Professional Documents
Culture Documents
1. Gvenlik Prosedrleri
A. Kimyasallar
Molekler biyoloji laboratuvarlarnda kullanlan kimyasallarn bir ksm zehirlidir. Bu zehirli
materyallerin reticileri; kimyasallarla ilgili ortaya kabilecek herhangi bir zararla ilgili
bilgiyi; kullanclara yasa gerei sunmak zorundadr. Bu bilgi; Materyal Gvenlik Bilgi
Formlarndan (MGBF) temin edilmektedir. MGBF(MSDS)lerde kimyasal ad, CAS#,
sala zarar bilgisi, ilk yardm mdahalesiyle ilgili bilgiler, fiziksel bilgi, olas yangn ve
patlama zarar bilgisi, reaktivite bilgisi, dklme ya da szma srasnda yaplmas gereken
ilemler ve bu kimyasal kullanrken uyulmas gereken; kimyasala zg nlemler yer
almaktadr. Zararl kimyasallarn MGBF bilgisini ieren bir dosya labda mutlaka
bulunmaldr. Bunun yannda MGBF bilgisi internetten de bulunabilir. Yeni bir kimyasal
kullanmadan nce bu bilgileri dikkatlice okumanz ok nemlidir. Ayrca herhangi bir
kimyasal kazayla dkldnde veya bu kimyasal maruz kalndnda mutlaka bu bilgiler
okunmaldr. Potansiyel zehirli herhangi bir kimyasaln yer ald bir kaza olduu
zaman mutlaka hemen labda grevli kiiye ya da asistana haber verilmelidir.
Aadaki kimyasallar zellikle nemlidir.
Bu kimyasallar dzgn bir ekilde kullanlrsa zararl deildir. Potansiyel zehirli kimyasallar
kullanrken her zaman eldiven giyin ve asla aznzla pipetlemeyin. Eer bu kimyasallardan
herhangi birini kazayla zerinize sratmsanz, bu alan tamamen, hemen suyla ykayn ve
lab asistanna haber verin. Atk maddeyi uygun bir kapla pe atn.
B. Ultraviyole (Mortesi) k
Mor tesi (UV) a maruz kalmak iddetli gz hasarlarna neden olur. Retina UV n
fark edemediinden; ciddi gz tahribatna neden olabilir. Bunu maruz kaldktan sonra 30
C. Elektrik
Elektroforez iin kullanlan voltajlar elektrik arpmasna neden olmak iin yeterlidir.
Elektroforez srasnda buffer rezervuarlarn kapatn. Jeli karmadan nce her zaman g
kaynan kapatn ve kablolar prizden karn.
D. Genel Yaplacaklar
Tm ortak alanlar danklktan uzak tutulmaldr. Bulaklar, elektroforez ekipman
vb. uygun bir ekilde temizlenmelidir. Size ait olan sadece snrl bir alannz
olduundan dolay, bu alan temiz tutmak sizin yararnzadr. Ortak ara gereleri de
kullanacanzdan dolay; inkbatrde ya da buzdolabnda saklanan tm solsyonlar
ve her ey etiketlenmelidir. Karkl en aza indirmek iin, tabaklar vb.
etiketlerken her kii kendi isim soyadnn ilk harflerini ya da bir baka zgn karakteri
kullanmaldr. Buzdolabnda, inkbatrde, derin dondurucuda bulunan etiketlenmemi
materyal imha edilebilir. Tabaklarn arkalarna her zaman isminizin ilk harflerini,
tarihi, ilgili deneysel bilgiyi (rnein su numaras) yazn.
2. Solsyonlarn Hazrlanmas
A. Molar, %, X solsyonlarnn hazrlanmas
1. 1 Molar solsyon; molekler arlna eit olan gram saysn ieren 1 litre solsyona
denir. rnein; 100 ml 5M NaCl solsyonu = 58.456 (NaClnin molekl arl)
g/mol x 5 mol/litre x 0.1 litre = 29.29 gram / 100 ml solsyon.
2. Yzde solsyonlar: Yzde (w/v) = 100 ml solsyondaki arlk (g); Yzde (v/v) =
100 ml solsyondaki hacim (ml). rnein; TBE bufferin iinde %0.7lik agaroz
solsyonu yapmak iin; 0.7 gram agaroz ln ve hacmini TBE buffer ile 100 mlye
getirin.
1. Spesifik bir solsyonun hazrlanmas srasnda, belirli bir talimat iin laboratuvar
referans defterine bakn. Bir kimyasal kullanrken alnmas gereken herhangi bir
nlem iin ienin etiketini inceleyin. stenen miktarda kimyasal ya da
kimyasallar tartn. Eer tartlacak miktar 0.1 gramdan daha kkse, analitik tart
kullann. Kimyasallar uygun byklkteki deney iesine, bir kartrcyla
beraber koyun. Gerekli su miktarndan daha az miktar ekleyin. Tm solsyonlar
ift distile suyla hazrlayn. Kimyasal zndnde, dereceli silindire aktarn ve
final hacme ulamas iin istenen miktarda distile su ekleyin. Agar ya da agaroz
ieren solsyonlar hazrlamada bir istisna vardr. Agar ya da agarozu ltkten
sonra final kabna direk koyun. Eer solsyonun spesifik bir pHda olmas
gerekiyorsa, pH metreyi taze buffer solsyonlaryla test edin ve pH metre
kullanrken aklamalar takip edin. Mmknse 121 Cde 20 dakika otoklavlayn.
kullandnz
tplerin,
deneydeki
kimyasallara
kar
dayankl
2- Kontamine olan herhangi bir besi yeri, atlmadan nce mutlaka otoklavlanmaldr.
Petri kaplar ve dier biyolojik atklar yok edilmeden nce otoklavlanacak olan
Biyotehlike konteynrlar iinde atlmaldr.
3- Fenol gibi organik kimyasallar eker ocan iinde kullanlmaldr. Tm organik
atklar etiketlenmi konteynr iinde atlmaldr, lavaboya ya da p kutusuna deil.
4- Etidyum bromid mutajenik bir maddedir, sadece eldivenle uralmaldr ve
etiketlenmi konteynr iinde atlmaldr.
5- Kirli cam eya suyla ykanmaldr ve agar ve dier kimyasallarn tm izleri yok
edilmelidir, mmknse tm etiketler silinmelidir. Kirli eyalar kirli tabak pne
atlmaldr. ie kapaklar, kartrma aletleri ve spatulalar p kutusuna
atlmamal; scak sabunlu suyla ykanmal, scak suyla durulanmal ve 3 kere distile
sudan geirilmelidir.
4. Ekipman
A. Genel Kurallar
Kullanlan ara gereci ypratmadan, dzgn bir ekilde kullanmak, herkesin yararnadr. En
nemli kural olarak; eer bir ara gereci doru bir ekilde kullanmak iin eitilmemiseniz;
onu kullanmayn. Bu kural; sadece labdaki ekipman iin deil; departmandaki tm aralar
iin geerlidir. Olan herhangi bir bozukluu grdnz anda rapor edin. Santrifj
rotorlarn; zellikle bir madde dklmse, kullanmdan sonra temizleyin. Malzemeleri
ziyan etmeyin, ne kadar ihtiyacnz varsa o kadarn kullann. Eer herhangi bir malzeme
bitmek zereyse; ltfen tamamen bitmeden nce labda sorumlu kiiye haber verin. Bazen bir
kimyasal ya da ekipman bir baka labdan dn almak gerekebilir. Eer acil bir durum
deilse, lab yneticisini ikaz edin.
B. Mikropipetrler
Bu laboratuvarda yapacanz ou deney sizin mikropipetrleri hassas kullanarak solsyon
hacimleri lme yeteneinize bal olacaktr. Pipetlemenizin doruluu yalnzca pipetrnz
kadar kesin olabilir. Pipetlerinizin hassaslndan emin olmak iin birka adm
uygulanmaldr. Her ift renciye bir set pipetr tahsis edilecek ve alndktan sonra
rencinin adyla etiketlenecektir. Daha sonra pipetrlerin hassasl, asistan tarafndan
verilen aklamalar dikkate alnarak kontrol edilmelidir. Eer tekrar kalibre edilmeleri
gerekirse, bu yaplmaldr. PPETR YERE DRMEYN. Eer pipetrde bir yanllk
C. pH Metre Kullanm
Biyolojik fonksiyonlar pH deiikliklerine kar ok hassastrlar bu yzden pH sabit tutmak
iin bufferlar kullanlr. pH metre; referans elektrotla cam elektrot arasndaki (ounda tek bir
elektrot olarak birletirilir.) potansiyel fark len alettir. Referans elektrot ou zaman
AgCl2 dir. Hassas bir pH okumas standardizasyona, durgun yk derecesine ve solsyonun
scaklna baldr.
B. Saflatrma
Proteini nkleik asit solsyonundan ayrmak iin;
D. Konsantrasyon
Etanolle kelme: DNA ve RNA solsyonlar etanolle u ekilde konsantre yaplr. DNA
hacmi llr ve monovalent katyon konsantrasyonu ayarlanr. Final konsantrasyonu
amonyum asetat iin 2-2.5 M, sodyum asetat iin 0.3 M, sodyum klorit iin 0.2 M, lityum
klorit iin 0.8 M dr. Kullanlan iyon, genelde DNA hacmi ve yaplan maniplasyonlara gre
deiir. 10mM final konsantrasyonuna MgCl2 eklenmesi kk DNA fragmanlar ve
oligonkleotitlerin kelmesine yardm eder. Monovalent katyonlar eklendikten sonra, 2-2.5
hacim etanol eklenir, iyice kartrlr ve buzda ya da 20 E Cde 20 dakikadan 1 saate kadar
saklanr. DNA mikrofjde santifgasyonla 10 dakikada geri kazanlr. Spernatant DNA
pelletinin atlmas engellenerek dikkatlice aktarlr. Tuzlar uzaklatmak iin, pellet 0.5-1.0
ml of 70% etanolle ykanr, tekrar dndrlr, pellet kurur ve spernatant dar boaltlr.
Amonyum asetat, etanolde ok znr ve %70 ykamayla ou gider.Sodyum asetat ve
sodyum klorit daha zor karlr. Hzl kuruma iin; pelet Speedvacde ksa sreli
dndrlebilir, ancak bu pek nerilen bir yntem deildir nk DNA gereinden fazla
kuruyabilir ve sspansiyon haline getirilmesi zorlar. Ayrca kk DNA fragmanlarn da
paralar. zopropanol de DNA ktrmek iin kullanlr, ancak tuzlarla ibirlii iindedir ve
daha az uucu olduu iin buharlamas daha zordur. Ancak DNAy ktrmek iin etanole
oranla daha az izopropanol gereklidir.
E. Restriksiyon Enzimleri
Restriksiyon enzimleri ve DNA modifiye eden enzimler, genelde %50 gliserol iinde, -20
derecede, buzdolabnda saklanr. Tplerin oda scaklna erimesine kesinlikle izin
verilmemelidir. Tplere dokunurken mutlaka eldiven giyilmelidir, nk parmaklar nkleaz
ierir. Bir restriksiyon enzimi kullandnzda her seferinde mutlaka yeni ve sterilize edilmi
bir u kullann. Ayrca enzimin hacmi; reaksiyon karmnn final hacminin 1/10undan daha
az olmaldr.
noktasna ulaacak kadar bymesi iin yeterli miktarda bakteri vardr. Asla gliserol
stounu erimesi iin brakmayn.
E.Coli kullanlarak yaplan deneyler her zaman taze kltrler zerinde olmaldr (ya yeni
izilmi tabaktan ya da gliserol stoundan) Kk lekli E.Coli kltr bytmek iin, iki
steril 50 ml tpte 3-5 ml LB hazrlayn. Bir tb temiz bir tabaktan tek bir koloniyle ya da
gliserol stoundan syrarak inokle edin. kinci tp brot kontrol olarak kullanlr. Her iki
tb de 37 Cde gece boyu gl bir ekilde alkalayarak inkbe edin. Ertesi sabah tpleri
kontrol edin. Brot kontrol berrak, inokle edilmi kltr ok bulank olmaldr. Tpte
bulunan herhangi bir tortu varsa bunu not edin ve sadece eer kltr ok youn deilse daha
uzun inkbe edin. Hcrelerin olmas gerekenden fazla bymesine izin vermeyin. Baz
durumlar iin, ksa sreli olarak kullanmdan nce hcreler 4Cde saklanabilir.
Her kullanlan kltr iin; zellikle yeni sular ya da plasmid ieren hcreler iin kalc
gliserol stou hazrlanmaldr. Bu stok laboratuvar uygun belgelemeyle ve lokasyon
bilgisiyle stok koleksiyonuna konulmaldr. Bu prosedrlere uymamak ciddi cezalara
yol amaldr. Bu prosedr, sadece E.Coliye has deil, derin dondurucu stou
hazrlanabilecek herhangi bir organizmaya uygulanabilir. Ayrca tm plasmidler, bamsz
DNA stou olarak deil de hcrelerin iinde devam ettirilmelidir. Her plasmid iin en az iki
stok yaplmaldr. E.coli iin bir gliserol stou hazrlamak iin; 1.4 ml yeni, gece boyu
bytlm kltr 0.6 ml steril %50 gliserolle birletirin. yice kartrn. Su adyla, tarihle
ve isminizle etiketlenmi iki dondurucu ieye bunu aktarn. Hemen kuru buz/etanol
banyosuna ya da -80 derecede dondurucuya koyun. Lokasyon ve dier bilgileri su defterine
kaydedin.
yi bir lab raporu yazmann temeli, yaptnz deneylerin dzenli kaydna ve sonularnza
dayanr. Lab defteri, deneylerin ayrntl bir ekilde anlatld ve ham verinin kaydedildii
yerdir.
2. Giri
A. Arkaplann ksa bir zeti ve yaplan deneyi aklayc bir teori.
B. Giri iin materyal kitaplarda, makalelerde ya da internette bulunabilir. Genel bilginin
dndaki herhangi bir bilginin referans uygun bir ekilde verilmelidir.
C. Aadaki sorular cevaplanmaldr;
-
Hipotez test edildi mi? Eer evetse, hipotez zel olarak belirtilmelidir.
5. Sonular
A. Deneyin amac hakknda okuyucuyu bilgilendirme.
B. Deneyin ya da prosedrn direk sonucunu belirtme.
C. Her deney bir soruyu cevaplamaldr. Her cevap deneyinizdeki sonularla,
hem tablo hem de figr olarak temsil edilmelidir.
D. Aadaki
sorular,
herhangi
bir
bilimsel
yaznn
sonu
ksmnda
cevaplanmaldr.
-
Ne yaptnz?
Ne grdnz?
Bu ne anlama geliyor?
E. Yaptnz deneyin sonularn gsteren figrler ve tablolar dahil edilmelidir.
VI. Discussion
A. Ama ve bulunanlarla ilgili bir iki cmleyi tekrar yazn.
11
Tr isimleri
12