INFORMASI! GENETIK: TRANSKRIPSI DAN PENGENDALIANNYA PENDAHULUAN Sejak tahun 1950-an, penelitian molekular mengenai DNA telah ‘memberkan informasi mengenal bentuk fisk di mana informasi ge- netika disimpan dan bagaimana informasi ini dipertahankan dan ikekalkan, Juga telah dibuat kontribusi yang sama mengesankan ke arah pengertian mengenai arti dari kandungan informasiona! dari suatu genom dan bagaimana gen diatur dan diekspresikan. Peng- ungkapan rahasia mengenai transfer informasi genetika di dalam suatu sel dan mekanisme yang mengendalikan aliran informasi biologi sangat penting dalam penyelidikan untuk mengerti banyak fenomena biologi, contohnya, diferensiasi dan perkembangan pada tingkat molekuiar. Untuk mengerti penterjemahan yang teratur dari informasi genetika menjadi informasi biologi digunakan suatu sel ‘yang merupakan kunci untuk mengerti program molekular dari ko- hidupan. Eksrresi gen dan pengaturannya menjadi sesuai dengan analisis molekular karena penemuan yang dibuat mengenai dasar biokimiawi dari simesis protein (paruh selanjutnya dari tahun 1950-an) dan proposal dari suattu model molekular untuk menjelaskan pongaturan gen prokariotik, yang dibuat tahun 1961 oleh Frangois Jacob dan Jacques Monod (penerima Hadiah Nobel bersama tahun 1965). Proposél oleh Crick dan rekannya pada akhir tahun 1950-an menge- rai sifat kimia dari kode genetika merupakan sumbangan berpe- ngaruh Paaneoo Terminus 3 ‘AuU nuu0 pembentukan suatu strukturansa-dan-tandan dalam transkrip RNA. Perhatikan juga, bahwa terminus mRNA merupakan suatu rangkaian poliuridil (biasanya lima atau enam U’). Bagaimana ciri khas mRNA ini mengarah pada terminasi belum dipahami. Pada jenis terminasi kedua, faktor terminasi tambahan, diperlukan suatu protein yang di- ssebut rho (p). Rho berikatan secara ketat dengan daerah RNA ka- ya-C (khususnya dengan rangkaian C), yang terdapat dekat dengan termini mRNA yang direkam dari gen yang mengandalkan terminasi dependen-p. Jika berikatan dengan RNA, p memerlukan aktivitas, ATPase, dan dibuat hipotesis bahwa aktivitasnya, dengan men- degradasi ribonukleosida 5-trfosfat, merusak substrat yang diper- lukan oleh RNA polimerase yang direkam untuk polimerisasi ber- lanjut, dan dengan demikian, transkripsi berakhir. ‘Sepertireplikasi DNA, sintesis RNA termasuk pengikatan spesifik dengan cetakan, permulaan, pemanjangan rantai, dan terminasi rantai. Keuntungan penting tunggal yang dimiliki oleh riset molekular mengenai sintesis RNA dengan peneliian sebanding mengenai repikasi DNA adalah bahwa kompleks pensintesis yang lengkap (holoenzim) adalah yang pertama diisolasi, dan dengan demikian, kerumitan molekular dari proses ini dikenali secara dini. Sepertidiba- has sebelumnya, isolasi dari ONA polimerase | dan perhatian selan- jutnya yang difokuskan pada satu komponen dari sistem replikasi DNA kadang-kadang menjadikan penelitian mengenai replikasi DNA, suatu tugas yang membingungkan. Gambar 21-3 ‘Skoma tanchrips!rangkalan basa ONA dari terminus operon trp da E. cal yang meng- hasikan suatuterminus mANA yang mark) suatu sruktur ansa-tandan dan suatu rang- alan terminal esidu uri408 wronuasi GENETIC Gambar 21-4 Borbagai cara dali untuk membaca suatu pesan genet KODE GENETIKA USULAN CRICK Dengan kemajuan riset analisis biokimiawi dari transkripsi,dilakukan juga penelitian penyerta yang mengartikan kode genetika. Suaty proposal yang menarik mengenai kode tidak berkoma, pertama ki dibuat oleh Crick, Sidney Brenner, dan rekannya pada tahun 1957, yang terutama didasarkan pada suatu anggapan bahwa informasi R’) dan merubah afinitas molekul yang tinggi untuk operator. Kehi- langan afinitas terjadi akibat suatu perubahan konformasional dalam ‘molekul represor. Pelepasan dar inhibisi transkripsi memungkinkan terjadinya ekspresi dari gen operon struktural dan untuk sintesis se- fanjutnya dari enzim yang dapat diinduksi, contohnya, kadar terin- duksi dari aktivitas galaktosidase-B dalam Gambar 21-5. Perhatikan bahwa suatu operon dengan lebih dari satu gen struktural ditranskrip- sikan menjadi suatu molekul mRNA tunggal dan masing-masing en- zim disintesis. dari instruksi yang terkandung dalam pesan poli sistronik sika suatu penginduksi habis dan konsentrasi selularya menu- run, represor kembali pada keadaan semula (R’— R +!) dar afinitas, yang tinggi terhadap operator dan berikatan dengan daerah ini. Se- kali transkripsi dari operon dicegah, dan kadar dari enzim penginduk- si akhimya menurun dengan terjadinya katabolisasi molekul enzim. iri molekular dasar dari model untuk mengendalikan sintesis enzim menjelaskan bagaimana suatu sel dapat secara efektif meng- atur metabolismenya. Jika pengaturan sintesis enzimatik pada suatu(OPERONLAC DEWASAIM 413 tingkat gen adalah tumpang tindih dengan pengaturan dari enzim yang sudah dihasilkan, contohnya, oleh efektor alosterik positif dan rnegatif, maka jelas bahwa kedua tingkat pengendalian ini memberi- kan suatu sel dengan fleksibiltas yang diperlukan untuk memper- tahankan pengendalian optimal dari aktivitas metabolknya sebagai tanggapan terhadap perubahan lingkungan. OPERON LAC DEWASA INI Sejak pengumuman yang menjelaskan pengaturan genetik dari enzim yang dapat diinduksi, analisis berlanjut dari operon lac E. coli telah menambah dimensi baru terhadap pengertian molekular dari sistem pengendalian. Malan dewasa ini, operon lactetap merupakan sualu model sistem pengaturan karena kesan menyeluruh yang diberikannya bagi pengaturan gen. Struktur Fisik dari Operon Lac Operon lac dati E. coli terkandung dalam suatu bagian kontak dari DNA kromosomal dan memilki enam unsur genetika (Gambar 21-6); tiga merupakan gen struktural yang memberikan kode untuk enzim berikut: galaktosidase- (gen Z), permease galaktosida (gen Y), dan asetilase galaktosida (gen A). Permease galaktosida mengendalixan kecepatan ambilan galaktosida-B, contohnya, laktosa, menjadi E. col; fungsi dari asetilase galaktosida masih belum diketahui. Terda- patnya tiga gen dalam operon yang sama menjamin bahwa enzim yang diperlukan untuk metabolisme galaktosida-B disintesis dan direpresi secara terkoordinasi. Suatu mekanisme pengendalian tunggal diperkirakan merupakan suatu keuntungan yang diturunkan dari perkembangan evolusioner operon prokariotik. Gen merupakan gen pengatur dan bertanggung jawab untuk sintesis molekul represor (suatu protein tetramer dengan BM sekitar 148.000). yang seperti dinyatakan sebelumnya, berinteraksi dengan operator (0). Sejak proposal awal Jacob dan Monod, telah ditemukan bahwa RNA olimerase tidak berikatan di dalam operator seperti diduga semula, tetapi malahan berinteraksi dengan suatu daerah, disebut protomer, yang terletak antara operator dan gen pengatur. Keterlibatan cAMP dalam Induksi Enzim ‘Suatu penemuan yang cemerlang mengenai pengendalian operon lacdibuat ketika peranan untuk AMP sikik (cAMP) ditetapkan dalam proses induksi. Setelah inhibisi transkripsi oleh represor dihilangkan AG), ® (0, 2186) YiSG,)_, ASG) | Tempat pengikatan represor Tempat pengikatan RNA polimerase Gambar 21-6 Diagram yang cisederhanakan dari opercn lac E. col |= gon pengatur (RG); P motor, O= operator Z: Galakiosdase-; Y= gon stuktural untuk ermease galaktosida: A = gen stuktual Untuk asetlase galaktosida.a1 Gambar 207 Diagram dar daerah pengaturan operon lac ‘pada E, colt = gen pengatur, CAP = protein siklik AMP; Z = gen struktural untuk ‘alaktosidase INFORWAS! GENETIC fee iy se “Tempat penpkatan Teal pongkaian RNA polmerase cae teen sto coer |Z t t eee NA Poimerace KomplekscAMP-CAP (RR), CAMP yang ikomplekskan dengan suatu protein reseptor spesifik (CAP, untuk protein cAMP) mula-mula harus berikatan de- gan promotor sebelum RNA polimerase dapat melekat pada tempat promotor dan mulai mensintesis mRNA. (Singkatan CAP juga digu- rrakan untuk protein reseptor AMP siklk.)Ikatan dua kompleks CAP, pada tempat yang berbeda (I dan Il), menuju daerah promotor. Karena itu, daerah pengaturan operon (Gambar 21-7), mengandung tempat pengikatan khusus untuk tiga protein yang berbeda, yaitu tempat perlekatan yang terpisah untuk kompleks cAMP-CAP (tempat CAP) dan RNA polimerase dalam promotor, dan tempat pengikatan untuk represor dalam operator. Dengan ditemukannya keterlibatan CAMP, menjadi nyata bahwa operon lac berada di bawah pengen- dalian positif maupun negatit. Fungsi represor adalah pengendalian rnegatit, karena melalui ikatan dengan operator, transkripsi dicegah Sebaliknya, perlekatan dari kompleks CAP pada promotor merupa- kan suatu pengendalian positit, karena keberadaannya memung- kinkan dimulainya transkripsi. Penemuan kepentingan kriis dari CAMP dalam fenomena peng- aturan prokariota merupakan suatu kepentingan biologi yang luas, karena nukieotida yang sama merupakan messenger kedua yang ‘memulai respon metabolk intraselular yang dtimbulkan oleh banyak hormon (Bab 25). Peranan biologi dari cAMP yang lama sebagai suatu pengatur metabolik mendukung pendapat bahwa sistem en dokrin dari vertebrata merupakan perluasan evolusioner dari homeo- stasis uniselular. Urutan Nukleotida dari Promotor dan Operator Dengan telah ditetapkannya rangkaian nukleotida dari promotor dan ‘operator dari operon lac, pengertian mengenai ciri molekular dari daerah initelah banyak dipertuas. Sepert diperlinatkan dalam Gam- bar 21-8, bagian operator dan promotor tumpang tindin, karena tempat di mana transkripsi dimulai (promotor) terkandung dalam daerah yang ditutupi oleh represor (operator) yang terikat. Kesim- ulan ini mendukung proposal bahwa represor secara sterik men- Cegan transkripsi. Pernatikan bahwa sintesis mRINA diawal sebelum dimulainya gen struktural pertama (2) dari operon dan bahwatempat Pengikatan 21 bp dari operator merupakan suatu palindroma (Gam- bar 21-9) Dalam rangkaian 85-bp dari daerah promotor yang dilukiskan dalam Gambar 21-8, diperfihatkan rangkaian konsensus dari tempatOPERONLACOEWASAIN 415 1ye0"3 wep 28) vas odo vesme6ued yetoep epnoopnu UerexBUEE oseides ynyo}ou yao yumi a coed te aa Hoaese 55 pga ee a teu $$ ez sequweD ‘wna uerey6ue wosowo.y416 s— GGGAA 3 2 eichouteT, 5 Gambar 21-9 ‘angkalan nukleotda dari daerah operator lac dalam € col. Basa dalam warna merah menunjukkan basa yang memberkan ope- ‘ator Karaktorpalindomknya, Gambar 21-10 ‘Skema susunan molekul CAP dan RNA polimorase pada daarah promotor lac. INFORMASI GENETIC pengikatan-CAP, demikian juga rangkaian kotak Pribnow dan-35 da- fi tempat pengikatan RNA polimerase. Rangkaian -35 (rangkaian konsensus: T-T-G-A-C-A) penting untuk pengikatan RNA polimerase yang efektif pada sebagian besar, tetapi tidak semua, promotor pro- kariotk. Gambar 21-10 merupakan suatu skema dati susunan dua kompleks CAP (tempat I: -70 hingga -50 segmen dan tempat Il: -50 hingga -40 segmen) dan RNA polimerase yang berikatan dengan daerah promotor lac. Bagaimana pengikatan kompleks CAP mening katkan pengikatan RNA polimerase masih tidak pasti Sepertidicatat di atas, awal transkripsi pesan lacdimulai sebelum {gen struktural pertama, yang merupakan cir lazim dari proses tran- skripsi. Sebagian besar mRNA prokariotik (dan eukariotik) mem: punyai rangkaian pemimpin seperti ini pada termini-S’-nya, Rangkaian ini bervariasi dalam panjang dari satu mRNA ke mRNA lainnya, contohnya, operon mRNA E. coli gal mempunyai 26 basa dalam rangkaian pemimpinnya dan operon mANA E. coli trp mem: ppunyai 140. Salah satu fungsi dari rangkaian pemimpin adalah untuk memberikan suatu rangkaian pengenalan, disebut rangkaian Shine- Dalgarno, yang memungkinkan pengikatan mRNA dengan ribosom (tempat pengikatan ribosoma). Juga. sebagaimana telah dibahas di hawah, sejumiah rangkaian pemimpin ini berparisipasi dalam pe ngendalian sintesis protein pada tingkat transkripsional ATENUASI (PERLEMAHAN) Dengan memperhatikan ekspresi dari gen prokariotik, modus peng. aturan kedua telah dikemuukakan oleh Charles Yanotsky dan rekan- nya. Penelitian mereka dipusatkan pada operon E. coli trp, yang ‘mengandung lima gen struktural yang memberikan kode untuk enzim yang mensintesis triptotan. Modus pengaturan yang ditemukan melalui penelitian ini disebut afenuasi, yang tidak terbatas pada ‘operon trp karena sistem pengendalian transkripsional yang sama telah diidentifikasi untuk operon E. colt lain yang berkaitan dengan biosintesis asam amino, contohnya, operon hs dan leu. Suatu circ kunci dari hipotesis atenuasi adalah bahwa transkripsi dan translasi (penterjemahan) berlangsung secara serentak pada bakteria (yang tidak mempunyai int). Dengan demikian, sementara RNA polime- rase menghasilkan suatu mRNA (transkripsi), ribosom melekatkan NA polimerase Tempati _Tempat KotakATENUASI/PERLEMAHAN) 417 Gambar 21-11 Diagram yang disederhanakan dari atenuasi 1. Kekurangan trptotan ‘operon tp Ecol, {up1€ (gon strktural portama, 140 dalam operon tp Pepta pemimpin _Ateruator(pelemah) i ine Steno 1. Cukup tiptofan —basusé: diri dengan pesan terdekat dan terjadi sintesis protein (transiasi). Untuk atenuasi, permulaan transkripsi dan translasi dimulai pada bagian rangkaian pemimpin yang mengandung kode untuk suatu eptida pemimpin. Dalam kasus operon trp, peptida pemimpin me- milki 14 asam amino residu, dan dalam rangkalannya, terdepat dua residu triptofil dalam tandem (suatu citi tidak biasa untuk peptida yang kecil seperti ini, karena residu triptofiljarang pada protein E. col). Bagaimana penggabungan kedua residu ini ke dalam peptida pemimpin selama translasi (penterjemahan) yang mempengaruhi transkripsi dari operon trp, secara skematik digambarkan dalam Gambar 21-11 Di dalam rangkaian RNA (disebut atenuator (pelemah)) antara kodon tetminasi untuk peptida pemimpin dan awal dari gen struktural ertama (trp), kemungkinan terdanat dua jenis struktur sekunder ‘yang mengatur transkripsi. Struktur ini dinasikkan melalui pengikatan hidrogen intramolekular yang terjadi antara segmen komplementer dari molekul RNA (serupa dengan struktur tandan-dan-ansa). Timbul struktur sekunder (dituis sebagai 1 dan 2 atau 2 dan 3) melalui translasi dati rangkaian pemimpin yang menentukan apakah tran- skripsi akan berakhir pada ujung dari rangkaian pemimpin atau berianjut ke dalam struktur gen dari operon. Keputusan mengenai418 INFORMASI GENET rnasib transkripsional dari operon ditentukan oleh kadar triptotan intraselular (produk akhir dar lintasan). Jika_kadar triptofan intraselular rendah (kekurangan triptotan dalam Gambar 21-11), hanya sejumlah terbatas tRINAS triptofil yang ‘mampu membawa triptofan untuk sintesis protein. Karena kekurang- ‘antRINAs pembawa-triptofl ini, sintesis dari rangkaian pemimpinter- tunda ketika ribosom tiba pada dua kodon triptofil (UGGUGG) dalam MRNA. "Stalling’ dari ribosom ini, yang bertindak sebagai tanda pengaturan, menghasilkan pembentukan sekunder 1-2 karena dae- rah 7 tersedia untuk pengikatan hidrogen dengan daerah komple- menter 2 sebagai yang terakhir disintesis oleh RNA polimerase. (ingat bahwa transkripsi oleh RNA polimerase terjadi langsung men- dahului proses penterjemahan yang terjadi pada ribosom.) Pemben- tukan struktur sekunder 1-2 menjamin bahwa polimerase akan me- lanjutkan transkripsi dari seluruh operon. Jadi, metalui mekanisme inilah kadar triptofan intraselular yang rendah meningkatkan tran- sktipsi operon trp, yang akhimnya menghasilkan peningkatan sintesis triptofan. i pihak lain, jika kadar triptofan intraselular cukup (tidak keku- rangan), maka tidak terdapat “stalling” dari ribosom pada kodon Trp arena tidak terdapat kekurangan tRNAs pernbawa-triptofil. Seperti ditandaipada Gambar21-11, karena hilangnya keragu-raguan trans- lasi, maka sebagian besar dari daerah 1 tidak tersedia untuk pengi- katan hidrogen karena ribosom yang bergerak lebih cepat. Namun, karena daerah 3 disintesis oleh polimerase, maka basanya berpa- ssangan dengan daerah 2 untuk menghasilkan struktur sekunder 2-3 Struktur sekunder 2-3 ini bertindak sebagai suatu tanda terminasi yang dikenali oleh INA polimerase, yang mengakhirisintesis mRNA pada ujung dari rangkaian pemimpin, yaitu gen struktural trp tidak ditranskripsi. Jadi, suplai yang berlebihan dar triptofan intraselular mengurang|transkrispi dari operon trp. ‘Atenuasi (pelemahan) merupakan suatu sistem pengendalian halus yang mengandalkan pada keterkaitan fisik dan dinamis yang ‘erat antara transkripsi dan translasi, pengaruh dari rangkaian peng- kode untuk peptida pemimpin terhadap kecepatan translasi, dan penggunaan struktur RNA sekunder untuk mencapai tujuannya. Kenyataan bahwa satu bagian dari atenuator (daerah 2 dalam Gam- bar 21-11) dapat berpasangan-basa dengan suatu rangkaian yang mendahuluinya (daerah 1) atau dengan rangkaian yang mengikuti- nya (daerah3) merupakan cir molekul yang balk dan krtis dari sistem ini. Terdapatnya kodon dalam rangkaian peptida pemimpin, merupa- kan kode untuk asam amino yang disintesis oleh enzim yang di- spesifikasi oleh operon yang telah diverifikasi dalam sistem atenuasi lain. Contohnya, dalam peptida pemimpin untuk operon his, terdapat tujuh residu His dalam tandem, dan untuk operon leu, peptida ini memiliki residu Leu dalam tandem. EKSPRESI GEN EUKARIOTIK RNA Polimerase Dengan memperhatikan ekspresi gen, sel eukariotik mengandalkan ada tiga RNA polimerase berbeda yang diarahkan-DNA, yangEKSPRESIGEN EUKARIOTIK. 419 diidentinkasi sebagal |, I, dan Ill. RNA polimerase | (pol !) secara spesifik mentranskripsi gen RNA ribosomal (rRNA), dan polimerase 111 (po! tll) mentranskripsi gen RINA transfer (IRNA) dan gen RNA ribosomal 5 S. (RNA ribosomal akan dibahas kemudian.) RNA pol- merase II (pol II) merupakan enzim yang bertanggung jawab bagi ‘produksisemua mRNAs. Sepertipada kasus RNA polimerase E. coll, Polimerase ini juga merupakan kompleks besar (BM lebih. dari 500.000), mengandung dua subunit besar dan naik hingga sebanyak 40 subunit kecil Pengaturan Ekspresi Gen Pengaturan gen eukariotik terbukti merupakan proses yang lebih kompleks daripada proses yang dikemukakan untuk gen prokariotik. Contohnya, produksi mRNA tidak hanya melibatkan perlekatan pol Il yang sesuai dengan suatu daerah promotor tetapi juga protein faktor transkripsi, demikian juga rangkaian DNA pengatur lain yang mempengaruhi ekspresi gen. Pada daerah promotor (Gambar 21- 12), sekitar 25 bp kehulu, terdapat kotak Hogness atau daerah TATA (analog dengan kotak Pribnow yang dikemukakan untuk sistem /ac). Suatu faktor transkripsi (tetapi bukan RNA polimerase) berikatan dengan kotak Hogness; perlekatan RNA polimerase mengandalkan pada pengikatan spesitik terhadap faktor transkripsi. Promotor euka- riotik dan prokariotik berbeda di mana RNA polimerase eukariotik kemungkinan tidak berkontak secara langsuna dengan rangkaian promotor karena tidak dapat dimasukinya kromatin DNA. Pengikatan INA polimerase pada rangkaian ini menjamin terjadinya transkripsi basa pertama yang tepat. Sekitar-75 bp kehulu terdapat rangkaian lain, disebut kotak CAAT (rangkaian konsensus: GG(T/C)CAATCT), yang juga mengikat suatu faktor transkripsi (tetapi tidak berikatan ‘dengan RNA polimerase). Di samping itu terdapat tempat aktivasi kenulu, yang dapat bera- tus-ratus pasangan basa dari promotor, yang mengendalikan kece- ppatan transkripsi oleh taktor transkripsi pengikat. Kehilangan rang- kaian ini menghilangkan atau sangat menurunkan transkripsi. Rang- kaian pengaturan lain, disebut suatu enhancer (peningkat) (- 90 hingga 100 rangkaian), juga meningkatkan kecepatan transkripsi. Kehilangan suatu daerah enhancer menurunkan aktivitas transkrip- sional dari suatu gen yang pengaruhnya sekitar 100 kali. Suatu en- hhancer tidak merupakan gen spesifk, Karena di manapun gen ditem- Daerah angkaian promotor pemimpin Gambar 21-12 ‘Skema daft gen Po li dan daerah promo tomnya: ann ee Pol il cimuta isin:420 INFORMASI GENETIC patkan, ia memberikan pengaruhnya terhiadap gen yang berdekatan, Namun, enhancer mempertinatkan spesifisitas spesies dan jenis-sel, contohnya, suatu enhancer gen imunoglobulin yang aktif dalam sel tikus yang menghasilkan antibod, tidak aki dalam sel fibroblast yang tidak menghasilkan antiboui. Apa yang terutama menarik me- ‘ngenai suatu enhancer adalah bahwa rangkaian dapat digerakkan hingga 1.000 bp kehulu atau kehilir dari suatu gen yang dipenga- ruhinya tanpa kehilangan aktivitas yang berart. Walaupun perincian ‘molekular dari fungsi enhancer masin tidak diketahui, didalikan bah- wa enhancer menimbulkan pembentukan dari suatu konformasiDNA tertentu (atau mengubah struktur kromatin) yang mendorong fungsi promotor atau bertindak sebagai suatu tempat masukan dua arah Untuk RINA polimerase atau faktor transkripsi Struktur dan Ekspresi Gen Eukariotik ‘Suatu wahyu tidak diharapkan yang dibawa oleh rset DNA rekom- binan mengenai struktur dari sebagian (tetapi tidak semua) gen eukariotik adalah bahwa rangkaian nukleotidanya difragmentasi menjadi daerah pengkode berbatas jelas (disebut ekson) yang dipisahkan satu sama lain oleh rangkaian penyela (intron) bukan pengkode. Ciri dari suatu gen eukariotik yang terputus ini digam- barkan secara skematik dalam Gambar 21-13. Jadi, suatu perbe- daan mendasar antara struktur gen eukariotik dan prokariotik adalah sifatterputus (eukariotik) dan bersambung (prokariotik) dan informasi engkode. Ganber 31-13 Bagaimana tersebarnya informasi pengkode dari suatu gen yang ‘Skema der transkripsisuatu gen eukarotk _terfragmentasi menjadi rangkaian pengkode yang tidak terputus dari Yang diregmentas! dan proses selajuinya —_syatu mRNA merupakan temuan yang rumit lainnya. Seperti diper- an transkrp untuk menghasikan mANA yang matang, FRangksian pengkodean(ekson) Gen euvariotk RRangkaian penyela (ton) Transkrpsi cap) Pot Transkap 5° Cap papers Pemrosesan RNA (pornotong dan penyambung) ‘MANA matang 8. Cap ee rnnrnnnnnennnnnnnnen Er POUA 3!‘EKSPRES! GEN EUKARIOTIC cH, eb st nA oN, I 0 Ft yoo yw a bu on a ‘08 Trmatiguanosin linatkan dalam Gambar 21-13, jka suatu gen sepertiiniditranskripsi, maka rangkaian pengkode dan non pengkode terkandung dalam transkrip semula, yaitu keseluruhan gen ditranskripsi. Transkrip ini disebut RINA heteronuklear atau RNA pramessenger. Sebagai suatu transkrip eukariotik, mengalami capping dan penambahan dari suatu ‘ekor poliA ( ciri struktural yang tidak ditemukan dalam transkrip prokariotik). ‘Capping (Gambar 21-14) melibatkan penambahan 7-metilgua- rosin, oleh suatu kondensasi 5’ hingga 5’, ke gugusan trifosfat dari ‘ukleotida terminal-S’ dari RNA pramessenger yang berdekatan Perhatikan bahwa gugusan hidroksil-2" dari nukleotida terminal-5’ sejati dan kadang-kadang dari nukleotida penultimat yang dimetiasi Capping mempermudah penterjemahan mRNA. Ekor poliA melibatkan penambahan nukleotida adenil pada ter- mini-3’ dari RNAS pramessenger yang baru disintesis oleh enzim polimerase poliA. Didalilkan bahwa termini poliA melindungi motekul MRNA dari degradasi (mRNAs yang lebih tua memiliki ekor poli yang lebih pendek) dan juga berfungsi dalam transpor mRNAs dari inti (melalui pori membran inti) ke sitoplasma. Setelah capping dan penambahan ekor poli, terjadi pemrosesan AINA, yaitu rangkaian penyela dipotong (diangkat) dan rangkaian engkode disambung untuk menghasilkan mANA yang matang. Pemrosesan, seperti transkripsi, terjadi dalam inti, dan hanya mRNAs matang yang diangkutke dalam sitoplasma, di mana mereka diterjemahkan ke dalam struktur polipeptida. Sejak ditemukan pada tahun 1977, pemrosesan RNA ditelti secara intensif, dan dewasa ini diketahuiterdapat sejumlah komponen inti yang berpartisipasi dalam proses. Penyambungan RNA pramessenger inti menggunakan par- tikelibonukleoprotein inti yang kecil (sn NPs), dimanaterdapatima jenis utama (U1, U2, U4, US, dan UB). snRNPs merupakan kompleks yang terdiri dari lima hingga sembilan polipeptida dan ANA inti kecil at Gambar 21-14 ‘Skema modikas| pasca-transkpsional dari terminasi5' (capping) messenger eukariotk 9 1 0—(CH, oF H) dari sual BNA422 Gambar 21-15 Skemna penyambungan-sendi dari Teta homer molekul prekursor RNA ribosomal InroRMAs! GENETIC (6nFINA), dan antara 200.000 dan 1 juta snNPs ditemukan di dalam Satu sel. nRNAs mengandung 85 hingga 185 nukleotida dan disebut *U" karen kandungan uridil yang tinggi (Suatu snRNP diberi nama arena Komponen U snRNA.) sn NPs merupakan bagian dari kom- pleks multikomponen, disebutsuatu spliseosoma, yangterbentukse- belum penyambungan. Komponen utama lain dari spliseosoma ada- jah partikel bonukleoprotein int heterogen (hnFINP), struktur yang ‘sangat terorganisasiterdii dari RNA pramessenger dikompleks de- ngenpolipeptida. Mekanisme umum untukmenyatukan, mengandal- kan pada transesteniikasi yang cisajikan di bawah, Penyambungan-sendiri Prekursor RNAS Penglitian mengenai pemrosesan suatu prekursor RNA Tetrahi- mena dan suatu prekursor ANA ragi ditemukan bahwa, tidak seperti mekanisme penyambungan kompleks yang disebutkan di atas, me- 1518 rae) ee 5’ ———-UpA’ Gpu ———— 3" fives pc-oH 1518 ok j PGpA_/ —— v-oht 6p0- ea son yang disambung Daerah IVS near yang tidak moni 19 pudleotida portama Garis bertk = rangkaian penyela (VS) G-OH = guanosin 5-mmonotostatFINGKASAN 429 kanisme ini mampu untuk menyambungkan-sendiri, yaitu, tidak perlukan protein. Perincian biokimiawi dari penyamibungan sendi oleh prekursor rRNA tetrahimena, yang dikemukakan oleh Thomas Cach dan rekannya, menemukan fenomena yang baru dan istimewa dari RNA yang berfungsi sebagai suatu enzim. Dalam suatu proses yang mengandalkan pada suatu seri pembelahan dan pengikatan, rangkaian penyela tunggal (IVS) dari molekul prekursor meng- katalisis pengangkatannya sendiri. Sepertiditunjukkan pada Gambar 21-15, terjadi suatu transesterifiasi (menggunakan GMP sebagai substrat), dan dalam reaksi, terjadi substitusi dari G untuk U yang diesterifixasi menjadi A membelah molekul prekursor pada tempat ‘sambungan antara ekson dan rangkaian penyela. Perhatikan bahwa, untuk sangat mendekatkan kedua ekson yang bersambungan satu sama lainnya, IVS (mengandung 414 nukleotida) mengambil bentuk formasi lariat (diciptakan oleh ikatan hidrogen internal). Berikutnya, terminal-3! U dan terminal-S’ U dari dua ekson membentuk suatu ikat- an fosfodiester yang menghubungkan keduanya, dan dalam proses ini, IVS dipotong. Walaupun peristiwa penyambungan untuk meng- hasitkari NA ini diselesaikan, namun IVS yang dibebaskan kemiu- dian mengalami transestentikasi intemal yang menghasilkan suatu ‘molekul linear dari 15 nukleotida pertama dari IVS dan suatu molekul siklk yang mengandung residu sisanya. Pada proses penyambung- an-dir, tidak ada gugusan fosfat yang hilang. Penelitian selanjutnya mengenai rangkaian sikik IVS menetapkan bahwa molekul menga- lamitambahan pembelahan-sendiri untuk menghasilkan suatu rang- kaian IVS linear yang tidak memiliki 19 nukleotida pertama dari IVS semula, Penelitian in vitro telah menetapkan bahwa -19 molekul linear IVS (mengandalkan pada aktivitas transesteriikasi) mampu ‘untuk menambahkan unit pC ke dalam terminus-3' dari suatu oligo- ‘ibonukleotida, yaitu mempunyai aktivitas RNA polimerase. Jadi, molekul RNA mempunyai aktvitas enzimatik yang sejati. Kenyataan bahwa RNAs tertentu dapat berfungsi sebagai enzim merupakan suatu penemuan yang menank yang telah menghasikan istilah baru biokimia—nibosim, RINGKASAN Sintesis FINA selular dikatalisis oleh RNA polimerase yang diarahkan-DNA, ‘yang menggunakan satu atau dua untaian DNA genik sebagai cetakan untuk mensintesis suatu salinan komplementer, antiparalel, dari untaian tersebut Sintesis ini terjadi dalam arah §’ > 3. Permulaan sintesis pada E, coli me- meriukan holoenzim RNA polimerase, yang terdit dar ima molekul protein (ce, BB’, dan a). Namun, faktor sigma (2) memisahkan dirt dari holoenzim setelah sintesis FINA dimulai, dan enzim inti (az, B, dan 8’) terus memper- ppanjang rantai RNA sepanjang cetakan. Untuk terminast sintesis RNA, kemungkinan diperlukan suatu protein tambahan, faktor rho (p). Informasi genetika yang digunakan untuk sintesis protein disimpan da- lam suatu kode yang triple, berdegenerasi tidak tumpang tindih, dan tidak berkoma, Triplet mengacu pada suatu rangkaian tiga basa nukleotida yang bortindak sebagai sualu unit pengkode untuk suatu asam amino. Berdege- nerasiberarli bahwa suatu asam amino dapat dikode untuk lebih dari satu 3° (4) Memitik termini Spo (@) Memiliki termini" yang berkap ()Disintesis oleh RNA polimerase yang diarahkan- DNA 5. Berdasarkan pada rangkaian nukleotida yang disajikan dalam Gambar 21-8, (¢) tiga asam amino manakah yang dikode oleh kodon terminal dar pesan gen I, (b) apakah kodon terminasi dari pesan,(c) apakah tiga asam amino pertama yang dimasukkan ke dalam polpeptda yang cispesitkasioleh genZ, dan 4 protein ‘apa yang dikode oleh gan | dan Z dari operon lacpada Econ 6. Manakah dari pernyataan berikut berlaku untuk kode genetic yang digunakan dalam mitokoncria mamala {M), ataustoplasma (C) pada Keduanya (B), atau dak ‘pada satupun (N). (a) satu kodon untuk triptotan (b) Memiliki dua kodon untuk metionin: (c) Memiliki dua kodon untuk fenilalanin (6) Memiki dua kodon untuk sstin (6) Merk iga kedon untuk soleusn (0) Memiiki empat kode untuk argiin () Memiiki empat koden terminasi (b) Memiki enam kodon untucleusin (0. Memiiki enam kodo untuk troonin @) Memiliki 61 kodon “indera” 7. Dalam bab, telah dilaporkan kontrol dari operon tp ‘melalui perlemahan. Transkripsi dari operon juga i- kontrol oleh represi preduk akhir, suatu mekanisme ppengaturan yang diajukan oleh Jacob dan Monod untuk ‘operon yang memilki gen untuk lintasan biosinttik Modelnya dipola menurut salah satu yang diajukan Untuk operon lac (Gambar 21-5), dan dengan menggu- rnakan unsur pengaturan yang sama (gen Fidan daerah (©), menjelasian bagaimana svat sol dapat mongatur lasan biosintetiknya. Kemukakan secara ringkes erally acetate proounssy oes fe oapa represi produk akhit.426 INFORMASI GENETIC 8. Manakah dari yang berkut berkatan dengan pem- rosesan FINA premessenger (P), prekursor Totra- ‘hymena INA 7), atau tidak satupun (N)? (@) Spliseosom (e) GuP (©) snfNa (6) Transesteitikasi (©) Capping ()RRNP (g) Faktor transkripsi (h) RNA heterogenosa (Enhancer Fibosim BACAAN ANJURAN Apiion, D., ed., Piocessing of RNA. Boca Raton, Fla: CRC Press, 1984, Booth, I. R., and C. F. Higgins, eds., Regulation of Gene Expression. New York: Cambridge University Press, 1986. Calender, R., and L. Gold, eds., Sequences Specificity in Transcription and Translation. New York: Alan R. Liss, 1985. Freifelder, D., Mclecular Biology, 2nd ed. Boston: Jones ‘and Bartlet, 1987, Gluzman, ¥., ed. Eucaryotic Transcription. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Press, 1985. Gluzman, ¥., and T. Shenk, eds., Enhancers and Eucaryotic Gene Expression. Cold Spring Harbor, N. ¥ Cold Spring Haibor Press, 1983, Groosman, L, and K. Melvade, eds., Nucleid Acids. Part |, ‘Methods Enzymol, Vol. 65. New York: Academic Press, 1980. Hawkins, J.0., Gene Structure and Expression. New York ‘Cambridge University Press, 1985. Hunt, T., S. Prentis, and J, To0ze, eds., DNA Makos RNA ‘Makes Proteins. New York: Elsevier, 1983. Artikel Bass, B.L.,andT.R. Cech, ‘Speci Interaction Between the Self Splicing NA of Tetrahymenaandits Guanosi ‘Substrate: Impcation for Biological Catylisie by RNA” Natur, 08:82, 1984, Chambon, P., "Eucanyotic Nuclear RNA Polymerases.” ‘Ann. Rev. Bioctem. 44:613, 1975, ‘Chambon, P., “Spit Genes.” Scientiic American, 244(5): 60, 1963. (ick, FH. C., "The Genetic Code." Scientific American, 207(4):66, 1962. Crick F-H.C., "The Genetic Code ll" Sciatic American, 215(4):55, 1966 Holmes, W. W., T. Platt, and M. Rosenberg, "Termination ‘of Transcription in E. col,” Col, $2:1028, 1983, Kell, W., "The RNA Lariat: The New Ring tothe Sp ‘of mRNA Precursor." Coll, 39:423, 1984 ing Lewin, B., Genes, rd.ed. New York: John Wiley and Sone, 1987. Losick, R., and M. Chamberlin, eds., ANA Polymerases, Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Labora- tory, 1976, Miller, J. H., and W. S. Reznikotf,eds., The Operon. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Press, 1980, Moldave, K., ed., FINA and Protein Synthesis. New York: ‘Academic Press, 1981 Stewart, P. R., and D. S. Letham, eds., The Ribonucleic ‘Acids, 2nd ed. New York: Springer-Verlag, 1977 Zsekely, M., From DNA to Protein. New York: John Wiley ‘and Sons, 1980, Vogel, H.J.,ed., Metabolic Regulation. Vol. § of Metabolic Pathways, 3rd ed. New York: Academic Press, 1971 Watson, J. D., N. H. Hopkins, J. N. Roberts, J. A. Steitz, ‘and A.M. Weiner, Molecular Biology ofthe Gene, ath ed Vol. 1 Menlo Park, Calf: Benjamin/ Cummings, 1987. Woese, C.R., The Genetic Code. New York: Harper and Row, 1967. ‘Ycas,.M,, The Biological Code, Amsterdam: North-Holtand, 1969. Kingston, R.E.,A.S. Baldwin, and P. A. Sharp, “Transcrip- tion Control by Oncogenes." Cell, 41:3, 1986. McClure, W. R., “Mechanism and Control of Transcription Initiation in Prokaryotes." Ann, Rev. Biochem, 54:171, 1985. Miller, O.L. Jt. "The Visualization of Genes in Action” ‘Scientiic American, 228(3):34 1973, Nirenberg, M. W., “The genetic Code IL" Scientific Ame- rican, 208(3):80, 1963. Padgett, A. P. J. Grabowski, M. M. Konarska, and P. A Sharp, “Splicing mRNA Precursor: Brach Sites and La- fiat RNA’s.* TIBS.* 10:184, 1985, Paule, M. R.,"Comparative Subunit Composition of the Eucaryotic Nuclear RNA Polymerases.” TIBS, 6:128, 1981. Trends in Biochemical SciencesFuNcKAsAN 427 ‘Sharp, P.A., “On the Origin of RNA Splicing and Intron” Von Hippel, P. H., D. G. Bear, W. D. Morgan, and J. A. Coll, 42:397, 1985. ‘McSwiggen, Stein, G.S.,J.S.Stein, andL.J.Kleinsmith,*Chromosomal __“Protein-Nucleic Acid Interaction in Transcription: A Protein and Gene Regulation." Scientiic American, 280(2):46, 1975. Molecular Analysis." Ann. Rev. Biochem. 53:389, 1984. Watson, M. D., “Attenuation: Translational Control of ‘Transcription Termination.” TIBS, 6:180, 1981