16.1.

2009

Farmaceutsko-biokemijski fakultet

Zavod za biokemiju i molekularnu biologiju

Bioloka kemija
11. Enzimi
Prof. dr. sc. Jerka Dumi

Enzimi
Aktivno sredite enzima
Klasifikacija enzima i mehanizmi
Koenzimi, kofaktori i prostetike skupine
Teorija enzimske katalize
Brzina enzimske rekacije
Kinetika u ustaljenom stanju
Znaenje Km, Vm, Km/Vm i kkat
Odreivanje katalitike koncentracije enzima
Inhibicija enzima

16.1.2009

Enzimi su bioloki katalizatori

Enzimi su p
proteini.
Enzimi su moni i specifini katalizatori.
Enzimska aktivnost je podlona regulaciji u skladu s potrebama.
Enzimi ne mijenjaju poloaj ravnotee:
K = [P]/[S]
Enzimi ubrzavaju samo termodinamiki povoljne reakcije.
G = GP - GS < 0

Znaajke enzima
Specifinost enzima ovisi o stupnju komplementarnosti
supstrata i funkcionalnih skupina u aktivnom sreditu
enzima
Aktivno sredite enzima sadri vezna i katalitika mjesta.
Vezna mjesta veu susptrat u intermedijarni kompleks ES.
Katalitika mjesta stabiliziraju prijelazno stanje i smanjuju
energiju
g j aktivacije:
j

G# = GTS - GS
Enzimska aktivnost je podlona regulaciji.

16.1.2009

Bioreakcije su svrhovito
organizirane
g
u
metabolike putove.
Koordinacija pojedinanih
procesa usmjerena je na
dobrobit cjeline, tj. na
odranje i reprodukciju
ivota.

Studij enzima
AKTIVNOST

Kako brzo?
Koliko uinkovito?

STRUKTURA

Koliko protomera?
Dodirna mjesta
Aktivno sredite
Kovalentne modifikacije
Izozimi

MEHANIZAM

to radi?
Aktivno sredite
Tip katalize
Koenzimi

BIOLOKA FUNKCIJA

Gdje djeluje?
Je li reguliran?
Koliko ivi?
Biosinteza

DIJAGNOSTIKA RELEVANTNOST

16.1.2009

Enzim prepoznaje
prokiralno mjesto.
Enzimska reakcija je
specifina s obzirom na
supstrat.
Enzim katalizira
nastajanje
stereospecifinog
produkta.

Postoje barem tri mjesta za prepoznavanje supstrata.

16.1.2009

Lizozim specifino prepoznaje

supstrat i kida glikozidnu vezu

16.1.2009

Ukljuenje katalitikih mjesta i

destabilizacija supstrata nakon vezanja

16.1.2009

Izoenzimi su tkivno specifini enzimi koji

kataliziraju istu kemijsku reakciju.

KLASIFIKACIJA ENZIMA
RAZRED

IME RAZREDA

1. Oksidoreduktaze
prenose elektrone

2.

Transferaze
prenose skupine

3. Hidrolaze

hidrolitike reakcije

4.

Liaze

kidaju veze C-C, C-O,

C-N, esto uz stvaranje

TIP KATALITIKE
REAKCIJE
A- + B A + BA-B + C A + B-C
A-B + H2O AH + BOH
XA-BY A = B + X-Y

dvostrukih veza

5.

Izomeraze

prenose skupine
unutar molekule

6. Ligaze (Sintaze)

stvaraju vezu koristei

hidrolizu ATP

XA-BY YA-BX
A + B A-B

PRIMJER
Alkoholdehidrogenaza
Heksokinaza
Tripsin

Piruvatdekarboksilaza
(eliminacija
CO2)
Malat-izomeraza

Piruvatkarboksilaza

16.1.2009

Klasifikacijski broj enzima

3.
31
3.1.
3.1.1.
3.1.3.
3.1.4.

hidrolaza
kida estersku vezu
karboksilnog estera
fosfornog monoestera
fosfornog diestera

3.4. kida peptidnu vezu

3.4.21.
serinska proteaza
3.4.21.1.
kimotripsin
3.4.21.36.
elastaza

Holoenzim = Apoenzim + Prostetika skupina

Proteinski dio enzima ne moe sam obaviti sve katalitike zadae.

U katalizi sudjeluju:
koenzimi (kosupstrati),
kofatktori i prostetike
skupine

16.1.2009

Na proteinskom dijelu holoenzima nema

kemijskih promjena

16.1.2009

10

16.1.2009

Sterospecifini prijenos hidrida je

posljedica nesimetrinog aktivnog
sredita dehidrogenaze

DEHIDROGENAZA ZAHTIJEVA KOENZIM

11

16.1.2009

METALI KAO KOFAKTORI U ENZIMSKOJ KATALIZI

2+

Fe
ili Fe3+
Cu2
Zn2+
Mn2+
Co
Ni2+
K+
Mg2+
Mo2+ili 3+
V2+
Se2+

Primjer enzima
citokrom-oksidaza
katalaza
peroksidaza
citokrom-oksidaza
alkohol-dehidrogenaza
DNA-polimeraza
histidin-amonijak-liaza
arginaza
glutamat-mutaza
ureaza
piruvat-kinaza
i
t ki
fosfoglicerat-mutaza
ksantin-oksidaza
nitrat-reduktaza
glutation-peroksidaza

Uloga metala
oksido-redukcija
oksido-redukcija
oksido-redukcija
j
oksido-redukcija
pomae vezati NAD+
Pomae katalizu privlaenjem elektrona
Co je dio koenzima kobalamina
sastavni dio aktivnog sredita
metali
t li pomau
u prijenosu
ij
fosfatne
f f t skupine
k i
metali pomau u prijenosu fosfatne skupine
oksido-redukcija
oksido-redukcija
zamjenjuje S u jednom cisteinu aktivnog sredita

KARBOKSIPEPTIDAZA

Metal

12

16.1.2009

Interakcija enzim-substrat izaziva

konformacijsku promjenu

Promjenom konformacije aktivno sredite

postaje nedostupno otapalu.

Teorije enzimske katalize

13

16.1.2009

14