CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS. Fundamentos. Rangos taxonmicos.

Nomenclatura.
OBJETIVOS ESPECFICOS
Al finalizar el tema el estudiante podr:
1.

Establecer la importancia de la clasificacin de los microorganismos.

2.

Identificar la ubicacin de los diferentes grupos microbianos en el mundo biolgico.

3.

Definir Taxonoma y Fiilogenia. Sealar el objetivo de Taxonoma.

4.

Enumerar los diferentes enfoques de la Taxonoma bacteriana, sealando su fundamento y aplicaciones.

5.

Citar y ordenar jerrquicamente los rangos taxonmicos.

6.

Definir Nomenclatura y sealar su objetivo.

7.

Establecer la diferencia entre Taxonoma y Nomenclatura.

8.

Clasificar a los microorganismos en base a las caractersticas morfolgicas y/o fisiolgicas, utilizando los esquemas correspondientes.

9.

Discutir las bases de la clasificacin de los virus y cmo ellas difieren de las usadas
para la clasificacin de los otros microorganismos.

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

Para poder comprender la gran diversidad de organismos existentes es preciso agruparlos y

organizar los grupos generales en una estructura jerrquica sin superposiciones. De eso se
encarga la TAXONOMA, que es la ciencia de la clasificacin biolgica. La taxonoma en su
sentido ms amplio se descompone en tres partes independientes pero interrelacionadas:

Clasificacin
Nomenclatura
Identificacin

La clasificacin es la estructuracin de los organismos en grupos o taxones en funcin de

semejanzas mutuas o del parentesco evolutivo.
La nomenclatura es la rama de la taxonoma que se ocupa de la asignacin de nombres a
grupos taxonmicos de conformidad con normas publicadas.
La identificacin constituye el lado prctico de la taxonoma que consiste en establecer que
un organismo determinado pertenece a un taxn reconocido.
Se han distinguido diversas posturas ante las relaciones entre la Taxonoma (facilitan el anlisis comparativo) y la Filogenia (historia evolutiva de los taxones, sostenida por algunos eclogos), ambas se consideran herramientas o mtodos que permiten dar un nombre tipificado
a determinadas entidades. Existen posturas contrarias que conciben a la Taxonoma como
una aproximacin a la Filogenia, debiendo reflejar la evolucin de las especies y, por tanto,
considerando a ambas disciplinas como interdependientes.
En fin, la taxonoma microbiana es un tema muy amplio y que requiere del conocimiento de
muchos aspectos, en este tema nos centraremos en los principios generales y daremos algunos ejemplos.
Desarrollo de la Taxonoma Microbiana
El creador de la Taxonoma fue el botnico sueco Carl von Linneo, su sistema de nomenclatura, el sistema binomial, se usa todava en la actualidad.
Hasta mediados del siglo XIX se conocan slo dos reinos, animal y vegetal. Despus de
comenzar a conocerse la existencia de microorganismos, en 1866, Ernst Haeckel cre un
tercer reino que llam los Protistas.
Con el desarrollo del microscopio fue posible el reconocimiento de las clulas eucariotas y
procariotas y eso condujo a la ubicacin de las bacterias en un reino separado de microorganismos sin ncleo al que se le dio el nombre de Procariotae, tal como lo propuso Robert
G. E. Murray en 1968.
En 1969, R. H. Whittaker propuso un sistema de clasificacin en cinco reinos:

Monera, incluye a todos los microorganismos procariotas.

Protista, incluye a todos los microorganismos eucariotas unicelulares u ocasionalmente
multicelulares.
Fungi, reino que incluye a los hongos en sus diversas formas.

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Plantae, corresponde al reino vegetal

Animalia, corresponde al reino animal.

Posteriormente, nuevas tcnicas de biologa molecular se usaron para estudiar la composicin del ARN ribosmico y revelaron que hay realmente dos tipos de clulas procariotas (arqueas y bacterias) y un tipo de clulas eucariotas. En 1978, Carl R. Woese propuso elevar
los tres tipos de clulas a un nivel por encima del reino, llamado dominio y de ah surgi el
sistema de clasificacin de tres dominios que se conoce en la actualidad y que comprende:
Bacteria (procariotas unicelulares cuya pared celular contiene peptidoglucano)
Arquea (procariotas unicelulares cuya pared celular no contiene peptidoglucano)
Eukarya (todos los eucariotas)
Los virus no son asignados a ningn reino ya que ellos son microorganismos acelulares
que comparten slo unas pocas caractersticas de seres vivientes.

Archaea

Bacterias

Proteobacterias

Espiroquetas

Eucarya

Animales

halobacterias
Methanosarcina

Bacterias
Grampositivas
Cianobacterias

Methanobacterium
Methanococcus

Flavobacterias

Hongos
Thermoplasma

Bacterias Verdes
Thermococcus
no azufradas
Thermoproteus

Thermotoga

Plantas

Mohos
mucosos
Entamoeba

Ciliados

Flagelados
Tricomonas

Pyrodictium

Microsporidia
Diplomonas
Aquifex

Adaptado de G..J. Olsen y C. R. Woese. Ribosomal RNA: A key to Phylogeny en The FASEB 7:113-123, 1993.

ENFOQUES DE LA TAXONOMA BACTERIANA

1.

ENFOQUE CLSICO

Se denomina as porque es el que se ha utilizado durante ms de 100 aos. Se determinan

caractersticas de diferentes microorganismos y esas caractersticas se utilizan despus en

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la separacin de los grupos.

La unidad taxonmica de la Microbiologa es el CLON o CEPA, se denomina as a una
poblacin de clulas genticamente idnticas derivadas de la divisin sucesiva de una sola
clula.
Un grupo de cepas que tiene la mayora o todas las caractersticas en comn ser
clasificado como una ESPECIE, y las especies relacionadas se clasifican en el mismo
GNERO.
En general en este enfoque se le da ms valor a las caractersticas estructurales
y morfolgicas que a las fisiolgicas y bioqumicas por las razones siguientes:

La morfologa de una bacteria es el resultado de la expresin de un gran nmero de

genes que controlan enzimas, las cuales a su vez determinan la sntesis de diversos
componentes estructurales.

La morfologa tiene un cierto grado de independencia de las influencias ambientales y en

general las bacterias presentan las mismas formas y estructuras en los diversos
ambientes en los que se desarrollan.

La morfologa es por lo general una caracterstica estable genticamente y no sufre

amplios cambios como resultado de mutaciones en un solo gen.

La morfologa de una bacteria es fcil de determinar con la ayuda de un microscopio.

Entre las caractersticas no morfolgicas que tienen valor taxonmico tenemos: composicin qumica de la pared celular, inclusiones citoplasmticas y productos de reserva,
composicin qumica de la cpsula, pigmentos, requerimientos nutricionales, capacidad
para usar diferentes fuentes de carbono, nitrgeno, azufre y energa, productos de
fermentacin, necesidades gaseosas, requerimientos y tolerancias de temperatura y pH,
sensibilidad a antibiticos, patogenicidad, relaciones simbiticas, caractersticas inmunolgicas, hbitat, etc.
Algunas de estas caractersticas pueden no ser aplicables en un grupo en particular, dependiendo del caso variarn el nmero y tipo de los datos recopilados para efectuar una
buena clasificacin.
El enfoque clsico es casual y no sistemtico, pero resulta muy til para algunos grupos de
bacterias.
2. ENFOQUE GENTICO O MOLECULAR
Tiene por objeto determinar el grado de relacin gentica de diferentes organismos. Este
enfoque involucra estudios diseados para demostrar directa o indirectamente que las secuencias de bases del ADN de dos organismos son semejantes o idnticas, lo cual puede
hacerse de varias maneras.

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2.1 Composicin de bases del ADN o del ARN r

Es posible mediante mtodos fsicos o qumicos saber el contenido de bases del ADN, el que
por convenio se expresa en %G+C. Diferencias en %G+C mayores de 10% nos indican
que las cepas estudiadas no estn estrechamente relacionadas, pero proporciones de
bases semejantes no nos indican con certeza que las cepas estudiadas estn relacionadas, ya que las bases podran estar en la misma proporcin pero en secuencias diferentes.
Las tendencias ms recientes para establecer relaciones filogenticas se basan en la comparacin de las secuencias de ARN ribosmico.
2.2 Hibridizacin y homologa de cidos nucleicos
Este procedimiento est basado en la capacidad que tienen las cadenas de ADN de un organismo para formar un hbrido con las cadenas de ADN de otro organismo o entre dos
muestras de ADN desnaturalizado, uno de los cuales est marcado con un radioistopo
o con un colorante fluorescente, para posteriormente cuantificar. Para ello se requiere
siempre un punto de referencia el cual es suministrado por ADN de una cepa de referencia
que es preparado marcado y no marcado. La cantidad de reasociacin entre estos 2
ADN homlogos es determinada y se le asigna un valor del 100%. La cantidad de reasociacin entre el ADN de referencia y ADN de otra cepa puede ser medido y expresado como un porcentaje del valor para la reasociacin de ADN de la cepa de referencia.
La tcnica de hibridizacin es ms eficaz si uno de los cidos nucleicos que se van a reasociar (hibridizar) est en forma de fragmentos muy pequeos, por lo que previamente
los cidos nucleicos se someten a una agitacin a alta velocidad. Para estudios de organismos con parentescos ms lejanos puede utilizarse tambin ARN en vez del segundo
ADN, ya que el ARN representa una pequea porcin del genoma del ADN total.
ADN del microorganismo A

ADN del microorganismo B

Calentar para
separar las cadenas

Combinar las cadenas

simples de ADN
Enfriar para permitir
la renaturalizacin del

Determinar el grado de

ADN de doble cadena

hibridizacin

Hibridizacin completa
Microorganismos
idnticos

Hibridizacin parcial

No hibridizacin

Microorganismos relacionados

Microorganismos no
relacionados

Hibridizacin de cidos nucleicos

Fig. 10.15 Microbiology An introduction Tortora et al 7th edition

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Estas tcnicas de biologa molecular han dado lugar a nuevas herramientas moleculares que
se han adoptado rpidamente al campo del diagnstico microbiolgico. Este nuevo enfoque
utiliza factores genotpicos ms que fenotpicos para identificar microorganismos especficos.
Un ejemplo de estas tcnicas modernas de identificacin lo constituyen las sondas de cido
nucleico, son oligonucletidos cortos y de secuencia nica que se emplean como sonda de
hibridizacin para la identificacin de microorganismos. Estos mtodos son altamente sensibles y especficos.

Plasmidio

Fragmento
de ADN de

Salmonella

La
muestra
de
bacterias
desconocidas se recogen sobre
un filtro

Un fragmento de ADN
de Salmonella es
clonado en E. coli

Las clulas se lisan y

liberan el ADN

Los fragmentos de ADN clonados se

marcan con un colorante fluorescente y
se separan en cadenas sencillas formando
sondas de ADN
Las sondas de ADN se
le aaden al ADN de la
bacteria desconocida

El ADN se separa en
cadenas sencillas
Sonda de ADN
fluorescente
ADN de Salmonella

Las sondas de ADN hibridizan con el ADN de

Salmonella. Luego el exceso de la sonda se lava.

ADN de otra bacteria

La fluorescencia indica la presencia de Salmonella

Ejemplo
de sondas
de ADN
la identificacin
bacteriana
Usodel
deuso
sondas
de ADN
parapara
identificar
bacterias
Fig. 10.16 Microbiology An introduction Tortora et al 7th edition

2.3

Homologa entre protenas:

Hay muchos mtodos para comparar protenas, de los cuales el ms seguro es la determinacin de la secuencia de aminocidos de la protena purificada. Como esta secuencia
est directamente relacionada con la secuencia de bases de los genes que controlan
su sntesis, secuencias similares de aminocidos en protenas funcionalmente similares
indican que los organismos tienen secuencias similares de bases para estos genes.
3.4

Recombinacin gentica:

En bacterias que poseen mecanismos para recombinacin gentica, puede demostrarse

proximidad gentica por medio de estudios sobre la eficacia del intercambio gentico.

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

Sin embargo como incluso bacterias muy relacionadas no pueden aparearse por diversas
razones, el anlisis de la recombinacin gentica hace posible el reconocimiento de semejanzas pero no de diferencias, puesto que si no ocurre recombinacin, no se puede decir
por esta sola razn que no estn relacionadas.
NOMENCLATURA
Es el darle nombre a los microorganismos y su objetivo es precisamente elegir el nombre
adecuado y nombrar el germen siempre por el mismo nombre evitando as confusiones.
Es importante diferenciar entre taxonoma y nomenclatura, ya que nomenclatura es nicamente darle el nombre al organismo despus que se ha completado el trabajo taxonmico.
Para nombrar las bacterias se usa el esquema binomial en el cual el nombre de la bacteria
est constituido por 2 palabras; la primera es una palabra en latn o latinizada, que se escribe con la primera letra en mayscula e indica el GNERO, usualmente esta palabra proviene del nombre del descubridor u otro cientfico relacionado o describe la morfologa del
microorganismo. La segunda palabra indica la ESPECIE, se escribe con minscula, y es
usualmente descriptivo refirindose al color, origen, patogenicidad, etc.
Ejemplo: Bacillus subtilis

Gnero

Especie

Los nombres cientficos de las bacterias deben ser escrito en letra cursiva (Itlica) o en su
defecto cada palabra debe ser subrayada.
Las reglas y mtodos del sistema de Nomenclatura Bacteriana se encuentran en el Cdigo
Internacional de Nomenclatura Bacteriana.
IDENTIFICACIN
La informacin acerca de los microorganismos obtenidas de los mtodos ya citados, nos
permite no slo la clasificacin de nuevos microorganismos sino tambin la identificacin de
los microorganismos ya conocidos, aislados de muestras de orgenes diversos.
Dos de los mtodos utilizados para la identificacin son: las claves dicotmicas y los cladogramas.
Claves dicotmicas
Con el uso de las claves dicotmicas, la identificacin se basa en preguntas sucesivas, y
cada pregunta tiene dos respuestas posibles. Despus de responder una pregunta, se dirige
al investigador a otra pregunta hasta que el microorganismo es identificado. Aunque estas
claves a menudo tienen poco que ver con las relaciones filogenticas, son de gran valor para
la identificacin.
Cladogramas

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

Son mapas o diagramas, como el que se presenta en la pgina 3, que muestran relaciones
evolutivas entre los microorganismos, basados principalmente en la secuenciacin del ARN
ribosmico.
MANUAL BERGEY DE BACTERIOLOGA SISTEMTICA
Para la clasificacin, identificacin y nomenclatura de las bacterias, la mejor referencia
que existe es el Bergey's Manual of Sistematic Bacteriology, conocido como el Manual Bergey. La edicin ms reciente est siendo publicada progresivamente, y estar constituida
por 5 volmenes, en ella estarn incluidas todas las especies de bacterias conocidas para
la fecha de su publicacin y a diferencia de la anterior que tena un enfoque que enfatizaba
en las caractersticas fenotpicas, esta edicin tiene un anlisis filogentico basado en la secuenciacin del ARN r, del ADN y de las protenas.
RANGOS DE LOS GRUPOS TAXONMICOS
Un grupo taxonmico es un grupo de microorganismos tratados como un grupo con nombre
en una taxonoma formal.
Las categoras taxonmicas que se dan a continuacin estn colocadas en rango taxonmico descendente:
Clase
Orden
Familia
Tribu
Gnero
Especie
El nombre del grupo taxonmico entre el orden y el gnero se forma aadiendo el sufijo
correspondiente a la raz del nombre del gnero tipo.
Grupo taxonmico
Orden
Familia
Tribu
Gnero

Sufijo
-ALES
-ACEAE
-EAE

Ejemplo
Pseudomonadales
Pseudomonadaceae
Pseudomonadeae
Pseudomonas

CLASIFICACIN DE LOS HONGOS

La identificacin y clasificacin de los hongos filamentosos est basada principalmente en
sus rasgos estructurales y morfolgicos. Algunos hongos tienen una apariencia tan caracterstica que pueden ser identificados fcilmente, pero en la mayora de los casos se requiere observar una preparacin del hongo al microscopio y estudiar sus caractersticas tales
como:

Morfologa de las hifas

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

Presencia o ausencia de septos

Ramificaciones

La
en

Tipo de esporas
Caractersticas de las colonias, las que se estudian macroscpicamente
clasificacin de las levaduras usa principalmente el enfoque clsico con un gran nfasis
pruebas bioqumicas de utilizacin de carbohidratos.

El esquema taxonmico tradicional empleado para la clasificacin de los hongos los ubica en
cuatro divisiones, basndose fundamentalmente en variaciones en la reproduccin sexual.
Divisin

ESPORAS
ASEXUALES
Zygomycota
(Zi- Endgenas (en
gomicetos)
sacos)
Ascomycota
Exgenas
(Ascomicetos)
(en las puntas o
lados de las
hifas)
Basidiomycota
Exgenas
(Basidiomicetos)
(en las puntas o
lados de las
hifas)
Deuteromycota
Exgenas
(en las puntas o
(Deuteromicetos)
(Hongos imperfec- lados de las
tos)
hifas)

ESPORAS
SEXUALES
Oosporas
Zigosporas
Ascosporas

MICELIO

EJEMPLOS

Cenoctico

Rhizopus, Mucor

Septado

Penicillium,
Levaduras

Basidiosporas Septado

Septado

Aspergillus,

Setas
Royas
Tizones
La mayora de los patgenos de humanos y
animales

CLASIFICACIN DE LOS VIRUS

Dependiendo del tipo de clula que infectan, los virus se clasifican en:
a.

Virus animales

b.

Virus de plantas

c.

Virus de bacterias o bacterifagos

De ahora en adelante, nos vamos a ocupar de los virus animales, debido al gran nmero de
enfermedades de origen viral que afectan al hombre y a los animales.

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

Los virus animales se clasifican tomando en cuenta las caractersticas siguientes:

1.

Caractersticas primarias
1.1 Organizacin de la cpsida
a.
Forma y tamao de la partcula viral
b.
Nmero de capsmeros
c.
Presencia o ausencia de cubierta lipdica
d.
Simetra de la nucleocpsida
1.2 Estructura del cido nucleico
a.
Tipo de cido nucleico
b.
Nmero de cadenas
c.
Peso molecular del cido nucleico
d.
Nmero aproximado de genes
1.3 Presencia de transcriptasa

2.

Caractersticas secundarias
2.1

Husped
a. Especie
b. Tejido

2.2

Modo de transmisin

2.3

Caractersticas inmunolgicas

Los virus no se nombran usando el esquema binomial clsico que se utiliza para los otros
microorganismos, a los virus se les denomina con el nombre de la enfermedad que causan,
por ejemplo, virus de la rabia, virus del sarampin, etc.

10

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

BIBLIOGRAFA
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Black J. G. Microbiology. Principles and Explorations. Fourth Edition 1999 John Wiley &
Sons, Inc.
Davis, Dulbecco, Eisen and Ginsberg. Microbiology.
Company 1990.

Fourth

Edition. J. B. Lippincott

Madigan, Martinko y Parker. Brock Biologa de los Microorganismos. Octava Edicin 1998.
Prentice-Hall.
Olsen G.J. y Woese C.R. (1993). Ribosomal RNA: A key to phylogenery. FASEB J. 7: 113
123.
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Prescott, Harley y Klein 1999 Microbiologa. Cuarte edicin. McGraw-Hill Interamericana.
Stanier, Adelberg and Ingraham. General Microbiology. 4th Edition. 1977. The MacMillan
Press Ltd.
Tortora, Funke and Case. Introduccin a la Microbiologa. 9na Edicin 2007. Editorial Mdica
Panamericana.
Weistreich and Lechtman. Microbiology. Fifth Edition. 1988 Macmillan Publishing Co.
De Haro Juan & Melic Antonio (2002). Taxonoma, Sistemtica, Filogenia y Clasificaciones.
URL: http://entomologia.rediris.es/documentos/taxonomia.htm
ACTIVIDADES ADICIONALES

Buscar en un diccionario de ingls tcnico la traduccin al espaol de las palabras siguientes

Ancestor

Causative agent

Common name

Dichotomous key

Disease

DNA probes

Domain

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Fingerprint

G + C ratio

Genus

Growth

Hierarchy

Isolate

Kingdom

Methanogen

Order

Profile

Scientific name

Specie

Strain

Disear una clave dicotmica que permita diferenciar un miembro del gnero Staphylococcus de un miembro del gnero Streptococcus

12

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Disear una clave dicotmica que permita diferenciar un miembro del gnero Pseudomonas de un miembro del gnero Escherichia.

Investigar un producto comercial que se encuentre en el mercado para la

identificacin de microorganismos usando sondas moleculares. Indicar nombre del producto, uso, fabricante y distribuidor en Espaa.

Determinar el porcentaje G + C de este trozo de ADN

A T C G C C C G A T T G C A T T A A C G G G C C T A T T
T A G C G G G C T A A C G T A A T T G C C C G G A T A A

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