MODUL XII- PERCOBAAN 35

POPULASI MIKROBA DI TANAH : ENUMERASI

I.

TUJUAN
1. mengetahui flora mikroba tanah
2. menentukan jumlah bakteri dan jamur dalam sample tanah

II.

PRINSIP PERCOBAAN
Tanah mengandung banyak jenis mikroorganisme seperti bakteri,
jamur, protozoa, alga, dan virus. Mikroba pada suatu sampel tanah
ditentukan oleh beberapa faktor seperti kelembapan, pH,
temperatur, kandungan gas oksigen, dan komposisi organik
maupun anorganik tanah. Pada percobaan kali ini akan dilakukan
pengenceran dan digunakan tiga jenis medium yang mendukung
pertumbuhan jenis mikroba tertentu, agar yeast glycerol untuk
actinomycetes, agar Sabouraud untuk isolasi jamur dan agar nutrisi
untuk bakteri. Selain nutrisi agar, kedua jenis medium yang lain
ditambahkan 10 g Aureomycin (klortetrasiklin) per mililiter medium
untuk menghambat pertumbuhan bakteri.

III.

TEORI DASAR

Pengertian tanah
Tanah subur mengandung lebih dari 100 juta mikroorganisme per gram tanah.
Produktivitas dan daya dukung tanah tergantung ppada aktivitas mikroorganisme
tersebut.Sebagian besar mikroorganisme memiliki peranan yang menguntungkan bagi
pertanian, yaitu berperan dalam menghancurkan limbah organic, recycling hara
tanaman, fiksasi biologis nitrogen, pelarutan fosfat, meransang pertumbuhan,
biokontrol pathogen dan membantu penyerapan unsure hara.Bioteknologi berbasis
mikroorganisme

dikembangkan

dengan

memanfaatkan

peran-peran

penting

mikroorganisme tersebut. Pembagian mikroorganisme :

Golongan aotohtonus: mikroorganisme yang selalu ditemukan dan tidak
dipengaruhi lingkungan.
Golongan Zimogenik: kehadirannya diakibatkan pengaruh luar yang baru.

Golongan Transien : kehadirannya bersamaan dengan adanya penambahan secara

buatan.
Pengertian Mikroorganisme dan Peranannya Dalam Tanah
Mikroorganisme

umumnya

ada

yang

bersifat

baik

maupun

buruk.

Mikroorganisme yang membawa dampak buruk tersebut harus dikendalikan

perkembangannya. Sehingga tidak dapat mengganggu makhluk lainnya. Pengendalian
pertumbuhan mikroorganisme dilakukan dengan berbagai cara, pengendalian tersebut
memiliki 3 tujuan yaitu mencegah penyebaran penyakit dan infeksi, membasmi
mikroorganisme pada inang yang terinfeksi, dan mencegah pembusukan dan
perusakan bahan oleh mikroorganisme. Dengan demikian, maka mikroorganisme
tidak dapat menggagu kalangsungan makhluk hidup lainnya.
Mikroorganisme adalah organisme yang berukuran sangat kecil sehingga tidak
dapat dilihat dengan mata telanjang. Mikroorganisme dapat disebut mikroorganisme
atau jasad renik. Tanah merupakan tempat hidup yang paling ideal bagi bakteri karena
mengandung bahan organic,anorganik dan mineral yang berlimpah.Setiap elemen
tanah memiliki jenis, populasi dan sifat genetic yang berbeda. Keanekaragaman
mikroorganisme pada tanah : Bakteri, Algae,Mold, Protozoa, Amuba, Actinomyces
Flagellata, Cilliata.Tanah yang subur mengandung lebih dari 100 juta mikroorganisme
per gram tanah. Produktivitas dan daya dukung tanah tergantung pada aktivitas
mikroorganisme tersebut. Sebagian besar mikroorganisme tanah memiliki peranan
yang menguntungkan, yaitu berperan dalam menghancurkan limbah organik, siklus
hara tanaman, fiksasi nitrogen, pelarut posfat, merangsang pertumbuhan, biokontrol
patogen, dan membantu penyerapan unsur hara.
Organisme tanah berperan penting dalam mempercepat penyediaan hara dan juga
sebagai sumber bahan organik tanah. Penambahan bahan organik dalam tanah akan
menyebabkan aktivitas dan populasi mikrobiologi dalam tanah meningkat, terutama
yang berkaitan dengan aktivitas dekomposisi dan mineralisasi bahan organik.
Mikroorganisme tanah sangat nyata perannya dalam hal dekomposisi bahan organik
pada tanaman tingkat tinggi. Dalam proses dekomposisi sisa tumbuhan dihancurkan
atau dirombak menjadi unsur yang dapat digunakan tanaman untuk tumbuh.
Bakteri sangat banyak di tanah karena kemampuannya beradaptasi dan
berkembangbiaknya dengan membelah diri. Ketahanan mikroorganisme tanah
terhadap logam berat juga beragam,tergantung mekanisme yang dikandungnya untuk

menyesuaikan diri terhadap polusi dan tergantung pada kondisi lingkungan tempat
tinggal organisme tersebut tumbuh. Ketahanan mikroorganisme terhadap logam berat
bervariasi dalam kelompok mikroorganisme, genus maupun spesies. Pengaruh logam
terhadap mikroorganisme tersebut terlihat pada beberapa daur kehidupannya. Pada
fungi pengaruh pengaruh tersebut terlihat dalam pembentukan miselium, maupun
perkecambahan spora. Pada khamir berupa peningkatan kegiatan lipolitik,
respirasi(penghambatan sistein). Pada bakteri terlihat pada penurunan dan
perpanjangan laju. Pertumbuhan, penundaan perkembangbiakan dan sebagainya.
Berikut kandungan bakteri pada tanah :
Tanah pasir
320 500 ribu sel bakteri/gr tanah
Tanah lempung
360 600 ribu sel bakteri/gr tanah
Tanah subur
2 200 juta sel bakteri/gr tanah

Mikrofauna dalam tanah

Bakteri
Bakteri dapat dibedakan menjadi dua yaitu autotroph dan heterotroph. Autotroph
yaitu bakteri yang menghasilkan makanannya sendiri dari bahan anorganik, misalnya
melalui proses photosintesis. Heterotroph yaitu bakteri yang mendapatkan
makanannya dari bahan organik yang telah ada.
Bakteri autotroph bermanfaat karena mempengaruhi sifat-sifat tanah. Misalnya
merubah nitrit menjadi nitrat, sulfida menjadi sulfat dsb. Nitrifikasi berpengaruh
terhadap kualitas lingkungan karena oksidasi dari NH 4 menjadi NO3 yang mudah
larut, dapat menyebabkan pencemmaran nitrat pada air tanah. Konsentrasi nitrat yang
tinggi dalam air dapat mempengaruhi kesehatan manusia. Bakteri heterotroph dalam
tanah dapat dibedakan menjadi bakteri pengikat nitrogen dan bukan pengikat
nitrogen.
Fungi
Dapat dibedakan menjadi parasitik, saprohitik, dan simbiotik, dan simbiotik.

Parasitik yang dapat menyebabkan bercak pada tanaman.

Saprophitik yang mendapatkan makanan dari dekomposisi bahan organik

Simbiotik hidup pada akar dimana keduanya terjadi simbiosis mutualisme.

Mycorhiza /jamur akar, adalah asosiasi simbiosis mycelia fungi dengan akar tanaman
tertentu. Membantu tanaman induk menyerap unsur hara tertentu.
Actinomycetes
Actinobacteria atau Actinomyces adalah kelompok bakteri Gram positif dengan
nisbah G/C yang tinggi. Bakteri ini pernah diklasifikasi sebagai fungi (jamur, Mycota)
karena ada anggotanya yang membentuk berkas-berkas mirip hifa serta menghasilkan
antibiotik. Ketika diketahui memiliki sejumlah ciri bakteri (ukurannya kecil dan dapat
diserang virus bakteriofag), kelompok ini pernah dianggap bukan fungi maupun
bakteri. Baru setelah pengujian DNA dimungkinkan, kelompok ini diketahui sebagai
bakteri. Kebanyakan Actinobacteria ditemukan di tanah. Sebagian yang lain tinggal di
dalam tumbuhan dan hewan, termasuk beberapa patogen seberti Mycobacterium.
Jadi, secara taksonomi dan morfologi dapat digolongkan sebagai fungi ataupun
bakteri, tetapi akhir-akhir ini diklasifikasikan sebagai bakteri. Fungsi utamanya yaitu

dalam dekomposisi bahan organik terutama selulosa dan bahan organik lain yang
resisten. Keadaan yang baik untuk perkembangan actinomycetes yaitu banyak tersedia
bahan organik segar, pH tanah netral sampai agak masam, tanah lembab, tetapi lebih
tahan kekeringan daripada fungi.
Mereka memainkan peranan yang penting dalam dekomposisi materi organik
seperti selulosa dan kitin. Aktivitas ini menambah cadangan hara di dalam tanah dan
merupakan bagian penting dari pembentukan humus. Kemampuan Actinobacteria
untuk hidup di lingkungan bernutrisi rendah dan untuk mengonsumsi lognoselulosa
(lignin dan selulosa, zat-zat penyusun kayu, biasanya sukar dicerna kebanyakan
bakteri tanah) menyebabkan Actinobacteria mendominasi kawasan bebatuan karst.
Pemberian pupuk kandang yang kaya selulosa akan meningkatkan populasi
Aktinobakteri di tanah. Pemupukan amonium atau nitrat yang terus-menerus menekan
populasi karena Aktinobakteri tidak suka pH di bawah 6; sebaliknya, pengapuran
untuk menaikkan pH juga menaikkan populasinya.
Penghitungan Jumlah Mikroorganisme
Setelah masa inkubasi, diamati koloni yang tumbuh pada masing-masing cawan
petri dan dilakukan penghitungan pada masing-masing pengenceran. Penghitungan
dilakukan berdasarkan jumlah koloni (Plate count), pada penghitungan dengan cara
ini diperlukan beberapa syarat yang harus dipenuhi,
yakni :
1. Jumlah koloni tiap cawan petri antara 30-300 koloni, jika tidak ada yang
memenuhi syarat maka dipilih koloi yang jumlahnya mendekati 300.
2. Tidak ada koloni yang menutup lebih besar dari setengah luas cawan petri,
koloni tersebut dikenal dengan spreader.
3. Perbandingan jumlah bakteri dari hasil pengenceran yang berturut-turut antara
pengenceran yang lebih besar dengan pengenceran sebelumnya, jika sama atau lebih
kecil dari 2 hasilnya dirata-rata, tetapi jika lebih besar dari 2 maka yang dipakai
adalah jumlah mikroorganisme dari hasil pengenceran sebelumnya.
4. Dari jumlah koloni tiap cawan petri, jumlah bakteri tiap cc atau gram bahan
ditentukan dengan mengalikan jumlah koloni dengan kebalikan pengencerannya
(Jutono, et al., 1972).

Ciri-ciri koloni bakteri

IV.

ALAT DAN
BAHAN
Alat:
1. Cawan Petri
2. Erlenmeyer
3. Pembakar Bunsen
4. Jarum inokulasi
5. Colony couter
6. Pipet steril 1 mL
7. Pipet Mekanik
8. Batang Gelas berbentuk L
9. Beaker glass
Bahan:
1. Sampel Tanah subur
2. Agar Nutrisi
3. Agar Yeast Glycerol
4. Agar Sobouraud
5. Aquades
6. Alkohol 95%

I. HASIL PENGAMATAN
No
.

Pengamatan

Keterangan

Media biakan: Agar Nutrisi

Waktu Pengamatan: 2-3 hari
Pengenceran: 10-4
Jumlah koloni: 27
Jumlah bakteri: 27 x 104/ml sample

Media biakan: Agar Nutrisi

Waktu Pengamatan: 2-3 hari
Pengenceran: 10-5
Jumlah koloni: 4
Jumlah bakteri: 4x105/ml sample

Media biakan: Agar Nutrisi

Waktu Pengamatan: 2-3 hari
Pengenceran: 10-6
Jumlah koloni: Tidak terbentuk koloni
Jumlah bakteri: Tidak diketauhi

Media biakan: Agar Nutrisi

Waktu Pengamatan: 2-3 hari
Pengenceran: 10-7
Jumlah koloni: Tidak terbentuk koloni
Jumlah bakteri: Tidak diketahui

Pengenceran 10-3
Jumlah koloni: 219
Media biakan: Agar Yeast Glycerol
Waktu inkubasi: 4-7 hari
Jumlah sel actinomycetes: 219.000/ml
sample

Pengenceran: 10-4
Jumlah koloni: 135
Media biakan: Agar Yeast Glycerol
Jumlah sel actinomycetes: 1.350.000/ml
sample
Waktu inkubasi: 4-7 hari

Pengenceran: 10-5
Jumlah koloni: 8
Media biakan: Agar Yeast Glycerol
Jumlah sel actinomycetes: 800.000/ml
sample
Waktu inkubasi: 4-7 hari

Pengenceran: 10-6
Jumlah koloni: 2
Media biakan: Agar Yeast Glycerol
Jumlah sel actinomycetes: 2.000.000/ml
sample
Waktu inkubasi: 4-7 hari

Media Biakan: Agar Saboroud

Waktu inkubasi: 4-7 hari
Jumlah koloni: 139
Pengenceran pada 10-2
Jumlah sel jamur: 13900

10

Media Biakan: Agar Saboroud

Waktu inkubasi: 4-7 hari
Jumlah koloni: 22
Pengenceran pada 10-3
Jumlah sel jamur: 22.000

11

Media Biakan: Agar Saboroud

Waktu inkubasi: 4-7 hari
Jumlah koloni: 14
Pengenceran pada 10-4
Jumlah sel jamur 140.000

12

Sumber Foto: Hasil Pengamatan

kelompok shift rabu siang
Media Biakan: Agar Saboroud
Waktu inkubasi: 4-7 hari
Jumlah koloni: 1
Pengenceran pada 10-5
Jumlah sel jamur 100.000/ml sample

II. ANALISIS
Pada percobaan kali ini digunakan beberapa medium diantaranya agar yeast
glycerol untuk media pertumbuhan actinomycetes, agar Sabouroud untuk isolasi
jamur dan agar nutrisi untuk bakteri.

Agar nutrisi

Adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA juga digunakan untuk
pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif, dalam artian
mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media sederhana yang dibuat dari
ekstrak beef, pepton, dan agar. NA merupakan salah satu media yang umum
digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk
pangan, untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri, dan
untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni. Untuk komposisi nutrien adar
adalah eksrak beef 10 g, pepton 10 g, NaCl 5 g, air desitilat 1.000 ml dan 15 g agar/L.
Agar dilarutkan dengan komposisi lain dan disterilisasi dengan autoklaf pada 121C
selama 15 menit. Kemudian siapkan wadah sesuai yang dibutuhkan.

Agar Sabourad

Agar Sabouraud adalah jenis agar yang mengandung peptones. peptone adalah
produk hidrolisis protein hewani atau nabati seperti otot, liver, darah, susu, casein,
lactalbumin, gelatin dan kedelai. Agar Sabouraud ini digunakan untuk menumbuhkan
dermatofit dan jenis-jenis jamur.

Yeast Glycerol Agar.

Medium yang berfungsi untuk isolasi, enumerasi, dan menumbuhkan sel

khamir. Dengan adanya dekstrosa yang terkandung dalam media ini, PGYA dapat
digunakan untuk mengidentifikasi mikroba terutama sel khamir. Untuk membuatnya,
semua bahan dicampur dengan ditambah CaCO3 terlebih dahulu sebanyak 0,5 g lalu
dilarutkan dengan akuades. Kemudian dimasukkan dalam erlenmeyer dan disumbat
dengan kapas lalu disterilisasi pada suhu 121C selama 15 menit.
Faktor yang mempengaruhi dan menentukan jenis mikroba pada suatu sampel
tanah adalah kelembaban, pH, temperatur, kandungan gas oksigen dan komposisi
organik maupun anorganik tanah. Jenis mikroba tanah sangat bervariasi sehingga
untuk menganalisanya diperlukan salah satu metodenya yaitu metode pengenceran.
Dimana pengenceran ini menyebabkan jumlah mikroorganisme menjadi lebih sedikit.
Hal ini terjadi karena pada proses pengenceran, mikroorganisme dalam bentuk koloni

besar berubah menjadi koloni koloni yang lebih kecil karena adanya air yang
memisahkan koloni mikroorganisme tersebut. Dengan adanya pengenceran membuat
mikroorganisme lebih mudah diteliti karena selain jumlahnya sedikit, juga biasanya
tidak berkoloni besar. Selain itu pada percobaan kali ini dilakukan beberapa
pengenceran yang menyebabkan

mikroorganisme yang tumbuh jumlahnya akan

semakin sedikit dikarenakan proses pemisahan tadi.

Berdasarkan hasil percobaan didapat bahwa jumlah bakteri pada agar yeast
glycerol semakin banyak jumlah airnya (pengencerannya) maka semakin sedikit
jumlah mikroorganisme yang tumbuhnya. Hal ini sesuai dengan literatur dimana
semakin banyak air yang digunakan untuk pengenceran maka semakin sedikit jumlah
mikroorganisme yang tumbuh.
Setelah inkubasi pada suhu 250C pada posisi terbalik setelah 2-3 hari, diketahui
bahwa semakin tinggi faktor pengenceran larutan sampel tanah tersebut maka jumlah
bakteri yang terkandung semakin rendah. Begitu pula pada jenis mikroba lainnya
yaitu jamur dan actinomycetes yang memiliki waktu lebih panjang yaitu 4-7 hari.
Berdasarkan referensi, terdapat korelasi yang kuat bahwa semakin banyak
kandungan organik tanah dan oksigen, maka jumlah dan jenis mikroorganismenya
juga semakin tinggi. Dengan demikian sampel tanah subur termasuk memiliki jumlah
dan jenis mikroorganisme yang tinggi. Beberapa kelompok mikroorganisme yang
penting dalam kaitannya dengan mobilitas dan keberadaan zat pencemar, terutama
organik antara lain: Bakteri, Jamur, Algae, dan Protozoa.

III.

KESIMPULAN
1. Tanah terbukti mengandung flora mikroba tanah diantaranya adalah Jamur,
actinomycetes dan bakteri.
2. Berikut jumlah jamur, actinomycetes, dan bakteri yang terdapat pada sampel
tanah subur.

Jumlah jamur pada sampel tanah:

Pengenceran 10-2.Jumlah koloni = 139. Jumlah mikroba 139 x 102 sel.

Pengenceran 10-3.Jumlah koloni = 22. Jumlah mikroba 154 x 103 sel.

Pengenceran 10-4.Jumlah koloni = 14. Jumlah mikroba 14 x 104 sel.

Pengenceran 10-5.Jumlah koloni = 1. Jumlah mikroba 105 sel.

Jumlah Actinomycetes pada sampel tanah:

Pengenceran 10-3. Jumlah koloni= 219. Jumlah mikroba= 219 x

103 sel.

Pengenceran 10-4. Jumlah koloni = 135. Jumlah mikroba= 135

x 104 sel.

Pengenceran 10-5. Jumlah koloni = 8. Jumlah mikroba = 8 x 105

sel

Pengenceran 10-6. Jumlah koloni = 2. Jumlah mikroba = 2 x 106

sel.

Jumlah bakteri pada sampel tanah :

Pengenceran 10 4. Jumlah koloni = 27. Jumlah bakteri = 27 x

104 sel.

Pengenceran 10-5. Jumlah koloni = 4. Jumlah bakteri = 4 x 105

sel.

Pengenceran 10-6. Jumlah koloni = 0. Jumlah bakteri = tidak

diketahui.

Pengenceran 10-7. Jumlah koloni = 0. Jumlah bakteri = tidak

diketahui.

V.

DAFTAR PUSTAKA
Pelczar, MJ dan Chan. 1986. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI Press.

A. Isolasi Rhizobium
GAMBAR

KETERANGAN
Kelompok 4

Kelompok 11

Kelompok 9

Kelompok 5

I.

ANALISIS
Pada isolasi Rhizobium, pengamatan langsung diamati dibawah
mikroskop. Sebelum itu nodul akar yang ada diremukkan pada kaca
preparat yang telah disterilisasi, kemudian difiksasi untuk
menghindari bakteri kontaminan. Lalu diberikan metilen biru pada
apusan tersebut dan dibiarkan selama 1 menit. Hal ini dilakukan
agar metilen biru tersebut meresap dan mewarnai apusan ketika di
amati dibawah mikroskop. Berdasarkan hasil pengamatan, tidak
terdapat
Rhizobium pada apusan yang telah dibuat. Terbukti
karena bakteri yang terlihat bersifat gram positive karena bakteri
yang teramati berwarna biru. Sedangkan Rhizobium bersifat gram
negative. Hal ini dapat terjadi karena kemungkinan pada sampel
nodul akar yang dibuat untuk apusan tersebut memang tidak
memiliki Rhizobium. Selain itu hal ini juga dapat terjadi karena kaca
preparat yang digunakan belum benar benar steril atau pada saat
proses fiksasi tidak dilakukan dengan benar. Sehingga bakteri
kontaminan dapat masuk dan mengganggu hasil pengamatan.