). Pada (b)
tiap rangkaian berbeda dengan rangkaian manapun pada dua situs nukleotida atau
lebih. Meskipun demikian, karena pada kedua kasus tiap rangkaian yang
ditunjukkan

dalam kelompoknya

hanya

sekali, nilai

dari diversitas

keanekaragaman lokus-tunggal dari keduanya akan sama.

Ukuran keragaman gen tersebut tidak akan membedakan di antara lokus
berbeda atau dalam populasi dan tidak lagi menjadi ukuran informatif dari
polimorfisme. Perhatikan, misalnya, kedua grup dari rangkaian pada gambar 2.8.
Secara intuitif kita mungkin berpikir bahwa rangkaian gambar 2.8b lebih
polimorfis dibandingkan dengan rangakaian pada gambar 2.8a. Bagaimanapun
juga, nilai h dan H dari kedua rangkaian tersebut sama.
Untuk rangkaian data DNA, metode yang lebih tepat dari polimorfis dalam
sebuah populasi adalah rata-rata dari jumlah perbedaan nukleotida per site pada
kedua rangkaian yang dipilih secara acak. Metode penghitungan ini disebut
sebagai keanekaragaman (diversity) nukleotida dan ditandai dengan :
Rumus 2.30
Dimana xi dan xj adalah frekuensi dari rangkaian data DNA ke-i dan ke-j, dan ij
adalah proporsi nukleotida yang berbeda antara tipe ke-i dan ke-j. Nilai dari
rangakaian pada gambar 2.8 adalah 0,031 dan 0,094, yang berarti bahwa ukuran
keanekaragaman nukleotida sesuai dengan persepsi intuitif kita jika grup (a) lebih
cenderung berubah-ubah dibandingkan grup (b). (Perhatikan bahwa untuk kasus
dengan ij = 1, nilai dari akan sama dengan nilai h pada rumus 2.28)

Salah satu penelitian keanekaragaman nukleotida pertama adalah pada

tingkat rangakaian DNA yang mengandung lokus alkohol dehydrogenase (Adh)
pada Drosophila melanogaster. Sebelas rangkaian yang mencakup (Adh)
dirangkai oleh Kreitman (1983). Rangkaian yang disusun tersebut panjangnya
mencapai 2.379 nukleotida. Terlepas dari pengurangan dan penambahan, terdapat
Sembilan allele berbeda, satu diantaranya terwakili dalam sampel dengan tiga
rangkaian (8-F, 9-F, 10-F), sedangkan sisanya hanya terwakili masing-masing satu
rangkaian, gambar 2.9. Oleh karena itu, frekuensi dari x1-x8 = 1/11, sedangkan
frekuensi dari x9 = 3/11.
Empat puluh tiga dari situs nukleotida tersebut adalah polimorfis. Pertamatama, kami menghitung proporsi nukleotida berbeda dari masing-masing pasang
allele. Misalnya, allele 1-S dan 2-S berbeda satu sama lain sebanyak tiga
nukleotida dari keseluruhan 2.379, atau 12 = 0,13%. Nilai ij dari semua pasang
sampel terdaftar dalam tabel 2.1. Dengan menggunakan rumus 2.30, diversitas
nukleotida diperkirakan sebagai = 0.007. Enam dari allele yang diuji adalah
varian elektroforesis yang bermigrasi lambat (S), dan lima sisanya cepat (F). Hasil
dari S dan F dibedakan satu sama lain dengan mengganti satu asam amino yang
memberi mobilitas elektroforetis yang berbeda pada protein. Diversitas nukleotida
dari masing-masing kelas elektroforesis tersebut dihitung secara terpisah. Kami
memperoleh = 0.006 untuk kelas S, dan = 0.003 untuk kelas F, yang berarti
bahwa kelas S dua kali lebih cenderung berubah-ubah dibandingkan dengan kelas
F.
Kekuatan Pendorong Evolusi
Penjelasan tentang evolusi dapat secara luas diklasifikasikan menjadi tiga macam
berdasarkan kepentingan relatif yang diberikan kepada aliran genetis acak versus
bermacam-macam bentuk seleksi dalam menentukan hasil evolusi tertentu.
Hipotesis mutationist adalah teori-teori dimana fenomena evolusi
Figure2.9
Situs nukleotida polimorfis di antara 11 rangkaian dari gen alcohol dehydrogenase
dalam Drosophila melanogaster. Ekson ditunjukkan dalam bentuk kotak; bagian
yang berubah diberi warna hitam. Hanya perbedaan antara rangkaian yang

consensus saja yang ditunjukkan. Titik-titik diatas menandakan identitas dengan

rangkaian konsensus. Tanda bintang pada ekson 4 menandakan situs penggantian
lysine-for-threonine yang bertanggung jawab atas perbedaan mobilitas antara
allele elektroforesis cepat (F) dan lambat (S). Dimodifikasi dari Hartl dan Clark
(1997).
Tabel
Dari

2.1
Nei

(1987);

data

dari

Kreitman

(1983)

Jumlah situs yang dibandingkan adalah 2.379. S dan F mengindikasikan migrasi

allele elektroforesis yang lambat dan cepat.
sebagian besar dijelaskan dengan efek dari pemasukan mutasi dan aliran genetic
acak. Hipotesis neutralist menjelaskan fenomena evolusi dengan menekankan
pada efek mutasi, aliran genetis acak, dan seleksi pemurnian. Penjelasan
selectionist menekankan pada efek dari mode seleksi yang bermanfaat dan
penyeimbang sebagai kekuatan pendorong utama dalam proses evolusi. Perbedaan
diatas memberikan kerangka pemikiran dalam memahami beberapa kontroversi
paling penting dalam sejarah evolusi molekul.
Teori Neo-Darwin dan Hipotesis Mutasi Netral
Darwin mengajukan teorinya tentang evolusi oleh seleksi alam tanpa pengetahuan
tentang sumber-sumber dari keanekaragaman populasi. Setelah hukum Mendel
ditemukan kembali dan variasi genetis terbukti disebabkan oleh mutasi,
Darwinisme dan Mendelisme digunakan sebagai kerangka pemikiran dari apa
yang kemudian disebut sebagai teori evolusi sintetis, atau neo-darwinisme.
Menurut teori ini, walaupun mutasi dikenali sebagai sumber paling canggih dari
variasi genetis, seleksi alam (positif) tetap satu-satunya memiliki peran dalam
membentuk susunan genetis populasi dan dalam proses substitusi gen.
Seiring berjalannya waktu, neo-Darwinisme menjadi dogma dalam biologi
evolusi, dan seleksi dianggap menjadi satu-satunya kekuatan yang mampu
mendorong proses evolusi. Faktor-faktor seperti mutasi dan aliran genetis acak
dianggap hanya sebagai penyumbang peranan yang paling sedikit. Paham neoDarwinisme tersebut dikenal sebagai pan-selectionism.

Menurut sudut pandang selectionist terhadap proses evolusi, substitusi gen

terjadi sebagai akibat dari seleksi untuk mutasi bermanfaat.
Di sisi lain, polimorfisme dipertahankan oleh seleksi penyeimbang. Oleh karena
itu, selectionist menganggap substitusi dan polimorfisme sebagai dua fenomena
terpisah yang didorong oleh proses evolusi yang berbeda. Substitusi gen adalh
hasil akhir dari proses adaptasi positif dimana sebuah allele baru mengambil alih
generasi yang akan datang dari sebuah populasi jika dan hanya fenomena tersebut
meningkatkan kelangsungan hidup dari organisme, sedangkan polimorfisme
terpelihara saat keberadaan dari dua allele atau lebih pada sebuah lokus
bermanfaat bagi organisme atau populasi. Teori neo-Darwin mengatakan bahwa
sebagian besar polimorfisme genetis di alam stabil, yang berarti allele yang sama
bertahan pada frekuensi tetap untuk jangka waktu yang lama pada proses evolusi.
Pada akhir masa 1960-an, terjadi sebuah revolusi genetika populasi.
Ketersediaan dari rangkaian data protein menghapuskan batasan-batasan spesies
dalam penelitian genetika populasi dan untuk pertama kali memberikan data
empiris yang cukup untuk meneliti teori tentang proses substitusi gen. Pada tahun
1968, Kimura meyakini bahwa sebagian besar dari perubahan molekul dalam
evolusi disebabkan oleh fiksasi acak dari mutasi netral dan mutasi hampir netral
(Kimura 1968a; lihat juga King dan Jukes 1969). Hipotesis ini kini dikenal
sebagai teori netral evolusi molekul, berpendapat bahwa pada tingkat molekul,
sebagian besar perubahan evolusi dan banyak variabilitas dalam spesies bukanlah
disebabkan oleh seleksi positif dari allele bermanfaat ataupun seleksi
penyeimbang, namun disebaban oleh aliran genetis acak dari allele mutan yang
netral secara selektif (atau hampir). Netralitas, dalam arti teori, tidak menunjukkan
kesetaraan yang tepat pada kelangsungan hidup dari semua allele. Hal ini hanya
berarti bahwa takdir dari allele sangat ditentukan oleh aliran genetis acak. Dengan
kata lain, seleksi mungkin saja terjadi, namun intensitasnya sangat lemah untuk
mengimbangi pengaruh dari efek resiko. Untuk mewujudkan ini, nilai absolut dari
manfaat dan kerugian selektif dari sebuah allele |s|, harus lebih kecil dari 1/(2Ne),
dimana Ne adlah ukuran populasi efektif.
Menurut teori netral, frekuensi allele sangat ditentukan oleh peraturan
stokastik, dan gambaran yang kita peroleh sewaktu-waktu hanyalah keadaan

sementara yang menggambarkan kerangka sementara dari proses dinamis yang

sedang berlangsung. Sebagai akibatnya, polimorfis lokus terdiri dari allele yang
dalam perjalanan menuju fiksasi dan juga akan punah. Dilihat dari perspektif ini,
semua perwujudan molekul yang relevan terhadap proses evolusi harus dianggap
sebagai hasil dari proses input mutasi yang berkesinambungan dan kepunahan
acak yang terjadi bersamaan atau fiksasi allele. Maka dari itu, teori netral
menganggap substitusi dan polimorfis sebagai dua aspek dari fenomena yang
sama. Substitusi adalah sebuah proses yang lama dan bertahap dimana frekuensi
allele mutan meningkat atau menurun secara acak, hingga allele benar-benar
tunggal atau musnah. Pada waktu tertentu, lokus yang sama akan memiliki allele
tidak pada frekuensi 0% ataupun 100%. Mereka adalah lokus polimorfis. Menurut
teori netral, polimorfis paling genetis dalam populasi (a) tidak stabil dan (b)
sementara, berarti bahwa frekuensi allele naik turun seiring waktu dan allele
tersebut tergantikan terus-menerus.
Hal yang menarik dari teori netral adalah meskipun dalam bentuk yang
paling ketat, ia tidak membutuhkan adaptasi terlebih dahulu. Menurut Kimura
(1983), sebuah populasi yang bebas dari seleksi mampu mengakumulasi banyak
allele netral polimorfis. Kemudian jika suatu perubahan pada keadaan ekologi
terjadi, beberapa allele netral tidak lagi menjadi netral namun merusak, melawan
apapun yang mungkin dijalankan seleksi pemurnian. Setelah allele-allele tersebut
dihapus, populasi akan lebih beradaptasi dengan keadaan sekitarnya daripada
sebelumnya. Oleh karena itu, setidaknya secara teoritis, evolusi adaptif mungkin
saja terjadi tanpa adanya seleksi positif.
Inti dari perselisihan antara neutralist dan selectionist berfokus pada
distribusi nilai kelangsungan hidup dari allele mutan. Kedua teori tersebut setuju
bahwa sebagian besar mutasi baru bersifat perusak, dan juga bahwa mutasi-mutasi
ini cepat terhapus dari populasi sehingga mereka sama sekali tidak berkontribusi
pada laju substitusi maupun jumlah polimorfisme dalam populasi. Perbedaan
tersebut berfokus pada proporsi relative dari mutasi netral di antara mutasi nonperusak. Saat selectionist mengatakan bahwa sangat sedikit mutasi yang secara
selektif netral, neutralist berpendapat bahwa mayoritas dari mutasi non-perusak
bersifat netral secara efektif.

Kontroversi yang memanas tentang hipotesis mutasi netral selama 1970-an

dan 1980-an memiliki imbas yang signifikan pada evolusi molekul. Pertama-tama,
kontrofersi tersebut menuntun kepada pengakuan umum bahwa efek aliran genetis
acak tidak dapat diabaikan jika mempertimbangkan dinamika evolusi dari
perubahan molekul. Kedua, perpaduan antara biologi molekul dan genetika
populasi telah sangat diperkuat oleh pengenalan konsep bahwa evolusi molekul
dan polimorfisme genetic merupakan dua aspek dari satu fenomena yang sama
(Kimura dan Ohta 1971). Walaupun kontrofersi tetap berlanjut, kini telah diakui
bahwa teori evolusi yang memadai seharusnya konsisten terhadap kedua aspek
proses evolusi pada tingkat molekul tersebut. Nyatanya, tanpa teori netral sebagai
hipotesis null, paradigma selectionist muncul nyaris menjadi sebuah teori yang
tidak menjelaskan apapun karna telah menjelaskan semua. (Lewontin 1974).
Menguji hipotesis mutasi netral
Menurut hipotesis mutasi netral, variasi dalam populasi dan perbedaan antara
populasi adalah disebabkan oleh mutasi netral atau hampir netral. Dengan kata
lain, polimorfisme adalah fase sementara dari evolusi molekul, dan laju evolusi
secara positif berhubungan dengan tingkat variasi dalam populasi (Kimura dan
Ohta 1971). Sehingga siapapun mungkin menguji hipotesis mutasi netral dengan
cara membandingkan tingkat variasi rangkaian DNA dalam populasi dengan
variasi antar populasi. Pengujian ini sudah banyak dikembangkan (contohnya,
Kreitman dan Aguade 1986; Hudson et al. 1987, Sawyer dan Hartl 1992).
Selanjutnya, kami berikan metode sederhana yang dikemukakan oleh McDonald
dan Kreitman (1991).
Perhatikan dua sampel dari rangkaian coding protein dari spesies 1 dan 2.
Situs nukleotida pada rangkaian tersebut dikatakan sebagai polimorfis jika
rangkaian tersebut menunjukkan variasi pada salah satu atau kedua spesies.
Sebuah situs dianggap mewakili perbedaan pasti antara dua spesies apabila situs
tersebut menunjukkan tidak adanya variasi intraspesifik dalam kedua spesies
namun berbeda antar spesies. Semua situs lainnya dalah monomorfis dan tidak
digunakan dalam analisis.
Tabel 2.2

Data dari Eanes at al. (1993).

Perbandingan diatas berdasarkan pada 32 rangkaian dari D. melanogaster dan 12
rangkaian dari D. simulans, dengan panjang keseluruhan 1.705 bp.
Perbedaan antara polimorfis dan situs fixed selanjutnya dibagi menjadi dua
kategori, sinonim dan non-sinonim. Metode McDonald-Kreitman menggunakan
2x2 tabel kemungkinan untuk menguji independensi dari satu klasifikasi
(polimorfis versus fixed) dengan yang lain (sinonim versus non-sinonim). Tes
diadakan berdasarkan asumsi berikut: (1) hanya mutasi sinonim yang mungkin
adaptif, (2) mutasi sinonimus selalu netral, dan (3) mutasi yang secara selektif
bermanfaat akan menjadi tunggal lebih cepat dalam populasi dibandingkan mutasi
netral, dan sebab itu jarang ditemukan dalam suatu keadaan polimorfis. Dibawah
hipotesis mutasi netral, yang diharapkan adalah rasio dari perbedaan
nonsinonimus tetap menjadi perbedaan sinonimus tetap akan sama dengan rasio
polimorfisme nonsinonimus menjadi polimorfisme sinonimus. Perbedaan
signifikan antara dua rasio akan dapat digunakan untuk menolak hipotesis mutasi
netral.
Tabel

2.2

menunjukkan

jumlah

dari

perubahan

sinonimus

dan

nonsinonimus tetap pada gen glukosa-6-fosfat deydrogenase (G6PD) antara

Drosophila melanogaster dan D. simulans sebagai contoh penggunaan metode
McDonald dan Kreitman untuk mendeteksi selisih dari evolusi netral (Eanes et al.
1993). Rasio dari perbedaan nonsinonimus tetap menjadi sinonimus tetap adalah
21/26 = 0.81, sebaliknya, rasio dari polimorfisme nonsinonimus menjadi
polimorfisme sinonimus hanya 2/36 = 0.06. Perbedaan yang sangat signifikan ini
menunjukkan kelebihan sepuluh kali lipat dari perubahan sinonimus terhadap
yang diharapkan jika gen G6PD sudah berkembang dalam cara netral yang ketat.
Penggunaan metode McDonald-Kreitman dan tes-tes lainnya telah
mengungkapkan pola penting dalam evolusi molekul, termasuk (1) seleksi positif
langsung pada beberapa lokus nuklir di Drosophila (sebagai contoh, Tsaur et al.
1998) dan ketiadaan pada linnya (contoh, King 1998), (2) seleksi penyeimbang
pada beberapa lokus di manusia (contoh, Hughes dan Nei 1989), (3) sedikitnya
allele perusak pada DNA mitokondrial hewan (contoh, Nachman 1998), dan (4)

sebuah penggabungan positif antara tingkat diversitas nukleotida dan laju

penggabungan ulang (contoh, Begun dan Aquadro 1992).