COOSA
AERATOR CRD
media estimeda Las encimas de restriccin son endo-
‘de cuatro aflos en nucleasas que reconocen con una alta
las condiciones _especificidad una secuencia corta (nor-
anteriores. Las malmente de 4-8 pares de bases) de
rmisntas propieda-ADN de doble hebra produciendo la
desquehacen an rotura hidrolftica de cada hebra en
apropiado el _secuencias concretes del ADN denomi-
L_genoma humano con-
siste en 23 pares de cr0-
mosomas nucleares y
varias copias de un cxo-
‘mosoma mitocondrial ue eon-
tienen tres. mil millones de
pares de bases de ADN. Los
Zproximadamente 30.000 | ,, Antone enlace fosfoies- nada sitios de resrccién, Debido a
genes humanos se deben ter pueden resul> que ests sitios de restriccién no esti
3] wanscribir en moléculas de . tur un inconve- dsiibuidos uniformemente en et
3] ARNin ames dela sinesis de | OmeEretedeQuinkx Orion piente, De hecho, genoma humano, las encimas de re
$) tas proeinas. Una simple | enaifanouciversguanes uh ADN extaio sige naturales producen la rotura
{)mutacdn en uno de ests tina ver reeono- de ido ncleico en demasiadosfrag-
E| genes o ta pérdida del ARNm ido debe ser des mentos lo que dificulta el anilisis de
Puede conducir a graves pro- tuido las mata- Ios mismos. En el disefo de encimas de
bblemas. Por eso no es sorprendente que _ciones en el ADN deben ser reparadas. restrice‘dn no naturales se intenta
fanaturaleza hayiaelegido la uniga fosfo- Si un ARNm codifica lasfntesis de una aumentar la secuencia de reconoci-
diester para preservar el material gené- protein no necesariaparaelorganismo, mento hasta 15 pares de bases lo que
tico, La vida media para la rotura hid debe ser hidrolizado, puede ser de gran utilidad ya que los
tica de los enlaces fosfodiester en el fragmentos resultantes se pueden aislar
ADN. a pH 7 y 25°C. se ha estimado en con més facilidad y Iuego se pueden
aproximadamente 130,000 aes. individualmente romper en fragmentos
‘més pequedos con enzimas de restric-
cién naturales.
El desarrollo de la biologfa molecu
lar modema se debe en buens medida a
la disponibilidad de enzimas de restric-
ign, La combinacién de enzimas de
restriceidn y ligasas permite la mani-
pulacién del material genético por
Fig 2. Esqueleto axicarfosfaio de las core y unin en lugares determinados
cadenas de dcidos nucteicos (Adaptado del Scido nucteico.
de Biologia Motecular e Ingenierta Los compuestos capaces de producir
Genética, J. Luque y A. Herriez, Ed. __ la rotura de los dcidos nucleicos pre-
Harcourt, 2001) sentan importantes aplicaciones en el
esacrollo de nuevos compuestos con
[Las nucleass son enzimas que prode- actividad terapéutica sobre enfermeda-
cen Ia rotura de los enlaces fosfodiester des que implican la produccin de pro-
de la cadena polinucleotdica de los éci-_tefnas perjudiciales. En esta categoria,
dos nucleicos. Dependiendo de que Ia se incluyen enfermedades viricas y
Fig 1. Modelo de “cintas” de ADN de rotura de los enlaces fosfodiester se pro- otras producidas por bacterias y hon-
doble hélice (Reproducid de Biologia duzcaen posiciones intemas terminales gos, y algunos tipos de cncer. La apli-
Molecular e Ingenierla Genética, J. ena estructura primaria las nucleasas se cacién como férmacos de las nucleasas
Luque y A. Herréez. Ed, Harcourt, 2001) denominan endonucleasas exonucles-_artificiales se basa en su capacidad para
i sas. Las desoxiribonueleasas (DNasas) _producir la rotura del ARN mensajero
| Debio aia exteci en a posckénproducen a rout de los enlaces fosfo- cuando el grupo clio ex undo a
|
|
2° de un grupo OH, el grupo fosfodies- diester del ADN y las riborucleasas un oligonuclestido antisentido Yo cual
terdel ARN es mas lil, con una vida (RNasas) producen leotura del ARN. _impide la sintesis de la proteina codii-
MODELOS ABIOTICOS DE NUCLEASAS: PROCESOS DE ROTURA NUCLEOFILA DE ACIDOS NUCLEICOS procesos de transfe-
rencia prot6nica. El
lector interesado en el
tema puede obtener
tuna informacién mais,
exhaustiva en las
publicaciones recog
das en la referencia L.
La rotura del ARN
cada por el gen res-
pective,
Las t6enicas utiliza-
das habitualmente para
determinar Ia estructura
tridimensional de los
feidos nucleicos son la
Resonancia Magnética
Nuclear y a ditfaccién
de rayos-X. Estas t6¢- a) Forma circular ) Forma cireularrelajada ¢) Forma lineal for este tp de pro
nicas requieren una (Forma) (Forma 11) superencollada, cesos est eualizada
ccantidad relativamente (Forma Ii} por un gran ndmero
aes Fig 3. Microfotografia electra de diferentes moléculas de ADN del virus °° SSBRENS: TU
X la obtencién de SV42. retales alcalinoté-
cristales adecuados. rneos (Mg(il, Ca],
Por otra pare, en muchos casos 1a circular) superenrollados pueden condu- sales de metales de transicin (Fe(IID,
interpretaciGn de los espectros de cit a la forma circular relajada (forma Ni({1), Cu(lN)], Zn(II), Pb¢M), lantini-
RMN de dcidos nucleicos es muy com- Il) y ls forma lineal (forma I os, actinides (UOs2*, sales de
pleja Las nucleasas artficiales pueden
ser hiles como sondas para la investi-
gacién de la estructura de los Acidos
nucleicos en disolucién ya que pueden
ser disefladas para reconocer eiertas
conformaciones como las cruciformes,
regiones de hebra sencilla 0 de hélices
levégiras
Las reacciones de rotura de las cade~
nas de los écidas nucleicos con nucle-
asas artficiales son de gran interés
para entender los procesos de rotura de
los grupos fosfodiester que se produ-
cenen la naturaleza y paral disefo de Fig 4, Electroforess en gel de agaros@carécter de grupo salente
nuevas enzimas de testricciGn artfi- en el quese muestra el resultado dei pro- “tet esquema siguiente s india el
ciales. Aungue se dispone de abun- ceso de roura del plésmido pUCI9 con proceso de rotirancleSfla del ARN.
dante informacién sobre diferentes wn bisintercalante. (Reproducido del
aspectos de las nucleasas naturales Tetrahedron Letters, 2001, 2, 5701-04)
(estructura en fase solida y en disolu-
ida, cinética del proceso de corte de _La rotura de los Acidos nucleicos se
los eidos nucleicos) quedan todavia puede produc, fundamentalmente, por
muchos interrogantes sabre su meca- dos tipos de procesos: a) Rotura mucle-
nismo de accién como, por ejemplo, la fila que consta de una etapa de transes
funcién que desempefian los iones terificacién seguida de una hidr6liss y
rmetilicos en el proceso de rotura. Las») Rotura oxidativa.
nucleasas artificiales permiten situar Los procesos de rotura nule6file de los
tuna gran variedad de complejos meté- dcidos nucleicos suelen ser os més conve-
licos en lugares determinados de la nientes ya que los fragmentos obtenidos
‘estructura de doble hebra de Ios écides por estos procedimientos se pueden uni y,
nucleicos. El uso de complejos metili- _ademds, estos procesos presentan una alta
cos con una geometria determinada y _selectvided para el ARN frente al ADN y
de especies: Ht, HO"
Las distintas formas LI del ADN se torio.ete.}, enzimas y ribozimas.
‘pueden poner de manifiesto por la dife- La transesterficecién del ARN nece~
rente movilidad de las mismas en elee- sita la paricipacién del grupo 2"-OH
troforesis en gel de agarasa, como nuclesfilo, con excepcién de
algunas ribozimas
que usan otros hidro-
xilos ucleéfilos.
Durante la reaccién
el grupo 2'-OH se
debe de desprotonar
y el grupo alcoxi en
5° se debe de proto-
nar para sumentar su
I ‘Segunda Fpoca Avil Junio Te
“Anal dea Real Sosa Kata de Ques
Ja modulacién del pKa de las molécu- I ventajade la ausencia de radicales oxi- Fig S
las de agua coordinadas al metal, cem- _genadosdifusibles que se generan a veces
biando el ligando o el metal, junto con en laroura oxidativacon cationes metdli-_En el ADN la ausencia de le funcién
Ja posibilidad de utilizar dos a més cosy que producen en ocasiones laxotura _2'-OH lo hace inerte frente a la hidréli-
metales en una posicién determinada del ligando o de la molécula responsable sis 0 ala transesteifcacién con molécu- |
ppor la geometria del ligendo permitiré del reconocimiento del écido nucieico. las pequefas,
elucidar algunas de las cuestiones _Enestarevisi6n serecogen los ejem- __Ambas etapas se pueden catalizar por
‘mecan(sticas planteadas. plos que consideramos mis significati- _hidréxidos metélices © por el imidazol. |
Los procesos de rotura efectuados vos de sistemas que catalizan la rotura Recordemos que el pKa del imidazal es
sobre plésmidos (moléculas de ADN nucledfila de los grupos fosfodiester aproximadamente 7 por Jo que a pH
dicatenario de pequefio tamafo y forma con complejos metilicos través de fisiol6gicoexisten ambas formas, proto- |
MODELOS ABIOTICOS DE NUCLEASAS: PROCESOS DE ROTURA NUCLEOFILA DE ACIDOS NUCLEICOS Anal de i Resl Scie Espa de Quimica
nada y no protonada, con Jo que el imi-
dazol puede actuar como base y el
catign imidazotio como scido:
lo
Ou
a
Fig6
Porotra parte, debido a la fuerte pola
rizacién de las moléculas de agua coor-
inadas @.un in metélico, un catién
‘metilico hidratado puede ser una fuente
de iones hidroxilo muy reactivos:
won? mon?
Fig7
Dicho de otro modo, algunos metales
rmodifican el pKa del agua coordinada
‘con ellos tal y como se pone de mani=
fiestoen la siguiente tabla:
pKa Me
107 cut
100 Za
Las grandes perturbaciones del pKa
del agua coordinada a iones metélicos
cen el centro activo de una enzima como
por ejemplo en algunas ribozimas es, 0
puede ser, la causa de la accién hidroli-
tia de estas enzimas. Asfel agua y los
‘grupos hidroxilo unidos al cation meté-
Tico pueden actuar transfriendo proto-
res entre el nucledtilo entrante y el
_grupo alcoxilo salient.
La catilisis det proceso de rotura
rucle6fila del ARN se puede esquemati-
zat del modo siguiente:
Es posible que la desprotonacién del
rucleéfilo se produzca por coordinacién
previa del metal por lo que el nuele6filo
‘efectivo serd un alesxido metalico:
ig)
‘Aunque también es posible que la
protonacién del grupo saliente no sea
necesaria. Lo que si resulta importante
es neutralizar la carga negativa en el
‘complejo activado lo que se puede con-
seguir con cides proténicos 0 de
Lewis.
Fig 10
ROTURA DE ACIDOS NUCLEICOS
CON COMPLEJOS METALICOS
La rotura de enlaces fosfodiester con
catalizadores conteniendo iones metili-
cos es un tema que se ha desarrollado en
las dltimas décadas. El motive de estos
estudios es el de profundizar en el cono-
cimiento del modo de accién de las
ribozimas y otras metaloencimas y
rmimetizar Su accién con estos agentes
de corte sintéticos.
A continuacisn se deseriben algunos
de los ejemplos mas significativos de
Jos complejos metilicos que catalizan la
rotura de enlaces fosfodiestec
Catélisis con iones metilicos det
‘euarto pertodo
‘Los complejos 1-3 de Cu(II) con
ligandos de 2,2':6',2"-terpiridina, 2,2'-
bipiridina y 1,10-fenantrolina,respecti-
‘vamente, producen la rotura de adenilil-
3/,5'-adenosina (APA) a pHT y a 20°C
(2). La secuencia de velocidad para la
rotura del adenilil-3",5'-adenosina
(Apa) con estos complejos es 3>1>2 y
los pH éptimos se corresponden con
los pKa de las moléculas de agua coor-
dinadas.
Fig.
Ehecho de que ef complejo 3 sea el
catalizador mas efectivo se puede atri-
buir a que los grupos medio de las posi-
ciones 2 y 9 impiden fa dimerizacién det
‘complejo como ccurte en el complejo 2:
ae — oe
tA ope
é Py
Figi2
Los complejos 1 y 2hidrolizan también
el ARN (pH 7, 37°C, 20 horas). Sin
embargo, no producen la hidr6lisis del
ADN (3). En estos complejos el hideéxido
tunido al metal puede actuar como bese
mientras que el centro metilieo puede
acaar coma écido de Lewis. El complejo
2ees tambien un caalizador muy efiiente
para a hidrlisis de diesteres fosfricos a
75'CapH5.883(4)y Lesuncatalizador
cficiente para la bidrdlisis del diester
ciclico 2'-adenosin monofosfato pero
fo produce la hidrlisis del fosfato de
bist4-nitrofenilo) (BNPP) (5).
Los complejos de poliaminas con
(Cui) producen la rotura del ADN de
hiélice doble o sencilla por dos mecanis-
mos diferentes (6). El complejo 4 rompe
CLADN de hélie sencilla de modo ines-
pecifico (pH fisiol6gico, 48 horas) y
rompe el ADN superenrollado a la forma
relajada circular Il y més lentamente ala
forma lineal TM (a pH fisioldgico en 48
horas se produce una rorura del 90% con
‘una concentracién 1 mM de 4) y la rotura
‘aumenta en presencia del reductor DL-
itioneitol (OTT).
[SERRE MODELOS ABIOTICOS DE NUCLEASAS: PROCESOS DE ROTURA NUCLEOFILA DE ACIDOS NUCLEICOS En ausencia de oxigeno se produce le
rotura del ADN superenrollado y de
hélice sencilla aunque més fentamente y
se produce también en presencia de
DMSO y de alcoholes por o que se puede
afirmar que la reaciGn no transcure a tra
vvés de especies radicélicas. En condicio-
nes anaerdbicas § es mucho més eficiente
que 4. De estos resultados experimentales
se puede establecer que larotura del AD
con estos complejo transcure através de
‘un proceso hidrolitco y por un proceso
oxidativo alteratvo.
Los complejos de Cu(tt), Catth,
[Ni(ID) y Za(Hl) con ligandos derivados
de latiléndiamina o la propiléndiamina
producen, en condiciones fisiol6gicas,
la sotura del phismido pBR322 a la
forma relgjada circular MI (7). Con fos
jones Cal), NidHl) y Za(HH) la rotura
‘ranscurre por un proceso de hidrélisis
mientras que con el Cu(TD) se produce
‘en parte por un proceso oxidative. Los
mejores resultados se producen con los
complejos de Zn( ll) de la etiléndiamina
y de la propiléndiamina (R= CHyPh)
‘aunque por lo general los complejos con
las ligandos con carga positiva son los
que presentan una mayor activided cata-
Iitica en concordancia con su afinidad
hacia el ADN.
we LG
Fig
Los aminoglicésidos presentan una
‘1am afnidad por ef ADN por intereccio-
nes electrstiticas y de enlaces de hidr-
‘geno, Los complejos de Cu(lf) de los
aminoglicésidos Neamnina y Kanamicina
producen una gran aceleracién en la
roturahidrlitica de plésmido pT7-7 en
‘condiciones fsiol6gicassiendo la ctv
dad el complejo de la Kanamicin supe-
or al de a Neamins (8)
Los complejos de Co(lIl) con potia-
‘mias producen también Ia rotura de los
fcidos mucieicos. Los complejos de
CCo(ltl) con el 1,4,7,10-tetraazaciclodo-
decano (ciclen) y el 6-(4-amino-2-aza-
‘butil)-6-metil-1,4-diazacicloheptano)
(amen) producea la rotura, no especf-
fica, del ADN superenrollado pUC9 ala
‘forma relajada circular, La rotura se pro-
‘duce a pH 7.6 a 37°C y en ausencia de
uz (9).
Fig 16
El complejo del Co(II) con la trietitén-
‘etramina cataliza la hidrlisis del enlace
{osfodiester en le adenlil-3°5'-adenosina
(ApA) a pH 5-8 y 50°C (10), Laronura se
produce segin el mecanismo que se
indica en el esquema siguiente:
Figi7
Este complejo de Co(TM) no produce la
rotura del 2°-Sesoxiadeniil('-5")-2"-
desoxiadenosina por lo que este resultado
es indicativo de que el grupo 2'-OH es
cesencial para que se produzca la hidréti-
sis Posteriormente, Schneider (11) estu-
di6 los procesos de rotura del ADN con
ccomplejos de Colt) en los que ef
ligando es la wis(3-aminopropil)amina
(apa) o una unidad de 147, 10-tetraaza-
ciclododecano (ciclen) sustituida por
65 los complejos metal-hidroxo
son los responsables de la catilisis, El
ign hidréxido actuaria como catlizador
‘bésico activando el grupo 2'-OH para el
ataque intramolecular sobre el étomo de
‘sforo (12),
La rotura de la uriil-3""-adenosina
(UpU) esté catalizada también por
Eu(Hl) y esta catilisis es una 15 veces
ids efectiva que con Zn( il). Hay ade-
sms un incremento de la sctvidad cata-
litica cuando se adiciona una B-ciclo-
EuI)>La(T). Le adicién de
flcerinao de I sal sédica de un Seido
shicénico aurent Ia velocidad de Is
hicrstsis ya que los grupos OF del
ligandoejrcen la funcién del grupo 2
(OH ausente en el ADN y ese efeco se
observa aunque la constant de comple
{cin con el metal sea bea (16).
FED ce es sn
Ales i Res! Sole Esato de Quis
oH
Hoos! S oH oo
Hoos CoH
era
Fig22
La hidrotisis se produce con una alta
regioselectividad hacie el enlace 3°-O-P
To que produce los fragmentos 3'-OH y
5'-OPOs, Este complejo es la primera
molécula pequeti capez de producir la
hidr6lisis en condiciones fisioldgicas
el ADN de doble hebre y es el sistema
{que mejor mimetiza la hidréisis catali-
zeda por las endonucleasas de restic-
cién,
Los complejos de lantinidos (LadiID,
Eu(It1), GACH) y TEC] con piridino-
anos producen la rotura de la ApUp a
37°C yapH7.15 09):
La adicin de azaoxacoronandos que
complejan os lanténidos(II1) aumenta
Ia velocidad de ta roura:
Fig2t
Fig24
Revientemente, (21) se ha descrito la
sfaresis de un complejo de TH(IV) con
tun derivado del ciclen:
ne
Fig 25
Este complejo cataliza la hidsdlisis
del ARN a pH neutro més eficiente-
‘mente que los complejos de macroci-
clos con iones lantinidos. El complejo 6
ccataliza también la transesterificacién
del HPNPP (fosfato de 2-hidroxipropilo
y 4-nitrofenilo) al correspondiente fos-
fodiesterciclico siendo en este proceso
+40 veces ms activo que el correspon
iente complejo de La(liI) lo que se
puede explicar por le mayor acidez del
Thavy.
La intercalacién puede favorecer los
pprocesos de rotura de los écdos nucle!
‘cos con cationes metilicos ya que asi se
favorece la aproximacién del metal al
cesqueleto ezicar-fosfato. Los complejos
de 1, 10-fenantrolinas con ratenio que se
‘comiportan como intercalantes del ADN
pueden, adecuadamente funcionaliza-
BBE MODELOS ABIOTICOS DE NUCLEASAS: PROCESOS DE ROTURA NUCLEOFILA DE ACIDOS NUCLEICOS dos, comportarse como ligandos de
rmetales de tansicién que produzcan la
rotura de dcidos nucleicos por via hidro-
Ittica y oxidative.
Fig 26
El compuesto 7 produce la roa del
ADN superenrollado pBR322 2 le
forma circular reljads Il y ala forma
lineal IIL cuando se aBaden metales de
transici6n (22). El mayor porcentaje de
religaién se daen los ensayos de rotra
con Za, Cay Pb, de lo cual se puede
deducir que con el Cul) y Co(Tl la
rotura se produce, al menos en parte
or un proceso oxidativo. La retura con
Cu) requiere la presencia de un
reductor(mercaptotanol) y es més ef
ciente en presencia de Hg0y (23)
Diferentes derivados de antraquinona
con susttuyentes polinitogenados en la
posicidn 1, se intercalan en e] ADN-CT
y forman complejos 1:1 (24). El com-
plejo 8 rompe eficientemente el plas-
‘ido pBR322 a pH 7.
ig27
Los complejos de imidazol con sales
dde ZU) producen la rotura de ribonu~
clestidos (25.26). Quizés el ejemplo
is significativo de este tipo de siste-
mas cataliticos es el descrito por J. Bar=
ton (27) que combina Ia capacidad
‘MODELOS ABIOTICOS DE NUCLEASAS:
‘como intercalante de un complejo de
rodio con la accién catalitica de dos uni
dades de imidazol formando ua com
plejo con Zn(H}). Este complejo produce
la rotura del plésmido pBR322 a ls for-
‘mas relajada circular IL y a la forma
lineal I:
Fig 28
La notacién de los aminodcides de la
cadena peptdica es la siguiente: A: ala
nina: D: dcido aspdntico; E: dcido glu-
tamico; H: histidina: K: lisina; L: leu
ina; P: proline,
Cooperatividad de dos 0 més metales
En la naturaleza algunas fosfoestera-
sas poseen dos iones metélicos en el
centro activo, Zn(T1) o Mg(it) en fa
rmayoria de Ios casos, y estos metales
ccooperan en la hidrdliss de estees fos-
{Gricos stables. Teniendo esto en
cuenta se puede utilizar este sinergismo
para catalizar la rotura hidrolitica de
cides nucleicos. Scrimin y col. han
escrito (28) la sintesis de un bexapép-
tido con dos ligandos de triazaciclono-
~eentitie |
yn |
Fig 29
Los complejos de Zn TD de los igandos
9ay 9b producen la roturahidroltca del
pldsmido pBR322 a las formas Hy Hl en
condiciones fisiolégicas (pH17, 37°C) con,
una clara evidencia de la cooperativcad de
los dos centros metilicos.
El péptido macrociclico 10 forma un
complejo dinuclear con el Za(M) que ace-
lera drésticamente Ia hidrlisis del HPNPP
(fosfato de D-hidroxipropilo y 4-nitrofe-
rile) debido a la cooperacién de los dos
metales (29)
Fig30
El Ladi) y otos iones metiens no
lanténidos (Fe(ID, Mn), SadV),
Ind y Ga) presenta cooperavidad
nahi dl fost de bis(-nivofe-
nile) BNPP) apH{7y 050°C. Lacatlisis
cooperativa se explica porlaparciacion
de un cluster del lantiaido con el otto
metal (30):
Posterior-
mente, GI) se
deseritié un
sinergismo
similar entre
dos jones no-
lanténidos en
Iahidrisis de
diribonucles-
tidos. La ade-
nilil-3",5"~
adenosinay la
uridil-3",5"-
dina se hidrolizan répidamente por la
cooperacin del Zn) con otros iones
metilicos como Sn(1V), Int), Fe(ID,
1 AI(LD, probablemente por formacién
de clusters ente ellos. Las combinacio-
nes de Zn(l)-Indt), Zn(QD-FeCl) y
Za()-AI(IM producen también un
Sinergismo en Ia catlisis del proceso
hidrolitico aunque menor que en el caso
de Znc-SniTV), Sin embargo, el deso-
ximucletdo imi 35 stimidina no se
hidcliza apreciablemente a pH7.5 y a
70°C por a combinacin de dos de estos
{ones metlicos. Por lo tanto el mecs-
nismo més probable para el proceso
hidrolitico es el representado en la figura
siguiente:
Fig32
>ROCESOS DE ROTURA NUCLEOFILA DE ACIDOS NUCLEICOS
Senda Rca” abe Tu 205
Ea
Trae La asignacién de tos dos tipos de Otro ejemplo de cooperatividad de
catilisis a los dos iones metilicos se dos centros metilicos (34 la presenta e!
‘basa en el menor pKa del agua unia al complejo 12 que es de 300 a 500 veces
SniIV) en comparacién con el del pKa mis reactive (por centro metilico) que &
del agua unida al Zn(It)(-0.6 frente a en la hidrdlisis de la adenosina-2".3”-
8.2), Por osra parte, las cargas positivas monofosfato cicico (2"'-cAMP) y de
de los jones metilicos estabilizan el la adenill-3"5'-adenosina
estado de transicién cargado negativa-
ret,
En ocasiones un centro metilico a
puede efectuar una reguaci alosuérca | _Z><" ee af
de la actividad catalitica de una enzima. {on
Chacon itissees Cainer | OQ
Venenpooe cauitzomors | scot
teen! gcstne elton ses
sma canons
{HHPNPD En ucbcetsmoresFg36
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ty Pontus 8
Stomp Bot 18) Rey
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SFC mane hon) inde ou
tose ober oman
tpelaveuranose sleepers
Fig 33 de H,0, estan en contra de un meca-
EDs tps stan
nismo oxidativo con participacién de
Los complejos metilicos del bisdien —radicales libres.
con Zn) y Cu caaizan a hidtiss
{YW
e a 8 3D
LAA
de fosfodiesteres ciclicos y de enlaces
iternucieosidicos a pH 7 y 230°C (33):
Soca patos de Quinn
Fig37
LLos datos cinéticos en ta rotura del
fosfato de bis(4-nitrofenilo) (BNPP)
Fig indican que la catilisis procede de la
accién de los dos cationes metélicos en
lestado de transiciéa, Por eso los com-
@ -2H.007
a Ty] bios mati en gue doar
Ww “j onal unt pean
. fomee ares encl oe decare
H Wel acae
~ a Ly
x i To] Ono pas de coperatvided
es En algunas fosfodiesterasas, la activi-
Bree ae eae dad catalitica se basa en la coopers
dad de un i6n metilico y una cadena de
Fig3s aminodcido cargada positivamente,
‘como por ejemplo en la nucleasa Sy
(Za(t1}+isina-amonio) 0 en la aucleasa
de estafilococo (Ca(ll)+2-erginina-gus-
nidinio) ls cuales hidrolizan el esque-
leto fosfodiester del ARN y ADN por
una doble activacién electtsfila por el
metal y el grupo cide. Los complejos
de 14 con Znilt) y CuCl) catalizan ta
hidrélisis del fosfato de bis(4-nitrofe-
nilo) (BNPP) (36).
ets wena
ow
Fig38
Un posible mecanismo pera el pro-
eso de rotura es el indicado en fa figura
siguiente:
ROTURA ESPECIFICA DE LOS
ACIDOS NUCLEICOS
La rotura de los dcidos nucleicos se
puede hacer espectfica de diferentes
‘maneras como, por ejemplo, anclando un
catalizador a un oligonuclestido que se
aparea por enlaces de hidrégeno al ARN
complementario con lo que se produce la
roturaexpectfica del mismo (37).
Selhan descrito complejos de Cull!) y
Zn(ll) con unidades de terpiridina como
ligando unidos a secuencias de oligonu-
cle6tidos que producen la rotura espect
fica del ARN (38).
Fig 40
| mums MODELOS ABIOTICOS DE NUCLEASAS: PROCESOS DE ROTURA NUCLEOFILA DE ACIDOS NUCLEICOS |
Tov cumpljis de sont faminidos,
ttl, bal, Faas y Lalli gon el
yitdivetato vom ligand unida ast
ser tun aligsimeno del ADN proxluce i
Irdaiss selectiva del ARN (29):
Figdt
{La combinavidn de un ADNy wnido
‘owsalentemente a una aeridina con fo
ADN3 en presencta de LuCl preluce la
roaura selestiva del ARN complements
ot,
Fig 2
En aunencia de fos ADN la rotura del
[ARN con sales de Lut se produce de
modo aleatorio, La roars con ef sistema
ADN /ADN /Lunlly es mis lent por lo
‘que la acrdina ctv a rotura del enlace
fosfodieter La rtura del ARN se puede
cefectuar también von los sistema: Act-
ADNYADNi/LuilIl) © Act-ADN AcE
ADNyLuctb, Este imo es tarmbiga
‘elective pero menos ecient
1 complejo de Eu( II) con una texa-
ido a un ADN 20-mer produce
la rotura hidrolitica espectica del ARN
de secuencia complementaria (41).
Figs
PROCESOS DE ROTURA POR
CATALISIS DE TRANSFERENCIA
PROTONICA
Las q.eraleanodiaminas accleran la
rovura dela adenilil-3,$"adenosina con
relacidn a ls eorrespondientes mono
‘minas. Ls rotura se produce a fragmen-
"ox mis peyueios que pentimmeros En el
‘esquema se representa el papel cal
tico que una poliamina devempeia en
hdrolisis de un geupo fostodiester (42k
DESARROLLO DE MATERIALES ORGANICOS PARA LENTES DE CONTACTO FOTOCROMICAS
Fig
Lacombinacidn de unidades iteralan-
‘es, aeridina en este caso, con pias
‘conde a stems ataliteosefiietesen,
Ja hid de ibonuctestidan 3
OA
0
ste compuesto rompe mis de 4 de
ARNr en Thoma 37°C yapH 74 cuando
‘eliza una concentracgin | mM del
derivado de aridina. Oto ejemplo de ex
aproximaciin ela combina de la i=
dad imerealante de 9, 10-aeraguinona con
‘na uniddl de wiamina:
Figa5
a
We 040004 ern weer
f .040204 erent
Fig 46
En este tltimo caso, la rotura Se pro-
duce a 37°C a pH y la catlisis cure
por desprexonacign del grupo 2-OH por
el carboxilato y proconacidn del oxigeno
en porel grupo amonio (44). Los hibri-
dosde etléndiaminao trietlétetreamina
‘con oligmeros del ADN produce la
hides seletivadel ARN lineal a pH 8
‘yaS0 Cen el enlace fosfodieser que esti
lulyacente al ADN de secuencia comple
rmenaria (45).
Et imidazol de la cadena lateral de
histdina desempeis un papel imports
‘en muchas enzimas, Recordemos que el
imidazol (pKu= 7) existe a pH fsils-
ico, como amas formas, prvonay no
prtonada, por lo que puede actuar como
hase y el eatin imidazolio como sido,
vol om of gente svt catalizan ka
hides se sid rbsneleicos stn
el mecanisn que se repreventa en el
‘Siguiente esque |
Fig 7
En a primera etapa, un grupo hi
ilo del ARN ata al rape tonfoxbester
‘conduviendo ala formacisn de un dies
ter foslrico velco. En la ribonucleass
este paso esti caalizado pore imide
zo] de la und de histdina-12 y pore
‘midacolio de la histdina-119, En ta
segunda etapa la encima cataliza ta
hidnilsis del dieser fostrico eialico
formindose el monoeser fostérien del
Iideosilo del carbono-3 Ue ka ribosa.
Hay compuestos gue imitan ta
aveid de la ribonucleasas y entre los
mis conocidos se encuentran las Be
C>B que es un reflejo de
la capacidad de estos compuestos para
formar enlaces de hidrégeno con el
grupo fosfato,
Laribosa, la B-ciclodextrina y el deri=
vado de ciclodextrina D no muestran
actividad catalitica de lo que se deduce
la necesidad de grupos hidroxila vecina-
les para la cadlisis|
Breslow (48) ha propuesto un nuevo
‘mecenismo para la rotura del ARN por
la accién de las ribonucTeasas lo que le
Uev6 ¢ la sintesis de un nuevo derivado
de B-ciclodextrina con unidades de imi-
ddazol en las glucosas A y B. Este com-
puesto es un catalizador mas eficiente
‘que 15 en ls hidrélisis de diesteres fos-
foricos eiclicos.
LLos compuestos que contienen una o
sms unidades de imidazol como el com-
puesto 19, derivado del Scido piridin-2,
6 dicarboxfico, catalizan la hidrdlisis
de ribonuclestidos (49)
El derivado de pirdina 19 en una con-
ccentracién 10 mM produce un 30% de
rotura de la adenilil-3S*adenosina des-
puts de 4 dias a 50°C a pH 75. Asi-
‘mismo, los eompuestos que combinan la
acci6n intercalante de una subunidad con
Ia accién cataltics de una o més unidades
de imidazol, unidas al interealante con
coadenas de diferente longitud, producen
Ta otura de Scidos itonuceicos:
Fig S2
Exe derivado de enazini, y oros simi-
lares produce. en una concentraci6a 1
‘mM, un 50% de rotura del ARNT después
de 12 horas a37°C y a pH 7 (50),
Los siguientes deivados bis-ytetrair-
dazslicos de proflavina en una concentrs-
cidn 100 mM a pH 7 producen la rotura
del ARN, siendo el derivado tetraimidazs-
Tico el mas activo de los dos ($1),
Fig 53
Ouras enzimas, come Ie nuclessa de
estafilococo, poseen dos unidades de ari-
nina en el centro activo y catalizan Is
hidrolsis del ADN. El derivado de acri=
dina 20 catalza la hidrisis del ARNm
pero solamente en presencia de imidazol
‘en una concentracién 0.26M (5253):
Fig 54
Los autores han propuesto el
siguiente mecanismo para explicar el
proceso de rotura del ARN:
a
) ¢
Ms
ge
x ne
AG Le
Figs
Posteriormente (54) se deseribi6 la
sintesis de receptores que contienen uni
ddades de guanidina que mimetizan el
‘centro activo de la nucleasa de estfilo-
coco y que aceleran la transesterifica-
‘cig de! HPNPP. En los esquemas A y B
se representa el mecanismo del proceso
6e rotura con o sin una base externa al
receptor, respectivamente:
ne
Fig 56
La combinacién de un tripéptido con
‘una subunidad intercalante de acridina,
constituye un sistema que mimetiza la
ribonucleasa A y que produce la rorura
del ARNr y del ARN de hélice sencilla
(55). La accién cataltica de este deri-
vvado de acridina se basa en la intercala-
ign del sistema hererocflico, en la des
pratonacisn del grupo 2'-OH por el imi-
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