Professional Documents
Culture Documents
Dr. Nimatuzahroh
2010
GENETIKA BAKTERI
Kromosom dan DNA
RNA dan sintesis protein
Mutasi bakteri
Pemindahan materi genetik
Rekayasa genetik
Aplikasi rekayasa genetik
DNA
Berdasarkan hasil penelitian menggunakan sinar X yang
dilakukan oleh WATSON dan CRICK, diketahui
bahwa unit dasar DNA adalah nukleotida, gugus gula
deoksiribosa dan fosfat
Nukleotida terdiri dari basa nitrogen purin (adenin dan
cytosine) dan basa pirimidin (thymine dan guanine)
DNA merupakan pita nukleotida panjang saling melingkar
berpasangan (terpilin) membentuk pita untai ganda
(double helix). Setiap pita terdiri atas urutan gula
dan gugus fosfat yang tersusun sebagai sugarphosphat backbound, dengan basa nitrogen yang
melekat pada setiap gula
REPLIKASI DNA
Menjelang terjadinya pembelahan sel, kromosom mengadakan
duplikasi atau replikasi sehingga sel keturunannya akan
mempunyai kromosom yang sama dengan kromosom sel
induknya
(sel anak juga mendapatkan satu set gen yang sama dengan sel
induknya)
Saat replikasi, rantai DNA akan memisah dan selanjutnya masingmasing akan membentuk pasangannya sendiri-sendiri.
Satu molekul DNA untai ganda induk (parental), diubah menjadi
dua molekul anak (daughter) yang identik
Karena basa sepanjang dua pita DNA untai ganda adalah
komplementer, maka satu pita dapat bertindak sebagai cetakan
untuk memproduksi pita yang lain.
REPLIKASI DNA
Pada waktu replikasi terjadi, dua pita induk DNA akan saling
melepaskan diri dimulai dari satu titik replikasi yang disebut
replication fork.
Nukleotida bebas yang ada di dalam sitoplasma sel akan
memasangkan diri kepada basa yang terekspos pada satu untai
DNA induk.
Misal : jika thymine yang ada pada untai asal maka hanya
adenine yang cocok untuk menempati pada untai baru, dengan
bantuan enzim DNA polymerase
Karena setiap molekul DNA untai ganda baru hasil replikasi
mengandung pita asal (conserved strand) dan satu pita baru
(new
strand)
maka
proses
replikasi
ini
disebut
semiconservative replication
TRANSKRIPSI
Proses transkripsi adalah sintesis untai mRNA dari
segmen DNA
Informasi yang tersimpan dalam urutan basa nitrogen
dari DNA ditulis kembali sehingga informasi yang sama
tampak di dalam urutan basa dari mRNA.
Contoh : A (adenine) pada DNA akan berpasangan
dengan U (uracyl) pada mRNA
Proses transkripsi membutuhkan enzim RNA-polymerase
dan suplai nukleotida untuk mRNA
Transkripsi dimulai bila RNA polymerase berikatan dengan
DNA pada satu tempat yang disebut PROMOTER
Sintesis rantai mRNA berlangsung terus sampai RNApolymerase mencapai pada suatu tempat pada DNA yang
disebut TERMINATOR
TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik
pada mRNA menjadi rangkaian asam amino atau
polipeptida.
Kode genetik pada mRNA tertulis dalam bentuk
kodon-kodon (codons) yang masing-masing
merupakan satu grup terdiri atas tiga nukleotida
misalnya AUG, GGC, AAA dsb
Urutan kodon pada mRNA menentukan urutan asam
amino dalam protein yang akan disintesis
Ada 64 kodon, tetapi hanya 20 jenis asam amino, ada
asam amino yang disandi oleh lebih dari satu kodon,
hal ini disebut dengan degeneracy of the code.
Contoh : leusin memiliki 6 kodon, alanin dg 4 kodon
TRANSLASI
Dari 64 kodon :
61 merupakan sense codons (menyandi asam
amino)
3 adalah nonsense codons/ stop codons
( yaitu : UAA, UAG, UGA) berfungsi untuk
mengakhiri sintesa protein
Setiap kodon menyandi asam amino tertentu
misal UUU dan UUC menyandi asam amino
fenilalanin
TRANSLASI
Kodon yang mengawali sintesis protein disebut start
codon yaitu AUG (kodon untuk metionin)
Proses translasi terjadi di dalam ribosom dan transfer
RNA (t RNA) dengan membawa asam amino yang sesuai
akan mengenali kodon spesifik pada mRNA
Setiap t RNA memiliki antikodon, suatu urutan 3 basa
komplementer dengan kodon sehingga dapat saling
berpasangan
Fungsi dari ribosom adalah mengatur pengikatan t RNA
pada kodon dan merakit asam amino menjadi rantai yang
akhirnya membentuk protein
MODEL OPERON
Francis Jacob dan Jacques Monod (1961)
membuat formula tentang model yang
berhubungan dengan regulasi sintesis protein
Model yang digunakan berdasarkan studi
induksi enzim untuk katabolisme laktosa yang
disebut lac operon
(melibatkan 3 enzim : -galaktosidase,
permease dan transasetilase)
Gen tersebut saling berdekatan satu
sama lain di dalam kromosom
OPERON merupakan satu set gen yaitu
Gen promotor (bagian DNA dimana RNA
polymerase akan mengawali transkripsi )
MUTASI BAKTERI
Mutasi adalah suatu perubahan yang terjadi pada
urutan basa DNA yang dapat menyebabkan
perubahan dari produk yang disandi oleh gen
tersebut.
Tujuan bakteri mengadakan mutasi adalah
untuk ,melindungi dirinya terhadap seleksi alam.
Perubahan yang dihasilkan baik secara morfologis
maupun biokimiawi serta sifat lainnya akan
diturunkan kepada generasi selanjutnya.
Proses mutasi bisa berlangsung secara spontan
atau karena pengaruh tertentu
Dampak mutasi bisa bersifat ringan sampai berat
tergantung dari derajat mutasi sel tersebut
MUTASI BAKTERI
Tiap gen mempunyai kemungkinan
untuk mengalami mutasi
Dari mutasi akan menimbulkan
variasi dari bakteri
Galur bakteri normal (standart) yang
baru diisolasi dari penderita disebut
prototrof dan diberi tanda (+)
KECEPATAN MUTASI
Kecepatan mutasi (mutation rate) untuk
suatu bakteri relatif tetap untuk suatu gen
tertentu.
Kecepatan mutasi tersebut dihitung dalam
satu waktu pembelahan (generation time)
Kecepatan mutasi dapat dihitung dengan
rumus :
a=
M
N1 N0
a= kecepatan mutasi
M = jumlah mutasi
N0 = jumlah sel mula-mula
N1 = jumlah sel setelah mengganda
(doubling)
IDENTIFIKASI MUTAN
Terjadinya mutasi dapat diketahui
secara morfologi (al. perubahan bentuk, warna,koloni)
secara biokimia (al.pertumbuhan pada media tertentu)
Mutasi morfologis
dilakukan dengan menanam bakteri pada lempeng agar
yang sudah diberi bahan mutagen. kemudian diamati
dengan cara
membandingkan antara koloni bakteri
yang terbentuk pada pemberian mutagen dengan koloni
bakteri normal.
Mutasi biokimiawi
dilakukan dengan menumbuhkan bakteri pada media
lengkap (complete media), kemudian dipindahkan ke media
sederhana (simple minimum media)
JENIS-JENIS MUTASI
Mutasi bisa terjadi karena perubahan pada nukleotida yang
menyusun DNA, perubahan tersebut bisa berupa :
substitusi pasangan basa (base-pair substitution)
penambahan basa nukleotida (addition)
pengurangan (deletion)
kekeliruan pasangan (inversion) dari basa nukleotida
di dalam rantai DNA
Jenis mutasi yang umum melibatkan satu pasangan basa
adalah substitusi basa (point mutation)
basa yang
MUTAGEN
Mutagen : bahan atau agen, baik kimia maupun fisik
(radiasi) yang dapat menyebabkan terjadinya
mutasi.
Mutagen dapat meningkatkan kecepatan mutasi 10
sampai 1000 kali
Yang tergolong mutagen adalah :
Asam nitrat
Senyawa analog basa seperti :
2 aminopurin, 5
TRANSFORMASI
Sel resipien akan mengambil DNA terlarut yang
dilepaskan oleh sel donor.
Umumnya, pelepasan DNA sel donor oleh
karena sel donor mengalami lisis
Transformasi hanya terjadi pada bakteri yang
mampu mengambil DNA
Pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith
(1928) pada galur Streptococcus pneumoniae
Transformasi secara alamiah terjadi pada
beberapa bakteri, misalnya :
Haemophillus sp., Bacillus sp., Acinetobacter sp.,
beberapa Streptococcus dan Staphylococcus
TRANSFORMASI
Transformasi berlangsung baik apabila sel
donor dan sel resipien sangat dekat
hubungannya
Sel kompeten : sel resipien yang dalam
keadaan fisiologis mampu mengambil DNA
donor
Pengambilan DNA donor terjadi bila dinding sel
resipien menjadi permiabel terhadap molekul
DNA yang besar.
Selanjutnya dimanfaatkan dalam rekayasa genetika.
Misalnya dengan penambahan ion kalsium Ca ++
akan mengubah E. coli menjadi kompeten untuk
transformasi
TRANSDUKSI
Transduksi : DNA bakteri dipindahkan dari sel donor
ke sel resipien melalui perantara virus yang
menginfeksi bakteri (bakteriofaga atau faga)
Banyak dijumpai pada bakteri baik gram positif maupun
negatif . Pertama kali ditemukan pada :Salmonella,
kemudian pada E.coli, Proteus, Shigella, Vibrio serta
Pseudomonas. Pada Gram positif, bisa terjadi pada
Staphylococcus, dan Bacillus.
Transduksi bisa terjadi secara :
Terbatas (restricted transduction)
Tak terbatas (generalized transduction)
KONJUGASI
Konjugasi : pemindahan materi genetik yang terjadi
karena adanya faktor fertilitas (fertility factor) yang dimiliki
oleh salah satu galur
Galur mutan yang memiliki faktor fertilitas disebut dengan
F+ (sebagai donor) , sedangkan yang tidak memiliki
disebut F-(sebagai resipien)
Apabila faktor F melekat pada kromosom maka dapat
terjadi peristiwa High Frequency of Recombinantion
(HFR)
Bila terjadi konjugasi antara sel HFR dengan sel F-, maka sel Fmendapatkan gen baru, namun dalam hal ini tetap menjadi sel Fkarena tidak menerima faktor F lengkap selama konjugasi
MACAM PLASMID
Plasmid dapat membawa berbagai macam gen penyandi :
produksi toksin
resistensi terhadap antibiotika
Resistensi logam berat atau bahan inhibitor lain
Katabolisme substrat yang lain (pestisida,
toluen, kamfer, hidrokarbon dari petroleum).
Berbagai macam plasmid
1) Faktor F atau faktor fertilitas adalah plasmid
yang mudah dipindahkan dan membawa gen
untuk
pili seks yang berfungsi untuk
memindahkan
plasmid ke sel bakteri yang lain.
MACAM PLASMID
2) Faktor R atau faktor resistensi pada plasmid yang
membawa gen yang dapat menyebabkan bakteri atau
sel hospesnya resisten teradap satu atau beberapa
antibiotika, logam berat maupun toksin.
Kebanyakan faktor R mengandung 2 grup gen :
RTF (resistance transfer factor) yang
bertanggungjawab pada replikasi
plasmid dan konjugasi
R-determinant yang menyandi produksi enzim yang
dapat menginaktifkan obat-obat tertentu
atau substansi toksik. R determinant tidak
dapat dipindahkan bila tidak bergabung
dengan RTF
MACAM PLASMID
3) Plasmid penisillinase : plasmid ini membawa gen menyebabkan
bakteri menghasilkan penisilinase dan menyebabkan bakteri
resisten terhadap penisillin, misal pada Staphylococcus. Dapat
dipindahkan melalui bakteriophaga.
4) Plasmid yang menyandi produksi toksin misalnya :
TRANSPOSOM
Transposom adalah : potongan kecil dari DNA yang dapat
berpindah (transposisi) dari satu tempat ke yang lain
dalam satu kromosom yang sama atau ke kromosom
yang lain, atau dari kromosom ke plasmid.
Nama popular untuk transposom adalah jumping genes.
Transposom terdiri dari potongan DNA dengan panjang
sekitar 700 -40.000 pasangan basa (bais pairs =bp)
Frekuensi transposisi terjadi antara 10
generasi
-5
TRANSPOSOM
Transposom yang paling sederhana disebut insertion
sequences (IS) terdiri atas :
- gen yang menyandi enzim transposase (untuk
memotong dan melekatkan DNA) dan
- recognition sites (terdiri dari DNA rantai
pendek sebagai bagian untuk rekombinasi antara
transposom dan kromosom)
Transposom yang kompleks (complex transposom)
mengandung gen lain yang tidak ada hubungannya
dengan proses transposisi.
Contoh: transposom yang mengandung gen untuk
toksin dan gen untuk resistensi
antibiotika.
Faktor R seringkali dibentuk dari kumpulan transposom.
REKAYASA GENETIKA
Antara tahun 1970 dan 1980, aplikasi praktis
mikroorganisme berkembang dengan pesat dengan
tumbuhnya teknik rekayasa untuk membuat DNA
rekombinan
Dengan teknik rekayasa, transfer gen bisa terjadi antara
spesies yang sama sekali berbeda
Teknik rekayasa dikenal dengan istilah recombinant DNA
sekarang secara luas mempunyai arti sebagai setiap
manipulasi gen baik di dalam spesies tertentu maupun
diantara spesies yang berbeda
Istilah rekayasa genetik (genetic engineering atau
recombinant DNA technology) dapat diartikan sebagai
manipulasi gen di laboratorium
ENZIM RESTRIKSI
Enzim restriksi endonuklease (restriction endonuclease)
adalah kelas khusus dari enzim pemotong DNA yang
dapat diperoleh dari berbagai jenis bakteri
Enzim restriksi dapat mengenal danmemotong urutan
tertentu dari basa nukleotida dalam untai DNA.
Enzim restriksi setiap kali memotong urutan basa
nukleotida melalui cara yang sama.
Enzim restriksi yang digunakan bisa mengenal empat-,
enam-, atau delapan urutan basa
Banyak enzim restriksi membuat potongan zig-zag atau
potongan dengan ujung tumpul pada dua untai molekul
DNA.
Lebih dari 2000 enzim restriksi telah berhasil diisolasi dan
sekitar 200 enzim telah beredar di pasaran
Contoh
EcoRI
E
Co
R
I
: genus Escherichia
: spesies coli
: galur RY13
: endonuklease yang pertama diisolasi
BamHI
B
Am
H
I
: genus Bacillus
: spesies amyloliquifaciens
: galur H
: endonuklease yang pertama kali diisolasi
HindIII
H
In
D
III
: genus Haemophillus
: spesies influenzae
: galur d
: endonuklease ketiga yang diisolasi
VEKTOR
Syarat sebagai vektor adalah Self replication
Vektor bertindak sebagai kendaraan untuk
replikasi urutan DNA yang diinginkan
Ukuran vektor juga penting. Vektor yang lebih
kecil lebih muda dimanipulasi dari pada vektor
yang lebih besar
Preservasi vektor penting.
Bentuk sirkuler dari molekul DNA penting untuk
memproteksi vektor DNa dari perusakan oleh resipien
Dapat menyisip dengan dengan cepat ke dalam
kromosom hospes adalah preservasi penting dari
DNA virus
Contoh vektor
Plasmid
pBR322
Bacteriofaga
Bakteriofaga lambda
Bakteriofaga M13