Flux o transmissi de la informaci gentica

Expressi gnica

Trancripci
Replicaci

Traducci

Inici de la transcripci (I)

Tipus dRNA

<4%
mides
molt
variables

80%
Estructural

U-RNA

spliceosomes

Modificaci
rRNA tRNA
metilaci
pseudouridinilaci

Micro RNA i RNA

dinterferncia,
interfereixen
lespressi de gens
concrets.

Recordem: les diferncies de la molcula de RNA amb la de DNA

2-OH

Luracil interacciona per ponts dH amb ladenina en la molcula de RNA.

Recordem que lRNA pot adquirir diferents estructures

secundries

L RNA s de cadena senzilla i llavors

adopta moltes estructures diferents
daquest tipus. La mateixa molcula de
RNA pot adoptar ms duna estructura
tridimensional (amb funcions
especfiques).
Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula i
del Lehninger Principles of Biochemistry

Transcripci:
DNA
s la sntesi de la molcula de RNA
catalitzada per la RNA polimerasa,
utilitzant una cadena de DNA com a
motlle, per donar lloc a un producte
gnic:
-RNA funcional: estructural o
cataltic
-RNA missatger que donar lloc
a una protena.
Protena

tRNA
Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula

Reacci de la RNA polimerasa (1960)

Caracterstiques de les
RNA polimerases:
Necessiten un motlle de DNA.
Els 4 ribonucletids i Mg2+
Polimeritza RNA en direcci 5 a 3,
mitjanant la formaci denllaos
fosfodister. Llegeix la cadena motlle
del DNA en direcci 3 a 5
(antiparallela i complementria a la
nova cadena dRNA).

No tenen activitat correctora

Alta processivitat

Carcter asimtric
No necessiten encebador,
suneixen a seqncies
promotores.

Inici de la transcripci (I)

La transcripci produeix una sola cadena de RNA.

Cadena Motlle i codificant

5 AAACGCUAUAGCG 3

Figura 6-13 Biologa molecular de la clula, quinta edicin ( Garland Science 2008 y Ediciones Omega 2010)

Es transcriu tot el genoma al mateix temps?

Les dues cadenes poden codificar protenes o RNAs?
Organitzaci de la informaci codificant en
un fragment del genoma dadenovirus
transcrit en les dues direccions.
5

Diferents gens, uns codificats en la cadena de dalt i altres per la

cadena de baix . Les dues cadenes codifiquen missatges diferents.
Cadena codificant 5-3
Cadena motlle 3-5
molcula de RNA 5-3del gen de dalt

5 AAACGCUAUAGCG 3

molcula de RNA 5-3del gen de baix

Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Estructura dun gen. La transcripci dun gen sinicia en un punt concret.

Promotor lloc duni de la RNA polimerasa.

La seqncia de DNA correponent a un gen tamb ens diu en quin

moment sha de fabricar el producte gnic, en quines cllules i en quina
quantitat.
Adaptat de Luque, J., y Herrez, . Texto ilustrado de Biologa Molecular e Ingeniera Gentica. Ed. Harcourt

Transcripci a procariotes
Estudis amb E.coli

Transcripci a procariotes:
Estructura de la RNA polimerasa de E.coli
* transcriu tots els RNAs
* holoenzim: Estructura de 500 kD amb sis subunitats de 5 tipus: (2) .
a
b
b
s

suneix a seqncies UP reguladores.

forma enllaos fosfodiester.
suneix al DNA.
( s el centre cataltic)
responsable de linici de la transcripci.

Core o nucli de
lholoenzim (2)
Subunitat (hi ha
diferents subunitats )

La sntesi de RNA comena en els promotors:

seqncies de reconeixement per a liniciaci
de la transcripci.

Iniciaci de la transcripci: existeixen seqncies

especfiques de reconeixement al DNA: promotors

Seqncies conservades en el promotor procariota

reconegut per la subunitat 70
Genetistes, oper lactosa, 1964.

TTGACA

Les mutacions en els promotors poden variar leficincia de la transcripci

Les mutacions a la regi -35 afecten la uni de la RNA polimerasa
Les mutacions a la regi -10 afecten la separaci de les cadenes

Seqncies consens del promotor bsic procariota.

-35
DNA motlle

TTGACA

Regi -35

-10

+1

TATAAT

Seqncia
Pribnow

Inici RNA

Aquestes dues caixes sn elements clau perqu shi uneixi la

polimerasa. Per hi ha altres elements reguladors.
Promotors forts i Promotors febles segons les seqncies.
s tant important la conservaci de la seqncia com la de la posici
relativa dels diferents elements.

La interacci de lRNA polimerasa amb el DNA:

tcnica de footprinting empremta gentica

La interacci de lRNA polimerasa amb el DNA es pot visualitzar mitjanant

la tcnica de footprinting. En la que es pot veure que la regi protegida es de
uns 60-80 bp i inclou ambdues regions de -10 i -35.
Adaptat del Stryer Bioqumica i del Lehninger Principles of Biochemistry

Indiqueu si les segents afirmacions sn vertaderes o falses:

Les RNA polimerases poden comenar la cpia dcids nucleics sense necessitat
dun encebador.

La RNA polimerasa en fase delongaci presenta una sntesi tan processiva que,
una vegada iniciada la sntesi no es desenganxa fins a trobar els senyals
dacabament.

Sentn per transcripci nicament la sntesi dun nic tipus de RNA, la

sntesi de RNAm.

A procariotes linici de la transcripci implica la uni prvia de varies protenes

a seqncies consens dels promotors perqu pugui unir-se la RNA polimerasa.

Quins sn els dos motius presents en els promotors tpics bacterians que els
defineixen i que sn necessaris pel reconeixement de lholoenzim RNA
polimerasa 70?

La subunitat de la RNA polimerasa d E. coli que reconeix als llocs promotors

sanomena: , , , , s70.

QESTIONS
Indiqueu si les segents afirmacions sn vertaderes (V) o falses (F):
- El nucli (core) de la RNA polimerasa bacteriana no es capa de
distingir entre els promotors i altres seqncies del DNA.
- El factor s confereix a lholoenzim bacteri especificitat pel
promotor.
- El reconeixement del promotor bacteri no depn de seqncies
consens.
- En bacteris es dna amb molta freqncia lsplicing alternatiu.

La tcnica de footprinting permet determinar:

a. Lhomologia entre varies seqncies de DNA.
b. Com unes protenes interaccionen amb les altres quan suneixen al
DNA.
c. A on suneixen les protenes al DNA.

Etapes de la transcripci
Tant a procariotes com a eucariotes la transcripci es dna en
tres etapes:

inici: requereix seqncies promotores.

elongaci: Allargament de la cadena de RNA
per la RNA polimerasa.

terminaci: requereix de senyals de parada o

de factors proteics.

Inici de la transcripci (I)

Etapes en la
transcripci de lRNA
polimerasa

Etapa de linici de la transcipci (uni)

Formaci del complex tancat: uni de lRNA polimerasa

reconeixement
de i uni

El DNA est
encara com a
doble hlix

Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Etapa dinici de la transcripci

Complex Obert:
el DNA t un
petit segment
desenrotllat de
17 pb.

Les subunitats i
intervenen en la
formaci del
complex obert.

La caixa Pribnow
rica en A i T s
ms fcil de
fondre (obrir).
Complex ternari:
DNA pol DNARNA 8pb.
Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Transcripci per lRNA polimerasa (elongaci)

Bombolla de transcripci.
Hbrid DNA-RNA de 8 nt.
Sntesi RNA 5 a 3.
Velocitat 40-50 nt/s.
RNA pol no es desenganxa
(processiu).

Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula

Superenrotllament del DNA provocat per la transcripci

Lelongaci produeix una tensi en el DNA i provoca:
-superenrotllament positiu pel davant de la bombolla de transcripci.
-superenrotllament negatiu pel darrera la bombolla.

Menys
enrotllat

Ms
enrotllat

Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Terminaci de la transcripci independent de rho

Hairpin (ganxo) de terminaci
Depn noms de la seqncia

2 seqncies
palindrmiques riques
en CG, i a continuaci
es troben vries T.

Es forma aquesta estructura

secundria hairpin molt a
prop de la bombolla, molt
estable pel contingut de CG.

Figura de Garret & Grisham: Biochemistry, 2a Fig 31.7

Model de Terminaci de la transcripci

independent del factor Rho

Disminueix la
velocitat de la
polimerasa i la
transcripci al
trobar les CG.

Crea tensi i
impediment estric

Aparellament
A=U feble

Amb lestructura
secundria del RNA
i a ms les unions
febles al motlle U=A,
tot plegat fa que la
polimerasa es pari i
el RNA es
desenganxi sortint
del complex.

Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Terminaci de la transcripci dependent del factor Rho:

Depn de la seqncia del DNA i de la protena Rho.
Regi seqncia rica en GC
Disminueix velocitat
polimerasa

s una helicasa que t 6 subunitats

senganxa a lRNA.

es desplaa per lRNA de 5a 3.

trenca la hibridaci RNA-DNA.

i desf el complex.

Figura 28-12 Stryer 5a Ed

Rho-Dependent Transcription Termination

(depends on a protein AND a DNA sequence)

G/C -rich site

RNAP slows down

Rho helicase
catches up

Elongating complex is disrupted

Indiqueu si les segents afirmacions sn vertaderes o falses:

A procariotes lholoenzim de la RNA polimerasa conservar totes

les subunitats al llarg de la transcripci.
Els exons constitueixen les seqncies codificants del genoma del
bacteri.
En el cas de la sntesi dels mRNAs el promotor del gen no es
transcrit.
Els gens tenen seqncies que indiquen el seu inici, el seu
acabament i altres que regulen la seva expressi.
La RNA polimerasa bacteriana acaba la transcripci quan troba una
seqncia rica en CG seguida duna altra de vries T.

QESTIONS

Les funcions de la RNA polimerasa inclouen:

a. Buscar els llocs del promotor.
b. Desenrotllar fragments curts del DNA.
c. Detectar els senyals de terminaci.
d. a i c.
e. a, b, i c.
Lestructura del DNA ha destar ________________ perqu tingui lloc la
transcripci.
a. Complex en el promotor tancat.
b. Complex en el promotor obert.
Quines de les segents afirmacions caracteritzen millor la terminaci de la
transcripci?
a. Les seqncies senyal de terminaci de la transcripci es troben a dins
del transcrit.
b. Les seqncies senyal es troben en el DNA aproximadament a 30 pb
ms avall del lloc de terminaci.
c. La transcripci acaba quan la polimerasa arriba a un cod dstop.
d. La transcripci acaba quan la polimerasa arriba al promotor del gen
adjacent.
e. La transcripci acaba quan la polimerasa arriba al cod dinici del gen
segent.

On t lloc la regulaci de lexpressi gnica

en procariotes? Punts de control.

DNA
Transcripci
Trnscrit primari

Regulaci de linici de
la transcripci a
bacteris

GEN
Nucletids

RNAm madur
Traducci
Protena
(inactiva)
Modificaci
postraducci
Protena
modificada
(activa)

Aminocids

Degradaci
proteica
Direccionament de la
protena i transport

Expessi gnica
constitutiva. s la
que es dona en tots
aquells gens que es
necessiten
contnuament. Factor
Sigma.
Expressi gnica
regulada, que depn
de la influencia de
protenes
reguladores: inducci
i repressi

Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Diferents subunitats sigma, que reconeixen seqncies

diferents, sn essencials per liniciaci de la transcripci

70 reconeix el promotor estndard housekeeping per les funcions

bsiques de la cllula.
Altres subunitats sigma alternatives controlen operons especfics que
sactiven en determinades condicions destrs o de creixement:
32 reconeix el promotor de xoc trmic.
54 reconeix el promotor de protenes que usen fonts alternatives de
nitrogen.

Variacions de les seqncies promotores respecte de la consens i la

utilitzaci de diferents subunitats ja s una forma de regulaci gnica
especfica.

Expressi gnica regulada en E. coli

- Regulaci a travs de protenes reguladores

model regulaci positiu

model regulaci negatiu
- Concepte dOper
- Operons lac i triptofen : models de regulaci

Patrons de regulaci de linici de transcripci a

procariotes. Regulaci positiva.
Lactivador facilita la transcripci
unint-se a la seqncia reguladora.

Lactivador suneix a lDNA

si esta associat a una molcula senyal
(efector) i llavors activa la
transcripci.
molcula senyal

Una molcula senyal (efector) causa

dissociaci de la protena activadora
de lDNA, inhibint la transcripci.
Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula

Quan disminueix la conc. De la

molcula senyal causa dissociaci de
la protena activadora de lDNA.
Ex. Protena CAP oper lactosa.

Patrons de regulaci de linici de transcripci a

procariotes. Regulaci negativa per protenes repressores

El repressor per si sol suneix al
DNA (seqncia de l
operador) i inhibeix la
transcripci.

El repressor suneix al DNA

noms si esta associat a una
molcula senyal (efector) i llavors
inhibeix la transcripci.
molcula senyal

Una molcula senyal

(efector) causa la dissociaci
de la protena
repressora del DNA i permet
la transcripci. Ex. Protena
repressora oper Lactosa.

Quan disminueix la conc. De la molcula

senyal causa dissociaci de la protena
repressora de lDNA.
Ex. Protena repressora oper triptofan.
Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula

Oper procariota: centre operador, gens reguladors

i gens estructurals
La majoria de gens procariotes estan agrupats i es regulen en operons.
Un oper est constitut per un grup de gens estructutrals, un promotor i
seqncies addicionals que funcionen conjuntament en la regulaci.
Generalment el transcrit dun oper s un RNAm policistrnic.
Lloc duni
de lactivador

Lloc duni
del repressor
(operador)

Seqncies reguladores

1960
Franois Jacob
Jaques Monot

Gens transcrits
com una unitat

RNAm policistrnic.
Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Gens estructurals de loper lac

La activaci de lOper lac permet la utilitzaci
de la lactosa com a nica font de carboni

Loper Lac cont:

- 3 gens estructurals:
Galactosidasa
Permeasa
Transacetilasa
-un promotor per aquests gens.
-sequncies reguladores (operador i CAP site)
-una seqncia que codifica per un repressor i i el
seu promotor que controla la seva lexpressi.
Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry
esquerre i......

Exemple de regulaci en procariotes

Oper lac
El objectiu de la regulaci s modificar la transcripci de loper
lac, amb dues molcules senyal que sn clau: alollactosa i AMPc.
Control negatiu
Lelement de regulaci s una protena repressora unida al DNA
que quant suneix a la alol.lactosa, perd afinitat per lDNA i permet
la transcripci.
Control positiu
Lelement de regulaci s un activador, CRP o protena receptora
dAMPc (CAP, catabolit gene activator) que quant suneix a lAMPc
activa la transcripci.

Loper lac s
regulat
negativament
El repressor unit
a loperador no
hi ha
transcripci

mRNA policistrnic

b-Galactosidasa
Permeasa
Transacetilasa

McKee 2003, 1 ed.

Seqncia del promotor Lac

La regulaci de lOper lac t lloc a nivell de loperador.

Promotor
(uni de la RNA polimerasa)

Seqncia simtrica
Repressor 2 dmers

Inici de transcripci
Operador
(uni del repressor lac)

DNA
Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Inici de la transcripci (I)

Dos dmers del repressor lac suneixen a loperador

principal i a un dels dos llocs secundaris, formant un lla

Creixement de bacteris en presncia de

glucosa i lactosa

Fenomen de
repressi
catablica

Jaques Monod
1941

Activitat galactosidasa

Aix s deu a que hi un segon control a travs de la protena reguladora CAP

(catabolite activator protein o protena receptora dAMPc).

Regulaci positiva de loper lac

a travs de la protena CRP o CAP (cAMP receptor protein)

el lloc CRP-AMPc
s palindrmic

Motiu hlixturn-hlix
DNA unit a
lhomodmer CRP
(cAMP receptor
protein)

cAMP
Glucosa Baixa

AMPc alt

Uni a lRNA
polimerasa
Domini
dactivaci
CRP unit AMPc

Uni a DNA

Activaci transcripci

Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry, de lAlberts Biologia Molecular de la Clula i del Stryer i col.Bioqumica

Paper del cAMP

Acci combinada de glucosa i lactosa en loper lac

Glucosa
AMPc
El repressor sempre esta lligat. Perqu hi hagi
activaci s necessari que hi hagi lactosa i a ms
la uni de CRP

Glucosa
AMPc
Raonament: Hi ha transcripci quan hi ha poca glucosa
Primer saprofita la glucosa i desprs la lactosa
Adaptat de Lehninger i col. Principles of Biochemistry

Model dual de regulaci:

Loper no es transcriu perqu

CAP no est unida, encara que
el repressor no est unit.
Loper no es transcriu perqu el
repressor est unit i CAP no est
unida.
Loper no es transcriu perqu
est unit el repressor, a pesar de
que CAP est tamb unida.
Loper es transcriu perqu CAP
est unida i no hi ha repressor.

Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula

Exemple de control negatiu:

oper del triptfan

Enzims per
la biosntesi
de triptfan.

Nivell baix triptfan

Nivell alt triptfan

Adaptat de lAlberts i col. Biologia Molecular de la Clula

La uni del triptfan augmenta la distncia entre les dues hlix

de reconeixement, canvi de conformaci i uni a lDNA.

Indiqueu si les segents afirmacions sn vertaderes o falses:

Els gens procariotes poden estar organizats en forma doperons, no tenen

introns ni es poliadenilen i solen ser policistrnics.

Un oper s un conjunt de senyals reguladores que controlen la

transcripci dun conjunt de gens estructurals adjacents, tots sota el
control dun nic promotor.

La protena CAP (catabolite activator protein) activa lexpressi de

loper Lac quan suneix a lAMPc.

Els promotors sn seqncies que regulen el lloc en el que sinicia la

transcripci dun gen i la freqncia de la seva expressi bassal.

Quan hi ha nivells elevats de triptfan, el repressor del triptfan est unit

a loperador i bloqueja laccs de la RNA polimerasa al promotor. s
tracta dun exemple de regulaci negativa.