Isolation and Screening of

Microorganisms

Nyoman S. Antara, Ph.D.

Industrial Microbiology

Isolasi Mikroorganisme
Mikroba di alam selalu tercampur
Isolasi mikroba untuk produk yang spesifik
Sumber mikroba
Jenis Mikroba
Produk spesifik:

Metabolite products
Enzyme
Transformation compounds
Biomass

Isolasi Bakteri
Memisahkan

bakteri dari campuran

mikroba
Kultur (spesies) tunggal untuk dipelajari
lebih lanjut
Dua metode konvensional isolasi
bakteri:
Metode cawan gores
Metode cawan tuang

Cawan Gores

Cawan Tuang

Isolation of Lactic Acid Bacteria from Urutan

Uruta
n

GYP medium (per L)

Day Day Day Day

1
2
3
5

GYP medium

Isolation
From day

Number of
isolates

19 22

19 11

Total
71

Glucose
Yeast extraxt
Peptone
Beef extract
Na-acetate 3H2O

10 g
10 g
5g
2g
2g

Tween 5% sol.
Salt sol.*
Bromocresol purple
Agar
CaCO3

10 ml
5 ml
60 mg
12 g
5g

pH 6.8
*each ml contains: MgSO4 7H2O, 40 mg;
MnSO4.4H2O, 2 mg; FeSO4.7H2O, 7 mg;
NaCl, 2 mg

Phenotypic characterization
71
isolates

Gram staining and

catalase test

Cell morphology
Gas production from glucose
Utilization of sugars
Growth at various temperatures
Rod: 9 groups
Cocci: 4
groups

13 representative isolates:
Stereoisomers of lactic acid
Sequence of 16S rDNA

Penapisan/Screening
Seleksi

mikroba tertentu
Uji produksi
Uji produktivitas
Seleksi gen
Rekayasa genetik

Isolasi Actinomycetes

Actinomycetes : anggota family dari Actinomycetales

Dieksploitasi untuk produksi antibiotik, enzim, dan
senyawa komersial lainnya
Hampir 5000 paten sudah dihasilkan dari klas
actinomycetes
Streptomyces merupakan genus yang paling banyak
dieksploitasi
Actinomycetes dapat ditemukan di mana-mana,
tanah merupakan reservoar paling besar, juga
diisolasi dari sedimen lumpur danau, sungai, dan
juga dari fresh water dan marine environment

Selective Pretreatment
Pretreatment

Selection for

Dry heat, 120oC for 1 h

Micromonospora,
Microbispora, and
Streptosporangium

Moist heat, 45oC for 2 h

Rhodococcus

Moist heat, 50oC for 10 min

Elimination of spreading
bacterial colonies on soil
plate

Moist heat, 70oC for 30 min

Micromonospora

Selective Media
Actinomycetes dapat survive dan tumbuh
pada media dengan nutrisi sangat rendah
Media dengan carbon-to-nitrogen ratio yang
tinggi
Kandungan sumber karbon dan nitrogen yang
kompleks mengurangi tumbuhnya bakteri
Ke dalam media harus ditambahkan
cycloheximide (50 ug/ml) dan nystatin (50
ug/ml) untuk mencegah tumbuhnya fungi

Incubation Condition
Suhu inkubasi 25 30oC
Streptomyces diinkubasi selama 7 14 hari
Micromonospora diinkubasi selama 14 21
hari
Genera lain perlu tambahan waktu inkubasi 3
5 minggu
Actinomycetes termofilik diinkubasi pada suhu
45 50oC, selama 2 5 hari, cawan di cek
setiap hari

Preservation of Isolates

Isolate Actinomycetes jangan disimpan dengan agar

miring
Lyofilisasi digunakan untuk preservasi dalam jangka
waktu lama
Sering digunakan cryoprotective: susu skim, beef
serum, 12% sucrose broth steril
Pembekuan juga bisa digunakan untuk mengawetkan
Actinomycetes
Viabilitas terbaik bila disimpan pada suhu -70 oC
Penggunaan suhu -20 50oC dapat bertahan 1 5
tahun

Isolation of Filamentous Fungi

Materials
Collecting

Samples

Media
Basic

Techniques
Purifying Cultures
Maintaining Cultures
Identification

Filamentous Fungi

Eucaryotic organism
Occupy a wide range of habitats
Oriental foods, soy sauce and tempe, and European
cheeses
Six general catagories of fungal products:

Organic acids
Pharmaceuticals
Enzymes
Insecticides
Polysaccharides
biomass

Citric acid produced by A. niger