BAB 6.

NUTRISI MIKROBA
Mayoritas komponen seluler adalah karbon, oksigen, hidrogen, nitrogen, dan
fosfor dan elemen ini merupakan penyusun utama membran, protein, asam nukleat dan
struktur seluler lainnya. Elemen ini diperlukan paling banyak oleh mikroba untuk
menyusun komponen selulernya. Oleh karena itu disebut makronutrien. Elemen lainnya
yang sedikit diperlukan oleh mikroba untuk menyusun komponen selulernya disebut
mikronutrien. Elemen lainnya yang sangat sedikit (bahkan tidak terukur) diperlukan sel
untuk menyusun komponen seluler, tetapi harus hadir dalam nutrisinya disebut trace
elemen. Semua elemen yang diperlukan oleh mikroba terangkum dalam Tabel 6.1 dan
6.2. Faktor pertumbuhan merupakan molekul organik yang penting bagi pertumbuhan
tetapi tidak mampu disintesis oleh mikroba sendiri seperti vitamin dan asam amino.
Tabel 6.1 Elemen Makro- dan makro-nutrien yang diperlukan oleh mikroba
Element
% berat
Sumber
Fungsi
kering
Makronutrien
Karbon (C)
50
Senyawa organik atau
Konstituen utama material
CO2
seluler
Oksigen (O)
20
H2O, senyawa organik, Konstituen material dan air
CO2, dan O2
seluler, akseptor elektron
Nitrogen (N)
14
NH3, NO3, senyawa
Konstituen asam amino asam
organik, N2
nukleat, nukleotida, dan
koenzim
Hidrogen (H)
8
H2O, senyawa organik, Konstituen senyawa organik
H2
dan air seluler. Penting
untuk produksi energi
Fosfat (P)
3
Fosfat anorganik (PO4) Konstituen asam nukleat,
nukleotida, fosfolipid, LPS,
asam teikoat
Mikronutrien
Sulfur (S)
1
SO4, H2S, S, senyawa Konstituen sistein, metionin,
sulfur organik
glutation, koenzim
Kalium (K)
1
Garam Kalium
Kation anorganik utama
seluler dan kofaktor enzim
Magnesium (Mg)
0.5
Garam magnesium
Kation anorganik seluler dan
kofaktor enzim
Kalsium (Ca)
0.5
Garam kalsium
Kation anorganik utama
seluler, kofaktor enzim, dan
komponen endospora
Besi (Fe)
0.2
Garam besi
Komponen sitokrom dan
protein, kofaktor enzim
Beberapa species mampu memanfaatkan molekul sederhana sebagai sumber
makronutrien, mikronutrien, dan trace elemen dan menyintesisnya menjadi molekul

kompleks untuk pertumbuhan dirinya. Beberapa species sangat tergantung pada

molekul organik sebagai sumber makronutrien, mikronutrien, dan trace elemen.
Tabel 6.2 Fungsi trace elemen bagi mikroba
Elemen
Function
Cobalt
Bagian dari vitamin B12, biasanya digunakan untuk membawa
gugus metil
Zinc
Berperan struktural pada enzim termasuk enzim DNA polimerase
Mo
Diperlukan untuk asimilasi nitrogen, ditemukan di nitrat reduktase
dan nitrogenase
Cu
Berperan katalitik pada beberapa enzim yang bereaksi dengan
oksigen seperti sitokrom oksidase
Mn
Diperlukan oleh sejumlah enzim pada tempat katalitik. Enzim
fotosintetik tertentu mengunakan Mn untuk memecah air menjadi
proton dan oksigen
Ni
Berperan pada beberapa enzim, termasuk enzim untuk
metabolisme CO, urea, dan metanogenesis
Ketergantungan terhadap faktor pertumbuhan merefleksikan kemampuan
sintesis mikroba dan merefleksikan lingkungan di mana mikroba tumbuh. Jika mikroba
tumbuh di lingkungan mengandung (kaya) faktor pertumbuhan, maka mikroba
kehilangan kemampuan menyintesis faktor pertumbuhan, karena mikroba dengan
mudah mengambil faktor pertumbuhan dari lingkungannya. Beberapa mikroba mampu
hidup dengan kondisi lingkungan minimalis, seperti Anabaena variabilis yang dapat
tumbuh di media terdiri atas sedikit garam, CO2, N2, dan cahaya. Beberapa mikroba
harus tumbuh di lingkungan kaya molekul organik seperti Streptococcus yang hidup di
saluran pencernaan. Streptococcus kehilangan kemampuan sintesis sebagian besar
senyawa organik. Tabel 6.3 menunjukkan fungsi vitamin dalam metabolisme seluler
Tabel 6.3 Vitamin dan fungsinya
Vitamin
Bentuk Koenzim
Asam Folat
Tetrahidrofolat
Biotin
Asam Lipoat

Biotin
Lipoamida

Mercaptoethane-asam
sulfonat
Asam nikotinat

Koenzim M

Asam Pantotenat
Pyridoksin (B6)
Riboflavin (B2)

NADP dan NAD

(nicotinamide
adenine dinucleotide)
Koenzim A dan Protein
Pembawa Asil (ACP)
Pyridoksal fosfat
FMN (flavin

Fungsi
Transfer satu unit C, diperlukan
untuk sintesis timin, purin, serin,
metionin, dan pantotenat
Reaksi biosintetik dalam fiksasi CO2
Transfer gugus asil dalam oksidasi
asam keto
Produksi CH4 oleh metanogen
Pembawa elektron, rekasi redoks
Oksidasi asam keto dan pembawa
gugus asil dalam metabolisme
Metabolisme asam amino
Pembawa elektron, reaksi redoks

Tiamin (B1)
Vitamin B12
Vitamin K

mononucleotide) dan
FAD (flavin adenine
dinucleotide)
Tiamin pirofosfat (TPP)
Kobalamin
berpasangan adenin
nukleosida
Kuinon dan
naptokuinon

Dekarboksilasi asam keto dan

reaksi transaminasi
Transfer gugus metil
Proses transport elektron

PENGELOMPOKAN NUTRISI
Semua organisme memerlukan karbon, energi dan elektron untuk aktivitas
metabolismenya dan bakteri telah dikelompokkan berdasarkan metode memperoleh dan
mengunakan ketiga komponen tersebut. Karbon merupakan komponen utama dan
penting bagi sistem hidup khususnya sebagai kerangka makromolekul seluler. Mikroba
yang memperoleh karbon dari karbon dioksida disebut autotrof, sedangkan mikroba
yang memperoleh karbon dari molekul organik disebut heterotrof. Energi untuk
keberlangsungan reaksi seluler dapat berasal dari konversi cahaya atau reaksi oksidasi
senyawa organik maupun anorganik. Mikroba fototrofik mampu mengkonversi cahaya
menjadi energi kimia, sedangkan kemotrofik memperoleh energi dari oksidasi kimiawi
baik organik maupun anorganik. Dalam memperoleh energi diperlukan sumber elektron.
Mikroba yang memperoleh elektron dari senyawa organik, disebut organotrof,
sedangkan yang memperoleh elektron dari senyawa anorganik disebut litotrof.
Tabel 6.4 Pengelompokan mikroba berdasarkan sumber energi, karbon, dan elektron
Tipe Nutrisional
Fotoautotrofik litotrof
Fotoheterotrofik
organotrof
Kemoautotrofik
litotrof
Kemoheterotrofik
organotrof

Sumber
Energi
Cahaya

Sumber
Karbon
CO2

Cahaya

Senyawa
organik
CO2

Kimiawi (H2,
NH3, H2S)
Senyawa
organik

Senyawa
organik

Sumber
Elektron
Senyawa
anorganik
(H2O / H2S)
Senyawa
organik
Senyawa
anorganik
Senyawa
organik

Contoh
Sianobakteri, bakteri
ungu dan hijau
Bakteri ungu dan hijau
Bakteri dan Arkhaea
Kebanyakan bakteri
dan sedikit Arkhaea

Dengan mengkombinasi terminologi di atas, maka diperoleh model nutrisional

dari mikroba. Sebagai contoh kemoorganotrofik heterotrof adalah mikroba yang
memperoleh energi dari oksidasi kimiawi, sumber elektron dan karbon dari senyawa

organik. Mikroba fotoautotrofik litotrof adalah mikroba yang memperoleh energi dari
konversi cahaya, sumber elektron dan karbon dari senyawa anorganik. Tabel 6.4
Menunjukkan pengelompokan mikroba berdasarkan sumber karbon, elektron, dan
energi.
Metode pengelompokan mikroba berdasarkan nutrisinya penting dalam
mempelajari mikroba. Terdapat mikroba yang mampu tumbuh dengan lebih dari 1 model
nutrisional, seperti Rhodobacter sphaeroides yang umumnya fototrofik litotrof (sumber
energi, karbon, dan elektron adalah cahaya, CO2 dan H2S). Namun pada kondisi
lingkungan gelap, maka model nutrisionalnya berubah menjadi kemoheterotrofik
organotrof (sumber energi adalah oksidasi kimiawi dan karbon dan elektron adalah
senyawa organik). Beggiatoa sp mampu melaksanakan lebih dari satu model nutrisional
secara bersamaan.
MEDIA KULTIVASI
Ilmuwan hanya mampu mengkultur 10% mikroba dari lingkungan alaminya.
Beberapa hal yang menghambat kultivasi mikroba adalah kondisi lingkungan yang
sangat spesifik dan tidak dapat dipenuhi oleh kondisi laboratorium, seperti kadar oksigen
46%. Tujuan kultivikasi mikroba adalah menumbuhkan mikroba di luar lingkungan
alaminya, sehingga mudah dipelajari.
Properti Dasar Media
Media untuk kultivasi mikroba dapat berbentuk cair (broth) maupun padat (agar).
Kultur cair sangat bermanfaat untuk menumbuhkan mikroba dalam jumlah besar di
lingkungan homogen. Media padat sangat bermanfaat untuk isolasi kultur murni,
perhitungan mikroba, dan seleksi galur yang diinginkan. Media padat berisi substabsi
yang memadat ketika didinginkan pada suhu kamar. Substansi pemadat yang umum
digunakan adalah agar.
Agar adalah ekstrak alga merah dan merupakan rantai panjang polisakarida.
Sebagian besar mikroba tidak dapat mendegradasi agar, sehingga tetap stabil dan
bertahan lama. Agar mencair pada suhu 100c dan memadat pada suhu 45C.
Pemakaian agar menjadi tidak berguna ketika untuk mengkultivasi mikroba termofil
ekstrim. Hal ini karena suhu optimal pertumbuhan mikroba tersebut di atas 50C,
sehingga agar tetap mencair.
Setiap mikroba memiliki kebutuhan akan nutrien masing-masing. Untuk dapat
mengkultivasi Sianobakteri seperti Oscillatoria (fotoautotrofik litotrof) hanya
membutuhkan media sederhana (Tabel 6.5). Hal ini karena Oscillatoria mampu

menyintesis senyawa organik dari senyawa anorganik dari media kultivasi. Selama
kultivasi harus tersedia cahaya dan suhu pertumbuhan diatur. Oksigen atmosferik tidak
dipersoalkan, karena selama kultivasi Oscillatoria menghasilkan oksigen. Media
pertumbuhan untuk mikroba lainnya dapat dilihat di Tabel 6.6.
Tabel 6.5 Media untuk Sianobakteri
Komponen
Jumlah (g/L)
MgSO47H2O
0.075
CaCl22H2O
0.036
NaCl
1.000
K2HPO4
0.030
NaCO3
0.020
Ferric ammonium
0.006
citrate*
micronutrients mix **
1 ml
Na2EDTA2H2O*
0.001
Citric acid*
0.006
*
**

Fungsi
Sumber magnesium dan sulfur
Sumber kalsium
Sumber natrium
Sumber kalium dan fosfat
Sumber karbon
Sumber besi
Sumber mikronutrien

Agen kelating untuk mencegah reaksi

mineral selama sterilisasi
Agen kelating untuk mencegah reaksi
mineral selama sterilisasi
Merupakan senyawa organik tetapi tidak mencukupi sebagai sumber karbon
karena terlalu sedikit
Terdiri dari H3BO3, MnCl24H2O, ZnSO47H2O, NaMoO42H2O, CuSO45H2O, dan
Co(NO3) 26H2O

Tabel 6.6 Komposisi media untuk kultivasi beberapa mikroba

Rhodobacter sphaeroides
Nitrosomonas
Pseudomonas
Komponen
Jumlah
Komponen
Jumlah
Komponen
Jumlah
(g/L)
(g/L)
(g/L)
K2HPO43H2O
4.44
(NH4)2SO4
0.50
Succinic acid
5.0
(NH4)2SO4
0.50
MgSO47H2O
0.04
Na2HPO412H2O
6.0
Succinic acid
4.00
CaCl22H2O
0.04
KH2PO4
2.4
Glutamic acid
0.10
KH2PO4
0.20
NH4Cl
1.0
Aspartic acid
0.04
Fe-EDTA
0.0005 MgSO47H2O
0.5
NaCl
0.50
Phenol red
0.0001 CaCl26H2O
0.01
Nitriloacetic acid
0.20
FeCl36H2O
0.01
MgSO47H2O
0.30
Agar
15.0
CaCl22H2O
0.033
FeSO47H2O
0.002
Trace elements
0.10 ml
solution
0.10 ml
Vitamin solution
0.02 ml
1% Ammonium
molybdate
Jenis Media

Terdapat berbagai jenis media untuk kultivasi mikroba. Media kultivasi dibedakan
menjadi 2 kelompok besar yaitu media sintetik terdefinisi (chemical defined media)
dan media kompleks (complex media). Media sintetik terdefinisi adalah media dari
bahan sintetik dengan komposisi dan kadar yang terdefinisi jelas. Media kompleks
adalah media yang mengandung bahan alami dengan komposisi dan kadar yang tidak
terdefinisi. Contoh media sintetik terdefinisi adalah media kultivasi Pseudomonas (Tabel
6.6), sedangkan contoh media kompleks adalah media bismuth sulfida agar untuk
Salmonella sp. (Tabel 6.7)
Tabel 6.7 Media bismuth sulfifa agar (BSA)
Komponen
Jumlah
Fungsi
(g/L)
Beef extract
5.0
Sumber asam amino, nukleotida, vitamin dan
mikronutrien, juga sumber karbon
Peptone
6.0
Sumber asam amino, nukleotida, vitamin dan
mikronutrien, juga sumber karbon
Glucose
5.0
Sumber karbon dan energi
Na2HPO412H2O
4.0
Sumber fosfat dan sebagai buffer pH
FeSO47H2O
0.3
Indikator produksi H2S. Sumber besi dan
sulfur
Bismuth Sulfite Indicator
8.0
Penghambat bakteri gram positif
Brilliant Green
0.025
Penghambat bakteri gram positif
Agar
20.0
Agen pemadat
Media minimal (minimal media) adalah media yang berisi sejumlah nutrien
minimal bagi pertumbuhan mikroba. Media minimal termasuk media sintetik terdefinisi.
Media minimal diperlukan untuk mempelajari kebutuhan akan nutrisi dan analisis
genetik. Media kultivasi Nitrosomonas dan Psuedomonas (Tabel 6.6) termasuk media
minimal.
Media kaya (rich media) adalah media dengan komposisi nutrien berlimpah
(biasanya dari ekstrak) dan untuk pertumbuhan berbagai jenis mikroba. Kultivasi
mikroba patogen biasanya dan analisis genetik menggunakan media kaya. Contoh
media kaya dan sering dipakai untuk analisis genetik adalah media Luria Bertani (LB)
yang terdiri 10 g/L tripton, 5 g/L ekstrak khamir, dan 10 g/L NaCl.
Media dapat digunakan untuk mengelompokan atau membedakan mikroba.
Media selektif (selective media) adalah media formulasi untuk menghambat
pertumbuhan mikroba tertentu dan menumbuhkan mikroba yang diinginkan. Media
selektif pada dasarnya adalah media untuk mikroba yang diinginkan ditambah faktor
penghambat untuk mikroba lain yang dapat hidup di media sama. Media selektif
bermanfaat untuk menyeleksi mikroba tertentu (khususnya galur tertentu). Media

MacConkey agar (Tabel 6.8) adalah contoh media selektif. Bile salt dan cristal violet
merupakan agen penghambat pertumbuhan bakteri gram positif.
Tabel 6.8 Media MacConkey agar
Komponen
Jumlah
(g/L)
Proteose Peptone
3.0
Lactose
NaCl
Bile Salts
Crystal Violet
Neutral red
Agar

10.0
5.0
1.5
0.001
0.03
13.5

Fungsi
Sember peptida, karbon, energi, mikro dan
makronutrien
Sumber karbon dan energi
Kesetimbangan osmotik
Agen penyeleksi
Agen penyeleksi
Indikator pH
Agen pemadat

Media diperkaya (enrichment media) adalah media kaya untuk mikroba tertentu.
Media diperkaya menyediakan nutrien bagi pertumbuhan mikroba tertentu dan agen
penyeleksi untuk menghambat pertumbuhan mikroba yang tidak diinginkan. Jadi media
diperkaya adalah media selektif yang diperkaya. Contoh media diperkaya adalah media
bebas nitrogen untuk isolasi bakteri penambat nitrogen dan media 2,4-D untuk isolasi
bakteri pengonsumsi herbisida 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (Tabel 6.9).
Tabel 6.9 Dua media diperkaya
Media Bebas Nitrogen
Komponen
Jumlah (g/L)
Glucose
CaCO3
KH2PO4
MgSO47H2O
FeSO47H2O
NaCl
Na2Mo42H2O
Agar

10.0
1.0
1.0
0.2
0.3
0.2
0.005
15.0

Media 2,4-D
Komponen
2,4-dichlorophenoxyacetic
acid
K2HPO43H2O
NaH2PO4H2O
MgSO47H2O
Nitrilotriacetic acid
NH4Cl
FeSO47H2O
MnSO4H2O
ZnSO47H2O
CoSO4

Jumlah (g/L)
0.1
4.2
1.0
0.2
0.1 ml
2.0
0.012
0.003
0.003
0.001

Media diferensial (differential media) adalah media yang tidak mengandung

agen penghambat, tetapi mengandung agen pembeda penambakan dua kelompok
mikroba berbeda. Media laktosa yang mengandung bromcresol blue yang mampu
membedakan penampakan koloni bakteri pemfermentasi laktosa. Media di sekitar
bakteri yang mampu memfermentasi laktosa akan berubah warna menjadi kuning.
Sebaliknya media di sekitar bakteri tak mampu memfermentasi laktosa tetap berwarna

ungu. Kedua jenis bakteri tersebut mampu tumbuh di media laktosa. Selain bromcresol
blue media laktosa terdiri atas pepton, beef extract, dan laktosa.
Media harus disterilisasi sebelum digunakan untuk kultivasi dan isolasi mikroba.
Sterilisasi yang umum untuk media adalah dengan autoklaf. Namun untuk komponen
nutrien yang tidak tahan panas seperti vitamin, antibiotik, dan beberapa asam amino
dilakukan filtrasi terpisah dari media pokok. Vitamin dan antibiotik dimasukkan secara
aseptis ke media pokok setelah media mendingin dan masih cair.