7 Poglavlje - Sinteza Proteina

Poglavlje 7
Sinteza, procesiranje i regulacija proteina

Translacija mRNA
Smatanje i obrada proteina
Razgradnja proteina
Kljuni pokus: Katalitika uloga ribosomske RNA
Molekularna medicina: Antibiotici i sinteza proteina
Nakon transkripcije i procesiranja RNA slijedi translacija, odnosno sinteza proteina koja
se odvija prema kalupu mRNA. Proteini aktivno sudjeluju u veini staninih procesa
obavljajui mnogobrojne zadae, koje su odreene informacijama pohranjenim u genomskoj
DNA. Sintezu proteina, mogue je smatrati krajnjim korakom genske ekspresije, dok je
translacija, odnosno prevoenje mRNA, tek prvi korak nastanka funkcionalnog proteina.
Nakon sinteze, polipeptidni se lanac treba smotati u odgovarajuu trodimenzionalnu
konformaciju, a uz to, esto podlijee razliitim oblicima procesiranja prije zauzimanja
aktivnog oblika. Procesiranje proteina, posebice kod eukariota, usko je povezano s
razvrstavanjem i transportom proteina do njihovih odgovarajuih odredita unutar stanice.
Premda je ekspresija veine gena primarno regulirana na razini transkripcije (vidi
Poglavlje 6), kontrola se moe odvijati i na razini translacije, to je vaan element genske
regulacije kako u prokariotskih tako i u eukariotskih stanica. ak su znaajniji mehanizmi
koji kontroliraju aktivnosti proteina u stanici. Jednom sintetizirani, mnogi proteini u
odgovoru na izvanstanine signale mogu biti regulirani kako kovalentnim modifikacijama
tako i povezivanjem s drugim molekulama. Uz to, razine proteina u stanici mogu biti
regulirane razliitom brzinom razgradnje proteina. Ove viestruke kontrole koliine i
aktivnosti unutarstaninih proteina u konanici reguliraju sve aspekte ponaanja stanice.
Translacija mRNA
Sinteza proteina odvija se prema kalupu mRNA procesom koji je tijekom evolucije
ostao visokoouvan (pregled u Poglavlju 3). Sve se mRNA itaju u smjeru 5' prema 3' , a
polipeptidni se lanac sintetizira od amino-prema karboksi-kraju. U mRNA svaka je
aminokiselina odreena s tri baze (kodon), prema gotovo univerzalnom genetikom kodu.
Temeljni mehanizam proteinske sinteze takoer je istovjetan u svim stanicama: translacija se
odvija na ribosomima uz tRNA koje slue kao posrednici izmeu kalupa mRNA i
aminokiselina koje se ugrauju u protein. Time sinteza proteina obuhvaa interakciju tri tipa
RNA molekula (kalup mRNA, tRNA i rRNA) kao i razliite proteine potrebne za translaciju.
Transportne RNA
Tijekom translacije, svaka od 20 aminokiselina mora biti pridruena odgovarajuim
kodonima na kalupu mRNA. Sve stanice sadre mnotvo tRNA koje slue kao posrednici
ovog procesa. Kao to je za oekivati, zbog istovjetne funkcije u procesu sinteze proteina,
razliite tRNA imaju zajednike strukturne osobine. Uz to, posjeduju jedinstvene
identificirajue sljedove koji omoguavaju vezanje odgovarajue aminokiseline i njezino
pridruivanje svom pripadajuem kodonu u mRNA.
Transportne RNA izgraene su od priblino 70 do 80 nukleotida i imaju karakteristinu
strukturu "lista djeteline" koja je posljedica sparivanja komplementarnih baza iz razliitih
regija molekule (Slika 7.1). Kristalografske analize X-zrakama dodatno su potvrdile da se sve
tRNA smataju u sline kompaktne L-oblike koji su nuni za uklapanje tRNA u ribosome za
vrijeme procesa translacije. Posrednika funkcija tRNA temelji se na dvije odvojene regije
molekule. Sve tRNA na 3'-kraju sadre slijed CCA, a aminokiseline se kovalentno veu na
ribozu krajnjeg adenozina iz tog slijeda. Antikodonska petlja, smjetena na drugom kraju
www.perpetuum-lab.com
smotane tRNA, putem komplementarnog sparivanja baza prepoznaje i vee odgovarajui

kodon u kalupu mRNA.
Pravilna ugradnja kodirane aminokiseline u proteine ovisi o njezinom povezivanju s
odgovarajuom tRNA kao i o specifinom kodon-antikodon sparivanju baza. Reakcije u
kojima se aminokiseline povezuju sa specifinim tRNA posredovane su enzimima, nazvanim
aminoacil-tRNA sintetaze, koje su 1957. godine otkrili Paul Zamecnik i Mahlon Hoagland.
Svaki od tih enzima prepoznaje jednu aminokiselinu i odgovarajuu tRNA (ili vie njih) za
koju aminokiselina treba biti vezana. Reakcija se odvija u dva koraka (Slika 7.2). Prvo se
aminokiselina aktivira reakcijom s ATP-om kako bi nastao aminoacil-AMP-sintetazni
meuprodukt. Aktivirana se aminokiselina, zatim povezuje s 3' krajem tRNA. AminoaciltRNA sintetaze moraju biti visoko-selektivni enzimi koji prepoznaju i pojedinane
aminokiseline i specifine sljedove baza koji su svojstveni odgovarajuoj akceptorskoj tRNA.
U nekim sluajevima visoka pouzdanost prepoznavanja aminokiselina potjee dijelom i od
procesa provjere itanja (korektivne funkcije), u kojem se neispravni aminoacil-AMP
kompleksi hidroliziraju, rae nego da budu pridrueni transportnim RNA tijekom drugog
koraka reakcije. Prepoznavanje ispravne tRNA i aminoacil-tRNA sintetaze je takoer visokoselektivno: sintetaza prepoznaje specifian nukleotidni slijed (koji u veini sluajava
obuhvaa i antikodon) koji jedinstveno identificira svaku pojedinu vrstu tRNA.
Nakon to se aminokiselina povezala s tRNA, nastali se kompleks smjeta na kalup
mRNA, to je posredovano komplementarnim sparivanjem baza kodona mRNA i antikodona
tRNA. Sparivanje baza iz kodona i antikodona neto je manje strogo od standardnog
sparivanja baza A-U i G-C o kojem je bilo govora u prethodnim poglavljima. Znaenje ovog
neuobiajenog sparivanja baza u prepoznavanju kodon-antikodon povezano je sa
redundancijom genetikog koda. Od 64 mogua kodona, tri su stop-kodoni koji signaliziraju
zavretak translacije, dok ostalih 61 kodiraju aminokiseline (vidi Tablicu 3.1). Sukladno
tome, veina aminokiselina odreena je i vie nego jednim kodonom. Ova redundancija
dijelom proizlazi iz injenice da se mnoge aminokiseline mogu vezati s nekoliko vrsta tRNA.
E. coli, primjerice, posjeduje oko 40 razliitih tRNA koje slue kao akceptori za 20 razliitih
aminokiselina. Uz to, neke tRNA mogu prepoznati vie od jednog kodona u mRNA, to je
posljedica nestandardnog sparivanja baza (nazvanog kolebanje ) izmeu antikodona tRNA i
baze na treem poloaju nekih komplementarnih kodona (Slika 7.3). Slobodnije sparivanje
baza na tom poloaju dijelom potjee od stvaranja parova baza G-U, a dijelom od
modifikacije gvanozina u inozin u antikodonima nekolicine tRNA tijekom procesiranja (vidi
Sliku 6.40). Inozin moe stvoriti par baza bilo s C, U ili A na treem poloaju, tako da
prisutnost ove baze u antikodonu omoguava jednoj tRNA prepoznavanje triju razliitih
kodona u kalupu mRNA.
Ribosom
Mjesta na kojima se odvija sinteza proteina, kako u prokariotskim tako i u eukariotskim
stanicama, jesu ribosomi. Prvotno su opisani kao estice detektirane ultracentrifugiranjem
staninog lizata, pa ih se stoga, esto imenuje na temelju njihove brzine sedimentacije:
oznaka 70S koristi se za bakterijske ribosome, a oznaka 80S za neto vee ribosome
eukariotskih stanica. Ribosomi i prokariotskih i eukariotskih stanica izgraeni su od dvije
razliite podjedinice, koje obje sadre karakteristine proteine i molekule rRNA. injenica
da stanice uobiajeno sadre mnogo ribosoma odraava sredinju vanost sinteze proteina u
staninom metabolizmu. E. coli, primjerice, sadri oko 20000 ribosoma, to predstavlja
priblino 25% suhe mase stanice, dok brzorastue stanice sisavaca sadre oko 10 milijuna
ribosoma.
Premda se u nekim detaljima razlikuju, osnovna je struktura prokariotskih i eukariotskih
ribosoma slina (Slika 7.4). Mala se podjedinica (obiljeena kao 30S) ribosoma E. coli,
sastoji od 16S rRNA i 21 proteina, a velika je podjedinica (50S) izgraena od 23S i 5S rRNA
i 34 proteina. Svaki ribosom sadri jednu kopiju rRNA i jednu kopiju svakog ribosomskog
proteina, uz jednu iznimku: jedan je protein 50S podjedinice prisutan u etiri kopije.
Podjedinice eukariotskih ribosoma su vee i sadre vie proteina u odnosu na odgovarajue
podjedinice prokariotskih ribosoma. Mala je podjedinica (40S) eukariotskih ribosoma
izgraena od 18S rRNA i priblino 30 proteina, dok velika podjedinica sadri 28S, 5,8S i 5S
rRNA te oko 45 proteina. Zbog svoje veliine i kompleksnosti visoko-rezolucijska strukturna
analiza ribosoma X-zrakama nije uspjeno izvedena sve do 2000. godine kada je prvi put
objavljena struktura i 50S i 30S podjedinice. Kao to e u daljnjem tekstu biti dodatno
potvreno, poznavanje strukture ribosoma na atomskoj razini bilo je kljuno za razumijevanje
funkcije ribosoma.
Vano je svojstvo ribosoma da mogu nastati in vitro, samo-udruivanjem pripadajuih
RNA i proteina.. Kao to je Masayasu Momura prvotno opisao 1968. godine, proieni e
ribosomski proteini i molekule rRNA kada se pomijeaju zajedno, pod odgovarajuim
uvjetima, ponovo stvoriti funkcionalne ribosome. Premda je udruivanje ribosoma in vivo
(posebice u eukariotskim stanicama) znaajno sloenije, spoznaja da se ribosomi mogu samoudruivati in vitro, osigurala je vaan eksperimentalni pristup, omoguivi na taj nain
ispitivanje uloge svakog pojedinog proteina i molekule rRNA.
Kao i transportne RNA, i ribosomske RNA putem komplementarnog sparivanja baza
stvaraju karakteristine sekundarne strukture (Slika 7.5). Povezujui se s ribosomskim
proteinima ribosomske se RNA dodatno smataju u posebne trodimenzionalne strukture.
Prvotno se smatralo da ribosomske RNA imaju strukturnu ulogu, odnosno da osiguravaju
kostur koji sjedinjuje ribosomske proteine. Otkriem katalitikih osobina drugih vrsta RNA,
primjerice, RNaze P i samo-prekrajajuih introna o kojima je bilo govora u Poglavlju 6,
uvelike se poela razmatrati mogua katalitika uloga rRNA. U skladu s tom pretpostavkom,
utvreno je da je rRNA nuna za udruivanje funkcionalnih ribosoma in vitro. S druge strane,
izostavljanje mnogih ribosomskih proteina rezultiralo je smanjenjem, ali ne i potpunim
gubitkom ribosomske aktivnosti.
Prvi izravni dokaz o katalitikoj aktivnosti rRNA proizaao je iz eksperimenata Harry
Nollera i njegovih suradnika 1992. godine. Ovi su znanstvenici pokazali da velika
ribosomska podjedinica moe katalizirati nastajanje peptidne veze (reakcija peptidiltransferaze) ak i kad je 90% ribosomskih proteina uklonjeno standardnim postupcima
ekstrakcije proteina. Suprotno tome, nakon primjene RNaze stvaranje peptidne veze u
potpunosti je dokinuto, ime je snano poduprta hipoteza da ovu reakciju katalizira RNA. No,
kako je prisutnost nekih ribosomskih proteina bila nuna za odravanje intaktnosti RNA, jo
uvijek nije bilo mogue u potpunosti iskljuiti mogunost da stvaranje peptidne veze
kataliziraju proteini.
Nedvojbeni dokaz o tome da rRNA katalizira reakciju stvaranja peptidne veze proiziao
je iz prvih strukturnih analiza 50S ribosomske podjedinice pri visokom razluivanju, koje su
2000. godine objavili Peter Moore, Thomas Seitz i njihovi suradnici. Uvid u strukturu
ribosoma na atomskoj razini otkrio je da ribosomski proteini nisu prisutni na mjestu u kojem
se odvija reakcija peptidil-transferaze, ime je potvreno da rRNA katalizira reakciju
stvaranja peptidne veze. Na temelju strukturne analize predloen je i mogui mehanizam ove
reakcije: smatra se da rRNA ostaci u aktivnom mjestu kataliziraju stvaranje peptidne veze
reakcijom prijenosa protona koja odgovara reakciji suprotnoj od hidrolize peptidne veze koju
kataliziraju serinske proteaze (vidi Sliku 2.26). Premda predloeni mehanizam treba dodatno
potvrditi novim studijama, za sad je vrsto prihvaeno da temeljnu reakciju sinteze proteina
katalizira ribosomska RNA. Iako su smatrani primarnim katalitikim dijelovima ribosoma,
danas se smatra da proteini imaju uglavnom strukturnu ulogu.
Izravna ukljuenost rRNA u reakciju peptidil-transferaze ima vane posljedice i za

evoluciju. RNA su smatrane prvim samo-replicirajuim makromolekulama (vidi Poglavlje 1).
Ovu pretpostavku snano podupire injenica da ribozimi, kao to su RNaza P i samoprekrajajui introni, mogu katalizirati reakcije s RNA-supstratima. Uloga rRNA u stvaranju
peptidne veze proiruje katalitiku aktivnost RNA izvan samo-replikacije, sve do izravne
ukljuenosti u sintezu proteina. Dodatne studije, koje su pokazale da ribozimska rRNA iz
Tetrahymene moe katalizirati vezanje aminokiselina na RNA, otvorile su mogunost da su
izvorne aminoacil-tRNA-sintetaze vjerojatno bile ribonukleinske kiseline, a ne proteini.
injenica da molekule RNA mogu katalizirati reakcije potrebne za sintezu proteina kao i
reakcije samo-replikacije, moe predstavljati vanu sponu za razumijevanje rane evolucije
stanica.
Organizacija mRNA i inicijacija translacije
Premda su mehanizmi sinteze proteina u prokariotskim i eukariotskim stanicama slini,
postoje i neke razlike, posebice u signalima koji odreuju mjesto poetka sinteze proteina na
kalupu mRNA (Slika 7.7). Translacija ne zapoinje na 5' kraju mRNA, ve na specifinom
inicijacijskom mjestu. Stoga su i kod prokariotskih i kod eukariotskih mRNA dijelovi na 5'
kraju nekodirajui sljedovi, nazvani 5' podruje koje se ne prevodi. Eukariotska mRNA
uglavnom kodira samo jedan polipeptidni lanac, ali mnoge prokariotske mRNA kodiraju vie
polipeptida koji se sintetiziraju neovisno, s tim da sinteza zapoinje na zasebnim
inicijacijskim mjestima. Primjerice, lac operon iz E. coli sadri tri gena koji se prevode sa
iste mRNA (vidi Sliku 6.9). Glasnike RNA koje kodiraju vie polipeptida nazvane su
policistronske, dok monocistronske mRNA kodiraju jedan polipeptidni lanac. Konano, i
prokariotske i eukariotske mRNA zavravaju 3' podrujem koje se ne prevodi .
I u prokariotskim i u eukariotskim stanicama, translacija uvijek zapoinje
aminokiselinom metioninom, koja je najee kodirana kodonom AUG. Alternativni
inicijacijski kodoni, kao to je primjerice kodon GUG, se povremeno koriste kod bakterija, ali
kad se nau na mjestu poetka polipeptidnog lanca ti kodoni odreuju ugradnju metionina, a
ne aminokiseline koju normalno kodiraju (GUG je kodon za valin). Kod veine bakterija,
sinteza proteina zapoinje modificiranim metioninskim ostatkom (N-formilmetioninom), dok
kod eukariota sinteza zapoinje nemodificiranim metioninom (osim u mitohondrijima i
kloroplastima, iji ribosomi slie bakterijskima).
Signali koji odreuju inicijacijske kodone razliiti su kod prokariotskih i eukariotskih
stanica, to je u suglasju s razliitim funkcijama policistronskih i monocistronskih mRNA
(Slika 7.8). Inicijacijskim kodonima u bakterijskim mRNA prethodi specifian slijed (nazvan
slijed Shine-Delgarno, prema njegovim otkrivaima) koji sparujui se s bazama
komplementarnog slijeda na 3' kraju 16S rRNA smjeta mRNA na ribosom za translaciju.
Ovo sparivanje baza omoguava bakterijskim ribosomima zapoinjanje translacije ne samo
na 5' kraju mRNA ve i na unutranjim inicijacijskim mjestima policistronske mRNA.
Suprotno tome, kod eukariota ribosomi veinu mRNA prepoznaju vezanjem na 7metilgvanozinsku kapu smjetenu na 5' kraju mRNA (vidi Sliku 6.41). Ribosomi, zatim,
pretrauju mRNA nizvodno od 5' kraja sve dok ne naiu na inicijacijski kodon AUG. Sljedovi
oko kodona AUG utjeu na uinkovitost inicijacije, pa se u nekim sluajevima dogaa da prvi
AUG kodon u mRNA bude preskoen te da translacija zapone na sljedeem AUG kodonu
koji se nalazi nizvodno. Takoer treba spomenuti da nekoliko virusnih i neke stanine mRNA
imaju unutranja mjesta ulaza ribosoma, pa na njima translacija moe zapoeti vezanjem
ribosoma na unutranji poloaj na mRNA. Ipak, translacija veine eukariotskih mRNA
zapoinje na mjestu odreenom pretraivanjem od 5' kraja to je u skladu s njihovom
monocistronskom porukom koja kodira samo jedan polipeptid.
Proces translacije
Proces translacije ili prevoenja mogue je openito podijeliti u tri stupnja: inicijaciju,
elongaciju i terminaciju (Slika 7.9). I kod prokariota i kod eukariota prvi je korak
inicijacijskog stupnja vezanje specifine inicijatorske metionil-tRNA i mRNA za malu
ribosomsku podjedinicu. Zatim se ovom kompleksu pridruuje velika ribosomska
podjedinice, ime je stvoren funkcionalni ribosom na kojem se dalje nastavlja proces
elongacije polipeptidnog lanca. Za odvijanje pojedinih stupnjeva procesa translacije nuna je
prisutnost brojnih specifinih neribosomskih proteina (Tablica 7.1).
Kod bakterija prvi translacijski korak predstavlja vezanje tri inicijacijska faktora (IF1, IF-2 i IF-3) na 30S ribosomsku podjedinicu (Slika 7.10). Kompleksu se zatim pridruuju
mRNA i inicijatorska N-formilmetionil-tRNA, koju specifino prepoznaje IF-2 (na koji je
vezan GTP). Potom se otputa IF-3, ime je omogueno pridruivanje ribosomske
podjedinice 50S. Ovo pridruivanje potie hidrolizu GTP vezanog za IF-2, to zatim dovodi
do otputanja i IF-1 i IF-2 (na koji je sad vezan GDP). Time nastaje inicijacijski kompleks
70S (s mRNA i inicijatorskom tRNA koje su vezane na ribosom) koji je spreman zapoeti
stvaranje peptidne veze tijekom elongacijskog stupnja translacije.
Inicijacija je kod eukariota mnogo sloenija i zahtjeva barem deset proteina (svaki se
sastoji od vie polipeptidnih lanaca), nazvanih eIF (eukariotski inicijacijski faktori; vidi
Tablicu 7.1). Faktori eIF-1, eIF-1A, eIF-3 i eIF-5 veu se za 40S ribosomsku podjedinicu, a
eIF-2 (koji je prisutan u kompleksu s GTP) se vee na inicijatorsku metionil-tRNA (Slika
7.11). Glasniku RNA prepoznaju i na ribosom donose faktori skupine eIF-4. Elongacijski
faktor eIF-4E prepoznaje 5' kapu glasnike mRNA, dok se eIF-4G vee i na eIF-4E i na
protein (protein koji vee poli-A ili PABP) povezan s poli-A repom na 3' kraju mRNA. Na taj
nain, eukariotski inicijacijski faktori prepoznaju i 5' i 3' kraj mRNA, to objanjava
stimulatorni uinak poliadenilacije na translaciju. Inicijacijski faktori eIF-4E i eIF-4G,
zajedno s faktorima eIF-4A i eIF-4B zatim donose mRNA na ribosomsku podjedinicu 40S,
pri emu faktor eIF-4G stupa u interakciju s faktorom eIF-3. Ribosomska podjedinica 40S
zajedno s vezanom metionil-tRNA i elongacijskim faktorima pretrauje mRNA kako bi
otkrila inicijacijski AUG kodon. Kada je kodon AUG pronaen, faktor eIF-5 potie hidrolizu
GTP vezanog na faktor eIF-2. Inicijacijski se faktori (ukljuujui eIF-2 na koji je sada vezan
GDP) zatim otputaju, a podjedinica 60S se vee na podjedinicu 40S te nastaje inicijacijski
kompleks 80S eukariotskih stanica.
Nakon nastanka inicijacijskog kompleksa, slijedi elongacija polipeptidnog lanca.
Mehanizam elongacije je kod prokariota i eukariota vrlo slian (Slika 7.12). Na ribosomu
postoje tri mjesta za vezanje tRNA, nazvana mjesto P (peptidil), mjesto A (aminoacil) i
mjesto E (izlazno, engl. exit). Inicijatorska metionil tRNA vezana je na mjesto P. Prvi je
korak elongacije vezanje sljedee aminoacil-tRNA na mjesto A to se odvija putem sparivanja
baza antikodona s bazama drugog kodona na mRNA. Aminoacil -tRNA do ribosoma prati
elongacijski faktor (EF-Tu kod prokariota, eEF-1 kod eukariota) koji se nalazi u
kompleksu s GTP. Odabir ispravne aminoacil -tRNA za ugradnju aminokiseline u rastui
polipeptidni lanac kljuan je korak koji odreuje tonost proteinske sinteze. Premda se ovaj
odabir temelji na sparivanju baza kodona mRNA i baza antikodona na tRNA, samo
sparivanje baza nije dovoljno da bi se osigurala tonost proteinske sinteze kojoj je uestalost
pogreke manja od 10-3. Ovako veliku tonost osigurava dekodirajui centar u maloj
ribosomskoj podjedinici, koji prepoznaje pravilno spojene kodon-antikodon bazne parove,
odnosno razlikuje ih od nepravilno spojenih. Smjetanje ispravne aminoacil-tRNA u mjesto A
potie konformacijsku promjenu koja inducira hidrolizu GTP vezanog na EF-Tu te otputanje
ovog elongacijskog faktora na koji je sada vezan GDP. Nedavne su strukturne studije
ribosoma poluile znaajan rezultat prema kojem se prepoznavanje pravilnog kodon-
antikodon para u dekodirajuem centru, kao i peptidil-transferazna aktivnost, temelji

prvenstveno na aktivnosti ribosomske RNA, a ne proteina.
Jednom kada je EF-Tu (ili eEF-1) napustio ribosom, izmeu inicijatorske metioniltRNA smjetene u mjestu P i druge aminoacil-tRNA smjetene u mjestu A, moe nastati
peptidna veza. U ovoj reakciji, koju katalizira velika ribosomska jedinica, kljunu ulogu ima
RNA (kao to je prethodno objanjeno). Rezultat je prijenos metionina na aminoacil-tRNA,
smjetenu u mjestu A ribosoma, pri emu na tom mjestu nastaje peptidil-tRNA, a nenabijena
inicijatorska tRNA naputa mjesto P. Sljedei korak elongacije je translokacija, za koju je
potreban drugi elongacijski faktor (EF-G kod prokariota, a eEF-2 kod eukariota). Ovaj je
korak, kao i prethodni, praen hidrolizom GTP. Za vrijeme translokacije, ribosom se pomie
za tri nukleotida uzdu mRNA, smjetajui sljedei kodon u prazno mjesto A. Ovim se
korakom peptidil-tRNA iz mjesta A premjeta u mjesto P, a nenabijena tRNA iz mjesta P u
mjesto E. Time ribosom ostaje s peptidil-tRNA smjetenom u mjestu P i praznim mjestom A.
Vezanje nove aminoacil-tRNA u mjesto A potie otputanje nenabijene tRNA iz mjesta E,
ime je ribosom spreman za ugradnju nove aminokiseline u rastui polipeptidni lanac.
Kako se elongacija nastavlja, EF-Tu (ili eEF-1) koji je s ribosoma otputen u
kompleksu s GDP mora biti vraen u oblik EF-Tu/GTP (Slika 7.13). Za ovu pretvorbu
potreban je trei elongacijski faktor, EF-Ts (eEF-1 kod eukariota) koji se vee na EFTu/GDP kompleks i potie zamjenu vezanog GDP s GTP. Rezultat ove izmjene je obnavljanje
kompleksa EF-Tu/GTP, koji je sada spreman za praenje nove aminoacil -tRNA u mjesto A
na ribosomu, ime zapoinje novi ciklus elongacije. Regulacija EF-Tu putem vezanja i
hidrolize GTP tipian je primjer regulacije proteinske aktivnosti. Slini mehanizmi
kontroliraju aktivnosti mnotva proteina ukljuenih u regulaciju staninog rasta i regulacije,
kao i transporta i sekrecije proteina.
Elongacija polipeptidnog lanca nastavlja se sve dok u mjesto A na ribosomu ne doe
stop kodon (UAA, UAG ili UGA). Stanice ne sadre transportne RNA s antikodonima koji su
komplementarni ovim terminacijskim signalima; umjesto toga postoje faktori za otputanje
koji prepoznaju ove signale i zavravaju sintezu proteina (Slika 7.14). Prokariotske stanice
sadre dva faktora za otputanje koji prepoznaju terminacijske kodone: faktor RF-1
prepoznaje UAA ili UAG, a faktor RF-2 prepoznaje UAA ili UGA (vidi Tablicu 7.1). U
eukariotskim stanicama prisutan je samo jedan i faktor za otputanje (eRF-1) koji prepoznaje
sva tri terminacijska kodona. I prokariotske i eukariotske stanice sadre takoer i trei faktor
za otputanje (RF-3 kod prokariota, a eRF-3 kod eukariota). On ne prepoznaje specifini
terminacijski kodon, ve djeluje zajedno s RF-1 (ili eRF-1) i RF-2. Faktori za otputanje se
veu na terminacijski kodon u mjestu A i potiu hidrolizu veze izmeu tRNA i polipeptidnog
lanca u mjestu P, to rezultira otputanjem dovrenog polipeptida s ribosoma. Zatim se
otputa tRNA, a ribosomske podjedinice i kalup mRNA disociraju. I kod prokariota i kod
eukariota sinteza proteina iz glasnike RNA moe se odvijati istovremeno na nekoliko
ribosoma. Jednom, kada se ribosom makne s inicijacijskog mjesta, drugi se ribosom moe
vezati na mRNA i zapoeti sintezu novog polipeptidnog lanca, tako da se mRNA uglavnom
prevode serijom ribosoma koji su meusobno udaljeni 100-200 nukleotida (Slika 7.15).
Skupina ribosoma vezana na jednu molekulu RNA naziva se poliribosom ili polisom. Svaki
ribosom unutar skupine funkcionira neovisno, to rezultira nastajanjem zasebnih
polipeptidnih lanaca.
Regulacija translacije
Premda je transkripcija primarna razina na kojoj se odvija kontrola ekspresije gena,
translacija mRNA je takoer regulirana, kako kod prokariotskih, tako i kod eukariotskih
stanica. Jedan nain regulacije translacije je vezanje represorskih proteina koji sprjeavaju
translaciju na specifine slijedove mRNA. Dobro prouen primjer ovog mehanizma kod
eukariotskih stanica jest regulacija sinteze feritina, proteina koji pohranjuje eljezo unutar
stanice. Translaciju feritina regulira dostupnost eljeza: vie se feritina sintetizira kada je
eljezo prisutno (Slika 7.16). Ova je regulacija posredovana proteinom koji se, kada eljezo
nije prisutno, vee za slijed na 5' podruju koje se ne prevodi mRNA za feritin, koji je nazvan
element odgovora na eljezo (engl. iron response element ili IRE) te se na taj nain blokira
translaciju feritina. U prisutnosti eljeza, represor se ne vee na IRE, pa se translacija moe
dalje odvijati.
Zanimljivo je da je regulacija translacije mRNA za feritin putem eljeza slina
regulaciji stabilnosti mRNA za transferinski receptor o emu je bilo govora u prethodnom
poglavlju (vidi Sliku 6.51). Naime, stabilnost mRNA za transferinski receptor regulirana je
vezanjem proteina na IRE koji se nalazi u njezinom 3' podruju koje se ne prevodi . Isti se
protein vee i na slijed IRE u mRNA za feritin i u mRNA za transferin. Meutim, posljedice
vezanja istog proteina na IRE sljedove su razliite. Vezanje proteina na IRE u mRNA za
transferinski receptor titi mRNA od razgradnje, a ne inhibira njezinu translaciju. Ovi razliiti
uinci prvenstveno su posljedica razliitog smjetaja IRE sljedova u ovim dvjema mRNA. Da
bi djelovala kao mjesto za vezanje represora, IRE mora biti smjetena unutar 70 nukleotida
od 5' kraja mRNA za transferin, to upuuje na to da vezanje proteina na IRE blokira
translaciju tako to interferira s prepoznavanjem kape (na 5' kraju mRNA) i s vezanjem na
40S ribosomsku podjedinicu. S druge pak strane, vezanje proteina na isti slijed smjeten
unutar 3' podruja koje se ne prevodi mRNA za transferinski receptor titi mRNA od
razgradnje nukleazama. Na taj nain, vezanje istog regulatornog proteina na razliita mjesta
unutar molekule mRNA moe imati razliite uinke na gensku ekspresiju; u jednom sluaju
inhibira translaciju, a u drugom stabilizira mRNA pojaavajui sintezu proteina.
Regulacija translacije iznimno je vana tijekom ranog razvoja organizma. Kao to je
bilo govora u Poglavlju 6. u oocitama je mnotvo mRNA pohranjeno u netranslatiranom
obliku; translacija ovih pohranjenih mRNA aktivira se fertilizacijom ili u kasnijim fazama
razvoja. Jedan od mehanizama ovakve regulacije translacije je kontrolirana poliadenilacija
oocitnih mRNA. U oocitama je pohranjeno mnotvo netranslatiranih mRNA s kratkim poli-A
repovima (priblino 20 nukleotida). U odgovarajuem stadiju razvoja pohranjene se mRNA
potiu na translaciju produljenjem njihovih poli-A repova do nekoliko stotina nukleotida. Uz
to, ini se da je translacija nekih mRNA tijekom razvoja regulirana represorskim proteinima
koji se veu na specifine sljedove u 3' podruja koje se ne prevodi .
Proteini koji se veu na 3' podruja koja se ne prevode mRNA odgovorni su i za
smjetaj molekula mRNA u specifina podruja u stanici, ime je omoguena sinteza proteina
u specifinim unutarstaninim podrujima. Smjetaj molekula mRNA vaan je dio regulacije
translacije u mnogim staninim tipovima, ukljuujui jajaca, embrije, ivane stanice i
pokretne fibroblaste. Primjerice, smjetaj molekula mRNA u specifinom podruju jajaca ili
embrija igra vanu ulogu u razvoju tako to osigurava odvijanje sinteze proteina u
odgovarajuem mjestu razvijajueg embrija (Slika 7.17). Smjetaj molekula mRNA usko je
povezan s regulacijom njihove translacije, tako da se proteini koje te mRNA kodiraju
sintetiziraju tek kada se, u odgovarajuem razvojnom stadiju, mRNA pravilno smjesti.
Nedavne su studije pokazale da translacija mRNA, osim proteinima, moe biti
regulirana i nekodirajuim molekulama RNA koje su homologne dijelu mRNA slijeda.
Veina ovih nekodirajuih regulatornih RNA male su dvolanane molekule koje potiu
razgradnju svoje ciljne mRNA putem mehanizma RNA-interferencije (vidi sliku 3.41). Uloga
ovih nekodirajuih RNA molekula iznimno je dobro prouena kod biljaka: u biljci
Arabidopsis thaliana identificirano je priblino pedesetak gena ija je translacija regulirana
ovim mehanizmom.
Drugi mehanizam regulacije translacije u eukariotskim stanicama, koji rezultira
globalnim uinkom na cjelokupnu translacijsku aktivnost vie nego na translaciju specifinih
mRNA, ukljuuje modulaciju aktivnosti inicijacijskih faktora, posebice faktora eIF-2 i eIF4E. Kao to je ve objanjeno, faktor eIF-2 se (u kompleksu s GTP) vee s inicijatorskom
metionil-tRNA i donosi je na ribosom. Zatim slijedi otputanje faktora eIF-2, to je praeno
hidrolizom GTP, a ime eIF-2, sada u kompleksu s GDP, postaje neaktivan. Da bi sudjelovao
u sljedeem ciklusu inicijacije, kompleks eIF-2/GTP se mora regenerirati putem izmjene
vezanog GDP za GTP (vidi sliku 7.18). Ova je izmjena posredovana faktorom eIF-2B.
Kontrola aktivnosti eIF-2 putem vezanja/hidrolize GTP slina je stoga kontroli aktivnosti
faktora EF-Tu (vidi sliku 7.13). Na taj nain, regulacija aktivnosti faktora eIF-2 osigurava
kljunu kontrolnu toku u mnogim eukariotskim stanicama. tovie, faktori eIF-2 i eIF-2B
mogu biti fosforilirani regulatornim protein-kinazama. Ove fosforilacije inhibiraju izmjenu
vezanog GDP s GTP, te na taj nain inhibiraju inicijaciju translacije. Primjerice, ako
stanicama sisavaca nedostaju faktori rasta, protein-kinaze koje fosforiliraju faktor eIF-2B
postaju aktivne, inhibirajui nadalje sintezu proteina.
Regulacija aktivnosti faktora eIF-4E, koji se vee na 5' kapu molekula mRNA, druga je
kljuna toka kontrole sinteze proteina faktorima rasta. Primjerice, faktori rasta koji potiu
sintezu proteina u stanicama sisavaca aktiviraju protein-kinaze koje fosforiliraju regulatorne
proteine koji veu faktor eIF-4E (nazvane proteini koji veu eIF-4E ili 4E-BP). U odsutnosti
odgovarajuih faktora rasta, nefosforilirani 4E-BP veu faktor eIF-4E te inhibiraju translaciju
tako to ometaju interakciju faktora eIF-4E i faktora eIF-4G (vidi Sliku 7.11). Kada su faktori
rasta prisutni u dovoljnoj koliini, fosforilacija faktora 4E-BP sprjeava njihovu interakciju s
faktorom eIF-4E, to dovodi do pojaane inicijacije translacije.
Smatanje i procesiranje proteina
Translacijom je zavren protok genetike informacije unutar stanice. Slijed nukleotida u
DNA sada je preveden u slijed aminokiselina u polipeptidnom lancu. Ipak, sinteza polipeptida
ne odgovara u potpunosti stvaranju funkcionalnog proteina. Da bi bio uporabljiv, polipeptid
se mora smotati u specifinu trodimenzionalnu konformaciju, a u mnogo sluajeva vie se
polipeptidnih lanaca mora udruiti u funkcionalni kompleks. Uz to, mnogi proteini podlijeu
daljnjim modifikacijama, izmeu ostalog kidanju te kovalentnom vezanju ugljikohidrata i
lipida , to je kljuno za njihovu funkciju i pravilan smjetaj unutar stanice.
aperoni i smatanje proteina
Trodimenzionalna je konformacija proteina posljedica interakcija izmeu bonih
ogranaka aminokiselina koje ih izgrauju, kao to je objanjeno u Poglavlju 2. Prema
klasinoj postavci o smatanju proteina, sve informacije potrebne da bi protein zauzeo
pravilnu trodimenzionalnu konformaciju sadrane su u njegovom aminokiselinskom slijedu.
Ta postavka potjee od eksperimenata Christiana Anfinsena koji su pokazali da se u uvjetima
in vitro denaturirana RNaza ponovo spontano smata u svoju aktivnu konformaciju (vidi Sliku
2.17). Na temelju tih podataka inilo se da je smatanje proteina samo-udruujui proces za
koji nisu potrebni dodatni stanini imbenici. No nedavne su studije pokazale da ovaj opis ne
odgovara u potpunosti smatanju proteina unutar stanice. Pravilno smatanje proteina unutar
stanice posredovano je aktivacijom drugih proteina.
Proteini koji olakavaju smatanje drugih proteina nazvani su molekularni aperoni.
Pojam "aperon" prvi su upotrijebili Ron Laskey i suradnici da bi opisali protein
(nukleoplazmin) koji je bio potreban za stvaranje nukleosoma iz histona i DNA.
Nukleoplazmin se vee na histone i posreduje njihovo udruivanje u nukleosome, ali se sam
nukleoplazmin ne ugrauje u konanu strukturu nukleosoma. aperoni na taj nain djeluju
kao katalizatori koji olakavaju udruivanje, a da se pri tome ne ugrauju u kompleks. Studije
koje su slijedile proirile su koncept, pa se danas tim imenom nazivaju proteini koji posreduju
u mnogim drugim procesima udruivanja, posebice u smatanju proteina.
Vano je uoiti da aperoni ne prenose dodatne informacije potrebne za smatanje

polipeptida u njihove pravilne trodimenzionalne konformacije ve da je krajnja konformacija
proteina odreena iskljuivo slijedom aminokiselina. Ipak, aperoni kataliziraju smatanje
proteina pomaui u procesu samosmatanja. Oni djeluju tako to se veu i stabiliziraju
nesmotane ili djelomino smotane polipeptide koji su meuprodukti procesa koji vodi do
konanog pravilno smotanog oblika. U odsutnosti aperona, nesmotani ili djelomino smotani
polipeptidni lanci bili bi nestabilni unutar stanice, pa bi se smatali nepravilno ili bi se
agregirali u netopljive komplekse. Vezanje aperona stabilizira ove nesmotane polipeptide
ime se sprjeava nepravilno smatanje i agregacija, te na taj nain omoguava smatanje
polipeptidnog lanca u njegovu pravilnu konformaciju.
Dobar su primjer aperoni koji se veu na polipeptidni lanac u nastajanju, koji se jo
uvijek prevodi na ribosomu, te na taj nain sprjeavaju nepravilno smatanje ili agregaciju
amino-terminalnog dijela polipeptida prije nego to je sinteza cijelog lanca zavrena (Slika
7.19). Proteini se smataju u domene izgraene od 50 do 300 aminokiselinskih ostataka, pa je
nuno da se lanac u nastajanju zatiti od nepravilnog smatanja ili agregacije s drugim
proteinima sve dok sinteza itave domene nije zavrena i protein moe biti smotan u svoju
pravilnu konformaciju. Vezanje aperona stabilizira amino-terminalni dio u nesmotanoj
konformaciji sve dok preostali dio polipeptidnog lance ne bude sintetiziran, odnosno dok se
dovreni protein ne moe pravilno smotati. aperoni takoer stabiliziraju nesmotane
polipeptidne lance za vrijeme njihovog transporta u stanine organele primjerice, za vrijeme
transporta proteina iz citosola u mitohondrije (Slika 7.20). Proteini se kroz mitohondrijsku
membranu prenose u djelomino smotanoj konformaciji koja je stabilizirana aperonima iz
citosola. Zatim aperoni unutar mitohondrija olakavaju prijelaz polipeptidnog lanca kroz
membranu te njegovo smatanje unutar organele. Uz to, aperoni sudjeluju i u udruivanju
proteina koji su izgraeni od vie polipeptidnih lanaca te njihovom udruivanju u
makromolekularne strukture (primjerice, nukleoplazmin).
Mnogi proteini za koje je danas poznato da djeluju kao molekularni aperoni (Tablica
7.2) prvotno su otkriveni kao proteini toplinskog oka, skupina proteina koja se eksprimira
u stanicama koje su bile izloene povienim temperaturama ili drugim oblicima stresa iz
okoline. Smatra se da proteini toplinskog oka (Hsp, od engl. heat-shock protein) koji su
visoko-ouvani kod prokariotskih i eukariotskih stanica, stabiliziraju i olakavaju ponovno
smatanje proteina koji su bili djelomino denaturani uslijed izlaganja povienoj temperaturi.
Meutim, mnogi su lanovi porodice proteina toplinskog oka eksprimirani i imaju
esencijalnu funkciju u stanici i pod normalnim uvjetima rasta. Ovi proteni slue kao
molekularni aperoni koji su potrebni za smatanje proteina i njihov transport pod normalnim
uvjetima jednako kao u stanicama izloenim stresu iz okoline.
Porodice proteina toplinskog oka Hsp70 i Hsp60 iznimno su vane za cjelokupan
proces smatanja proteina u prokariotskim i eukariotskim stanicama. Proteini obje porodice
djeluju tako to se veu na nesmotane dijelove polipeptidnih lanaca. lanovi porodice Hsp70
stabiliziraju nesmotane polipetidne lance tijekom translacije (vidi za primjer sliku 7.19) kao i
za vrijeme transporta polipeptida u razliite unutarstanine odjeljke, kao to su mitohondriji i
endoplazmatski retikul. Ovi se proteini veu za kratke hidrofobne djelove (od priblino
sedam aminokiselinskih ostataka) nesmotanog polipeptida, zadravajui polipeptidni lanac u
njegovoj nesmotanoj konformaciji i sprijeavajui agregaciju.
lanovi porodice Hsp60 (takoer nazvani aperonini) olakavaju smatanje proteina u
njihove nativne konformacije. Svaki se aperonin sastoji od 14 podjedinica, od kojih je svaka
veliine priblino 60 kilodaltona (kd). Ureene su u dva nadsloena prstena, ime stvaraju
strukturu "dvostrukog prstena" (Slika 7.21). Nesmotani polipeptidni lanci zatieni su od
citosola tako to se veu unutar sredinje upljine aperoninskog cilindra. U ovom izoliranom
okruenju smatanje proteina moe se nastaviti, dok je agregacija nesmotanih dijelova
polipeptidnog lanca sprijeena njihovim vezanjem za aperonin. Vezanje nesmotanih

polipeptida reverzibilna je reakcija koja je povezana s hidrolizom ATP, koji slui kao izvor
energije. Time hidroliza ATP osigurava viestruko ponavljanje otputanja i ponovnog vezanja
nesmotanih regija polipeptida za aperonin, ime se omoguava postupno smatanje
polipeptida u pravilnu konformaciju.
U nekim sluajevima, lanovi porodica Hsp70 i Hsp60 djeluju u slijedu jedni iza
drugih. Primjerice, lanovi porodice Hsp70 i Hsp60 djeluju u slijedu tijekom transporta
proteina u mitohondrij i za vrijeme smatanja novosintetiziranih proteina u E. coli (Slika 7.22).
Prvo aperon Hsp70 stabilizira polipeptidni lanac u nastanku sve dok proteinska sinteza nije
zavrena. Zatim se nesmotani polipeptidni lanac prenosi na aperonin Hsp60, u kojem se
odvija smatanje proteina, pri emu nastaje protein pravilno smotan u svoju funkcionalnu
trodimenzionalnu konformaciju. lanovi porodice Hsp70 i Hsp60 naeni su u citosolu i u
staninim organelama (primjerice mitohondrijima) eukariotskih stanica kao i u bakterijama
(vidi tablicu 7.2), tako da se ini da djelovanje Hsp70 i Hsp60 u slijedu predstavlja opi put
smatanja proteina. Alternativni put smatanja nekih proteina u citosolu i endoplazmatskom
retikulu ukljuuje djelovanje lanova porodica Hsp70 i Hsp90. Veina supstrata za smatanje
uz Hsp90 su proteini koji sudjeluju u prijenosu signala, ukljuujui receptore steroidnih
hormona i razliite proteinske kinaze.
Enzimi i smatanje proteina
Osim aperona, koji olakavaju smatanje proteina vezanjem i stabilizacijom djelomino
smotanih meuprodukata, stanice sadre najmanje dvije vrste enzima koji kataliziraju
smatanje proteina. Stvaranje disulfidnih veza izmeu cisteinskih ostataka vano je za
stabilizaciju smotanih struktura mnogih proteina (vidi Sliku 2.16). Protein-disulfidizomeraze, koje je 1963. godine otkrio Christian Anfinsen, kataliziraju kidanje i ponovno
stvaranje ovih veza (Slika 7.23). Za proteine koji sadre vie cisteinskih ostataka, proteindisulfid-izomeraze (PDI) imaju vanu ulogu u poticanju brze izmjene izmeu sparenih
disulfida, omoguavajui time proteinu zadravanje obrasca disulfidnih veza koji je
kompatibilan s njegovom stabilno smotanom konformacijom. Disulfidne su veze uglavnom
prisutne kod sekretornih proteina i nekih membranskih proteina jer citosol sadri reducirajue
agense koji odravaju cisteinske ostatke u reduciranom (SH) obliku, sprjeavajui na taj
nain stvaranje disulfidne (SS) veze. U eukariotskim stanicama disulfidne veze nastaju u
endoplazmatskom retikulu, u kojem se odravaju oksidativni uvjeti. U suglasju s ulogom
disulfidnih veza u stabilizaciji sekretornih proteina, aktivnost PDI u endoplazmatskom je
retikulu u korelaciji s razinom sekrecije proteina u razliitim staninim tipovima.
Drugi enzim koji sudjeluje u procesu smatanja proteina katalizira izomerizaciju
peptidnih veza u kojima sudjeluje prolin. (Slika 7.24). Prolin je neobina aminokiselina po
tome to je u ravnotei izmeu cis i trans konfiguracije peptidnih veza koje prethode
prolinskom ostatku, trans oblik je tek blago favoriziran. Suprotno tome, peptidne veze
izmeu drugih aminokiselina su gotovo uvijek u trans obliku. Izomerizacija izmeu cis i
trans konfiguracija peptidnih veza koje prethode prolinskom ostatku, koja moe s druge
strane predstavljati ograniavajui korak u proteinskom smatanju, katalizirana je enzimom
peptidil-prolil-izomerazom. Ovaj enzim iroko je rasprostranjen i kod prokariotskih i kod
eukariotskih stanica i igra vanu ulogu u smatanju nekih proteina.
Kidanje proteina
Kidanje polipeptidnog lanca (proteoliza) vaan je korak u sazrijevanju nekih
proteina. Jednostavan je primjer uklanjanje inicijatorskog metionina s amino kraja mnogih
polipeptida, koji se odvija neposredno nakon to je amino-kraj rastueg polipeptidnog lanca
10
izronio iz ribosoma. Dodatne kemijske skupine, kao to su acetatna skupina ili lanci masnih
kiselina (o emu e se uskoro raspravljati) esto se dodaju na amino-terminalni ostatak.
Proteolitike modifikacije amino-kraja vane su takoer i za prijenos mnogih proteina
kroz membrane, ukljuujui sekretorne proteine kod bakterija i eukariota, kao i proteina
predodreenih za ugradnju u staninu membranu, lizosome, mitohondrije i kloroplaste
eukariotskih stanica. Ovi su proteini usmjereni za prijenos do svojih odredita putem aminoterminalnog slijeda koji se uklanja proteolitikim kidanjem kad protein proe kroz
membranu. Primjerice, amino-terminalni signalni slijed, dug najee dvadesetak
aminokiselina, usmjerava mnoge sekretorne proteine u staninu membranu bakterija ili u
endoplazmatski retikul eukariotskih stanica dok je translacija jo uvijek u tijeku (Slika 7.25).
Signalni slijed, koji se uglavnom sastoji od hidrofobnih aminokiselina, uranja u membranski
kanal neposredno nakon to izroni iz ribosoma. Kako se translacija odvija, ostatak
polipeptidnog lanca prolazi kroz kanal u membrani. Zatim se signalni slijed uklanja kidanjem
pomou specifinih membranskih proteaza (signalne peptidaze), a zreli se protein otputa. U
eukariotskim stanicama, translokacija rastueg polipeptidnog lanca u endoplazmatski retikul
predstavlja prvi korak u usmjeravanju proteina za sekreciju, ugradnju u staninu membranu
ili ugradnju u lizosome. O mehanizmima koji usmjeravaju transport proteina na ova
odredita, kao i o ulozi drugih usmjeravajuih sljedova u prijenosu proteina u mitohondrije i
kloroplaste biti e vie govora u Poglavljima 9 i 10.
Drugi vaan oblik proteolitikog procesiranja je stvaranje aktivnih enzima ili
hormona, kidanjem veih pretea prekursora. Dobar je primjer inzulin, koji se sintetizira kao
dugi prekursorski polipeptid, a konani oblik nastaje dvostrukim kidanjem. Poetni prekursor
(preproinzulin) sadri amino-terminalni slijed koji usmjerava polipeptidni lanac u
endoplazmatski retikul (Slika 7.26). Uklanjanjem signalnog slijeda tijekom prijenosa u
endoplazmatski retikul nastaje drugi prekursor, nazvan proinzulin. Ovaj se prekursor zatim
prevodi u inzulin (koji se sastoji od dva lanca povezana disulfidnim vezama) proteolitikim
uklanjanjem unutranjeg dijela peptida. Drugi proteini aktivirani slinim procesima kidanja
su probavni proteini i proteini ukljueni u zgruavanje krvi.
Zanimljivo je uoiti da proteini mnogih animalnih virusa nastaju kidanjem veih
prekursora. Jedan iznimno vaan primjer uloge proteolize u replikaciji virusa naen je u HIV.
Tijekom replikacije virusa HIV, proteaza koja je kodirana u virusu kida polipeptidni
prekursor pri emu nastaje virusni strukturni protein. Zbog sredinje uloge u replikaciji
virusa, proteaze iz HIV-a (uz reverznu transkriptazu) vana su meta za razvoj lijekova za
terapiju AIDS-a. Danas su, uistinu, inhibitori proteaza meu najuinkovitijim agensima
dostupnim za borbu protiv ove bolesti.
Glikozilacija
Mnogi proteini, posebice u eukariotskim stanicama, modificirani su dodatkom
ugljikohidrata, u procesu nazvanom glikozilacija. Proteini na koje je vezan ugljikohidratni
lanac (nazvani glikoproteini) uglavnom se izluuju ili su smjeteni na staninoj povrini,
premda su mnogi jezgreni i citosolni proteini takoer glikozilirani. Ugljikohidratni dijelovi
glikoproteina imaju vanu ulogu u smatanju proteina u endoplazmatskom retikulu, u
usmjeravanju proteina u odgovarajue stanine odjeljke, te kao mjesta prepoznavanja u
meustaninim interakcijama.
Ovisno o mjestu vezanja ugljikohidratnog bonog lanca, glikoproteini su podijeljeni
na N-vezane ili O-vezane (Slika 7.27). Kod N-vezanih glikoproteina, ugljikohidrat je vezan
na duikov atom bonog ogranka asparagina. Kod O-vezanih glikoproteina, mjesto vezanja
ugljikohidrata je kisikov atom bonog ogranka serina ili treonina. eeri izravno vezani na te
poloaje su N-acetilglukozamin kod N-vezanih eera i N-acetilgalaktozamin kod O-vezanih
eera.
11
Veina glikoproteina u eukariotskim stanicama predodreena je za sekreciju ili

ugradnju u staninu membranu. Ovi se proteini najee prenose u endoplazmatski retikul
(to obuhvaa kidanje signalnog slijeda) dok njihova translacija jo uvijek traje. Glikozilacija,
takoer, zapoinje u endoplazmatskom retikulu prije nego to je translacija u potpunosti
zavrena. Prvi je korak prijenos osnovnog oligosaharida izgraenog od 14 eernih ostataka
(2 N-acetilglukozamina, 3 glukoze i 9 manoza) na asparagin rastueg polipeptidnog lanca
(Slika 7.28). Oligosaharid je s endoplazmatskim retikulom povezan putem lipidnog nosaa
(dolikol-fosfat). Oligosaharid se zatim se prenosi na intaktnu jedinicu akceptorskog
asparagina (Asn) smjetenog unutar slijeda Asn-X-Ser ili Asn-X-Thr (gdje je X bilo koja
aminokiselina osim prolina).
Tijekom daljnjeg procesiranja osnovni se N-vezani oligosaharid modificira. Dok se
glikoprotein nalazi u endoplazmatskom retikulu, uklanjaju se tri glukozna ostatka i jedna
manoza. Oligosaharid se dodatno modificira u Golgijevom aparatu u kojeg se glikoproteini
prenose iz endoplazmatskog retikula. Ove modifikacije (o kojima e vie rijei biti u
Poglavlju 9) obuhvaaju i uklanjanje i dodavanje ugljikohidratnih ostataka kako glikoprotein
prolazi kroz odjeljke Golgijevog aparata (Slika 7.29). N-vezani oligosaharidi razliitih
glikoproteina procesiraju se u razliitoj mjeri, ovisno o enzimima koji su prisutni u razliitim
stanicama kao i o dostupnosti oligosaharida enzimima koji kataliziraju ove modifikacije.
Glikoproteini s nedostupnim oligosaharidima ne dobivaju nove eere u Golgiju. Relativno
jednostavni oligosaharidi ovih glikoproteina nazivaju se oligomanozni oligosaharidi jer
sadre velik udio manoznih ostataka, a slini su osnovnom oligosaharidu prvotno dodanom u
endoplazmatskom retikulu. Suprotno tome, glikoproteini s dostupnim oligosaharidima
intenzivno se procesiraju to rezultira stvaranjem raznolikih kompleksnih oligosaharida.
O-vezani oligosaharidi se na polipeptide takoer dodaju u Golgijevom aparatu.
Suprotno N-vezanim oligosaharidima, O-vezani oligosaharidi nastaju dodavanjem jednog po
jednog eera i najee se sastoje od samo nekoliko ostataka (Slika 7.30). Mnogi
citoplazmatski i jezgreni proteini, ukljuujui mnoge transkripcijske faktore, modificirani su
dodatkom jednog O-vezanog N-acetilglukozaminskog ostatka, to je katalizirano drugim
enzimskim sustavom. Meutim, uloga ugljikohidrata u funkciji ovih citoplazmatskih i
jezgrenih glikoproteina jo nije razjanjena.
Vezanje lipida
Neki proteini eukariotskih stanica modificirani su vezanjem lipida na polipeptidni lanac.
Ove modifikacije najee slue za usmjeravanje i sidrenje proteina u staninu membranu, u
koju se hidrofobni lipid moe uklopiti (vidi Sliku 2.48). Uobiajena su tri tipa lipidnih
modifikacija N-miristilacija, prenilacija i palmitacija, i to na eukariotskim lipidima koji su
povezani s citosolnom stranom stanine membrane. etvrti tip modifikacije, dodatak
glikolipida, ima vanu ulogu u sidrenju nekih povrinskih proteina u vanjsku stranu stanine
membrane.
Na neke se proteine masna kiselina vee na amino-kraj rastueg polipeptidnog lanca za
vrijeme translacije. U tom procesu, nazvanom N-miristilacija, miristinska kiselina (masna
kiselina izgraena od 14 ugljikovih atoma) vee se na N-terminalni glicin (Slika 7.31). Glicin
je esto druga po redu aminokiselina ugraena u polipeptidni lanac, a inicijatorski se
metionin uklanja proteolizom prije dodatka masne kiseline. Mnogi proteini koji su
modificirani N-miristilacijom povezani su s unutranjom stranom stanine membrane. Ulogu
masne kiseline u tom povezivanju jasno su pokazale analize mutiranih proteina kod kojih je
N-terminalni glicin zamijenjen alaninom. Ovom je zamjenom sprijeena miristilacija te je
blokirana funkcija mutiranih proteina time to je onemogueno njihovo povezivanje s
membranom.
Lipidi na protein mogu biti vezani i preko bonih ogranaka cisteina, serina ili treonina.
Vaan primjer ovog tipa modifikacije je prenilacija, u kojoj su specifini tipovi lipida
12
(prenilne skupine) vezani na sumporne atome bonih ogranaka cisteina smjetenih na C-kraju
polipeptidnog lanca (Slika 7.32). Mnogi proteini vezani na staninu membranu, koji sudjeluju
u kontroli staninog rasta i diferencijacije, modificirani su na ovaj nain, primjerice onkogeni
proteini Ras koji su odgovorni za nekontroliran rast mnogih tumora kod ovjeka (vidi
Poglavlje 15). Prenilacija se kod ovih proteina odvija u tri koraka. Prvo se prenilna skupina
dodaje na cistein koji je od karboksilnog kraja polipeptidnog lanca udaljen tri aminokiseline.
Prenilne skupine koje se dodaju u ovoj reakciji su ili farnezil (15 ugljikovih atoma, prikazan
na Slici 7.32) ili geranil-geranil (20 ugljikovih atoma). Zatim se aminokiseline iza cisteinskog
ostatka uklanjaju, ime cistein ostaje posljednji na karboksilnom kraju. Konano se na
karboksilnu skupinu C-terminalnog cisteina dodaje metilna skupina.
Bioloki znaaj prenilacije dokazuje injenica da mutacija kljunog cisteina blokira
povezivanje s membranom kao i funkciju onkogenog proteina Ras. S obzirom na to da je
farnezilacija relativno rijetka modifikacija staninih proteina, mogunost da bi inhibitori
kljunog enzima (farnezil-transferaze) mogli biti korisni lijekovi za terapiju tumora koji
ukljuuju proteine Ras potaknula je zanimanje za ovu reakciju. Eksperimenti provedeni na
modelnim sustavima pokazali su da inhibitori farnezilacije interferiraju s rastom tumorskih
stanica, pa su u tijeku klinike studije kojima se ispituje djelovanje ovih potencijalnih
lijekova na inhibiciju rasta tumora kod ljudi.
Trei tip modifikacije proteina masnim kiselinama je palmitacija. Palmitinska se
kiselina (masna kiselina sa 16 ugljikovih atoma) dodaje na sumpor bonih ogranaka cisteina
smjetenih u unutranjem dijelu polipeptidnog lanca (Slika 7.33). Kao i miristilacija i
prenilacija, palmitacija igra vanu ulogu u povezivanju nekih proteina s citosolnom stranom
stanine membrane.
Konano, lipidi vezani na oligosaharide (glikolipidi) dodani na C-terminalne
karboksilne skupine nekih proteina, slue kao sidra za vezanje proteina na vanjsku stranu
stanine membrane. S obzirom na to da glikolipidi vezani na ove proteine sadre fosfatidilinozitol, esto se nazivaju glikozilfosfatidil-inozitol ili GPI sidra (Slika 7.34).
Oligosaharidni dijelovi GPI sidara vezani su na krajnju karboksilnu skupinu polipeptidnih
lanaca. Inozitolna je skupina fosfatidilinozitola vezana na oligosaharid tako da ugljikohidrat
slui kao poveznica izmeu proteina i masne kiseline fosfolipida. GPI sidra se sintetiziraju te
kao ve ustrojene strukture prenose na proteine unutar endoplazmatskog retikula. Njihovo
dodavanje praeno je uklanjanjem polipeptida veliine 20 aminokiselina s C-kraja
polipeptidnog lanca. Modificirani se protein zatim prenosi na povrinu stanice, pri emu lanci
masnih kiselina GPI sidra posreduju u povezivanju proteina sa staninom membranom.
Regulacija funkcije proteina
Kljuna funkcija proteina njihovo je enzimsko djelovanje, potrebno za katalizu gotovo
svih biolokih reakcija. Regulacija enzimske aktivnosti time igra kljunu ulogu u upravljanju
staninim ponaanjem. To se jednim dijelom postie na razini ekspresije gena, koja odreuje
koliinu nekog enzima (proteina) koju stanica sintetizira. Druga razina kontrole postie se
regulacijom funkcije proteina, koja omoguava stanici da regulira ne samo koliinu, ve i
aktivnost svojih proteinskih komponenti. O regulaciji aktivnosti nekih proteina na razini
transkripcije i translacije ve je bilo govora u ovom i prethodnom poglavlju, dok e mnogi
dodatni primjeri regulacije proteinske funkcije u kontroli i staninom ponaanju biti
objanjeni u ostatku ove knjige. U ovom e odjeljku biti govora o tri osnovna mehanizma
kojima se regulira aktivnost staninih proteina.
Regulacija malim molekulama
Djelovanje veine enzima kontrolirano je promjenom njihove konformacije, ime se
mijenja i njihova katalitika aktivnost. U mnogim su sluajevima konformacijske promjene
13
posljedica vezanja malih molekula, kao to su aminokiseline ili nukleotidi, ime se regulira i
enzimska aktivnost. Ovaj tip regulacije esto je odgovoran za kontrolu metabolikih puteva
putem povratne sprege. Primjerice, konani produkti mnogih puteva biosinteze (primjerice
aminokiselina) inhibiraju enzime koji kataliziraju prvi korak njihove sinteze, osiguravajui na
taj nain odgovarajue snabdijevanje produktom, ali i sprjeavajui sintezu prevelikih
koliina istog (Slika 7.35). Inhibicija povratnom spregom primjer je alosterike regulacije, u
kojoj se regulatorna molekula vee na mjesto na enzimu koje je razliito od katalitikog
mjesta (gr. allo = drugi, steric = mjesto). Vezanje takve regulatorne molekule mijenja
konformaciju proteina, a time se mijenja i oblik katalitikog mjesta to djeluje i na katalitiku
aktivnost (vidi Sliku 2.29). Mnogi transkripcijski faktori (o kojima je bilo govora u Poglavlju
6) takoer su regulirani vezanjem malih molekula. Primjerice, vezanje laktoze na lac represor
u E. coli inducira konformacijsku promjenu koja sprjeava vezanje represora na DNA. U
eukariotskim stanicama steroidni hormoni na slian nain kontroliraju gensku ekspresiju
veui se na transkripcijske regulatorne proteine.
Regulacija transkripcijskih faktora kao to je regulacija EF-Tu putem vezanja GTP-a
(vidi sliku 7.3) ilustrira drugi uobiajeni mehanizam kojim se kontrolira aktivnost
unutarstaninih proteina. U ovom sluaju, oblik proteina s vezanim GTP-om aktivna je
konformacija, dok je oblik s vezanim GDP-om neaktivan. Mnogi stanini proteini regulirani
su na slian nain, putem vezanja GTP-a ili GDP-a. U ovu skupinu ubrajamo onkogene
proteine Ras, koji su intenzivno prouavani zbog njihove uloge u kontroli stanine
proliferacije i tumora kod ovjeka. Iznimno zanimljivi podaci dobiveni kristalografskom
analizom X-zrakama ovih proteina, otkrili su male, ali iznimno znaajne razlike izmeu
neaktivnog oblika proteina s vezanim GDP-om i aktivnog oblika s vezanim GTP-om (Slika
7.36). Ove fine razlike u proteinskoj konformaciji odreuju moe li Ras (aktivni oblik s
vezanim GTP-om) reagirati sa svojom ciljnom molekulom, to je signal za staninu diobu.
Vanost ovih finih razlika u proteinskoj konformaciji ilustrirana je injenicom da mutacije u
ras genu pridonose razvoju oko 20% tumora kod ovjeka. Na taj nain mutacije mijenjaju
strukturu proteina Ras tako da su oni zarobljeni u svojoj aktivnoj konformaciji s vezanim
GTP-om i kontinuirano signaliziraju staninu diobu, to dovodi do nekontroliranog rasta
tumorskih stanica. Suprotno tome, normalni proteini Ras balansiraju izmeu GTP- ili GDPkonformacija, tako to postaju aktivni tek nakon stimulacije hormonima ili faktorima rasta
koji normalno kontroliraju staninu proliferaciju u viestaninim organizmima.
Fosforilacija proteina
Primjeri o kojima je bilo govora u prethodnom odjeljku odnose se na nekovalentno
povezivanje proteina s malim molekulama inhibitorima ili aktivatorima. S obzirom na to da
se ne stvaraju kovalentne veze, vezanje ovih regulatornih molekula na protein je reverzibilno,
to stanici omoguava brz odgovor na promjene u okolini. Meutim, aktivnost mnogih
proteina regulirana je kovalentnim modifikacijama. Jedan od primjera ovog tipa regulacije je
aktivacija enzima proteolitikim kidanjem neaktivnih prekursora. Kao to je prethodno
spomenuto u ovom poglavlju, probavni enzimi i proteini koji sudjeluju u zgruavanju krvi
regulirani su ovim mehanizmom. S obzirom na to da je proteoliza ireverzibilan proces, ona je
prvenstveno oblik kontrole aktivacije enzima, a ne "ukljuivanja" i "iskljuivanja" enzima u
odgovoru na promjene u okolini. Suprotno tome, druge su kovalentne modifikacije
posebice fosforilacija, reverzibilni procesi unutar stanice i djeluju, kao primjerice i
alosterika regulacija, tako to reverzibilno aktiviraju ili inhibiraju mnotvo razliitih
staninih proteina u odgovoru na signale iz okoline.
Fosforilaciju proteina kataliziraju protein-kinaze, od kojih veina prenosi fosfatnu
skupinu s ATP-a na hidroksilne skupine bonih ogranaka serina, treonina ili tirozina (Slika
7.37). Protein-kinaze ine jednu od najveih proteinskih porodica kod eukariota, a pripada im
14
i priblino 2% svih eukariotskih gena. Veina protein-kinaza fosforilira ili serinski i

treoninski ostatak ili tirozinski ostatak, pa se sukladno tome nazivaju protein-serin/treoninkinaze ili protein-tirozin-kinaze. Reakciju reverznu fosforilaciji, hidrolizu fosforiliranog
aminokiselinskog ostatka kataliziraju protein-fosfataze. Kao i protein-kinaze, proteinfosfataze su specifine za serinske ili treoninske ostatke, ili tirozinske ostatke, premda neke
od njih prepoznaju sve tri fosfoaminokiseline.
Zajedniko djelovanje protein-kinaza i protein-fosfataza posreduje u reverzibilnoj
fosforilaciji mnogih staninih proteina. Protein-kinaze esto djeluju kao komponente puteva
prijenosa signala u kojima jedna kinaza aktivira sljedeu kinazu, koja zatim moe djelovati na
sljedeu kinazu u nizu. Djelovanje serije protein-kinaza moe prenijeti signal primljen na
staninoj povrini do ciljnog proteina unutar stanice, to rezultira promjenama staninog
ponaanja u odgovoru na poticaje iz okoline.
Prototip djelovanja protein-kinaza proiziao je iz studija metabolizma glikogena, autora
Eda Fishera i Eda Krebsa iz 1955. godine. U miinim stanicama hormon adrenalin potie
razgradnju glikogena do glukoza-1-fosfata, ime se osigurava izvor energije za pojaanu
miinu aktivnost. Razgradnju glikogena katalizira enzim glikogen-fosforilaza, koju regulira
protein-kinaza (Slika 7.38). Adrenalin se vee na receptor na povrini stanice i potie
pretvorbu ATP u cikliki AMP (cAMP), koji zatim vee i aktivira protein-kinazu, nazvanu
protein-kinaza ovisna o cAMP-u. Ova kinaza fosforilira te time aktivira sljedeu proteinkinazu, nazvanu kinaza-fosforilaze. Kinaza-fosforilaze zatim fosforilira i aktivira glikogenfosforilazu to u konanici dovodi do stvaranja glukoze. Aktivacija fosforilacije i kinazefosforilaze i glikogen-fosforilaze moe biti reverzibilna, to kataliziraju specifine fosfataze,
tako da uklanjanje poetnog stimulansa (adrenalina ) inhibira daljnju razgradnju glikogena.
Signalni put koji dovodi do aktivacije glikogen-fosforilaze zapoinje vezanjem malih
molekula na staninu povrinu vezanjem adrenalina na njegov receptor i vezanjem cAMP-a
na protein-kinazu ovisnu o cAMP-u. Signal se zatim prenosi na unutarstanini cilj
uzastopnim djelovanjem protein-kinaza. Slini signalni putevi, u kojima protein-kinaze i
fosfataze igraju kljunu ulogu, sudjeluju u regulaciji gotovo svih oblika ponaanja
eukariotskih stanica (vidi Poglavlje 13 i 14). Odstupanja u ovim putevima, pri emu su esto
promijenjene i aktivnosti protein-kinaza, odgovorna su za razvoj mnogih bolesti koje su
praene nepravilnom regulacijom staninog rasta i diferencijacije, posebice za razvoj tumora.
Premda je fosforilacija najei i najbolje proueni oblik kovalentnih modifikacija koje
reguliraju aktivnost proteina, i neke druge proteinske modifikacije takoer imaju vane uloge.
To su metilacija i acetilacija lizinskih ostataka (o emu je bilo govora u Poglavlju 6), kao i
dodatak NO skupine na bone ogranke cisteinskih ostataka (nitrozilacija). Uz to, postaje
dokazi o tome da O-glikozilacija jezgrenih i staninih proteina takoer ima regulatornu
ulogu.
Interakcije protein-protein
Mnogi se proteini sastoje od vie podjedinica, od kojih je svaka neovisan polipeptidni
lanac. Kod nekih su proteina podjedinice istovrsne, dok su drugi izgraeni od dvaju ili vie
razliitih polipeptida. U oba su sluaja interakcije izmeu polipeptidnih lanaca vane za
regulaciju proteinske aktivnosti. Vanost ovih interakcija vidljiva je kod alosterikih enzima,
kod kojih vezanje regulatorne molekule mijenja konformaciju proteina promjenom
interakcija izmeu podjedinica.
Mnogi drugi enzimi regulirani su na slian nain, putem interakcija protein-protein.
Dobar je primjer protein-kinaza ovisna o cAMP-u, koja se sastoji od dvije regulatorne i dvije
katalitike podjedinice (Slika 7.39). U ovom stanju, enzim je neaktivan; regulatorne
podjedinice inhibiraju enzimsko djelovanje katalitikih podjedinica. Enzim se aktivira putem
cAMP-a, koji se vee na regulatorne podjedinice i potie konformacijsku promjenu koja
15
uzrokuje disocijaciju kompleksa uslijed ega se katalitike podjedinice oslobaaju i postaju

enzimski aktivne protein-kinaze. Na taj nain cikliki AMP djeluje kao alosteriki regulator
djelujui na interakcije protein-protein.
Proteini koji sudjeluju u regulaciji trenskripcije o kojima je bilo govora u Poglavlju 6
pruaju drugi vaan primjer interakcija protein-protein. Mnogi eukariotski transkripcijski
faktori djeluju ili kao aktivatori ili kao represori upravo putem interakcija protein-protein s
komponentama temeljnog transkripcijskog mehanizma. Kao to e biti govora u sljedeim
poglavljima, sline interakcije protein-protein, koje mogu biti regulirane vezanjem malih
molekula ili fosforilacijom, igraju kljunu ulogu u kontroli brojnih razliitih oblika staninog
ponaanja.
Razgradnja proteina
Razine proteina u stanici odreene su osim intenzitetom sinteze i udjelom njihove
razgradnje. Poluvremena ivota proteina u stanici jako su razliita, od nekoliko minuta do
nekoliko dana, pa su razliite brzine proteinske razgradnje vaan imbenik stanine
regulacije. Mnogi proteini koji se brzo razgrauju djeluju kao regulatorne molekule,
primjerice transkripcijski faktori. Brz obrtaj ovih proteina potreban je kako bi njihovoj razini
omoguio brzu promjenu u odgovoru na signale iz okoline. Drugi se proteini u odgovoru na
specifine signale brzo razgrauju, omoguavajui drugaiji mehanizam za regulaciju
unutarstanine enzimske aktivnosti. Uz to, nefunkcionalni ili oteeni proteini bivaju
prepoznati i brzo razgraeni unutar stanice, ime se uklanjaju posljedice pogreki koje su
nastale tijekom sinteze proteina. U eukariotskim stanicama postoje dva glavna puta
razgradnje proteina put ubikvitin-proteasom i lizosomalna proteoliza.
Put ubikvitin-proteasom
Glavni put selektivne razgradnje proteina u eukariotskim stanicama kao biljeg za
usmjeravanje citosolnih i jezgrenih proteina na brzu proteolizu koristi ubikvitin (Slika 7.40).
Ubikvitin je polipeptid izgraen od 76 aminokiselina, koji je visokoouvan kod svih
eukariota (kvasaca, ivotinja i biljaka). Vezanjem ubikvitina na amino-skupinu bonog
ogranka lizina proteini postaju obiljeeni za razgradnju. Daljnjim nadodavanjem ubikvitina
nastaje multiubikvitinski lanac. Takve poliubikvitinilirane proteine prepoznaje i razgrauje
veliki, viepodjedinini proteazni kompleks, nazvan proteasom. Ubikvitin se otputa u tom
procesu, pa se moe koristiti i u sljedeem ciklusu. I za vezanje ubikvitina, kao i za
razgradnju obiljeenih proteina potrebna je energija koja se dobiva iz ATP-a.
Kako je vezanje ubikvitina biljeg za brzu razgradnju, stabilnost brojnih proteina ovisi o
tome hoe li biti ubikvitinilirani. Ubikvitinilacija se odvija u vie koraka. Prvo se ubikvitin
aktivira vezanjem za enzim koji aktivira ubikvitin, E1. Ubikvitin se zatim prenosi na drugi
enzim, nazvanim enzim koji konjugira ubikvitin (E2). Konani prijenos ubikvitina na ciljni
protein posredovan je treim enzimom, nazvan ubikvitin ligaza ili E3, koji je odgovoran za
selektivno prepoznavanje odgovarajueg supstratnog proteina. Veina stanica posjeduje samo
jednu vrstu E1, ali nekoliko vrsta E2 i velik broj E3 enzima. Razliiti enzimi E3 prepoznaju
razliite supstratne proteine, pa se selektivno usmjeravanje staninih proteina na razgradnju
putem ubikvitin-proteaznog puta temelji upravo na specifinom djelovanju ovih enzima.
Mnogi proteini koji kontroliraju temeljne procese u stanici, kao to su ekspresija
proteina i stanina proliferacija, ciljevi su djelovanja za reguliranu ubikvitinilaciju i
proteolizu. Zanimljiv primjer takve kontrolirane razgradnje pruaju ciklini, proteini koji
reguliraju stanini rast kontrolirajui diobeni ciklus eukariotskih stanica. Ulazak u mitozu kod
eukariotskih stanica kontroliran je dijelom putem ciklina B, koji je regulatorna podjedinica
protein-kinaze, nazvane Cdc2 (vidi Poglavlje 14). Povezivanje s ciklinom B nuno je za
aktivaciju Cdc2, koja kada je aktivirana, putem fosforilacije razliitih staninih proteina,
16
zapoinje procese mitoze (to obuhvaa kondenzaciju kromatina i razgradnju jezgrine

ovojnice). Protein-kinaza Cdc2 aktivira takoer i sustav proteolize posredovane ubikvitinom
kojim se razgrauje ciklin B, to vodi prema kraju mitoze. Razgradnja ciklina B inaktivira
protein-kinazu Cdc2, omoguavajui stanici izlazak iz mitoze i nastavak prema interfazi
sljedeeg staninog ciklusa. Ubikvitinilacija ciklina B je visoko-specifina reakcija, koju
odreuje slijed od 9 aminokiselina u ciklinu B, nazvan destrukcijska kutija. Mutacije u ovom
slijedu sprjeavaju proteolizu ciklina B to uzrokuje zastoj diobe stanice u mitozi. Ovaj
primjer pokazuje vanost regulacije razgradnje proteina u kontroli temeljnih procesa stanine
diobe.
Premda ubikvitinilacija uobiajeno usmjerava proteine na razgradnju, vezanje
ubikvitina na neke proteine moe imati i druge funkcije. Primjerice, ubikvitinilacija nekih
proteina slui kao biljeg za endocitozu, a ubikvitinilacija histona predstavlja element
"histonskog koda", o emu je bilo govora u Poglavlju 6. Uz to, proteini mogu biti
modificirani vezanjem drugih polipeptida slinih ubikvitinu, kao to je SUMO (mali
ubikvitinu slian modifikator), koji slui kao biljeg za usmjeravanje proteina u jezgru i
njihovo smjetanje u podjezgrine domene (detaljno u Poglavlju 8).
Lizosomalna proteoliza
Drugi glavni put razgradnje proteina je razgradnja proteina putem lizosoma. Lizosomi
su membranom okruene organele koje sadre brojne razgradne enzime, meu kojima i
nekoliko proteaza (vidi Poglavlje 9). Imaju nekoliko uloga u staninom metabolizmu, izmeu
ostalog u razgradnji izvanstaninih proteina unijetih endocitozom kao i u pretvorbi
citoplazmatskih organela i citosolnih proteina.
Zadravanje proteaza i drugih razgradnih enzima unutar lizosoma sprjeava
nekontroliranu razgradnju staninog sadraja. Stoga, da bi bili razgraeni lizosomalnom
proteolizom, stanini proteini prvo moraju biti unijeti u lizosom. Temeljni princip unosa
proteina je autofagija, tijekom koje nastaju vezikule (autofagosomi) kojima su pomou
membrana, nastalih od endoplazmatskog retikula, obuhvaena mala podruja citoplazme ili
citoplazmatskih orgenale (Slika 7.42). Ove se vezikule zatim stapaju s lizosomima te
razgradni lizosomalni enzimi prerauju njihov sadraj. ini se da je unos proteina u
autofagosom neselektivan proces, tako da u konanici rezultira sporom razgradnjom
dugoivuih citoplazmatskih proteina.
Autofagija je regulirana dostupnou hranjivih tvari, ali i tijekom razvoja viestaninih
organizama. Ovaj se proces openito aktivira u uvjetima nedostatka hranjivih tvari, ime je
stanici omoguena razgradnja neesencijalnih proteina i organela, te na taj nain ponovo
iskoritavanje svojih komponenti. Uz to, autofagija ima vanu ulogu u mnogim razvojnim
procesima, kao to je primjerice metamorfoza insekata, koji obuhvaaju intenzivno
remodeliranje tkiva i razgradnju staninih komponenti.
KLJUNE RIJEI
SAETAK
TRANSLACIJA mRNA
Transfer RNA: Transfer RNA slui kao posrednik koji

smjeta aminokiseline na kalup mRNA. Aminoacil-tRNA
sintetaze veu aminokiseline na odgovarajue tRNA, koje se
tRNA, antikodon, zatim putem komplementarnog sparivanja baza veu na
aminoacil-tRNA-sintetaza kodone mRNA.
Ribosom: Ribosomi se sastoje od dvije podjedinice, koje su
izgraene od proteina i ribosomskih RNA. Stvaranje
17
peptidne veze primarno je katalizirano ribosomskom 23S

RNA.
ribosom, rRNA Ustrojstvo mRNA i inicijacija translacije: Translacija
prokariotskih i eukariotskih mRNA zapoinje metioninskim
ostatkom. Kod bakterija, inicijacijskom kodonu prethodi
slijed koji smjeta mRNA na ribosom putem sparivanja baza
sa 16S rRNA. Kod eukariota, inicijacijski kodon se
pronalazi pretraivanjem mRNA s 5' kraja, a prepoznaje se
na temelju njegove 7-metilgvanozinske kape.
5' regija koja se ne prevodi,
policistronska,
monocistronska, 3' regija
koja se ne prevodi regija,
slijed Shine-Delgarno
Proces translacije: Translacija zapoinje vezanjem metionil

tRNA i mRNA na malu ribosomsku podjedinicu. Zatim se
kompleksu pridruuje velika ribosomska podjedinica, te se
polipeptidni lanac produuje sve dok ribosom ne stigne do
terminacijskog kodona na mRNA. Za odvijanje inicijacije,
elongacije i terminacije translacije i kod prokariota i kod
eukariota nuna je prisutnost razliitih neribosomskih
faktora.
Regulacija translacije: Regulacija specifinih mRNA moe
postii vezanjem represorskih proteina te proteinima koji
usmjeravaju mRNA u specifino podruje u stanici.
Kontrolirana poliadenilacija mRNA takoer je vaan
mehanizam regulacije translacije tijekom rane faze razvoja.
Uz to, translacija nekih mRNA kontrolirana je
nekodirajuim RNA koje putem RNA interferencije dovode
do razgradnje homolognih mRNA. Konano, aktivnost
translacije u stanici moe openito biti regulirana
modifikacijom inicijacijskih faktora.
SMATANJE I PROCESIRANJE PROTEINA
aperoni i smatanje proteina: Molekularni
olakavaju unutarstanino smatanje polipeptidnih
njihovu pravilnu trodimenzionalnu konformaciju
veu i stabiliziraju nesmotane ili djelomino
polipeptidne lance.
aperoni
lanaca u
tako to
smotane
Enzimi i smatanje proteina: Barem dvije vrste enzima,

protein disulfid-izomeraze i peptidil-prolil izomeraze,
kataliziraju smatanje proteina.
Kidanje proteina: Proteoliza je vaan korak u procesiranju
mnogih proteina: primjerice, sekretorni proteini i proteini
ugraeni u veinu eukariotskih organela usmjeravaju se do
svojih odredita pomou aminokiselinskog slijeda koji se
nakon prolaska proteina kroz membranu uklanja
proteolitikim kidanjem.
Glikozilacija: Mnogi su eukariotski proteini, posebice
sekretorni i proteini stanine membrane, modificirani
dodatkom ugljikohidrata u endoplazmatskom retikulu i
18
Golgijevom aparatu.
Vezanje lipida: Kovalentno vezani lipidi esto usmjeravaju i
usidruju proteine u staninu membranu.
REGULACIJA FUNKCIJE PROTEINA

Regulacija malim molekulama: Mnogi su proteini regulirani
aperon, proteini vezanjem malih molekula, kao to su aminokiseline i
toplinskog oka, aperonin nukleotidi, koji potiu promjene konformacije i aktivnosti
proteina.
Fosforilacija proteina: Reverzibilna fosforilacija, koja
kontrolira aktivnost mnotva razliitih staninih proteina,
posljedica je djelovanja protein-kinaza i fosfataza.
Interakcije protein-protein: Interakcije izmeu polipeptidnih
lanaca vane su za regulaciju alosterikih enzima i drugih
protein disulfid-izomeraze, staninih proteina.
peptidil-prolil-izomeraze
RAZGRADNJA PROTEINA
Put ubikvitin-proteasom: Glavni put selektivne razgradnje
proteina u eukariotskim stanicama koristi ubikvitin kao
proteoliza, signalni slijed, biljeg koji usmjerava proteine na brzu proteolizu pomou
signalne peptidaze proteasoma.
Lizosomska proteoliza: Lizosomske proteaze razgrauju
izvanstanine proteine unijete endocitozom, a odgovorne su
i za razgradnju citoplazmatskih organela i dugoivuih
citosolnih proteina. Autofagija se aktivira kao odgovor na
gladovanje stanice.
Glikozilacija, glikoprotein,
dolikol fosfat
N-miristilacija, prenilacija,
palmitacija, glikolipid,
glikozilfosfatidilinozitolno
(GPI) sidro
Alosterika regulacija
19
Protein-kinaze, proteinserin/treonin-kinaze,
protein-tirozin-kinaze,
protein-fosfataze
Ubikvitin, proteasom
Lizosom, autofagija
Pitanja
1. E. coli sadri 64 razliita kodona u svojim mRNA, od kojih 61 za aminokiseline.
Kako mogu sintetizirati proteine kad ima samo 40 razliitih tRNA?
2.
U kojem smjeru ribosom prevodi mRNA, a u kojem se smjeru sintetizira polipeptidni

lanac?
3. elite eksprimirati kloniranu eukariotsku cDNA u bakteriji. Koji je slijed potrebno

dodati da bi se mRNA mogla prevesti na prokariotskim ribosomima?
4. Obrazloite injenicu da je ribosomska RNA najznaajnija komponenta ribosoma.
5. Koji bi uinak inhibitor poliadenilacije imao na sintezu proteina u oploenim
jajacima?
6. to su aperoni?
7. Zato je korisno da je sinteza proteina toplinskog oka pojaana u stanicama
izloenim povienim temperaturama?
8. Dok ste ispitivali biljni auksin natrij fenilacetat, otkrili ste da inhibira sintezu
farnezilnih skupina. Sluajui kolegij Stanine biologije, uoili ste mogunost
njegovog koritenja u terapiji tumora koji ukljuuju nenormalno aktivne Ras proteine.
to mislite kakav bi uinak fenilacetat imao na funkciju Ras i zato bi imao nekoliko
nuspojava?
9. Zanima vas ispitivanje ekspresije proteina na povrini jetrenih stanica. Kako bi vam
tretman ovih stanica fosfolipazom pomogao da otkrijete je li va protein
transmembranski protein ili je na staninu povrinu vezan pomou GPI sidra?
20
10. to je dokaz da je za ubikvitinilaciju i razgradnju specifinih proteina pomou

proteasoma nuan specifian ciljni slijed na proteinu?
21
KLJUNI EKSPERIMENT (Tekst na gornjem dijelu 288. stranice)

Katalitika uloga ribosomske RNA
Unusual Resistence of Peptidyl Transferase to Protein Extraction Procedures
Harry F. Noller, Vernita Hoffhart, and Ludwika Zimniak
University of California at Santa Cruz
Science, volumen 256, 1992, stranice 1416-1419
Sadraj
Uloga ribosoma u sintezi proteina otkrivena je ezdesetih godina 20. stoljea. U tom su
razdoblju ribosomi opisivani kao estice koje se sastoje od proteina i RNA, te je uspjeno
obavljen eksperiment uspostavljanja funkcionalnih ribosoma iz proienih gradivnih
komponenti. Tada se smatralo da stvaranje peptidne veze (reakciju peptidil-transferaze)
kataliziraju ribosomski proteini, a da rRNA uglavnom pridonosi odranju strukture ribosoma.
U ranim sedamdesetima, dokazi su ipak poeli sugerirati da bi molekule ribosomske RNA
mogle izravnije sudjelovati u proteinskoj sintezi. Primjerice, utvreno je da mnogi
ribosomski proteini nisu esencijalni za funkciju ribosoma. Suprotno tomu, pokazano je da su
sljedovi nekih dijelova rRNA dobro ouvani tijekom evolucije, to je upuivalo na kljunu
funkcionalnu ulogu ovih dijelova molekule rRNA.
U ranim osamdesetima, na temelju studija Toma Cecha provedenih na ribozimu iz
Tetrahymene i studija Sidneya Altmana provedenih na RNazi P, utvrena je katalitika
aktivnost molekula RNA. Ova su otkria stvorila temelje za pretpostavku da je rRNA izravno
ukljuena u katalizu stvaranja peptidne veze. Nepobitni dokaz, koje je potvrdio predloenu
ulogu rRNA pruili su u svom lanku Harry Noller i njegovi suradnici, 1992. godine.
Eksperimenti
U studijama katalitike aktivnosti rRNA, Noller i suradnici koristili su pojednostavljenu
modelnu reakciju za odreivanje peptidil-transferazne aktivnosti. U reakciji je mjeren
prijenos radioaktivno obiljeenog N-formilmetionina s fragmenta tRNA na amino skupinu
puromicina, antibiotika koji slii aminoacil-tRNA i moe stvoriti peptidnu vezu s rastuim
polipeptidnim lancem. Prednost ove modelne reakcije peptidil transferaze je da se moe
provesti s izoliranom ribosomskom podjedinicom 50S; mala ribosomska podjedinica, drugi
proteinski faktori, kao ni mRNA nisu potrebni za odvijanje ove reakcije.
Istraivai su zatim ispitali ulogu rRNA mjerenjem peptidil -transferazne aktivnosti
podjedinice 50S iz koje su ribosomski proteini uklonjeni standardnim postupcima ekstrakcije
proteina. Vaan detalj ovih pokusa bila je uporaba ribosoma iz bakterije Thermus aquaticus.
S obzirom na to da ove bakterije ive pri visokim temperaturama, smatralo se da je struktura
njihove rRNA stabilnija od strukture rRNA iz E. coli. Kljuan je bio rezultat da je peptidiltransferazna aktivnost ribosoma iz T. aquaticus bila u potpunosti otporna na snane
ektrakcijske postupke, primjenu detergenata, proteaza i fenola (vidi sliku). to je jo
znaajnije, peptidil transferazna je aktivnost bila u potpunosti ouvana ak i nakon
ponovljenih ekstrakcija, kojima je uklonjeno 90% ribosomskih proteina. Suprotno tome,
peptidil transferazna je aktivnost, bilo intaktnih, bilo ekstrahiranih ribosoma bila iznimno
osjetljiva ak i na kratko izlaganje djelovanju RNaze. Premda na temelju ovih pokusa nije
bilo mogue iskljuiti potencijalnu ulogu ribosomskih proteina zaostalih nakon ekstrakcije,
dobiveni su rezultati pruili snanu potporu pretpostavci o izravnom sudjelovanju ribosomske
RNA 23S u peptidil transferaznoj reakciji.
22
Odjek
Rezultati Nollerovih pokusa konano su potvreni analizom 50S ribosomske podjedinice
pri visokom razluivanju koju su 2000. godine objavili Peter Moore, Thomas Steitz i njihovi
suradnici. Pokazano je da mjesto na ribosomu u kojem se odvija peptidil-tranferazna reakcija
sadri samo rRNA, a da ribosomski proteini nisu prisutni. Ovi su rezultati uklonili svaku
sumnju o katalitikoj ulozi rRNA u ovoj reakciji te su pokazali da temeljnu reakciju sinteze
proteina katalizira ribosomska RNA. Ova otkria ne samo da su imala snaan utjecaj na nae
razumijevanje funkcije ribosoma, ve su uvelike proirila spoznaje o prethodno opisanim
katalitikim aktivnostima molekula RNA te su osigurala nove vrijedne dokaze koji govore u
prilog hipotezi prema kojoj je rani period evolucije bio "svijet RNA" napuen samoreplicirajuim molekulama RNA. Ova je hipoteza prethodno temeljena na sposobnosti
molekula RNA da kataliziraju reakcije potrebne za njihovu vlastitu replikaciju. Otkrie da
RNA moe katalizirati reakcije koje sudjeluju u sintezi proteina, pruilo je dokaz o izravnoj
vezi izmeu svijeta RNA i protoka genetike informacije u danas postojeim stanicama, u
kojima rRNA sudjeluje u kljunim reakcijama stvaranja peptidne veze.
Tekst ispod slike na 288. stranici
Peptidil-transferazna aktivnost mjerena je praenjem nastalog radioaktivnog Nformilmetionin-puromicina (f-Met-puro), primjenom elektroforeze i autoradiografije.
Ribosomi iz T. aquaticus izloeni su ekstrakciji proteina ili djelovanju RNaze, kao to je
pokazano na slici.
MOLEKULARNA MEDICINA (Tekst na gornjem dijelu 292. stranice)

Antibiotici i sinteza proteina
Bolest
Bakterije su odgovorne za irok spektar potencijalno smrtonosnih zaraznih bolesti, kao
to su tuberkuloza, bakterijska upala plua, meningitis djeje dobi, infekcije rana i opeklina,
sifilis i gonoreja. Prije etrdesetih godina 20. stoljea, lijenici nisu imali uinkovitu terapiju
za ove bakterijske infekcije. Upravo su tih godina prvi antibiotici postali dostupni za kliniku
uporabu. Mogunost izljeenja infekcija za koje prethodno nije bilo terapije te znaajno
produljenje prosjenog ljudskog ivota bilo je izravna posljedica uvoenja antibiotika u
kliniku praksu. Danas je u uporabi vie od stotinu antibiotika koji osiguravaju uinkovitu
terapiju bakterijskih infekcija.
Molekularna i stanina osnova
Da bi antibiotik bio kliniki uinkovit, mora ili ubiti bakterije ili inhibirati njihov rast, a
pri tome ne smije biti toksian za ovjeka. Stoga je djelovanje veine antibiotika, koji su
kliniki primjenjivi, usmjereno na ciljeve koji su prisutni u bakterijskim, ali ne i u ljudskim
stanicama. Penicilin, primjerice, inhibira sintezu staninog zida bakterije (vidi Poglavlje 12).
Mnogi, uobiajeno koriteni antibiotici inhibiraju pojedine korake proteinske sinteze (vidi
tablicu). Neki od ovih antibiotika, primjerice streptomicin, tetraciklin, kloramfenikol i
23
eritromicin, specifino djeluju na prokariotske ribosome te su stoga uinkoviti agensi za

lijeenje bakterijskih infekcija. Djelovanje drugih antibiotika, inhibitora proteinske sinteze,
usmjereno je i na eukariote i na prokariote (primjerice, puromicin) ili samo na eukariote
(primjerice, cikloheksimid). Premda ovi antibiotici oigledno nisu prihvatljivi za kliniku
primjenu, upravo su se oni pokazali kao vane eksperimentalne alatke za studije proteinske
sinteze i kod prokariotskih i kod eukariotskih stanica.
Prevencija i lijeenje
Uporaba antibiotika imala je snaan utjecaj na modernu medicinu omoguivi lijenicima
lijeenje za ivot pogubnih bakterijskih infekcija. Naalost, mutacije ipak mogu dovesti do
razvoja bakterijskih sojeva koji su rezistentni na antibiotike. Mnogo je bakterijskih sojeva
danas rezistentno na jedan ili vie antibiotika, tako da lijenici ponekad moraju isprobati
nekoliko razliitih antibiotika prije no to nau jedan koji je uinkovit. tovie, irenje
bakterijske rezistencije stavilo je neke antibiotike izvan uporabe. Mnogo je ozbiljnija
injenica da su nastali bakterijski sojevi koji su rezistentni na vie antibiotika, a neki od njih,
koji su esto prisutni u bolnicama, otporni su na sve, osim moda na jedan ili tek nekoliko
poznatih antibiotika. Nastanak ovakvih sojeva s viestrukom rezistencijom iri spektar
neizljeivih infekcija uzrokovanih irenjem bakterija otpornih na antibiotike to je scenarij
koji najavljuje povratak u pre-antibiotsko vrijeme infektivnih bolesti. Svladavanje bakterija
otpornih na antibiotike, kako optimiranjem uporabe trenutno dostupnih antibiotika, tako i
razvojem novih antibiotika, predstavlja vanu brigu u suvremenoj medicinskoj praksi.
Tablica na 292. stranici
Antibiotici inhibitori sinteze proteina
Antibiotik
Ciljna stanica
Streptomicin
Prokariotska
Tetraciklin
Prokariotska
Kloramfenikol Prokariotska
Eritromicin
Prokariotska
Puromicin
prokariotska i eukariotska
Cikloheksimid Eukariotska
Uinak
inhibira inicijaciju i uzrokuje pogreno itanje
Inhibira vezanje aminoacil-tRNA
Inhibira peptidil-transferaznu aktivnost
Inhibira translokaciju
Uzrokuje prerani zavretak sinteze lanca
Inhibira peptidil-transferaznu aktivnost
281. stranica, tekst uz lijevu marginu

Translacija mRNA 281
Smatanje i procesiranje proteina 298
Regulacija proteinskih funkcija 309
Razgradnja proteina 313
KLJUNI EKSPERIMENT: Katalitika uloga ribosomske RNA
MOLEKULARNA MEDICINA: Antibiotici i sinteza proteina
Tablica 7.1 Translacijski faktori
Uloga
Inicijacija
Prokarioti
IF-1, IF-2, IF-3
Elongacija
Terminacija
EF-Tu, EF-Ts, EF-G

RF-1, RF-2, RF-3
Eukarioti
eIF-1, eIF-1A, eIF-2, eIF-2B, eIF-3, eIF-4A, eIF4B, eIF-4E, eIF-4G, eIF-5
eEF-1, eEF-1, eEF-2
eRF-1, eRF-3
24
Tablica 7.2 Molekularni aperoni

Porodica proteina
Hsp70
Hsp60
Hsp90
aperoni
eukarioti
Hsc73 (citosol)
Prokarioti
DnaK
BiP (endoplazmatski retikul)
SSC1 (mitohondriji)
ctHsp70 (kloroplasti)
GroEL
Hsp60 (mitohondriji)
Cpn60 (kloroplasti)
HtpG
Grp94 (endoplazmatski retikul)
TriC (citosol)
Hsp90 (citosol)
Slika 7.1 Struktura tRNA

Struktura fenilalanil tRNA prikazana je u otvorenoj formi "lista djeteline" (A) kako bi
komplementarno sparivanje baza bilo vidljivo. Modificirane baze obiljeene su kao mG
metilgvanozin; mC metilcitozin; DHU dihidrouridin; T ribotimidin; Y modificirani
purin (najee adenozin); pseudouridin. Smotana forma molekule prikazana je pod (B),
a prostorni model pod (C) (C, susretljivou Dana Richardsona).
amino acid attachment site mjesto vezanja aminokiseline
anticodon antikodon
Slika 7.2 Vezanje aminokiseline na tRNA
U prvom reakcijskom koraku aminokiselini se pridruuje AMP, ime nastaje meuprodukt
aminoacil-AMP. U drugom se koraku aminokiselina prenosi na 3' CCA kraj akceptorske
tRNA, a AMP se otputa. Oba reakcijska koraka kataliziraju aminoacil -tRNA sintetaze.
ATP ATP
AMP AMP
PPPP
Aminoacyl AMP aminoacil-AMP
tRNA tRNA
Aminoacyl tRNA aminoacil-tRNA
Slika 7.3 Nestandardno sparivanje baza kodon-antikodon
Sparivanje baze na treem poloaju kodona nije strogo, ime je gvaninu (G) omogueno
sparivanje s uridinom (U), a inozinu (I) iz antikodona sparivanje s uridinom (U), citozinom
(C) i adeninom (A). Prikazana su dva primjera neuobiajenog sparivanja, na temelju kojeg je
fenilalanil (Phe) tRNA omogueno prepoznavanje kodona UUC i UUU te alanil (Ala) tRNA
prepoznavanje kodona GCU, GCC i GCA.
25
Phenylalanyl tRNA pairing sparivanje fenilalanil tRNA

Phe Phe
tRNA tRNA
mRNA mRNA
Ribose riboza
Guanosine gvanozin
Cytosine citozin
Codon or anticodon kodon ili antikodon
Uridine uridin
Alanyl tRNA pairing sparivanje alanil tRNA
Ala Ala
Inosine inozin
Anticodon antikodon
Codon kodon
Slika 7.4 Struktura ribosoma
(A) Komponente prokariotskih i eukariotskih ribosoma. Na temelju brzine sedimentacije
prilikom ultracentrifugiranja, intaktni se prokariotski ribosomi oznaavaju oznakom 70S, a
eukariotski oznakom 80S. Izgraeni su od velike i male podjedinice, koje sadre i ribosomske
proteine i rRNA. (B-C) Visokorezolucijska kristalna struktura (dobivena X-zrakama)
ribosomske podjedinice 30S (B) i 50S (C). (B, iz B. T. Wimberly, D. E. Brodersen, W. M.
Clemons, R. J. Morgan-Warrner, A. P. Carter, C. Vonrhein, T. Hartrsch and V. Ramakrishnan,
2000. Nature 407:327. C, iz N. Ban, P. Nissen, J. Hansen, P. B. Moore and T. A. Steitz, 2000.
Science 289:905.)
Prokaryotic 70S ribosome prokariotski 70S ribosom
23S and 5S rRNAs 34 proteins 23S i 5S rRNA 34 proteina
16S rRNA 21 proteins 16S rRNA 21 protein
Eukaryotic 80S ribosome eukariotski 80S ribosom
28S, 5.8S and 5S rRNAs (~45 proteins) 28S, 5,8S i 5S rRNA (~45 proteina)
18S rRNA (~30 proteins) 18S rRNA (~30 proteina)
Slika 7.5 Struktura 16S RNA

Komplementarno sparivanje baza rezultira stvaranjem specifine sekundarne strukture. (iz M.
M. Yusupov, G. Z. Yusupova, A. Baucom, K. Lieberman, T. N. H. Earnest, J. H. D. Cate and
H. F. Noller. 2001. Science 292:883.)
26
Slika 7.6 Struktura 50S ribosomske podjedinice

Visokorezolucijski model 50S ribosomske podjedinice s 3 molekule tRNA vezane na mjesta
A, P i E na ribosomu. (vidi sliku 7.12). Ribosomski su proteini prikazani rozom, a rRNA
plavom bojom. (iz P. Nissen, J. Hansen, N. Ban, P. B. Moore and T. A. Steitz. 2000. Science
289:920.)
Slika 7.7 Prokariotske i eukariotske mRNA
I prokariotske i eukariotske mRNA sadre regije koje se ne prevode (UTR) na svojim 5' i 3'
krajevima. Eukariotske mRNA sadre takoer 5' 7-metilgvanozinske (m7G) kape i 3' poli-A
repove. Prokariotske su mRNA esto policistronske: kodiraju vie proteina, od kojih se svaki
translatira s neovisnog mjesta poetka translacije. Eukariotske mRNA najee su
monocistronske, odnosno, kodiraju samo jedan protein.
Procaryotic mRNA prokariotska mRNA
Multiple translation start sites viestruka mjesta poetka translacije
Protein 1 protein 1
Protein 2 protein 2
Protein 3 protein 3
UTR UTR
Eukaryotic mRNA eukariotska mRNA
Single translation start site jedino mjesto poetka translacije
Slika 7.8 Signali za inicijaciju translacije
Inicijacijska mjesta na prokariotskim mRNA obiljeena su slijedom Shine-Delgarno koji
prethodi inicijacijskom kodonu AUG. Sparivanje baza iz slijeda Shine-Delgarno i
komplementarnog slijeda blizu 3' kraja 16S rRNA smjeta mRNA na ribosom. Suprotno
tome, eukariotske su mRNA na 40S ribosomsku podjedinicu vezane preko svojih 5' 7metilgvanozin kapa. Ribosom zatim pretrauje uzdu mRNA sve dok ne naie na inicijacijski
kodon AUG.
Prokaryotic mRNA prokariotska mRNA
Shine-Delgarno sequence slijed Shine-Delgarno
16S RNA 16S RNA
Eukaryotic mRNA eukariotska mRNA
5' cap 5' kapa
40S ribosomal subunit 40S ribosomska podjedinica
ribosome scanning pretraivanje ribosoma
Slika 7.9 Pregled translacije
Initiation inicijacija
Ribosome binds mRNA at start codon ribosom vee mRNA na start kodonu
27
Elongation elongacija
Polypeptide chain elongates by successively adding aminoacids polipeptid se produljuje
stupnjevitim dodavanjem aminokiselina
Direction of ribosome movement smjer kretanja ribosoma
Termination terminacija
When stop codon is encountered, polypeptide is released and ribosome dissociates kad je
stop kodon pronaen, polipeptid se otputa, a ribosom disocira
Slika 7.10 Inicijacija translacije kod bakterija
Prvo se tri inicijacijska faktora (IF-1, IF-2, IF-3) veu za 30S ribosomsku podjedinicu. Zatim
se ovom kompleksu pridruuju mRNA i inicijatorska N-formilmetionin (fMet) tRNA, koju
prepoznaje faktor IF-2, vezan s GTP. IF-3 se zatim otpua, a 50S podjedinica se vee za
kompleks potiui hidrolizu GTP-a vezanog na IF-2, nakon ega se faktori IF-1 i IF-2, na
koji je sada vezan GDP, otputaju.
30S subunit 30S podjedinica
Initiation factor binding vezanje faktora inicijacije
mRNA mRNA
tRNA tRNA
Slika 7.11 Inicijacija translacije kod eukariotskih stanica
Inicijacijski faktori eIF-3, eIF-1A i eIF-5 veu se na 40S ribosomsku podjedinicu.
Inicijatorsku metionil tRNA na ribosom donosi faktor eIF-2 (u kompleksu s GTP), mRNA
donose faktori eIF-4E (koji se vee na 5' kapu), eIF-4G (koji se vee i na eIF-4 na 5' kapi i na
PABP na 3' poli-A repu), eIF-4A i eIF-4B. Ribosom zatim nizvodno pretrauje mRNA sve
dok ne naie na prvi AUG inicijacijski kodon. Za pretraivanje je potrebna energija, pa se
ovaj proces stoga odvija uz hidrolizu ATP-a. Kada je inicijacijski kodon AUG otkriven, faktor
eIF-5 potie hidrolizu GTP vezanog na faktor eIF-2 to izaziva otputanje eIF-2 (sada u
kompleksu s GDP), kao i otputanje ostalih faktora inicijacije. Zatim se 40S kompleksu
pridruuje 60S ribosomska podjedinica.
Initiation factor binding vezanje faktora inicijacije
mRNA mRNA
Scanning pretraivanje
Slika 7.12 Elongacijski stupanj translacije
Na ribosomu postoje tri mjesta vezanja tRNA, oznaena kao mjesto P (peptidil), mjesto A
(aminoacil) i E (izlazno, engl. exit). Inicijacijska N-formilmetionin tRNA smjeta se u mjesto
P, dok je mjesto A prazno. Drugu aminoacil-tRNA (primjerice, alanil-tRNA) u mjesto A
donosi faktor EF-Tu, vezan s GTP). Nakon hidrolize GTP-a, faktor EF-Tu (sada vezan s
GDP) naputa ribosom, u ijem je mjestu A sada smjetena alanil tRNA. Potom se stvara
28
peptidna veza, pri emu se metionin prenosi na aminoacil-tRNA koja se nalazi u mjestu A.
Ribosom se potom pomie za tri nukleotida uzdu mRNA. Ovim se pomakom peptidil (MetAla) tRNA premijeta u mjesto P, a nenabijena tRNA u mjesto E, ostavljajui prazno mjesto
A spremno za prihvat sljedee aminoacil -tRNA. Translokacija je posredovana faktorom EFG, a praena je hidrolizom GTP-a. Na slici je shematski prikazano odvijanje ovog procesa
kod prokariota, koji je i kod eukariota veoma slian. (U Tablici 7.1 navedena su imena
eukariotskih elongacijskih faktora.)
Peptide bond formation stvaranje peptidne veze
Translocation translokacija
Slika 7.13 Obnavljanje kompleksa EF-Tu/GTP
Faktor EF-Tu u kompleksu s GTP prati aminoacil-tRNA do ribosoma. Kada je ispravna tRNA
smjetena na ribosom, GTP se hidrolizira, a faktor EF-Tu, sada u kompleksu s GTP-om,
otputa. Kompleks EF-Tu/GDP je inaktivan i kao takav ne moe vezati novu tRNA. Kako bi
se translacija mogla nastaviti, ovaj se komleks mora obnoviti, odnosno prevesti u aktivan
oblik ET-Tu/GTP. Obnavljanje kompleksa EF-Tu katalizira drugi faktor, EF-Ts, koji potie
izmjenu GDP sa slobodnim GTP.
tRNA bound to ribosome tRNA vezana na ribosom
Active aktivan oblik
Inactive inaktivan oblik
Slika 7.14 Terminacija translacije
Terminacijski kodon (primjerice UAA) prepoznaje faktor otputanja, a ne specifina tRNA.
Posljedica prepoznavanja stop kodona je otputanje dovrenog polipeptidnog lanca, nakon
ega tRNA i mRNA disociraju sa ribosoma.
Relase factor faktor otputanja
Slika 7.15 Polisomi
Translacija se istovremeno odvija na mnotvu ribosoma nanizanih uzdu mRNA (polisom).
(A) Elektronska mikrografija eukariotskog polisoma. (B) Uopeni shematski prikaz
polisoma. Uoite da su na ribosomima koji su blie 3' kraju mRNA, polipeptidni lanaci dui.
(A, iz M. Boublik et al. 1990. The Ribosome, p. 117., susretljivou Amerikog drutva za
mikrobiologiju.)
Growing polypeptide chain polipeptidni lanac u nastajanju
Slika 7.16 Regulacija translacije feritina
Glasnika RNA za feritin blizu svoje 5' kape sadri element odgovora na eljezo (IRE). Kada
je eljezo prisutno u dovoljnim koliinama, translacija mRNA za feritin odvija se normalno.
Ako eljezo nedostaje, protein (nazvan protein koji vee element odgovora na eljezo ili IRE
-BP) se vee na IRE i time sprijeava translaciju mRNA.
29
Ferritin mRNA mRNA za feritin

Protein-coding regiom regija koja kodira protein
5' cap 5' kapa
adequate iron zadovoljavajua koliina eljeza
scarce iron nedostatak eljeza
translation proceedes translacija se odvija
translation blocked translacija je zaustavljena
Slika 7.17 Smjetaj mRNA u oocitama vrste Xenopus
Hibridizacijom in situ prikazan je smjetaj mRNA za Xlerk u vegetativnoj kori oocita vrste
Xenopus. (Susretljivou Jamesa Deshlera, Sveuilite u Bostonu.)
Slika 7.18 Regulacija translacije posredovana fosforilacijom faktora eIF-2 i eIF-2B
Aktivni oblik faktora eIF-2 (u kompleksu s GTP-om) prati inicijacijsku metionil tRNA do
ribosoma (vidi Sliku 7.11). S ribosoma se faktor eIF-2 otputa kao inaktivni oblik, u
kompleksu s GDP-om. Kako bi se translacija nastavila, faktor eIF-2 mora biti reaktiviran
faktorom eIF-2B, koji potie izmjenu vezanog GDP za GTP. Translacija se moe inhibirati
(primjerice, ako stanici nedostaju faktori rasta) regulatornim protein-kinazama koje u tom
sluaju fosforiliraju ili faktor eIF-2 ili faktor eIF-2B. Fosforilacija ovih faktora sprijeava
zamjenu GDP za GTP, tako da se kompleks eIF-2/GTP ne moe regenerirati.
(A) Adequate growth factor supply zadovoljavajua opskrba faktorima rasta
Translation proceeds translacija se odvija nastavlja
(B) Growth factor starvation nedostatak faktora rasta
Translation inhibited translacija je zaustavljena onemoguena
Exchange of GTP for GDP is blocked zamjena GDP za GTP je sprijeena
Phosphorylation of eIF-2 and eIF-2B fosforilacija eIF-2 i eIF-2B
7.19 Djelovanje aperona tijekom translacije
aperoni se veu na amino (N) terminalni dio polipeptidnog lanca u nastajanju te ga
stabiliziraju u njegovom nesmotanom obliku sve dok sinteza lanca nije u potpunosti zavrena.
Dovreni se protein zatim otputa sa ribosoma, te se moe smotati u svoju pravilnu
trodimenzionalnu konformaciju.
Chaperone aperon
Completed polypeptide released dovreni polipeptid je otputen
Folded protein smotani protein
30
Slika 7.20 Djelovanje aperona za vrijeme prijenosa proteina

Djelomino smotani polipeptid prenosi se iz citosola u mitohondrij. Citosolni aperoni
stabiliziraju nesmotanu konfiguraciju. Mitohondrijski aperoni olakavaju prijenos i smatanje
polipeptidnog lanca unutar organele.
Polypeptide chain polipeptidni lanac
Cytosolic chaperone citosolni aperon
Mitochondrial chaperone mitohondrijski aperon
Mitochondrion mitohondrij
Folded protein smotani protein
Slika 7.21 Struktura aperonina
GroEL, lan porodice Hsp60, po svojem je obliku uplji cilindar izgraen od dva nadsloena
prstena. Svaki se prsten sastoji od sedam podjedinica. (susretljivou Paula B. Siglera,
Sveuilite Yale.)
Slika 7.22 Ddjelovanje eperona Hsp70 i Hsp60 u slijedu jedan iza drugoga
Za vrijeme translacije nesmotane polipeptidne lance veu i stabiliziraju aperoni porodice
Hsp70. Nesmotani se proteini zatim prenose na aperone porodice Hsp60, unutar kojih se
odvija smatanje. Za otputanje nesmotanih polipeptidnih lanaca sa Hsp70, kao i za njihovo
smatanje unutar aperonina Hsp60 nuna je hidroliza ATP-a.
Hsp70 Hsp70
Partially folded intermediate djelomino smotani meuprodukt
Transfer to Hsp60 prijenos na Hsp60
Hsp60 Hsp60
Folded protein smotani protein (namotani?)
Slika 7.23 Djelovanje enzima protein -disulfid-izomeraze
Protein -disulfid -izomeraza katalizira kidanje i ponovno stvaranje disulfidnih veza,
omoguujui izmjenu sparenih disulfida u polipeptidnom lancu. Enzim stvara disulfidne veze
izmeu cisteinskih ostataka polipeptida, a zatim izmjenjuje sparene disulfidne parove s
drugim cisteinskim ostacima. PDI, primjerice, katalizira pretvorbu dva para neispravnih
disulfidnih veza (1-2 i 3-4) u ispravne parove (1-3 i 2-4).
Incorrect disulfide bonds neispravne disulfidne veze
Correct disulfide bonds ispravne disulfidne veze
Slika 7.24 Djelovanje peptidil-prolil-izomeraze
Peptidil -prolil -izomeraza katalizira izomerizaciju cis i trans konformacije peptidne veze u
kojoj sudjeluje prolin.
Peptidyl prolyl isomerase peptidil prolil-izomeraza
31
Slika 7.25 Uloga signalnog slijeda u prijenosu proteina kroz membrane

Signalni slijed usmjerava prijenos polipeptidnog lanca kroz staninu membranu bakterija ili u
endoplazmatski retikul eukariotskih stanica (to je prikazano na slici). Signalni slijed, niz
hidrofobnih aminokiselina koji se nalazi na amino kraju polipeptidnog lanca, uranja
polipeptidni lanac u membranski kanal im lanac izroni iz ribosoma. Zatim se ostatak lanca
prenosi kroz kanal, a signalni slijed otkinut djelovanjem signalnih peptidaza, otputa sa
zrelog prenijetog prenesenog?proteina.
ER membrane ER membrana
Signal sequence signalni slijed
Signal peptidase signalna peptidaza
Clevage of signal sequence kidanje signalnog slijeda
Translocated protein prenijeti protein (preneseni protein)
Slika 7.26 Proteolitiko procesiranje inzulina
Zrela molekula inzulina izgraena je od dva polipeptidna lanca (A i B) koji su meusobno
povezani disulfidnim vezama. Inzulin se sintetizira kao prekursorski polipeptid
preproinzulin. Amino terminalni signalni slijed otkida se tijekom prijenosa rastueg
polipeptidnog lanca u endoplazmatski retikul ime nastaje sljedei prekursor (proinzulin).
Daljnjom proteolizom, kojom se uklanja unutarnji povezujui polipeptid, proinzulin se
prevodi u inzulin.
Preproinsulin preproinzulin
Signal sequence signalni slijed
Connecting polipeptide povezujui polipeptid
Cleavage of signal sequence kidanje signalnog slijeda
Disulfide bond formation stvaranje disulfidnih veza
Removal of connecting polipeptide uklanjanje povezujueg polipeptida
Proinsulin proinzulin
Insulin inzulin
Slika 7.27 Vezanje bonih ugljikohidratnih lanaca na glikoproteine
Ugljikohidratni lanci N-vezanih glikoproteina vezani su na asparagin, dok su ugljikohidratni
lanci O-vezanih glikoproteina vezani ili za serin (to je prikazano na slici) ili treonin. eeri
preko kojih su su ugljikohidratni lanci povezani s proteinom su N-acetilglukozamin kod Nvezanih glikoproteina, odnosno N-acetilgalaktozamin kod O-vezanih glikoproteina.
N-linkage N-veza
Asparagine asparagin
N-acetylglucosamine linked to asparagine N-acetilglukozamin vezan na asparagin
32
O-linkage O-veza
Serine serin
N-acetylgalactosamine linked to serine N-acetilgalaktozamin vezan na serin
Slika 7.28 Sinteza N-vezanih glikoproteina
Prvi korak glikozilacije, koji se odvija u endoplazmatskom retikulu, jest vezanje
oligosaharida izgraenog od 14 eernih ostataka na polipeptid u nastajanju. Oligosaharid
(izgraen od dva N-acetilglukozamina, devet manoza i tri glukoze) vezan je na lipidni nosa
(dolikol fosfat) koji je uronjen u membranu ER. Oligosaharid se zatim u cijelosti prenosi na
akceptorski asparaginski ostatak polipeptida.
mRNA mRNA
ER membrane ER membrana
Dolichol phosphate dolikol fosfat
N-acetylglucosamine N-acetilglukozamin
Mannose manoza
Glucose glukoza
Slika 7.29 Tipovi N-vezanih oligosaharida
Razliiti oligosaharidi nastaju daljnjim modifikacijama osnovnog oligosaharida, izgraenog
od 14 eernih jedinica, koji je dodan na protein u endoplazmatskom retikulu (vidi Sliku
7.28). Oligomanozni tip oligosaharida nastaje iz osnovnog oligosaharida uklanjanjem
glukoznih ostataka i nekih manoznih ostataka, bez dodatka drugih eera. Tijekom sinteze
kompleksnih oligosaharida, mnogi se manozni ostaci uklanjanju, a dodaju se drugi eeri.
Hibridni su oligosaharidi po svojoj strukturi intermedijari izmeu visokomanoznih i
kompleksnih oligosaharida. Prikazane su strukture reprezentativni primjerci.
Mannose manoza
N-acetylglucosamine-N-acetilglukozamin
Glucose glukoza
Galactose galaktoza
Fucose fukoza
Sialic acid sijalinska kiselina
High-mannose oligosaccharide oligomanozni oligosaharid
Hybrid oligosaccharide hibridni oligosaharid
Complexed oligosaccharide kompleksni oligosaharid
Slika 7.30 Primjeri O-vezanih oligosaharida
O-vezani oligosaharidi najee se sastoje od tek nekoliko ugljikohidratnih ostataka, koji se
dodaju jedan po jedan.
33
N-acetylglucosamine-N-acetilglukozamin
Galactose galaktoza
Sialic acid sijalinska kiselina
Slika 7.31 Dodatak masnih kiselina N-miristilacijom
Uklanjanjem poetnog metionina, na N-kraju polipeptidnog lanca ostaje glicin. Zatim se
dodaje miristinska kiselina (masna kiselina izgraena od 14 ugljikovih atoma).
Removal of initiating methionine uklanjanje poetnog metionina
Myristoylation of N-terminal glycine miristilacija N-terminalnog glicina
Myristat miristat
Glycine glicin
Slika 7.32 Prenilacija C-terminalnog cisteinskog ostatka
Ovaj tip prenilacije djeluje na proteine Ras i proteine jezgrine ovojnice (jezgreni lamini). Ovi
proteini na C-kraju zavravaju cisteinskim ostatkom (Cys) iza kojeg slijede dvije alifatske
aminokiseline (A) i jedna, bilo koja aminokiselina (X). Prvi korak modifikacije jest dodatak
farnezilne skupine izgraene od 15 ugljikovih atoma na boni ogranak cisteina (farnezilacija).
Zatim slijedi proteolitiko uklanjanje tri C-terminalne aminokiseline te metilacija cisteina,
koji se sada nalazi na C-kraju.
Farnesylation farnezilacija
Proteolysis proteoliza
Methylation metilacija
Slika 7.33 Palmitacija
Palmitat (masna kiselina izgraena od 16 ugljikovih atoma) dodaje se na bone ogranke
cisteina koji su smjeteni u unutranjem dijelu polipeptidnog lanca.
Palmitoylation palmitacija
Slika 7.34 Struktura GPI sidra
GPI sidro, vezano na C-kraj polipeptidnog lanca, usidruje proteine u staninu membranu.
Sidro je C-terminalnom aminokiselinom povezano preko etanolamina, koji je vazan za
oligosaharid izgraen od manoznih, N-acetilgalaktozaminskih i glukozaminskih ostataka.
Oligosaharid je nadalje povezan s inozitolnom skupinom fosfatidilinozitola. Dva lanca
masnih kiselina iz lipidnog dijela uronjena su u staninu membranu. Na slici je prikazano
GPI sidro takorskog proteina, Thy-1.
Protein (Thy-1) protein (Thy-1)
C terminus C-kraj
Ethanolamine etanolamin
Mannose manoza
34
N-acetylgalactosamine N-acetilgalaktozamin
Glucosamine glukozamin
Inositol inozitol
Slika 7.35 Inhibicija povratnom spregom
Konani produkt biokemijskog puta djeluje kao alosteriki inhibitor enzima koji katalizira
prvi korak njegove sinteze.
Precursor 1 prekursor 1
End product konani produkt
Allosteric inhibition alosterika inhibicija
Slika 7.36 Konformacijske razlike izmeu aktivnog i inaktivnog oblika proteina Ras
Proteini Ras se izmjenjuju izmeu svojih aktivnih, GTP-vezanih i inaktivnih, GDP-vezanih
oblika. Glavni uinak vezanja GTP-a u odnosu na vezanje GDP-a je promjena konformacije
dva podruja molekule, nazvane regije prekidaa I i II. Na slici je kostur GTP kompleksa
prikazan bijelom bojom; kostur regija prekidaa I GDP kompleksa plavom bojom, a kostur
regija prekidaa II GDP kompleksa utom bojom. Gvaninski je nukleotid prikazan crvenom
bojom, a ioni Mg2+ utom bojom. (Susretljivou Sung-Hou Kima, Sveuilite u Kaliforniji,
Berkeley).
Slika 7.37 Protein-kinaze i fosfataze
Protein-kinaze kataliziraju prijenos fosfatne skupine s ATP-a na boni ogranak serina ili
treonina (protein-serin/treonin kinaze) ili na tirozin (protein-tirozin kinaze). Protein fosfataze
kataliziraju uklanjanje fosfatne skupine s istih aminokiselina hidrolizom.
Serine serin
Protein-serine/threonine kinase protein-serin/treonin kinaze
Protein-serine/threonine phosphatase protein-serin/treonin fosfataze
Tyrosine tirozin
Protein-tyrosine kinase protein-tirozin kinaze
Protein-tyrosine phosphatase protein-tirozin fosfataze
Slika 7.38 Regulacija razgradnje glikogena fosforilacijom proteina
Vezanje adrenalina na receptor na povrini stanice potie stvaranje ciklikog AMP-a (cAMP),
koji aktivira protein-kinazu ovisnu o cAMP. Protein-kinaza ovisna o cAMP fosforilira i
aktivira fosforilazu -kinaze, koja nadalje fosforilira i aktivira glikogen-fosforilazu. Glikogen
-fosforilaza zatim katalizira razgradnju glikogena do glukoza-1-fosfata.
Epinephrine epinefrin, adrenalin
Adenylyl cyclase adenilil -ciklaza
35
Activation of cAMP-dependent protein kinase aktivacija protein-kinaze ovisne o cAMP

Activation of phosphorylase kinese aktivacija fosforilaze -kinaze
Activation of glycogen phosphorylase aktivacija glikogen-fosforilaze
Glycogen glikogen
Glucose-1-P glukoza-1-P
Slika 7.39 Regulacija protein-kinaze ovisne o cAMP
U inaktivnom stanju, enzim se sastoji od dvije regulatorne (R) i dvije katalitike (C)
podjedinice. Cikliki se AMP vee na regulatorne podjedinice to potie konformacijsku
promjenu koja dovodi do njihove disocijacije od katalitikih podjedinica. Time, slobodne
katalitike jedinice postaju enzimski aktivne.
Inactive inaktivno stanje
Active aktivno stanje
Slika 7.40 Put ubikvitin-proteasoma
Proteini se za brzu razgradnju obiljeavaju kovalentnim vezanjem nekoliko molekula
ubikvitina. Prvo enzim E1 aktivira ubikvitin, koji se zatim prenosi na jedan od nekoliko
razliitih enzima koji konjugiraju ubikvitin (E2). Ubikvitin-ligaza zatim katalizira prijenos
ubikvitina na specifini ciljni protein. Dodaje se nekoliko ubikvitina, a poliubikvitinilirani
protein zatim razgrauje proteazni kompleks (proteasom).
Ubiquitin ubikvitin
Polyubiquitinilation poliubikvitinilacija
Proteasome proteasom
Peptides peptidi
Slika 7.41 Razgradnja ciklina tijekom staninog ciklusa
Napredovanje eukariotskih stanica kroz diobeni ciklus kontrolirano je dijelom sintezom i
razgradnjom ciklina B, koji je regulatorna podjedinica protein-kinaze Cdc2. Sinteza ciklina B
za vrijeme interfaze dovodi do stvaranja aktivnog kompleksa ciklin B-protein-kinaza Cdc2,
koji potie ulazak u mitozu. Brza razgradnja ciklina B zatim dovodi do inaktivacije proteinkinaze Cdc2, omoguujui stanici izlazak iz mitoze i ulazak u interfazu sljedeeg staninog
ciklusa.
Active cyclin B-Cdc2 complex aktivni kompleks ciklin B-Cdc2
Prophase profaza
Metaphase metafaza
Cyclin B degradation razgradnja ciklina B
Inactive Cdc2 inaktivni Cdc2
Anaphase anafaza
Thelophase telofaza
36
Interphase interfaza
Cyclin B synthesis sinteza ciklina B
Slika 7.42 Lizosomski sustav
Lizosomi sadre razliite razgradne enzime, ukljuujui i proteaze. Lizosomi preuzimaju
stanine proteine stapanjem s autofagosomima, koji nastaju zatvaranjem odreenog podruja
citoplazme ili organela (primjerice, mitohondrija) u fragmente endoplazmatskog retikula.
Stapanjem nastaju fagolizosomi, koji razgrauju sadraj autofagosoma.
Endoplasmatic reticulum endoplazmatski retikul
Lysosome lizosom
Mitochondrion mitohondrij
Autophagosome autofagosom
Phagolysosome -fagolizosom
37

7 Poglavlje - Sinteza Proteina

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

7 Poglavlje - Sinteza Proteina

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Poglavlje 7

Sinteza, procesiranje i regulacija proteina

smotane tRNA, putem komplementarnog sparivanja baza prepoznaje i vee odgovarajui

Izravna ukljuenost rRNA u reakciju peptidil-transferaze ima vane posljedice i za

antikodon para u dekodirajuem centru, kao i peptidil-transferazna aktivnost, temelji

Vano je uoiti da aperoni ne prenose dodatne informacije potrebne za smatanje

polipeptidnog lanca sprijeena njihovim vezanjem za aperonin. Vezanje nesmotanih

Veina glikoproteina u eukariotskim stanicama predodreena je za sekreciju ili

i priblino 2% svih eukariotskih gena. Veina protein-kinaza fosforilira ili serinski i

uzrokuje disocijaciju kompleksa uslijed ega se katalitike podjedinice oslobaaju i postaju

zapoinje procese mitoze (to obuhvaa kondenzaciju kromatina i razgradnju jezgrine

Transfer RNA: Transfer RNA slui kao posrednik koji

peptidne veze primarno je katalizirano ribosomskom 23S

Proces translacije: Translacija zapoinje vezanjem metionil

Enzimi i smatanje proteina: Barem dvije vrste enzima,

REGULACIJA FUNKCIJE PROTEINA

U kojem smjeru ribosom prevodi mRNA, a u kojem se smjeru sintetizira polipeptidni

3. elite eksprimirati kloniranu eukariotsku cDNA u bakteriji. Koji je slijed potrebno

10. to je dokaz da je za ubikvitinilaciju i razgradnju specifinih proteina pomou

KLJUNI EKSPERIMENT (Tekst na gornjem dijelu 288. stranice)

MOLEKULARNA MEDICINA (Tekst na gornjem dijelu 292. stranice)

eritromicin, specifino djeluju na prokariotske ribosome te su stoga uinkoviti agensi za

281. stranica, tekst uz lijevu marginu

EF-Tu, EF-Ts, EF-G

Tablica 7.2 Molekularni aperoni

Slika 7.1 Struktura tRNA

Phenylalanyl tRNA pairing sparivanje fenilalanil tRNA

Slika 7.5 Struktura 16S RNA

Slika 7.6 Struktura 50S ribosomske podjedinice

Ferritin mRNA mRNA za feritin

Slika 7.20 Djelovanje aperona za vrijeme prijenosa proteina

Slika 7.25 Uloga signalnog slijeda u prijenosu proteina kroz membrane

Activation of cAMP-dependent protein kinase aktivacija protein-kinaze ovisne o cAMP

You might also like