Professional Documents
Culture Documents
DNA
disusun oleh:
Emilda Lailia
(125130100111023)
Dzikria Shoimah
(125130100111024)
Amalia Citra D.
(125130100111036)
Bona Ari S.
(125130100111037)
Bagus I.
(125130101111027)
Wahyu Retno P.
(125130101111029)
Didik Afif S.
(125130107111004)
Deny Hairurrozikin (125130107111015)
Kelas : B/2012
BAB I
PENDAHULUAN
1.1
Latar belakang
Era penemuan materi genetik dibuka oleh F.Miescher dengan menggunakan
mikroskop sederhana,dia menyatakan bahwa bahan aktif yang ada di dalam nukleus disebut
sebagai nuclein. Peneliti ini belum bisa menentukan apakah nuklein ini kromosom ataukah
DNA. Kromosom ditemukan pada awal abad ke 19, merupakan struktur seperti benang pada
nukleus sel eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah. Pada organisme diploid ,
kromosom berjumlah diploid (2 set) pada setiap selnya. Kromosom dapat dibedakan menjadi
kromosom autosomal dan kromosom seks. Kedua set kromosom tersebut membawa gen-gen
yang berpasangan,kecuali pada kromosom-Y.
Gen adalah unit hereditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material
genetik organisme,yang kita kenal sebagai molekul DNA , atau RNA pada beberapa virus.
Ekspresi gen dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti perkembangan fisik
atau perilaku dari organisme itu. Gen tersusun atas basa nukleotida baik yang mengkode
suatu informasi genetik (coding gene region as exon)dan juga daerah yang tidak mengkode
informasi genetik(non-coding-gene region as intron), serta bagian yang mengatur ekspresi
gen (regulatory sequence).
Molekul DNA membawa informasi hereditas dari sel dan komponen protein
(molekul-molekul histon) dari kromosom mempunyai fungsi penting dalam pengemasan dan
pengontrolan molekul DNA yang sangat panjang sehingga dapat muat di dalam nukleus dan
mudah diakses ketika dibutuhkan. Selama reproduksi , jumlah kromosom yang haploid dan
material genetik DNA hanya separoh dari masing-masing parental,dan disebut sebagai
genom.
1.2
Tujuan
1.2.1 Memahami stuktur dan bentuk DNA.
1.2.2 Memahami cara sintesis dari DNA.
1.2.3 Memahami cara replikasi dari DNA.
BAB II
PEMBAHASAN
2.1
Struktur DNA
Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan
berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein histon.
Bentuk DNA
Pada tahun 1953, berdasar hasil penelitian dari Rosalind Franklin, James Watson and
Francis Crick, DNA diketahui berbentuk double helix. Terdiri dari dua pita yang berpilin
menjadi satu.
Gambar 1. Bentuk
DNA double helix
Gambar ditengah menunjukkan model double helix, yang merupakan struktur DNA. Double
helix terdiri dari dua rantai, satu berwarna biru, dan satunya kuning. Contoh helix misalnya
pada rajutan tali, seperti pada gambar sebelah kanan.
Penyusun Utama DNA
Sesuai dengan namanya, Deoxyribose Nucleic Acid. Penyusun utama DNA adalah
gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen (deoksiribose).
Gambar 3. Nukleotida
Satu hal yang perlu diingat adalah posisi triphosphate dan basa nitrogen yang terikat pada
ribosa. Gugus triphosphat terikat pada atom C no 5 dari ribosa (Lihat gambar di atas). Gugus
triphosphate ini hanya dimiliki oleh nukleotida bebas. Sedangkan nukleotida yang terikat
pada rantai DNA kehilangan dua dari gugus phosphate ini, sehingga hanya satu phosphate
yang masih tertinggal
Bentuk
Gambar 6. Ikatan
DNA
Hidrogen
Antara Basa-Basa Nitrogen
2.2
Sintesis DNA
A. Replikasi DNA
Setiap sel dapat memperbanyak diri dengan cara membelah. Sebuah sel membelah
menjadi 2 sel, 2 sel membelah menjadi 4 sel, 4 sel membelah menjadi 8 sel dan seterusnya.
Sebelum sel membelah, terjadi perbanyakan komponen-komponen di dalam sel termasuk
DNA.Perbanyakan DNA dilakukan dengan cara replikasi. Dengan demikian, replikasi adalah
proses pembuatan (sintesis) DNA baru atau penggandaan DNA di dalam nukleus. Pada saat
replikasi berlangsung, DNA induk membentuk kopian DNA anak yang sama persis sehingga
DNA induk berfungsi sebagai cetakan untuk pembentukan DNA baru.
Proses replikasi dimulai pada beberapa daerah spesifik dari rantai DNA, disebut pangkal
replikasi. Beberapa tahapan dan enzim yang berperan dalam sintesis protein, antara lain:
a) DNA helikase, berfungsi untuk membuka rantai ganda DNA induk.
b) Enzimprimase, membentuk primer yang merupakan segmen pendek dari RNA sebagai
pemula untuk terjadinya sintesis protein.
c) Dari ujung 3 RNA primer, DNA polymerase menambahkan pasangan basa nitrogen
(darinukleotida-nukleotida) pada rantai tunggal DNA induk dan terbentuk rantai DNA
yang bersambungan secara kontinyu (tanpaterpisah-pisah) yang disebut leading
strand.
d) Pada rantai tunggal DNA induk yang lain, DNA polymerase membentuk lagging
strand (merupakan keseluruhan rantai kopian DNA yang pertumbuhannya tidak
kontinyu) dengan memperpanjang RNA primer-RNA primer di beberapa tempat
sehingga membentuk segmen-segmen DNA baru yang saling terpisah. Segmensegmen itulah yang disebut fragmen Okazaki.
e) DNA polimerase yang lainnya, menggantikan RNA primer dengan DNA dan enzim
ligase menghubungkan segmen-segmen okazaki, sehingga terbentuk salinan DNA
baru.DNA baru yang telah terbentuk (identik dengan DNA induk) akan melanjutkan
tahapan untuk mensintesis protein yaitu tahapan transkripsi dan translasi.
B. Transkripsi
Pada tahapan ini, DNA akan membentuk RNA dengan cara menerjemahkan kodekode genetik dari DNA. Proses pembentukan RNA ini disebut transkripsi, yang menghasilkan
3 macam RNA seperti yang telah kalian ketahui sebelumnya, yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA.
Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma dan diawali dengan membukanya rantai ganda DNA
melalui kerja enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai rantai cetakan
atau rantai sense, rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut rantai anti sense. Tidak
seperti halnya pada replikasi yang terjadi pada semua DNA, transkripsi ini hanya terjadi pada
segmen DNA yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh karena itu, nukleotidanukleotida pada rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA dikenal sebagai
unit transkripsi.
3) Terminasi (Pengakhiran)
Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter
berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali
seperti semula dan RNA polimerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan
terbentuklah mRNA yang baru.
Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai
mRNA. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan
menjadi mRNA yang fungsional (aktif) setelah malalui proses tertentu terlebih dahulu.
Dengan demikian, pada rantai tunggal mRNA terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen
yang merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA.
Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida mRNA hasil transkripsi ini disebut
sebagai triplet atau kodon.
C. Translasi
Setelah replikasi DNA dan transkripsi mRNA di dalam nukleus, mRNA dari nukleus
dipindahkan ke sitoplasma sel. Langkah selanjutnya adalah proses translasi RNA m untuk
membentuk protein. Translasi merupakan proses penerjemahan beberapa triplet atau kodon
dari RNA m menjadi asam amino-asam amino yang akhirnya membentuk protein. Urutan
basa nitrogen yang berbeda pada setiap triplet, akan diterjemahkan menjadi asam amino yang
berbeda. Misalnya, asam amino fenilalanin diterjemahkan dari triplet UUU (terdiridari 3 basa
urasil), asam amino triptofan (UGG), asam amino glisin (GGC), dan asam amino serin UCA.
Dalam proses translasi, sel menginterpretasikan suatu pesan genetik dan membentuk
protein yang sesuai. Pesan tersebut berupa serangkaian kodon disepanjang molekul
mRNA, interpreternya adalah RNA transfer. Setiap tipe molekul tRNA menghubungkan
kodon tRNA tertentu dengan asam amino tertentu. Ketika tiba di ribosom, molekul tRNA
membawa asam amino spesifik pada salah satu ujungnya. Pada ujung lainnya terdapat triplet
nukleotida yang disebut antikodon, yang berdasarkan aturan pemasangan basa, mengikatkan
diri pada kodon komplementer di mRNA. tRNA mentransfer asam amino-asam amino dari
sitoplasma ke ribosom.
Translasi menjadi tiga tahap yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini
memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses
translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi
ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
1) Inisiasi Translasi
Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa sandi bagi
asam amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian inisiator tRNA. Selanjutnya,
molekul besar ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut membentuk
kompleks inisiasi.Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari
sitoplasma menujuri bosom dengan menggunakan energi GTP dan enzim.Bagian ujung tRNA
yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen.Sementara, ujung yang lain
membawa satu jenis asam amino dari sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu tersebut
diaktifkan oleh tRNA tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon
(pengkodeasam amino) pada mRNA.
amino. Misalnya, tRNA membawaa sam amino fenilalanin, maka antikodon berupa AAA
kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin tersebut dihubungkan
dengan metionin membentuk peptida. Melalui proses elongasi, rantai polipeptida yang sedang
tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan asam amino.
3) Terminasi
Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan kodon
UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah terbentuk akan
dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk protein fungsional.
2.3
Replication fork adalah struktur yang terbentuk ketika DNA mengalami replikasi karena
kerja enzim helicase.
Leading Strand adalah untaian DNA yang disintesis dengan arah 5'3' secara
berkesinambungan oleh enzim DNA polymerase
Lagging Strand adalah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan
dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen
yang disebut Fragmen Okazaki.
Fragmen Okazaki adalah DNA pendek yang terbentuk di lagging strand saat proses replikasi
DNA. Selanjutnya akan dihubungkan oleh enzim ligase sehingga untai menjadi DNA
kontinyu.
Enzim Helicase adalah enzim yang berfungsi mengurai pilinan heliks dengan memotong
ikatan hydrogen antar basa untai ganda DNA sehingga terpisah menjadi 2 untai tunggal DNA.
Single Strand Binding Protein (SSBP) adalah protein yang berfungsi melindungi untai
tunggal DNA agar tidak bergabung kembali setelah dipisahkan oleh helicase (menstabilkan
untai tunggal DNA).
DNA Primase adalah enzim untuk sintesis RNA primer dalam mengawali pembentukan
DNA baru pada leading strand atau DNA fragmen Okazaki pada lagging strand oleh DNA
Polimerase.
DNA Polimerase adalah enzim yang memanjangkan rantai DNA baru dengan cara
membentuk ikatan fosfodiester yang merangkaikan C 5 dari suatu nukleotida ke C 3
nukleotida yang lain. Karena fungsinya memanjangkan dalam sintesis untai DNA, maka
enzim ini memerlukan RNA primer sebagai awalan.
Ligase adalah enzim yang berfungsi menyambungkan fragmen-fragmen DNA menjadi rantai
yang lebih panjang.
Gambar 14. Relikasi DNA a. Teori Konservatif, b. Teori Semikonservatif. c. Teori Dispersif
3.1.Teori Konservatif
Menurut hipotesis ini, rantai ganda DNA induk langsung membentuk salinan berupa
rantai ganda DNA baru tanpa ada pemisahan rantai ganda DNA induk terlebih dahulu.
Replikasi pertama menghasilkan dua rantai ganda DNA, terdiri dari satu rantai ganda DNA
induk dan satu rantai ganda DNA yang benar-benar baru. Pada replikasi kedua, masingmasing rantai ganda DNA tersebut langsung membentuk salinan DNA yang baru lagi.
Akhirnya, menghasilkan empat buah DNA. Satu DNA tetap merupakan DNA induk yang
utuh dan tiga DNA merupakan DNA baru.
3.2.Teori Semikonservatif
Hipotesis model semi konservatif ini dikemukakan oleh Watson dan Crick,
menyatakan bahwa rantai ganda DNA induk membuka atau memisah terlebih dahulu
sehingga terbentuk dua buah rantai tunggal DNA. Masing-masing rantai tunggal tersebut
berfungsi sebagai cetakan untuk membentuk rantai tunggal DNA baru, melalui pembentukan
pasangan basa yang komplementer dengan basa nitrogen DNA induk. Dengan demikian, hasil
replikasi pertama adalah dua buah DNA.
Masing-masing DNA terdiri dari satu rantai tunggal induk dan satu rantai tunggal
yang baru. Pada replikasi kedua, masing-masing rantai ganda DNA tersebut membuka
kembali sehingga dihasilkan empat buah DNA. Dua buah DNA mengandung rantai tunggal
induk dan dua buah DNA yang lain merupakan rantai DNA baru.
Berikut penjelasan secara sederhana mengenai tahapan replikasi teori
semikonservatif,
3.3.Teori Dispersif
Rantai ganda DNA hasil replikasi pertama maupun replikasi ke dua dari DNA induk
mengandung segmen campuran antara rantai DNA induk dan rantai DNA baru. Artinya,
rantai ganda DNA salinannya terdiri dari dua rantai tunggal DNA yang masing-masing
mengandung segmen (bagian atau potongan) DNA induk dan segmen DNA baru.
Pada akhir tahun 1950-an, Matthew Meselson dan Franklin Stahl melakukan
percobaan untuk menguji ketiga hipotesis tersebut. Ternyata, hasil percobaannya mendukung
hipotesis atau ide dari Watson dan Crick yaitu model semi konservatif.
BAB III
PENUTUP
3.1
Kesimpulan
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) berbentuk double helix, terdiri dari dua pita yang
berpilin menjadi satu. Penyusun utamanya adalah gula ribose yang kehilangan satu atom
oksigen (deoksiribose). Sintesis DNA terjadi melalui tahap replikasi, transkripsi dimana
terjadi inisiasi, elonasi, dan terminasi. Tahap replikasi dan transkipsi berlansung di nucleus.
Dan tahap selanjutnya adalah translasi sehingga terbentuk protein-protein yang funsional.
Sama seperti transkipsi, pada tahap translasi juga terjadi proses inisiasi translasi, elonasi, dan
terminasi. Tahap translasi berlansung di sitoplasma atau tepatnya di ribosom.
Replikasi DNA merupakan proses perbanyakan rantai double helix DNA dengan
masing-masing untai DNA yang ada bertindak sebagai cetakan (template) untuk untai
komplementer yang baru. Terdapat 3 teori replikasi DNA yaitu Teori Konservatif, Teori
Semikonservatif, dan Teori Dispersif. Namun melalui hasil percobaan Matthew Meselson dan
Franklin Stahl teori atau hipotesis atau ide yang dari tepat adalah model semikonservatif.
rantai ganda DNA induk membuka atau memisah terlebih dahulu sehingga terbentuk dua
buah rantai tunggal DNA. Masing-masing rantai tunggal tersebut berfungsi sebagai cetakan
untuk membentuk rantai tunggal DNA baru, melalui pembentukan pasangan basa yang
komplementer dengan basa nitrogen DNA induk. Dengan demikian, hasil replikasi pertama
adalah dua buah DNA.
Daftar Pustaka
Albert, B., D. Bray, J. lewis, M. Raff, K. Roberts, J.D. Watson. 1994. Molecular Biologyof the cell. Garland
Publishing, Inc, New York.2.
Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchell, L.G. 2002.Biologi.Alihbahasalestari, R. et al.safitri,
A.,Simarmata, L., H ardani,H.W. (eds). Erlangga, Jakarta.3.
Reksoatmodjo, S.M.I. 1993. Biologi Sel .DepartemenPendidikandankebudayaan,Direktorat
Jendral Pendidikan Tinggi,Proyek Pembinaan Tenaga Kependidikan,Pendidikan
Tinggi.4.
Watson, J.D., T.A. Baker, S.P. Bell, A. Gann, M. Levine, R. Losick. 2008. Molecular Biology of The Gene.
Pearson Education, Inc, San Francisco.
Rochmah, S. N., Sri Widayati, Mazrikhatul Miah. 2009. Biologi : SMA dan MA Kelas XII.
Pusat Perbukuan, Departemen Pendidikan Nasional, Jakarta, p. 282.