HETERO

POLSAKKARTLER
FEYZA UBUK

LOGO

 Heteropolisakkaritler; glikozid
balar ile balanm
monosakkaritler ve monosakkarit
trevlerinin yannda slfat, fosfat
gibi baz ek gruplar ieren yksek
molekl arlkl polimerlerdir.

LOGO

Heteropolisakkaritlerin
snflandrlmalar
1

Glikozaminoglikanlar

Proteoglikanlar

Glikoproteinler

Glikolipitler

LOGO

Proteinlerin fonksiyonlarn
formlar belirler.

Konformasyon
Her bir atomun bir molekldeki
uzaysal durumunu gsterir.
Deiik konformasyonlardaki
molekller-konformerler arasndaki
dnm, kovalent ba ykm
olmaksnzn tek balarn etrafnda
dnme ile gerekleir.

Konfigrasyon
Bir grup atomun
geometrik ilikisini ifade
eder. (L- ve Daminoasitleri gibi)
Deiik
konfigrasyonlarn
birbirine dnmesi,
kovalent balarn ykm
ve yapmn gerektirir.

LOGO

kincil yapsal
blgeler aras ilikileri
kapsar.

Cycle Diagram
Gen kodlamas

ncl
yap

Drdncl
yap

Deiik tipte
polipeptitlerin
Text
uzaysal ilikilerini
tanmlar.

Polipeptitlerin
hidrojen bal
motiflere
.
katlanmasndan
oluur

kincil
yap

Polipeptit
Birincil
yap

Aminoasitlerin
dizilimi

LOGO

LOGO

BRNCL YAPI
Kovalent peptit balar ile kararl durumda
tutulurlar. Daha yksek yap dzeyleri,
daha zayf balarda ok sayda hidrojen
balar, elektrostatik balar ve hidrofobik
gruplarn birlemesi ile kararl hale gelirler.

www.themegallery.com

LOGO

KNCL YAPI
Peptit balar mmkn olan ikincil
konformasyonlar snrlandrmaktadr.
Serbest dn polipeptit iskeletinin
kovalent bandan sadece ikisinin
evresinde mmkndr.
Karbonil karbon (Co) ve alfa karbon
(C) arasndaki arasndaki a () psi,
alfa karbon ve azot ba arasndaki
a () phi olarak adlandrlr.
Glisin dndaki aminoasitler iin phi
ve psi alarnn kombinasyonlarnn
ou sterik engelleme nedeni ile LOGO
mmkn deildir.

KNCL YAPI

En sk grlen ikincil yap trleri -helezon

ve -helezon katlanm tabakalardr. Dier
konformasyonlar ise ilmik, dn, bklm
zellikleri gsterir.

LOGO

KNCL YAPI
-Helezon
Polipeptit iskeleti her bir karbonla
-57 derecelik bir phi as ve -47
derecelik bir psi as kadar eit
miktarda dn yapar. Bir helezonun her bir aminoasitinin R
grubu dar bakar.
Proteinlerde sadece sa ynl helezon bulunur.

LOGO

KNCL YAPI
-Helezon

LOGO

Karbonil atomu ve hidrojen atomu

arasndaki ba
Peptit ba azotu ve hidrojen atomu
arasndaki ba

-Helezon
yapnn
kararll

Maksimum sayda hidrojen

oluturma kapasitesi

LOGO

KNCL YAPI
-Helezon
Birok -helezon ekseninin bir tarafnda
ounlukla hidrofilik gruplar ierir.
Amfipatik helezonlar polar ve polar d
blgeler arasndaki arayzlerin oluumuna
uyum salar. Spesifik polar molekllerin
hidrofobik hcre zarlarnn geebilecei bir
kanal ya da por oluturabilirler.

LOGO

KNCL YAPI
-Helezon
tabakann peptit omurgas olduka
uzam durumdadr. Birbiri ile komu R
gruplarnn ters yne iaret ettikleri
katlanm yapya sahiplerdir.
Kararllklarn peptit balarnn karbonil
oksijenleri ve amid hidrojenleri arasnda
oluan hidrojen balarndan alrlar.

LOGO

KNCL YAPI
-Helezon
Paralel tabaka ve
antiparalel tabaka
konformasyonlar bulunur.

LOGO

KNCL YAPI
lmik ve kvrmlar
lmikler, birok enzimde sbstratlarn
balanmasndan sorumlu olan blgeler
arasnda kpr kurar. Sklkla katalize katlan
aminoast kalntlar ierir.
Helezon-ilmik-helezon motifleri reseptr ve
transkripsiyon faktr gibi birok DNA
balayc proteinin balama blgesini
oluturur.
lmik ve bklmler proteinlerin yzeyinde
yerleim gsterdiinden antikorlarn balamas
ve tannmas iin kolayca eriilebilir blgeler
ieririler.

LOGO

NCL YAPI
kincil yaplarn birbirine olan durumlar ve
oluturduklar blgelerin tamamn kapsar.
Domain, protein yapsnn bir substrat veya baka
bir ligant balanma gibi belirli kimyasal ya da
fiziksel ilevi yerine getirmeye yeterli olan
blmdr. Dzenleyici domainler, kovalent
deiiklikler ya da allosterik elementlerin
balanmasna yant olarak proteinlerin ilevlerinde
deiiklikler balatrlar. Her domain substrat
balamaz.

LOGO

DRDNCL YAPI
Bir proteinin polipeptit bileimini ve
bir oligomer protein iin protomer
veya alt birimleri arasndaki uzaysal
ilikileri tanmlar.
Domain, protein yapsnn bir substrat
veya baka bir ligant balanma gibi
belirli kimyasal ya da fiziksel ilevi
yerine getirmeye yeterli olan blmdr.
Dzenleyici domainler, kovalent
deiiklikler ya da allosterik
elementlerin balanmasna yant olarak
proteinlerin ilevlerinde deiiklikler
balatrlar. Her domain substrat
balamaz.

LOGO

NCL VE DRDNCL
YAPILARDA KARARLILIK
Hidrofobik etkileimler:
hidrofobik aminoasitlerin yan
zincirlerini proteinin i ksmna
iterek sudan korurlar.
Lizil, arginil ve histidil
kalntlarnn zt ykl yan
zincirleri arasndaki
hidrojen balar
Sistein kalntlarnn
slfhidril gruplarn
balarlar.
Bu zayf etkileimler
4-30 kj/mol ile
yklabilir ancak
yeknleri nemli Van

Nonkovalent etkileimler

Hidrojen balar

Dislfid balar

der walls etkileimleri

LOGO

NCL VE DRDNCL
YAPILARDA KARARLILIK
Hidrofobik etkileimler:
hidrofobik aminoasitlerin yan
zincirlerini proteinin i ksmna
iterek sudan korurlar.
Lizil, arginil ve histidil
kalntlarnn zt ykl yan
zincirleri arasndaki
hidrojen balar
Sistein kalntlarnn
slfhidril gruplarn
balarlar.

Nonkovalent etkileimler

Hidrojen balar ve tuz kprleri

Dislfid balar

Bu zayf etkileimler
4-30 kj/mol ile
yklabilir ancak
yeknleri nemli

LOGO

 BOYUTLU YAPI
Nkleer manyetik
rezonans spektroskopisi

Molekl
modelleme

X-nlar kristallografisi

3 boyutlu
yap
saptanmas

Laue x-nlar
kristallografisi

LOGO

 BOYUTLU YAPI
X-IINLARI KRSTALLOGRAFS
Protein yapsnn aa karlmas iin byk
ve dzenli kristaller oluturacak koullarda
ktrlmelidir. Bu koullar scaklk, pH,
tuzlarn ya da peg gibi organik znenlerin
varl ayarlanarak salanmaktadr.
ncelikle protein kristalleri sv azot iinde
dondurularak yksek rezolsyonlu veri grubu
elde edilmektedir.
X-nlar, izledikleri yolda atomlar tarafndan
krlarak oluturduklar paternler fotorafik bir
plaka veya onun bir bilgisayar edeeri
zerinde, deien iddetlerdeki lekelerin
dairesel paterni olarak kaytlanmaktadr.
LOGO

 BOYUTLU YAPI
X-IINLARI
KRSTALLOGRAFS
Bu lekelerdeki veriler
dalgalarn ilevini
hesaplayan fourier sentezi
ile analiz edilmektedir.
Dalga boyu leke iddeti ile
doru orantldr. Ancak
dalgalar faz iinde
olmadklarndan ayrt edici
olarak izomorf yerine
konma veya molekler yer
deitirme ile veriler faza
getirilerek boyutlu harita
ortaya karlmaktadr.

LOGO

 BOYUTLU YAPI
LAUE X-IINLARI KRSTALLOGRAFS
Polikromik x-nlarnn krnmndan
yararlanlmaktadr.
Bir enzimin kataliz srecinde kalntlarnn ya
da domainlerinin saptanmasnda etkin
olmayan ya da kafeslenmi substrat
analoundan olumu kristaller
kullanlmaktadr. Grnr n gnderilmesi
ile kafeslemi nc bileik yklarak substrat
serbestlemekte ve kataliz tam kontroll olarak
balamaktadr.
Bu yaklam kullanlarak veriler birka
nanosaniyede toplanabilmektedir.

LOGO

 BOYUTLU YAPI
NKLEER MANYETK REZONANS
SPEKTROSKOPS (NMR)
NMR spektroskopisi, x-nlarnn kuvvetli bir
bileeni olup, baz atom ekirdeklerinin radyo
frekansnda sourmalarn lmektedir.
NMR, sulu zeltilerde ekirdeklerin
birbirlerine olan uzaklklarn lerek bir
proteinin boyutlu gsterimine olanak
salamaktadr.
Bu yntem, kristal elde etme gerekliliini
ortadan kaldrrken, ayn zamanda, ligand
balama ya da kataliz srasnda
konformasyonel deiikliklerini gerek
zamanda gzlenebilmesini salamaktadr.
LOGO

 BOYUTLU YAPI
MOLEKL MODELLEME
Proteinin konformasyonel dinamiinin ve s
derecesi, pH, iyonik g veya amino asit yer
deitirmelerinin bu hareketleri nasl
etkilediinin simlasyonu iin molekler
dinamik programlar kullanlr.
Bir protein substrat, inhibitr veya baka
ligant ile bulutuunda oluan etkileimlerin
simlasyonu iin molekler yerletirme
programlar kullanlr.
Biyolojik nemi olan bir proteinin kilit blgeleri
ile etkileime girebilen molekllerin sanal olarak
taranmas, yeni ilalarn bulunmasn
kolaylatrmak asndan yaygn olarak
kullanlmaktadr.
LOGO

PROTENLERN KATLANMASI
lk basamakta, yeni sentezlenen polipeptid
ribozomdan aa kmakta olduundan, ksa
blmler, yerel dzenli yaplar salayan ikincil
yapsal birimlere katlanrlar.
kinci basamakta, hidrofobik blgeler zcden
uzakta, proteinin i ksmnda toplanarak erimi bir
globl oluturur. Bu, ksmi olarak katlanm bir
polipeptid olup, proteinin olgun konformasyonuna
ulalncaya kadar yeniden dzenlenir.
Genelde, sekonder yapnn her bir elementi katlanma
srecini doal konformasyona doru, verimli
olmayan seeneklerin uzana gtrmektedir.

LOGO

PROTENLERN KATLANMASI
Katlanmay kolaylatran proteinler
Protein dislfid izomeraz
Prolin-sis, trans izomeraz
aperonlar
Memeli proteinlerinin yarsndan fazlasnn
katlanmasnda grev alan aperonlar, yeni sentezlenen
polipeptidleri zc etkisinden koruyarak, ikincil yap
elemanlarna oluma ve eriyen globllere dnme
ans salamaktadr.
Katlanmas bozulmu proteinler ikincil yaplarnda
tekrar katlanmay kolaylatran blgeler ve deme
noktalar barndrrlar.

LOGO

PROTENLERN KATLANMASI
aperon proteinler, katlanmas
bozulmu, termodinamik olarak
yanl katlanm l noktaya ulam
proteinleri, hidrofobik blgelerini
aa karp verimli biimde tekrar
katlanmalarna olanak salayarak
onarrlar. Sonuta katlanmann
almas ile geliigzel bir yap ortaya
kmam olur.
Glutatyon, oksijen, hidrojen peroksid
veya speroksid gibi oksitleyici
elementlere maruz kalarak oluan
uygun olmayan dislfid balarn
indirgeyebilir.

LOGO

 PRONLAR

PROTEN KONFORMASYONUNUN
BOZULMASININ PATOLOJK
SONULARI

nsan prion ilikili protein (PrP), 20.

kromozomun ksa kolunda kodlanm,
normal olarak monomer yapda ve alfa
helezon oran yksek bir glikoproteindir.
Patolojik prion proteinleri PrPnin PrPscye
dnmnde kalp grevi grr.
PrPsc, beta helezon ynnden zengin olup,
birok hidrofobik amino ail yan zinciri ile
temastadr. Birbirleri ile akta bulunan
hidrofobik blgeleri yoluyla kuvvetle
etkiletiklerinden biriken PrPsc birimleri
birleerek znmez zellikte ve proteza
direnli topaklar oluturur.

LOGO

PROTEN KONFORMASYONUNUN
BOZULMASININ PATOLOJK
SONULARI

ALZHEMER
Beyin dokusunda bulunan -amiloidin
tekrar katlanmas ya da yanl katlanmas
sonucu olumaktadr.
Alzheimerli hastalarda -amiloid dzeyleri
artmakta bu protein -helezondan zengin
znr bir formdan, tabaka ynnden
zengin, kendi kendine agregasyon eilimli
bir forma dnmektedir.
ApoproteinE, bu transformasyonun
potansiyel bir aracs olarak sorumlu
tutulmaktadr.

LOGO

PROTEN KONFORMASYONUNUN
BOZULMASININ PATOLOJK
SONULARI

BETA-TALASEMLER
Talasemiler, hemoglobinin polipeptid alt
birimlerinden bir tanesinin sentezine yol aan genetik
defektlerle oluturulurlar.
Eritrosit geliimi srasnda oluan hemoglobin sentez
patlamas srasnda alfa hemoglobin stabilize edici
protein (AHSP) ad verilen belirli bir aperon,
hemoglobin multimer yapsna girmeyi bekleyen
serbest alfa alt birimlerine balanr.
Bu aperonun yokluunda serbest alfa hemoglobin
alt birimleri topaklar ve oluan keltinin
gelimekte olan eritrosit zerinde sitotoksik etkisi
vardr.

LOGO

PROTEN KONFORMASYONUNUN
BOZULMASININ PATOLOJK
SONULARI
KOLLAJEN
Kollajen, insan vcudundaki protein kitlesinin %25ini
oluturur. Derinin kuvvet ve esneklii birbiri iine
rlm kollajen ve elastin demetlerinden kaynaklanr.
Ayn zamanda ligament ve tendon gibi ba okularnda
da bulunur.
Kollajen biyosentezinde en iyi bilinen defekt, prolil ve
lizin kalntlar tarafndan gereksinim duyulan C
vitaminin diyetsel eksikliinde oluan skorbt
hastaldr. Sonucunda grlen eksik dzeyde
hidroksiprolin ve hidroksilizin kalntlar, kolojen liflerin
kararlln bozarak, di eti kanamalar, eklem
imeleri, zayf yara iyilemesine yol aabilir.

LOGO

PROTEN KONFORMASYONUNUN
BOZULMASININ PATOLOJK
SONULARI

KOLLAJEN
Menke sendromu, atallanm sa
telleri ve byme gerilii ile
tanmlanm olup, kollajen liflerin
salamln glendiren kovalent
apraz balarn oluumundaki
anahtar basama katalizleyen lizil
oksidaz enziminin getirdii diyetsel
bakr eksikliini yanstmaktadr.
Ehlers-Danlos sendromu, ba
dokusu hastalklar grubu olup, alfa
kollajen-1, prokollajen N-peptidaz ve
lizil hidroksilaz kodlayan genlerin
defektleri, oynak eklemler ve deri
anormallikleri ile sonulanmaktadr.

LOGO

Thank You !

LOGO