AMALI 6

MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan :
Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik
Teori :
Genetik merupakan
dan`variasi

dalam

bidang

ke`semua

sains yang

makhluk

hidup,

mengkaji

fenomena

samada

manusia

pewarisan
mahu

pun

bakteria. Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA
dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen
(individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen
mempunyai bentuk alternatif yang dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang
diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan
genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan generasi sel-sel anak memindahkan
maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel
gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu.
Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti
permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma
secara keseluruhan. Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada
kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu
organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen
menentukan hanya satu ciri, tetapi sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh
membawa maklumat yang berlainan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan
pada lokus yang sama dinamakan alel. Gene pool spesies adalah himpunan alleleallele daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Alel terbentuk kerana adanya
perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Lokus yang memiliki
alel dalam suatu populasi bersifat polimorfik dan sebaliknya dikatakan bersifat
monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. Disebabkan gen atau segmen
DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu, adanya alel dapat
mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi.
1

Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari

segi fenotip dan genotip. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti
rupa, warna kulit dan lain-lain. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan persekitaran.
Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma.

Genotip

tidak

dapat dilihat dengan mata kasar, dan bergantung kepada pewaris angen daripada
induk-induk organisma.
TUGASAN
Anda bertugas dengan satu agensi pemuliharaan dan
berdepan dengan satu masalah iaitu enam lot tanah
lembab yang berbeza jenis tanahnya dan ditumbuhi oleh
dua jenis orkid liar. Lot-lot tersebut sedang dibangunkan
untuk menjadi kawasan perindustrian. Organisasi anda
hanya mampu membeli dan menjaga empat lot tanah
sahaja. Lot manakah yang harus dijaga? Tiga lot adalah
paya mengandungi populasi Pterostylis isozymus. Tiga
jenis paya yang lain merupakan habitat populasi spesis Pterostylis polyzymous . Anda
menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data
seperti di

bawah, iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus

allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. Lokus tersebut mempunyai dua allel,
Cepat dan Perlahan kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel
tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan.

Langkah 1
2

Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele
perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk.
Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern
yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel
pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili
oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua
ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan.

Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele
perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap
populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu
mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2
x 15 = 30. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dalam
populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).
Pterostylis isozymus,

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Slow

Fast

Slow
Fast

10

Pterostylis isozymus,
1

Pterostylis isozymus,

12

13

14

15

Jum

23

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

11

10

11

12

13

14

15

Jum
12

18

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Slow
Fast

10

11

12

13

14

15

Jum
4

26

Pterostylis polyzymus, Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

1
Slow

Fast

10

11

12

13

14

15

Jum
12

18

Pterostylis polyzymus, Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

1
Slow

Fast

10

11

12

13

14

15

Jum
14

16

Pterostylis polyzymus, Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

1
Slow

Fast

10

11

12

13

14

15

Jum
8

22

Langkah 2
Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wrights
Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara
populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan
Fst, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesis (Hs), dengan menggandakan 2pq

bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk
setiap spesis.
Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus,
Allele cepat,

Allele perlahan,
2xpxq

q
2 (0.23) (0.77)

Populasi 1

7/30 =

0.23

23/30 =

0.77
= 0.35
2 (0.60) (0.40)

Populasi 2

18/30 =

0.60

12/30 =

0.40
= 0.48
2 (0.87) (0.13)

Populasi 3

26/30 =

0.87

4/30 =

0.13
= 0.23
=1.06/3
Purata
=1.06/3=
(Hs)
0.35

Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus,

Allele cepat,

Allele perlahan,
2xpxq

q
2 (0.60) (0.40)

Populasi 1

18/30 =

0.60

12/30 =

0.40
= 0.48

Populasi 2

16/30 =

0.53

14/30 =

0.47

2 (0.53) (0.47)

= 0.50
2 (0.73) (0.27)
Populasi 3

22/30 =

0.73

8/30 =

0.27
= 0.39
= 1.37/3
Purata
(Hs)

0.46

Langkah 3
Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan
kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap
spesis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozygote di
dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan
tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.
Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus
Allele cepat,

Allele perlahan,

Populasi 1

7/30

0.23

23/30

0.77

Populasi 2

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 3

26/30

0.87

4/30

0.13

Purata frekuensi allele

1.70/3 = 0.57

1.3/3 = 0.43

(Ht).= 2 x purata p x purata q = 2 x 0.57 x purata q =

(Ht) = 2pq

= 2 (0.57) (0.43)

= 0.49

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus

Allele cepat,

Allele perlahan,

Populasi 1

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 2

16/30

0.53

14/30

0.47

Populasi 3

22/30

0.73

8/30

0.27

Purata frekuensi allele

1.86/3 = 0.62

(Ht).= 2 x the average p x the average q =

(Ht) = 2pq = 2 (0.62) (0.38) = 0.47

Langkah 4
7

1.14/3 = 0.38

Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi
heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah
dari populasi besar yang sama, (Ht), sertakan indeks jumlah variasi genetik yang
ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, di mana nilai Fst < 0.1
menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza
dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa
divergen genetik.

RUMUSAN

Pterostylis isozymus

Fst = (Ht - Hs) / Ht

= 0.49 0.35 / 0.49
= 0.29

Fst > 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis
isozymus.

Pterostylis polyzymus
8

Fst = (Ht - Hs) / Ht

= 0.47 - 0.46 / 0.47
= 0.02

Fst < 0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis

polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymus adalah lebih divergen daripada populasi

Pterostylis polyzymus. Oleh itu, populasi Pterostylis isozymus, adalah sama
secara genetik antara satu sama lain.

LAPORAN ANDA.
1. Adakah

populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain?

Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang
lain? Yang mana satu?
Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Berdasarkan
data yang telah dikumpul terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara
populasi yang lebih daripada yang lain. Untuk memilih diversiti ginetik yang tinggi
dalam sesebuah variasi populasi F st yang dikumpul mestilah melebihi 0.1 dimana ia
menunjukkan divergen yang besar antara populasi.
2. Bagamanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah
lembab? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara
jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies.

Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti yang tinggi antara populasi.
Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembab yang mempunyai
diversiti ginetik yang tinggi untuk mendapatkan populasi yang lebih baik.
3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda?
Selain dari faktor genetik, saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan
yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam hbitat yang sedia ada.
Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran, ia perlu dipelihara
bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesies tersebut daripada ekosistim
yang akan memberi impak besar jika berlaku kehilangannya. Selain itu ia juga akan
mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan, saiz populasi dan sumbangannya
terhadap ekosistem.
4. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies.
Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesies yang
dilindungi?
Biasanya bagi setiap satu populasi spesies, mereka akan dilindungi apabila diversiti
genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain dan mungkin terdapat
variasi antaranya. Populasi

dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan

bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup.

5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk Trouble in Paradise
bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula
populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau
tersebut?
Berdasarkan pembacaan yang dibuat, saintis memaksimakan diversiti genetik bagi
re-introduce population dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. Ini
adalah kerana haiwan daripada spesies yang sama tetapi berbeza persekitaran
(pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Haiwan dari satu
pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan
populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Apabila hanya

10

satu haiwan saja dipilih ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan lama
kelamaan akan mati.

11