EKSPRESI GENETIK DNA DALAM MITOKONDRIA

1. Struktur Mitokondria
Mitokondria adalah organela yang terletak di dalam sitoplasma sel eukariota.
Struktur organela ini berupa kantung yang selaputi oleh dua membran yaitu membran
luar dan membran dalam,selain itu

memiliki dua kompartemen yaitu matriks

mitokondria (yang diselimuti langsung oleh membran dalam) dan ruang antar membran.
Membran luar mengandung sejumlah protein transpor (yang disebut porin) dan
enzim enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid dan metabolisme mitokondria. Porin
ini membentuk saluran berukuran relative besar pada lapisan bilayer membran luar yang
memungkinkan lolosnya ion atau molekul kecil berukuran 5 kDa atau kurang.
(Sumiarsih, 2010).

Keterangan
:
Mitokondria
diselaputi
oleh dua membran
yaitu
membran luar dan
membran dalam. Membran dalam membentuk struktur yang melipat ke dalam disebut krista.
Mitokondria memiliki dua kompartemen yaitu matriks dan ruang antar membran. Membran luar
dapat dilalui ion atau molekul kecil, sedangkan membran dalam bersifat impermeabel. Pada
membran dalam terdapat kompleks protein rantai respirasi, ATP sintase dan transporter
membran. Ruang matriks mengandung enzim, ribosom, DNA mitokondria.

Membran dalam memiliki struktur melekuk, melipat ke bagian matriks

mitokondria, yang dikenal sebagai krista. Struktur melekuk ini sangat membantu dalam
meningkatkan luas permukaan membran dalam sehingga meningkatkan kemampuannya
menghasilkan ATP. Struktur yang melekuk ini juga membantu mempercepat komponen
matriks mencapai membran dalam. Membran dalam dan matriks mitokondria terkait
erat dengan aktivitas utama mitokondria yaitu terlibat dalam pembentukan energi,
1

oksidasi asam lemak dan siklus Krebs. Matriks mitokondria mengandung protein
(sekitar 67% dari seluruh protein mitokondria), enzim, DNA mitokondria dan ribosom.

2. Genom DNA Mitokondria

Fraksi DNA yang membentuk genom pada manusia yang tampak terwakili oleh
gen hanya sebagian kecil, yaitu mungkin hanya 7-10% dari jumlah total. Banyak dari
genom manusia terdiri dari rangkaian DNA tanpa fungsi yang jelas. Beberapa DNA
yang tidak mengkode mungkin penting pada pengaturan ekspresi gen atau pada aspek
struktur dan fungsi kromosom. DNA yang tidak mengkode muncul sebagai rangkaian
unik dan tunggal, sedangkan komponen-kompone lain diulangi beratus-ratus atau
beribu-ribu kali dalam genom.
Hampir semua DNA dalam sel manusia berada dalam nukleus, namun beberapa
gen juga terdapat pada mitokondria. Mitokondria berperan menyediakan kebutuhan
energi sel yang mengandung genomnya sendiri. Genom mitokondria terdiri dari
molekul helai ganda melingkar yang mengandung sekitar 16.000 pasangan basa DNA,
yang merupakan rangkaian yang lengkap. Setiap mitokondria dapat mengandung
beberapa salinan dari molekul DNA melingkar
mitokondria, genom mitokondria tereplikasi.

ini,

dan pada saat pembelahan

Hal yang mengesankan mengenai

mitokondria adalah bahwa ia dibentuk dari protein yang dikode pada genomnya sendiri
juga dari proteinprotein yang dikode pada gen-gen yang berada dalam nuklesus sel.
Protein yang dikode pada genom mitokondria disintesis didalam mitokondrion,
sedangkan yang dikode didalam nukleus dibuat didalam sitoplasma selnya dan diangkut
kedalam mitokondrion. (Behrman et all., 2000)
DNA mitokondria telah ditentukan urutannya secara lengkap oleh Anderson
pada tahun 1981 yang diesbut Cambridge Reference Sequence (CRS) dan telah menjadi
rujukan standar dalam mengintepretasikan variasi urutan nukleotida terutama
polimorfisme mtDNA manusia yang berhubungan dengan studi antropolgi maupun
penentuan mutasi yang berkaitan dengan penyakit genetika. Bentuk dari mtDNA adalah
sirkular yang terdiri atas untai H (heavy) memiliki basa G lebih banyak dan untai L
(light) memiliki basa C lebih banyak (Lyrawati, 2004).
2

Genom mitokondria manusia mempunyai ukuran yang hampir sama dengan

tikus dan sapi tetapi jauh lebih kecil dari genom ragi (84kb) dan tumbuhan (~100kb)
(Stracham et al., 1999). mtDNA manusia tersusun atas 16.569-bp. Genom mtDNA
mengandung 37 gen yang terdiri atas gen penyandi protein yang terlibat dalam
fosforilasi oksidatif, terdiri atas tujuh sub unit komplek I NADPH dehidrogenase yaitu
ND1, ND2, Nd3 ,ND4, ND5, ND6 dan satu unit kompleks III sitokrom b:cyt b tiga sub
unit kompleks IV sitokrom oksidase terdiri atas COI, COII, COII dan dua sub unit
kompleks V ATP sintetase yaitu ATP 6 dan ATP 8 dari 70 sub unit kompleks enzim
respirasi dan daerah D-Loop 22 gen menyandi tRNA (satu gen tRNA untuk masingmasing asam amino dan dua tRNA ekstra: tRNAleu dan tRNAser) dan 2 gen menyandi
rRNA (12S rRNA dan 16S rRNA).

Keterangan : genom mitokondria manusia berukuran 16.569 pb yang mengandung 37 gen

terdiri atas 13 penyandi protein 22 gen penyandi tRNA dan 2 gen penyandi rRNA.

Reaksi fosforilasi oksidatif dalam mitokondria menghasilkan kurang lebih 90%

energi pada organ dan sistem jaringan. Proses ini menghasilkan berbagai metabolit
berupa radikal bebas, yang berpotensi merusak DNA. Dalam keadaan normal radikal
bebas akan dieleminasi oleh dismutase, katalase dan peroksidase. Namun mekanisme
pertahanan berkurang fungsinya dengan bertambahnya umur. (Sumiarsih, 2010).
3. Sifat Genetik Mitokondria
3

Mitokondria memiliki sifat genetik sendiri yang disebut DNA mitokondria

(mtDNA) yang terletak pada matrik cair dibagian paling dalam mitokondria. Satu
mitokondria dapat mengandung pulihan mtDNA. Sistem genetik mitokondria mirip
dengan bakteri yaitu berupa molekul sirkuler seperti plasmid atau kromosom bakteri,
sehingga tahan terhadap eksonuklease. Kesamaannya adalah terdapat sedikit DNA yang
tidak menyandi protein dan gen biasanya dipaketkan secara padat dalam satu kromosom
dengan sedikit inkron. Hal ini bebeda sekali dengan DNA inti sel sel eukariot yang
tersebar dalam kromosom dan memiliki banyak intron. Tipe ribosom dalam mtDNA
mirip dengan sel prokariot yaitu 70S sedangkan DNA inti sel eukariot memiliki tipe
ribosom 80S.
Tiga hal pokok yang mendasari perbedaan antara sistem genetik inti dengan
sistem genetik mitokondria yaitu tingkat polimorfisme yang tinggi yang ditunjukkan
dengan laju mutasi yang tinggi bila dibandingkan dengan laju mutasi yang terjadi pada
DNA inti, pola pewarisannya yang spesifik yaitu melaui garis keturunan ibu tanpa
disertai dengan adanya rekombinasi mtDNA dari garis keturunan ayah, memiliki sitem
kode genetik yang berbeda dengan sistem kode genetik DNA inti (kode genetik
universal) ( Anderson et al., 1981). Perbedaan kodon mtDNA manusia dengan kodon
universal sebagai berikut :
Kodon
UGA
AUA
AUU
AGG
AGA

Universal
stop
isoleusin
Isoleusin
Arginin
Arginin

Mamalia
Triptofan
Metionin
Metionin
Stop
Stop

Daftar Pustaka
4

Anderson S, Bankier AT, Barrell BG, et al. 1981. Sequence and organization of the
human mitochondrial genome. Nature 290:457-465
Sumiarsih, T. 2010. Peran Genetik DNA Mitokondria (mtDNA) pada Motilitas
Spermatozoa Vol 2. No. 2. Jakarta: Majalah Kesehatan PharrmaMedika.
Behrman, Kliegman dan Arvin.2000. Ilmu Kesehatan Anak Nelson Vol.1.E/15. Jakarta:
Buku Kedokteran EGC
Lyrawati, Diana. 2004. Transfeksi DNA ke dalam Mitokondria Sel Beta Pankreas Tikus
dan Sel Primer Myoblast Manusia: Langkah Menuju Rekaya DNA Mitokondria dan
Terapi Gen. Jurnal Kedokteran Brawijaya Vol. XX, No. 3. Malang: Unibraw

EKSPRESI GENETIK DNA DALAM KLOROPLAS

1. Struktur Genom Kloroplas

DNA pada tanaman selain terdapat pada inti sel juga terdapat pada
kloroplas. Genom kloroplas ini unik karena terdapat di organisme eukariot tanaman.
Tiap kloroplas dikelilingi oleh sistem atau selimut membran ganda yang mengatur
lalu lintas molekul keluar masuk kloroplas. Pada bagian tertentu kloroplas terdapat
tumpukan tilakoid yang disebut grana. Kloroplas memiliki genomnya sendiri yang
disebut plastome tetapi juga tetap memerlukan informasi genetik tambahan dari
genom inti sel. Gen-gen pada genom ini diwariskan melalui tetua betina. Kloroplas
mengandung peralatan bioki mia lengkap yang diperlukan dalam reflikasi dan
ekspresi dari plastom, termasuk DNA dan RNA po limerase, ribosom, tRNA dan
rRNA sintase. Namun ukuran plastom tidak cukup besar untuk mengkode semua
protein yang diketahui ada pada kloroplas. Hal ini membuktikan bahwa organel
masih tetap tergantung dari genom inti untuk bisa menjalankan fungsinya. Kedua
genom (genom inti dan plastom) bisa mengkode protein yang berbeda menjadi
subunit dari satu enzim yang sama.
DNA tersusun atas utas ganda berpilin dan terdiri dari struktur protein DNA
kloroplas lebih besar daripada DNA mitokondria hewan, dengan ukuran antara 80 kb
hingga 600 kb. Barisan DNA dari genom kloroplas setiap individu sudah terdeteksi.
2. Organisasi Gen Pada DNA Kloroplas
Pada tanaman tingkat tinggi, DNA kloroplas berbentuk molekul melingkar
tertutup (clone circular DNA) berutas ganda. DNA kloroplas (genom) terdapat dalam
50 atau lebih lingkaran jalur ganda melilit pada setiap plastid. Pada keadaan yang
lebih kompleks, genom kloroplas akan membentuk Supercoiled Close Circ ular
DNA. Genom kloroplas memiliki ukuran paling kecil diantara DNA tanaman.
Berbagai gen plastid menyandi semua molekul RNA pemindah (sekitar 30) dan
molekul RNA ribosom (empat) yang digunakan oleh plastid untuk translasi. Sekitar
85 gen seperti ini menyandi protein yang terlibat didalam transkripsi, translasi dan
fotosintesis, tetapi sebagian besar protein diplastid disandi oleh gen nukleus.
Plastomtida tidak membentuk kompleks dengan protein histon. DNA kloroplas dapat
berjumlah beberapa kopi sehingga bersifat poliploid. DNA plastome direflikasi
6

secara semi konservatif. Pembelahan kloroplas berhubungan dengan ukuran sel dan
pada waktu ekspansi sel berlangsung cepat selama perkembanagan daun, jumlah
kloroplas per sel bertambah seiring perkembangan volume sel. Sintesa DNA
kloroplas tidak secepat proses pembelahan plastid. Jumlah kopi kloroplas DNA juga
berbeda pada masing-masing spesies yang berbeda. Jumlah kopi umumnya dapat
mencapai 10-20 perkloroplas dan satu sel bisa mengandung sampai 40 kloroplas.
Kelebihan dari genom kloroplas adalah sangat efisien dalam memanfaatkan DNA.
Hal ini dikarenakan hampir semua DNA merupakan bagian dari gen tertentu
sehingga mempunyai fungsi tertentu. Total nukleotida dibandingkan dengan
nukleotida yang menjadi bagian dari gen sekitar 90% sehingga hampir tidak terdapat
DNA berulang pada genom kloroplas.
Genom kloroplas terdiri dari dua gen, pada setiap kloroplas terdapat RNA
ribosom (16S; 23S; 4,5S; 5S).

Berbeda dengan DNA mitokondria yang hanya memiliki satu tiruan gen. Genom
juga terdiri dari gen untuk RNA transfer dan gen untuk lainnya tetapi bukan
semuanya. Susunan protein untuk transkripsi dan translasi dari gen yang sudah
7

ditandai pada kloroplas (seperti protein ribosom, sub unit RNA polimerase dan
faktor-faktor translasi) atau untuk proses fotosintesis. Intron ditemukan pada
beberapa daerah pengkodean protein dan gen RNA transfer pada DNA kloroplas.
Plastid (juga mitokondria mempunyai alat produksi ribosomal sendiri.

Daftar Pustaka
Brown, T.A. 2002. DNA in Genomes, 2nd ed.,http://ncbi.nlm.gov/book/bv.fcgi?
rid=genomes.chapter.5449. diakses tanggal 23 Oktober 2014.
Lakitan Benyamin. 2004. Dasar-Dasar Fistum. Jakarta.

PT.

Raja

Grafinda.Persada.
Mangoendidjojo, W. 2003. Dasar-Dasar Pemuliaan Tanaman. Kanisius,
Yogyakarta