2 Poglavlje - Staniƒna Kemija

2.
poglavlje
2 Kemija stanice
Molekularni sastav stanica
Sredinja uloga enzima kao biolokih katalizatora
Metabolika energija
Biosinteza staninih sastojaka
Stanine membrane
Kljuni pokus: Smatanje polipeptidnih lanaca
Molekularna medicina: Fenilketonurija
Stanice su nevjerojatno sloene i raznolike tvorevine. Uz samoreplikaciju, koja je bit ivota,
sposobne su obavljati najrazliitije specijalizirane zadae u viestaninom organizmu. Stanice
se pri tome pokoravaju istim kemijskim i fizikim zakonima koji odreuju ponaanje neivih
sustava. Stoga moderna stanina biologija nastoji razumjeti stanine procese u vidu kemijskih
i fizikih reakcija.
Ovo poglavlje razmatra temeljna naela bioloke kemije koja upravljaju ivotom stanica. Ne
namjerava raspraviti sva pitanja biokemije, niti ispisati sve metabolike reakcije unutar
stanica. Poglavlje usmjerava pozornost na pet glavnih tema: (1) tipove staninih molekula, (2)
sredinju ulogu proteina kao biolokih katalizatora, (3) stvaranje i koritenje metabolike
energije, (4) biosintezu glavnih staninih sastojaka i (5) strukturu biolokih membrana.
Poznavanje ovih kemijskih temelja ini osnovicu za razumijevanje raznolikosti staninih
struktura i funkcija, o kojima raspravlja ostatak teksta.
2.1. Molekularni sastav stanica.
Stanice su sastavljene od vode, anorganskih iona, i (organskih) molekula koje sadravaju
ugljik. U stanicama ima najvie molekula vode. Voda ini najmanje 70% ukupne stanine
mase. Stoga su u biolokoj kemiji osobito vane interakcije izmeu vode i drugih staninih
sastojaka. U tom smislu kljuno je svojstvo vode da je H 2O polarna molekula u kojoj su
vodikovi atomi blago pozitivno nabijeni, dok su kisikovi atomi blago negativni (slika 2.1).
Zbog svoje polarne naravi molekule vode mogu meusobno i s drugim polarnim molekulama
stvarati vodikove veze. Takoer mogu stupiti u interakciju s pozitivno ili negativno nabijenim
ionima. Posljedica takvih interakcija jest da su ioni i polarne molekule topljivi u vodi
(hidrofilni). Suprotno tome, nepolarne molekule koje ne mogu stupiti u interakciju s vodom
slabo su topljive u vodenom okoliu (hidrofobne). Nepolarne molekule nastoje stoga smanjiti
dodir s vodom pa se zdruuju meusobno. Kasnije u poglavlju pokazat emo da takve
interakcije polarnih i nepolarnih molekula, bilo s vodom, bilo meusobne, imaju kljunu
ulogu u oblikovanju biolokih struktura kao to su stanine membrane.
Najvie 1% stanine mase ine anorganski ioni: natrijev (Na+), kalijev (K+), magnezijev
(Mg2+) i kalcijev (Ca2+) ion te fosfat (HPO42 ), klorid (Cl) i bikarbonat (HCO3). Ti su ioni
ukljueni na razliite naine u stanini metabolizam pa su bitni za staninu funkciju. Dakako,
stanici svojstvene molekule su organski spojevi. Veina njih pripada jednom od etiriju
molekularnih tipova: ugljikohidratima, lipidima, proteinima ili nukleinskim kiselinama.
Proteini, nukleinske kiseline i veina ugljikohidrata (polisaharidi) su makromolekule
oblikovane povezivanjem stotina ili tisua molekula-pretea male molekulske mase.
Makromolekule ine 80 do 90% suhe tvari u veini stanica. Lipidi takoer pripadaju glavnim
sastojcima stanice. Ostatak stanine mase sastoji se od razliitih malih organskih molekula,
ukljuujui i makromolekularne pretee.
www.perpetuum-lab.com
Prema tome struktura i funkcija etiriju glavnih skupina organskih molekula omoguuje
naelno razumijevanje stanine kemije.
2.1.1 Ugljikohidrati
Ugljikohidrati obuhvaaju jednostavne eere i polisaharide. Jednostavni eeri poput glukoze
glavna su stanina hrana. Njihova razgradnja istovremeno osigurava staninu energiju i
ishodne tvari za sintezu drugih staninih sastojaka, o emu se raspravlja dalje u poglavlju.
Polisaharidi su skladini oblici eera ili osiguravaju strukturnu vrstou stanice. Uz to
polisaharidi i krai eerni polimeri djeluju kao oznake u raznim procesima staninog
prepoznavanja, ukljuujui adheziju stanica na susjede i transport proteina do predvienog
unutarstaninog odredita.
Slika 2.2. prikazuje strukture reprezentativnih jednostavnih eera (monosaharida). Osnovna
formula tih molekula je (CH2O)n i od nje potjee naziv ugljkohidrat (C = "ugljiko" i H 2O =
"hidrat"). U stanicama je osobito vaan 6C-atomni eer (n=6) glukoza, jer je glavni izvor
stanine energije. Drugi jednostavni eeri imaju od tri do sedam ugljika. Meu njima su
najuestaliji 3C-atomni i 5C-atomni eeri. eeri koji sadravaju pet ili vie atoma mogu
ciklizacijom tvoriti prstenaste strukture koje su u stanici preteiti oblici tih molekula. Slika 2.2
pokazuje da cikliki eeri mogu postojati u dva oblika ( i ), ovisno o konfiguraciji na
atomu C1.
Monosaharidi se mogu povezati reakcijom dehidracije, pri kojoj se odvaja H 2O, a eeri se
veu glikozidnom vezom izmeu njihova dva ugljika (slika 2.3.). Povee li se samo nekoliko
molekula eera, nastali oligomer naziva se oligosaharidom. Kad se povezuje mnotvo
(stotine i tisue) eera, nastali makromolekularni polimeri nazivaju se polisaharidima.
Polisaharidi glikogen i krob dva su skladina oblika ugljikohidrata, prvi u ivotinjskim, a
drugi u biljnim stanicama. Glikogen i krob izgraeni su iskljuivo od molekula glukoze u konfiguraciji (slika 2.4.). Glavna se veza uspostavlja izmeu ugljika 1 jedne glukoze i ugljika
4 druge glukoze. Uz to glikogen i jedan oblik kroba (amilopektin) sadravaju ponegdje veze
(16), u kojima je ugljik 1 jedne glukoze povezan s ugljikom 6 druge glukoze. Iz prikaza
na slici 2.4 oito je da te veze dovode do grananja, jer povezuju dva zasebna lanca izgraena
vezama (14). Razgranatost postoji samo u glikogenu i amilopektinu, dok drugi oblik
kroba (amiloza) nije razgranat.
Glikogen i krob imaju osim naelno sline strukture i slinu funkciju da uskladite
glukozu. Nasuprot tomu funkcija celuloze bitno je razliita. Celuloza je glavni gradbeni
sastojak stanine stijenke u bilju. Moda iznenauje da je i celuloza sazdana samo od
molekula glukoze. Meutim, celuloza je nerazgranati polisaharid, a glukozne jedinice u
celulozi nisu -, nego su -konfiguracije. Za razliku od veza (14), veza (14) izmeu
glukoznih jedinica uvjetuje stvaranje ispruenih lanaca celuloze koji se zatim bono zdruuju
i oblikuju vlakna velike mehanike vrstoe. Oligosaharidi i polisaharidi stanini su oblici
energetskih zaliha, imaju konstruktivnu ulogu, ali povrh toga su i vani sudionici u brojnim
informacijskim procesima. Primjerice, oligosaharidi su esto vezani na proteine, gdje imaju
znaajnu ulogu u proteinskom smatanju ili obiljeavanju i usmjeravanju proteina pri
transportu na povrinu stanice ili za ugradbu u razliite stanine organele. Oligosaharidi i
polisaharidi takoer obiljeavaju staninu povrinu, pa stoga imaju vanu ulogu u staninom
prepoznavanju i staninim interakcijama u tkivima mnogostaninih organizama.
2.1.2. Lipidi.
Lipidi imaju tri izrazite uloge u stanicama: (1) Osiguravaju vaan oblik uskladitene energije,
(2) lipidi su glavni sastojci staninih membrana, to je osobito vano u staninoj biologiji, i
(3) lipidi su vrlo vani u staninoj signalizaciji, bilo kao steroidni hormoni (npr. estrogen i
testosteron), bilo kao glasnike molekule koje prenose signal od receptora na staninoj
povrini do odredita unutar stanice.
Najjednostavniji lipidi su masne kiseline. Sastoje se od dugih ugljikovodinih lanaca, koji na
jednom kraju zavravaju karboksilnom skupinom (COO) (slika 2.5.). Ugljikovodini lanci
najee sadravaju 16 ili 18 ugljikovih atoma. Nezasiene masne kiseline imaju jednu ili vie
dvostrukih veza meu ugljikovim atomima. U zasienim masnim kiselinama svi atomi ugljika
veu maksimalni broj vodikovih atoma. Dugi ugljikovodini lanci masnih kiselina imaju
samo nepolarne veze C-H koje ne ulaze u interakciju s vodom. Hidrofobna narav
masnokiselinskih lanaca odgovorna je za mnoge osobitosti u ponaanju kompleksnih lipida
pri stvaranju biolokih membrana.
Masne se kiseline pohranjuju u obliku triacilglicerola ili masti. Triacilgliceroli sadravaju tri
masne kiseline povezane s molekulom glicerola (slika 2.6). Netopljivi su u vodi pa se u
citoplazmi gomilaju kao masne nakupine. Zatreba li, one se kidaju za koritenje u reakcijama
koje proizvode energiju, o emu raspravljati kasnije dalje u poglavlju. Vrijedno je napomenuti
da su masti uinkovitiji oblik zalihe energije od ugljikohidrata, jer daju vie no dvostruko
energije po masi razgraene tvari. Stoga masti omoguuju skladitenje energije u upola manje
tjelesne mase nego to bi zahtijevali ugljikohidrati. To je osobito vano kad se ima u vidu
pokretljivost ivotinja.
Fosfolipidi, glavni sastojci staninih membrana, sadravaju dvije masne kiseline vezane na
jednu polarnu eonu skupinu (slika 2.7.). U glicerolnim fosfolipidima dvije su masne kiseline
vezane na ugljikove atome glicerola, kao u trigliceridima. Meutim, trei ugljikov atom
glicerola vezan je na fosfatnu skupinu, koja je pak esto pripojena na neku drugu malu
polarnu molekulu kao to su kolin, serin, inozitol ili etanolamin. Sfingomijelin, jedini
neglicerolni fosfolipid staninih membrana, sadrava dva ugljikovodina lanca vezana na
eonu polarnu skupinu koju tvori serin, a ne glicerol. Svi fosfolipidi imaju nepolarne "repove"
koji se sastoje od dva ugljikovodina lanca, jednu hidrofilnu eonu skupinu koja sadrava
fosfatnu skupinu i njezine polarne privjeske. Stoga su fosfolipidi amfipatine molekule,
djelomice topljive, a djelomice netopljive u vodi. Na tom se svojstvu fosfolipida temelji
stvaranje biolokih membrana, o emu emo raspravljati kasnije u poglavlju.
Uz fosfolipide mnoge stanine membrane sadravaju glikolipide i kolesterol. Glikolipidi se
sastoje od dvaju ugljikovodinih lanaca vezanih na polarne eone skupine koje sadravaju
ugljikohidrate (slika 2.8.). Budui da su amfipatine molekule, slini su prema naelnom
ustrojstvu fosfolipidima. Za razliku od fosfolipida, kolesterol se sastoji od etiri
ugljikovodina prstena, a ne od linearnih ugljikovodinih lanaca (slika 2.9.). Ugljikovodini
su prsteni izrazito hidrofobni, ali je hidroksilna skupina (OH), vezana na jednom kraju
kolesterola, slabo hidrofilna, pa je i kolesterol amfipatian.
Osim uloge u izgradnji staninih membrana, lipidi djeluju kao signalne molekule unutar i
izmeu stanica. Steroidni hormoni (primjerice estrogen i testosteron) derivati su kolesterola
(vidi Slika 2.9.). Ti hormoni ine raznorodnu skupinu kemijskih glasnika. Svi imaju etiri
ugljikovodina prstena na koje su pripojene razliite funkcionalne skupine. Derivati
fosfolipida slue takoer kao glasnike molekule unutar stanica prosljeujui signale od
receptora na staninoj povrini do unutarstaninih odredita koja reguliraju mnoge stanine
procese, ukljuujui staninu proliferaciju, kretanje, opstanak i diferencijaciju. (vidi 13.
poglavlje)
2.1.3. Nukleinske kiseline.
Nukleinske kiseline DNA i RNA glavne su informacijske molekule u stanicama.
Deoksiribonukleinska kiselina (DNA) ima jedinstvenu ulogu kao genetika tvar koja je u
eukariotskim stanicama smjetena u jezgri. Razliiti tipovi ribonukleinskih kiselina (RNA)
sudjeluju u nekoliko staninih aktivnosti. Glasnika RNA (mRNA) nosi informaciju od DNA
do ribosoma, gdje slui kao kalup za sintezu proteina. Druga dva tipa RNA (ribosomska RNA
i transportna RNA) sudjeluju u sintezi proteina. Ostali tipovi RNA ukljueni su u procesiranje
i prijenos ribonukleinskih kiselina i proteina. Osim to djeluje kao informacijska molekula,
RNA je takoer sposobna katalizirati neke kemijske reakcije. U dananjim stanicama takve su
reakcije ukljuene u sintezu proteina i procesiranje RNA.
DNA i RNA su nukleotidni polimeri koji sadravaju purinske i pirimidinske baze vezane na
fosforilirane eere (slika 2.10.). DNA sadrava dva purina (adenin i gvanin) i dva pirimidina
(citozin i timin). Adenin, gvanin i citozin takoer su prisutni u RNA, ali RNA sadrava uracil
umjesto timina. Baze se veu na eere (2'-deoksiribozu u DNA, ili ribozu u RNA) da nastanu
nukleozidi. Nukleotidi dodatno sadravaju jednu ili vie fosfatnih skupina vezanih na 5'-ugljik
nukleozidnog eera. Polimerizacija nukleotida, kojom se oblikuju nukleinske kiseline,
ukljuuje stvaranje fosfodiesterskih veza izmeu 5'-fosfata jednoga nukleotida i 3'hidroksila
drugog nukleotida (slika 2.11.). Oligonukleotidi su oligomeri koji sadravaju samo nekoliko
nukleotida. Veliki polinukleotidi koji oblikuju stanine RNA i DNA mogu sadravati tisue i
milijune nukleotida. Vrijedno je istaknuti da je polinukleotidni lanac usmjerena molekula
kojoj je na jednom kraju 5'-fosfat, a na drugom 3'-hidroksilna skupina. Polinukleotidi se
uvijek sintetiziraju u smjeru od 5' prema 3', tako da se slobodni nukleotid dodaje na 3'-OHskupinu rastuega lanca. Dogovorno slijed baza u DNA i RNA takoer se ispisuje u smjeru od
5' prema 3'.
Informacija u DNA i RNA priopuje se slijedom baza u polinukleotidu. DNA je dvostruka
molekula koja se sastoji od dvaju suprotno usmjerenih polinukleotidnih lanaca (vidi 3.
poglavlje). Baze su na unutranjoj strani molekule pa vodikove veze izmeu
komplementarnih parova baza povezuju dva lanca. Adenin se sparuje s timinom, a gvanin s
citozinom (slika 2.12.). Bitna posljedica takva komplementarna povezivanja baza jest da
jedan lanac DNA (ili RNA) moe djelovati kao kalup koji usmjeruje sintezu
komplementarnoga lanca. Nukleinske kiseline imaju, dakle, jedincatu sposobnost
samoreplikacije. Upravo zbog toga djeluju kao osnovne informacijske molekule u stanici.
Informacijski sadraj u DNA i RNA usmjeruje sintezu specifinih proteina koji nadziru
veinu staninih aktivnosti.
Osim to su graevne jedinice nukleinskih kiselina, nukleotidi imaju i druge kljune uloge u
staninim procesima. Najistaknutiji primjer je adenozin-5'-trifosfat (ATP), koji je glavni oblik
kemijske energije unutar stanica. Slino djeluju i drugi nukleotidi, koji u brojnim
metabolikim reakcijama donose energiju ili aktivirane kemijske skupine. Neki nukleotidi
(primjerice cikliki AMP) vane su signalne molekule unutar stanica (vidi 13. poglavlje).
2.1.4 Proteini.
Dok nukleinske kiseline nose genetiku informaciju stanice, primarna je dunost proteina da
izvedu zadae prema uputama te informacije. Proteini su najraznolikije od svih
makromolekula. Svaka stanica sadrava tisue razliitih proteina koji izvode najrazliitije
zadae. Proteini slue kao konstruktivne sastavnice stanica i tkiva, prenose i pohranjuju male
molekule (primjerice hemoglobin prenosi kisik), prenose takoer informacije izmeu stanica
(primjerice hormoni) te osiguravaju obranu od infekcije (primjerice protutijela). Meutim,
kljuna je uloga proteina da djeluju kao enzimi koji kataliziraju gotovo sve kemijske reakcije
u biolokim sustavima, to emo pokazati dalje u poglavlju. Na taj nain proteini upravljaju
gotovo svim aktivnostima stanice. Sredinja uloga proteina u biolokoj kemiji iskazana je
njihovim nazivom, koji potjee od grke rijei , to znai prvo mjesto, prvi red.
Proteini su polimeri sastavljeni od dvadeset razliitih aminokiselina. Svaka se aminokiselina
sastoji od ugljikovog atoma (nazvanog -ugljik) povezanoga s karboksilnom skupinom
(COO), amino-skupinom (NH3+), vodikovim atomom i prepoznatljivim bonim ogrankom

(slika 2.13.). Specifina kemijska svojstva aminokiselinskih bonih ogranaka odreuju uloge
svake pojedine aminokiseline u proteinskoj strukturi i funkciji.
Aminokiseline se mogu razvrstati prema svojstvima bonih ogranaka u etiri vrste (slika
2.14.). Deset aminokiselina imaju nepolarne bone ogranke koji ne stupaju u interakciju s
vodom. Glicin je najjednostavnija aminokiselina njegov boni ogranak sadrava samo
vodikov atom. Alanin, valin, leucin i izoleucin imaju ugljikovodine bone ogranke koji
sadravaju do etiri ugljikova atoma. Boni ogranci tih aminokiselina su hidrofobni, pa se
zbog toga nastoje smjestiti u sredite proteina, gdje nisu u dodiru s vodom. Slino i prolin ima
ugljikovodini boni ogranak, ali prolin je jedinstven po tome to je njegov boni ogranak s
jedne strane vezan na duikov atom amino skupine, a s druge na -ugljik tako da oblikuje
prstenastu strukturu. Boni ogranci dviju aminokiselina, cisteina i metionina, sadravaju
atome sumpora. Metionin je prilino hidrofoban za razliku od cisteina koji zbog svoje
sulfhidrilne skupine (SH) nije hidrofoban. Cisteinska sulfhidrilna skupina ima vanu ulogu u
proteinskoj strukturi, jer omoguuje stvaranje disulfidnih veza izmeu bonih cisteinskih
ogranaka, ali o tome emo raspravljati kasnije. Konano, dvije nepolarne aminokiseline,
fenilalanin i triptofan, sadravaju u svojim bonim ograncima izrazito hidrofobne aromatske
prstene.
Pet aminokiselina imaju polarne, ali nenabijene bone ogranke. To su serin, treonin i tirozin,
koji posjeduju hidroksilnu skupinu u bonom lancu, te asparagin i glutamin, koji sadravaju
polarne amidne skupine (O=CNH2). Budui da polarni boni ogranci mogu stvarati vodikove
veze s vodom, ove su aminokiseline hidrofilne i nastoje se smjestiti na povrini proteina.
Aminokiseline lizin, arginin i histidin u bonom ogranku imaju nabijene bazine skupine.
Lizin i arginin su vrlo bazine aminokiseline. U stanici njihovi boni ogranci nose pozitivni
naboj. Zbog toga su vrlo hidrofilni i stoga najee smjeteni na povrini proteina gdje
ostvaruju dodir s vodom. Histidin moe biti nenabijen ili pozitivno nabijen kod fiziolokoga
pH. esto aktivno sudjeluje u enzimskim reakcijama koje ukljuuju razmjenu vodikovih iona
kao to pokazuje primjer, koji emo opisati u sljedeem odjeljku.
Konano, dvije aminokiseline, asparaginska i glutaminska kiselina, imaju kisele bone
ogranke koji zavravaju karboksilnim skupinama. Te su aminokiseline negativno nabijene
unutar stanice i zato ih se esto spominje kao aspartat i glutamat. Slino bazinim
aminokiselinama i kisele su aminokiseline izrazito hidrofilne te su najee smjetene na
povrini proteina.
Aminokiseline su meusobno povezane peptidnim vezama izmeu -amino skupine jedne
aminokiseline i -karboksilne skupine druge (slika 2.15.). Polipeptidi su dugi linearni lanci
koji sadravaju stotine ili tisue aminokiselina. Svaki polipeptidni lanac ima dva razliita
kraja, jedan koji zavrava -amino skupinom (amino- ili N-kraj ili N-terminus) i drugi, koji
zavrava -karboksilnom skupinom (karboksi- ili C-kraj ili C-terminus). Polipeptidi se
sintetiziraju dodavanjem aminokiselina na C-kraj. Slijed aminokiselina u polipeptidu ispisuje
se (prema dogovoru) istim redoslijedom. Karakteristina svojstva proteina odreena su
specifinim slijedom aminokiselina. Godine 1953. Frederick Sanger odredio je prvi potpuni
slijed aminokiselina u proteinu. Bio je to slijed u hormonu inzulinu. Pokazalo se da se inzulin
sastoji od dvaju polipeptidnih lanaca koji su meusobno povezani disulfidnim veza izmeu
cisteinskih ogranaka (slika 2.16.). Najvanija spoznaja u Sangerovom eksperimentu jest da se
svaki protein sastoji od svoga specifinoga slijeda aminokiselina. Danas se sljedovi
aminokiselina nekog proteina odreuju dedukcijom iz sekvence nukleotida u mRNA. Do
danas su poznati potpuni sljedovi aminokiselina u vie od 100.000 proteina. Svaki protein
sadrava jedinstven aminokiselinski slijed koji je odreen redoslijedom nukleotida u genu
(vidi 3. poglavlje). Aminokiselinski slijed proteina tek je prvi element proteinske strukture.
Proteini nisu izdueni lanci aminokiselina. Oni poprimaju svojstvenu trodimenzionalnu
konformaciju koja je bitna za njihovu funkciju. Trodimenzionalne (prostorne) konformacije

proteina posljedica su meusobne interakcije sastavnih aminokiselina tako da su i prostorni
oblici proteina odreeni aminokiselinskim slijedom. Prvi je to pokazao Christian Amfisen
eksperimentom u kojem je zagrijavanjem pokidao trodimenzionalnu proteinsku strukturu.
Popucale su samo nekovalentne veze. Taj proces nazivamo denaturacijom (slika 2.17).
Proteini denaturirani na takav nain esto se nakon inkubacije u blagim uvjetima spontano
vraaju u nativnu konformaciju, to je pokazatelj da su prostorne konformacije izravno
odreene aminokiselinskim slijedom.
Trodimenzionalna struktura proteina najee se analizira difrakcijom X-zraka
(kristalografijom), to je tehnika visoke rezolucije koja razotkriva razmjetaj pojedinanih
atoma unutar molekule. Snop X-zraka usmjeruje se na kristal analiziranog proteina. X-zrake
koje prou kroz proteinski kristal detektiraju se filmom osjetljivim na X-zrake. Kad X-zrake
udare kristal, raspruju se na karakteristian nain koji je odreen rasporedom atoma u
molekuli. Stoga je mogue izvesti strukturu molekule na temelju slike rasprenih X-zraka
(difrakcijski uzorak).
Godine 1958. John Kendrew prvi je odredio trodimenzionalnu strukturu proteina mioglobina,
jednostavnoga proteina sazdanog od 153 aminokiseline (slika 2.18.). Od tada su analizirane
tisue proteina. Veina tih proteina su globularni proteini, kao to je i mioglobin. Polipeptidni
lanci globularnih proteina smotani su u kompaktne strukture. Neki proteini (primjerice
konstruktivni proteini vezivnih tkiva) dugake su vlaknaste strukture. Ispitivanje
trodimenzionalnih struktura proteina razjasnilo je nekoliko temeljnih principa koji upravljaju
procesom smatanja, no struktura proteina toliko je sloena da iz poznavanja slijeda
aminokiselina jo uvijek nije mogue odrediti trodimenzionalnu strukturu proteina.
Openito se proteinska struktura opisuje na etiri razine. Primarna struktura proteina je
slijed aminokiselina u proteinskom lancu. Sekundarna struktura je pravilni lokalni raspored
aminokiselina unutar odreene regije polipeptida. Godine 1951. Linus Pauling i Robert Corey
uoili su dva najea tipa sekundarne strukture: -uzvojnicu i -plou. Obje su te sekundarne
strukture uvrene vodikovim vezama izmeu skupina CO i NH u peptidnim vezama. uzvojnica nastaje kad se dio polipeptidnog lanca ovija oko svoje osi, tako da CO skupina
jedne peptidne veze uspostavi vodikovu vezu s NH-skupinom peptidne veze etvrte
aminokiseline u aminokiselinskom nizu polipeptida (slika 2.19.). Nasuprot tome -ploa
nastane kad se dva dijela polipeptidnog lanca, koji lee jedan do drugoga, poveu vodikovim
vezama. Takve se -ploe mogu oblikovati izmeu vie dijelova polipeptidnog lanca koji
mogu biti meusobno paralelno ili antiparalelno usmjereni.
Tercijarna struktura je smotanost polipeptidnog lanca koja nastaje kao posljedica interakcija
izmeu bonih ogranaka aminokiselina iz razliitih regija u primarnom slijedu (slika 2.20.). U
veini se proteina -uzvojnice i -ploe, povezane regijama petlji, smataju u kompaktne
globularne strukture nazvane domenama i ine osnovne jedinice tercijarne strukture. Mali
proteini, kao to su ribonukleaza ili mioglobin, sadravaju samo jednu domenu; vei proteini
mogu sadravati vie razliitih domena koje su esto povezane s razliitim funkcijama.
Kritina odrednica tercijarne strukture jest poloaj hidrofobnih aminokiselina u unutranjosti
proteina i hidrofilnih aminokiselina na povrini, gdje mogu stupiti u interakciju s vodom.
Unutranjost smotanih proteina sastoji se, dakle, preteito od hidrofobnih aminokiselina
postrojenih u -uzvojnice i -ploe. Te sekundarne strukture nalaze se u hidrofobnim
jezgrama proteina, jer vodikove veze neutraliziraju polarni karakter skupina CO i NH u
polipeptidnom kosturu. Regije petlji, koje povezuju pravilne elemente sekundarne strukture,
nalaze se na povrini smotanih proteina, gdje polarne komponente peptidnih veza
uspostavljaju vodikove veze s vodom ili s polarnim bonim ograncima hidrofilnih
aminokiselina. Interakcije izmeu polarnih bonih ogranaka (vodikove i ionske veze) na
proteinskoj povrini takoer su vane odrednice u tercijarnoj strukturi. Povrh toga, kovalentne
disulfidne veze izmeu sulfhidrilnih skupina cisteinskih ogranaka stabiliziraju smotane
strukture mnogih sekretornih proteina i proteina na staninoj povrini.
etvrta razina proteinske strukture je kvarterna struktura. Sastoji se od interakcija izmeu
razliitih polipeptidnih lanaca u proteinima koji sadravaju vie od jednoga polipeptida.
Hemoglobin je, primjerice, sastavljen od etiri polipeptidna lanca. Ti su lanci meusobno
povezani istim vrstama interakcija koje odravaju tercijarnu strukturu (slika 2.21.).
Razliita kemijska svojstva dvadeset razliitih aminokiselina dovode do znatnih varijacija u
trodimenzionalnoj konformaciji smotanih proteina. Stoga proteini ine ekstremno sloenu i
raznoliku skupinu makromolekula, prikladnu za mnotvo zadaa koje proteini obavljaju u
staninoj biologiji.
Kljuni pokus
Smatanje polipeptidnih lanaca
2.2. Sredinja uloga enzima kao biolokih katalizatora.
Osnovna zadaa proteina jest da djeluju kao enzimi - katalizatori koji ubrzavaju praktiki sve
kemijske reakcije u stanici. Premda su ribonukleinske kiseline sposobne katalizirati odreene
reakcije, veinu biolokih reakcija kataliziraju proteini. Bez enzimske katalize veina
biokemijskih reakcija bila bi tako spora da se reakcije ne bi mogle dogoditi u blagim uvjetima
temperature i pritiska u kojima se odvija ivot. Enzimi ubrzavaju brzine takvih reakcija
znatno vie od milijun puta. Reakcije, koje bi u odsutnosti enzima trajale godinama, dogode
se u djeliu sekunde, ako ih katalizira odgovarajui enzim. Stanice sadravaju tisue razliitih
enzima. Enzimske aktivnosti odreuju koje e se reakcije doista dogoditi unutar stanice.
2.2.1. Katalitika aktivnost enzima.
Enzimi imaju dva temeljna svojstva, bitna i za druge katalizatore: (1) oni ubrzavaju kemijske
reakcije, a da se tim reakcijama niti troe niti trajno mijenjaju, (2) enzimi ubrzavaju reakcije
ne mijenjajui poloaj ravnotee izmeu reaktanata i produkata.
Ta naela enzimske katalize predouje sljedei primjer. Molekula na koju djeluje enzim (koju
nazivamo substrat S) prevodi se reakcijom u produkt P. U odsutnosti enzima reakcija tee na
sljedei nain:
SP
Kemijsku ravnoteu izmeu S i P odreuju termodinamiki zakoni (o emu emo raspravljati
dalje u poglavlju), a predstavlja je omjer brzina polazne i povratne reakcije (SP i PS). U
prisutnosti odgovarajueg enzima ubrzava se pretvorba S u P, ali ravnotea izmeu S i P
ostaje nepromijenjena. Stoga enzim mora jednako ubrzati obje reakcije, polaznu i povratnu.
Odgovarajui prikaz te reakcije jest
E
SP
Valja uoiti da se enzim reakcijom ne mijenja pa kemijska ravnotea ostaje nepromijenjena,
jer je odreena iskljuivo termodinamikim svojstvima S i P.
Promjene energije koje se moraju dogoditi tijekom konverzije S u P (slika 2.22.) najbolje
predouju uinak enzima u takvoj reakciji. Reakcijska ravnotea odreena je konanim
energijskim stanjima S i P. Na ta stanja ne utjee enzimska kataliza. Meutim, da bi moglo
doi do reakcije, substrat se najprije mora dovesti u vie energijsko stanje, takozvano
prijelazno stanje. Energija koja je potrebna da se dosegne prijelazno stanje (energija
aktivacije) predstavlja prepreku za napredovanje reakcije i ona ograniuje brzinu reakcije.
Enzimi (i drugi katalizatori) djeluju tako da smanjuju energiju aktivacije i na taj nain
poveavaju brzinu reakcije. Ubrzanje je jednako u oba smjera, u polaznom i u povratnom, jer
oba puta prolaze preko istoga prijelaznoga stanja.
Katalitika aktivnost enzima ukljuuje vezanje substrata da nastane kompleks enzim-substrat
(ES). Substrat se vee na specifino mjesto enzima, takozvano aktivno sredite (mjesto).
Substrat vezan na aktivno sredite prevodi se u reakcijski produkt, koji zatim naputa enzim.
Enzimski kataliziranoj reakciji odgovara stoga sljedei prikaz:
S+E ES E+P
Valja uoiti da se E pojavljuje nepromijenjen na obje strane jednadbe, tako da ravnotea
ostaje nedirnuta. Meutim enzim osigurava okruenje u kojem reakcije pretvorbe S u P teku
spremnije. To je posljedica interakcije izmeu enzima i substrata kojom se smanjuje energija
aktivacije i potie stvaranje prijelaznoga stanja.
2.2.2. Mehanizmi enzimske katalize.
Vezanje substrata na aktivno mjesto enzima vrlo je specifina interakcija. Aktivna mjesta su
udubljenja ili utori na povrini enzima i obino su sazdana od aminokiselina iz razliitih
dijelova polipeptidnog lanca koje je tercijarna struktura pribliila u smotanom proteinu.
Substrati se najprije veu na aktivno mjesto nekovalentnim interakcijama koje ukljuuju
vodikove veze, ionske veze i hidrofobne interakcije. Jednom kad je substrat vezan na aktivno
mjesto enzima, mogui su razliiti mehanizmi koji e ubrzati pretvorbu substrata u reakcijski
produkt.
Jednostavan primjer, o kojem je raspravljano, odnosio se na jednosubstratnu reakciju, premda
veina biokemijskih reakcija ukljuuje interakciju dvaju ili vie substrata. Primjerice stvaranje
peptidne veze ukljuuje povezivanje dviju aminokiselina. U reakcijama toga tipa odvijanje
reakcije pospjeuje vezanje dvaju ili vie substrata na aktivno sredite u pravom poloaju i u
pravoj orijentaciji (slika 2.23.). Enzim osigurava kalup koji okuplja reaktante usmjerene na
pravi nain da se pospjei stvaranje prijelaznoga stanja putem kojega e stupiti u meusobnu
interakciju.
Enzimi ubrzavaju reakcije i time to mijenjaju konformaciju svojih substrata radi priblienja
konformaciji prijelaznoga stanja. Najjednostavniji model interakcije enzim-substrat je model
"klju-brava" u kojem substrat savreno pristaje u aktivno sredite (slika 2.24.). Meutim, u
mnogo sluajeva vezanjem substrata dolazi do promjene konformacije enzima i substrata, to
nazivamo izazvana (inducirana) prilagodba. U takvim se sluajevima konformacija substrata
promijeni da postane to slinija prijelaznom stanju. Napregnutost izazvana distorzijom
substrata moe oslabiti kljune veze i time dodatno olakati postizanje prijelaznoga stanja. to
vie, prijelazno se stanje stabilizira tijesnim vezanjem na enzim, ime se smanjuje potrebna
energija aktivacije.
Povrh privoenja substrata i distorzije konformacije substrata radi priblienja prijelaznom
stanju mnogi enzimi sudjeluju izravno u katalitikom procesu. U takvim sluajevima boni
ogranci specifinih aminokiselina u aktivnom sreditu mogu reagirati sa substratima i stvoriti
veze s reakcijskim intermedijarima. Kisele i bazine aminokiseline esto su ukljuene u takve
katalitike mehanizme to e predoiti rasprava o kimotripsinu kao primjeru enzimske
katalize.
Kimotripsin je lan enzimske obitelji (serinske proteaze) koja razgrauje proteine
katalizirajui kidanje peptidnih veza. Reakcija se moe prikazati na sljedei nain:
protein + H2O peptid1 + peptid2
Razliiti lanovi obitelji serinskih proteaza (ukljuujui kimotripsin, tripsin, elastazu i
trombin) specifini su za razliite substrate birajui razliite susjedne aminokiseline meu
kojima e kidati peptidne veze. Primjerice, kimotripsin razgrauje veze uz hidrofobne
aminokiseline kao to su triptofan i fenilalanin, dok tripsin razgrauje veze uz bazine
aminokiseline kao to su lizin i arginin. Sve serinske proteaze imaju, meutim, slinu
strukturu i koriste isti mehanizam katalize. Aktivna mjesta tih enzima sadravaju tri kljune
aminokiseline - serin, histidin i aspartat - koje pokreu hidrolizu peptidne veze. Ti su enzimi
nazvani serinskim proteazama zbog sredinje uloge serinskog ogranka. Substrati se veu na
serinske proteaze umetanjem aminokiselina uz mjesto kidanja u dep na aktivnom sreditu
enzima (slika 2.25.). Svojstva depa odreuju specifinost razliitih serinskih proteaza prema
odreenom substratu. Primjerice, vezni dep kimotripsina sadrava hidrofobne aminokiseline
koje stupaju u interakciju s hidrofobnim ograncima izabranih substrata. Suprotno tome vezni
dep tripsina sadrava negativno nabijenu kiselu aminokiselinu (aspartat) koja moe stvoriti
ionsku vezu s ograncima lizina ili arginina u svojim substratima.
Vezanje substrata postavlja peptidnu vezu koju treba pokidati uz serin aktivnoga mjesta (slika
2.26.). Proton toga serina prenosi se tada na aktivno mjesto histidina. Konformacija aktivnoga
sredita pogoduje tom prijenosu protona, jer je histidin u interakciji s negativno nabijenim
ogrankom aspartata. Serin reagira sa substratom stvarajui tetraedarsko prijelazno stanje.
Peptidna se veza zatim pokida, a C-kraj substrata naputa enzim. Meutim N-kraj peptida
ostaje vezan na serin. Nastalo se stanje razrjeuje kad molekula vode (drugi substrat) ue u
aktivno sredite i obrne slijed reakcija koje su se bile dogodile. Proton molekule vode prenosi
se na histidin, a hidroksilna skupina na peptid, pri emu nastane drugo tetraedarsko prijelazno
stanje. Proton se zatim prenosi od histidina natrag na serin, a peptid naputa enzim, ime je
reakcija dovrena.
Ovaj primjer osvjetljava nekoliko svojstava enzimske katalize: specifinost interakcija enzimsubstrat, smjetaj razliitih substrata u aktivnom sreditu i ukljuenost ogranaka aktivnoga
sredita u stvaranju i stabilizaciji prijelaznoga stanja. Premda tisue enzima kataliziraju
mnotvo razliitih vrsta kemijskih reakcija u stanici, za njihovo djelovanje vrijede ista
temeljna naela.
2.2.3 Koenzimi.
Osim to veu substrate, aktivna mjesta mnogih enzima veu i druge male molekule koje
sudjeluju u katalizi. Prostetike skupine su male molekule vezane na proteine i imaju kljunu
ulogu u proteinskoj funkciji. Primjerice kisik, koji se prenosi mioglobinom ili hemoglobinom,
vezan je na hem, prostetiku skupinu tih proteina. U mnogo sluajeva na enzime su vezani
metalni ioni (npr. cink ili eljezo) i imaju kljunu ulogu u katalitikom procesu. U specifinim
vrstama enzimskih reakcija sudjeluju takoer mnoge organske molekule male molekulske
mase. Takve se molekule nazivaju koenzimima, jer surauju s enzimima pri ubrzavanju
reakcija. Suprotno substratima, koenzimi se reakcijama u koje su ukljueni ne mijenjaju
nepovratno. Oni recikliraju i sudjeluju u mnogima enzimskim reakcijama.
Koenzimi slue kao prenositelji razliitih vrsta kemijskih skupina. Izraziti primjer je koenzim
nikotinamid-adenin-dinukloetid (NAD+) koji djeluje kao prenositelj elektrona u oksidoredukcijskim reakcijama (slika 2.27). NAD+ moe od nekog substrata prihvatiti vodikov ion
(H+) i dva elektrona, pri emu nastaje NADH. NADH moe predati te elektrone drugom
substratu da opet nastane NAD+. Na taj nain NAD+ prenosi elektrone od prvoga substrata
(koji se oksidira) na drugi substrat (koji se reducira).
Ima jo nekoliko koenzima koji takoer djeluju kao prenositelji elektrona. Drugi pak
koenzimi sudjeluju u prijenosu kemijskih skupina (npr. karboksilne ili acilne skupine; tabl.
2.1.). Isti koenzimi surauju s razliitim enzimima u katalitikom prijenosu specifinih
kemijskih skupina izmeu razliitih substrata. Mnogi su koenzimi blisko srodni vitaminima
koji imaju dio ili cjelovitu strukturu koenzima. Vitamini nisu nuni bakterijama, primjerice E.
coli, ali su bitan sastojak u prehrani ljudi i viih ivotinja, kod kojih je ieznula sposobnost
sinteze tih spojeva.
2.2.4. Regulacija enzimske aktivnosti.

Vano svojstvo veine enzima jest aktivnost koja nije konstantna, nego se moe prilagoivati.
Enzimske se aktivnosti mogu regulirati tako da svojim uinkom odgovaraju na promjenjive
fizioloke potrebe do kojih dolazi u ivotu stanice.
Jedan je od estih tipova enzimske regulacije inhibicija povratnom spregom, pri kojoj produkt
metabolikog puta inhibira aktivnost odreenog enzima na putu njegove sinteze.
Aminokiselina izoleucin se primjerice sintetizira nizom reakcija poevi od treonina (slika
2.28). Prvi korak na tom putu katalizira enzim treonin-deaminaza koju inhibira izoleucin,
konani produkt puta. Odgovarajua koliina izoleucina u stanici inhibira treonin-deaminazu,
onemoguujui na taj nain daljnju sintezu izoleucina. Ako se koncentracija izoleucina
smanji, prestaje inhibicija povratnom spregom i sintetizira se dodatni izoleucin. Regulacijom
aktivnosti treonin-deaminaze stanica sintetizira potrebni izoleucin izbjegavajui rasipanje
energije na sintezu nepotrebnoga vika izoleucina.
Inhibicija povratnom spregom primjer je alosterike regulacije pri kojoj se enzimska
aktivnost nadzire vezanjem malih molekula na regulacijska mjesta u enzimu (slika 2.29.).
Naziv "alosterika regulacija" izvodi se iz injenice da se regulacijska molekula ne vee na
katalitiko mjesto nego na odreeno drugo mjesto na proteinu (=drugi,
=mjesto). Vezanje regulacijske molekule mijenja konformaciju proteina zbog koje se
promijeni oblik aktivnoga sredita i katalitika aktivnost enzima. U sluaju treonin-deaminaze

vezanje regulacijske molekule (izoleucina) inhibira enzimsku aktivnost. U drugim
sluajevima regulacijske molekule slue kao aktivatori. Aktivatori ne inhibiraju nego ciljano
stimuliraju svoje enzime.
Aktivnosti enzima mogu se takoer regulirati interakcijom s drugim proteinima ili
kovalentnim modifikacijama kao to je vezanje fosfatne skupine na boni ogranak serina,
treonina ili tirozina. Fosforilacija je osobito est mehanizam regulacije enzimske aktivnosti.
Vezanje fosfatnih skupina stimulira ili inhibira aktivnosti mnogih enzima (slika 2.30.)
Primjerice, miine stanice odgovaraju na epinefrin (adrenalin) razgradnjom glikogena na
glukozu. Na taj se nain osigurava izvor energije za pojaanu miinu aktivnost. Razgradnju
glikogena katalizira enzim glikogen-fosforilaza, koju aktivira fosforilacija na poticaj vezanja
adrenalina za receptor na povrini miine stanice. Fosforilacija proteina ima sredinju ulogu
u kontroli, ne samo metabolikih, nego i mnogih drugih staninih funkcija, ukljuujui
stanini rast i diferencijaciju.
2.3. Metabolika energija.
Za mnoge zadae (primjerice kretanje, sintezu makromolekula) koje stanica mora obaviti
potrebna je energija. Zbog toga je veliki dio staninih aktivnosti usmjeren na dobavu energije
iz okoline i na koritenje te energije za pokretanje energijski zahtjevnih reakcija. Premda
enzimi kontroliraju gotovo sve kemijske reakcije unutar stanica, enzimska kataliza ne utjee
na poloaj ravnotee kemijskih reakcija. Zakoni termodinamike upravljaju kemijskom
ravnoteom i odreuju energijski povoljan smjer svih kemijskih reakcija. Mnoge reakcije koje
se moraju dogoditi unutar stanice nisu energijski povoljne i stoga se mogu odvijati samo
dovoenjem energije. Zato stanica mora neprekidno troiti energiju koju crpi iz okoline. Stoga
je stvaranje i koritenje metabolike energije bitno za cjelokupnu staninu biologiju.
2.3.1 Slobodna energija i ATP.
10
Energetiku biokemijskih reakcija moe se najbolje opisati termodinamikom funkcijom

nazvanom Gibbsova slobodna energija (G) prema Josiahu Willardu Gibbsu. Promjena
slobodne energije (G) neke reakcije povezuje uinke promjene entalpije (osloboene ili
apsorbirane topline tijekom kemijske reakcije) i entropije (stupnja nereda koji nastaje
reakcijom) pretkazujui hoe li reakcija biti ili ne biti energijski povoljna. Sve se kemijske
reakcije spontano odvijaju u energijski povoljnom smjeru i prati ih smanjenje slobodne
energije (G < 0). Razmotrimo primjer zamiljene reakcije kojom se A prevodi u B:
AB
Ako je G < 0, reakcija e tei u smjeru kako je napisana. Meutim, ako je G > 0, reakcija
e tei u suprotnom smjeru: B e prelaziti u A.
G reakcije ne odreuju samo intrinzika svojstva reaktanata i produkata nego i njihove
koncentracije i drugi reakcijski uvjeti (npr. temperatura). Stoga je korisno odrediti promjenu
slobodne energije u standardnim uvjetima. (Standardni uvjeti podrazumijevaju da su
koncentracije svih reaktanata i produkata 1 M te da je pritisak 1 atm). Promjena standardne
slobodne energije (G0) neke reakcije u izravnoj je vezi s poloajem ravnotee, jer je stvarna
G funkcija G0 i koncentracija reaktanata i produkata. Kao primjer razmotrimo reakciju
A B.
Promjena slobodne energije odreena je izrazom
G = G0 + RT ln B/A,
gdje je R plinska konstanta, a T apsolutna temperatura.
U ravnotei je G = 0 i reakcija se ne odvija ni u kojem smjeru. Ravnotena konstanta
reakcije (K = B/A u ravnotei) prema gornjoj jednadbi izravno ovisi o G0, to se moe
prikazati kao
0 = G0 +RT lnK
ili
G0 = RT lnK
Ako je stvarni omjer B/A vei od ravnotenog omjera (K), G > 0 i reakcija tee u
suprotnom smjeru (konverzija B u A). Nasuprot tome, ako je omjer B/A manji od
ravnotenoga, G < 0 pa se A prevodi u B.
Zbog toga promjena standardne slobodne energije (G0) neke reakcije odreuje njezinu
kemijsku ravnoteu i pokazuje u kojemu e smjeru tei reakcija u zadanim okolnostima.
Promjena standardne slobodne energije biokemijskih reakcija obino se izraava kao G0', i
odnosi se na promjenu standardne slobodne energije u vodenoj otopini kod pH = 7, to
priblino odgovara uvjetima unutar stanice.
Mnoge bioloke reakcije (primjerice sinteza makromolekula) termodinamiki su nepovoljne
(G > 0) u staninim uvjetima. Za odvijanje takvih reakcija potreban je dodatni izvor
energije. Razmotrimo primjer reakcije
A B G = +42 kJ/mol.
Pretvorba A u B energijski je nepovoljna pa reakcija tee u suprotnom smjeru umjesto u
smjeru stvaranja produkta B. Meutim reakciju u smjeru stvaranja B moe pokrenuti
povezivanje nepovoljne konverzije A u B s energijski povoljnom reakcijom kao to je reakcija
C D G = 84 kJ/mol.
Ako se poveu ove dvije reakcije, ukupnu reakciju moemo zdruivanjem prikazati kao
A+C B+D G= 42 kJ/mol.
G vezane reakcije jednaka je zbroju promjena slobodnih energija pojedinanih sastavnih
reakcija pa je ukupna zdruena reakcija energijski povoljna i tei e kao to je napisana. Tako
11
se energijski nepovoljna konverzija A u B pokree povezivanjem s drugom reakcijom koja se

odvija uz veliko smanjenje slobodne energije. Enzimi su zadueni za provedbu takvih vezanih
reakcija na koordinirani nain.
Stanica rabi ovaj temeljni mehanizam za pokretanje mnogih energijski nepovoljnih reakcija
koje su nune u biolokim sustavima. Adenozin-5'-trifosfat (ATP) ima sredinju ulogu u
takvim procesima i djeluje kao spremite slobodne energije unutar stanice (slika 2.31). Veze
izmeu fosfata u ATP poznate su kao "visoko-energijske" veze, jer njihovu hidrolizu prati
relativno veliko smanjenje slobodne energije. Nema nita posebna u tim kemijskim vezama.
Nazivaju ih "visoko-energijskima" samo zbog velike slobodne energije koja se oslobodi
prigodom hidrolize unutar stanice. Hidroliza ATP do ADP i fosfata (Pi) tee uz G0' =30
kJ/mol. Podsjetimo se, meutim, da se G0' odnosi na "standardne uvjete", kod kojih su
koncentracije produkata i reaktanata 1 M. Stvarne unutarstanine koncentracije P i priblino su
10-2 M, a koncentracije ATP vee su od koncentracija ADP. Te razlike izmeu unutarstaninih
koncentracija i standardnog stanja pogoduju hidrolizi ATP tako da G za hidrolizu ATP unutar
stanice iznosi priblino 50 kJ/mol.
ATP se alternativno moe hidrolizirati do AMP i pirofosfata (PP i). Oslobaa se priblino
jednaka koliina slobodne energije kao pri hidrolizi ATP do ADP. Meutim, nastali pirofosfat
u toj se reakciji sam brzo hidrolizira uz G slinu hidrolizi ATP. Na taj je nain ukupna
promjena slobodne energije pri hidrolizi ATP do AMP priblino dvostruka od energije
dobivene hidrolizom ATP do ADP. Radi usporedbe, energija veze izmeu eerne i fosfatne
skupine AMP nije velika i tipina je za kovalentne veze: Go' = 14 kJ/mol.
Zbog popratnoga smanjenja slobodne energije hidroliza ATP moe pokretati druge energijski
zahtjevne reakcije unutar stanice. Primjerice, prva reakcija glikolize (o kojoj raspravljamo u
sljedeem poglavlju) konverzija je glukoze u glukozu-6-fosfat. Reakciju moemo prikazati
kao
glukoza + fosfat (HPO42) glukoza-6-fosfat + H2O.
Budui da je napisana reakcija energijski nepovoljna (G0' = +14 kJ/mol), mora se povezati s
hidrolizom ATP da se pokrene u napisanom smjeru (G0' = 30 kJ/mol). Zdruenu reakciju
moemo napisati kao
glukoza + ATP glukoza-6-fosfat + ADP.
Promjena slobodne energije za tu reakciju je zbroj promjena slobodnih energija pojedinanih
reakcija, tako da je za zdruenu reakciju G0' = 16 kJ/mol to potie stvaranje glukoza-6fosfata.
Postoje i druge molekule, ukljuujui nukleozid-trifosfate (primjerice GTP), koje posjeduju
visoko-energijske veze pa se i one koriste, kao i ATP, za pokretanje energijski zahtjevnih
reakcija. Meutim, za veinu reakcija energiju dobavlja ATP. Zbog toga su reakcije u stanici
povezane: one koje oslobaaju energiju sa sintezom ATP, a one koje zahtijevaju energiju s
hidrolizom ATP. Stoga visoko-energijske veze ATP imaju sredinju ulogu u staninom
metabolizmu i slue kao uporabivi oblik pohranjene slobodne energije.
2.3.2 Stvaranje ATP iz glukoze.
Razgradnja ugljikohidrata, posebice glukoze, glavni je izvor stanine energije. Potpuna
oksidativna razgradnja glukoze do CO2 i H2O moe se napisati kao
C6H12O6 +6O2 6CO2 + 6H2O.
Reakcija proizvodi veliku koliinu slobodne energije: G0' = 2867,5 kJ/mol. Da bi se ova
energija prikupila u uporabivom obliku, glukoza se u stanici oksidira u nizu koraka koji su
povezani sa sintezom ATP.
12
Glikoliza, poetna faza razgradnje glukoze, zajednika je praktiki svim stanicama. Glikoliza
se zbiva u odsutnosti kisika pa anaerobnim organizmima moe osigurati svu potrebnu
metaboliku energiju. U aerobnim stanicama glikoliza je tek prva faza razgradnje glukoze.
Reakcije glikolize razgrauju glukozu do piruvata uz neto-dobitak od dvije molekule ATP
(slika 2.32.). Poetne reakcije na glikolitikom putu u stvari troe energiju rabei ATP za
fosforilaciju glukoze do glukoza-6-fosfata i zatim fruktoze-fosfata do fruktoza-1,6-bisfosfata.
Enzimi koji kataliziraju ove dvije reakcije, heksokinaza i fosfofruktokinaza, vane su
regulacijske toke glikolitikog puta. Kljuni nadzor provodi fosfofruktokinaza, koju inhibira
visoka razina ATP. Inhibicija fosfofruktokinaze izaziva nagomilavanje glukoza-6-fosfata, koji
tada inhibira heksokinazu. Na taj je nain inhibirana razgradnja glukoze kad stanica ima
dovoljno raspoloive metabolike energije u obliku ATP.
Reakcije koje slijede nakon stvaranja fruktoza-1,6-bisfosfata pripadaju dijelu glikolitikog
puta kojim se proizvodi energija. Raspadom fruktoza-1,6-bisfosfata nastaju dvije molekule
eera s tri ugljikova atoma. Gliceraldehid-3-fosfat oksidira se u 1,3-bisfosfoglicerat. Fosfatna
skupina toga spoja ima vrlo veliku slobodnu energiju hidrolize (G0' = 48,1 kJ)) pa se koristi
u sljedeoj reakciji glikolize za pokretanje sinteze ATP iz ADP. Produkt te reakcije, 3fosfoglicerat, prevodi se zatim u fosfoenolpiruvat, drugi visoko-energijski intermedijar u
glikolizi. Hidroliza visokoenergijskog fosfata u fosfoenolpiruvatu tee uz G0' = 61 kJ/mol
pa se konverzija fosfoenolpiruvata u piruvat povezuje sa sintezom ATP. Svaka molekula
gliceraldehid-3-fosfata, koja se prevede u piruvat, povezana je s proizvodnjom dviju molekula
ATP. Od ishodne molekule glukoze ukupno se sintetiziraju etiri molekule ATP. Budui da su
dvije molekule ATP bile potrebne za otpoinjanje prvih reakcija, neto-dobitak od glikolize su
dvije molekule ATP.
Povrh proizvedenog ATP, glikoliza pretvara dvije molekule koenzima NAD + u NADH. U toj
reakciji NAD+ djeluje kao oksidacijsko sredstvo koje prima elektrone od gliceraldehid-3fosfata. NADH, nastali produkt te reakcije, reciklira, i slui kao donor elektrona u drugim
oksido-redukcijskim reakcijama unutar stanice. U anaerobnim uvjetima konverzijom piruvata
u laktat ili etanol reoksidira se NADH nastao glikolizom u NAD +. Meutim, u aerobnim
organizmima NADH slui kao dodatni izvor energije dajui svoje elektrone transportnom
lancu elektrona putem kojega e na kraju posluiti za redukciju O 2 u H2O uz povezano
stvaranje dodatnog ATP.
U eukariotskim stanicama glikoliza se odvija u citosolu. Piruvat se zatim prenosi u
mitohondrij, gdje se njegovom potpunom oksidacijom do CO2 i H2O proizvede veina ATP
dobivenog razgradnjom glukoze. Sljedei je korak u metabolizmu piruvata njegova
oksidativna dekarboksilacija u prisutnosti koenzima A (CoA) koji slui kao nosa acilnih
skupina u razliitim metabolikim reakcijama (slika 2.33.). Jedan se ugljik piruvata oslobodi
kao CO2, a preostala dva ugljika predaju se koenzimu A da nastane acetil-CoA. U tom se
procesu reducira molekula NAD+ u NADH.
Acetil-CoA nastao ovom reakcijom ulazi u ciklus limunske kiseline ili Krebsov ciklus (slika
2.34.) koji je sredinji put oksidativnog metabolizma. Dva ugljikova atoma acetilne skupine
povezuju se s oksaloacetatom (etiri ugljika) da nastane citrat (est ugljika). Tijekom osam
sljedeih reakcija dva se citratna ugljika potpuno oksidiraju do CO 2 pri emu se regenerira
oksaloacetat. Tijekom ciklusa stvori se jedna visokoenergijska fosfatna veza u GTP koja se
izravno koristi za pokretanje sinteze molekule ATP. Povrh toga svaki krug ciklusa proizvede
tri molekule NADH i molekulu reduciranoga flavin-adenin-dinukleotida (FADH2) koji je
takoer nosa elektrona u oksido-redukcijskim reakcijama.
Ciklus limunske kiseline dovrava oksidaciju glukoze do est molekula CO 2. etiri molekule
ATP izravno su dobivene od svake molekule glukoze dvije tijekom glikolize i dvije
ciklusom limunske kiseline (po jedna od svake molekule piruvata). Osim toga, nastaje deset
molekula NADH (dvije iz glikolize, dvije konverzijom piruvata u acetil-CoA i est iz ciklusa
13
limunske kiseline) te dvije molekule FADH2. Preostala energija, kojoj je izvor razgradnja
glukoze, dolazi od reoksidacije NADH i FADH2, kad se njihovi elektroni prenesu
transportnim lancem elektrona do kisika koji se reducira u H2O.
Tijekom oksidativne fosforilacije povezuju se elektroni NADH i FADH 2 s O2, a osloboena
energija tim procesom pokree sintezu ATP od ADP. Prijenos elektrona od NADH na O 2
oslobodi golemu koliinu slobodne energije: G0' = 219,5 kJ za svaki par prenesenih
elektrona. Da bi se ta energija prikupila u uporabivom obliku, proces se odvija postupnim
prolaskom elektrona preko niza nosaa koji ine transportni lanac elektrona (slika 2.35.).
Sastavnice transportnog lanca elektrona smjetene su u unutranjoj mitohondrijskoj membrani
eukariotskih stanica. Pojedinosti oksidativne fosforilacije razmotrit emo u 10. poglavlju u
raspravi o mitohondrijima. U aerobnim bakterijama, koje rabe usporedivi sustav, sastavnice
lananog prijenosa elektrona smjetene su u staninu membranu. U svakom sluaju prijenos
elektrona od NADH na O2 stvara dovoljno energije za pokretanje sinteze priblino triju
molekula ATP. Elektroni od FADH2 ulaze u transportni lanac na nioj energijskoj razini pa
njihov prijenos na O2 donosi manje uporabive energije, za dvije molekule ATP.
Sada moemo izraunati ukupni prinos ATP oksidacijom glukoze. Neto-dobitak od glikolize
jesu dvije molekule ATP i dvije molekule NADH. Pretvorba piruvata do acetil-CoA i njegov
metabolizam putem ciklusa limunske kiseline donosi jo dvije molekule ATP, osam molekula
NADH i dvije molekule FADH2. Pretpostavimo li da se oksidacijom svakog NADH
sintetiziraju tri molekule ATP i po dvije od svakog FADH2, ukupan prinos je 38 molekula ATP
po molekuli glukoze. Meutim, u nekim je stanicama prinos neto nii, jer dvije molekule
NADH, nastale glikolizom u citosolu, ne mogu izravno ui u mitohodrij. Elektroni tih
molekula NADH prenose se u mitohondrij posebnim prijenosnim sustavom. Ovisno o
koritenom sustavu, mogue je da ti elektroni uu u transportni lanac na razini FADH 2. U
takvim sluajevima dvije molekule NADH iz glikolize ne omoguuju sintezu triju nego samo
dviju molekula ATP pa na taj nain smanjuju ukupno iskoritenje od 38 ATP na 36 ATP po
molekuli glukoze.
2.3.3. Dobivanje energije iz drugih organskih molekula.
Energiju u obliku ATP mogue je dobiti razgradnjom i drugih organskih molekula pri emu
sredinju ulogu imaju putovi ukljueni u razgradnju glukoze. Nukleotidi se, primjerice, mogu
razgraditi do eera koji zatim ulaze u glikolitiki put. I aminokiseline se razgrauju putem
ciklusa limunske kiseline. Dva osnovna oblika uskladitene energije unutar stanica,
polisaharidi i lipidi, takoer se mogu razgraditi za proizvodnju ATP. Polisaharidi se kidaju na
slobodne eere koji se metaboliziraju kako je opisano u prethodnom odlomku. Lipidi su
meutim jo uinkovitija molekularna skladita energije. Budui da su lipidi reduciraniji od
ugljikohidrata, jer sadravaju preteito ugljikovodine lance, njihova oksidacija donosi
osjetno vie energije po masi ishodne tvari.
Masti (triacilgliceroli) su glavni oblik skladitenja lipida. Prvi je korak u njihovom
iskoritavanju razgradnja do glicerola i slobodnih masnih kiselina. Svaka masna kiselina
povezuje se s koenzimom A da nastane acil-CoA uz utroak jedne molekule ATP (slika 2.36.).
Masne kiseline razgrauju se u postupnom oksidativnom procesu od po dva ugljika. Nastaje
acetil-CoA i acil-CoA skraen za dva C-atoma. U svakom krugu oksidacije nastaje molekula
NADH i molekula FADH2. Acetil-CoA ulazi zatim u ciklus limunske kiseline, a ostatak se
masne kiseline nastavlja razgraivati na isti nain.
Razgradnja masne kiseline sa 16 ugljikovih atoma proizvodi sedam molekula NADH, sedam
FADH2 i osam molekula acetil-CoA. Izrazi li se taj rezultat prinosom ATP, dobivamo 21
molekulu ATP od NADH (3x7), 14 ATP od FADH 2 (2x7) i 96 od acetil-CoA. Budui da je
jedan ATP potroen za otpoinjanje procesa, neto-dobitak je 130 molekula ATP po molekuli
14
masne kiseline sa 16 ugljikovih atoma. Usporedimo taj prinos s dobivenih 38 ATP

molekuli glukoze. Budui da je relativna molekulska masa zasiene masne kiseline sa
ugljikovih atoma 256, a glukoze 180, dobivena koliina ATP je priblino 2,5 puta vea
gramu masne kiseline. Prema tome lipidi su bolje molekularno skladite energije
ugljikohidrata.
po
16
po
od
2.3.4 Fotosinteza.
Stvaranje energije oksidacijom ugljikohidrata i lipida temelji se na razgradnji prethodno
oblikovanih organskih spojeva. Potrebna energija za sintezu tih spojeva potjee od Suneva
svjetla. Biljke i fotosintetine bakterije prikupljaju i koriste tu energiju za pokretanje sinteze
ugljikohidrata. Pretvorbom Suneve energije u uporabivi oblik kemijske energije fotosinteza
je izvor praktiki svekolike metabolike energije u biolokim sustavima.
Ukupna jednadba fotosinteze moe se prikazati kao
svjetlo
6CO2 + 6H2O C6H12O6 +6O2
Meutim, taj je proces mnogo sloeniji, i odvija se u dvije odvojene faze. U prvoj fazi,
nazvanoj reakcije svjetla, apsorbirana Suneva energija pokree sintezu ATP i NADPH
(koenzim slian NADH) povezanu s oksidacijom H 2O u O2. ATP i NADPH, nastali
reakcijama svjetla, pokreu sintezu ugljikohidrata od CO2 i H2O u drugom skupu reakcija,
koje su nazvane reakcije tame, jer ne zahtijevaju Sunevo svjetlo. U eukariotskim stanicama
reakcije svjetla i reakcije tame odvijaju se u kloroplastima.
Fotosintetini pigmenti hvataju Sunevu energiju apsorpcijom fotona. Svjetlo apsorbirano tim
pigmentima izaziva pokretanje elektrona iz normalne molekularne orbitale u orbitalu vie
energije pretvarajui na taj nain Sunevu energiju u kemijsku energiju. U bilju su najobilniji
fotosintetini pigmenti klorofili (slika 2.37.) koji, osim zelenoga, zajedno apsorbiraju vidljivo
svjetlo svih valnih duljina. Dodatni pigmenti apsorbiraju svjetlo drugih valnih duljina tako da
se naelno uhvati potpuni spektar vidljivog svjetla i iskoristi za fotosintezu.
Energija uhvaena apsorpcijom svjetla troi se na pretvorbu H 2O u O2 (slika 2.38.). Tim
procesom proizvedeni elektroni visoke energije ulaze zatim u transportni lanac elektrona, gdje
prijenosom preko niza nosaa budu povezani sa sintezom ATP. Osim toga elektroni visoke
energije reduciraju NADP+ u NADPH.
U reakcijama tame ATP i NADPH (proizvedeni reakcijama svjetla) pokreu sintezu
ugljikohidrata od CO2 i H2O. Po jedna molekula CO2 ulazi u reakcijski ciklus poznat kao
Calvinov ciklus (Melvin Calvin otkrio je taj ciklus.), koji dovodi do stvaranja ugljikohidrata
(slika 2.39.). Calvinov ciklus utroi ukupno 18 molekula ATP i 12 NADPH za sintezu svake
molekule glukoze. Dva su elektrona potrebna za pretvorbu svake molekule NADP + u
NADPH, tako da 24 elektrona moraju proi transportnim lancem elektrona da stvore dovoljno
NADPH za sintezu jedne molekule glukoze. Ti se elektroni dobivaju pretvorbom 12 molekula
H2O u est molekula O2 to je u skladu sa stvaranjem est molekula O 2 uz svaku molekulu
glukoze. Nije meutim jasno dostaje li prolaz istih 24 elektrona niz transportni lanac elektrona
za proizvodnju 18 ATP koje predvia Calvinov ciklus. Moda neke od molekula ATP nastanu
alternativnim transportnim lancima koji koriste Sunevu energiju za sintezu ATP bez sinteze
NADPH (vidi 10. poglavlje).
2.4 Biosinteza staninih sastojaka.
15
Prethodni odlomak predoio je pregled glavnih metabolikih reakcija putem kojih stanica
dobavlja i pohranjuje energiju u obliku ATP. Ta se metabolika energija zatim iskoritava za
obavljanje razliitih zadaa ukljuujui i sintezu makromolekula i drugih staninih sastojaka.
Energija, koja se dobiva razgradnjom organskih molekula (katabolizam), troi se za
pokretanje sinteze drugih stanici potrebnih sastojaka. Veina katabolikih putova ukljuuje
oksidaciju organskih molekula povezanu sa stvaranjem energije (ATP) i reduktivnoga
potencijala (NADH). Nasuprot tomu, biosintetini putevi najee troe i ATP i reduktivni
potencijal (obino u obliku NADPH) za proizvodnju novih organskih spojeva. Jedan od
glavnih biosintetinih putova je sinteza ugljikohidrata od CO 2 i H2O tijekom fotosintetinih
reakcija u tami, o emu je raspravljano u prethodnom odlomku. O postojeim alternativnim
putevima koji dovode do biosinteze glavnih staninih sastojaka (ugljikohidrata, lipida,
proteina i nukleinskih kiselina) raspravljat emo u sljedeim odlomcima.
2.4.1. Ugljikohidrati.
Osim to se glukoza dobavlja izravno iz hrane ili se stvara fotosintezom, mogue je
sintetizirati glukozu iz drugih organskih molekula. Sinteza glukoze (glukoneogeneza) u
animalnim stanicama obino poinje laktatom (proizvedenim anaerobnom glikolizom),
aminokiselinama (nastalim razgradnjom proteina) ili glicerolom (nastalim razgradnjom
lipida). Biljke su takoer sposobne (ivotinje nisu) sintetizirati glukozu iz masnih kiselina, to
je posebice znaajno u tijekom klijanja sjemenki, kad se energija pohranjena u obliku masti
mora prevesti u ugljikohidrate nune za rast biljke. U animalnim i biljnim stanicama
jednostavni se eeri polimeriziraju i pohranjuju kao polisaharidi.
Glukoneogeneza ukljuuje pretvorbu piruvata do glukoze naelno obrnuti proces glikolize.
Meutim, kako je ve prije bilo reeno, glikolitika pretvorba glukoze do piruvata put je koji
stvara energiju proizvodei dvije molekule ATP i NADH. Premda su neke reakcije glikolize
povratne, preostale teku samo u smjeru razgradnje glukoze, jer su vezane uz golemo
smanjenje slobodne energije. Tijekom glukoneogeneze, takve se energijski povoljne reakcije
glikolize zaobilaze pomou drugih reakcija koje kataliziraju drugi enzimi, a koje uz utroak
ATP i NADH teku u smjeru sinteze glukoze. Stvaranje glukoze iz dviju molekula piruvata
zahtijeva ukupno etiri molekule ATP, dvije molekule GTP i dvije molekule NADH. Taj je
proces izrazito skuplji nego povratni proces glikolize (koji bi zahtijevao dvije molekule ATP i
dvije molekule NADH), to pokazuje da je potrebna dodatna energija za pokretanje puta u
smjeru biosinteze.
Biljne i animalne stanice skladite glukozu u obliku polisaharida (kroba odnosno glikogena).
Sinteza polisaharida, kao i svih drugih makromolekula, energijski je zahtjevna reakcija. Ve je
ranije spomenuto da je vezu izmeu dvaju eera (glikozidna veza) mogue prikazati kao
produkt reakcije dehidracije kojom se uklanja H2O (vidi sliku 2.3.). Takva je reakcija
meutim, energijski nepovoljna pa ne moe spontano tei u smjeru nastajanja glikozidne
veze. Stoga se stvaranje glikozidne veze mora povezati s reakcijom koja oslobaa energiju,
to se postie uporabom nukleotidnih eera kao intermedijara u sintezi polisaharida (slika
2.40). Glukoza se reakcijom koju pokree ATP prvo fosforilira u glukoza-6-fosfat koji zatim
prelazi u glukoza-1-fosfat. Glukoza-1-fosfat reagira s UTP (uridin trifosfat), pri emu nastane
UDP-glukoza i pirofosfat, koji se hidrolizira u fosfat uz oslobaanje dodatne energije. UDPglukoza je aktivirani intermedijar koji predaje svoj glukozni dio rastuem lancu polisaharida u
energijski povoljnoj reakciji. Na taj nain kemijska energija u obliku ATP i UTP pokree
sintezu polisaharida iz jednostavnih eera.
2.4.2 Lipidi.
16
Lipidi su vane molekule za pohranu energije i glavni su sastojak staninih membrana.

Sintetiziraju se iz acetil-CoA, koji nastaje razgradnjom ugljikohidrata u nizu reakcija koje su
sline obrnutoj oksidaciji masnih kiselina. Meutim, kao i kod biosinteze ugljikohidrata,
reakcije koje dovode do sinteze masnih kiselina razlikuju se od reakcija koje ih razgrauju, a
u smjeru biosinteze ih pokree popratni utroak energije u obliku ATP i reduktivnoga
potencijala u obliku NADPH. Masne se kiseline sintetiziraju postupnim dodavanjem jedinica
od po dva C-atoma na rastui lanac. Svaka od tih 2C-atomnih jedinica, koje donosi acetilCoA, troi jednu molekulu ATP i dvije molekule NADPH.
Biosinteza masnih kiselina odvija se u citosolu. Njezin glavni produkt je palmitat, 16Catomna masna kiselina. Osnovni sastojci staninih membrana (fosfolipidi, sfingomijelin i
glikolipidi) sintetiziraju se iz masnih kiselina u endoplazmatskom retikulu i Golgijevom
aparatu.
2.4.3. Proteini.
Dok ugljikohidrati i lipidi sadravaju samo ugljik, vodik i kisik, proteini (kao i nukleinske
kiseline) sadravaju osim tih elemenata i duik. U razliitim organizmima (slika 2.41.)
razliito je podrijetlo duika koji se ugrauje u organske spojeve. Neke bakterije rabe
atmosferski duik. U procesu nazvanom fiksacija duika N2 se reducira u NH3 uz utroak
energije u obliku ATP. ive vrste sposobne za fiksaciju duika relativno su malobrojne,
meutim veina bakterija, biljaka i gljiva moe koristiti nitrat (NO 3), obini sastojak tla, koji
se reducira do NH3 putem elektrona koje daju NADH ili NADPH. Bez obzira na razlike svi su
organizmi sposobni ugraditi NH3 u organske spojeve.
U organske se molekule NH3 ugrauje prije svega tijekom sinteze aminokiselina glutamata i
glutamina iz -ketoglutarata, intermedijara u ciklusu limunske kiseline. Te aminokiseline
zatim slue kao donori amino skupina tijekom sinteze drugih aminokiselina, koje se takoer
izvode iz intermedijara sredinjih metabolikih puteva, glikolize i ciklusa limunske kiseline
(slika 2.42.). Sirovine za sintezu aminokiselina dobivaju se, dakle, iz glukoze, a sinteza
aminokiselina troi energiju (ATP) i reduktivni potencijal (NADPH). Mnoge bakterije i biljke
mogu sintetizirati svih 20 aminokiselina. Ljudi i drugi sisavci mogu, meutim, sintetizirati
samo oko polovinu potrebnih aminokiselina, a ostale moraju pribaviti prehranom (tabl. 2.2.).
Polimerizacija aminokiselina u proteine takoer zahtijeva energiju. Slino sintezi
polisaharida, stvaranje peptidne veze moe se smatrati reakcijom dehidracije koju e u smjeru
sinteze pokretati povezivanje s nekim drugim izvorom metabolike energije. U biosintezi
polisaharida takvo se povezivanje ostvaruje konverzijom eera u aktivirane intermedijare kao
to je UDP-glukoza. Aminokiseline treba takoer aktivirati prije nego to e biti uporabljene
za sintezu proteina.
Kljuna razlika izmeu sinteze proteina i sinteze polisaharida jest injenica da se
aminokiseline ugrauju u proteine jedinstvenim redoslijedom koji je odreen genom. Slijed
nukleotida u genu odreuje slijed aminokiselina u proteinu putem translacije pri kojoj
glasnika RNA (mRNA) slui kao kalup za proteinsku sintezu (vidi 3. poglavlje). Svaka se
aminokiselina najprije vee za specifinu molekulu RNA (tRNA) u reakciji koja je povezana s
hidrolizom ATP (slika 2.43.). Zatim se aminoacil-tRNA privije uz kalup mRNA koji je vezan
na ribosomu i svaka se aminokiselina doda C-kraju rastuega polipeptidnog lanca nizom
reakcija o kojima podrobno raspravljamo u 7. poglavlju. Tijekom toga procesa dodatno se
hidroliziraju dvije molekule GTP, tako da je ugradba svake aminokiseline u protein povezana
s hidrolizom jedne molekule ATP i dviju molekula GTP.
2.1. Molekularna medicina.
Fenilketonurija
17
2.4.4. Nukleinske kiseline.

Pretee nukleinskih kiselina, nukleotidi, sastavljeni su od fosforiliranih 5C-atomnih eera
vezanih na baze nukleinskih kiselina. Nukleotidi se mogu sintetizirati iz ugljikohidrata i
aminokiselina. Mogue ih je takoer dobiti iz prehrambenih izvora ili ponovnim koritenjem
nakon razgradnje nukleinskih kiselina. Polazite u biosintezi nukleotida jest fosforilirani
eer, riboza-5-fosfat, koji se dobiva iz glukoza-6-fosfata. Divergentni putevi vode zatim do
sinteze purinskih i pirimidinskih nukleotida koji su izravni pretee za sintezu RNA.
Ribonukleotidi se prevode u deoksiribonukleotide koji su monomerne graevne jedinice
DNA.
RNA i DNA su polimeri nukleozidnih monofosfata. Kao i za druge makromolekule, izravna
polimerizacija nukleozidnih monofosfata energijski je nepovoljna, pa sinteza polinukleotida
umjesto njih koristi nukleozidne trifosfate kao aktivirane pretee (slika 2.44.). Nukleozid-5'trifosfat dodaje se 3'-hidroksilnoj skupini rastuega polinukleotidnoga lanca uz otputanje i
zatim hidrolizu pirofosfata, to pokree reakciju u smjeru sinteze polinukleotida.
2.5. Stanine membrane.
Struktura i funkcija stanica presudno ovisi o membranama koje ne odvajaju samo unutranjost
stanice od njezine okoline, nego takoer odreuju interne odjeljke eukariotskih stanica
ukljuujui jezgru i citoplazmatske organele. Oblikovanje biolokih membrana temelji se na
svojstvima lipida. Sve stanine membrane imaju zajedniku strukturnu organizaciju: dvosloj
fosfolipida i pridruene proteine. Membranski proteini obavljaju mnoge specijalizirane
zadae. Neki slue kao receptori koji omoguuju stanici da odgovara na izvanjske signale,
neki su odgovorni za selektivni transport molekula kroz membranu, a neki sudjeluju u
transportu elektrona i oksidativnoj fosforilaciji. Osim toga, membranski proteini nadziru
interakcije izmeu stanica u mnogostaninim organizmima. Zajedniko strukturno ustrojstvo
membrana podloga je razliitim biolokim procesima i specijaliziranim membranskim
funkcijama, o kojima emo podrobno raspravljati u sljedeim poglavljima.
2.5.1. Membranski lipidi.
Osnovne graevne jedinice svih staninih membrana jesu fosfolipidi koji su amfipatine
molekule, sastavljene od dvaju hidrofobnih masnokiselinskih lanaca vezanih na hidrofilnu
eonu skupinu koja sadrava fosfat (vidi sliku 2.7.). Fosfolipidi spontano stvaraju dvosloje u
vodenim otopinama zbog slabe topljivosti masnokiselinskih repova u vodi. Hidrofobni
masnokiselinski repovi skriveni su u unutranjosti membrane, a njihove polarne eone
skupine izloene su dodiru s vodom na objema stranama (slika 2.45.). Takvi fosfolipidni
dvosloji stvaraju stabilnu pregradu izmeu dvaju vodenih odjeljaka i oni su osnovna struktura
svih biolokih membrana.
U veini staninih membrana lipidi ine priblino 50% mase, ali taj postotak varira ovisno o
tipu membrane. Primjerice, stanine membrane sadravaju priblino 50% lipida i 50%
proteina. Unutranja membrana mitohondrija ima pak neobino veliki udio proteina (oko
75%) to je odraz obilja proteinskih kompleksa ukljuenih u transport elektrona i oksidativnu
fosforilaciju. Takoer je raznovrstan lipidni sastav razliitih staninih membrana (tabl. 2.3.).
U E. coli membrane su izgraene preteito od fosfatidiletanolamina koji ini 80% ukupnih
lipida. Membrane sisavaca mnogo su sloenije i kao etiri glavna lipida sadravaju
fosfatidilkolin, fosfatidilserin, fosfatidiletanolamin i sfingomijelin. Ti lipidi ine 50 60%
18
ukupnih membranskih lipida. Osim fosfolipida animalne stanice u membranama sadravaju

glikolipide i kolesterol, koji ine oko 40% ukupnih lipidnih molekula.
Vano svojstvo lipidnog dvosloja jest da djeluju kao dvodimenzionalne tekuine u kojima se
pojedinane molekule (lipidi i proteini) slobodno okreu i lateralno kreu (slika 2.46.).
Kljuno svojstvo membrana jest fluidnost koja ovisi o temperaturi i lipidnom sastavu.
Interakcije izmeu kratkolananih masnih kiselina slabije su od onih izmeu dugolananih
masnih kiselina, pa su membrane koje sadravaju krae masne kiseline manje krute, te ostaju
fluidne i kod niih temperatura. Lipidi koji sadravaju nezasiene masne kiseline takoer
poveavaju membransku fluidnost, jer prisutnost dvostrukih veza izaziva izlomljenost
masnokiselinskih lanaca pa se oni tee zbliuju u membranskoj strukturi.
Zbog svoje ugljikovodine prstenaste strukture (slika 2.9.) molekula kolesterola ima zasebnu
ulogu u odreivanju membranske fluidnosti. Molekule kolesterola usauju svoje polarne
hidroksilne skupine u dvosloj uz hidrofilne eone skupine fosfolipida (slika 2.47.). Kruti
ugljikovodini prsteni kolesterola stoga su u interakciji s masnokiselinskim lancima koji su
privinuti uz fosfolipidne eone skupine. Takve interakcije smanjuju pokretljivost udaljenijega
dijela masnokiselinskog lanca i stoga ukruuju pripadnu membransku regiju. S druge strane,
usaeni kolesterol ometa interakcije meu masnokiselinskim lancima to odrava
membransku fluidnost kod niih temperatura.
2.5.2. Membranski proteini.
Proteini su drugi vaan sastojak staninih membrana i zauzimaju 25 do 75% mase razliitih
staninih membrana. Prihvaeni model membranske strukture, koji su predloili Jonatan
Singer i Garth Nicolson 1972. godine, predouje membrane kao tekui mozaik, gdje su
proteini usaeni u lipidni dvosloj (slika 2.48.). Dok fosfolipidi osiguravaju osnovnu
strukturnu organizaciju membrana, membranski proteini obavljaju specifine zadae u
razliitim staninim membranama. Ovisno o nainu na koji su udrueni u membranu ti su
proteini razvrstani u dvije osnovne skupine. Integralni membranski proteini ukopani su
izravno u lipidni dvosloj. Periferni membranski proteini nisu usaeni u lipidni dvosloj nego
su povezani s membranom posredno, najee putem interakcija s integralnim membranskim
proteinima.
Veina integralnih membranskih proteina (nazvanih transmembranskim proteinima)
premouju lipidni dvosloj i dijelom su izloeni okruenju na obje strane membrane.
Proteinski dio koji premouje membranu obino je izgraen od 20 do 25 aminokiselina koje
tvore -uzvojnicu. Hidrofobni boni ogranci tih aminokiselina u interakciji su s
masnokiselinskim lancima membranskih lipida, a oblikovanje -uzvojnice neutralizira polarni
karakter peptidnih veza, to je ve prije spominjano pri smatanju proteina. Poznato je da
lipidni dvosloj premouje jo samo -bavasta struktura, koja nastaje smatanjem -ploa u
bavastu konformaciju. Takvi su transmembranski proteini opaeni u bakterijama,
kloroplastima i mitohondrijima (slika 2.49.). Slino fosfolipidima, membranski proteini su
amfipatine molekule, i njihovi su hidrofilni dijelovi izloeni vodenom okruenju na obje
strane membrane. Ima transmembranskih proteina koji premouju membranu samo jednom,
ali i onih koji imaju stukturnu regiju za viekratno premoenje. Veina transmembranskih
proteina u eukariotskim membranama modificirana je dodatkom ugljikohidrata koji su
izloeni na povrini stanice i esto sudjeluju u meustaninim interakcijama.
Proteini mogu takoer biti usidreni u membrane lipidima koji su kovalentno vezani na
polipeptidni lanac (vidi 7. poglavlje). Specifine lipidne modifikacije usidruju proteine na
citosolne i izvanstanine strane membrane bilo dodatkom 14C-atomne aminokiseline
(miristinske kiseline) na amino kraj, bilo dodatkom 16C-atomne masne kiseline (palmitinske
kiseline) ili 15C-atomne odnosno 20C-atomne prenilne skupine na boni ogranak cisteina. Na
19
izvanstaninu stranu membrane proteini se takoer mogu usidriti dodatkom glikolipida na

proteinskom C-kraju.
2.5.3. Transport kroz stanine membrane.
Selektivna permeabilnost biolokih membrana za male molekule omoguuje stanici da
nadzire svoj unutranji sadraj. Samo male nenabijene molekule mogu slobodno difundirati
kroz fosfolipidne dvosloje (slika 2.50.). Male nepolarne molekule, kao to su O 2 i CO2,
topljive su u lipidnom dvosloju i mogu nesmetano prolaziti kroz stanine membrane. Male
nenabijene polarne molekule, kao to je H2O, takoer mogu difundirati kroz membrane, ali to
ne mogu vee nenabijene polarne molekule, kao to je glukoza. Nabijene molekule, tj. ioni, ne
mogu difundirati kroz fosfolipidni dvosloj bez obzira na veliinu; ak ni ioni H+ ne mogu
prijei lipidni dvosloj slobodnom difuzijom.
Premda ioni i veina polarnih molekula ne mogu prijei lipidni dvosloj, mnoge takve
molekule (kao glukoza) ipak prolaze kroz lipidni dvosloj. Takve molekule prolaze kroz
membrane djelovanjem specifinih transmembranskih proteina koji djeluju kao nosai. Ti
transportni proteini odreuju selektivnu permeabilnost staninih membrana i stoga imaju
kljunu ulogu u membranskoj funkciji. Sadravaju strukturne regije za viekratno
membransko premoenje kojim oblikuju prolaz kroz lipidni dvosloj doputajui da polarne
ili nabijene molekule prijeu kroz membranu putem proteinske pore bez doticaja s
hidrofobnim masnokiselinskim lancima membranskih fosfolipida.
Postoje naelno dvije vrste membranskih transportnih proteina (slika 2.51.), o emu podrobno
raspravljamo u 12. poglavlju. Kanalni proteini oblikuju u membranama otvorene pore
doputajui nesmetani prolaz svakoj molekuli odgovarajue veliine. Primjerice ionski kanali
doputaju prolaz kroz membranu anorganskim ionima kao to su Na +, K+, Ca2+ i Cl. Kad se
otvore, kanalni proteini oblikuju male pore kroz koje mogu slobodnom difuzijom prolaziti
ioni odgovarajue veliine i naboja. Pore oblikovane kanalnim proteinima nisu neprekidno
otvorene. One se selektivno otvaraju ili zatvaraju odgovarajui na izvanstanine signale i na
taj nain omoguuju stanici da nadzire kretanje iona kroz membranu. Takvi regulirani ionski
kanali osobito su dobro proueni u ivanim i miinim stanicama, gdje posreduju u prijenosu
elektrokemijskih signala.
Suprotno kanalnim proteinima proteinski nosai selektivno veu i prenose specifine male
molekule kao to je glukoza. Da bi olakali prolaz specifinih molekula kroz membranu,
proteinski nosai ne oblikuju otvorene kanale, nego djeluju kao enzimi. Proteinski nosai
veu specifine molekule, to dovodi do konformacijskih promjena koje otvore kanale, da bi
transportirana molekula prela membranu i bila otputena na drugoj strani.
Do sada smo opisali transport molekula kroz membrane putem kanala i proteinskih nosaa u
energijski povoljnom smjeru koji je odreen koncentracijskim i elektrokemijskim
gradijentima. Taj se proces naziva pasivnim transportom. Meutim proteinski nosai
osiguravaju takoer mehanizam kojim se promjene energije, koje prate transport molekula
kroz membranu, mogu povezati s koritenjem ili oslobaanjem drugih oblika metabolike
energije, slino enzimskim reakcijama koje se mogu povezati s hidrolizom ili sintezom ATP.
Molekule se primjerice mogu transportirati kroz membranu u energijski nepovoljnom smjeru
(primjerice, protiv koncentracijskoga gradijenta), ako se njihov prijenos u tom smjeru povee
s hidrolizom ATP kao izvorom energije. Takav se proces naziva aktivnim transportom (slika
2.52.). Slobodna se energija pohranjena u ATP moe na taj nain iskoristiti za nadzor
unutranjeg sastava stanice kao to se iskoritava za pokretanje biosinteze staninih sastojaka.
20
SAETAK
MOLEKULARNI SASTAV STANICA
KLJUNI NAZIVI
Ugljikohidrati: Ugljikohidrati obuhvaaju jednostavne eere i

polisaharide. Polisaharidi slue kao skladini oblici eera,
konstruktivni sastojci stanice i biljezi u procesima staninoga
prepoznavanja.
ugljikohidrati,
monosaharidi, glikozidna
veza,
oligosaharidi,
polisaharidi,
glikogen.
krob, celuloza
Lipidi: Lipidi su osnovni sastojci staninih membrana, slue za lipid,
masna
kiselina,
pohranu energije i kao signalne molekule. Fosfolipidi se sastoje od triacilglicerol,
mast,
dvaju hidrofobnih masnokiselinskih lanaca vezanih na hidrofilnu fosfolipid, sfingomijelin,
eonu skupinu koja sadrava fosfat.
amfipatian,
glikolipid,
kolesterol,
steroidni
hormon
Nukleinske kiseline: Nukleinske su kiseline glavne informacijske deoksiribonukleinska
molekule u stanici. DNA i RNA su polimeri purinskih i kiselina
(DNA),
pirimidinskih
nukleotida.
Vodikove
veze
izmeu ribonukleinska
kiselina
komplementarnih parova baza omoguuju usmjeravanje (RNA), glasnika RNA
samoreplikacije nukleinskih kiselina.
(mRNA),
ribosomska
RNA, transportna RNA
(tRNA), nukleotid, purin,
pirimidin, adenin, gvanin,
citozin, timin, uracil, 2'deoksiriboza,
riboza,
nukleozid, fosfodiesterska
veza,
oligonukleotid,
polinukleotid
Proteini: Proteini su polimeri 20 razliitih aminokiselina, od kojih protein,
aminokiselina,
svaka ima razliiti boni ogranak specifinih kemijskih svojstava. peptidna veza, polipeptid,
Svaki protein ima jedincati aminokiselinski slijed koji odreuje kristalografija difrakcijom
njegovu trodimenzionalnu strukturu. U veini proteina smata se X-zraka,
primarna
sekundarna
kombinacija -uzvojnica i -ploa u globularne domene s struktura,
hidrofobnim aminokiselinama u unutranjosti, a s hidrofilnim struktura, -uzvojnica, aminokiselinama na povrini.
ploa,
tercijarna
struktura,
domena,
kvarterna struktura
SREDINJA ULOGA ENZIMA KAO BIOLOKIH KATALIZATORA
Katalitika aktivnost enzima: Enzimi kataliziraju gotovo sve enzim, substrat, produkt,
kemijske reakcije u stanici.
prijelazno stanje, energija
aktivacije, aktivno sredite
Mehanizmi enzimske katalize: Enzimi ubrzavaju reakcije model
klju-brava,
vezanjem substrata u odgovorajuem poloaju, mijenjajui inducirana prilagodba
konformaciju substrata radi postizanja prijelaznoga stanja i
izravno sudjelujui u kemijskim reakcijama.
Koenzimi: Koenzimi djeluju u svezi s enzimima prenosei prostetika
skupina,
kemijske skupine izmeu substrata.
koenzim,
nikotinamidadenin-dinukleotid (NAD+)
21
Regulacija enzimske aktivnosti: Aktivnosti enzima reguliraju se u

skladu s fiziolokim potrebama stanice. Enzimska se aktivnost
moe nadzirati vezanjem malih molekula, interakcijom s drugim
proteinima i kovalentnim modifikacijama.
METABOLIKA ENERGIJA
Slobodna energija i ATP: ATP slui kao uskladitena slobodna
energija koja se koristi za pokretanje energijski zahtjevnih reakcija
u stanici.
inhibicija
povratnom
spregom,
alosterika
regulacija, fosforilacija
Gibbsova
slobodna
energija (G), adenozin-5'trifosfat
(ATP,
visokoenergijska veza
Stvaranje ATP iz glukoze: Razgradnja glukoze glavni je izvor glikoliza,
koenzim
A
stanine energije. U aerobnim stanicama potpuna oksidacija (CoA), ciklus limunske
glukoze proizvodi 36 do 38 molekula ATP. Veina tog ATP dobiva kiseline, Krebsov ciklus,
se transportnim lancem elektrona koji reduciraju O2 u H2O.
flavin-adenin-dinukleotid
(FADH2),
oksidativna
fosforilacija, transportni
lanac elektrona
Dobava energije iz drugih organskih molekula: Mogue je
proizvesti ATP razgradnjom organskih molekula drugaijih od
glukoze. Budui da su masti reduciranije od ugljikohidrata, one su
uinkovitiji oblik skladitenja energije.
Fotosinteza: Krajnji izvor energije potrebne za sintezu organskih reakcije svjetla, reakcije
molekula Sunevo je svjetlo koje iskoritavaju biljke i tame,
fotosintetini
fotosintetine bakterije. U prvoj fazi fotosinteze Suneva se pigmenti,
klorofil,
energija koristi za pokretanje sinteze ATP i NADPH uz oksidaciju Calvinov ciklus
H2O u O2. Na taj nain proizvedeni ATP i NADPH koristi se zatim
za sintezu glukoze iz CO2 i H2O.
BIOSINTEZA STANINIH SASTOJAKA
Ugljikohidrati: Glukozu je mogue sintetizirati iz drugih glukoneogeneza
organskih molekula uporabom energije i reduktivnog potencijala u
obliku ATP i NADH. Dodatni ATP je zatim potreban za pokretanje
sinteze polisaharida iz jednostavnih eera.
Lipidi: Lipidi se sintetiziraju iz acetil-CoA koji nastaje
razgradnjom ugljikohidrata.
Proteini: Aminokiseline se sintetiziraju iz intermedijara glikolize i fiksacija duika
ciklusa limunske kiseline. Polimerizicija u proteine zahtijeva
dodatnu energiju u obliku ATP i GTP.
Nukleinske kiseline: Purinski i pirimidinski nukleotidi
sintetiziraju se iz ugljikohidrata i aminokiselina. Njihovu
polimerizaciju u DNA i RNA pokreu nukleozidni trifosfati koji
slue kao aktivirani pretee.
STANINE MEMBRANE
Membranski lipidi: Osnovnu strukturu svih staninih membrana fosfolipidni dvosloj
ini lipidni dvosloj. Membrane animalnih stanica sadravaju
takoer glikolipide i kolesterol.
Membranski proteini: Proteini mogu biti usidreni u lipidni tekui mozaik, integralni
dvosloj ili se posredno povezuju putem interakcija protein-protein. membranski
protein,
Neki proteini premouju lipidni dvosloj, drugi su usidreni s jedne periferni
membranski
strane membrane.
protein, transmembranski
protein, -bava
22
Transport kroz stanine membrane: Lipidni su dvosloji propusni kanalni protein, proteinski
samo za male nenabijene molekule. Ioni i veina polarnih nosa, pasivni transport,
molekula prenose se kroz membrane specifinim transportnim aktivni transport
proteinima, ije djelovanje moe biti povezano s hidrolizom ili
sintezom ATP.
23
PITANJA
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
Koja svojstva ine vodu idealnom da bude najobilnija molekula u stanici?

Obrazloi razliku izmeu oligosaharida i polisaharida.
to razlikuje glikogen i celulozu?
Po emu se masna kiseline razlikuje od masti?
to su osnovne uloge masti i fosfolipida u stanicama?
Koje su vane stanine zadae nukleotida osim to slue kao graevne jedinice
u sintezi nukleinskih kiselina?
Nabroji deset nepolarnih aminokiselina i opii kamo se nastoje smjestiti u
tipinom monomernom enzimu topljivom u vodi.
Vezni dep tripsina sadrava aspartat. Pretpostavi kako e zamjena te
aminokiseline lizinom utjecati na enzimsku aktivnost.
Promatraj reakciju A B+C za koju je G'0 = +14,6 kJ/mol. Izraunaj G u
staninim uvjetima pri kojima je koncentracija A 102 M, a pojedinane koncentracije B
i
C
su
3
10 M. U kojem e smjeru tei reakcija u stanici? (R = 8,28 103 kJ/mol/stupanj; T =
298 K (25 C); ln(x) = 2,3 log10(x))
Koje su reakcije svjetla i reakcije tame u fotosintezi?
Premda su proteinski nosai i kanalni proteini slini po mnogo emu,
primjerice po specifinosti i zasienju kod visokih koncentracija transportirane
molekule, objasni zato su proteinski nosai mnogo sporiji od kanalnih proteina?
Zato su regije transmembranskih proteina koje premouju membranu u
obliku -uzvojnica?
IZVORNA I DODATNA LITERATURA

Openita literatura
Molekularni sastav stanica
Sredinja uloga enzima kao biolokih katalizatora
Metabolika energija
Biosinteza staninih sastojaka
Stanine membrane
24
Kljuni pokus
Smatanje polipeptidnih lanaca
Reduktivno kidanje disulfidnih mostova u ribonukleazi
Michael Sela, Frederick H. White, Jr. i Christian B. Anfinsen
Science, Volumen 125, 1957, stranice 691-692
Slika 2KP1
Slika 2KP2
Kontekst
Funkcionalni su proteini znatno sloeniji od linearnih lanaca aminokiselina. Stvaranje
aktivnih enzima ili drugih proteina zahtijeva smatanje polipeptidnih lanaca u preciznu
tridimenzijsku konformaciju. Ta razlika izmeu proteina i polipeptidnih lanaca postavlja
kljuna pitanja pri razumijevanju odnosa proteinske strukture i funkcije. Kako je odabrana
prava konformacija od mnogih moguih konformacija koje bi mogao poprimiti polipeptidni
lanac? Odakle informacija koja usmjeruje proteinsko smatanje?
Klasini pokus Christiana Anfinsena i njegovih suradnika odgovara na ta pitanja.
Prouavajui enzim ribonukleazu, Anfinsen i suradnici uspjeli su pokazati da se denaturirani
proteini mogu spontano ponovno smotati u aktivnu konformaciju. Prema tome primarni
aminokiselinski slijed sadrava svu potrebnu informaciju koja odreuje pravilnu prostornu
konformaciju proteina. Niz eksperimenata naveo je Anfinsena na zakljuak da nativna
trodimenzijska struktura proteina odgovara termodinamiki najstabilnijoj konformaciji koju
odreuju interakcije sastavnih aminokiselina. Originalna opaanja, koja su dovela do ovoga
kljunog naela, autori Michael Sela, Frederick H. White, Jr. i Christian B. Anfinsen objavili
su u citiranom radu 1957. godine.
Pokusi
Sela, White i Anfinsen prouavali su goveu ribonukleazu, mali protein od 124 aminokiseline
koji ima etiri disulfidne (S-S) veze izmeu bonih ogranaka cisteina. Enzimsku aktivnost
ribonukleaze mogue je pratiti ispitivanjem sposobnosti enzima da pokida RNA u nukleotide,
to omoguava jednostavno odreivanje funkcije nativnoga proteina. Enzimska je aktivnost
potpuno nestala ukoliko je enzim izloen tretmanu koju kida nekovalentne veze i reducira
disulfidne veze u sulfhidrilne (SH) skupine. inilo se da na taj nain denaturirani protein
zauzima sluajnu neaktivnu konformaciju.
Osobito je vano da su Sela, White i Anfinsen opazili da se enzimska aktivnost vraa, ako se
denaturirani protein inkubira u uvjetima koji omoguuju da se polipeptidni lanac ponovno
smota i disulfidne veze ponovno uspostave. U tim pokusima uklonjeno je denaturirajue
sredstvo, a zatim je inaktivirani enzim inkubiran u fiziolokom puferu u prisutnosti O 2. Taj
postupak doveo je do oksidacije sulfhidrilnih skupina i ponovne uspostave disulfidnih veza.
Tim procesom enzimu se vratila katalitika aktivnost, to dokazuje da se enzim ponovno
smotao u nativnu konformaciju. Budui da nisu bile prisutne druge stanine komponente, sva
potrebna informacija za proteinsko smatanje oito je potjecala od primarnoga slijeda
aminokiselina u polipeptidnom lancu.
Uinak
Daljnji su pokusi odredili uvjete u kojima denaturirana ribonukleaza potpuno vraa svoju
nativnu strukturu i enzimsku aktivnost potvrujui "termodinamiku hipotezu" proteinskog
smatanja, koja kae da nativna trodimenzijska struktura proteina odgovara termodinamiki
najstabilnijem stanju u fiziolokim uvjetima. Termodinamika stabilnost odreena je
interakcijama meu aminokiselinama koje ga sainjavaju, te je stoga trodimenzionalna
25
konformacija proteina izravno odreena primarnim slijedom aminokiselina. Budui da

redoslijed nukleotida u DNA odreuje slijed aminokiselina u polipeptidu, proizlazi da
redoslijed nukleotida u genu sadrava svu informaciju potrebnu za trodimenzijsku strukturu
svojega proteinskoga produkta.
Premda je Anfinsenov rad postavio termodinamiki temelj za proteinsko smatanje,
razumijevanje mehanizma toga procesa jo je aktivno podruje istraivanja. Smatanje proteina
iznimno je sloeno i jo uvijek je nemogue predvidjeti trodimenzijsku strukturu proteina
izravno iz slijeda aminokiselina. Takoer je vano napomenuti da je spontano smatanje
proteina in vitro mnogo sporije nego proteinsko smatanje u stanici, gdje pomau enzimi (vidi
7. poglavlje). Smatanje proteina ostaje sredinji izazov bioloke kemije.
26
2.1 Molekularna medicina

3 Fenilketonurija
Slika 2MM1
Bolest
Fenilketonurija (PKU) je uroena pogreka aminokiselinskog metabolizma s razornim
uincima. Pogaa priblino jedno od 10.000 novoroenadi. Ako se ne lijei, izaziva teku
mentalnu retardaciju. Na sreu, razumijevanje naravi defekta koji uzrokuje fenilketonuriju
omoguuje ranu dijagnozu i uinkovito lijeenje.
Molekularna i stanina osnova
Fenilketonuriju uzrokuje nedostatak enzima fenilalanin-hidroksilaze, koji prevodi fenilalanin
u tirozin. Nedostatak uzrokuje nagomilavanje fenilalanina do visokih razina, to izaziva druge
reakcije, primjerice, njegovu konverziju u fenilpiruvat. Fenilalanin, fenilpiruvat i drugi
abnormalni metaboliti skupljaju se u krvi i izluuju se u visokim koliinama u urinu (naziv
bolesti potjee od visoke koncentracije fenilpiruvata, fenilketona koji se pojavljuje u urinu
bolesne djece). Premda biokemijski uzrok mentalne retardacije nije precizno poznat, za
njezinu pojavu kljuno je nagomilavanje abnormalnih metabolita fenilalanina.
Prevencija i lijeenje
Nedostatak enzima ne stvara probleme dok je fetus u maternici pa su djeca s fenilketonurijom
pri roenju normalna. Meutim, ako se bolest ne lijei, bolesna djeca postaju nepovratno i
teko zaostala tijekom prve godine ivota. Sretna je okolnost da se fenilketonurija moe
odmah prepoznati po povienoj razini fenilalanina u krvi pri rutinskim testovima
novoroenadi. Mogue je sprijeiti mentalnu retardaciju prehranom bolesne novoroenadi
sintetikom dijetom koja je siromana fenilalaninom. Takav dijetalni postupak uklanja
nagomilavanje toksinih fenilalaninskih metabolita i uinkovito sprjeava permanentnu
mentalnu retardaciju do koje bi dolo bez terapije. Stoga je rutinska analiza fenilalanina u krvi
test bitan za svu novoroenad.
27
Opisi slika
Slika 2.1. Svojstva vode.
Voda je polarna molekula (A), djelomice negativnog naboja () na kisikovu atomu, a
djelomice pozitivnog naboja (+) na vodikovim atomima. Zbog svoje polarnosti molekule
vode mogu se povezati vodikovim mostovima meusobno ili s drugim polarnim
molekulama (B) i, dakako, ostvaruju interakcije s nabijenim ionima (C).
Vodikova veza
Slika 2.2. Struktura jednostavnih eera.
Prikazani su primjeri eera (trioza, pentoza, heksoza) koji sadravaju tri, pet i est Catoma. eeri s pet ili vie ugljikovih atoma mogu ciklizirati. Oblikovani prsteni postoje u
dvama oblicima ovisno o konfiguraciji na prvom C-atomu (C1).
Trioze (C3H6O3), Gliceraldehid, Dihidroksiaceton. Pentoze (C5H10O5), Riboza, Lanani
oblik, Prstenasti oblici, Heksoze (C6H12O6), Glukoza, Lanani oblik, Prstenasti oblici
Slika 2.3. Oblikovanje glikozidne veze.
Dva se jednostavna eera povezuju reakcijom dehidracije (uklanjanjem molekule vode).
Primjer prikazuje povezivanje dviju molekula glukoze u -konfiguraciji vezom izmeu
atoma C1 i C4, koja se stoga naziva (14) glikozidnom vezom.
(14) glikozidna veza
Slika 2.4. Struktura polisaharida.
Polisaharidi su makromolekule koje se sastoje od stotina ili tisua jednostavnih eera.
Glikogen, krob i celuloza izgraeni su iskljuivo od glukoza povezanih (14)
glikozidnim vezama u glikogenu i krobu, a (14) vezama u celulozi. Glikogen i jedan
oblik kroba (amilopektin) sadravaju takoer ponegdje (16) veze, koje slue kao
mjesta grananja pri povezivanju dvaju odvojenih (14) lanaca.
Amilopektin (krob), Glikogen, Celuloza, (16) veze povezuju dva lanca u toku
grananja, Veina graevnih jedinica povezana je (14) vezama, Jedinice su povezane
(14) vezama.
Slika 2.5. Struktura masnih kiselina.
Masne se kiseline sastoje od dugih ugljikovodinih lanaca koji zavravaju karboksilnom
skupinom (COO-). Palmitat i stearat su zasiene masne kiseline koje imaju 16 odnosno 18
C-atoma. Oleat je nezasiena masna kiselina s 18 C-atoma koja ima dvostruku vezu
izmeu C9 i C10. Valja uoiti da dvostruka veza lomi ugljikovodini lanac.
Palmitat (C16), Stearat (C18) Oleat (C18)
Slika 2.6. Struktura triacilglicerola.
Triacilgliceroli (masti) sadravaju tri masne kiseline vezane na glicerol. U prikazanom
primjeru tri masne kiseline su palmitat, ali triacilgliceroli esto sadravaju smjesu razliitih
masnih kiselina.
Glicerol, Masne kiseline, Glicerol, Masne kiseline
Slika 2.7. Struktura fosfolipida.
Glicerolni fosfolipidi sadravaju dvije masne kiseline vezane na glicerol. Masne se kiseline
mogu razlikovati pa ih obiljeavamo kao R1 i R2. Trei ugljikov atom glicerola povezan je
s fosfatnom skupinom (oblikujui fosfatidnu kiselinu). Ta fosfatna skupina zatim je esto
povezana s nekom malom polarnom molekulom (pri emu nastaju fosfatidiletanolamin,
fosfatidilkolin, fosfatidilserin ili fosfatidilinozitol). U sfingomijelinu dva ugljikovodina
lanca vezana su na polarnu eonu skupinu koja pripada serinu umjesto glicerolu.
Fosfatidna kiselina, Fosfat, Glicerol, Fosfatidiletanolamin,Etanolamin, Fosfatidilkolin,
Kolin, Fosfatidilserin, Serin, Fosfatidilinozitol, Inozitol, Sfingomijelin Kolin, Serin
Slika 2.8. Struktura glikolipida.
28
Dva ugljikovodina lanca vezana su na polarnu eonu skupinu koja potjee od serina i
sadrava ugljikohidrate (primjerice glukozu).
Glukoza (ugljikohidrat), Serin
Slika 2.9. Kolesterol i steroidni hormoni.
Kolesterol, vaan sastojak staninih membrana, amfipatina je molekula zbog svoje
polarne hidroksilne skupine. Kolesterol je takoer pretea steroidnih hormona kao to
su testosteron i estradiol (oblik estrogena). Slika ne prikazuje vodikove atome vezane
na ugljike u prstenu.
Kolesterol, Testosteron, Estradiol
Slika 2.10. Sastojci nukleinskih kiselina.
Nukleinske kiseline sadravaju purinske i pirimidinske baze vezane na fosforilirane
eere. Baza nukleinske kiseline vezana samo na eer je nukleozid. Nukleotidi
dodatno sadravaju jednu ili vie fosfatnih skupina.
Purini, Adenin (A), Gvanin (G),
Pirimidini, Citozin (C), Timin (T), Uracil (U), eeri, Riboza, 2-deoksiriboza,
Nukleozid, Nukleotid, Uridin, Uridin-5'-monofosfat (UMP)
Slika 2.11. Polimerizacija nukleotida.
Fosfodiesterska se veza oblikuje izmeu 3'-hidroksilne skupine jednoga nukleotida i
5'-fosfatne skupine drugoga. Polinukleotidni lanac je usmjerena molekula: jedan kraj
zavrava 5'-fosfatnom skupinom ((5'-kraj), a drugi 3'-hidroksilnom skupinom (3'-kraj).
Baza, eer, Baza, eer, 5'-kraj, Baza, eer, 3'-kraj, Baza, eer,
Slika 2.12. Komplementarno sparivanje baza nukleinskih kiselina.
Stvaranje vodikovih veza izmeu baza suprotno usmjerenih lanaca DNA omoguuje
specifino sparivanje gvanina (G) s citozinom (C) i adenin (A) s timinom (T).
Slika 2.13. Struktura aminokiselina.
Svaka se aminokiselina sastoji od sredinjeg atoma ugljika (-ugljik) vezanog na
vodikov atom, karboksilnu skupinu, amino skupinu i specifini boni ogranak
(oznaen kao R). Kod fiziolokoga pH karboksilna skupina i amino skupina su
ionizirane kako je prikazano.
Boni ogranak, Amino-skupina, Karboksilna skupina
Slika 2.14. Aminokiseline.
Naznaene su troslovna i jednoslovna kratica za svaku aminokiselinu. Aminokiseline
su razvrstane na temelju svojstava bonih ogranaka u etiri kategorije: nepolarne,
polarne, bazine i kisele.
Nepolarne aminokiseline, Glicin (Gly) G. Alanin (Ala) A, Valin (Val) V, Leucin (Leu)
L, Izoleucin (Ile) I, Prolin (Pro) P, Cistein (Cys) C, Metionin (Met) M, Fenilalanin
(Phe) F, Triptofan (Trp) W, Polarne aminokiseline, Serin (Ser) S, Treonin (Thr) T,
Tirozin (Tyr) Y, Asparagin (Asp) N, Glutamin (Gln) Q, Bazine aminokiseline, Lizin
(Lys) K, Arginin (Arg) R, Histidin (His) H, Kisele aminokiseline, Asparaginska
kiselina (Asp) D, Glutaminska kiseline (Glu) E.
Slika 2.15. Stvaranje peptidne veze.
Karboksilna skupine jedne aminokiseline povezana je s amino skupinom druge
aminokiseline.
Peptidna veza
Slika 2.16. Aminokiselinski slijed inzulina.
Inzulin se sastoji od dvaju polipeptidnih lanaca od kojih jedan sadrava 21, a drugi 30
aminokiselina (naznaenih odgovarajuim jednoslovnim simbolom)
Disulfidni most izmeu cisteinskih ogranaka
Slika 2.17. Denaturacija i ponovno smatanje proteina.
29
Ribonukleaza je protein sazdan od 124 aminokiseline (naznaene brojevima).

Normalno se protein smata u svoju nativnu konformaciju koja sadrava etiri
disulfidne veze (naznaene kao spareni kruii koji predstavljaju cisteine).
Grijanjem i obradom reduktivnim reagensom radi kidanja disulfidnih veza raspada se
nativna konformacija protein se denaturira. Ako denaturiranu Ribonukleazu vratimo
u nativne uvjete, spontano e se smotati u svoju nativnu konformaciju. Disulfidni
mostovi, Nativna ribonukleaza, Denaturirana ribonukleaza, Nativna ribonukleaza
Slika 2.18. Trodimenzijska struktura mioglobina.
Mioglobin je protein izgraen od 153 aminokiselina koji sudjeluje u transportu kisika.
Polipeptidni lanac se smata oko hem-skupine koja slui kao vezno mjesto za kisik.
Hem-skupina, C-kraj, N-kraj
Slika 2.19. Sekundarna struktura proteina.
Najei oblici sekundarne strukture su -uzvojnica i -ploa. U -uzvojnici oblikuju
se vodikove veze izmeu skupina CO i NH u peptidnim vezama udaljenim za etiri
aminokiseline. U -ploi vodikove veze povezuju dva prilegnuta dijela polipeptidnog
lanca. Nisu prikazani boni ogranci aminokiselina.
-uzvojnica, vodikova veza, -ploa, vodikova veza,
Slika 2.20. Tercijarna struktura ribonukleaze.
Podruja sekundarne strukture, -uzvojnice i -ploe, povezana podrujima petlji
smataju se u nativnu konformaciju proteina. U shematskom prikazu vrpastoga
modela polipeptidnog lanca prikazane su -uzvojnice kao spirale, a -ploe kao iroke
strelice.
N-kraj, -uzvojnica, podruje petlje, -ploa, C-kraj
Slika 2.21. Kvarterna struktura hemoglobina.
Hemoglobin se sastoji od etiri polipeptidna lanca od kojih je svaki vezan na hemskupinu. Identina su dva -lanca i dva -lanca.
Hem-skupina, -lanci, -lanci
Slika 2.22. Energijske promjene tijekom katalizirane i nekatalizirane reakcije.
Prikazana reakcija je jednostavna pretvorba substrata S u produkt P. Budui da je
konano energijsko stanje P nie od stanja S, reakcija tee udesno. Meutim, da bi
dolo do reakcije, S mora najprije proi preko viega prijelaznog stanja. Potrebna
energija za postizanje prijelaznoga stanja (energija aktivacije) predstavlja prepreku pri
odvijanju reakcije i stoga odreuje brzinu kojom e reakcija napredovati. U prisutnosti
katalizatora (primjerice enzima) smanjuje se aktivacijska energije pa reakcija tee
bre.
Energija, Substrat (S), Energija aktivacije, Prijelazno stanje, Katalizirana reakcija
Nekatalizirana reakcija, produkt (P), Napredovanje reakcije
Slika 2.23. Enzimska kataliza dvosubstratne reakcije.
Enzim osigurava kalup putem kojega se dva substrata zbliuju u prikladnom poloaju i
orijentaciji da meusobno reagiraju.
Substrati, Enzim, Prijelazno stanje, Kompleks enzim-substrat, Produkti
Slika 2.24. Modeli interakcije enzim-substrat.
(A)
Model klju-brava pretpostavlja da substrat precizno pristaje u aktivno sredite
enzima. (B) Model izazvane prilagodbe pretpostavlja da vezanje substrata distordira
konformacije substrata i enzima. Distorzija pribliuje substrat konformaciji
prijelaznoga stanja, to ubrzava reakciju.
(A), Substrat, Enzim, Model klju-brava, (B), Inducirana prilagodba, Substrat i enzim
su distordirani u konformaciju prijelaznoga stanja.
Slika 2.25. Vezanje substrata na serinske proteaze.
30
Aminokiselina uz peptidnu vezu koju treba pokidati umetnuta je u dep aktivnoga

sredita enzima. Kod kimotripsina dep vee hidrofobne aminokiseline; vezni dep
tripsina sadrava negativno nabijeni ogranak aspartata koji vee bazine aminokiseline
ionskom interakcijom.
Peptidna veza za kidanje, Kimotripsin, Hidrofobna interakcija, Ionska interakcija,
Tripsin
Slika 2.26. Katalitiki mehanizam kimotripsina.
Tri aminokiseline u aktivnom sreditu (Ser-195, His-57 i Asp-102) imaju kljunu
ulogu u katalizi.
N-kraj, Mjesto kidanja, C-kraj, N-kraj, C-kraj, N-kraj, C-kraj, Slobodni peptid
Ser-195 prenosi H+ na His 57 i oblikuje tetraedarsko prijelazno stanje sa substratom.
Asp-102 stabilizira prijenos H+ na His-57 ionskom interakcijom.
Preneseni H+ od His57 na substrat; kidanje peptidne veze
H2O ulazi u aktivno mjesto stvarajui vodikovu vezu s His-57.
H2O prenosi H+ na His-57 i OH na substrat oblikujui drugo prijelazno stanje.
H+ vraen od His57 na Ser-195; Peptid na strani N-kraja naputa enzim.
Slika 2.27. Uloga NAD+ u oksido-redukcijskim reakcijama.
(A) nikotinamid-adenin-dinukleotid (NAD+) djeluje kao nosa elektrona u oksidoredukcijskim reakcijama: primajui elektrone (e) prelazi u NADH. (B) NAD + moe
primjerice preuzeti elektrone substrata (S1) pri emu nastaje oksidirani S1 i NADH.
NADH nastao tom reakcijom prenosi elektrone na drugi substrat (S2) pa nastaje
reducirani S2 uz regeneraciju NAD+. Stvarni uinak jest prijenos elektrona (prenesenih
pomou NADH) od S1 (koji se oksidira) na S2 (koji se reducira).
Zbroj
Slika 2.28. Inhibicija povratnom spregom.
Prvi korak konverzije treonina u izoleucin katalizira enzim treonin-deaminaza.
Izoleucin, krajnji produkt reakcijskoga puta, inhibira aktivnost tog enzima.
Treonin, Treonin-deaminaza, -ketoglutarat, Izoleucin
Slika 2.29. Alosterika regulacija.
U prikazanom primjeru enzimsku aktivnost inhibira vezanje regulacijske molekule na
alosteriko mjesto. U odsutnosti inhibitora substrat se vee u aktivno mjesto enzima i
reakcija tee. Vezanje inhibitora na alosteriko mjesto uzrokuje konformacijsku
promjenu enzima i sprjeava vezanje substrata. Veina alosterikih enzima imaju vie
podjedinica.
Aktivna Neaktivna. Substrat vezan u aktivnom mjestu, inhibitor vezan na alosteriko
mjesto
Slika 2.30. Fosforilacija proteina.
Neki su enzimi regulirani adicijom fosfatnih skupina na hidroksilne skupine bonih
ogranaka serina (kao to je prikazano), treonina ili tirozina. Primjerice, glikogenfosforilaza, koja katalizira konverziju glikogena u glukozu-1-fosfat, aktivira se
fosforilacijom na poticaj vezanja epinefrina na miine stanice.
Fosforilacija proteina, Epinefrin, Glikogen-fosforilaza, Neaktivna, Fosforilaza-kinaza,
Aktivna, Glikogen, Glukoza-1-fosfat
Slika 2.31 ATP kao uskladitena energija
Veze izmeu fosfatnih skupina ATP nazivaju se visokoenergijske veze zbog velikog
smanjenja slobodne energije nakon njihove hidrolize. Hidrolizom ATP moe nastati
ADP i fosfatna skupina (HPO42) ili AMP i pirofosfat. Nastali pirofosfat se sam brzo
hidrolizira oslobaajui dodatnu slobodnu energiju.
Pirofosfat
Slika 2.32. Reakcije glikolize.
31
Glukoza se razgrauje do piruvata uz oslobaanje dviju molekula ATP i dviju

molekula NADH. U anaerobnim uvjetima NADH se reoksidira konverzijom piruvata
u etanol ili laktat. U aerobnim uvjetima piruvat se dalje metabolizira u ciklusu
limunske kiseline. Obrati pozornost na injenicu da od jedne molekule glukoze
nastanu dvije molekule 3C-atomnih derivata za proizvodnju energije.
Troenje energije. Glukoza. Glukoza-6-fosfat, Fruktoza-6-fosfat. Fruktoza-1,6bisfosfat,
Dihidroksiaceton
fosfat,
Gliceraldehid-3-fosfat,
Proizvodnja energije, 1,3-bisfosfoglicerat, 3-fosfoglicerat, Fosfoenolpiruvat, Piruvat,
Aerobni uvjeti, Prema ciklusu limunske kiseline, Anaerobni uvjeti, Laktat, Acetaldehid,
Etanol
Slika 2.33. Oksidativna dekarboksilacija piruvata.
Piruvat se prevodi u CO2 i acetil-CoA. U tom se procesu proizvodi molekula NADH.
Koenzim A (CoA-SH) je opi nosa aktiviranih acilnih skupina u razliitim
reakcijama.
Piruvat
Slika 2.34. Ciklus limunske kiseline.
2C-atomna acetilna skupina prenosi se od acetil-CoA na oksaloacetat da nastane citrat.
Dva ugljika citrata oksidiraju se u CO2 i regenerira se oksaloacetat. Svaki krug ciklusa
stvara molekulu GTP, tri molekule NADH i molekulu FADH2.
Acetil-CoA, Citrat, cis-akonitat, Izocitrat, -ketoglutarat, Sukcinil-CoA, Sukcinat,
Fumarat, Malat, Oksaloacetat
Slika 2.35. Transportni lanac elektrona.
Elektroni se prenose od NADH i FADH2 na O2 preko niza nosaa organiziranih u etiri
proteinska kompleksa unutar mitohondrijske membrane. Slobodna energija
osloboena reakcijama elektronskoga transporta na kompleksima I, III i IV se koristi
za pokretanje sinteze ATP.
Kompleks I,
Elektroni se prenose od NADH do flavin-mononukleotida (FMN) pa putem nosaa
eljezo-sumpor (Fe-S) do koenzima Q (CoQ),
Kompleks II, Elektroni FADH2 ulaze u transportni lanac elektrona na nioj energijskoj
razini gdje se prenose na CoQ.
CoQ je mobilni nosa koji prenosi elektrone do citokroma b (cyt b) u kompleksu III.
Kompleks III
Elektroni se prenose na citokrom c (cyt c) i dalje na kompleks IV.
Kompleks IV
Elektroni se napokon koriste za redukciju O2 u H2O.
Slika 2.36. Oksidacija masnih kiselina.
Prvo se masna kiselina (primjerice 16-C-atomna zasiena masna kiselina palmitat)
vee na koenzim A uz utroak jedne molekule ATP. Oksidacija masne kiseline zatim
tee postupnim uklanjanjem po dvije C-atomne jedinice u obliku acetil-CoA uz
istovremeno stvaranje po jedne molekule NADH i FADH2.
Masna kiselina, C16-acil-CoA,C14-acil-CoA
Slika 2.37. Struktura klorofila.
Klorofili se sastoje od struktura porfirinskoga prstena vezanih na ugljikovodine lance.
Klorofili a i b razlikuju se u jednoj funkcionalnoj skupini u porfirinskom prstenu.
CHO u klorofilu b
CH3 u klorofilu a
Porfirinski prsten, Uglikovodini "rep"
Slika 2.38. Reakcije svjetla u fotosintezi.
32
Suneva se energija koristi da rastavi H2O u O2. Visokoenergijski elektroni iz tog

procesa prenose se nizom nosaa i koriste se za prevoenje NADP + u NADPH.
Energija reakcija elektronskoga transporta pokree takoer sintezu ATP. O
pojedinostima ovih reakcija raspravljamo u 10. poglavlju.
Svjetlo, transportni lanac elektrona
Slika 2.39. Calvinov ciklus.
Prikazana je sinteza molekule glukoze iz est molekula CO 2. Svaka molekula CO2
dodaje se ribuloza-1,5-bisfosfatu da nastanu dvije molekule 3-fosfoglicerata. Tih est
molekula CO2 dovode do stvaranja 12 molekula 3-fosfoglicerata koje se prevode u 12
molekula gliceraldehid-3-fosfata uz utroak po 12 molekula ATP i NADPH. Zatim se
dvije molekule gliceraldehid-3-fosfata koriste za sintezu jedne molekule glukoze, a
deset molekula nastavljaju u Calvinovom ciklusu oblikovati est molekula ribuloza-5fosfata. Ciklus je dovren uporabom est dodatnih molekula ATP za sintezu ribuloza1,5-bisfosfata.
Calvinov ciklus, 6 molekula, 12 molekula, 3-fosfoglicerat, 1,3-bisfosfoglicerat,
gliceraldehid-3-fosfat, 2 molekule, 1 glukoza, 10 molekula, ribuloza-1-fosfat, 6
molekula, ribuloza-1,5-bisfosfat
Slika 2.40. Sinteza polisaharida.
Prvo se glukoza prevodi u aktivirani oblik, UDP-glukozu, uz utroak po jedne
molekule ATP i UTP. Zatim se energijski povoljnom reakcijom glukoza prenosi od
UDP-glukoze na rastui lanac polisaharida.
Glukoza, glukoza-6-P, glukoza-1-P, UDP-glukoza, uridin
Slika 2.41. Asimilacija duika u organske spojeve.
Svi organizmi ugrauju amonijak u organske spojeve. Neke su bakterije sposobne
prevesti atmosferski duik u amonijak, a veina bakterija, gljiva i biljaka moe koristiti
nitrat iz tla.
Atmosferski duik, bakterije koje fiksiraju duik, amonijak, svi organizmi, organski
spojevi, bakterije, gljive, biljke, nitrat (tlo)
Slika 2.42. Biosinteza aminokiselina.
Ugljikovi kosturi aminokiselina potjeu od intermedijara glikolize i ciklusa limunske
kiseline.
Glukoza, glukoza-6-fosfat, 3-fosfoglicerat, Fosfoenolpiruvat, Piruvat, Oksaloacetat,
-ketoglutarat
Slika 2.43. Stvaranje peptidne veze.
Aminokiselina se prvo aktivira vezanjem na svoju tRNA u dvostupanjskoj reakciji
koja ukljuuje hidrolizu ATP do AMP. tRNA slue kao adaptori za nizanje
aminokiselina prema kalupu mRNA koji je vezan na ribosomu.
Aminoacil-AMP, Adenozin, Aminoacil-tRNA, 3'-kraj rastui peptidni lanac N-kraj, Nkraj
Slika 2.44. Sinteza polinukleotida.
Nukleozid-trifosfati se veu na 3'-kraj rastuega polinukleotidnoga lanca uz otputanje
pirofosfata.
Rastui polinukleotidni lanac, 3'-kraj, nukleozid-trifosfat, 5'-kraj, 3'-kraj
Slika 2.45. Fosfolipidni dvosloj.
Fosfolipidi spontano oblikuju stabilne dvosloje tako da su njihove polarne eone
skupine izloene vodi, a hidrofobni repovi usaeni u unutranjost membrane.
Polarna eona skupina, Hidrofobni rep
Slika 2.46. Pokretljivost fosfolipida u membrani.
Pojedinani fosfolipidi mogu se okretati i lateralno kretati unutar dvosloja.
Slika 2.47. Umetnuti kolesterol u membranu.
33
Kolesterol se usauje u membranu tako da svojom polarnom hidroksilnom skupinom

bude blizu polarnih eonih skupina fosfolipida.
Fosfolipidna eona skupina, Polarna hidroksilna skupina Kolesterol, Masnokiselinski
rep
Slika 2.48. Tekui mozaik model membranske strukture.
Bioloke membrane sadravaju proteine usaene u lipidni dvosloj. Integralni
membranski proteini ugraeni su u membranu obino putem regija -uzvojnica koje
se sastoje od 20 do 25 hidrofobnih aminokiselina. Neki transmembranski proteini
jednokratno prolaze kroz membranu, drugi imaju vie transmembranskih regija. Uz to
su neki proteini usidreni u membranu lipidima koji su kovalentno vezani na
polipeptidni lanac. Takvi se proteini mogu usidriti na izvanstaninu stranu membrana
pomou glikolipida, a na citosolnu stranu pomou masnih kiselina ili prenilnih skupina
(vidi strukture u 7. poglavlju). Periferni membranski proteini nisu usaeni u
membranu nego su povezani interakcijama s integralnim proteinima.
Izvan, ugljikohidrat, proteini, glikolipid, unutar, transmembranska -uzvojnica, masna
kiselina ili prenilna skupina, lipidni dvosloj, integralni membranski protein, periferni
membranski protein
Slika 2.49. Struktura -bave.
Neki se transmembranski proteini isprue kroz lipidni dvosloj kao -ploe smotane u
bavastu strukturu.
Izvan, unutar
Slika 2.50. Propusnost fosfolipidnoga dvosloja.
Male nenabijene molekule mogu slobodno difundirati kroz fosfolipidni dvosloj.
Dvosloj je, meutim, nepropustan za ione i vee polarne molekule (kao to su glukoza
i aminokiseline).
Male nenabijene molekule, glicerol, etanol, Velike polarne molekule i ioni, glukoza,
aminokiseline (npr. alanin)
Slika 2.51. Proteinski kanal i nosa.
(A) Kanalni proteini oblikuju u membrani otvorene pore kroz koje mogu prolaziti
molekule odgovarajuih dimenzija (npr. ioni). (B) Proteinski nosai selektivno veu
male molekule predviene za prijenos, da bi se zatim dogodila konformacijska
promjena pri kojoj se molekula otpusti na drugoj strani membrane.
Kanalni protein, Proteinski nosa, Konformacijska promjena
Slika 2.52. Model aktivnog transporta.
Energija osloboena hidrolizom ATP koristi se za transport H+ usuprot
elektrokemijskom gradijentu (od nie koncentracije H +). Vezanje H+ prati fosforilacija
proteinskog nosaa, koja izaziva konformacijsku promjenu to pokree transport H+
protiv elektrokemijskoga gradijenta. Oslobaanje H+ i hidroliza vezane fosfatne
skupine ponovno uspostavljaju poetnu konformaciju nosaa.
Niska koncentracija H+, Visoka koncentracija H+,
Slika 2.KP1
Saetak eksperimentalnih rezultata renaturacije. Enzimska aktivnost ribonukleaze
prikazana je kao funkcija prisutnih sulfhidrilnih skupina nakon razliitih postupaka.
Aktivnost je izraena kao postotak aktivnosti nativnoga enzima.
Slika 2.MM
Abnormalni metabolizam fenilalanina u pacijenata s fenilketonurijom.
Fenilalanin-hidroksilaza, tirozin, Fenilalanin, Fenilpiruvat (fenilketon),
34
Tablica 2.1. Primjeri koenzima i vitamina

Koenzim
Srodni vitamin
+
+
NAD , NADP
niacin
FAD
riboflavin (B2)
tiamin-pirofosfat
tiamin (B1)
koenzim A
pantotenat
tetrahidrofolat
folat
biotin
biotin
piridoksal-fosfat
piridoksal (B6)
Kemijska reakcija
oksido-redukcija
oksido-redukcija
prijenos aldehidne skupine
prijenos acilne skupine
prijenos 1C-skupine
karboksilacija
transaminacija
35
Tablica 2.2. Potrebe za aminokiselinama u ljudskoj prehrani

Esencijalne aminokiseline
Neesencijalne aminokiseline
histidin
alanin
izoleucin
arginina
leucin
asparagin
lizin
aspartat
metionin
cistein
fenilalanin
glutamat
treonin
glutamin
triptofan
glicin
valin
prolin
serin
tirozin
Esencijalne aminokiseline moraju se dobaviti iz hranidbenih izvora; humane stanice mogu
sintetizirati neesencijalne aminokiseline.
a
Premda je arginin razvrstan u skupinu esencijalnih aminokiselina, djeci u razvoju potreban je
dodatni arginin iz hrane.
36
Tablica 2.3. Lipidni sastav staninih membranaa

Lipid
Stanina Membrana
E-coli
eritrocit
fosfatidilkolin
fosfatidilserin
fosfatidiletanolamin
sfingomijelin
glikolipidi
kolesterol
0
0
80
0
0
0
17
6
16
17
2
45
Hrapavi
endoplazmatski
retikul
55
3
16
3
0
6
Vanjska
mitohondrijska
membrana
50
2
23
5
0
<5
Izvor podataka: P.L.Eagle, 1993., The Membranes of Cells, 2. izdanje, San Diego, CA:
Academic Press.
a
Sastav membrana iskazan je molarnim postotcima glavnih lipidnih sastojaka.
37

2 Poglavlje - Staniƒna Kemija

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

2 Poglavlje - Staniƒna Kemija

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

2.

(COO), amino-skupinom (NH3+), vodikovim atomom i prepoznatljivim bonim ogrankom

konformaciju koja je bitna za njihovu funkciju. Trodimenzionalne (prostorne) konformacije

2.2.4. Regulacija enzimske aktivnosti.

promijeni oblik aktivnoga sredita i katalitika aktivnost enzima. U sluaju treonin-deaminaze

Energetiku biokemijskih reakcija moe se najbolje opisati termodinamikom funkcijom

se energijski nepovoljna konverzija A u B pokree povezivanjem s drugom reakcijom koja se

masne kiseline sa 16 ugljikovih atoma. Usporedimo taj prinos s dobivenih 38 ATP

Lipidi su vane molekule za pohranu energije i glavni su sastojak staninih membrana.

2.4.4. Nukleinske kiseline.

ukupnih membranskih lipida. Osim fosfolipida animalne stanice u membranama sadravaju

izvanstaninu stranu membrane proteini se takoer mogu usidriti dodatkom glikolipida na

Ugljikohidrati: Ugljikohidrati obuhvaaju jednostavne eere i

Regulacija enzimske aktivnosti: Aktivnosti enzima reguliraju se u

Koja svojstva ine vodu idealnom da bude najobilnija molekula u stanici?

IZVORNA I DODATNA LITERATURA

konformacija proteina izravno odreena primarnim slijedom aminokiselina. Budui da

2.1 Molekularna medicina

Ribonukleaza je protein sazdan od 124 aminokiseline (naznaene brojevima).

Aminokiselina uz peptidnu vezu koju treba pokidati umetnuta je u dep aktivnoga

Glukoza se razgrauje do piruvata uz oslobaanje dviju molekula ATP i dviju

Suneva se energija koristi da rastavi H2O u O2. Visokoenergijski elektroni iz tog

Kolesterol se usauje u membranu tako da svojom polarnom hidroksilnom skupinom

Tablica 2.1. Primjeri koenzima i vitamina

Tablica 2.2. Potrebe za aminokiselinama u ljudskoj prehrani

Tablica 2.3. Lipidni sastav staninih membranaa

You might also like