MERKEZ LABORATUVAR

Molekler Biyoloji Deneylerinde Sklkla Kullanlan Baz Aletlerin

Tantm
Yksek Performans Sv Kromatografisi (HPLC)

Karbonhidratlarn, organik asitlerin, vitaminlerin, amino asitlerin vs. saptanmas,

karakterizasyonu ve lm.

HPLC, biyokimya ve analitik kimyada kullanlan, kolonun durgun fazyla etkileime ve

polaritelerine gre maddeleri ayrmaya, tanmlamaya ve lmeye yarayan bir eit kolon
kromatografisidir. HPLC fark eit durgun fazlar kullanr. Bunun dnda hareketli faz
hareket ettirmeye yarayan bir pompa, kolon boyunca analiz edilecek materyal ve onun kolon
boyunca kalma zamann len bir saptayc ierir. Saptayc baka karakteristik bilgiler de
ierebilir. Analiz edilecek maddenin kolonda kalma sresi durgun fazla olan etkileimlerinin
gcne gre, kullanlan zclerin oran/ieriine gre ve hareketli fazn akm hzna gre
deiir.

13

Hzl Performans Sv Kromatografisi (FPLC)

Peptid, protein, nkleik asit ve oligosakkaritlerin analizi, saflatrlmas ve

karakterizasyonu

FPLC, proteinleri kompleks karmlardan ayrmak ve saflatmak iin kullanlan bir

eit sv kromatografisidir. FPLCde zc hz, sabit ak hz salamak iin
pompalarla kontrol edilir. Tercih edilen ayrma eidine gre deien kolonlar
kullanlr. FPLC biyokimyada ve enzimolojide sklkla kullanlr.

14

UV/vis spektrofotometre

Protein ve nkleik asit konsantrasyon belirlenmesi, DNA ve RNAlarn kinetik

almalar, lm ve saflatrma saptanmas.

UV/vis spektrofotometre; UV-vis spektral blgede emilim spektroskopisine iaret

eder. Yani grnr ve etrafndaki aralkta kullanr. Kullanlan kimyasaln rengini
grnr n emilimi direk olarak belirler. Elektromanyetik spektrumun bu
blgesinde, molekller elektronik geilere maruz kalrlar. Bu teknik, floresans
spektroskopiyle tamamlaycdr. Floresans spektroskopide, floresans, uyarlm
durumdan temel duruma geilerle urar. Emilim ise, temel durumdan uyarlm
duruma geileri ler.

Polimeraz Zincir Reaksiyonu

15

DNA amplifikasyonu

Polimeraz zincir reaksiyonu bir para DNAnn bir ya da birden fazla kopyasn
oaltmak iin kullanlan bir tekniktir. Bu zel DNA sekansnn binlerceden
milyonlarcaya kadar kopyasn retir. Bu metot DNAnn enzimatik replikasyonuna
ve DNA erimesinin reaksiyonu olarak tekrarlanan snma ve soumay ieren
dnglerden oluan termal dngye dayanr. DNA polimerazla hedef blgeye
tamamlayc olan sekanslar ieren primerler; tekrarlamal amplifikasyonu salamaya
ynelik anahtar bileendir.

16

Protein Sekanslayc

Peptit ve protein sekans analizi

Bir proteindeki amino asitlerin sekanslarn belirlemek in kullanlan aratr.

Analiz edilen ve tanmlanan her bir aminoasidi etiketleyip kararak alrlar. Bu
ilem btn bir polipeptid iin; tm sekans oluturulana kadar tekrar tekrar yaplr.

DNA sekanslama

Oligonkleotit sentezi

Bir DNA sekanslaycs; DNA sekanslama aamasn otomatize etmek iin kullanlan
alettir. ounlukla, nkleotitlere eklenmi florokromlardan gelen k sinyallerini
analiz ettii iin bir optik enstrman olarak da dnlebilir.
17

Basit bir DNA sekanslaycs, ilgilenilen DNA zincirine eklenmi olan floresan boya
tarafndan emilen dalga boyundaki bir ya da birka lazere sahip olur. Sonra, boyann
floresann yanstt dalgaboyunda saptayabilen bir ya da birka optik dedektre
sahip olacaktr. DNA zincirinin varl ya da yokluu, dedektrn kn izleyerek
tespit edilir. Ksa DNA zincirleri jel maktiksinde daha hzl hareket edebilecekleri iin
onlar daha nce belirlenir. DNA zincirinin uzunluuyla dedektr zaman arasnda
doru orant vardr. Bu balant, gerek DNA sekansn belirlemede kullanlr.

ELISA

ELISA; immunolojide sklkla kullanlan, bir rnekteki antikor ya da antijenin

varln belirleyen bir yntemdir. ELISA tpta ve bitki patolojisinde tehis arac
olarak, dier alanlarda da kalite kontrol yntemi olarak kullanlr. ELISAda,
bilnmeyen miktarda antijen bir yzeye sabitlenir, daha sonra spesifik bir antikor
yzeyin zerinden ykanr, bylece antijene balanabilir. Bu antikor bir enzime
balanr ve son basamakta enzimin farkedilebilir bir sinyale dntrebilecei bir
madde eklenir. Bu yzden, floresans ELISA durumunda, uygun dalga boyundaki k
rnein zerine yanstld zaman, antijen/antikor kompleksleri floresans yayar
bylece rnekteki antijen miktar floresansn iddetine gre tahmin edilebilir.

DNA mikroarray

18

DNA mikroarray molekler biyoloji ve tpta kullanlan bir teknolojidir. Mikroarray

binlerce mikroskobik DNA oligonkleotit noktalarna sahiptir. Her bir nokta,features,
prob denilen zel bir DNA sekansnn pikomollerini ierir. Bu; genin ksa bir blm
olabilir ya da cDNA/cRNA hibritlemesi olmas iin kullanlan bir baka DNA
elementi olabilir. Prob-hedef hibritlemesi genelde hedefteki nkleik asitlerin
miktarn belirlemek iin florofor etiketli hedeflerin belirlenmesiyle llr ve
saptanr. Bir array binlerce prob ierebildiinden dolay, bir mikroarray deneyi pek
ok genetik testlerin sonucunu verebilir.

19