DANAS

Degradacija iRNK
Provera kvaliteta
iRNK
Ciklus iRNK

IRNK IMAJU OGRANIENI IVOTNI VEK

Prolazni intermedijeri u protoku genetike informacije

Stabilnost iRNK zavisi od brzine sinteze i brzine degradacije

Koliko dugo ive iRNK?

iRNK prokariota nestabilne, ivotni vek od nekoliko minuta

iRNK eukariota
Uglavnom stabilne ive veliki broj sati
iRNK koje eliji trebaju tokom kratkog perioda ive manje od 30 minuta
(transkripcija se lako ukljuuje ili iskljuuje, a mainerija za degradaciju RNK se
regulisano i efikasno regrutuje)

IRNK IMAJU OGRANIENI IVOTNI VEK

Degradacija iRNK je znaajana sa tri aspekta:

Kontrola bazalne i regulisane (rezultat odgovora na neki signal) ekspresije gena
Kontrola kvaliteta iRNK brza degradacija neispravnih iRNK
Odbrana od virusa osnovnim sistemima za degradaciju iRNK ili specijalizovanim
RNK interferencija

Koliko e dugo iveti neka iRNK zavisi od toga:

Koliko se efikasno translatira
Koliko efikasno moe regrutovati mainerije za degradaciju

PUTEVI DEGRADACIJE I KONTROLE KVALITETA IRNK

Na koji e nain neka iRNK biti degradovana zavisi koja je mainerija aktivna u
odreenim tipovima elija, i koja se mainerija najefikasnije regrutuje na odreenu
iRNP

DEGRADACIJA IRNK ZAVISNA OD DEADENILACIJE

Brzinu degradacije kontrolie translacija

Glavni put degradacije iRNK

DEGRADACIJA NEZAVISNA OD DEADENILACIJE

Brzinu degradacije kontrolie brzina

otklanjanja 5-kape efikasnost
regrutovanja mainerije za otklanjanje 5kape

RNKi
Endonukleaze koje prepoznaju
specifine sekvence u iRNK

DEADENILAZE
Ccr4-Not-Caf

Dominantna deadenilaza
Ccr4 glavna nukleaza
Pop2 nukleaza i stimulie Ccr4
Not i Caf pomoni proteini

Pan2-Pan3
Pan2 , nukleaza; Pan3 regulie
Pan2
Skraivanje poli(A) repa specifinih
iRNK translaciono utiavanje

PARN (poli(A) ribonukleaza)

Sisari
Reguliasna deadenilacija
(translaciono utiavanje, iRNK sa
sekvencama ARE)
Non-stop mediated decay

REGULACIJA DEADENILACIJE
Inverzno korelie sa uestalou
incijacije translacije
Visoki nivo translacije faktori inicijacije
translacije su stalno vezani za 5-kraj iRNK

iRNK koje imaju visok nivo tranlacije ali

se brzo degraduju (kodiraju proteine eliji
potrebne u velikm koliinama ali za
odreeno i ogranieno vreme)
Imaju sekvence ARE u 3UTR-u
Proteini koji se vezuju za ARE regrutuju
deadenilazu PARN i egzozom

EGZOZOM DEGRADACIJA IRNK U SMERU 35

Nukleusna i citoplazmatina forma
Struktura u obliku bureta sa centralnom
upljinom
Sadri
Devet egzonukleaza u centralnoj upljini
Dodatni faktori za regrutovanje iRNK
Dodatne egzonukleaze

Regrutovanje citoplazmatine forme na

iRNK vri Ski7 preko interakcija sa
kompleksom Ski2-Ski3-Ski8
Ski2 RNK helikaza

SPECIFINI NAINI REGRUTOVANJA EGZOZOMA NA IRNK

Proteini koji se vezuju za sekvence
ARE

Non-stop mediated decay

Ski7 preko subjedinice koja se
vezuje za upranjeno mesto A
ribozoma
Direktno na iRNK preko subjedinica
egzozoma koje vezuju RNK

ENZIMI ZA OTKLANJANJE 5-KAPE

Pirofosfataze
Scavenger enzim za otklanjanje 5-kape
(DcpS)
Deo puta degradacije egzozomom
Supstrati kratki oligonukleotidi nastali
delovanjem egzozoma
Oslobaa m7GMP

Holoenzim Dcp1-Dcp2

Kluni enzim puta degradacije smera 53

Supstrati dui oligonukleotidi
Oslobaa m7GDP
Dcp1 stimulie aktivnost Dcp2, poli-P
Dcp1-Dcp2 je u kompeticiji sa eIF4

REGULACIJA OTKLANJANJA 5-KAPE

Poli(A) rep preko PAPBC1

Inhibira otklanjanje 5-kape (stabilizuje komplekse vezane za 5-kapu i stimulie
translaciju)
Translacija u kompetciji sa otklanjenjem 5-kape
Disocijacija kompleksa vezanog za 5-kapu je neophodna pre otklanjanja 5-kape
Sposobnost iRNK da regrutuje Dcp1-Dcp2
Zavisi od kompleksa proteina koji se vezuju sa iRNK i pojaavaju njenu interkaciju
sa Dcp1-Dcp2 Lsm1-7-Pat-Dhh aktivator otklanjanja 5-kape, Upf1, proteini
specifini za neke iRNK

KONTROLA KVALITETA IRNK

Nefunkcionalne iRNK mogu nastati usled mutacije u genu, greke u
procesu transkripcije ili obrade RNK, ili oteenjem iRNK nakon sinteze
Kontrola kvaliteta iRNK omoguava eliji da izbegne translaciju
nefunkcionalnih iRNK proveravajui njihovu ispravnost u razliitim
fazama ivotog ciklusa

KONTROLA KVALITETA IRNK

Mehanizmi kontrole kvaliteta iRNK
U nukleusu onemoguavaju da pogreni transkripti budu
transporotvni u citoplazmu
prepoznavanje pogreno obraenih iRNK i degradacija nukleusnom formom
egzozoma
opta restrikcija transporta nekompletno obraenih iRNK iz nukleusa u
citoplazmu koje ostaju vezane za splajsozom

U citoplazmi zavisni od translacije i tite eliju od sinteze

pogrenih proteina i zarobljavanja ribozoma
degradacija iRNK posredovana pogrenim/prevremenim stop kodonom
degradacija RNK posredovana odsustvom stop kodona
degradacija iRNK na kojima je ribozom zastao

PUTEVI DEGRADACIJE I KONTROLE KVALITETA IRNK

Na koji e nain neka iRNK biti degradovana zavisi koja je mainerija aktivna u
odreenim tipovima elija, i koja se mainerija najefikasije regrutuje na odreenu iRNP

DEGRADACIJA IRNK POSREDOVANA PREVREMENIM STOP

KODONOM NMD
Nonsense medaited decay

Brza degradacija iRNK koje sadre

prevremeni stop kodon
EJC markiraju granice egzonegzon i ljute se pri prvoj rundi
translacije
Prisustvo prevremenog stop
kodona zaustavlja ribozom pre
nego to stigne do poslednjeg EJC

DEGRADACIJA IRNK POSREDOVANA PREVREMENIM STOP

KODONOM NMD
Upf3 iz EJC regrutuje Upf1 i Upf2
Stimuliu hidrolizu polipeptida
Disociraju 60S subjedinicu
ribozoma RNK helikaznom
aktivnou Upf1
Regrutuju Dcp2
Upf1 kljuni protein
Sledi otklanjenje 5-kape i
degradacija u smeru 53
Funkcije
Kontrola kvaliteta
On-off regulacija gena

DEGRADACIJA IRNK POSREDOVANA ODSUSTVOM STOP KODONA

Nonstop medaited decay

Brza degradacija iRNK koje ne

sadre stop kodon
Translacija se odvija do samog 3
kraja
Ski7 (srodan eRF3) se vezuje za
uprenjeno A mesto i regrutuje
egzozom
Oslobaanje ribozoma
Degradacija iRNK
Degradacija proteina sa poli-Lys
nizom na C-kraju u proteazomu

DEGRADACIJA IRNK NA KOJIMA JE RIBOZOM ZASTAO

No-go mediated decay
Degradacija iRNK na kojima je usporena elongacija translacije usled
oteenja iRNK ili ribozoma
Protein Dom34, uz pomo Hsb1
prepoznaje i vezuje zarobljeni ribozom i
pokree endonukleolitiku degradaciju iRNK
Moduliu dogaaje u A mestu ribozoma
Dom34 slian eRF1
Hsb1 slian eRF3 i Ski7, imaju GTP-aznu aktivnost

GRANULE RNK P TELA I GRANULE STRESA

Mikroskopski vidljive
citoplazmatine kompleksi
RNK i proteina

Funkciju obavljaju u razliitim

fazama ivotnog ciklusa iRNK
Sastav granula RNK se
razlikuje u odgovoru na
razliite signale
Kompatmentizacija funkcija
citoplazmatine iRNK

Kljuni modulatori
posttranskripcione ekspresije
gena

P TELA

Dinamine ribonukleoproteinske granule u kojima se akumuliraju iRNK i proteini

ukljueni u utiavanju, skladitenju i degradaciji iRNK

Proteini konzervisnog jezgra P tela su komponente mainerije za degradaciju iRNK u

smeru 53: Dcp1-Dcp2, Lsm1-7-Pat1-Dhh1, Xrn1

Uestvuju u degradaciji iRNK, ali i translacionoj represiji i skladienju iRNK

Komponente ija se funkcija primarno vezuje za degradaciju iRNK, uestvuju i u translacionom utiavanju
In cis regulatorni elementi iRNK koji promoviu degradaciju iRNK, slue i za represiju translacije istih iRNK

P TELA

Dinamine ribonukleoproteinske granule u kojima se akumuliraju iRNK i proteini

ukljueni u utiavanju, skladitenju i degradaciji iRNK

Sastav dodatnih komponenti P tela zavisi od odreenog stanja i/ili tipa elije i od
specifinih grupa iRNK koje se nalaze u njima:
proteini ukljueni u NMD (Upf1)
miRNK i proteini koji uestvuju u putu miRNK (AGO i GW182 - marker P tela)
kompleks za deadenilaciju Ccr4-Pop2-Not
eIF4E-eIF4E

P TELA

Sudbina iRNK koje se nalaze u P telima je razliita: degradacija, translaciono

utiavanje i zadravanje u P tela, ili ulaz u pool translaciono aktivnih iRNK

Ovakvo ponaanje iRNK ukazuje na sledee:

brzina translacije i degradacije iRNK zavisi od dinamine ravnotee izmeu iRNP na
polizomima i u P telu
mnogi specifini regulatori translacije i/ili degradacije regrutuju komponente mainerije za
degradaciju/represiju na pojedinane iRNK usmeravajui ih u P tela
mainerija za degradaciju iRNK koja se nalazi u P telu uestvuje i u translacionoj represiji i
skladitenju iRNK u somatskim elijama, oocitama i neuronima

P TELA

Povratna sprega izmeu degradacije iRNK u citoplazmi i transkripcije?

Subjedinica Rbp2 RNK polimeraze II krui izmeu nukleusa i citoplazme, akumulira
u P telima i utie na otklanjanje 5'-kape nekih iRNK
Postoje podaci da bi otklanjanje 5'-kape moglo uticati na brzinu biogeneze iRNK

GRANULE STRESA

Ribonukleoproteinske
granule koje se formiraju
kao odgovor na stres, kada
dolazi do globalnog
reprogramiranja translacije

Glavni fizioloki okida za

formiranje fosforilacija
eIF2

GRANULE STRESA

ta sadre granule stresa?

iRNK zarobljene u fazi incijacije
translacije (iRNK, eIF4E/G/A,
40S subjedinica ribozoma, eIF3 i
eIF2 markeri granula stresa
Komponente za nukleaciju
TIA1, TIA-R, TTP, G3BP
Komponente za asembliranje
TDP43, FUS, SMN1, ataksin2,
HuR
Ostale komponente FMRP,
AGO, proapoptotski proteini,
hipereditovane dsRNK, ADAR1,
Tudor -SN

GRANULE STRESA

Dizajnirane da odgovore na
prolazni stres

Deasembliranje granula stresa

aktivacija trasnslacije, fosfataze
GADD34

Asembliranje i deasembliranje
granula stresa deava se kroz
regulisanu i reverzibilnu
agregaciju proteina, od kojih se
najvei broj vezuje za RNK i
poseduje hidrofobne domene
odgovorne za reverzibilne
agregacije proteina

 Granule stresa i bolesti motoneurona

CIKLUS IRNK

Kruenje iRNK izmeu

nukleusa, polizom, P tela i
granula stresa

Mainerija za degradaciju je
smetena u P telima
Puferski" sistem za
odravanje ravnotee izmeu
translacionog kapaciteta elije i
poola translaciono aktivnih
iRNK
P tela kao aperoni za
popravljanje iRNK
Ravnotea granula stresa i
translaciono aktivnih iRNK
plastinost u odgovoru na
stres
Komunikacija P tela i granula
stresa regulacija translacije i
degradacije

Provera znanja
24.03.2015.